Knots, Lassos, and Links
KNOTS, LASSOS, AND LINKS pawełdabrowski˛ -tumanski´ Topological manifolds in biological objects June 2019 – version 1.0 [ June 25, 2019 at 18:23 – classicthesis version 1.0 ] PawełD ˛abrowski-Tuma´nski: Knots, lassos, and links, Topological man- ifolds in biological objects, © June 2019 Based on the ClassicThesis LATEXtemplate by André Miede. [ June 25, 2019 at 18:23 – classicthesis version 1.0 ] To my wife, son, and parents. [ June 25, 2019 at 18:23 – classicthesis version 1.0 ] [ June 25, 2019 at 18:23 – classicthesis version 1.0 ] STRESZCZENIE Ła´ncuchybiałkowe opisywane s ˛azazwyczaj w ramach czterorz ˛edowej organizacji struktury. Jednakze,˙ ten sposób opisu nie pozwala na uwzgl ˛ednienieniektórych aspektów geometrii białek. Jedn ˛az braku- j ˛acych cech jest obecno´s´cw˛ezła stworzonego przez ła´ncuchgłówny. Odkrycie białek posiadaj ˛acych taki w˛ezełbudzi pytania o zwijanie takich białek i funkcj ˛ew˛ezła. Pomimo poł˛aczonegopodej´sciateore- tycznego i eksperymentalnego, odpowied´zna te pytania nadal po- zostaje nieuchwytna. Z drugiej strony, prócz zaw˛e´zlonych białek, w ostatnich czasach zostały zidentyfikowane pojedyncze struktury zawie- raj ˛aceinne, topologicznie nietrywialne motywy. Funkcja tych moty- wów i ´sciezka˙ zwijania białek ich zawieraj ˛acych jest równiez˙ nieznana w wi ˛ekszo´sciprzypadków. Ta praca jest pierwszym holistycznym podej´sciemdo całego tematu nietrywialnej topologii w białkach. Prócz białek z zaw˛e´zlonymła´ncu- chem głównym, praca opisuje takze˙ inne motywy: białka-lassa, sploty, zaw˛e´zlonep ˛etlei ✓-krzywe. Niektóre spo´sród tych motywów zostały odkryte w ramach pracy. Wyniki skoncentrowano na klasyfikacji, wys- t ˛epowaniu, funkcji oraz zwijaniu białek z topologicznie nietrywial- nymi motywami. W cz ˛e´scipo´swi˛econejklasyfikacji, zaprezentowane zostały wszys- tkie topologicznie nietrywialne motywy wyst ˛epuj˛acew białkach.
[Show full text]