Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola Kísérletes Növénybiológia Program Bomló növényi anyagok dominálta sekély tavak összehasonlító mikrobiológiai elemzése - DOKTORI ÉRTEKEZÉS - Készítette: MENTES ANIKÓ Témavezető: Doktori iskola vezető: Doktori programvezető: DR. FELFÖLDI TAMÁS PROF. DR. ERDEI ANNA DR. KOVÁCS M. GÁBOR habil. adjunktus egyetemi tanár habil. egyetemi docens ELTE TTK MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK BUDAPEST 2019 „It is hard to describe the exact route to scientific achievement, but a good scientist doesn’t get lost as he travels it.” „A tudományos eredményhez vezető pontos útvonalat nehéz leírni, de a jó tudós miközben ezen az úton jár, nem téved el.” Isaac Asimov Epigraph in Book of Science and Nature Quotations (1988) Tartalomjegyzék 1. Rövidítésjegyzék ........................................................................................................................................... 4 2. Bevezetés ....................................................................................................................................................... 6 3. Irodalmi áttekintés ......................................................................................................................................... 8 3.1. Sekély tavak ........................................................................................................................................... 8 3.1.1. A sekély tavak általános jellemzői .................................................................................................. 8 3.1.2. A sekély tavak alternatív egyensúlyi állapotai ................................................................................ 9 3.1.3. A sekély tavak anyagforgalma .......................................................................................................11 3.2. A vízinövények szerepe a sekély tavakban ...........................................................................................13 3.2.1. A vízinövények hatása a fitoplanktonra .........................................................................................15 3.2.2. A vízinövények hatása a bakterioplanktonra .................................................................................16 3.3. A huminanyagok általános jellemzése ..................................................................................................17 3.4. Az édesvízi fito- és bakterioplankton domináns csoportjai ...................................................................20 3.4.1. Tipikus fitoplankton csoportok édesvizekben ................................................................................20 3.4.2. Tipikus bakterioplankton csoportok édesvizekben ........................................................................22 3.5. Vízi ökoszisztémák planktonikus baktériumközösség-összetételének vizsgálati módszerei ................25 3.5.1. Tenyésztéses módszerek ................................................................................................................25 3.5.2. Tenyésztéstől független módszerek ...............................................................................................27 4. Célkitűzések .................................................................................................................................................30 5. Anyag és módszer ........................................................................................................................................31 5.1. Mintavételek .........................................................................................................................................31 5.1.1. A mintavételek helye és időpontjai ................................................................................................31 5.1.1.1. Balaton ...................................................................................................................................32 5.1.1.2. Kolon-tó .................................................................................................................................34 5.1.1.3. Szent Anna-tó .........................................................................................................................35 5.1.1.4. Mohos tőzegláp ......................................................................................................................36 5.1.1.5. Szikes tavak ............................................................................................................................37 5.1.2. A mintavétel menete és minta előkészítés .....................................................................................40 5.2. Alkalmazott vizsgálati módszerek ........................................................................................................41 5.2.1. Környezeti változók meghatározása ..............................................................................................41 5.2.2. Aktivitás vizsgálatok......................................................................................................................42 5.2.2.1. EcoPlate™ ..............................................................................................................................42 5.2.2.2. Bakteriális produkció mérése radioaktívan jelzett leucin felvételével ....................................43 5.2.3. Tenyésztéses módszerek ................................................................................................................44 5.2.3.1. A baktériumtörzsek izolálása és tenyésztése ..........................................................................44 5.2.3.2. A baktériumtörzsek jellemzése tenyésztés alapú módszerekkel .............................................45 5.2.4. DNS alapú módszerek ...................................................................................................................47 5.2.4.1. A DNS kivonása a vízmintákból ............................................................................................47 5.2.4.2. A DNS kivonása baktériumtörzsek esetében ..........................................................................47 5.2.4.3. A vízminták 16S rRNS gén szekvenálása MiSeq szekvenáló platform (Illumina) segítségével .............................................................................................................................................................47 2 5.2.4.4. A vízminták 16S rRNS gén szekvenálása GS Junior szekvenáló platform (Roche/454 Life Sciences) segítségével .........................................................................................................................48 5.2.4.5. A törzsek 16S rRNS génjének szekvenálása Sanger módszerrel ............................................49 5.2.5. Bioinformatikai és statisztikai analízis ..........................................................................................49 5.2.6. Filogenetikai analízis .....................................................................................................................51 6. Eredmények és értékelésük ..........................................................................................................................52 6.1. Sekély tavak planktonikus mikrobiális közösségeinek változása a CDOM gradiens függvényében ....52 6.1.1. A CDOM gradiens mintasor fizikai és kémiai paraméterei ...........................................................52 6.1.2. A CDOM gradiens mintasor fitoplankton közösségének összetétele ............................................54 6.1.3. A CDOM gradiens mintasor bakterioplankton közösségének összetétele .....................................59 6.1.4. A CDOM gradiens mintasor mikrobiális aktivitása .......................................................................66 6.1.5. A CDOM gradiens mintasor becsült bakteriális produkciója ........................................................71 6.1.6. Összehasonlító adatanalízis ...........................................................................................................73 6.2. Eltérő makrofiton állományú élőhelyek planktonikus mikrobiális közösségének különbségei ............77 6.2.1. A makrofiton mintasor fizikai és kémiai paraméterei ....................................................................77 6.2.2. A makrofiton mintasor fitoplankton közösségének összetétele .....................................................78 6.2.3. A makrofiton mintasor bakterioplankton közösségének összetétele ..............................................80 6.2.4. Összehasonlító adatanalízis ...........................................................................................................86 6.3. Természetes vizes élőhelyek planktonikus Rhizobiales taxonjainak elemzése .....................................89 6.3.1. Tenyésztésbe vont, új Rhizobiales fajok polifázikus taxonómiai elemzése ...................................90 6.3.1.1. DNS szekvenciaanalízis eredményei ......................................................................................90 6.3.1.2. Morfológiai és fiziológiai jellemzők ......................................................................................91 6.3.1.3. Kemotaxonómiai jellemzők ....................................................................................................92 6.3.1.4. A tenyésztésbe vont Rhizobiales taxonok leírása ...................................................................93 6.3.1.4.1. A Siculibacillus gen. nov. ...............................................................................................93