(J?jpu6Ei.que de Côte cf'! 'Voire Union-Oiscipline-Trauaii 'Ministère de l''Ensei[JnementSupérieuret ae (a (J?ecfzercfie Scie11tifùiue IIVEIISITE NANGUIABROGOUA UFR des Sciences et Technologies des Aliments Année Universitaire 2014-2015 THESE UNIQUE Pour l'obtention du titre de Docteur de l'Université Nangui Abrogoua Spécialité : Microbiologie et sécurité alimentaire Numéro d'ordre Présentée par : KOSSONOU Y ao Kamelé THEME Caractérisation des champignons d'altération de trois fruits et légumes et évaluation de l'activité antifongique des extraits de dix plantes médicinales sur ces champignons Commission d'examen : - Monsieur BOHOUA Louis Guichard, Professeur Titulaire, UNA, Président - Monsieur TANO KaBlan, Professeur Titulaire, UNA, Co-Directeur Soutenu publiquement - Monsieur TRA Bi Fézan Honora, Maître de Conférences, UNA, Co-Directeur Le 16/01/2016 - Monsieur ZlRIHI Guédé Noël, Professeur Titulaire, UFHB, Rapporteur -Madame KOUSSEMON Marina, Pofesseur Titulaire, UNA, Rapporteur - Monsieur KOUAKOU Tanoh Hilaire, Maître de Conférences, UNA, Examinateur - Monsieur KONE Mamidou WitaBouna, Maître de Conférences, UNA, Examinateur DEDICACE Je dédie cette thèse à : - Mon père et ma mère ,- - Mon épouse et mes enfants ; -Mon défunt grand frère Koffi Michel. REMERCIEMENTS Il m'est particulièrement agréaBle d'exprimer ma très sincère gratitude à toutes les personnes qui ont contriBué à la réalisation de cette thèse. Je remercie d'aBord le Professeur TANO Yao, Président de l'Université Nangui ABrogoua et le Professeur COUL!BALY Lacina, Vice-Président de cette institution. Ensuite, je suis redevaBle à tous ceux qui, de près ou de loin, ont permis la réalisation de ce travail. Je tiens, tout particulièrement, à remercier: - le Professeur BOHOUA Louis Guichard, Professeur Titulaire, Doyen de l'UFR des Sciences et Technologies des Aliments, pour l'honneur qu'il m'a fait en acceptant de présider ce jury, malgré ses nomBreuses occupations universitaires et administratives, - les Professeurs TANO KaBlan et TRA Bi Fézan Honora, co-Directeurs de cette thèse, qui ont orienté et rendu possiBle ce travail par leurs conseils et suggestions. Pour toute l'attention et le soutien dontj'ai Bénéficié de leur part,je leur exprime toute ma satisfaction et ma gratitude; - les Professeurs Z1RTHT Guédé Noël et KOUSSEMON Marina, Professeurs Titulaires respectivement à l'UFHB et à l'UNA, pour avoir accepté d'être rapporteurs de ce travail et memBre de ce jury. Je vous suis très reconnaissant pour la forme donnée à ce travail, - les Professeurs KOUAKOU Tanoh Hilaire et KONE Mamidou WitaBouna, Maîtres de Conférences à l'UNA, pour l'intérêt qu'ils ont porté à examiner ce travail. Merci pour la pertinence de vos critiques. -le Professeur Diallo A. Hortense, pour avoir accepté qu'une partie de ces travaux soit réalisée sous son contrôle. Je n'ouBlie pas le Dr KRA qui m'a aidé durant cette phase. - tous les Enseignants de l'UFR STA qui m'ont dispensé les cours tout au long de cette formation ; que tous trouvent, dans ces mots, l'expression de ma reconnaissance et de mon attachement. Mes remerciements également à l'endroit de certains ainés qui m'ont aidé durant mon apprentissage. Il s'agit notamment du Dr YUE Bi Clément, du Dr YAO Nzué. Je remercie particulièrement mon épouse, Esther KOSSONOU et mes enfants ; mes soutiens, ma fièrté. Je voudrais remercier également, tous les camarades et amis qui ont apporté leur soutien et leur solidarité à cette ceuvre ; notamment : Guero Serge, Dr Loukou Tra, Dr Kouakou ii Clémentine, HoungBedji Clarisse ; à tous ces camarades, je voudrais dire ma reconnaissance pour tous leurs encouragements. Je voudrais aussi témoigner toute ma reconnaissance à tous les é~~diants encadrés par le Professeur TANO KaBlan, notamment ; TCHUMOU Messou, ADTNGRA Kouassi Martial, BROU Koffi Siméon, DlBY Diane. Je n'ouBlie pas mes amis EHOUMAN Evans, KOFFI Mesmin, MONYN Delphine qui n'ont cessé de m'assister quand j'en avais Besoin. -Je ne saurai ouBlier tous mes parents pour leur soutien moral, matériel et surtout financier ; -Toute ma reconnaissance envers Monsieur OHOU Bi, le Dr FOFŒ Jonas, le Dr KOUAME Dominique et le Dr ASSANTl Olivier pour leur contriBution à l'amélioration de ce document; -Je remercie spécialement Monsieur TANO Joseph, Directeur du caBinet Adjoint du Ministre de l'Economie et des finances, Monsieur N'GUETTlA Marcel et Monsieur AMON Koffi pour leur apport considéraBle. Je salue particulièrement la contriBution spirituelle de toute la fraternité Puissance Divine <l'Amour. Puisse Dieu accorder à tous et à toutes sa Bénédiction et sa protection. Ma reconnaissance exceptionnelle enfin à mon Dieu dont l'onction a permis de mener à Bien ce travail de recherche. iii TABLE DES MATIERES LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES xi LISTE DES TABLEAUX xiii LISTE DES FIGURES xvi RESUME xvii ABSTRACT xviii INTRODUCTION 1 PREMIERE PARTIE: REVUE DE LA LITTERATURE 5 1. Plantes médicinales 6 1.1. Définition 6 1.2. Etudes des plantes médicinales :·:·: 6 1.3. Intérêt de l'étude des plantes médicinales 6 1 .4. Etude ethnoBotanique en Côte d'ivoire 7 1.5. Etude phytochimique et pharmacologique en Côte d'ivoire ~ 2. Molécules naturelles à activités biologiques 8 2.1. Composés phénoliques ou polyphénols 8 2. 1 . 1 . Les tanins 9 2.1.1.1. Propriétés physico-chimiques ,. .. 9 2.1.1.2. Propriétés pharmacologiques 10 2.1.2. Flavonoïdes 1 1 2.1.2.1. Propriétés physico-chimiques 11 2.1.2.2. Propriétés pharmacologiques 12 2.l.3.Coun,arines 12 2.1.3.1. Propriétés physico-chimiques 12 2.1.3.2. Propriétés pharmacologiques 13 2.1.4. Quinones et dérivés 13 2.1.4.1. Propriétés physico-chimiques 13 2.1.4.2. Propriétés pharmacologiques 14 2.2. Terpènes et stéroïdes l 4 2.2.1. Stérols et polyterpènes 14 2.2.1.1. Propriétés physico-chimiques 15 2.2.1.2. Propriétés pharmacologiques···················································:::································ 15 2.2.2. Saponosides ou Saponines 16 iv 2.2.2.1. Propriétés physico-chimiques 17 2.2.2.2. Propriétés pharmacologiques 17 2.3. Alcaloïdes 18 2.3.1. Propriétés physico-chimiques 18 2.3.2. Propriétés pharmacologiques 18 3. Généralités sur les plantes sélectionnées 19 3.1. Bridelia atroviridis Müll. Arg (EuphorBiaceae) 19 3.1.1. Description Botanique :.:.:································ 19 3.1.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 20 3.2. Erythrina senegalensis A. DC. (FaBaceae) 20 3.2.1. Description Botanique 21 3 .2.2. Usages traditionnels, phytoch im ie et activités Biologiques 21 3.3. Nephrolepis biserrata (Sw.) Schott (Davalliaceae / Nephrolepidaceae) 22 3.3.1. Description Botanique 22 3.3.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 23 3.4. Phymatodes scolopendria (Burm.) Ching (Polypodiaceae) 24 3.4.1. Description Botanique 24 3.4.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 26 3.5. Microgramma owariensis (Desv.) Alston (Polypodiaceae) ···········:,································· 26 3.5.1. Description Botanique 26 3.5.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 27 3.6. Trichilia heudelotii (Oliver) Planch (Meliaceae) 27 3.6.1. Description Botanique 27 3.6.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 28 3.7. Nesogordonia papaverifera (A. Chev.) R. Capuron (Sterculiaceae) 28 3.7.1. Description Botanique 29 3. 7 .2. Usages traditionnels, phytochim ie et activités Biologiques 29 3.8. Ce/tis mildbraedii Engl. (Ulmaceae) 30 3.8.1. Description Botanique 30 3.8.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques ,, 31 3.9. Cola gigantea A. Chev. (Sterculiaceae) 31 3.9.1. Description Botanique 31 3.9.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 32 3.1 O. Triplochiton scleroxylon K. Schum (Sterculiaceae) : 33 V 3.10.1. Description Botanique 33 3.10.2. Usages traditionnels, phytochimie et activités Biologiques 34 4. Fruits étudiés 34 4.1. Piment. 34 4.1.1. Description générale 34 ····· 4.1.2. Valeur nutritionnelle du piment... 35 4.1.3. Importance économique du piment 37 4.1 .4. Maladies et infections du piment.. 37 4.2. Tomate 38 4.2.1. Description générale 38 4.2.2. Valeur nutritionnelle de la tomate 39 4.2.3. Importance économique de la tomate 42 4.2.4. Maladies de la tomate 42 4.3. Papaye 44 4.3.1. Description générale 44 4.3.2. Le fruit :., 45 4.3.3. Valeur nutritionnelle de la papaye 45 4.3.4. Importance économique de la p~paye 47 4.3.5. Maladies de la papaye 47 4.4. Lutte contre les maladies des fruits 49 4.4.1. Les pesticides synthétiques chimiques 49 4.4.2. Les pesticides naturels 49 4.4.3. La lutte Biologique 49 5. Champignons étudiés 50 5.1. Classification et caractères des principaux groupes de champignons 51 5.2. Identification morphologique des champignons 51 5.2.1. Critères d'identification macroscopique des champignons ,: 52 5.2.2. Critères d'identification microscopique des champignons 52 5.3. Structures protectrices 53 5.4. Biologie moléculaire 53 5.4.1. Méthodes et fonctionnement 54 5.4.2. Limites de la PCR-RFLP 54 DEUXIEME PARTIE: MATERIEL ET METHODES 56 1. Matériel 57 vi 1.1. Matériel pour la récolte et la mise en poudre des organes végétaux 57 1 .1.1. Matériel végétal 57 1.1.2. Matériel pour la récolte et la mise en poudre 57 1.2. Matériel pour l'isolement et l'identification des champignons pathogènes 57 1 .2.1. Matériel végétal 57 1.2.2. Matériel pour l'échantillonnage des fruits 57 1.2.3. Matériel pour l'isolement des champignons 57 1.2.4. Matériel pour l'identification moléculaire 57 1.2.4.1. Matériel pour l'extraction des ADN fongiques 57 1.2.4.2. Matériel de vérification de la purété des extraits d'ADN 58 1.2.4.3. Matériel pour la PCR des Brins d'ADN 58 1.2.4.4. Matériel pour la DGGE des produits de la PCR 58 1.2.4.5.