Centre de Recherche en Infectiologie Porcine et Avicole Swine and Poultry Infectious Diseases research Center Les résultats 2020 de génomique des virus aviaires au Québec

Carl A. Gagnon, DMV, PhD, Professeur titulaire,

Laboratoire de diagnostic moléculaire (LDM), Réovirus (haut) et poxvirus (bas) aviaires. Image de C. Provost. Service de virologie, de sérologie aviaire et de de microscopie électronique, FMV. UdeM. séquençage à haut débit vétérinaire (LSHDV) Faculté de médecine vétérinaire (FMV), Poste: 8681 Courriel: [email protected] Séquençage du génome entier des pathogènes aviaires

http://servicedediagnostic.com/personnel-et- laboratoires/service-de-sequencage/ Tableau 1 – Liste des pathogènes aviaires identifiés au Québec en 2020 par méthode moléculaire au Service de diagnostic

Catégorie de Nom Abréviation Maladie pathogènes

Bactéries Genre Espèce Chlamydophila spp a C. psittaci Chlamydiose aviairec Escherichia coli E. coli Colibacillose Mycobacterium spp b M. avium Tuberculose aviaire Mycoplasma gallisepticum M. gallisepticum (ou MG) Maladie respiratoire chronique Mycoplasma synoviae M. synoviae (ou MS) Synovite infectieuse

Parasite Genre Espèce Histomonas meleagridis H meleagridis Histomonose (peut avoir différents noms selon le syndrome observé) Pathogènes Virus Genre (Espèce) Atadenovirus (Duck atadenovirus A; DAdV-1 Syndrome de la chute de pontec anciennement Duck adenovirus-1) identifiés par PCR Aviadenovirus (Fowl aviadenovirus A to FAdV Hépatite à corps d'inclusion E; anciennement Fowl adenovirus A to E) Avibirnavirus (Infectious bursal disease IBDV Maladie de la Bursite infectieuse (ou maladie de en 2020 virus) Gumboro) Avipoxvirus (Fowl and Canarypox virus) Avian pox Variole aviaire

Flavivirus (West Nil Virus ou Virus du WNV ou VNO Fièvre du Nil occidentalc Nil occidental)

, 2021. , Gammacoronavirus (Avian coronavirus) IBV Bronchite infectieuse aviaire (inclus un syndrome important: fausses pondeuses) Gyrovirus (Chicken anemia virus) CAV Anémie infectieuse du poulet

Itovirus (Gallid alphaherpesvirus 1) ILTV ou GaHV-1 Laryngotrachéite infectieuse aviairec veterinarius Mardivirus (Gallid alphaherpesvirus 2) MDV ou GaHV-2 Maladie de Marek

Orthobornavirus (Psittacine bornavirus) PaBV Maladie de dilatation du proventricule

Orthoreovirus (Avian orthoreovirus) ARV Divers syndromes; ex. Arthrite virale

Tremovirus (Tremovirus A); nom AEV Encéphalomyélite aviairec

commun: Avian encephalomyelitis virus) Gagnon et al. LeGagnon al. et Nomenclature des virus qui seront discutés lors de la présentation

Genre (Espèce) Abréviation Maladie

Atadenovirus (Duck atadenovirus A; DAdV-1 Syndrome de la chute de pontea anciennement Duck adenovirus-1) Aviadenovirus (Fowl aviadenovirus A to FAdV Hépatite à corps d'inclusion E; anciennement Fowl adenovirus A to E) Avibirnavirus (Infectious bursal disease IBDV Maladie de la Bursite infectieuse (ou virus) maladie de Gumboro) Gammacoronavirus (Avian coronavirus) IBV Bronchite infectieuse aviaire (inclus un syndrome important: fausses pondeuses)

Itovirus (Gallid alphaherpesvirus 1) ILTV ou GaHV-1 Laryngotrachéite infectieuse aviairea

Orthoreovirus (Avian orthoreovirus) ARV Divers syndromes; ex. Arthrite virale aMaladies à notification immédiate. positifs en positifs Nombre de cas de cas 2020 PCR

Nombre de cas positifs 2 1 1 5 0 0 5 0 0 0 0 5 0

M. gallisepticum 52 M. synoviae 61 H. meleagridis 3 AEV 1 ARV 139 * DAdV-1 1 FAdV 25 IBDV 121 IBV 212 IBV (souche DMV) 60 ILTV 23

Chlamydophila spp 3 Mycobacterium spp 5 F E F e e x r r

Herpesvirus spp 1 o m m t i q PaBV 3 e e / / u B B e

20 a a VNO / F s s s s a e e u - - c c n o o

Avian pox 7 e u u r r

CAV 4 │

43 E

MDV x o t i q u e

/

F

, 2021. , veterinarius Gagnon et al. Le Le al. et Gagnon a u n e Nombre de cas 1 1 1 1 2 2 4 5 1 2 3 2 4 6 8 0 2 P 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 r o p à 8 o

. r 6 l a t ARV % i

o d n e

m 1 d 0 e FAdV 0 a % s n P

d c a e t a h 6

s o d . 6

g e s IBDV % è s é n

q e v u s é 2 e 2 t é . n IBV 6 r % c i é n s a

i e r 0 e n %

ILTV N S s

2 é o q n 0 u

2 s e é 0 n q c u é e s N.B.: n c é s recherche. de programmes de cadre le dans fait été ont d’ILTV (non séquençages Certains - inclus) d’ARV et d’ARV inclus) Aucun comparatif n’est possible avec la banque de données génomiques Québécoise de l’ORF5 du virus SRRP

En date du 31 mars 2021: La banque de données génomiques de souches québécoises du VSRRP possède 5430 séquences! Rappel: Plusieurs vétérinaires du secteur aviaire ont signé un accord de partage des séquences

 Jusqu’à présent, un total de 13 vétérinaires ont signé cet accord. La majorité des signatures ont été obtenues en 2017.  Quelques vétérinaires, dont certains soumettent une quantité non-négligeable de demandes d’analyses, n’ont pas signé l’accord.

Est-ce toujours important pour les vétérinaires du secteur avicole? Accord de partage des séquences du secteur aviaire (en résumé)

 Dans le cadre de cette entente et après avoir effectué le séquençage et la comparaison, le SD transmettra au vétérinaire qui en a fait la demande, les informations suivantes : a) le nom du vétérinaire qui a fourni le Spécimen, b) l’identifiant du Spécimen attribué par le SD, c) le pourcentage d’homologie pour le micro-organisme testé avec les séquences de la BS-Aviaire, d) les noms des vétérinaires qui ont soumis des spécimens avec des séquences homologues ainsi que leurs numéros d’identifiant. Accord de partage des séquences du secteur aviaire

Vous pouvez télécharger une copie de l’accord à l’adresse suivante:

https://readycloud.netgear.com/client/browselink.html#t=02e3qv8 acbmrou9sfnnp83h70lu/Accord_S%C3%A9quences_Aviaires

Si vous avez oubliez votre adhésion à cette accord, vous pouvez m’envoyer un courriel pour que je vous informe de votre participation (ou non) à cet accord. Atadenovirus (Duck atadenovirus A; anciennement Duck adenovirus-1; DAdV-1)

 Adénovirus de canard  Généralement asymptomatique chez les oiseaux aquatiques qui sont considérés être les réservoirs de ce virus  Agent étiologique du syndrome de la chute de ponte chez la poule  Peut provoquer jusqu’à une diminution de 40% de la production d’œufs avec des anomalies de la coquille.  Maladie à déclaration immédiate

 Un cas de virus identifié en 2020 chez le canard. DAdV-1

Canard (lors de signes cliniques qui sont rares) Problèmes respiratoires chez les jeunes oiseaux

2 à 7% de mortalité Can al., et Chenier

Vet J. 2019. J. Fowl aviadenovirus 4 strain HLJDAd15 (KX538980)

Fowl adenovirus C (NC_015323)

100 Fowl adenovirus A (NC_001720) Turkey adenovirus 5 isolate 1277BT (NC_022613)

100 Turkey adenovirus 1 (NC_014564) 100 Pigeon adenovirus 1 strain IDA4 (NC_024474)

100 Fowl adenovirus 5 strain 340 (NC_021221) Turkey adenovirus 4 isolate TNI1 (NC_022612) 100 99 Fowl adenovirus D (NC_000899) 100 100 Fowl adenovirus 6 strain CR119 (NC_038332) Fowl adenovirus E (NC_014969)

Goose adenovirus 4 (NC_017979) 9.7 Arbre phylogénique 100 Duck adenovirus 2 strain GR (NC_024486) 100 nucléotidique basé Duck adenovirus 3 isolate ZJJH07 (MH777397) 100 Duck adenovirus 3 isolate AHAQ13 (MH777396) 10 sur le génome Duck adenovirus 2 strain CH-GD-12-2014 (KR135164) 100 9.6 Duck adenovirus 3 isolate FJGT01 (MH777395) entier du DAdV-1 98 Duck adenovirus 3 isolate GDMM10 (MH777398)

Psittacine adenovirus 3 isolate HKU/Parrot19 (NC_025962) 100 Duck adenovirus 1 strain FMV-19-2234581 2019 100 Duck adenovirus 1 strain FMV-20-2234581 2020 80 Duck adenovirus 1 isolate D11-JW-017 (KJ452171) 78 Duck adenovirus 1 isolate D11-JW-012 (KJ452170) 100 DAdV-1 Duck adenovirus 1 isolate FJ12025 (KF286430) 98 Duck adenovirus A (NC_001813) 56 Duck adenovirus 1 isolate C10-GY-001 (KJ452173)

0.7 Duck adenovirus 1 isolate D11-JW-032 (KJ452172) Les souches DAdV-1 du Québec semblent être distinctes des

Duck adenovirus 1 strain FMV-19-2234581 (MN310513) autres souches rapportées au niveau mondial. Québec

Duck adenovirus 1 strain FMV-20-2440252

Duck adenovirus 1 isolate D11-JW-017 (KJ452171) 100

Duck adenovirus 1 isolate D11-JW-012 (KJ452170)

100 Duck adenovirus 1 isolate FJ12025 (KF286430) Chine, Irlande,

66 Corée du sud Duck adenovirus A (NC_001813)

21 Duck adenovirus 1 isolate C10-GY-001 (KJ452173) 20

Duck adenovirus 1 isolate D11-JW-032 (KJ452172) 0.003 Adénovirus aviaire (Fowl aviadenovirus – FAdV)

 Virus à ADN double brin, non-enveloppé (donc très résistant dans l’environnement)  5 espèces: A à E  12 sérotypes (1 à 12)

 Certains sérotypes sont associés à la maladie de l’hépatite à corps d’inclusion Tiré de: Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2012.

Possède le plus long génome parmi tous les Adénovirus

Longueur du génome en nucléotides Nombre total de cas de FAdV séquencés par année

50

s

é c

n 40

e

u

q

é s

30

s

a

c

e 20

d

e

r b

m 10

o N 0 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Année Demandes de séquençage de FAdV (distribution par vétérinaire)

Vet 1 30

Vet 2 s

é Vet 3 c 2019: n Vet 4 e n=4

u 16.7% Vet 5 q

é Moy±SD = 5.3 ± 3.3

20 Vet 6

s

s Vet 7

a c

Vet 8 e

d 28.6% 2020:

Vet 9 e r 10 n=9 b Moy±SD = 3.3 ± 2.7

m 33.3% o

N 42.9%

0 2019 2020 Tiré de: M.M. Yee Waye et al. Pharmaceuticals, 2010. . . anticorps neutralisants La fibre est la cible des PCR. par pour ladétection virusdu Gène de l’ . . . débit. séquençage à haut Alternative: le moléculaire? cible pour unsuivi Serait les génotypes. été utilisé pour identifier Avec le temps, ce test a . sérotypes identifier les est séquencé pour Le produit de PCR - ce une meilleure hexon est la cible 1 à 12. 1 à 8a 8b

Vaccination avec un vaccin 8a 8b sous-unitaire composé de la fibre du FAdV 8a est peu efficace chez les animaux infectés avec du FAdV 8b. ADENO 50 60 70 80 90 100 Génotypes

35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 FadV06 Arbre FAdV08a 2020-02-14 2020-03-02 phylogénique 2020-04-23 2020-07-09 2020-07-09 nucléotidique 2020-07-16 2020-07-20 2020-08-05 basé sur le gène 2020-08-12 2020-08-20 8b-1 2020-11-01 2020-11-05 de l’hexon du 2020-11-05 2020-11-27 2020-12-16 8b FAdV 2020-12-23 2020-07-08 2020-07-30 2020-01-07 2020-04-03 2020-05-06 Souches 2020 2020-05-15 2020-05-25 2020-07-29 8b-2 2020-09-22 2020-09-23 2020-09-23 2020-11-12 FAdV08b FadV11 Les carrés de couleurs 2020-07-16 2020-07-16 3 représentent la FadV03 CELO distribution des souches FAdV02 FAdV07 par vétérinaire (n=9) FAdV04 Le chemin optique influence les valeurs de densité optique et donc les valeurs de quantification d’un test ELISA

Faisceau

Chemin

optique Puits d’une plaque ELISA plaque d’une Puits Position des détecteurs (sensors) peut être légèrement variable d’un puit à l’autre augmentant la variabilité des Détecteurs plaques de puits à fond rond. Virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV)  Virus enveloppé possédant une capside hélicoidale. 120 à 160 nm de diamètre.

 Génome à ARNsb à polarité + (donc infectieux), polycistronique, polyadénylé en 3’ et d’environ 30 kb de long.  Phénomène de recombinaison génétique possible.

 Le gène de la protéine S* (Spike) ciblé pour le S séquençage car la S induit les Acs neutralisants et Coronavirus (PEDV). Image de C. Provost. Service de est variable en fonction des sérotypes. microscopie électronique, FMV. UdeM. Les coronavirus possèdent le plus grand génome des virus de l’ordre Nidovirales

Détection

Séquençage

Taxonomy Taxonomy Viruses of (ICTV). 2012. Viruses,Ninth Report the of InternationalCommittee on Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Nombre total de cas d'IBV séquencés par année

Mise en place du qPCR DMV

s 130

é c

n 110

e u

q 90

é s

70

s

a c

50

e

d

e

r 20

b m

o 10 N 0 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Année Demandes de séquençage d'IBV (distribution par vétérinaire)

90 Vet 1

Vet 2 s

é 80 Vet 3 c 2019: n Vet 4 e 70 n=11 u Vet 5 q Moy±SD = 8.6 ± 7.3 é 60

s Vet 6

s Vet 7

a 50 c

Vet 8

e 2020: d

40 18.9% Vet 9 e n=11 r Vet 10 b Moy±SD = 4.4 ± 4.3

m Vet 11

o 20 Vet 12 N 27.8% Vet 13 33.3% 0 2019 2020 IBV-S1 76 80 84 88 92 96 100

74 76 78 80 82 84 86 88 90 92 94 96 98 100 Arbre 2020-03-04 393 MASS41 2020-03-18 396 MASS41 2020-03-18 397 MASS41 2020-06-30 406 MASS41 phylogénique 2020-06-30 407 MASS41 2020-07-20 408 MASS41 Mass41 2020-03-30 400 MASS41 2020-04-09 402 MASS41 nucléotidique du 2020-04-29 404 MASS41 2020-01-08 380 MASS41 2020-09-21 411 CONN46 2020-11-25 421 CONN46 Conn46 2020-11-25 422 CONN46 gène partielle S1 2020-02-03 384 4/91 4/91 2020-02-11 385 CA1737 2020-11-25 420 CA1737 CA1737 2020-02-17 388 DMV des souches 2020-10-08 414 DMV 2020-02-11 386 DMV 2020-01-29 383 DMV 2020-03-06 395 DMV virales IBV du 2020-08-05 410 DMV 2020-01-06 379 DMV 2020-11-26 423 DMV 2020-12-11 424 DMV Québec en 2020 2020-12-15 425 DMV 2020-03-18 398 DMV 2020-01-20 382 DMV 2020-03-26 399 DMV 2020-11-05 415 DMV 2020-01-08 381 DMV DMV 2020-02-20 392 DMV Les carrés de couleurs 2020-04-20 403 DMV 2020-11-09 417 DMV représentent la 2020-11-12 418 DMV 2020-12-18 426 DMV distribution des souches 2020-07-20 409 DMV 2020-11-09 416 DMV 2020-02-19 389 DMV par vétérinaire (n=11) 2020-02-19 391 DMV 2020-02-19 390 DMV 2020-03-05 394 DMV 2020-06-11 405 DMV 2020-11-19 419 DMV 2020-04-09 401 DMV 2020-02-12 387 DMV 2020-10-08 413 DMV 2020-09-21 412 DMV IBV-S1 97 98 99 100

97 98 99 100 2020-02-17 388 2020-10-08 414 2020-02-11 386 2020-01-29 383 Souches DMV 2020 2020-03-06 395 2020-08-05 410 2020-01-06 379 (gène partiel S1) 2020-11-26 423 2020-12-11 424 2020-12-15 425 2020-03-18 398 2020-01-20 382 2020-03-26 399 Les carrés de 2020-11-05 415 2020-01-08 381 couleurs 2020-02-20 392 2020-04-20 403 représentent la 2020-11-09 417 2020-11-12 418 distribution des 2020-12-18 426 2020-07-20 409 souches par 2020-11-09 416 2020-02-19 389 vétérinaire (n=9) 2020-02-19 391 2020-02-19 390 2020-03-05 394 2020-06-11 405 2020-11-19 419 2020-04-09 401 2020-02-12 387 2020-10-08 413 2020-09-21 412 DMV ONTARIO DMV/1639/11 Souches détectés du virus IBV

Mass41

80 Conn46 s

é GA2013 c 70 n CA1737 e 60 u Qu16 q 50

é 4/91 s

DMV s

a 30

c

e d

20

e

r b

m 10

o N 0 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Année Proportion des génotypes d'IBV identifiés en 2020

Mass41 Conn46 20.8% CA1737 4/91 DMV 6.3% 66.7% 4.2% 2.1%

n = 48 32

30

s

f

i

t

i

s

o

p

Gagnon et al. Le Le al. et Gagnon

s 20 a

Origine des cas c

e 16

d

e

qPCR positifs r b

m 11

veterinarius o

pour la souche N 10

IBV DMV en 2020 2021. , 1 0

e ir e t s a u n u h n e e c n m d o e n à c n o t n n p le I o u r le o i u v o P n P E Détection de la souche DMV au jeune âge Risque du syndrome de fausses pondeuses?

Âges des Dossiers Total pools Dossiers oiseaux (jours) soumis testés positifs (n / %)

7 à 13 53 221 2 / 3.77%

Données 2020 Données 14 à 20 73 382 3 / 4.11%

Statuts des pools de dossiers DMV positifs (n / %)

Âges des Total des pools Positifs Douteux Négatifs oiseaux (jours)

7 à 13 9 4 / 44.44% 3 / 33.33% 2 / 22.22%

Données 2020 Données 14 à 20 20 12 / 60% 1 / 5% 7 / 35% Virus de la bursite infectieuse (ou virus de la maladie de Gumboro – IBDV)

Virus de la famille Birnaviridae Non-enveloppé Génome: Deux segments d’ARN Longueur total: environ 6100 nt

Représentation schématique du virus IBDV Tiré de: Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2012. Région séquencée Représentation pour la comparaison schématique des souches. de la Cela représente 8.8% réplication du du génome. génome viral d’IBDV Nombre total de cas séquencés d'IBDV par année

25

s

é c

n 20

e

u

q

é s

15

s

a

c

e 10

d

e

r b

m 5

o N 0 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Année Demandes de séquençage d'IBDV (distribution par vétérinaire)

Vet 1

Vet 2 s

é 15 Vet 3 c 2019: n Vet 4 e n=8 u Vet 5

q Moy±SD = 2.1 ± 1.1 é

s Vet 6

s 10 Vet 7 a

c 23.5%

Vet 8

e 2020:

d

e n=4 r

b 5 Moy±SD = 2.0 ± 1.4 m

o 50.0% N

0 2019 2020 VP2 93 94 95 96 97 98 99 100 Clusters

93 94 95 96 97 98 99 100 Référence Del-E Vac. Référence T1 2019-04-16 Arbre 2019-12-04 2019-04-30 2020-11-06 phylogénique 2020-12-07 2019-11-27

nucléotidique 2020-09-17 105_Pennsylvania 2019-10-23 du gène VP2 2019-10-30 2020-03-05 des souches 2019-09-10 2020-11-05 2019-11-27 IBDV 2019-2020 2020-03-05 2019-04-02 2020-04-15 2019-03-26 (8 cas en 2020) Référence 105_P 2019-09-20 2020-09-17 Les carrés de couleurs 2019-10-01 Classique représentent la 2019-11-29 Faragher 2019-03-25 52/70 distribution des souches 2019-12-09 vaccine par vétérinaire (n=8) 2019-04-28 Class. Référence Classique NC15 NC15 Référence Classique D78 Vac. Référence Classique Bursine 2 2019-04-15 66_Indiana Souches détectés du virus IBDV

Classique - Faragher 52/70 vaccine Classique - NC15

Classique - D78 s

é 20 Variant antigénique - 66_Indiana

c Variant antigénique - 105-P

n e

u 15

q

é

s

s 10

a

c

e d

5

e

r

b

m

o N 0 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Année Proportion des génotypes d'IBDV identifiés en 2020

Variant antigénique - 105-P

100%

n = 8 Proportion des génotypes d'IBDV identifiés en 2019

Classique - Faragher 52/70 vaccine Classique - NC15 Variant antigénique - 66_Indiana Variant antigénique - 105-P 23.5%

64.7% 5.9%

5.9%

n = 17 Orthoreovirus aviaire (avian reovirus – ARV)

Agent étiologique de: l’Arthrite virale Génome viral à ARNdb 10 segments Favorise le phénomène de mutations ponctuelles et de réassortiment des segments Gènes L1–L3 (3.8 à 3.9 kbp), M1–M3 (2.2 à 2.3 kbp) et S1–S4 (0,9 à 1.6 kbp) Il existe 6 espèces d’Orthoreovirus (l’un des derniers qui a été identifiée: Piscine Orthoreovirus)

Avian Orthoreovirus

Nelson Bay Orthoreovirus Représentation schématique du Reptilian gène poly- Orthoreovirus cistronique S1 des différents Mammalian Orthoreovirus Orthoreovirus

Baboon Orthoreovirus

Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2012. Le séquençage des ARV (gène S1: polycistronique – plus spécifiquement, on séquence le gène sC)

534 674 1622 1632

sC Plusieurs réovirus sont très résistant car ils possèdent plusieurs capsides! Orthoreovirus (capsides: n=2)

Avian Orthoreovirus Mammalian (ou ARV) Orthoreovirus

Cible des Acs neutralisants Et Cible du séquençage

Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2012. Équivalence entre les différentes nomenclatures de classification des ARV selon la séquence de sC Selon Lu et al. 2015 FMV (établi en 2013) Cluster 1 ARV Groupe-7 Cluster 2 ARV Groupe-8 Cluster 3 ARV Groupe-5 Cluster 4 ARV Groupe-2 Cluster 5 ARV Groupe-3 Cluster 6 ARV Groupe-4 Ind. (Cluster 4 like) ARV Groupe-1 Ind. (Cluster 3 like) ARV Groupe-6 Les génotypes d’ARV chez notre voisin Ontarien (Animal Health Laboratory -AHL)

Aucune référence n’est disponible dans les banques de données publiques pour plusieurs de ces génotypes! Nombre total de cas d'ARV séquencés par année

50

s

é c

n 40

e

u

q

é s

30

s

a

c

e 20

d

e

r b

m 10

o N 0 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Année Demandes de séquençage des réovirus aviaires (distribution par vétérinaire)

50 Vet 1

45 Vet 2 s

é Vet 3 c 40 22.9% n Vet 4

e 35 2019: u

q Vet 5

é 30 n=6

s 54.2% Vet 6

s Moy±SD: 8.0 ± 9.6

a 25 Vet 7 c

Vet 8

e d Vet 9 e 10 r 2020:

b Vet 10

m n=8 o

N 5 Moy±SD = 1.5 ± 0.8

25% 0 2019 2020 S1 60 65 70 75 80 85 90 95 100

56 58 60 62 64 66 68 70 72 74 76 78 80 82 84 86 88 90 92 94 96 98 100 2019-06-05 5 Clusters 2019-06-05 5 2019-06-14 5 2019-07-10 5 2019-07-12 5 2019-08-06 5 2019-09-11 5 2019-09-17 5 2019-07-29 5 Arbre 2019-02-08 5 5 2019-03-21 5 2019-02-19 5 2019-04-10 5 2019-09-12 5 phylogénique des 2019-09-12 5 2019-02-11 5 2019-02-13 5 2019-04-02 5 2019-02-25 5 souches ARV 2019-08-28 Autre_4 2019-10-18 Autre_4 Autre 4 2019-03-26 4 2020-12-07 4 2020-10-19 4 2019-2020 2019-11-13 4 2020-06-06 4 2019-07-31 4 2019-08-13 4 (séquence partielle du 2019-09-25 4 4 2019-08-01 4 2019-03-21 4 2019-03-28 4 gène σC ) 2019-03-04 4 2020-04-28 4 2019-02-05 4 2019-08-10 6 2019-08-23 6 6 2019-05-17 6 2020-04-29 6 2020-10-28 Autre_8 Autre 8 (12 cas en 2020) 2019-01-24 2 2019-03-27 2 2019-05-21 2 2020-09-01 2 2020-09-29 2 2 2020-08-13 2 2019-02-27 2 2019-03-28 2 Les carrés de couleurs représentent la 2019-11-22 2 2019-08-06 Autre_7 Autre 7 2019-06-10 Autre_6 distribution des souches par 2020-11-05 2 Autre 6 2019-03-28 1 vétérinaire (n=8 en 2020) 2019-09-18 1 Dinde 2020-09-22 1 2019-09-16 1 1 2019-09-23 1 2019-08-07 1 2019-09-20 1 2020-09-18 Autre_5 Autre 5 Analyse du génome entier des souches virales d’ARV (Projet ARV-SHD)

Utilisation de la plateforme MiSeq pour séquencer le génome viral entier. Plus de 70 souches isolées au Québec entre 2016 et 2019. Le manuscrit est en rédaction. Projet financé par le MAPAQ, programme InnovAction Comparaison nucléotidique du gène S1 du virus ARV (Projet ARV-SHD)

Identification de 4 clusters (73 souches québécoises):

1: S1133-like (vaccine) 34: 138-like 24: AVS-B-like Peut-être identification d’un nouveau cluster???

14 souches Classification selon: Ayalew et al. Sceintific Reports. 7: 3565. 2017. Noh et al., Archives of Virology (2018) 163: 1307-1316. Comparaison nucléotidique du gène partielle σC du virus ARV (version AHL) déduit de notre projet ARV-SHD

 Identification de 10 clusters (73 souches québécoises):

 1: S1133-like (vaccine) / cluster 1  1: 138-like  14: On variant A  24: On variant C  4: 526 like / On variant D  1: On variant E  4: On variant F  10: AVS-B-like / On variant H / cluster 4  1: On variant J Références AHL  13: On classic 10-077184 Souches québécoises Projet ARV-SHD Il y a peu de souche * d’ARV dont le génome * est séquencé en entier Analyse du gène S3: *

Identification de 5 Conséquence: nouveaux génogroupes Identification de ou clusters à partir des * souches québécoises nouveaux génogroupes selon le gène analysé * Nouveaux Projet ARV-SHD Segment/gène génogroupes potentiels S1 1 Identification de S2 3 nouveaux génogroupes S3 5 potentiels d’ARV S4 4 selon le segment de M1 3 génome qui est M2 0 analysé à partir des M3 3 souches L1 2 québécoises. L2 6 L3 3 Les génotypes d’ARV chez notre voisin: Ontario

Aucune référence n’est disponible dans les banques de données publiques pour plusieurs de ces génotypes! Génotypes Génotypes équivalents 2018 2019 2020 Total AHL

Vaccin (1733) 1 0 0 1 AHL a séquencé 118, Variant C 2 2 0 4 104 et 122 cas en Variant D 1 2 0 3 Cluster 1 2018, 2019 et 2020, Variant F 0 0 0 0 respectivement! Inconnu 2 2 1 5 ON_classic_10-077184 2 3 3 8 Variant B 0 1 0 1 Cluster 2 Souches ARV Variant G 0 2 0 2 Inconnu 0 0 1 1 Les deux souches du Québec Cluster 3 ON_classic_10-078957 0 0 0 0 les plus fréquentes selon la AVS-B 1 2 3 6 Cluster 4 AR 95742 2012 0 4 0 4 en Ontario méthode de Variant H 0 4 1 5 séquençage Cluster 5 Variant A 2 19 0 21 Souche la plus Cluster 6 SK-R12 0 3 1 4 prévalente au de σC ARV-QC GR-1 ON_classic_10-076656 0 0 0 0 Québec selon nos ARV-QC GR-6 Inconnu 0 0 0 0 Autre_1 Variant I 0 0 0 0 données de SHD Autre_2 Variant J 0 0 0 0 Autre_3 Inconnu 1 0 0 1 Souches présentes Autre_4 Inconnu 0 2 0 2 en Ontario Autre_5 Inconnu 0 0 1 1 Autre_6 SK-R30 0 1 0 1 Autre_7 GA/15422/2015 0 1 0 1 Autre_8 Inconnu 0 0 1 1 Total 12 48 12 72 Virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire (ILTV)

Tiré de Gagnon et al. 2017. Frontiers in Veterinary Science.  Famille Herpesviridae  Virus enveloppé à ADN double brin d’une longueur d’environ 150 000 pbs.  Contient 76 ORFs dont certains gènes sont spécifiques à cette espèce.

 L’infection est persistante latente  À vie, avec des période de réactivation et d’excrétion du virus.

 Deux principaux types de vaccins (recombinant et atténué)  Virus vecteurs (herpèsvirus de dinde et poxvirus aviaire)  Les souches vaccinales atténués peuvent provoquer la latence et lors de la réactivation, il peut y avoir un retour à la virulence. Virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire (ILTV)

Lésions provoquées par l’ILTV sur les membranes chorioallantoidiennes.

Image de C. Beaudry, Lab. de Virologie, FMV. Description des souches d’ILTV du Québec qui ont été séquencées (n=6) Le séquençage du génome entier a été réalisé dans le cadre d’un projet de recherche financé par l’Alberta en collaboration avec le Dr Faizal Careem (University of Calgary)

Age ILT Vaccine Morbidity Mortality Sample ID Province Breed Type Flock Size Year (Weeks) Used n of Birds n of Birds

19,700 a Quebec 4 - Broiler No - - 2017 1990662 females

2154822a Quebec 8 Ross Broiler 6,400 Recombinant 3000 400 2018 2175807a Quebec - - Broiler 17,000 No - 527 2019 2236832a,b Quebec 3 Backyard 250 30 2019 2301711c Quebec - Sussex Backyard 4 No - 2 2020 2307414 Quebec - - Backyard 50 No - 2 2020 aIn addition, IBV positive by qPCR. bIn addition, CAV positive by qPCR. c In addition, M. gallisepticum positive by qPCR. 100 RU/Ck/Tatarstan/2009/1643 100 100 US/S2.816 100 US/6.48.88 89 CAN/AB-S20/2015 100 CAN/BC-10-1122 * KO/30678/14 CH/WG Wild type VI-IX 66 CAN/QC-2175807/2019 95 CAN/QC-2236832/2019 96 CAN/QC-2301711/2020 * 50% 8468 US/ J2 84 PE/VFAR-043 US/1874C5 CAN/AB-S63/2017 87 US/81658 * 100 US/TCO low passage 99 US/TCO IVAX TCO vaccines I, II, III HVT-LTI 9 US/USDA reference 83 9 94 US/CEO TRVX 57 vaccine LT Blen vaccine Laryngo Vac US/63140/C/08/BR 60 Nobilis Laringovac(R) 97 US/3.26.90 RU/O CEO vaccines IV KO/40798/10 KO/0206/14 61 Poulvac ILT(R) live attenuated Serva CH/K317 CHI/LJS09 81 CAN/AB-S45/2016 91 100 CAN/AB-S77/2017 * CAN/AB-S85/2017 100 US/14.939 76 CAN/AB-S42/2016 CAN/AB-S61/2017 100 CAN/AB-S50/2016 88 89 CAN/AB-S84/2017 CEO Revertants V 69 CAN/AB-S15/2014 98 CAN/QC-2307414/2020 100 CAN/QC-2154822/2018 50% CAN/QC-1990662/2017 * RU/Ck/Penza/2013/2701 IT/4787/80 IT/757/11 IT/193435/07

6.0E-4 Mise à jour de: Perez-Contreras et al. Viruses, 2020. Étude de virulence in vivo de souches canadiennes d’ILTV

Génotypes

 Oiseaux de 3 semaines CEO Revertant infectés par voie Wild type intratrachéale et Wild type oculaire

3.5  Dose: 10 TCID50  À 3 jours pi: oiseaux négatifs mis en contact avec les oiseaux infectés pendant 3 jours

Adapté de Perez-Contreras et al. Viruses, 2021. La charge virale du virus de la souche CEO revertant est significativement plus élevée chez les oiseaux infectés

Adapté de Perez- Contreras et al. Viruses, 2021. Responsable du Les personnes séquençage Sanger

Diagnostic (Virologie, Sérologie aviaire, + LDM)

Responsable du fonctionnement du service de séquençage à haut débit Départ à la retraite (5 mai 2021)

 Brigitte Bousquet,  37 ans de contributions au laboratoire de virologie à la FMV  Depuis 2011, responsable de la réalisation des ELISA de sérologie aviaire Remerciements

. Davor Ojkic, University of Guelph (AHL) . Partage de certaines séquences de souches d’ARV de l’Ontario.

. Faizal Abdul-Careem et son équipe, University of Calgary . Séquençage de génome entier de souches d’ILTV et étude sur leur pathogenèse in vivo.

. Neda Barjesteh et son équipe, FMV, Université de Montréal . Projet en cours sur les mécanismes d’immunomodulation de l’hôte par l’IBV.

. Aux vétérinaires qui nous font confiances pour leurs analyses.

. Tous les employés de nos labos de diagnostic