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Campagne D'évaluation 2013-2014

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Campagne D'évaluation 2013-2014 Dossier d'évaluation Vague E : campagne d’évaluation 2013-2014 Nom de l’unité : Ecologie, Systématique et Evolution Acronyme : ESE Nom du directeur pour le contrat en cours : Paul Leadley Nom du directeur pour le contrat à venir : Jane Lecomte Type de demande : Renouvellement à l’identique □ Restructuration □ Création ex nihilo □ Choix de l’évaluation interdisciplinaire de l’unité de recherche : Oui □ Non Sommaire 1. Présentation de l’unité ...................................................... 1 Politique scientifique ........................................................... 1 Profil d’activités ................................................................. 3 Organisation et vie de l’unité de recherche ............................... 4 Faits marquants .................................................................. 6 2. Réalisations ..................................................................... 8 A. Équipe : Biodiversité, Systématique et Evolution (BSE) .............. 8 B. Équipe : Écologie des populations et des communautés (EPC) ...... 13 C. Équipe : Écophysiologie Végétale (EV) ................................... 19 D. Équipe : Génétique et Écologie évolutives (GEE) ...................... 26 3. Implication de l’unité dans la formation par la recherche ........... 31 École doctorale et doctorants ......................................................... 31 Formations d’enseignement supérieur (Licence et Master) ..................... 31 4. Stratégie et perspectives scientifiques pour le futur contrat ....... 33 Gouvernance ..................................................................... 34 Projet scientifique .............................................................. 35 A. Équipe : Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes (DEEM) ............ 35 B. Équipe : Écologie des Populations et des Communautés (EPC) ............. 37 C. Équipe : Écophysiologie Végétale (EV) ........................................... 39 D. Équipe : Évolution des Angiospermes (EVA) .................................... 41 E. Équipe : Génétique et Ecologie Evolutives (GEE) .............................. 43 F. Equipe : Trajectoires ÉcologiqueS et Société (TESS) .......................... 44 Liste des Annexes ................................................................ 47 1. Présentation de l’unité L'Unité ESE (Écologie, Systématique et Évolution, UMR 8079) est localisée sur les campus d'Orsay et de Chatenay-Malabry (un groupe de recherche) de l'Université Paris-Sud. Les tutelles principales sont l’Université Paris-Sud (PSUD) et le CNRS. AgroParisTech est une tutelle secondaire importante, et nous avons quelques personnels permanents d'autres structures comme l’UPMC, l’Université Paris-Diderot et l’UVSQ. Nous demandons à ce qu’AgroParisTech redevienne une des tutelles principales en raison des intérêts forts partagés entre AgroParisTech et notre unité et de son investissement croissant dans notre laboratoire en termes de moyens humains. Les activités scientifiques de l'unité couvrent un large panel de recherches en écologie (ex : écophysiologie végétale, écologie des populations, écologie des communautés, écologie de la conservation, ingénierie écologique, écotoxicologie), la systématique (notamment les plantes à fleurs et les procaryotes), et l'évolution (ex : génétique évolutive, co-évolution, évolution et développement, évolution des plantes cultivées). L'unité existe depuis plus de vingt-cinq ans sous des formes diverses (URA, UPRESA, UMR) mais avec des contours et missions relativement stables. L'unité a intégré en son sein une équipe de biospectroscopie végétale lors du précédent contrat et les membres de l'équipe « Santé Publique- Environnement » de la faculté de pharmacie de Chatenay-Malabry au début du contrat actuel. Aucune intégration de nouvelles équipes n'est demandée pour le prochain contrat, mais la dynamique du projet IDEEV (voir ci-dessous) attirera potentiellement de nouvelles équipes dans les cinq ans à venir. Politique scientifique Les réseaux d'interactions en forte évolution L’unité ESE a démarré la période de contractualisation actuelle par des collaborations étroites avec des laboratoires travaillant sur les plantes via l’IFR87 « La plante et son environnement ». L'unité ESE étudiant une gamme d’organismes plus large que les plantes et l'IFR arrivant à son terme en 2013, nous avons effectué un rapprochement avec les laboratoires travaillant sur des thématiques d’écologie et évolution : LEGS (Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation), DEEIT (Diversité, Écologie et Évolution des Insectes Tropicaux) et GVM (Génétique Végétale de la Ferme du Moulon). Nos laboratoires sont actuellement regroupés au sein d’une Fédération de Recherche IDEEV (Institut Diversité, Écologie et Évolution du Vivant, FR3284) du CNRS, fortement soutenue par l’Université Paris-Sud et l’IRD. Dans le cadre du prochain contrat, l’ensemble de ces unités va se regrouper géographiquement sur le plateau de Saclay. La planification de ce regroupement a fortement mobilisé les personnels de l'unité pendant la période de contractualisation actuelle. L’IDEEV a comme objectif de renforcer les spécificités de chaque unité, ainsi que les liens entre l’ensemble des partenaires. Ce déménagement permettra aussi un regroupement des équipes d’ESE actuellement localisées à Orsay et à Chatenay-Malabry. L’unité ESE est l'un des laboratoires fondateurs du Labex BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat). BASC est un consortium interdisciplinaire de 13 laboratoires dont les recherches seront orientées vers la compréhension et la prédiction de la dynamique des systèmes sociaux-écologiques (SSE) et de leurs composantes dans le contexte des changements globaux. Cette compréhension permettra la conception et la mise en œuvre de stratégies raisonnées de gestion durable, d’innovations et de transferts technologiques, mais aussi la diffusion des connaissances vers le public, les gestionnaires des ressources naturelles et les politiques. BASC s'appuie sur de très fortes compétences collectives en sciences du climat, en génétique, en génomique, en biologie évolutive, en écologie, en agronomie, en sciences sociales et en économie. Les thématiques de recherche de l'unité et leurs évolutions pendant la période de contractualisation L’unité ESE a comme objectifs de promouvoir des recherches à la fois fondamentales et appliquées, dans les domaines de l’écologie et de l’évolution. Les chercheurs de l’unité travaillent 1 sur une large gamme d’organismes et d’écosystèmes, allant des écosystèmes d’eaux douces et marins aux écosystèmes terrestres, ces derniers correspondant à une majorité des recherches. Une des stratégies scientifiques de notre unité de recherche consiste à renforcer les interactions, et à en tisser de nouvelles, avec d’autres chercheurs aux niveaux local, national et international, et en particulier pour des interactions multidisciplinaires, voire interdisciplinaires. Le but de ces interactions est d’accroitre notre capacité à appréhender des questions sociétales majeures et d’approfondir notre compréhension des dynamiques complexes régulant l’évolution, la perturbation et le fonctionnement des organismes et des écosystèmes. Nous pensons qu’en outre ces interactions et réseaux contribuent à accroitre la visibilité de nos recherches à tous les niveaux. Le laboratoire est reconnu dans les domaines de l’écologie, la biodiversité et l’évolution, et nous maintenons nos efforts pour rester moteur dans ces disciplines, aux niveaux national et international. Renforçant en parallèle nos efforts en matière de travail multidisciplinaire, nous présentons ci-dessous, trois de nos principales initiatives récentes dans ce cadre: Établir des passerelles entre l’écologie et l’évolution – L’établissement de liens plus étroits entre l’écologie et l’évolution constitue un des objectifs de notre unité depuis plusieurs années. Cette recherche collaborative, qui jusqu’à très récemment n’avait connu que des progrès modestes, est en plein essor, grâce à plusieurs projets et à des recrutements récents : l’équipe de métagénomique a récemment été renforcée par le recrutement d’un jeune enseignant-chercheur en écologie fonctionnelle afin d’explorer la métagénomique fonctionnelle des communautés microbiennes des eaux marines profondes ; deux enseignants-chercheurs ont débuté un projet collaboratif pour étudier la génomique fonctionnelle et l’écophysiologie de deux espèces de frêne (genre Fraxinus) et de leurs hybrides en réponse au stress hydrique ; les membres du laboratoire ont contribué au pilotage de trois ateliers internationaux visant à étudier les liens entre les réponses au changement climatique d’un point de vue de l’évolution et de l’écologie. Enfin, l’IDEEV (Institut Diversité, Écologie et Évolution du Vivant) a comme objectif de renforcer cette collaboration entre l'écologie et l'évolution, en construisant des liens forts entre les laboratoires ESE, Génétique Végétale du Moulon et le Laboratoire Évolution, Génomes et Spéciation (LEGS). Ceci sera favorisé en utilisant les incitations financières de l’IDEEV et en demandant des recrutements de personnel permanent et temporaire au sein d’ESE et de l’IDEEV. Bâtir une recherche multidisciplinaire sur des territoires durables – Le progrès scientifique permettant d’évoluer vers un développement durable dépendra de la création d’une recherche multidisciplinaire forte. Les collaborations entre les chercheurs d’ESE et ceux d’autres disciplines telles que la sociologie, l’économie, l’agronomie ou les sciences du climat,
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