In vivo expression patterns of top100 most upregulated genes in +CHI PS Endoderm Cardiac/endothelial Neural Not reported expression Widespread Ccnd1 Igf2 Igf2 Irx3 Mat2a Anxa5 T Trh Ifitm1 Flrt3 Pga5 Igfbp5 Lhx1 Spink3 Vim Foxa1 Upp1 Klhl6 Lrig3 Lhx1 Krt8 Id1 Gpc3 Mfap2 Gsc Fzd5 Spink3 Cxcr4 Hsd17b7 Emp1 Sp5 Gsc Sgk1 Shisa2 Tspan6 Plat Ccnd2 Lgals3 Acta2 Sall3 Defcr-rs7 Cyp26a1 Foxq1 Col4a1 Cdx2 Sox9 Fgf8 Sox17 Fst Fgf10 Smarce1 Rbp1 Hhex Hhex Msx1 Mmp14 Fst Tmprss2 Gata6 Dkk1 Lxn Foxa1 Lbh Kit Igfbp4 Id1 Foxa1 Tmprss2 Defcr-rs2 Gpr177 Mogat2 Flt1 Serpinf1 Rspo3 Bicc1 Lbh Ctsc Shh Shh Id1 Tgfbi Wnt5a Cxcr4 H19 Pdlim4 Sall3 Shisa2 Elk3 Col4a2 Evx1 Cdx2 Aplnr Ddx3y Aplnr Dkk1 Cdx2 Nrp1 Cdx2 Slit2 Defcr6 Msx1 Gpx3 Dkk1 Dapk2 Zfp703 Cdkn2a Lhfpl2 Nptx2 Fbln2 Hs3st3b1 Dgkk Col7a1 Dpysl3 Gbp3 Sox21 Capn6 Wisp1 Timp2 Col1a1 Cadps2 Apoa1 Reported Signalling pathway relationships in TOP100 most upregulated genes after CHIRON treatment Wnt Fgf BMP/TGF RA Notch Hedgehog Ifitm1 Vim Msx1 Emp1 Upp1 Gpc3 Ccnd1 Gpc3 T Sox9 Shh T Fgf8 Gpc3 Rbp1 Lhx1 Fgf10 Fgf8 Cyp26a1 Gpc3 Fst Fzd5 Lxn Fgf8 Gata6 Sox9 Id1 Mmp14 Col4a1 Igfbp4 Tgfbi Sox17 Zfp703 Serpinf1 Igfbp5 Irx3 Hhex Gata6 Kit Flt1 Fn1 Flrt3 Nrp1 Lbh Foxa1 Zfp703 Cdkn2a Gpr177 Rspo3 Bicc1 Shh Wnt5a Wisp1 Cadps2 Cdx2 Fgf10 Msx1 Dkk1 Apoa1 Slit2 Sgk1 Gsc Sp5 Ccnd2 GO enrichment of upregulated genes in +CHIRON 48h Category Term PValue Benjamini GOTERM_BP_5 GO:0009888~tissue development 6.41E-11 1.0E-07 GOTERM_BP_5 GO:0048732~gland development 4.72E-10 3.8E-07 GOTERM_BP_5 GO:0045596~negative regulation of cell differentiation 8.66E-10 4.7E-07 GOTERM_BP_5 GO:0022612~gland morphogenesis 2.80E-09 1.1E-06 GOTERM_BP_5 GO:0016055~Wnt receptor signaling pathway 6.46E-09 2.1E-06 GOTERM_BP_5 GO:0007507~heart development 1.39E-08 3.8E-06 GOTERM_BP_5 GO:0009887~organ morphogenesis 2.18E-08 5.0E-06 GOTERM_BP_5 GO:0048729~tissue morphogenesis 2.32E-08 4.7E-06 GOTERM_BP_5 GO:0007369~gastrulation 6.04E-08 1.1E-05 GOTERM_BP_5 GO:0043009~chordate embryonic development 6.27E-08 1.0E-05 GOTERM_BP_5 GO:0048754~branching morphogenesis of a tube 1.03E-07 1.5E-05 GOTERM_BP_5 GO:0001704~formation of primary germ layer 1.04E-07 1.4E-05 GOTERM_BP_5 GO:0007420~brain development 1.30E-07 1.6E-05 GOTERM_BP_5 GO:0048762~mesenchymal cell differentiation 2.08E-07 2.4E-05 GOTERM_BP_5 GO:0060485~mesenchyme development 2.74E-07 3.0E-05 GOTERM_BP_5 GO:0008285~negative regulation of cell proliferation 5.31E-07 5.4E-05 GOTERM_BP_5 GO:0030111~regulation of Wnt receptor signaling pathway 6.36E-07 6.1E-05 GOTERM_BP_5 GO:0030323~respiratory tube development 6.72E-07 6.0E-05 GOTERM_BP_5 GO:0007417~central nervous system development 8.03E-07 6.9E-05 GOTERM_BP_5 GO:0014031~mesenchymal cell development 8.55E-07 6.9E-05 GOTERM_BP_5 GO:0060429~epithelium development 1.78E-06 1.4E-04 GOTERM_BP_5 GO:0030324~lung development 2.05E-06 1.5E-04 GOTERM_BP_5 GO:0001944~vasculature development 2.16E-06 1.5E-04 GOTERM_BP_5 GO:0001568~blood vessel development 3.54E-06 2.4E-04 GOTERM_BP_5 GO:0060284~regulation of cell development 5.33E-06 3.5E-04 GOTERM_BP_5 GO:0060348~bone development 5.45E-06 3.4E-04 GOTERM_BP_5 GO:0060740~prostate gland epithelium morphogenesis 5.51E-06 3.3E-04 GOTERM_BP_5 GO:0007167~enzyme linked receptor protein signaling pathway 5.63E-06 3.3E-04 GOTERM_BP_5 GO:0060512~prostate gland morphogenesis 7.87E-06 4.4E-04 GOTERM_BP_5 GO:0001707~mesoderm formation 1.53E-05 8.3E-04 GOTERM_BP_5 GO:0060425~lung morphogenesis 1.68E-05 8.8E-04 GOTERM_BP_5 GO:0048699~generation of neurons 1.96E-05 9.9E-04 GOTERM_BP_5 GO:0001701~in utero embryonic development 2.30E-05 1.1E-03 GOTERM_BP_5 GO:0048332~mesoderm morphogenesis 2.58E-05 1.2E-03 GOTERM_BP_5 GO:0045597~positive regulation of cell differentiation 2.77E-05 1.3E-03 GOTERM_BP_5 GO:0048514~blood vessel morphogenesis 2.82E-05 1.3E-03 GOTERM_BP_5 GO:0050767~regulation of neurogenesis 3.02E-05 1.3E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030850~prostate gland development 3.30E-05 1.4E-03 GOTERM_BP_5 GO:0001649~osteoblast differentiation 3.39E-05 1.4E-03 GOTERM_BP_5 GO:0000904~cell morphogenesis involved in differentiation 3.44E-05 1.4E-03 GOTERM_BP_5 GO:0060688~regulation of morphogenesis of a branching structure 3.57E-05 1.4E-03 GOTERM_BP_5 GO:0022008~neurogenesis 3.81E-05 1.5E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030901~midbrain development 3.96E-05 1.5E-03 GOTERM_BP_5 GO:0016477~cell migration 4.79E-05 1.8E-03 GOTERM_BP_5 GO:0060443~mammary gland morphogenesis 4.82E-05 1.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0048568~embryonic organ development 5.17E-05 1.8E-03 GOTERM_BP_5 GO:0009952~anterior/posterior pattern formation 8.57E-05 3.0E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030900~forebrain development 1.09E-04 3.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0009966~regulation of signal transduction 1.16E-04 3.8E-03 GOTERM_BP_5 GO:0060685~regulation of prostatic bud formation 1.21E-04 3.9E-03 GOTERM_BP_5 GO:0048663~neuron fate commitment 1.81E-04 5.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0002009~morphogenesis of an epithelium 1.83E-04 5.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0007431~salivary gland development 1.95E-04 5.9E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030879~mammary gland development 2.14E-04 6.4E-03 GOTERM_BP_5 GO:0001569~patterning of blood vessels 2.14E-04 6.3E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030857~negative regulation of epithelial cell differentiation 2.70E-04 7.8E-03 GOTERM_BP_5 GO:0060445~branching involved in salivary gland morphogenesis 2.73E-04 7.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0014033~neural crest cell differentiation 3.11E-04 8.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0014032~neural crest cell development 3.11E-04 8.7E-03 GOTERM_BP_5 GO:0060562~epithelial tube morphogenesis 3.32E-04 9.1E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030855~epithelial cell differentiation 3.64E-04 9.8E-03 GOTERM_BP_5 GO:0030178~negative regulation of Wnt receptor signaling pathway 3.70E-04 9.8E-03 GOTERM_BP_5 GO:0043067~regulation of programmed cell death 3.91E-04 1.0E-02 GOTERM_BP_5 GO:0045664~regulation of neuron differentiation 4.05E-04 1.0E-02 GOTERM_BP_5 GO:0009968~negative regulation of signal transduction 4.12E-04 1.0E-02 GOTERM_BP_5 GO:0050680~negative regulation of epithelial cell proliferation 4.76E-04 1.2E-02 GOTERM_BP_5 GO:0007435~salivary gland morphogenesis 4.76E-04 1.2E-02 GOTERM_BP_5 GO:0042981~regulation of apoptosis 5.31E-04 1.3E-02 GOTERM_BP_5 GO:0050678~regulation of epithelial cell proliferation 5.41E-04 1.3E-02 GOTERM_BP_5 GO:0001667~ameboidal cell migration 6.15E-04 1.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0009953~dorsal/ventral pattern formation 6.22E-04 1.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0001837~epithelial to mesenchymal transition 6.33E-04 1.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0051254~positive regulation of RNA metabolic process 7.69E-04 1.7E-02 GOTERM_BP_5 GO:0001890~placenta development 8.30E-04 1.9E-02 GOTERM_BP_5 GO:0060441~branching involved in lung morphogenesis 8.90E-04 2.0E-02 GOTERM_BP_5 GO:0001525~angiogenesis 9.05E-04 2.0E-02 GOTERM_BP_5 GO:0030856~regulation of epithelial cell differentiation 9.10E-04 1.9E-02 GOTERM_BP_5 GO:0001656~metanephros development 0.001061307 2.2E-02 GOTERM_BP_5 GO:0007498~mesoderm development 0.001216693 2.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0001708~cell fate specification 0.001216693 2.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0010648~negative regulation of cell communication 0.001245372 2.6E-02 GOTERM_BP_5 GO:0031327~negative regulation of cellular biosynthetic process 0.00125266 2.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0060571~morphogenesis of an epithelial fold 0.00126064 2.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0021904~dorsal/ventral neural tube patterning 1.26E-03 2.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0045893~positive regulation of transcription, DNA-dependent 1.27E-03 2.5E-02 GOTERM_BP_5 GO:0015031~protein transport 0.001320128 2.6E-02 GOTERM_BP_5 GO:0010942~positive regulation of cell death 0.00134798 2.6E-02 GOTERM_BP_5 GO:0060602~branch elongation of an epithelium 0.001419126 2.7E-02 GOTERM_BP_5 GO:0009890~negative regulation of biosynthetic process 0.001487053 2.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0021532~neural tube patterning 0.001494782 2.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0000902~cell morphogenesis 1.58E-03 2.9E-02 GOTERM_BP_5 GO:0007264~small GTPase mediated signal transduction 1.89E-03 3.4E-02 GOTERM_BP_5 GO:0003007~heart morphogenesis 2.13E-03 3.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0008354~germ cell migration 2.13E-03 3.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0010628~positive regulation of gene expression 0.002220041 3.9E-02 GOTERM_BP_5 GO:0051172~negative regulation of nitrogen compound metabolic process 0.002264899 3.9E-02 GOTERM_BP_5 GO:0031324~negative regulation of cellular metabolic process 0.002337275 4.0E-02 GOTERM_BP_5 GO:0007398~ectoderm development 0.002395656 4.1E-02 GOTERM_BP_5 GO:0043068~positive regulation of programmed cell death 0.00253534 4.2E-02 GOTERM_BP_5 GO:0007442~hindgut morphogenesis 0.002861442 4.7E-02 GOTERM_BP_5 GO:0060601~lateral sprouting from an epithelium 2.86E-03 4.7E-02 GOTERM_BP_5 GO:0045666~positive regulation of neuron differentiation 2.93E-03 4.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0045892~negative regulation of transcription, DNA-dependent 2.97E-03 4.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0048562~embryonic organ morphogenesis 0.003001316 4.8E-02 GOTERM_BP_5 GO:0048645~organ formation 0.003064229 4.9E-02 GOTERM_BP_5 GO:0010629~negative regulation of gene expression 0.003284059 5.0E-02 Differentially upregulated genes in +CHIRON 48h

Fold Change p-val adj.pval Fold Change p-val adj.pval (+CHIRON +CHIRON +CHIRON vs (+CHIRON vs +CHIRON vs +CHIRON vs Probe ID NAME vs dsRed+) vs dsRed+ dsRed+ dsRed-) dsRed- dsRed- ILMN_2625262 Pga5 5.45 0.0E+00 0.0E+00 5.41 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2657431 LOC100042514 5.40 0.0E+00 0.0E+00 5.39 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2708477 Spink3 5.30 0.0E+00 0.0E+00 5.35 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1225672 Lhx1 5.02 0.0E+00 0.0E+00 5.14 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1237934 Trh 4.55 0.0E+00 1.9E-05 5.15 0.0E+00 8.0E-06 ILMN_1244340 T 4.44 0.0E+00 1.0E-06 4.78 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_1232648 Gsc 3.94 0.0E+00 0.0E+00 4.15 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2716543 Lhx1 3.86 0.0E+00 0.0E+00 3.88 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2524945 Defcr-rs7 3.83 2.0E-05 2.1E-04 3.78 2.0E-05 2.4E-04 ILMN_2607813 Defcr-rs7 3.83 1.0E-05 1.5E-04 3.81 1.0E-05 1.6E-04 ILMN_2957054 Cyp26a1 3.78 0.0E+00 0.0E+00 3.77 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2641201 Sp5 3.65 0.0E+00 0.0E+00 3.74 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1223317 Lgals3 3.55 0.0E+00 0.0E+00 3.53 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2778151 Sox9 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2.61 0.0E+00 0.0E+00 2.61 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1228958 Fst 2.60 0.0E+00 1.3E-05 2.79 0.0E+00 9.0E-06 ILMN_2721370 Fgf8 2.58 0.0E+00 3.9E-05 3.06 0.0E+00 1.3E-05 ILMN_1229680 Flrt3 2.55 0.0E+00 0.0E+00 2.53 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2621643 Col4a1 2.54 0.0E+00 0.0E+00 2.15 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_2682613 Igfbp5 2.51 3.0E-05 3.0E-04 2.28 8.0E-05 6.0E-04 ILMN_1256343 H19 2.48 0.0E+00 0.0E+00 2.48 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2951310 D030013I16Rik 2.48 0.0E+00 2.0E-06 2.56 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_2420465 Zfp703 2.46 0.0E+00 0.0E+00 2.36 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1226950 Cdkn2a 2.46 1.0E-05 1.1E-04 2.41 1.0E-05 1.4E-04 ILMN_2716799 C130007D14 2.41 0.0E+00 0.0E+00 2.41 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2874399 Dgkk 2.41 0.0E+00 0.0E+00 2.38 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1221177 Cdkn2a 2.40 0.0E+00 4.8E-05 2.27 0.0E+00 7.5E-05 ILMN_2776909 Irx3 2.37 0.0E+00 1.0E-06 2.36 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_1238433 Rbp1 2.37 0.0E+00 2.8E-05 2.49 0.0E+00 2.1E-05 ILMN_2639239 Serpinf1 2.36 6.5E-04 3.0E-03 1.97 2.4E-03 8.6E-03 ILMN_2977558 Dapk2 2.34 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ILMN_2737710 Tiam1 0.59 1.3E-04 8.6E-04 0.57 1.9E-04 1.2E-03 ILMN_2423372 2310014D11Rik 0.59 0.0E+00 2.0E-05 0.52 0.0E+00 4.8E-05 ILMN_3128784 Sap30l 0.59 9.0E-05 6.5E-04 0.54 2.0E-04 1.2E-03 ILMN_1239024 LOC100044468 0.59 0.0E+00 2.1E-05 0.66 0.0E+00 1.0E-05 ILMN_1242239 Ars2 0.59 1.4E-03 5.3E-03 0.52 3.2E-03 1.1E-02 ILMN_2731769 Plekhb2 0.59 1.6E-04 9.8E-04 0.54 3.2E-04 1.8E-03 ILMN_1247066 Caprin1 0.59 8.7E-04 3.7E-03 0.61 6.7E-04 3.1E-03 ILMN_2701741 Dph2 0.59 0.0E+00 4.0E-06 0.54 0.0E+00 8.0E-06 ILMN_2609948 Suds3 0.59 3.0E-05 3.0E-04 0.67 1.0E-05 1.3E-04 ILMN_2686571 Psmc3 0.59 1.7E-04 1.0E-03 0.65 7.0E-05 5.4E-04 ILMN_2743831 Pepd 0.59 2.0E-05 2.2E-04 0.49 1.1E-04 7.6E-04 ILMN_2724643 Imp4 0.59 1.1E-03 4.6E-03 0.74 1.8E-04 1.1E-03 ILMN_2625681 Galnt1 0.59 1.0E-05 1.2E-04 0.54 2.0E-05 2.3E-04 ILMN_2605890 Tk1 0.59 4.1E-03 1.3E-02 0.54 6.6E-03 1.9E-02 ILMN_3106819 Bag5 0.59 0.0E+00 4.2E-05 0.61 0.0E+00 3.4E-05 ILMN_2794460 Ncoa5 0.59 4.0E-05 3.2E-04 0.75 0.0E+00 6.3E-05 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1.0E-05 7.9E-05 ILMN_3154409 Brd2 0.52 4.3E-04 2.2E-03 0.75 2.0E-05 2.1E-04 ILMN_1229175 Hus1 0.52 2.6E-03 8.9E-03 0.61 8.5E-04 3.8E-03 ILMN_2754222 Rpp25 0.52 4.7E-03 1.4E-02 0.59 1.9E-03 7.2E-03 ILMN_2497094 Med4 0.51 3.0E-04 1.6E-03 0.61 7.0E-05 5.6E-04 ILMN_2856668 Mett11d1 0.51 1.6E-04 1.0E-03 0.59 4.0E-05 3.8E-04 ILMN_1239583 Wins2 0.51 5.0E-05 4.1E-04 0.64 1.0E-05 8.9E-05 ILMN_1225615 Ars2 0.51 1.1E-03 4.5E-03 0.62 2.3E-04 1.3E-03 ILMN_1222401 Tfpt 0.51 1.0E-05 9.9E-05 0.61 0.0E+00 2.8E-05 ILMN_2751865 Stk19 0.50 4.0E-05 3.5E-04 0.59 1.0E-05 1.3E-04 ILMN_1232182 Ctnnbip1 0.50 1.3E-04 8.2E-04 0.66 1.0E-05 1.3E-04 ILMN_2828427 Llgl1 0.50 2.0E-04 1.2E-03 0.61 4.0E-05 3.2E-04 ILMN_2847618 Ift20 0.50 7.0E-04 3.2E-03 0.65 8.0E-05 6.0E-04 ILMN_1252407 1110008F13Rik 0.50 3.9E-04 2.0E-03 0.59 1.0E-04 7.0E-04 ILMN_2471045 Wdr4 0.50 1.8E-03 6.5E-03 0.59 5.2E-04 2.6E-03 ILMN_2643264 Mrpl3 0.50 6.0E-05 4.8E-04 0.59 1.0E-05 1.6E-04 ILMN_2918114 Apex1 0.49 9.6E-04 4.0E-03 0.62 1.6E-04 1.0E-03 ILMN_2595846 Surf4 0.49 2.5E-04 1.4E-03 0.65 2.0E-05 2.1E-04 ILMN_2974280 2510012J08Rik 0.48 2.4E-04 1.4E-03 0.62 3.0E-05 2.5E-04 ILMN_3047301 Aatf 0.48 7.2E-04 3.3E-03 0.60 1.2E-04 8.0E-04 ILMN_2643832 Ppm1g 0.48 6.0E-03 1.7E-02 0.59 1.4E-03 5.8E-03 ILMN_2591217 Rars 0.47 4.1E-03 1.3E-02 0.63 5.7E-04 2.8E-03 ILMN_3005828 Mrps26 0.47 3.9E-03 1.3E-02 0.59 8.6E-04 3.8E-03 ILMN_2760430 Lrp10 0.47 4.0E-05 3.6E-04 0.62 0.0E+00 5.7E-05 ILMN_3020829 Npm3 0.47 1.1E-03 4.4E-03 0.77 2.0E-05 1.8E-04 ILMN_1213483 Flcn 0.47 3.1E-04 1.6E-03 0.67 1.0E-05 1.5E-04 ILMN_2957589 Toe1 0.47 0.0E+00 1.9E-05 0.65 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_2965417 Npm3-ps1 0.46 6.2E-04 2.9E-03 0.79 1.0E-05 7.8E-05 ILMN_2806124 Pih1d1 0.45 2.0E-05 2.0E-04 0.59 0.0E+00 3.5E-05 ILMN_1225764 Mfsd2 0.45 5.8E-04 2.7E-03 0.59 6.0E-05 4.5E-04 ILMN_2772077 Bok 0.44 7.3E-03 2.1E-02 0.60 1.0E-03 4.3E-03 ILMN_1252817 Lrrc59 0.43 5.3E-03 1.6E-02 0.61 4.9E-04 2.4E-03 ILMN_1244312 LOC212399 0.42 5.5E-02 1.1E-01 0.68 5.4E-03 1.7E-02 ILMN_2908981 Armc8 0.42 2.4E-04 1.4E-03 0.63 1.0E-05 8.4E-05 ILMN_2589893 Tbrg4 0.40 1.7E-03 6.3E-03 0.69 2.0E-05 2.1E-04 ILMN_2963974 Gemin4 0.40 1.0E-04 6.8E-04 0.65 0.0E+00 2.7E-05 ILMN_2671286 Tmem50b 0.40 5.1E-03 1.5E-02 0.61 2.5E-04 1.4E-03 ILMN_2489314 2500002G23Rik 0.39 3.7E-04 1.9E-03 0.59 1.0E-05 1.4E-04 ILMN_1229253 1700013A01Rik 0.38 1.6E-03 6.0E-03 0.62 3.0E-05 2.7E-04 ILMN_1232593 Tut1 0.37 9.5E-03 2.6E-02 0.61 3.1E-04 1.7E-03 GO enrichment of downregulated genes in +CHIRON 48h Category Term PValue Benjamini GOTERM_BP_5 GO:0000279~M phase 4.53E-15 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0000087~M phase of mitotic cell cycle 2.06E-12 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0007067~mitosis 4.70E-12 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0006520~cellular amino acid metabolic process 1.03E-10 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0044106~cellular amine metabolic process 9.65E-10 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0019752~carboxylic acid metabolic process 3.23E-09 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0008652~cellular amino acid biosynthetic process 5.06E-07 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0006259~DNA metabolic process 8.90E-07 0.000 GOTERM_BP_5 GO:0019318~hexose metabolic process 7.03E-05 0.011 GOTERM_BP_5 GO:0034728~nucleosome organization 7.26E-05 0.010 GOTERM_BP_5 GO:0065004~protein-DNA complex assembly 7.26E-05 0.010 GOTERM_BP_5 GO:0006006~glucose metabolic process 1.05E-04 0.013 GOTERM_BP_5 GO:0006333~chromatin assembly or disassembly 1.14E-04 0.013 GOTERM_BP_5 GO:0019320~hexose catabolic process 1.18E-04 0.013 GOTERM_BP_5 GO:0006281~DNA repair 1.23E-04 0.012 GOTERM_BP_5 GO:0046365~monosaccharide catabolic process 1.68E-04 0.015 GOTERM_BP_5 GO:0006334~nucleosome assembly 1.86E-04 0.016 GOTERM_BP_5 GO:0009309~amine biosynthetic process 1.86E-04 0.016 GOTERM_BP_5 GO:0043038~amino acid activation 1.88E-04 0.015 GOTERM_BP_5 GO:0006418~tRNA aminoacylation for protein translation 1.88E-04 0.015 GOTERM_BP_5 GO:0045132~meiotic chromosome segregation 1.91E-04 0.015 GOTERM_BP_5 GO:0051327~M phase of meiotic cell cycle 3.64E-04 0.026 GOTERM_BP_5 GO:0007126~meiosis 3.64E-04 0.026 GOTERM_BP_5 GO:0044275~cellular carbohydrate catabolic process 4.43E-04 0.030 GOTERM_BP_5 GO:0009396~folic acid and derivative biosynthetic process 5.75E-04 0.037 GOTERM_BP_5 GO:0030334~regulation of cell migration 5.80E-04 0.036 Differentially downregulated genes in +CHIRON 48h

Fold Change p-val adj.pval Fold Change p-val adj.pval (+CHIRON vs +CHIRON vs +CHIRON vs (+CHIRON vs +CHIRON vs +CHIRON vs Probe ID NAME dsRed+) dsRed+ dsRed+ dsRed-) dsRed- dsRed- ILMN_2593774 1190002H23Rik -3.99 0.0E+00 7.0E-06 -3.68 0.0E+00 1.3E-05 ILMN_1257987 Slc7a3 -3.88 0.0E+00 0.0E+00 -3.79 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2502226 Utf1 -3.21 0.0E+00 0.0E+00 -3.13 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2646640 1700019D03Rik -3.16 0.0E+00 0.0E+00 -2.92 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2706623 Nanog -2.99 0.0E+00 0.0E+00 -3.00 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2909150 Ctgf -2.97 2.1E-04 1.2E-03 -2.95 2.2E-04 1.3E-03 ILMN_1238215 Ctgf -2.97 1.0E-05 1.6E-04 -2.74 3.0E-05 2.8E-04 ILMN_1218934 Rdm1 -2.68 0.0E+00 4.3E-05 -2.65 0.0E+00 4.9E-05 ILMN_3090545 Dppa5 -2.59 7.0E-05 5.0E-04 -2.96 2.0E-05 2.0E-04 ILMN_3018711 Dppa5 -2.57 3.0E-05 2.9E-04 -2.98 1.0E-05 1.1E-04 ILMN_2749052 Ramp3 -2.54 0.0E+00 0.0E+00 -2.51 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2731407 Gdf3 -2.48 0.0E+00 0.0E+00 -2.03 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2538597 LOC386405 -2.43 0.0E+00 2.1E-05 -2.34 0.0E+00 2.8E-05 ILMN_1224034 Pde1b -2.42 0.0E+00 1.2E-05 -2.57 0.0E+00 8.0E-06 ILMN_2730293 Pde1b -2.40 0.0E+00 1.1E-05 -2.56 0.0E+00 7.0E-06 ILMN_2677859 Insl6 -2.37 0.0E+00 1.0E-06 -2.51 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1245732 Nanog -2.35 0.0E+00 0.0E+00 -2.07 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1257631 Apobec1 -2.35 0.0E+00 0.0E+00 -2.44 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2617468 Chac1 -2.35 1.0E-05 1.5E-04 -2.09 4.0E-05 3.4E-04 ILMN_2699367 1190005I06Rik -2.35 0.0E+00 0.0E+00 -2.49 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1259075 Nme7 -2.33 0.0E+00 4.0E-05 -2.38 0.0E+00 3.7E-05 ILMN_2714278 2810046M22Rik -2.29 0.0E+00 7.0E-06 -2.08 0.0E+00 1.5E-05 ILMN_2749037 Chchd10 -2.25 1.0E-05 1.5E-04 -2.11 2.0E-05 2.4E-04 ILMN_2704499 Hprt1 -2.23 0.0E+00 1.0E-06 -2.03 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_2616584 Ppp1r1a -2.23 0.0E+00 6.7E-05 -2.19 1.0E-05 7.7E-05 ILMN_1255385 Chst1 -2.22 3.0E-05 2.6E-04 -2.15 4.0E-05 3.3E-04 ILMN_1246289 Got1l1 -2.20 1.3E-04 8.6E-04 -2.65 2.0E-05 2.5E-04 ILMN_2660766 Cd59b -2.18 0.0E+00 1.4E-05 -2.19 0.0E+00 1.5E-05 ILMN_3152486 Ramp3 -2.16 0.0E+00 0.0E+00 -2.12 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1224932 E430003D02Rik -2.12 0.0E+00 8.0E-06 -1.95 0.0E+00 1.6E-05 ILMN_2750515 Fos -2.09 1.2E-03 4.9E-03 -1.42 1.4E-02 3.5E-02 ILMN_1243616 Cdkn3 -2.09 1.0E-05 8.7E-05 -1.94 1.0E-05 1.5E-04 ILMN_1230443 scl0003547.1_6 -2.08 0.0E+00 2.7E-05 -2.38 0.0E+00 1.1E-05 ILMN_2900653 Gadd45b -2.05 0.0E+00 1.0E-06 -2.07 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_2767615 Atp1b1 -2.04 2.0E-05 1.9E-04 -2.19 1.0E-05 1.2E-04 ILMN_2510694 Nme7 -2.04 0.0E+00 5.8E-05 -2.05 0.0E+00 5.7E-05 ILMN_2692723 Lpl -2.03 0.0E+00 4.6E-05 -1.95 0.0E+00 6.5E-05 ILMN_2841593 Fgfbp3 -2.02 1.0E-05 1.4E-04 -1.95 2.0E-05 1.8E-04 ILMN_3111575 Mef2b -2.01 0.0E+00 2.0E-06 -2.03 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_2621012 Rbpms2 -2.01 0.0E+00 0.0E+00 -1.96 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2887630 Fabp3 -2.01 9.0E-05 6.2E-04 -2.03 8.0E-05 5.9E-04 ILMN_2954474 Enpp2 -2.00 0.0E+00 1.9E-05 -1.87 0.0E+00 3.2E-05 ILMN_2805339 Hspb6 -1.97 0.0E+00 1.0E-06 -1.92 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_2648967 Arrdc4 -1.97 0.0E+00 8.0E-06 -1.83 0.0E+00 1.4E-05 ILMN_2618696 Tmem106c -1.97 0.0E+00 7.0E-06 -2.02 0.0E+00 7.0E-06 ILMN_1232025 Tmco6 -1.96 0.0E+00 1.5E-05 -1.86 0.0E+00 2.3E-05 ILMN_3160137 Aldoc -1.95 1.1E-03 4.6E-03 -1.70 2.9E-03 1.0E-02 ILMN_2609630 Mef2b -1.94 0.0E+00 4.0E-06 -2.06 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_2829262 Ltbp4 -1.91 0.0E+00 0.0E+00 -1.83 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2717667 Pim3 -1.89 0.0E+00 0.0E+00 -1.77 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1252910 Pou5f1 -1.89 2.0E-05 2.3E-04 -1.94 2.0E-05 2.0E-04 ILMN_2816660 Chic1 -1.86 0.0E+00 1.3E-05 -1.63 0.0E+00 3.5E-05 ILMN_2624622 Akap12 -1.83 0.0E+00 0.0E+00 -1.76 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2689880 Gstt2 -1.82 1.2E-04 7.7E-04 -1.54 4.7E-04 2.4E-03 ILMN_2659317 E130306D19Rik -1.82 0.0E+00 8.0E-06 -1.70 0.0E+00 1.4E-05 ILMN_2953807 620807 -1.82 0.0E+00 4.0E-06 -2.01 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_2599794 Apoc1 -1.80 1.0E-05 9.8E-05 -2.18 0.0E+00 2.8E-05 ILMN_3112873 Txnip -1.80 2.0E-05 2.0E-04 -1.65 4.0E-05 3.8E-04 ILMN_2730758 Ubr7 -1.79 0.0E+00 7.0E-06 -1.68 0.0E+00 1.3E-05 ILMN_2661340 Slco4a1 -1.79 0.0E+00 4.0E-06 -1.88 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_1217100 Pou5f1 -1.79 3.0E-05 3.0E-04 -1.83 3.0E-05 2.7E-04 ILMN_1255834 Stk17b -1.79 0.0E+00 2.0E-06 -1.78 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_1241345 Prrg3 -1.78 0.0E+00 2.0E-05 -1.79 0.0E+00 2.0E-05 ILMN_2972627 Hint3 -1.78 0.0E+00 5.0E-06 -1.78 0.0E+00 5.0E-06 ILMN_3160659 Dok2 -1.78 0.0E+00 2.0E-06 -1.65 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_3026557 Rbpms -1.77 0.0E+00 3.0E-06 -1.80 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_1224093 Llgl2 -1.77 0.0E+00 0.0E+00 -1.71 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_1213609 Txnip -1.75 3.0E-05 2.6E-04 -1.72 3.0E-05 3.0E-04 ILMN_2658804 Rras -1.75 0.0E+00 0.0E+00 -1.74 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2649671 Ipas -1.75 0.0E+00 6.0E-05 -1.82 0.0E+00 4.8E-05 ILMN_1216042 Apoe -1.74 1.0E-05 1.6E-04 -1.88 1.0E-05 9.6E-05 ILMN_2703698 Tdrkh -1.73 0.0E+00 1.0E-06 -1.70 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_2653765 Nusap1 -1.73 0.0E+00 2.2E-05 -1.65 0.0E+00 3.4E-05 ILMN_2702215 Eif4a2 -1.73 0.0E+00 7.0E-06 -1.83 0.0E+00 5.0E-06 ILMN_2735522 Lrp2 -1.73 1.0E-05 9.4E-05 -1.78 1.0E-05 7.9E-05 ILMN_2451115 1500001E21Rik -1.72 0.0E+00 5.0E-06 -1.42 0.0E+00 1.9E-05 ILMN_2618714 Pdgfb -1.71 0.0E+00 8.0E-06 -1.96 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_1225528 Trib3 -1.71 2.0E-05 2.3E-04 -1.59 5.0E-05 3.9E-04 ILMN_2616164 Itga3 -1.69 1.0E-05 1.2E-04 -1.81 1.0E-05 7.7E-05 ILMN_2694917 Sap30 -1.67 0.0E+00 0.0E+00 -1.57 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2809436 5730410I19Rik -1.66 0.0E+00 1.1E-05 -1.61 0.0E+00 1.5E-05 ILMN_2590034 Ltbp4 -1.66 0.0E+00 0.0E+00 -1.78 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_3142248 Phc1 -1.65 0.0E+00 2.1E-05 -1.47 0.0E+00 4.9E-05 ILMN_2546510 EG434402 -1.64 0.0E+00 4.9E-05 -1.82 0.0E+00 2.6E-05 ILMN_2724570 Mapk12 -1.64 0.0E+00 1.0E-06 -1.57 0.0E+00 2.0E-06 ILMN_1224110 Bst2 -1.63 0.0E+00 3.1E-05 -1.65 0.0E+00 3.0E-05 ILMN_2518946 Wbscr27 -1.62 1.0E-05 1.6E-04 -1.62 1.0E-05 1.7E-04 ILMN_2666416 Ubr7 -1.61 0.0E+00 2.0E-06 -1.44 0.0E+00 4.0E-06 ILMN_2756900 Ecel1 -1.60 0.0E+00 3.1E-05 -1.68 0.0E+00 2.4E-05 ILMN_2553305 Ptpn14 -1.60 0.0E+00 0.0E+00 -1.63 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2606295 Gch1 -1.60 0.0E+00 0.0E+00 -1.30 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_2585867 C130073O12Rik -1.58 0.0E+00 0.0E+00 -1.50 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2592823 Cdc42ep5 -1.58 0.0E+00 6.0E-06 -1.66 0.0E+00 5.0E-06 ILMN_2613641 LOC100045617 -1.58 0.0E+00 1.0E-06 -1.66 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_3028637 Calca -1.58 3.0E-05 2.4E-04 -1.62 2.0E-05 2.1E-04 ILMN_1253838 Pawr -1.58 0.0E+00 1.8E-05 -1.59 0.0E+00 1.7E-05 ILMN_3065373 4930572J05Rik -1.57 0.0E+00 6.2E-05 -1.60 0.0E+00 5.6E-05 ILMN_3006123 Asns -1.57 0.0E+00 4.0E-06 -1.63 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_2634167 Cldn3 -1.57 2.0E-05 1.9E-04 -1.58 2.0E-05 1.9E-04 ILMN_2859440 Mnd1 -1.56 0.0E+00 6.6E-05 -1.44 1.0E-05 1.2E-04 ILMN_2612125 Arhgef18 -1.56 0.0E+00 3.1E-05 -1.58 0.0E+00 3.0E-05 ILMN_2427869 5133400G04Rik -1.55 0.0E+00 4.3E-05 -1.32 1.0E-05 1.3E-04 ILMN_2762944 Ifi27 -1.53 1.7E-04 1.0E-03 -1.64 9.0E-05 6.7E-04 ILMN_2488599 Rims3 -1.53 0.0E+00 1.0E-06 -1.35 0.0E+00 4.0E-06 ILMN_2773464 Phc1 -1.53 1.0E-05 1.2E-04 -1.37 3.0E-05 2.7E-04 ILMN_2791769 Ddb2 -1.52 0.0E+00 1.0E-06 -1.34 0.0E+00 3.0E-06 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-1.20 1.0E-05 7.5E-05 -1.15 1.0E-05 1.0E-04 ILMN_2654754 Gp38 -1.20 0.0E+00 2.6E-05 -1.19 0.0E+00 3.0E-05 ILMN_2655785 Hist1h2bk -1.20 0.0E+00 4.0E-05 -1.04 1.0E-05 1.1E-04 ILMN_2795949 D2Ertd750e -1.19 1.0E-05 1.5E-04 -1.14 2.0E-05 2.1E-04 ILMN_2776857 Mad2l1 -1.19 0.0E+00 4.4E-05 -1.06 1.0E-05 1.1E-04 ILMN_3116014 C530028I08Rik -1.18 1.0E-05 1.5E-04 -1.17 1.0E-05 1.6E-04 ILMN_2499264 4933428A15Rik -1.18 0.0E+00 4.1E-05 -1.26 0.0E+00 2.8E-05 ILMN_2734181 Acss2 -1.18 5.5E-04 2.6E-03 -1.12 8.2E-04 3.7E-03 ILMN_2672708 Lrp11 -1.18 0.0E+00 1.0E-06 -1.08 0.0E+00 1.0E-06 ILMN_2755585 Avpi1 -1.18 2.0E-04 1.2E-03 -1.29 9.0E-05 6.7E-04 ILMN_3161390 Slc28a1 -1.18 0.0E+00 1.5E-05 -1.06 0.0E+00 3.4E-05 ILMN_1236539 Pfkl -1.18 2.5E-03 8.7E-03 -1.04 5.4E-03 1.7E-02 ILMN_1225552 Arsa -1.18 0.0E+00 2.0E-06 -1.07 0.0E+00 4.0E-06 ILMN_2697954 Chd9 -1.17 0.0E+00 0.0E+00 -1.16 0.0E+00 0.0E+00 ILMN_2685772 Sort1 -1.17 0.0E+00 2.0E-06 -1.08 0.0E+00 3.0E-06 ILMN_1228298 Fbxo3 -1.17 0.0E+00 1.7E-05 -1.07 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