Kovaalga Fajok Filogenetikai És Morfológiai Diverzitása

Kovaalga Fajok Filogenetikai És Morfológiai Diverzitása

Duleba Mónika Kovaalga fajok filogenetikai és morfológiai diverzitása Doktori értekezés Témavezető: Dr. Ács Éva, DSc tudományos tanácsadó MTA Ökológiai Kutatóközpont, Duna-kutató Intézet Környezettudományi Doktori Környezetbiológia Doktori Iskola Program Iskolavezető: Dr. Jánosi Imre, DSc Programvezető: Dr. Ács Éva, DSc Készült: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Budapest 2017 1 Tartalom Rövidítések jegyzéke .................................................................................................................. 4 1. Bevezetés ................................................................................................................................ 6 2. Célkitűzések ........................................................................................................................... 8 3. Irodalmi áttekintés .................................................................................................................. 9 3.1. A molekuláris taxonómiai módszerek szerepe a kovaalgák taxonómiájában .............................. 9 3.2. A Thalassiosirales rend evolúciója ............................................................................................. 15 3.3. Fajfogalmak a kovaalga taxonómiában ...................................................................................... 22 3.4. A fajok DNS vonalkódja ............................................................................................................ 25 3.5. Molekuláris markerek a kovaalga taxonómiában és filogenetikában ......................................... 28 3.5.1. A riboszómális RNS ............................................................................................................ 28 3.5.2. A sig1 .................................................................................................................................. 34 3.5.3. Mitokondriális markerek ..................................................................................................... 34 3.5.4. Kloroplasztisz markerek ...................................................................................................... 34 3.6. A morfológiai és a genetikai variabilitás összekötése ................................................................ 38 4. Anyag és módszer ................................................................................................................ 41 4.1. Mintavétel ................................................................................................................................... 41 4.2. A környezeti változók mérése .................................................................................................... 42 4.3. Biomassza meghatározás és morfológiai vizsgálat .................................................................... 43 4.4. Morfológiai vizsgálat ................................................................................................................. 43 4.5. A Cyclotella ocellata/Cyclotella comensis komplex morfometriai vizsgálata ........................... 44 4.6. Molekuláris vizsgálatok ............................................................................................................. 45 4.6.1. DNS-kivonás ....................................................................................................................... 45 4.6.2. Primertervezés és polimeráz láncreakció ............................................................................ 47 4.6.3. A szekvenciák elemzése: filogenetika és genetikai távolság ............................................... 50 4.7. Statisztikai elemzések ................................................................................................................. 53 5. A Skeletonema potamos vizsgálata ...................................................................................... 55 5.1. Bevezetés .................................................................................................................................... 55 5.1.1. A Skeletonema nemzetség és a Skeletonema potamos ........................................................ 55 5.1.2. A Skeletonema potamos elterjedése és előfordulása a hazai vizekben ................................ 56 5.2. Eredmények ................................................................................................................................ 57 5.2.1. Morfológiai jellemzés .......................................................................................................... 57 5.2.2. A primerek specificitása ...................................................................................................... 58 5.2.3. Filogenetikai elemzés .......................................................................................................... 59 5.2.4. A Skeletonema potamos földrajzi elterjedése ...................................................................... 63 2 5.2.5. A Skeletonema potamos mennyiségének hosszú távú változása a Dunában a környezeti változók alakulásával összefüggésben .......................................................................................... 63 5.3. Diszkusszió ................................................................................................................................. 66 5.3.1. A Skeletonema potamos morfológiája ................................................................................. 66 5.3.2. A Skeletonema potamos filogenetikai helyzete ................................................................... 66 5.3.3. A Skeletonema potamos földrajzi elterjedése ...................................................................... 67 5.3.4. A Skeletonema potamos és a Duna környezeti változásai közti kapcsolat .......................... 67 6. A Cyclotella ocellataval és rokonsági körével kapcsolatos vizsgálatok .............................. 71 6.1. Bevezetés .................................................................................................................................... 71 6.1.1. A Cyclotella ocellata előfordulása és morfológiai variabilitása, a Cyclotella ocellata/Cyclotella comensis komplex .......................................................................................... 71 6.2. Eredmények ................................................................................................................................ 73 6.2.1. A morfológiai és morfometriai vizsgálat ............................................................................. 73 6.2.2. A morfológiai jellemvonások kapcsolata a környezeti változókkal .................................... 82 6.2.3. A Cyclotella ocellata komplexhez tartozó minták DNS-einek szekvencia meghatározása 83 6.2.4. Genetikai divergencia .......................................................................................................... 85 6.2.5. Filogenetika ......................................................................................................................... 88 6.2.6. A morfometriai és a filogenetikai adatok összevetése ......................................................... 89 6.3. Diszkusszió ................................................................................................................................. 90 6.3.1. A Cyclotella ocellata komplex morfológiai és morfometriai vizsgálata ............................. 90 6.3.2. A filogenetikai divergencia és a DNS vonalkódok használata ............................................ 93 6.3.3. A filogenetikai összefüggések a Cyclotella ocellata/Cyclotella comensis komplexben ..... 96 7. A Cyclotella ocellata filogenetikai vizsgálata – a Pantocsekiella nemzetség ..................... 98 7.1. Bevezetés .................................................................................................................................... 98 7.1.1. A Cyclotella nemzetség ....................................................................................................... 98 7.2. Eredmények .............................................................................................................................. 100 7.2.1. Morfológiai vizsgálat......................................................................................................... 100 7.2.2. A vizsgált fajok filogenetikai vizsgálata ........................................................................... 101 7.3. Diszkusszió ............................................................................................................................... 106 8. Összefoglalás ...................................................................................................................... 116 9. Summary ............................................................................................................................ 119 10. Köszönetnyilvánítás ......................................................................................................... 122 11. Irodalom ........................................................................................................................... 123 12. Függelék ................................................................................................................................ I 3 Rövidítések jegyzéke Ahol a rövidítés angol kifejezésből származik, ott ezt a kifejezést zárójelben adtuk meg. 18S rDNS – riboszóma kis alegység (18S) KOI – kémiai oxigénigény rRNS gén l – pervalváris tengely hossza 28S rDNS – riboszóma nagy alegység (28S) LSU – nagy alegység (large subunit) rRNS gén MEGA – Molecular Evolution

View Full Text

Details

  • File Type
    pdf
  • Upload Time
    -
  • Content Languages
    English
  • Upload User
    Anonymous/Not logged-in
  • File Pages
    164 Page
  • File Size
    -

Download

Channel Download Status
Express Download Enable

Copyright

We respect the copyrights and intellectual property rights of all users. All uploaded documents are either original works of the uploader or authorized works of the rightful owners.

  • Not to be reproduced or distributed without explicit permission.
  • Not used for commercial purposes outside of approved use cases.
  • Not used to infringe on the rights of the original creators.
  • If you believe any content infringes your copyright, please contact us immediately.

Support

For help with questions, suggestions, or problems, please contact us