Remerciements Parce que je n’étais pas faite pour les études d’après ma prof de Terminale… Je tiens à remercier toutes les personnes qui ont cru en moi et qui m’ont soutenu lors de ces trois années de thèse. Je tiens d’abord à remercier mon jury de thèse Christophe Thébaud, Irène Till-Bottraud, Joëlle Ronfort, Juliette De Meaux et Maxime Bonhomme, de prendre le temps d’évaluer mon travail. Je tiens également à remercier tous les membres de mes deux comités de thèse qui ont été plein de bons conseils ; Nina Hautekèete, Dominique Roby, Valérie Le Corre et Mathieu Gautier. Enfin je remercie les financeurs de ma thèse : la région Midi-Pyrénées et le LabEx TULIP. Je continue ces remerciements par toi Fabrice, sans qui cette incroyable aventure aurait été complètement différente ! J’ai toujours une phrase en tête, entendu lors d’une pause au GEPV : « les étudiants en thèse avec Fabrice ont énormément de chance ». A l’époque, j’étais à mille lieux de penser qu’un jour c’est moi qui aurai ce privilège. En effet, tu m’as fait confiance dès le début alors que je n’y connaissais pas grand-chose en génomique ! Merci de m’avoir soutenue tout au long de ces trois ans dans mes projets scientifiques (ma thèse, l’organisation du colloque SPE, la création de l’AJS, la vulgarisation scientifique) mais également dans mes projets personnels (notamment avec la rénovation de la « pénichette »). Tu as toujours été très présent, notamment sur le terrain et en cette fin de thèse. Je ne pense pas qu’il y ait beaucoup de directeurs de thèse qui prennent autant de temps pour leurs étudiants. Pour tout cela je te remercie infiniment. Et « oui » tes doctorants sont privilégiés ! Affronter cette thèse a était rendu possible grâce à toute une équipe que je remercie grandement, par ordre de rencontre: - Etienne ; merci d’avoir égaillé mes premiers mois de thèse avec ta bonne humeur et ton humour, tes « conneries » m’ont quand même bien manquées après ! - Claudia ; Ah Claudia !!! Qu’aurai été cette thèse sans toi ! Déjà scientifiquement, tu m’as beaucoup apporté et tu as toujours été là quand j’en avais besoin. Et puis viens notre amitié qui a commencé lors de nos pauses sportives assez intensives. Merci pour ta présence, tes nombreux conseils et tous ces bons moments passés ensemble. - Cyril ; merci pour ta gentillesse et ta bonne humeur au quotidien. Tu as toujours le petit mot qui fait plaisir et valorise. Et puis parce que la vie à part le « poney-piscine », c’est aussi « tapply », merci ! - Baptiste ; merci pour ta patience pour m’expliquer la bio mol… Et merci pour ton aide sur le terrain. - Jaishree ; Thanks for your happiness those last few months ! Have a good luck for your thesis! - Je tiens aussi à remercier tous les stagiaires qui sont passés dans l’équipe ; Taeken, Arnaud, Mylène, Eve, Kevin et Thomas. Parce que si j’en suis ici, c’est un peu votre faute… un immense merci à vous Nina et Yves. Mille mercis de m’avoir mis sur les voies de la recherche, sans vous je n’aurais surement jamais osé pousser les portes d’un labo ! Un remerciement tout particulier à Nina que je considère un peu comme ma mère scientifique. Tu as été là dans des moments difficiles et tu m’as toujours Remerciements «reboosté». Que ce soit avec les huiles essentielles à ma soutenance de M2, pour ma recherche de thèse et maintenant de postdoc ou dans ma vie perso. Merci ! Je tiens également à remercier toutes les personnes avec qui j’ai pu collaborer durant cette thèse ; - Merci Mathieu Gautier de m’avoir formé à BayPass et surtout d’avoir toujours été ultra réactif à toutes mes questions. - Merci beaucoup Dominique Roby pour ton aide sur toute la partie gènes candidats. - I greatly thank Annie Schmitt for your hospitality in Davis laboratory during two months, your kindness, the time you took for me and the very constructive scientific exchanges. Thank you also to Miki and the Schmitt team. Thank you too Sharon Strauss, Jennifer Gremer and Daniel Runcie for your helpful scientific advices. - Merci également à Jérôme Gouzy et Sébastien Carrère pour la partie traitement bioinfo, et merci à Ludo pour ta patience ! Je remercie les directeurs successifs du laboratoire LIPM Dominique Roby puis Claude Bruand. Je tiens également à remercier de manière plus générale tout le personnel du laboratoire, notamment ; - Fabrice, Claudette, Jean Luc, Marine pour toute leur aide sur les différentes manips. - Christophe et Philippe pour la fabrication du quadrat pour le terrain. - L’ensemble du service gestion, notamment Christophe que j’ai très souvent sollicité pour mes ordres de missions en pagaille … - Soon et Isabelle qui ont toujours été là pour mes petits problèmes informatiques ! - Dominique, Christian et Florent pour votre gentillesse. - Ariane, Aude, Thomas, Vincent, Pierre D et Lucas merci de votre enthousiasme pour l’organisation des journées SPE ! Ce n’était pas toujours facile, mais on a géré !! - Merci également à Alissounette, Camille, Popo, Pierre B, Gaelle, Corine, Eliane, Mireille, Marielle, Carine, Medhi, Sylvie, Céline, Richard, Marta, Patrice, Fabienne, Sandra, Alice… - Merci à tous les membres fondateurs de l’AJS, cette aventure a été formidable. Merci Harold (pour ta motivation à toutes épreuves !), Aude, Manon, Hélène, Mathilde, Rémi, Franck, Ariane…. - Florence et Shérifa, les femmes de ménages qui, tous les jours, passent avec un sourire et toujours une petite attention. Finir cette thèse a également été possible grâce à de nombreuses personnes extérieures à la science ; Merci donc à tous mes amis pour vos soutiens pendant ces trois années. - Les « plus anciens » ; Poupoule, Delphine, Yohan, Réjou, Clémentine & Seb, Laure & PY. - Les « Lillois » : Zaza, Julie, Florence, Arnaud, Nico, Justine, Sophie, Cynthia & Pierre, Benjamin, Franciane. - Les « dérivés du labo » : Alissounette (merci pour ta folie ! Du premier aux derniers jours de ma thèse tu auras été d’un grand soutien), Camille, Popo (toujours pétillante et pleine d’attentions), Carlos, Pipou… Remerciements - Tous les grimpeurs, merci de m’avoir permis de m’évader dans la bonne humeur ; Ivanna (tout simplement mille mercis d’avoir été présente pour moi, tant de chose partagées ces deux dernières années), Anne, Clarisse, Quentin (Merci pour ces ptites pauses en fin de thèse indispensable à ma survie !), Jérôme, Sylvain T, Loïc, Adrien, Marie, Maud, Sylvain F (merci pour les tableaux renversés), David R, David P, Thomas, Yohan, Alice, Maria, Lisa et tous les autres. Merci à vous tous, vous êtes supers !!! - Les « runneurs » du midi, indispensable pour se vider la tête : Claudia, Romain, Popo, Adrien, Marina, Yolaine, Mathew… - Les musiciens ; Monsieur Massot, Catherine, Harold, Julien (Merci de m’avoir soutenu la dernière année ; toujours les bons mots pour me redonner confiance dans des moments clés de ma thèse !) - Les Américains ; Jared, Monica, Hayley & Masha, Creg & Molly, Corey, Logan, Marla, Dana & Kent…. Thank you for all, you’re amazing ! - Enfin un immense merci à tous mes voisins portuaires qui ont été d’un formidable soutien les dernières semaines, vos sourires et vos attentions m’ont vraiment aidé à tenir le coup jusqu’au bout… Merci : Mélo, Alvaro, (Pascal et Valérie)x2, Abde, Greg, Quentin, Manu, Baptiste, Victor, Xavier, Mumu, Patrice, Michel, Anique, Christophe, Thibaut, Phiphi, Guy, Rosalia, Jean-François, Sisi, Carine, Agnès, Céline, Luc, Eric, René… Un merci ++ à Céline pour les massages shiatsu qui m’ont bien détendu ;) et enfin un grand merci à Noé qui m’a soutenu ces derniers mois, tu as été d’une gentillesse et d’une patience extrême avec moi ! Je finirai ces remerciements par ma famille. Un immense merci à « mes parents Toulousains » Thibault et Solenn ! Sans vous et vos princesses ma vie ici aurait été tout autre ! Merci pour tout ce que vous avez fais pour moi pendant ces trois années, c’est juste inestimable ! Merci à Cléanne et Elia, j’en suis complètement gaga, elles sont formidables ! Enfin, je remercie ma famille de leurs soutiens à toutes épreuves depuis de longues années ! Merci au G4 + bop’ power indispensable à ma survie ! Merci à Noé(mie!) et Margot d’être toujours là pour moi, c’est tellement important de savoir que je peux compter sur mes sœurs n’importe quand ! Merci Sylvain d’être là pour toutes les trois et de m’avoir un peu poussé à aller à la fac après la prépa ! Merci papa pour avoir accepté ce défi un peu fou de retaper le Lenoma qui m’a permis de vivre dans un cadre exceptionnel. Merci à toi et Lucile pour tous ces petits moments d’évasion à la Source. Enfin, un grand merci à toi maman d’avoir toujours cru en moi, de toujours nous avoir poussé vers le haut et d’avoir voulu pour moi et mes sœurs ce qu’il y avait de meilleur. « C’est un beau fruit, mais il n’est pas mûr, et nous serons morts avant que le soleil de la pratique et de l’expérience ne l’ait mûri » Etienne de Montgolfier Table des matières I. Introduction générale A. Adaptation aux changements globaux ……………………………………………… 1 Importance de l’effet des changements globaux sur la biodiversité …………….. 1 Se rapprocher d’un nouvel optimum phénotypique via la plasticité phénotypique ……………………………………………………………………………………………… 4 Migrer pour fuir un milieu devenu défavorable ………………………………………….. 5 Adaptation locale via la sélection génétique ………………………………………………. 6 B. Identification des bases génétiques de l’adaptation …….……………….. 8 1. Méthodes d’analyses génome-environnement …………..…………………..…… 10 Approche individu-centré …………………………………………………………………….. 11 Approche populationnelle …………………………………………………………………... 12 Nécessité de tenir compte des pressions de sélection non seulement abiotiques, mais aussi biotiques …………………………………………………………… 15 2. Méthodes de QTL mapping sur des traits supposés adaptatifs ……….……. 16 Replacer les études de QTL mapping dans un contexte écologiquement réaliste ……………………………………………………………………………………………….… 22 C.