Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali Corso di Laurea Magistrale in Conservazione ed Evoluzione Tesi di Laurea Magistrale Multi-marker molecular characterization of ciliates and their endosymbionts Candidato Vittorio Boscaro Relatore Dott. Giulio Petroni Correlatori Prof. Alberto Castelli Prof. Sergei Fokin Anno Accademico 2010/2011 "!#$%&'()*+&$(%#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!, "!"!#+$-$.&/0#.%)#&1/$'#/%)(0234$(%&0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!5 !"!"!"#$%&'#(%)*$#%+#$,&-.%$.$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""/ !"!"0"#1'+')23#4'256)'$#2+*#$,$5'&25.7$#%4#7.3.25'$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""8 !"!"9"#'7%3%1,#%4#7.3.25'$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""": !"!"/"#-275').23#'+*%$,&-.%+5$#%4#7.3.25'$#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""; "!6!#3(-/+*-.'#3.'7/'0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"6 !"0"!"#5<'#&635.=&2)>')#7<2)275').?25.%+#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!0 !"0"0"#+673'2)#))+2#1'+'#$'@6'+7'$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!8 !"0"9"#7%A!#1'+'#$'@6'+7'#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!B !"0"/"#&.5%7<%+*).23#3$6#))+2#1'+'#$'@6'+7'#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!; "!,!#(8/'8$/9#(:#&1/#9('7#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"; 6!#3/&1()0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!66 6!"!#<'.+&$+.-#+$-$.&(-(=2#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!66 0"!"!"#$2&C3.+1#2+*#$2&C3'#$7)''+.+1#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""00 0"!"0"#76356).+1#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""09 0"!"9"#<2+*3.+1#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""0/ 6!6!#3(-/+*-.'#+1.'.+&/'$>.&$(%#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!6? 0"0"!"#*+2#'A5)275.%+#2+*#$5%)21'#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""08 0"0"0"#C7)D#'3'75)%C<%)'$.$#2+*#C).&')$#*'$.1+#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""0E 0"0"9"#73%+.+1#2+*#)43C#$7)''+.+1#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""0; 0"0"/"#$'@6'+7.+1#2+*#C)'3.&.+2),#$'@6'+7'$#2+23,$.$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""9! 6!,!#:$01#/@</'$3/%&0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!,6 6!5!#<12-(=/%/&$+#.%.-20/0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!,, 0"/"!"#%+#5<'#(2,#5%#5<'#5)''#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""99 0"/"0"#7<%%$.+1#$'@6'+7'$#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""9/ 0"/"9"#23.1+&'+5#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""9E 0"/"/"#'F%365.%+2),#&%*'3$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""9: 0"/"8"#&'5<%*$#'&C3%,'*#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""/G 0"/"E"#<,C%5<'$'$#5'$5.+1H#5<'#*252#&25).A#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""/8 0"/"B"#$525.$5.723#$6CC%)5#5%#5)''#5%C%3%1,#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""/B 0"/":"#*)2(.+1#5<'#5)''#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""/; ,!#<.'.3/+$*3#A/%%$%=0$#.%)#=('&>$.#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!?B ,!"!#4.+7='(*%)#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!?B ,!6!#&1/#020&/3#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!?? ,!,!#'/0*-&0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!?C 9"9"!"#&%3'7632)#7<2)275').?25.%+#%4#5<'#<%$5$#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""8E 9"9"0"#&%3'7632)#7<2)275').?25.%+#%4#5<'#<3-#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""8: 9"9"9"#4.$<#'AC').&'+5$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""8; 9"9"/"#C<,3%1'+'5.7#2+23,$.$#%4#5<'#-275').23#$'@6'+7'$#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""E! ,!5!#)$0+*00$(%#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!C5 5!#+(%)2-(0&(3.#.%)#$&0#/%)(0234$(%&#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!C; 5!"!#4.+7='(*%)#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!C; 5!6!#&1/#020&/3#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!D6 5!,!#'/0*-&0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!D, /"9"!"#&%3'7632)#7<2)275').?25.%+#%4#7%+*,3%$5%&2#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""B9 /"9"0"#C<,3%1'+'5.7#2+23,$.$#%4#732$$#<'5')%5).7<'2#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""BE /"9"9"#&%3'7632)#7<2)275').?25.%+#%4#5<'#7%30#$,&-.%+5#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""B: /"9"/"#4.$<#'AC').&'+5$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""B; /"9"8"#C<,3%1'+'5.7#2+23,$.$#%4#5<'#-275').23#$'@6'+7'#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""":G 5!5!#)$0+*00$(%#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!E, ! ?!#3(-/+*-.'#0*'8/2#(:#<.'.3/+$*3#)*4(0+F*$#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!E; ?!"!#4.+7='(*%)#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!E; ?!6!#&1/#020&/3#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!;" ?!,!#'/0*-&0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!;, 8"9"!"#$'@6'+7'$#%-52.+'*#4)%&#C" #*6-%$7@6.#$5)2.+$#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""";9 8"9"0"#7%&C2)25.F'#2+23,$'$#%+#5<'#C" #*6-%$7@6.#$'@6'+7'$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""";/ 8"9"9"#&5#3$6#))+2#1'+'#$'@6'+7'$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""";B ?!5!#)$0+*00$(%#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"BB C!#+(%+-*0$(%0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"BE .+7%(9-/)=/3/%&0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!""" .<</%)$@#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"", .!$!#<'(&(+(-0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"", 2"."!"#C)%5%7%3H#C7)#"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!!9 2"."0"#C)%5%7%3H#73%+.+1#2+*#)43C#2+23,$.$#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!!/ 2"."9"#C)%5%7%3H#4.$<#""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""!!8 .!$$!#<'$3/'0#.%)#<'(4/0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!""D .!$$$!#0/F*/%+/0#:'(3#&'//0#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!""; -$&/'.&*'/#+$&/)#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"6, 0 1. Introduction This Master Thesis is the product of a yearlong period of work in the