9/2018 be INSPIRED drive DISCOVERY stay GENUINE How low can you go? Mit dem NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library NEBNext Single Cell/Low Input Prep Kit detektieren Sie mehr seltene Transkripte RNA Library Prep Kit 1: NEBNext® Kit 2: SMART-Seq® v4/Nextera® XT 1–5 TPM 5–10 TPM 10–50 TPM >50 TPM 3500 4500 7000 Mit diesem neuen Kit generieren Sie hochqualitative 3000 4000 3000 „full-length transcript sequencing libraries“ aus 6000 einzelnen Zellen (oder 2 pg – 200 ng total RNA). 3500 2500 2500 www.laborjournal.de 5000 3000 • Sie detektieren deutlich mehr Transkripte inkl. 2000 2000 „low abundance transcripts“ 2500 4000 1500 2000 • Sie erhalten eine uniforme Coverage mit 3000 1500 Number of Transcripts 1500 1000 „full-length“ Transkripten, unabhängig von Menge, 2000 1000 Quelle oder GC-Gehalt der eingesetzten RNA 1000 500 1000 500 • Sie sparen Zeit und Ausgangsmaterial durch ein 500 0 0 0 0 „single-tube“ Protokoll von Zelllyse bis zur cDNA 1 2 1 2 1 2 1 2 sowie der „one-step“ Reaktion aus kombinierter enzymatischer DNA Fragmentierung, end-repair Sequencing libraries von Jurkat Einzelzellen (6 Replikate) wurden mit dem NEBNext Single Cell/ Low Input RNA Library Prep Kit, bzw. dem SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for und d(A)-tailing Sequencing in Kombination mit dem Nextera® XT DNA Library Prep Kit angefertigt und auf einem Illumina® NextSeq® 500 sequenziert. Jeder Punkt der Abbildung repräsentiert die Anzahl an Transkripten im entsprechenden Transcripts Per Kilobase Million (TPM) Bereich; jede Box gibt den Median, sowie das 1. und 3. Quartil pro Replikat und Methode wieder. Zum Read Mapping und Quantifizierung aller GENCODE v25 Transkripte wurde Salmon 0.6 verwendet. Bestellen Sie Ihr Testmuster noch heute unter: Mit den NEBNext Libraries wurden deutlich mehr „low abundance transcripts“ identifiziert. www.neb-online.de/SingleCell One or more of these products are covered by patents, trademarks and/or copyrights owned or controlled by New England Biolabs, Inc. For more information, please email us at [email protected]. The use of these products may require you to obtain additional third party intellectual property rights for certain applications. ILLUMINA®, NEXT-SEQ® and NEXTERA® are registered trademarks of Illumina, Inc. SMART-SEQ® and ULTRA® are registered trademarks of Takara Bio, Inc © Copyright 2018, New England Biolabs, Inc.; all rights reserved. LJ_918_OC_OC.indd 2 03.09.18 16:13 Anz_GloMax_Laborjournal_20180418.qxp_Layout 1 18.04.18 13:54 Seite 1 Zu schön, um sie Alles aus einer Hand! auszuziehen Promega – Ihr Partner für zellbasierte Assays und Detektionsgeräte Nitrilhandschuhe von Carl Roth Reporter und zellbasierte Assays Detektion Analyse und Support Seit 40 Jahren ist Promega einer der führenden Hersteller von Reportergen-, biochemischen und zellbasierten Assays. Die GloMax® Systeme ermöglichen passend dazu die Detektion von Lumineszenz, Fluoreszenz, UV-VIS Ab sorption, BRET, FRET und gefilterter Lumineszenz mit sehr hoher Empfindlichkeit und einem großen dynamischen Bereich im 6 – 384 Well-Format. Alle Geräte verfügen über einen Tablet-PC mit vor programmierten Assay-Protokollen und einer Datenanalyse-Software. Die einfache Integration in den Arbeitsablauf machen die GloMax®-Systeme zu einem zuver- lässigen Partner für Ihre Forschung. Ein Detektionsgerät für zahlreiche Anwendungen: • Reportergenassays • Assays zum Nachweis von oxidativem Stress • Zellviabilitäts-, Zytotoxizitäts- und und Zellmetabolismus Apoptose-Assays • Kinetikmessungen • Protein:Protein Interaktion • Multiplexing • ELISA www.laborjournal.de Unser Trend-Tipp fürs Labor! 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Länder mit Frauenwahlrecht: 1893: 1 ten auf dem Festland, Terror in Afghanis- stehen. Vielleicht gibt es deswegen so vie- Land – heute 193 Länder. tan, Nazis spielen mit dem Deutschen Staat le Wutbürger. 9. Länder mit Todesstrafe: 1863: 193 Län- Katz und Maus, Kinderarmut, Wohnungsnot, Da muss man doch was machen. Wir der – heute weniger als 90 Länder. EuGH-Urteil zum Genome Editing,... Man fin- können doch unsere Leser nicht einfach in 10. Feinstaub. Kilogramm SO2-Partikel, det gar kein Ende beim Auflisten der Schre- Hoffnungslosigkeit verharren lassen. Da muss emmitiert pro Person: 1970: 38 kg – 2010: cken unserer Welt. doch mal ein Gegengewicht her. 14 kg. „Gibt´s eigentlich auch mal gute Nach- Wer nach statistisch sicheren Daten über 11. Um 1800 gab es noch in so gut wie richten?“, fragte Praktikant P. den Zustand unserer Welt sucht, stößt auf allen 194 Ländern Zwangsarbeit. Heute nur Schweigen. Hans Rosling, ein 2017 gestorbener, schwe- noch in dreien. discher Mediziner und Statistiker. 12. Getreideertrag je Hektar. 1961: 1,4 t Ihm war es wichtig, den Menschen – 2014: 4 t. zu zeigen, dass eben nicht alles 13. Anteil eingeschulter Mädchen im Endlich eine Statistik, die das schlechter, sondern eben sehr Grundschulalter. 1970: 65 Prozent – heute Gefühl voll mit einbezieht. vieles auch besser geworden ist. über 90 Prozent. Das hören wir gerne und bal- samieren jetzt unsere geschunde- Unsere Welt war früher nicht besser. Nur ne Seele gerne mal mit guten Fak- intransparenter. Millionen Hungertote in Chi- ten: na oder den Völkermord an den amerikani- schen Indianern haben die Menschen in Eu- 1. Der Anteil der Kinder, die ropa gar nicht mitbekommen. Und schon da- vor dem fünften Lebensjahr ster- mals wurden unzählige Arten ausgerottet und ben, ist weltweit von 44 Prozent ganze Ökosysteme vernichtet. im Jahr 1800 auf heute 4 Prozent Das alles macht die Situation unseres Pla- gesunken und sinkt weiter. neten nicht weniger bedrohlich, allerdings 2. Die Alphabetisierungsrate ist Hoffnungslosigkeit ein schlechter Part- stieg im gleichen Zeitraum von 10 ner im Kampf um unser zu klein geworde- Wo sollen die herkommen? Wonach sol- auf 86 Prozent. nes Raumschiff. len wir da suchen? Das ist schwer zu recher- 3. Vor nur zwanzig Jahren lebten fast 30 Hans Roslings Stiftung „Gapminder“ hat chieren! Prozent der Weltbevölkerung in extremer Ar- Trendalyzer entwickelt – eine Software, die Beispiel: Kein Krieg in Europa – ist das ei- mut, heute nur noch 9 Prozent. weltweit Statistiken zusammenfasst und in- ne Nachricht? Oder: Auch heute wieder kein 4. Der Anteil der einjährigen Kinder auf teraktiv visualisiert (https://www.gapminder. Kind im Freibad ertrunken. Und: Diese Wo- der Welt, die zumindest eine Impfung erhal- org). Da kann man sich kostenlos und trotz- che kein Terroranschlag in England. ten haben, stieg von 22 Prozent im Jahr 1980 dem anschaulich einen statistisch gesicher- Das klingt zwar alles gut – aber eigent- auf heute 88 Prozent. ten Weltüberblick verschaffen. 2007 hat Goo- lich sind das keine Nachrichten, oder? Sind 5. Zugang zu Elektrizität: 1980: 72 Pro- gle die Software übernommen. also Nachrichten per se schlechte Botschaf- zent – heute: 85 Prozent. Ob das allerdings eine gute Nachricht ist? ten? Oder wird unsere Welt einfach immer 6. Länder mit Pockenfällen: 1850: 148 Län- schlechter? der. Seit 1979 keine mehr. 9/2018 | 3 LJ_918_Editorial.indd 3 03.09.18 14:55 INHALT NACHRICHTEN HINTERGRUND SERIEN JOURNALCLUB 6 Das besondere Foto: 14 Interview mit Pflanzen- 22 Wissenschaftsnarr (13): 26 Journal Club kompakt „Schleimhaut-Dämon“ / genetiker Frank Im (Paper-)Wald, 28 Schöne Biologie: Comic: Forscher Ernst Hochholdinger über da sind die Räuber Verkannte Artefakte das Genome-Editing- 8 Fokussiert: 24 Tagebuch einer Urteil des Europäischen 29 Stichwort des Monats: Inkubiert / Jungforscherin (19): Gerichtshofs Pruning Testbiotech: Fehlverwen- Wir, die Wissenschaftler dung von Steuergeldern 18 Antwort auf den 30 Hören in München: 25 Erlebnisse einer TA (119): Leserbrief (6/2018) zu Warum Säugetiere 10 Frisch gefördert: Auf dem Pfad den beiden LJ-Artikeln Geräusche anders Deutsche Krebshilfe/ der Erleuchtung „Ist Diagnostik Glücks- verarbeiten als Vögel VolkswagenStiftung/ sache?“ und „Diagnostika 72 Lab Cooking (4): Klaus Tschira Stiftung/ 34 Oxytocin in Regensburg: außer Kontrolle“ (3/2018) Die Protest-Wurst DFG Stillen macht mutig 74 Wo gibt‘s Geld? (4): 12 Frisch gepreist: Emmy-Noether- Körber-Preis und Programm der DFG Prinzessin-von- Asturien-Preis / EMBO Gold-Medaille / Deutscher Umweltpreis Endlich stehen die Daten der RNA- Oxytocin verstärkt Paar- sowie Sequenzierung zum Download bereit. Mutter-Kind-Bindungen – dafür ist Und wie geht‘s jetzt weiter? Viele es bekannt. Regensburger Forscher Biowissenschaftler tun sich mit der konnten nun zeigen, dass das Auswertung von Sequenzier- oder Kuschelhormon auch mutig macht anderen Hochdurchsatz-Daten schwer. und sich Artgenossen weniger Licht in das Daten-Wirrwarr bringt der voreinander