Table SII. LncRNA-mRNA co-expression analysis for RFS in HCC with fibrosis. Pearson correlation lncRNA mRNA coefficient P-value PLCE1-AS1 ERBB3 -0.458 4.05E-12 PLCE1-AS1 NGEF -0.446 1.73E-11 PLCE1-AS1 FOXA2 -0.434 6.45E-11 PLCE1-AS1 GJB1 -0.43 1.02E-10 PLCE1-AS1 HNF4A -0.427 1.47E-10 PLCE1-AS1 HPN -0.42 2.91E-10 PLCE1-AS1 AFMID -0.409 9.85E-10 PLCE1-AS1 SALL1 -0.393 4.74E-09 PLCE1-AS1 C4BPB -0.387 8.48E-09 PLCE1-AS1 A1CF -0.385 1.03E-08 PLCE1-AS1 SLC9A3R1 -0.382 1.37E-08 PLCE1-AS1 HIRA -0.378 1.95E-08 PLCE1-AS1 APOC4-APOC2 -0.374 2.73E-08 PLCE1-AS1 GOLT1A -0.371 3.59E-08 PLCE1-AS1 CPB2 -0.368 5E-08 PLCE1-AS1 MEIG1 -0.36 1.04E-07 PLCE1-AS1 PDZK1 -0.36 1.03E-07 PLCE1-AS1 SERPINA1 -0.358 1.21E-07 PLCE1-AS1 APOB -0.352 2.06E-07 PLCE1-AS1 ESRP2 -0.352 1.97E-07 PLCE1-AS1 PRDX3 -0.351 2.09E-07 PLCE1-AS1 DNAJC22 -0.35 2.3E-07 PLCE1-AS1 RNF128 -0.348 2.73E-07 PLCE1-AS1 CXADR -0.348 2.82E-07 PLCE1-AS1 THPO -0.347 3.11E-07 PLCE1-AS1 IQGAP2 -0.345 3.53E-07 PLCE1-AS1 RNF43 -0.344 3.88E-07 PLCE1-AS1 ALCAM -0.342 4.59E-07 PLCE1-AS1 NIF3L1 -0.337 6.92E-07 PLCE1-AS1 CAMSAP3 -0.334 8.58E-07 PLCE1-AS1 GC -0.332 1.05E-06 PLCE1-AS1 IMPA2 -0.331 1.14E-06 PLCE1-AS1 ST13 -0.326 1.64E-06 PLCE1-AS1 SDC1 -0.323 2.06E-06 PLCE1-AS1 SRP54 -0.321 2.45E-06 PLCE1-AS1 PROX1 -0.321 2.37E-06 PLCE1-AS1 FMO5 -0.318 2.96E-06 PLCE1-AS1 ASGR2 -0.318 2.96E-06 PLCE1-AS1 ASGR1 -0.318 2.92E-06 PLCE1-AS1 SRRD -0.318 3.05E-06 PLCE1-AS1 CYP4F11 -0.316 3.42E-06 PLCE1-AS1 HHEX -0.315 3.76E-06 PLCE1-AS1 MMADHC -0.314 4.04E-06 PLCE1-AS1 ADH6 -0.314 4.1E-06 PLCE1-AS1 DEPDC7 -0.314 4.21E-06 PLCE1-AS1 MRPL49 -0.314 4.13E-06 PLCE1-AS1 BNIP3 -0.314 4.06E-06 PLCE1-AS1 TSG101 -0.313 4.34E-06 PLCE1-AS1 AMBP -0.312 4.85E-06 PLCE1-AS1 SHH -0.311 4.95E-06 PLCE1-AS1 BAAT -0.31 5.49E-06 PLCE1-AS1 PAH -0.31 5.68E-06 PLCE1-AS1 IDH1 -0.309 5.7E-06 PLCE1-AS1 ACTR6 -0.309 5.89E-06 PLCE1-AS1 METAP1 -0.309 5.84E-06 PLCE1-AS1 SLC25A17 -0.309 5.78E-06 PLCE1-AS1 TMPRSS2 -0.308 6.48E-06 PLCE1-AS1 PLS1 -0.307 6.77E-06 PLCE1-AS1 EDEM1 -0.307 6.94E-06 PLCE1-AS1 NR1H4 -0.307 6.75E-06 PLCE1-AS1 HNF1A -0.307 6.95E-06 PLCE1-AS1 MAT1A -0.307 6.72E-06 PLCE1-AS1 ITIH4 -0.306 7.17E-06 PLCE1-AS1 CREB3L4 -0.306 7.38E-06 PLCE1-AS1 HNRNPF -0.305 8.04E-06 PLCE1-AS1 TMED2 -0.305 7.62E-06 PLCE1-AS1 ANXA9 -0.305 8.04E-06 PLCE1-AS1 NARS2 -0.304 8.38E-06 PLCE1-AS1 PLPP6 -0.304 8.75E-06 PLCE1-AS1 MINPP1 -0.304 8.6E-06 PLCE1-AS1 CFI -0.303 8.83E-06 PLCE1-AS1 HNRNPA2B1 -0.303 9.05E-06 PLCE1-AS1 MARVELD2 -0.302 9.74E-06 PLCE1-AS1 XPNPEP3 -0.302 9.6E-06 PLCE1-AS1 C8G -0.302 1.01E-05 PLCE1-AS1 UAP1 -0.302 9.51E-06 PLCE1-AS1 RORC -0.302 1.01E-05 PLCE1-AS1 PHOSPHO2 -0.301 1.02E-05 PLCE1-AS1 PALD1 0.301 1.04E-05 PLCE1-AS1 ANK2 0.301 1.03E-05 PLCE1-AS1 SPTBN5 0.301 1.02E-05 PLCE1-AS1 LRRC4B 0.301 1.05E-05 PLCE1-AS1 SNPH 0.301 1.05E-05 PLCE1-AS1 PDZRN4 0.301 1.08E-05 PLCE1-AS1 HRASLS 0.301 1.05E-05 PLCE1-AS1 FOXS1 0.301 1.05E-05 PLCE1-AS1 DDR2 0.301 1.02E-05 PLCE1-AS1 DOK5 0.302 9.78E-06 PLCE1-AS1 SOD3 0.302 9.78E-06 PLCE1-AS1 PLN 0.302 9.53E-06 PLCE1-AS1 PHLDB1 0.302 9.93E-06 PLCE1-AS1 FOXF1 0.302 9.79E-06 PLCE1-AS1 NXNL2 0.303 8.95E-06 PLCE1-AS1 CRLF1 0.303 8.79E-06 PLCE1-AS1 SMIM10L2A 0.303 9.21E-06 PLCE1-AS1 LAMP5 0.304 8.7E-06 PLCE1-AS1 TSPAN18 0.304 8.48E-06 PLCE1-AS1 SLC7A4 0.304 8.21E-06 PLCE1-AS1 AFAP1 0.304 8.43E-06 PLCE1-AS1 CPZ 0.304 8.44E-06 PLCE1-AS1 TSPAN2 0.304 8.69E-06 PLCE1-AS1 GEM 0.304 8.3E-06 PLCE1-AS1 FHOD3 0.304 8.52E-06 PLCE1-AS1 SFXN3 0.305 8.11E-06 PLCE1-AS1 MYOZ1 0.305 7.86E-06 PLCE1-AS1 ZNF827 0.305 7.99E-06 PLCE1-AS1 GUCY1A2 0.305 7.74E-06 PLCE1-AS1 GATA2 0.306 7.4E-06 PLCE1-AS1 ZFPM2 0.306 7.24E-06 PLCE1-AS1 CCIN 0.306 7.49E-06 PLCE1-AS1 SCG2 0.306 7.18E-06 PLCE1-AS1 PCYT1B 0.307 6.58E-06 PLCE1-AS1 ENG 0.307 6.77E-06 PLCE1-AS1 ZNF521 0.307 6.9E-06 PLCE1-AS1 MMP28 0.307 6.62E-06 PLCE1-AS1 PAPPA 0.308 6.27E-06 PLCE1-AS1 ADAMTS7 0.308 6.36E-06 PLCE1-AS1 MORN3 0.308 6.43E-06 PLCE1-AS1 MAP3K12 0.308 6.25E-06 PLCE1-AS1 P4HA3 0.308 6.35E-06 PLCE1-AS1 PTGDS 0.308 6.12E-06 PLCE1-AS1 PEAK1 0.308 6.28E-06 PLCE1-AS1 RUNX1T1 0.309 5.73E-06 PLCE1-AS1 ATP2A3 0.309 5.73E-06 PLCE1-AS1 TRIM63 0.309 5.85E-06 PLCE1-AS1 CALHM2 0.309 6.09E-06 PLCE1-AS1 CPNE5 0.309 5.83E-06 PLCE1-AS1 MGP 0.309 5.76E-06 PLCE1-AS1 ARMCX2 0.31 5.52E-06 PLCE1-AS1 PRTG 0.311 5.24E-06 PLCE1-AS1 SELENON 0.311 5.13E-06 PLCE1-AS1 CNN1 0.311 5.2E-06 PLCE1-AS1 C16orf89 0.311 5.04E-06 PLCE1-AS1 FBXO40 0.311 5.27E-06 PLCE1-AS1 MOBP 0.312 4.62E-06 PLCE1-AS1 GNG2 0.312 4.57E-06 PLCE1-AS1 ARHGEF25 0.312 4.57E-06 PLCE1-AS1 LRRK1 0.312 4.7E-06 PLCE1-AS1 AC024270.1 0.312 4.56E-06 PLCE1-AS1 C2orf40 0.312 4.84E-06 PLCE1-AS1 MSX2 0.313 4.42E-06 PLCE1-AS1 NFATC1 0.313 4.25E-06 PLCE1-AS1 BHLHE22 0.313 4.44E-06 PLCE1-AS1 EDNRA 0.313 4.46E-06 PLCE1-AS1 DACT1 0.313 4.38E-06 PLCE1-AS1 FNDC1 0.313 4.27E-06 PLCE1-AS1 RBMS2 0.313 4.36E-06 PLCE1-AS1 RAB33A 0.313 4.27E-06 PLCE1-AS1 NMUR1 0.313 4.41E-06 PLCE1-AS1 SYTL2 0.313 4.51E-06 PLCE1-AS1 AFAP1L1 0.313 4.25E-06 PLCE1-AS1 GRM6 0.313 4.29E-06 PLCE1-AS1 CACNA2D1 0.314 4.18E-06 PLCE1-AS1 HEYL 0.314 4.1E-06 PLCE1-AS1 OMD 0.314 4.18E-06 PLCE1-AS1 GNG11 0.314 4.06E-06 PLCE1-AS1 CDR2L 0.314 3.98E-06 PLCE1-AS1 COL16A1 0.314 4.03E-06 PLCE1-AS1 ANK3 0.314 4.11E-06 PLCE1-AS1 MYH11 0.315 3.85E-06 PLCE1-AS1 TMEM255B 0.315 3.86E-06 PLCE1-AS1 TSHZ3 0.315 3.9E-06 PLCE1-AS1 PDLIM4 0.315 3.9E-06 PLCE1-AS1 ACP5 0.315 3.71E-06 PLCE1-AS1 RAMP2 0.315 3.65E-06 PLCE1-AS1 GPX8 0.316 3.63E-06 PLCE1-AS1 GRASP 0.316 3.61E-06 PLCE1-AS1 PRKAR2B 0.316 3.61E-06 PLCE1-AS1 PLEKHO2 0.316 3.57E-06 PLCE1-AS1 CEP126 0.316 3.57E-06 PLCE1-AS1 THY1 0.316 3.51E-06 PLCE1-AS1 C1QTNF2 0.316 3.48E-06 PLCE1-AS1 FSCN1 0.316 3.52E-06 PLCE1-AS1 ITGA3 0.317 3.16E-06 PLCE1-AS1 SYNDIG1L 0.317 3.2E-06 PLCE1-AS1 ORAI2 0.317 3.22E-06 PLCE1-AS1 FLRT2 0.317 3.33E-06 PLCE1-AS1 OLFML2B 0.317 3.31E-06 PLCE1-AS1 ST6GAL2 0.317 3.15E-06 PLCE1-AS1 FBXL2 0.317 3.36E-06 PLCE1-AS1 ABCG4 0.317 3.14E-06 PLCE1-AS1 FMOD 0.318 2.94E-06 PLCE1-AS1 SSC5D 0.318 3.1E-06 PLCE1-AS1 GLI3 0.318 3.07E-06 PLCE1-AS1 KIAA1644 0.318 3.1E-06 PLCE1-AS1 MTHFD2 0.319 2.77E-06 PLCE1-AS1 RIMKLB 0.319 2.86E-06 PLCE1-AS1 FGFR1 0.319 2.88E-06 PLCE1-AS1 FEZ1 0.319 2.77E-06 PLCE1-AS1 NEXN 0.319 2.74E-06 PLCE1-AS1 PDE1A 0.319 2.76E-06 PLCE1-AS1 SLC25A36 0.32 2.57E-06 PLCE1-AS1 VCL 0.32 2.52E-06 PLCE1-AS1 ZBTB47 0.32 2.57E-06 PLCE1-AS1 ANGPTL2 0.32 2.65E-06 PLCE1-AS1 NMNAT2 0.32 2.52E-06 PLCE1-AS1 CHST1 0.32 2.52E-06 PLCE1-AS1 FAM124A 0.321 2.4E-06 PLCE1-AS1 ADCY4 0.321 2.47E-06 PLCE1-AS1 CACNA1C 0.321 2.39E-06 PLCE1-AS1 LMCD1 0.321 2.44E-06 PLCE1-AS1 FABP3 0.322 2.27E-06 PLCE1-AS1 PLXDC1 0.322 2.26E-06 PLCE1-AS1 CDC42EP3 0.322 2.19E-06 PLCE1-AS1 PHF24 0.322 2.15E-06 PLCE1-AS1 WDR63 0.323 2.03E-06 PLCE1-AS1 TINAGL1 0.323 2.04E-06 PLCE1-AS1 CYSLTR2 0.323 2.06E-06 PLCE1-AS1 DPYSL3 0.323 2.06E-06 PLCE1-AS1 LHX6 0.323 2.14E-06 PLCE1-AS1 ECM1 0.323 2.12E-06 PLCE1-AS1 PTN 0.324 1.89E-06 PLCE1-AS1 MSRB3 0.324 1.92E-06 PLCE1-AS1 MYZAP 0.324 1.96E-06 PLCE1-AS1 PLD5 0.324 1.95E-06 PLCE1-AS1 SPACA6 0.325 1.74E-06 PLCE1-AS1 FAM26E 0.325 1.81E-06 PLCE1-AS1 THBS2 0.325 1.77E-06 PLCE1-AS1 CAV1 0.325 1.75E-06 PLCE1-AS1 NAV1 0.326 1.69E-06 PLCE1-AS1 CELF2 0.326 1.63E-06 PLCE1-AS1 MYH15 0.326 1.59E-06 PLCE1-AS1 EFEMP1 0.326 1.69E-06 PLCE1-AS1 MGARP 0.326 1.69E-06 PLCE1-AS1 TIMP2 0.326 1.7E-06 PLCE1-AS1 SNAI1 0.326 1.6E-06 PLCE1-AS1 PACS1 0.327 1.56E-06 PLCE1-AS1 ZNF462 0.327 1.46E-06 PLCE1-AS1 EPHB1 0.328 1.35E-06 PLCE1-AS1 CCDC80 0.328 1.39E-06 PLCE1-AS1 MBOAT2 0.328 1.41E-06 PLCE1-AS1 MAPK10 0.329 1.28E-06 PLCE1-AS1 NOD1 0.329 1.35E-06 PLCE1-AS1 RSPO3 0.329 1.25E-06 PLCE1-AS1 VEGFC 0.329 1.32E-06 PLCE1-AS1 LDLRAD3 0.329 1.28E-06 PLCE1-AS1 INPP4B 0.329 1.25E-06 PLCE1-AS1 FHL1 0.33 1.22E-06 PLCE1-AS1 PTGIR 0.33 1.23E-06 PLCE1-AS1 ZEB2 0.33 1.19E-06 PLCE1-AS1 MYOCD 0.331 1.12E-06 PLCE1-AS1 FBLN5 0.331 1.1E-06 PLCE1-AS1 KCNMB1 0.331 1.13E-06 PLCE1-AS1 PNMA8B 0.332 1.05E-06 PLCE1-AS1 PTPRZ1 0.332 9.95E-07 PLCE1-AS1 MXRA5 0.332 9.9E-07 PLCE1-AS1 FLNA 0.332 1.04E-06 PLCE1-AS1 CRYGN 0.332 1.05E-06 PLCE1-AS1 C10orf107 0.332 1.05E-06 PLCE1-AS1 OGN 0.332 9.89E-07 PLCE1-AS1 PINLYP 0.332 9.94E-07 PLCE1-AS1 COL6A1 0.333 9.59E-07 PLCE1-AS1 RBMS3 0.334 9.07E-07 PLCE1-AS1 FILIP1 0.334 8.49E-07 PLCE1-AS1 SLC7A8 0.334 8.48E-07 PLCE1-AS1 MEOX1 0.334 8.96E-07 PLCE1-AS1 HSPB7 0.335 7.92E-07 PLCE1-AS1 HOXB2 0.335 7.98E-07 PLCE1-AS1 C11orf63 0.335 8.36E-07 PLCE1-AS1 NTF3 0.335 8.27E-07 PLCE1-AS1 TPM2 0.335 7.85E-07 PLCE1-AS1 LRRC8C 0.335 7.82E-07 PLCE1-AS1 PRND 0.336 7.68E-07 PLCE1-AS1 ROR2 0.336 7.53E-07 PLCE1-AS1 TPPP3 0.336 7.3E-07 PLCE1-AS1 ZCCHC18 0.336 7.22E-07 PLCE1-AS1 GPBAR1 0.336 7.73E-07 PLCE1-AS1 EFEMP2 0.336 7.4E-07 PLCE1-AS1 FAM189A2 0.336 7.31E-07 PLCE1-AS1 HAND2 0.336 7.51E-07 PLCE1-AS1 NTRK2 0.337 6.96E-07 PLCE1-AS1 ARMCX1 0.337 6.83E-07 PLCE1-AS1 RHOJ 0.337 6.74E-07 PLCE1-AS1 SFRP1 0.337 6.6E-07 PLCE1-AS1 FMNL3 0.338 6.15E-07 PLCE1-AS1 WISP2 0.338 6.18E-07 PLCE1-AS1 NOVA2 0.338 6.5E-07 PLCE1-AS1 WDR86 0.338 6.21E-07 PLCE1-AS1 NOV 0.338 6.1E-07 PLCE1-AS1 CCDC102B 0.338 6.11E-07 PLCE1-AS1 TRPC4 0.338 6.25E-07 PLCE1-AS1 TMEM159 0.338 6.15E-07 PLCE1-AS1 PLAT 0.339 5.88E-07 PLCE1-AS1 ZNF469 0.339 5.74E-07 PLCE1-AS1 COL4A1 0.339 5.92E-07 PLCE1-AS1 FHOD1 0.339 5.61E-07 PLCE1-AS1 SLCO3A1 0.34 5.4E-07 PLCE1-AS1 PKD1L1 0.341 4.95E-07 PLCE1-AS1 LDLRAD2 0.341 5.01E-07 PLCE1-AS1 ARHGAP15 0.341 5.06E-07 PLCE1-AS1 HEPH 0.341 5.07E-07 PLCE1-AS1 PYGO1 0.341 4.95E-07 PLCE1-AS1 SFRP4 0.341 5.03E-07 PLCE1-AS1 GPR161 0.341 5.07E-07 PLCE1-AS1 SCARF2 0.342 4.54E-07 PLCE1-AS1 LTBP2 0.342 4.51E-07 PLCE1-AS1 KCNE4 0.342 4.59E-07 PLCE1-AS1 NRP2 0.342 4.64E-07 PLCE1-AS1 ITGA11 0.342 4.71E-07 PLCE1-AS1 XYLT1 0.342 4.61E-07 PLCE1-AS1 MARVELD1 0.343 4.3E-07 PLCE1-AS1