CARACTÉRISATION ET DÉTECTION PAR DES MÉTHODES GÉNOTYPIQUES DES AGENTS BACTÉRIENS AÉROPORTÉS ASSOCIÉS AU BIOTERRORISME Thèse SANDRA ISABEL Doctorat en microbiologie-immunologie Philosophiae doctor (Ph.D.) Québec, Canada © Sandra Isabel, 2013 ii Résumé ette thèse de doctorat présente quatre études portant sur la détection des C agents bactériens aéroportés associés au bioterrorisme. Tout d‘abord, un rappel historique des guerres biologiques et du bioterrorisme permettra de mieux comprendre cette menace. Pour cibler la problématique actuelle, les agents biologiques, les procédures d‘intervention des organisations de sécurité et de santé publique ainsi que les méthodes de détection seront ensuite introduites. La capacité de détection rapide des agents biologiques est une des lacunes importantes des procédures d‘intervention. La détection et l‘identification de ces agents biologiques nécessitent plusieurs étapes critiques interreliées. Elles consistent en l‘échantillonnage, la préparation des analytes contenues dans des matrices complexes et finalement l‘identification du micro-organisme en décodant des macromolécules signatures, et ce, notamment par des méthodes génotypiques. Certaines particules peuvent potentiellement être employées pour la préparation d‘armes biologiques aéroportées. De plus, des poudres inoffensives (p. ex., farine) peuvent être utilisées pour terroriser certains individus, des organisations ou la population. Ces composés peuvent toutefois interférer avec les méthodes de détection moléculaire. C‘est pourquoi la première étude traite de l‘interférence sur la détection par la PCR de 23 échantillons poudreux ou environnementaux autres. Cet article présente une méthode séparant des spores de Bacillus de matrices poudreuses afin d‘enlever ces particules nuisibles à la détection. La procédure conceptualisée est simple d‘exécution (10 étapes), rapide (≤ 10 minutes), peu coûteuse (~ 10 $) et permet de traiter une plus grande variété d‘échantillons par rapport à l‘art antérieur. En second lieu, une lyse de spores bactériennes basée sur la sonication rapide (45 secondes) a permis d‘extraire iii l‘ADN génomique avec des rendements comparables à une autre méthode de lyse commercialisée performante nécessitant cinq minutes. Le Module fluidique de lyse ultrasonique a été confectionné pour être décontaminé et transféré d‘une zone contaminée à une zone sécurisée, ce qui est un avantage important dans le contexte du bioterrorisme. Le troisième projet concerne le développement d‘un essai de détection basé sur l‘amplification PCR de type large spectre du gène tuf et l‘identification sur biopuce de séquences d‘ADN signatures grâce à une hybridation en microfluidique. Cet essai a permis de détecter rapidement (75 minutes) 12 des 13 agents bactériens aéroportés associés au bioterrorisme listés par les CDC. Finalement, les analyses de séquences du gène cible, tuf, chez le genre Yersinia, ont montré un haut niveau de divergence entre les gènes dupliqués intragénomiques, tufA et tufB (8,3 à 16,2 %). Ce résultat inattendu pourrait montrer les circonstances particulières permettant à des gènes dupliqués d‘acquérir de nouvelles fonctions. De plus, cette étude a permis de faire une analyse phylogénétique de 14 des 17 espèces décrites du genre Yersinia et d‘apporter des informations sur leur classification taxonomique. Prochainement, il serait intéressant de juxtaposer les différentes étapes de détection des agents biologiques présentées ici dans un système intégré d‘analyse totale. Par conséquent, l‘automatisation pourrait faciliter leur utilisation sur le terrain pour détecter et identifier rapidement (~1 h) des agents biologiques associés au bioterrorisme permettant de prendre en charge les victimes plus efficacement et de contribuer à enrayer la propagation. iv Abstract his doctoral thesis presents four studies regarding the detection of airborne T bacterial biothreat agents. First of all, a historical review of biological warfare and bioterrorism will allow for better understanding of this threat. To focus on the current problematic, biological agents, intervention procedures of public security and health organisations, as well as detection methods will then be introduced. The lack of systems for the reliable and rapid detection of biological agents is an important limitation of intervention procedures. Many interrelated steps are required to detect and identify biological agents. They consist of sampling, sample matrix processing, and finally, microbial identification by decoding macromolecule signatures, notably using genotyping methods. Some particles potentially employed to produce airborne biological weapons could interfere with molecular detection methods. Moreover, inoffensive powders (e.g. flour) can be used as hoaxes to terrorise individuals, organisations, or the population. Therefore, the first article studied the interference on PCR detection of 23 powdery or other environmental samples. This study presents a method to separate Bacillus spores from powdery matrices to alleviate the impact of these interfering compounds. The developed procedure is fast (≤10 minutes), inexpensive (~ 10$), allows easy handling (10 steps) and treatment of a wider sample variety compared to prior art. Secondly, a bacterial spore lysis based on rapid sonication (45 seconds) allowed extraction of genomic DNA in yields comparable to a robust commercialised lysis procedure requiring 5 minutes. The Fluidic Ultrasonic Lysis Module can be decontaminated and transferred from a contaminated to a secured area, which is advantageous in the context of bioterrorism. The third project shows the development of a detection assay based on a bacterial broad-spectrum PCR v amplification of the target gene tuf and the identification of signature DNA sequences using a microfluidic microarray system. This assay allowed the rapid (75 minutes) detection of 12 of the 13 airborne bacterial biothreat agents listed by the CDC. Finally, analyses of tuf gene sequences from the Yersinia genus showed a high level of divergence between intra-genomic tufA and tufB sequences (8.3 to 16.2 %). This unexpected result could reveal particular circumstances allowing duplicated genes to acquire new functions. Moreover, this study allowed a phylogenetic analysis of 14 of the 17 described Yersinia species and added information about their taxonomical classification. In the near future, it would be interesting to combine the different biothreat detection steps presented here into a total analysis system. Hence, automation could facilitate its utilisation in the field to detect and identify (~1 h) biothreat agents resulting in more efficient medical management of victims and contribute to stop propagation. vi Avant-propos Il s‘agit d‘une thèse en version électronique. De ce fait, vous pourrez accéder à certaines informations par des hyperliens qui vous redirigeront vers les sites Internet concernés ou bien vers de l‘information contenue ailleurs dans le document. Chaque type de lien a son propre code de couleur. Voici la liste des types de lien que vous rencontrerez dans cette thèse : Références bibliographiques : (Référence 2012). o Ce lien vous redirigera vers la bibliographie à la fin de la thèse. À cet endroit, pour les références électroniques, vous retrouverez un hyperlien vers le site de publication de celles-ci ou du site Internet concerné. Pour les documents non disponibles électroniquement, le numéro de référence ISBN sera accessible. Tableaux et figures inclus dans le document : (Tableau) et (Figure). o Ce lien vous redirigera vers le tableau ou la figure dont il est question dans le texte. Tableaux et figures d‘articles déjà publiés : En ligne : (Tableau) et (Figure). o Certains tableaux ou certaines figures ont déjà été publiés en haute définition. Ceux-ci sont disponibles sur le site Internet de publication. Ce lien vous redirigera à cet endroit. Redirection vers un site Internet : www.redirection.com o Certains liens externes seront inclus dans le texte lorsque pertinents. vii Information sur les publications Les informations sur les publications et la contribution de l‘étudiante à ces publications seront décrites au début de chacun des chapitres correspondants. Chapitre 3 Rapid Filtration Separation-Based Sample Preparation Method for Bacillus Spores in Powdery and Environmental Matrices Chapitre 4 Modular Ultrasonic Lysis System for Rapid Nucleic Acid Extraction and Sample Transfer of Bacillus spores Chapitre 5 Rapid Microarray Microfluidic Screening of Twelve Airborne Bacterial Biothreat Agents Chapitre 6 Divergence among Genes Encoding the Elongation Factor Tu of Yersinia Species Les tableaux et les figures d‘articles déjà publiés ont été renumérotés afin d‘en faciliter le suivi tout au long de cette thèse. Cependant, le numéro original est indiqué en italique et entre crochets. Par exemple, Tableau 6 [Table 1] signifie qu‘il s‘agit du sixième tableau inclus dans la thèse et du premier tableau présenté dans la publication originale. viii Remerciements e voudrais tout d‘abord remercier le Dr Michel G. Bergeron pour l‘opportunité J qu‘il m‘a offerte ainsi que la motivation qui l‘anime et qu‘il a su me transmettre. Je tiens également à remercier mon codirecteur de thèse, le Dr Maurice Boissinot, pour son sens critique ayant grandement amélioré ma formation scientifique. Je voudrais également exprimer ma gratitude aux Drs Éric Leblanc, Régis Peytavi, François Picard, Gale Stewart, Luc Bissonnette, Ann Huletsky et Sachiko Sato pour leur encadrement dans mes projets