Nontypeable Haemophilus Influenzae: Colonization, Infection and Biofilm Formation
Total Page：16
File Type：pdf, Size：1020Kb
Nontypeable Haemophilus influenzae: colonization, infection and biofilm formation Carmen Puig Pitarch ADVERTIMENT. La consulta d’aquesta tesi queda condicionada a l’acceptació de les següents condicions d'ús: La difusió d’aquesta tesi per mitjà del servei TDX (www.tdx.cat) i a través del Dipòsit Digital de la UB (diposit.ub.edu) ha estat autoritzada pels titulars dels drets de propietat intel·lectual únicament per a usos privats emmarcats en activitats d’investigació i docència. No s’autoritza la seva reproducció amb finalitats de lucre ni la seva difusió i posada a disposició des d’un lloc aliè al servei TDX ni al Dipòsit Digital de la UB. No s’autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX o al Dipòsit Digital de la UB (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant al resum de presentació de la tesi com als seus continguts. En la utilització o cita de parts de la tesi és obligat indicar el nom de la persona autora. ADVERTENCIA. La consulta de esta tesis queda condicionada a la aceptación de las siguientes condiciones de uso: La difusión de esta tesis por medio del servicio TDR (www.tdx.cat) y a través del Repositorio Digital de la UB (diposit.ub.edu) ha sido autorizada por los titulares de los derechos de propiedad intelectual únicamente para usos privados enmarcados en actividades de investigación y docencia. No se autoriza su reproducción con finalidades de lucro ni su difusión y puesta a disposición desde un sitio ajeno al servicio TDR o al Repositorio Digital de la UB. No se autoriza la presentación de su contenido en una ventana o marco ajeno a TDR o al Repositorio Digital de la UB (framing). Esta reserva de derechos afecta tanto al resumen de presentación de la tesis como a sus contenidos. En la utilización o cita de partes de la tesis es obligado indicar el nombre de la persona autora. WARNING. On having consulted this thesis you’re accepting the following use conditions: Spreading this thesis by the TDX (www.tdx.cat) service and by the UB Digital Repository (diposit.ub.edu) has been authorized by the titular of the intellectual property rights only for private uses placed in investigation and teaching activities. Reproduction with lucrative aims is not authorized nor its spreading and availability from a site foreign to the TDX service or to the UB Digital Repository. Introducing its content in a window or frame foreign to the TDX service or to the UB Digital Repository is not authorized (framing). Those rights affect to the presentation summary of the thesis as well as to its contents. In the using or citation of parts of the thesis it’s obliged to indicate the name of the author. Programa de Doctorat en Biomedicina. Línea: Metabolisme, Senyalització Metabòlica i Patologies Associades. Facultat de Medicina-Campus de Bellvitge. Departament de Patologia i Terapèutica Experimental. “Nontypeable Haemophilus influenzae: colonization, infection and biofilm formation” Co-supervisor Co-supervisor Tutor Carmen Ardanuy Tisaire Sara Martí Martí Josefina Liñares Louzao PharmD, PhD PhD MD, PhD Professora Associada UB Investigadora postdoctoral Professora Titular UB Facultatiu Servei Microbiologia CIBERES i IDIBELL Senior Docent Servei Microbiologia, Hospital Universitari de Bellvitge Servei Microbiologia, Hospital Hospital Universitari de Bellvitge Investigadora CIBERES i IDIBELL Universitari de Bellvitge Investigadora principal CIBERES i IDIBELL Carmen Puig Pitarch Barcelona, April 2015 A Raül Als meus pares i germà A tota la gent que estima la ciència i que gràcies al seu esforç i implicació fa possible un món millor ACKNOWLEDGEMENTS La realització d’aquesta Tesis Doctoral ha estat possible gràcies a les concessions de les beques FI-AGAUR otorgada per la Generalitat de Catalunya (Febrer 2010-Gener 2012), a la beca “Formación de Profesorado Universitario, FPU”, otorgada pel Ministerio de Educacción (Febrer 2012- Gener 2014) i per un contracte de recerca realitzat pel grup liderat per la Dra. Josefina Liñares (Febrer 2014-Gener 2015). Els estudis realitzats en aquest treball s’han finançat pel: Fondo de Investigaciones Sanitarias, Ministerio de Sanidad; Beca FIS 09/1904. CIBERES (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias); B06/06/0037. v ACKNOWLEDGEMENTS Després de cinc anys aquesta etapa arriba al seu final. Després de molt d’esforç i sacrifici he finalitzat un dels objectius més importants que m’havia plantejat, la tesis doctoral. Però aquest treball no haguera segut possible sense l’ajuda i col·laboració d’un bon grapat de persones. En primer lloc, agrair molt especialment a Josefina Liñares tota l’ajuda durant aquests anys de tesis. Fina, gracias por brindarme la oportunidad de realizar la tesis en el grupo de investigación que diriges. Agradecerte sinceramente todas las horas que me has dedicado, corrigiendo trabajos y contestando pacientemente a las infinitas preguntas que me han ido surgiendo durante estos años. Gracias por preocuparte siempre por mí y por todo el conocimiento que me has enseñado durante este tiempo. M’agradaria ampliar aquest agraïment a les co-directores d’aquesta tesis, Carmen Ardanuy i Sara Martí, per introduir-me en el món de la recerca científica, per la confiança dipositada en mi i per encoratjar-me a seguir endavant en els moments més difícils. Gràcies per tot el temps i esforç que li heu dedicat a aquest treball i tots els coneixements que m’heu transmès durant aquest període. A tots els membres del grup 19 del CIBERES (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias) i del grup d’Epidemiologia de les Infeccions Bacterianes de l’IDIBELL (Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge). A la Dra. Teresa Vinuesa i al Prof. Miquel Viñas, del Departament de Patologia i Terapèutica Experimental de la Facultat de Medicina del Campus de Bellvitge pel recolçament en la realització de tasques docents associades a la beca pre-doctoral. A la Dra. Mª Angeles Domínguez i al Dr. Rogelio Martín i a tot el personal del Servei de Microbiologia de l’Hospital Universitari de Bellvitge. Moltes gràcies per brindar-me la vostra ajuda sempre que l’he necessitada i per congelar tots els Haemophilus influenzae, gràcies a això he pogut realitzar part d’aquesta tesis doctoral. A Fe Tubau, per estar sempre disposta a ajudar-me i per tot el que m’has ensenyat sobre antibiòtics i la resistència antibiòtica. vii ACKNOWLEDGEMENTS A la Dra. Imma Grau i al Dr. Roman Pallarés, del Servei de Malalties Infeccioses de l’Hospital Universitari de Bellvitge, per tot el temps i esforç dedicat a l’estudi de les malalties invasives. A la Dra. Carol Garcia-Vidal i al Dr. Jordi Carratalà, del Servei de Malalties Infeccioses de l’Hospital Universitari de Bellvitge, per la seva col·laboració en el treball de les pneumònies no bacterièmiques. A la Dra. Salud Santos i al Dr. Jordi Dorca, del Servei de Pneumologia de l’Hospital Universitari de Bellvitge, per la seva implicació en el treball de la Malaltia Pulmonar Obstructiva Crònica. A la Dra. Adela G. de la Campa y al Dr. José Manuel Tirado-Vélez, del Laboratorio de Genética Bacteriana del Instituto Carlos III, por todo lo enseñado en el mundo de la resistencia a fluoroquinolonas. A la Dra. Junkal Garmendia del Instituto de Agrobiotecnología CSIC- Universidad Pública de Navarra, por la colaboración en estos trabajos y por las fructíferas charlas sobre H. influenzae que han ampliado mi conocimiento sobre este microorganismo. A la Dra. Ana Fleites, del Hospital de Oviedo, por permitirnos utilizar su colección de muestras de frotis orofaríngeos de niños portadores de S. pneumoniae. Gracias a ello pudimos realizar el estudio de colonización por H. influenzae. To Dr Peter HM Hermans and Dr Marien de Jonge from the Laboratory of Pediatric Infectious Diseases, Department of Pediatrics, Radboud University Medical Centre, Nijmegen (The Netherlands) for giving me the opportunity to do part of my thesis in their laboratory. Specially, I want to say thanks to Jeroen Langereis, for all your help inside and outside of the lab during my seven months in Nijmegen and for all the knowledge about Haemophilus influenzae you taught me. And to all the LKI and LKO people for receiving me and making me feel so welcomed. Dank you wel! Com no, agrair als companys de recerca que han estat amb mi durant tot aquest projecte. Molta gent ha anat passant per el grup en el temps que jo he estat, pre-docs, algun post-doc, tècnics i estudiants de pràctiques. Gràcies pel vostre suport en els viii ACKNOWLEDGEMENTS moments difícils, per la vostra paciència i per la vostra ajuda sempre que l’he necessitada. M’ agradaria agrair especialment a la gent que heu estat fins al final d’ aquest projecte. A Sara, per tot el teu suport, per ensenyar-me a pensar per mi mateixa i a ser molt crítica en el lab, per “obligar-me” a fer la llibreta i per fer molt més divertides les infinites hores de sembra de frotis i de biofilm. Com no, per totes les vivències viscudes fora de Bellvitge. A Mariana, por ser siempre un punto de apoyo en los momentos difíciles, una muy buena consejera y por todas las risas que nos hemos echado juntas. A Arnau, per fer més agradables totes les hores dedicades a la sembra d’ esputs, per ser un punt de suport dins del lab i pels moments viscuts en congressos i fora de la feina. A Meri, por tu ayuda en el lab siempre que la he necesitado. A Javi, per la teva ajudaDOODEHQHOVPRPHQWVTXHO KHQHFHVVLWDGD i per amenitzar les hores de dinar amb interessants converses. Als amics de Benassal, per la vostra ajuda i suport en tots aquests anys. A la meva família, especialment als meus abuelos, que sense entendre massa bé el meu treball sempre m’heu donat suport i m’heu animat a seguir endavant.