Output Results of CLIME (Clustering by Inferred Models of Evolution)

Output results of CLIME (CLustering by Inferred Models of Evolution)

Dataset: Num of genes in input gene set: 32 Total number of genes: 20834 Prediction LLR threshold: 0

The CLIME PDF output two sections: 1) Overview of Evolutionarily Conserved Modules (ECMs)

Top panel shows the predefined species tree.

Bottom panel shows the partition of input genes into Evolutionary Conserved Modules (ECMs), ordered by ECM strength (shown at right), and separated by horizontal lines.

Each row show one gene, where the phylogenetic profile indicates presence (blue) or absence (gray) of homologs in each species (column).

Gene symbols are shown at left. Gray color indicates that the gene is a paralog to a higher scoring gene within the same ECM (based on BLASTP E < 1e-3).

2) Details of each ECM and its expansion ECM+

Top panel shows the inferred evolutionary history on the predefined species tree. Branch color shows the gain event (blue) and loss events (red color, with brighter color indicating higher confidence in loss). Branches before the gain or after a loss are shown in gray.

Bottom panel shows the input genes that are within the ECM (blue/white rows) as well as all genes in the expanded ECM+ (green/gray rows). The ECM+ includes genes likely to have arisen under the inferred model of evolution relative to a background model, and scored using a log likelihood ratio (LLR).

PG indicates "paralog group" and are labeled alphabetically (i.e., A, B). The first gene within each paralog group is shown in black color. All other genes sharing sequence similarity (BLAST E < 1e-3) are assigned to the same PG label and displayed in gray. ECM 4 ECM 3 ECM 2 8 ECM 1 Protein TMEM165 B4GALT1 SLC35C1 SLC35A1 DPAGT1 SRD5A3 MGAT2 DDOST MPDU1 ALG13 ALG12 ALG11 MOGS PMM2 COG7 COG5 COG1 COG8 COG6 COG4 PGM1 DOLK DPM3 DPM1 ALG3 ALG9 ALG6 ALG8 ALG2 ALG1 RFT1 MPI Overview ofEvolutionarilyConservedModules(ECMs)

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis K.lactis K.lactis A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii L.thermotolerans L.thermotolerans Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens T.adhaerens S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis D.rerio D.rerio O.latipes O.latipes F.rubripes F.rubripes T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo O.anatinus O.anatinus M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens Strength 3.2 3.2 5.8 7.2 PG H H G H H D I I H H D H G F F E D D E D D E D C C C A C B A Protein 100508894 KIAA1161 ALDH1A2 ALDH1A3 ALG1L2 ERGIC3 ERGIC1 ERGIC2 FBXL13 GANAB MPDU1 EIF3CL ADH1C ADH1B ADH1A 643856 ALG1L ALG11 PEX5L MGAM GANC SORD EIF3C COG4 PGM1 ADH7 ADH4 ADH5 ALG2 ALG1 PEX5 RFT1 GAA MPI 1: Congenital disorderofglycosylation || SI Num ofECMGenes:8.Predicted100.Strength:7.2 ECM 1,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

2: Glycogen storagedisease || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 3: Peroxisome biogenesisdisorder S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 21.9 23.8 23.9 25.1 25.1 25.1 25.1 25.1 25.1 25.2 25.2 25.2 25.3 25.4 25.5 26.9 26.9 27.0 27.0 27.0 27.1 27.1 27.1 29.1 29.3 34.9 37.4 Notes 2 3 1 1 1 1 1 1 /2 1 1 PG R Q P K I K I I O I I I I I I N M L L L L D K K K J J Protein 100510546 ALDH8A1 ALDH6A1 ALDH5A1 ALDH4A1 ALDH3A1 ALDH3B2 ALDH3A2 ALDH7A1 HSD17B7 ALDH1L1 GRHPR PHGDH CAPN2 653889 RALYL ZADH2 CTBP1 CTBP2 CDC45 SNX30 ESYT2 SNX12 VPS54 IMPA1 ADH6 CAP2 SNX7 SNX3 SNX4 STX5 STX7 NIT2 CBS CTH 1: Hyperoxaluria || Num ofECMGenes:8.Predicted100.Strength:7.2 ECM 1,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page2

2: Homocystinuria || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei

3: Hyperprolinemia P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 16.2 16.5 16.5 16.7 16.8 16.8 16.9 17.0 17.0 17.0 17.0 17.0 17.1 17.1 17.1 17.1 17.1 17.1 17.1 17.2 17.6 18.2 18.2 18.2 18.2 18.4 18.5 18.6 18.6 18.6 18.9 18.9 20.0 20.8 21.8 Notes 3 2 1 PG T T U U T T T U T T M P P M N Q M K R B S O M B B M K S Protein LOC729468 100287382 SLC25A12 SLC25A29 SLC25A14 SLC25A11 HSD17B6 SDR42E1 SLC25A1 SLC25A6 CHMP2A RBM15B RASA4B PRMT10 CWC22 CCND3 PRMT2 PRMT3 ATG4D CAPN1 RASA4 UCHL5 PRPF6 NOM1 PGM5 LDHB CBR1 UCP1 CAP1 SNX1 SNX8 SYT7 SYT3 SYT2 NIT1 1: Retinitis pigmentosa Num ofECMGenes:8.Predicted100.Strength:7.2 ECM 1,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page3

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 13.5 13.5 13.5 13.5 13.5 13.5 13.5 13.5 13.6 13.6 13.6 13.6 13.6 13.6 13.6 13.7 13.7 14.0 14.1 14.3 14.3 14.6 14.6 14.6 14.8 14.9 14.9 15.3 15.5 15.5 15.5 16.1 16.1 16.1 16.2 Notes 1 PG T T Protein SLC25A32 SLC25A26 DECR2 Num ofECMGenes:8.Predicted100.Strength:7.2 ECM 1,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page4

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 13.5 13.5 13.5 Notes PG H H H H B B B F B F B G G G G B F B E B D B B C C B A A ARHGAP11B ARHGAP11A Protein ARHGAP23 ARHGAP44 ARHGAP21 ARHGAP4 SH3BP1 ZBTB39 FBXL13 FBXL17 GRHPR PHGDH KDM2B DDOST ADH1C ADH1B ADH1A CTBP1 CTBP2 ZBTB5 TAF6L TAF7L MOGS DAD1 CHN2 CHN1 ADH4 PEG3 FGD2 ALG5 CAP1 RPN1 ALG6 ALG8 DLC1 1: Congenital disorderofglycosylation || Num ofECMGenes:4.Predicted100.Strength:5.8 ECM 2,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

2: Hyperoxaluria P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 9.1 9.2 9.2 9.2 9.2 10.5 10.7 10.8 11.1 11.2 11.6 11.9 12.3 12.7 12.9 13.2 13.3 13.3 13.3 13.7 14.4 15.2 15.5 15.9 16.4 17.2 18.1 18.7 21.0 27.9 33.8 Notes 2 1 1 1 1 PG B B B K B B B B B B B B B C B B K D E B B B J B I I H Protein ARHGAP12 ARHGAP31 ARHGAP39 ARHGEF26 ARHGAP5 PLEKHF2 PLEKHF1 ZFYVE26 ZFYVE28 ZFYVE16 ZFYVE21 UNC13A PPP6R3 PPP6R2 ZFYVE1 ABLIM3 DOC2B MEGF8 KNDC1 REXO2 TMED3 FYCO1 ADAT1 RUFY1 SOX10 ZBTB1 TTC7B PGM1 IKZF5 ADH7 CAP2 LPXN SYT5 TAF7 ABR 1: Congenital disorderofglycosylation || Num ofECMGenes:4.Predicted100.Strength:5.8 ECM 2,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page2

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 3: Adams-Oliver syndrome || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 4: Cataract || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: Spastic paraplegia|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

6: Waardenburg syndrome C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.4 4.5 4.5 4.6 4.6 4.7 4.8 5.2 5.5 5.5 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.9 5.9 6.0 6.0 6.2 6.5 7.0 7.0 7.1 7.3 7.7 7.9 8.2 8.4 8.9 8.9 9.0 9.1 9.1 Notes 6 5 4 3 1 /2 PG M M M B M B B I B B B B L B L L K J C B B TMED7-TICAM2 Protein ARHGAP15 ARHGAP8 ALDH3A1 ALDH3B2 ALDH3A2 ALDH7A1 ZFYVE20 SRGAP2 NCAPD3 PGPEP1 UNC13B PPP6R1 ZFYVE9 ABLIM2 ZNF639 HIVEP2 TASP1 PSAT1 ZBTB4 ECT2L TPTE2 COG3 TWF2 NCK2 FGD1 NPC1 FGD5 CPA4 ETFB LIPM LIPK LIPA CBS 1: Glutaric acidemia|| Num ofECMGenes:4.Predicted100.Strength:5.8 ECM 2,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 2: Niemann-Pick disease || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: Homocystinuria T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.0 2.0 2.0 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.3 2.3 2.5 2.7 2.8 2.8 2.9 2.9 3.0 3.1 3.2 3.2 3.2 3.2 3.3 3.4 3.4 3.4 3.6 3.6 3.7 3.9 3.9 4.1 4.2 Notes 3 2 1 PG B B B A B B B B A Protein SLC35F5 MRPL46 ELOVL6 ELOVL3 ELOVL7 ELOVL4 ELOVL2 ELOVL1 ELOVL5 TM7SF2 BCKDK CHMP6 ALG3 ALG9 DPP8 PIGB 1: Congenitaldisorderofglycosylation|| Num ofECMGenes:2.Predicted14.Strength:3.2 ECM 3,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

2: Ichthyosis|| P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: Maculardystrophy N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.6 0.9 0.9 0.9 2.6 3.4 5.2 6.1 6.9 6.9 6.9 6.9 7.0 Notes 2 /3 1 1 PG J J C I G F H G F E D C A B B A A A JMJD7-PLA2G4B Protein DENND2A SLC7A11 SLC35A2 SLC35A5 SLC35A3 SLC35A1 SERINC2 C20orf43 GABBR2 ADARB2 ADARB1 PAPSS1 PAPSS2 SLC8A2 GNPTG UGGT2 MFSD6 CES5A CLCN1 LRRN4 CLCN2 PSEN2 PSEN1 LPPR1 WWC2 VPS36 MITD1 GALM CHIT1 COG8 COG6 ACY1 RPA2 SAV1 1: Congenital disorderofglycosylation || Num ofECMGenes:3.Predicted43.Strength:3.2 ECM 4,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

2: Cardiomyopathy || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: Dementia || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

4: Acneinversa || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 5: Alzheimer disease|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

6: Pickdisease || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 7: Mucolipidosis || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

8: Myotonia congenita C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.4 1.5 1.6 2.5 2.5 2.6 2.7 2.7 3.0 3.0 3.1 3.4 4.2 4.3 4.8 5.0 5.3 5.7 7.2 7.6 7.9 8.1 8.2 9.7 11.7 13.7 22.9 27.1 27.1 37.8 41.6 Notes 8 7 2 /5 2 /3456 1 1 1 PG D G I H E Protein SLC7A14 SERINC5 PRKCSH ARPC1A LMAN1L SH3YL1 DOC2B ATG4D ADAT1 DGKE CEL 1: Maturity-onsetdiabetesoftheyoung|| Num ofECMGenes:3.Predicted43.Strength:3.2 ECM 4,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum 2: Polycysticliverdisease P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.2 0.3 0.6 0.7 0.8 0.9 0.9 1.0 1.0 Notes 2 1 PG Protein DPM1 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 5,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein PMM2 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 6,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein DPAGT1 1: Congenitaldisorderofglycosylation|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 7,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

2: Myasthenicsyndrome P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2 PG Protein DOLK 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 8,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein TMEM165 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 9,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein SRD5A3 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 10,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein ALG12 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 11,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein SLC35C1 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 12,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein COG1 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 13,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein COG5 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 14,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein ALG13 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 15,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein DPM3 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 16,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein COG7 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 17,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein MGAT2 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 18,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG Protein B4GALT1 1: Congenitaldisorderofglycosylation Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 19,Geneset"Congenitaldisorderofglycosylation",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1