Rentrée 2019 Etablissement Ville Ecole René Perrot Cuse et Adrisans Ecole Granges Narboz Granges Narboz Ecole RPI Noironte Audeux ChaucenneNoironte Collège Anatole France Bethoncourt Collège de la Source Mouthe Collège Georges Pompidou Pouilley les Vignes Lycée Louis Pergaud Besançon Lycée Georges Cuvier Montbéliard Lycée Jules Haag Besançon Lycée Professionnel Toussaint Louverture Pontarlier Doubs 10 3 écoles 3 collèges 3 lycées 1 lycée professionnel Ecole de Bois d'Amont Bois d'Amont Ecole Les Rousses Les Rousses Ecole de Prémanon Prémanon Ecole de Saint-Pierre Saint-Pierre Collège Le Rochat Les Rousses Collège Pierre Vernotte Moirans en Montagne Collège Pierre Hyacinthe Cazeaux Morez Lycée Jacques Duhamel Dole Lycée Jean-Michel Lons le saunier Lycée Victor Berard Morez Jura 10 Lycée Agricole Mancy Lons le saunier Agriculture 1 4 écoles 3 collèges 3 lycées 1 lycée agricole Ecole Louis Pergaud Arc les Gray Ecole Pôle éducatif des Prés Fleuris Bouligney Ecole de Conflans Conflans sur Lanterne Ecole de Fontaine les Luxeuil Fontaine les Luxeuil Ecole Robert Ploye Héricourt Ecole Jussey Centre Jussey Ecole Pôle éducatif Louis Erny Rioz Ecole du Centre Saint Loup Ecole du Chanois Saint Loup Ecole du Mont Pautet Saint Loup Ecole Rêpes Sud Vesoul Ecole Pablo Picasso Vesoul Ecole du Plancher-Bas Plancher-Bas Collège Victor Schoelcher Champagney Collège Delaunay Gray Collège Louis Pasteur Jussey Collège Des mille étangs Melisey Collège Jules Jeanneney Rioz Collège André Masson Saint Loup sur Semouse Collège Jacques Brel Vesoul Lycée Augustin Cournot Gray Haute-Saône 21 13 écoles 7 collèges 1 lycée Ecole Louis Pergaud Belfort Territoire de Belfort 1 1 école 43 demandes écoles et EPLE nouvellement labellisés à la rentrée 2019
Rentrée 2018 Etablissement Ville Collège Duplessis-Deville Faucogney et La Mer Collège Louis Pergaud Villersexel Lycée Edouard Belin Vesoul Haute-Saône 3 2 collèges 1 lycée Lycée Pasteur Besançon Lycée Xavier Marmier Pontarlier Doubs 2 2 lycées Lycée professionnel Denis Diderot Bavilliers Territoire de Belfort 1 1 lycée professionnel
Total : 49 à la rentrée 2019 (6 établissements antérieurement labellisés rentrée 2018) 21 écoles 15 collèges 12 lycées 1 lycée (agriculture)