Abstract TESIS DOCTORAL Characterisation of the response of Sphingopyxis granuli strain TFA to anaerobiosis YOLANDA ELISABET GONZÁLEZ FLORES 17 TESIS DOCTORAL Characterisation of the response of Sphingopyxis granuli strain TFA to anaerobiosis Memoria presentada por Yolanda Elisabet González Flores para optar al grado de Doctora en Biotecnología, Ingeniería y Tecnología Química Sevilla, noviembre de 2019 El director de la tesis La directora de la tesis Dr. Eduardo Santero Santurino Dr. Francisca Reyes Ramírez Catedrático Profesora contratado doctor Dpto. Biología Molecular e Ingeniería Bioquímica Dpto. Biología Molecular e Ingeniería Bioquímica Universidad Pablo de Olavide Universidad Pablo de Olavide Departamento de Biología Molecular e Ingeniería Bioquímica Programa de Doctorado en Biotecnología, Ingeniería y Tecnología Química (RD: 99/2011) FUNDING AND GRANTS First, I want to thank the institutions that have made possible this PhD project held in Centro Andaluz del Biología del Desarrollo (CABD-CSIC-UPO), in the Departamento de Biología Molecular e Ingeniería Bioquímica at Pablo de Olavide University. This PhD project has been funded by the "Ayuda para Investigación Tutorizada" grant (Reference PPI1402) awarded by Pablo de Olavide University and the FPU grant (Reference FPU16/04203) awarded by the Spanish Government (Ministerio de Educación, Cultura y Deporte). During my PhD, I worked for three months in the Department of Infectious Diseases and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, Utrecht University (The Netherlands), funded by the EMBO short-term fellowship awarded by EMBO organisation. Finally, this PhD project was also funded by a project awarded by the Spanish Government (Ministerio de Economía y Competitividad) in 2014 (Reference BIO2014-57545-R, "Modelos de regulación global y específica en bacterias degradadoras de contaminantes ambientales"), whose PI was Dr. Eduardo Santero Santurino. AKNOWLEDGMENTS/AGRADECIMIENTOS First of all, I want to apologise, as most of my aknowledments are going to be in Spanish because, as it is my mother language, I think this way I can express better what I have felt and I still feel about this 5-years adventure. Como creo que toda buena historia debe contarse desde el principio, me gustaría empezar por agradecer a las personas y eventos de mi vida que me hicieron decidirme por este camino y no otro durante la carrera, un periodo de mi vida donde estaba siendo bombardeada con tantas cosas que me parecían súper interesantes, que no hubiera sabido donde iba a terminar. Pero en segundo de carrera empecé a ver la luz, cuando comencé a enamorarme de la Microbiología en las clases sobre genética bacteriana de Paqui. ¿Quién me iba a decir que luego iba a ser mi directora de tesis? ¡Qué cosas tiene la vida! Sin embargo, aunque esta fue la semillita de mi decisión, no fue lo único que me motivó a seguir este camino. En tercero de carrera, hubo dos grandes acontecimientos que me harían decantarme definitivamente por este campo. El primero fue participar con compañeros y profesores de esta universidad en el Concurso Internacional de Biología Sintética Igem, que me hizo experimentar por primera vez como era realmente trabajar en un proyecto de investigación en microbiología. Quiero agradecer a los profesores Fernan, Victor, Rafa, Antonio y Luis por confiar en mí para este proyecto y a todos mis compañeros del Igem, por poder compartir con ellos esta experiencia tan enriquecedora. El segundo evento que confirmó mi decisión fueron los 2 meses que pude trabajar en el laboratorio de la doctora Matxalen Llosa Blas en la Universidad de Cantabria, gracias a la beca JAE intro. A Matxalen no solo tengo que agradecerle a nivel profesional, sino también a nivel personal, el trato que recibí allí, donde me hizo sentir muy acogida e integrada. Guardo preciosos recuerdos de ella y de las chicas del laboratorio, Anabel, Coral y Delfina. Así que quiero empezar agradeciendo a todas estas personas que, puede que sin saberlo, me hicieron tomar la decisión de realizar mi tesis doctoral en este precioso campo que es la Microbiología. Pero no basta esta determinación para empezar una tesis. Esto no podría haber sido posible sin la confianza que depositaron en mi mis directores de tesis, Eduardo y Paqui, aquel día hace ya parece que tantos años en los que les pedí que me aceptaran como alumna interna porque quería hacer la tesis en su laboratorio. Gracias a su confianza, estoy aquí escribiendo esto. Les quiero agradecer además haberme apoyado y guiado durante estos 5 años, por su dedicación y esfuerzo, a pesar de tener muchísimo más trabajo que hacer. Hasta el final han estado dándolo todo con las correcciones, para que mi tesis pudiera estar lista a tiempo, Paqui incluso teniéndose que preparar su oposición. Muchísimas gracias a los dos de corazón. Durante estos años de master y tesis he conocido a mucha gente maravillosa en el laboratorio y en el CABD en general. Quisiera agradecer a todos los "grandes", Eva, Inés, Amando, Carlos, Fernan, Aroa, Belén, Laura Tomás, Guada y Nuria, y también a los "pequeños", Rubén, Rocío, Eli, Magali, Inma, Elena, Laura Terrón y Tony. Voy a echar mucho de menos nuestras conversaciones en los sofás después de comer, descubriendo los horóscopos de todas las culturas habidas y por haber, contándonos los cotilleos del centro o organizando las futuras clases de Yoga en el CABD. También echaré de menos nuestras cervezas en el Santa Clara celebrando papers, becas y demás; gracias por acordaros siempre de pedir al menos una carbonara para mí. Con Eva he compartido la afición por la danza, además de por la ciencia; con Carlos y Laura, por otro lado, he compartido muchos gustos frikis (con Carlos incluso un diseño de camiseta). Con Amando recuerdo alguna conversación filosófica sobre la felicidad después de una comida de Navidad y lo feliz que se puso cuando descubrió que me gustaba la cerveza. Fernan por tu apoyo durante toda la tesis, diciéndome que siempre te encantaban mis charlas, no sabes lo que me animaba eso. De Belén, recuerdo con cariño aquellas tardes-noche de curvas de crecimiento interminables en las que solo quedábamos nosotras dos en el laboratorio y antes de irse me preguntaba con cara de preocupación si me quedaba mucho. Y qué decir de Guada, sin ella nuestro laboratorio no podría funcionar. Muchas gracias por estar siempre dispuesta a ayudarnos, a explicarnos todo con paciencia infinita, a encargarte de tantísimas cosas. Creo que no exagero al decir que gran parte de lo que sé hacer en el laboratorio lo aprendí de ella. En cuanto a los "pequeños", en primer lugar agradecer a mi compañero de laboratorio durante todos estos años, Rubén. Lo que nos hemos reído jugando con el hielo seco, o bromeando. Responsable, sin duda, de la mejor banda sonora que haya tenido un laboratorio. Y muchísimas gracias por ayudarme con esas cuantitativas y con los temas bioinformáticos. A Rocío la he echado mucho de menos estos meses, sobretodo cuando se acercan los carnavales. Muchas gracias por todo lo que me has enseñado, no solo de cuantitativas (que también), sino de chirigotas. Disfrutaba muchísimo con nuestras conversaciones carnavaleras ("Se fue Manuel..."). A Inma también la estoy echando mucho de menos, sus conversaciones, sus ataques de risa, Villarriba y Villabajo... Muchas gracias a Magaly por alegrarnos las post-Navidades con esos riquísimos dulces y chocolates que nos traía de su tierra. A Elena también agradecerle todas sus enseñanzas y consejos, además de muchas conversaciones divertidas. De todos vosotros me llevo muchos recuerdos preciosos. También una mención especial a todos los alumnos internos que han pasado por nuestros laboratorios y que recuerdo con mucho cariño, Marina, Jorge, Cristian, Isa, Manu... y muchísimos más, que me marcaron de alguna manera. Fuera de Micro, quería agradecer a los genéticos y gusaneros, con los que también he compartido muy buenos momentos y almuerzos muy divertidos. A mi amiga Marina de Biología celular, que me ha apoyado durante toda la tesis y me ayudó muchísimo con los temas de papeleo de la beca de estancia... ¡Qué habría hecho sin ella! I also want to thank all the people of the Campy lab, that I met during my three months visit in Utrecht. Thanks to Jos van Putten for accepting me in his lab. Thanks to Marc Wösten for guiding my through my experiments there, always attentive, following all my advances and helping me with a wide smile. He and the rest of the lab members made me feel home, including me in all the activities, even the the birthday parties and the Lab Outje. They even made me an goodbye party and a present! Special thanks to Linda, for helping me with the stainings and optical microscopy, being almost more excited than me to see the results. And thanks to Melanie for helping me get those great EM pictures that I'm using for my PhD. I also miss all the other lab members: Nancy, Karin, Alexia, Ana, Danique, Caren, Yvette, Jiannan, Xuefeng, Guus, Xinyue, Carlos, Yaro, Roel, Edwin, Marcel and Yanyi. You are all fantastic!! Y por último, quería agradecer a los que habeís sido mi mayor apoyo durante estos años de tesis, mi familia. Gracias a mis padres, Yolanda y Sergio, y mi tía Eva, por estar siempre ahí, por animarme cuando lo pasaba mal, aguantar mis estreses y mis agobios. A mi novio, Dani, que creo que eres el que más ha tenido que aguantarme durante todos estos años, cuando me daban bajadas de ánimo. ¡Incluso te viniste conmigo a Holanda durante los tres meses de estancia para ayudarme en todo lo que pudieras!. Has demostrado ser, incluso literalmente, mi mejor compañero de viaje. Sé que sin todos vosotros no podría haber llegado hasta aquí. No sé cuantas veces me habréis escuchado decir "Voy a dejar el doctorado", aunque sabíais que lo decía con la misma convicción del "Voy a dejar la carrera".