Université Cheikh Anta Diop De Dakar
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UNIVERSITÉ CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR ECOLE DOCTORALE : Ecole doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l’Environnement (ED-SEV) FACULTE (OU ECOLE) : Ecole Inter-Etats des Sciences et Médecine Vétérinaires (EISMV) Année : 2016 N° d’ordre : 240 THESE DE DOCTORAT D’UNIVERSITE Spécialité : Santé et biotechnologies animales Présentée par : Ahmed Bezeid EL MAMY BEYATT Titre : Epidémiologie de la fièvre de la Vallée du Rift en zone aride : Exemple de la Mauritanie Soutenue le 13 Octobre 2016 devant le jury composé de : Président : M. Emmanuel BASSENE, Professeur (FMPO/UCAD) Rapporteurs : M. Ayayi Justin AKAKPO, Professeur (EISMV de Dakar) M. Yaya Thiongane, Directeur de recherche (ISRA) M. Issa WONE, Maître de conférences agrégé (UAS de Ziguinchor) Examinateur : Mme Rianatou BADA-ALAMBEDJI, Professeur (EISMV de Dakar) Directeur de thèse : M. Yaghouba KANE, Maître de conférences agrégé (EISMV de Dakar) **************************************************************************************************************** Co-Directeur de thèse : Mme Catherine Cêtre-Sossah, PhD, HDR (CIRAD, Sainte Clotilde, la Réunion, France) Invité : M. Renaud Lancelot, PhD (CIRAD, Montpellier, France) i Abréviations ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire BAD : Banque Africaine de Développement CNERV : Centre National d’Elevage et de Recherches Vétérinaires CIRAD : Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement CMAEE : Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes CSLP : Cadre stratégique de lutte contre la pauvreté DE : Direction de l’Elevage DSV : Direction des services vétérinaires ED/SEV : Ecole Doctorale Science de l’Environnement et de la Vie EISMV : Ecole Inter-Etats des Sciences et Médecine Vétérinaires ELISA: Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay FAO : Food and Agriculture Organization FVR : fièvre de la Vallée du Rift IgM: Immunoglobuline de type M IgG : Immunoglobuline de type G ISET : Institut Supérieur d’Enseignement technologique ISRA : Institut Sénégalais de Recherche Agricole LNERV : Laboratoire National d’Etudes et de Recherches Vétérinaires ME : Ministère de l’élevage OIE : Organisation mondiale de la santé animale OMC : Organisation Mondiale du Commerce OMS : Organisation Mondiale de la Santé PACE : Programme Pan Africain de Contrôle des Epizooties PADEL : Projet d’Appui au développement de l’Elevage PCR : Polymerase Chain Reaction PIB : Produit Intérieur Brut REMEMA : Réseau Mauritanien d’Epidémiosurveillance des Maladies) RNP : Ribonucléoprotéine RT-PCR : Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction SCAC : Service de Coopération et d’Action culturelle TAM : Transport de l’Agglomération de Montpellier TCP : Programme de Coopération Technique UTR : Unstranslated region ii REMERCIEMENTS En premier lieu, je tiens à remercier le Service de coopération et d’action culturelle (SCAC) de l’Ambassade de France en Mauritanie pour l’octroi de la bourse qui a permis de couvrir les frais de mes trois premières années de thèse ainsi que le projet européen FP7-KBBE-Vmerge (Emerging, Viral Vector-Borne Diseases) pour avoir pris en charge les frais d’inscription des autres années. Je remercie les Professeurs Emmanuel BASSENE, Justin Ayayi AKAKPO, Yaya THIONGANE, Issa WONE et Rianatou BADA-ALAMBEDJI pour avoir accepté de faire partie de mon jury. Je tiens à remercier vivement le Professeur Yaghouba KANE pour avoir d’abord accepté d’être mon Directeur de thèse et ensuite pour l’encadrement, les conseils fraternels, la rigueur et le soutien exemplaire tout au long de ce travail. Au même titre, je tiens à remercier vivement le Dr Catherine CÊTRE-SOSSAH pour la qualité de son encadrement, sa vision et sa patience. Sans votre persévérance à tous les 2, ce travail aurait eu du mal à s’achever. Je remercie également le Dr Renaud LNACELOT, qui, malgré ses multiples occupations, a toujours consacré son temps pour discuter, orienter et corriger ce manuscrit. Je remercie aussi Mesdames Cécile SQUARZONI et Caroline COSTE pour leur contribution importante dans la partie mobilité animale et analyse de risque aussi bien pour les analyses réalisées que pour la formation qu’elles m’ont délivrée. Mes sincères remerciements vont également aux différents Directeurs du laboratoire National d’Elevage et de Recherches Vétérinaires (LNERV) de l’ISRA à Dakar notamment Dr Yaya THIONGANE, et Dr Momar Tala SECK, au personnel du laboratoire surtout à mon ami et collègue Moustapha Lo et ma sœur Mariame DIOP pour leur disponibilité et pour la qualité des analyses de biologie moléculaire et d’isolement qui ont conduit au séquençage des souches de 2010, et sans oublier Mme NDOYE et tous les autres. Je tiens également à remercier le CIRAD et particulièrement les responsables de l’UMR 15 Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes (CMAEE), les Drs Thierry iii LEFRANÇOIS et Renaud LANCELOT pour m’avoir accueilli dans leur laboratoire en 2014 et 2015 et leur staff Aurélie PEDARRIEU, Denise BASTRON, Nadège CASSESE, et Patricia GIL pour leur assistance et encadrement. Je remercie également Elena ARSVESKA pour son aide précieuse pour l’usage du logiciel Zotero je n’oublie pas de remercier Paolo Pimenta pour ses services à la TAM. Je remercie tous les amis du Campus de Baillarguet du CIRAD : François Thiaucourt, Renata, Olivier, Nicolas Gaidet, Gilles Balança, Marie Noel, Daouda, Thierno, David, Andrea, Sylvain, la famille Billand. Je remercie les directeurs respectifs du CNERV, Dr Diallo Boubacar, Dr Diarra Idrissa, Dr Dia Mamadou Lamine, Dr Doumbia Baba, Mr Isselmou Abdatt et Dr Moctar Abdellah pour les facilités administratives qu’ils m’ont toujours offertes. Je remercie aussi Mme Ekaterina Isselmou pour sa disponibilité et pour la qualité des analyses de laboratoire réalisées et les autres du staff du service (Nava, Sidi Mohamed, Abdellah, Cheikhna, Hassan, Oumar et Mariéme) pour leur patience et leur diligence. Je remercie également les collègues des services vétérinaires notamment mon ami et frère Dr Mohamed Baba Gueya, DSV pour ses multiples services et appuis. Je remercie Yahya Barry pour sa contribution à la mise en forme finale de ce manuscrit et je lui souhaite plein succès ainsi qu’à Ahmed Salem El Arbi pour leurs thèses respectives. Je remercie enfin tous les agents du REMEMA pour les efforts déployés dans la surveillance de la FVR et dont les résultats ont contribué à enrichir les données de ce travail. iv DEDICACES Ce travail est dédié à ma famille A mon pays, la Mauritanie A l’ordre National des Vétérinaires de Mauritanie A l’Association Mauritanienne de Santé Publique A tout le personnel du CNERV et de la DSV A tous les jeunes chercheurs du CNERV Au nouveau Ministère de l’Elevage de mon pays Au Département de Production et Santé Animale (DPSA) de l’ISET de Rosso A tous mes amis v A NOS MAITRES ET JUGES A notre maître et Président du Jury, le Professeur Emmanuel BASSENE, Vous avez accepté avec beaucoup d’enthousiasme et de spontanéité de présider ce jury, malgré votre calendrier très chargé. Vos hautes qualités scientifiques et votre approche facile justifient notre choix pour la présidence de ce jury de thèse. Nous vous prions de trouver ici l’expression de notre sincère gratitude et profond respect. A nos maîtres et rapporteurs de thèse Le Professeur Ayayi Justin AKAKPO, Vous nous avez accordé un privilège en acceptant de corriger cette thèse. Comme d’habitude, vous l’avez fait avec beaucoup de rigueur et d’attention. Votre humilité sans façon, vos conseils d’homme avisé, vos hautes qualités humaines et intellectuelles nous ont très profondément marqués et font de vous notre modèle. C’est ici l’occasion pour nous, Maitre, de vous témoigner nos sincères remerciements et profonde reconnaissance. Le Dr Yaya Thiongane Votre énorme expérience avec la FVR et vos qualités intellectuelles et humaines ont contribué à améliorer ce travail. La qualité de l’accueil et de l’encadrement lors des multiples séjours dans votre laboratoire nous ont beaucoup marqué. Que ce travail soit le langage de notre profonde gratitude. Le Professeur Issa Wone Votre persévérance et votre rigueur ont contribué largement à améliorer ce travail. Vous nous avez honorés de votre participation malgré des circonstances atténuantes survenues à la même période. C’est ici l’occasion pour nous, Maitre, de vous témoigner nos sincères remerciements et profonde reconnaissance. A notre maître et examinateur de thèse, le Professeur Rianatou BADA-ALAMBEDJI Malgré vos multiples occupations vous avez accepté de participer à notre jury. Vous nous avez habitués à cette disponibilité depuis que nous avons eu l’honneur de faire votre connaissance. Trouvez ici l’expression de nos sincères remerciements et notre gratitude. vi A notre maître et Directeur de thèse le Professeur Yaghouba KANE Vous avez été la clé principale de l’aboutissement de ce travail à travers votre rigueur, votre persévérance et vos orientations. Vous avez également été un correspondant à tout résoudre. Vous avez été tout pour nous. C’est ici l’occasion pour nous, Maitre, de vous témoigner nos sincères remerciements et profonde reconnaissance. A notre maître et Co-directeur de thèse Dr Catherine Cêtre-Sossah Vous avez été également la clé en double de l’aboutissement de ce travail malgré vos occupations et la distance qui nous sépare. Votre rigueur scientifique et votre optimisme nous toujours poussé à avancer et à traverser les périodes difficiles. Que ce travail reflète notre profonde gratitude et la sincérité de notre collaboration. A notre maître et Co-directeur de thèse Dr Renaud