Real-Time PCR Assay for the Identification of Thrips Palmi

Real-time PCR assay for the identification of Thrips palmi

G. Vierbergen 1, L.F.F.Kox1, C. Zijlstra2, H.E. van den Beld1, R.W.A.L. Limpens1

1 Plantenziektenkundige Dienst, P.O. Box 9102, 6700 HC Wageningen, The Netherlands 2 Plant Research International, P.O. Box 6, 6700 AA Wageningen, The Netherlands

Thrips palmi is a polyphagous pest causing economic loss by direct feeding damage. As a result of EU Directive 88/430 T.palmi appeared on the EU list of quarantaine pests whose introduction is prohibited. Since then, not only for T.palmi but also for thrips as a whole, inspections at points of entry into Europe have been intensified. Traditional morphological identification of thrips is performed on adults, since there are no adequate keys for the separation of species based on the characteristics of eggs, larvae or pupae. Molecular biological methods can be used to identify all life stages of thrips. We developed a real-time PCR assay based on the Taqman chemistry. A T.palmi-specific primer and probe set was selected within the mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) gene. The specificity of the assay was assessed using 16 other thrips species. No cross-reactions could be detected. The method was applicable on single larvae and adults. Our real-time PCR assay is a valuable addition or alternative to morphological identification of T. palmi.

Analyse PCR en temps réel pour l’identification de Thrips palmi

Thrips palmi est un ravageur polyphage qui provoque des pertes économique par des dégâts direct d’alimentation. Suite à la Directive EU 88/430, T. palmi est apparu sur la liste des organismes de quarantaine de l’UE dont l’introduction est interdite. Depuis, non seulement pour T. palmi, mais aussi pour les thrips dans leur ensemble, les inspections aux points d’entrée en Europe ont été intensifiées. L’identification morphologique traditionnelle des thrips se fait sur les adultes car il n’y a pas de clés adéquates basées sur les caractéristiques des œufs, des larves ou des pupes pour séparer les espèces. Des méthodes de biologie moléculaire peuvent être utilisées pour identifier les thrips à tous les stades de leur vie. Nous avons développé une analyse PCR en temps réel basée sur la chimie Taqman. Une amorce et une sonde spécifique de T. palmi ont été sélectionnées au sein du gène de la cytochrome oxydase mitochondriale I (COI). La spécificité de cette analyse a été évaluée en utilisant 16 autres espèces de thrips. Aucune réaction croisée n’a pu être détectée. La méthode est applicable sur des larves ou des adultes isolés. Note analyse PCR en temps réel est une addition ou une alternative valable à l’identification morphologique de T. palmi.