Diego Di Bernardo (Professore Associato)

Curriculum Vitae Diego di Bernardo

INFORMAZIONI PERSONALI Diego di Bernardo (Professore Associato)

Dipartimento di Ingegneria Chimica, dei Materiali e della Produzione Industriale, Universitá degli Studi di Napoli Federico II, Piazzle Tecchio 80, 80125 Napoli 081 10230619 [email protected]

Sesso M | Data di nascita 26/06/1972| Nazionalità Italiana

ESPERIENZA

PROFESSIONALE

2001-2002 PostDoc - Wellcome Trust Sanger Institute in Cambridge, UK (Supervisore: Dr Tim Hubbard).

2002-2003 PostDoc - Department of Biomedical Engineering, Boston University, USA (Supervisor Prof. James J. Collins).

2003-2011 Principal Investigator Biology, Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Naples, Italy

2004- Docente “European School of Molecular Medicine”, Naples, (Italy)

2007 - Ricercatore – Dipartimento Informatica e Sistemistica, Universita’ degli Studi di Napoli “Federico II”

2011- Direttore del Programma di Ricerca in Systems Biology, Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Naples, Italy

2015- Professore Associato – Dipartimento di Ingegneria Chimica, dei Materiali e della Produzione Industriale, Universita’ degli Studi di Napoli “Federico II”

ISTRUZIONE E FORMAZIONE

1991-1996 “Laurea cum Laude” in Ingegneria Elettronica Voto: 110/110 cum laude. Università “Federico II” di Napoli. Tesi: D di Bernardo, “A model of two coupled nonlinear oscillators for the study of the heartbeat dynamics”, Tesi di Laurea, Università di Napoli “Federico II”, 1997. Supervisori: Prof. F. Garofalo. Correlatori: Prof. S. Cerutti e Dr.ssa M.G. Signorini.

1998-2001 Ph.D. (equivalente al Dottorato di Ricerca) presso ‘School of Medicine’ - University of Newcastle, UK. Tesi: D di Bernardo, “Computer modeling of cardiac repolarisation for the study of the electrocardiogram”, Ph.D. Thesis, Department of Medical Physics, School of Medicine, University of Newcastle, 2001. Supervisore: Prof.Alan Murray.

Competenze organizzative e Sostituire con le competenze organizzative e gestionali possedute. Specificare in quale contesto sono gestionali state acquisite. Esempio: ▪ leadership (attualmente responsabile di un team di 10 persone)

Attivita’ di Ricerca L’attività scientifica svolta in Italia e all’estero ha riguardato argomenti metodologici e applicativi nei settori della Bioingegneria e della Bioinformatica con applicazioni nel campo della Biologia dei Sistemi e della Biologia Sintetica.

Si riportano di seguito alcuni parametri bibliometrici essenziali (fonte SCOPUS, Settembre 2015, AuthorID: 15842797800 e 8689306500, ORCID ID 0000-0002-1911-7407). - h-index: 22 - numero complessivo di citazioni ricevute: 4208 (di cui 4072 al netto delle autocitazioni) - numero di pubblicazioni su rivista (peer-reviewed): 58 - numero di articoli in conferenze internazionali (peer-reviewed): 19 - totale pubblicazioni scientifiche: 92

Durante il suo periodo di ricerca negli Stati Uniti, Diego di Bernardo ha lavorato nel Dipartimento di Bioingegneria della Boston University con uno dei padri fondatori della Biologia dei Sistemi e della Biologia Sintetica (Prof. James J Collins). Cio’ gli ha permesso di essere uno dei primi ricercatori in Italia in questo settore, che ha ricevuto l'attenzione dei maggiori gruppi di ricerca internazionali nel campo della Bioingegneria. Diego di Bernardo è stato recentemente citato come uno degli autori più rilevanti in Biologia Sintetica (main authors) in P. Oldham, S. Hall, G. Burton, "Synthetic Biology: Mapping the Scientific Landscape", PLoS One, 7(4), e34368, 2012. ▪

ULTERIORI INFORMAZIONI

Pubblicazioni Scientifiche nel Pagliarini R, Castello R, Napolitano F, Borzone R, Annunziata P, Mandrile G, De Marchi M, Brunetti-Pierri N, di quinquennio 2011-2016 Bernardo D. In Silico Modeling of Liver Metabolism in a Human Disease Reveals a Key Enzyme for Histidine and Histamine Homeostasis. Cell Rep. 2016 Jun 7;15(10):2292-300. doi: 10.1016/j.celrep.2016.05.014. Epub 2016 May 26. PubMed PMID: 27239044; PubMed Central PMCID: PMC4906368.

Pinelli M, Carissimo A, Cutillo L, Lai CH, Mutarelli M, Moretti MN, Singh MV, Karali M, Carrella D, Pizzo M, Russo F, Ferrari S, Ponzin D, Angelini C, Banfi S, di Bernardo D. An atlas of gene expression and gene co-regulation in the human retina. Nucleic Acids Res. 2016 May 27. pii: gkw486. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27235414.

Fracassi C, Postiglione L, Fiore G, di Bernardo D. Automatic Control of Gene Expression in Mammalian Cells. ACS Synth Biol. 2016 Apr 15;5(4):296-302. doi: 10.1021/acssynbio.5b00141. Epub 2015 Oct 6. PubMed PMID: 26414746.

Pesce E, Gorrieri G, Sirci F, Napolitano F, Carrella D, Caci E, Tomati V, Zegarra-Moran O, di Bernardo D, Galietta LJ. Evaluation of a systems biology approach to identify pharmacological correctors of the mutant CFTR chloride channel. J Cyst Fibros. 2016 Mar 10. pii: S1569-1993(16)00057-6. doi: 10.1016/j.jcf.2016.02.009. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 26971626.

Karali M, Persico M, Mutarelli M, Carissimo A, Pizzo M, Singh Marwah V, Ambrosio C, Pinelli M, Carrella D, Ferrari S, Ponzin D, Nigro V, di Bernardo D, Banfi S. High-resolution analysis of the human retina miRNome reveals isomiR variations and novel microRNAs. Nucleic Acids Res. 2016 Feb 29;44(4):1525-40. doi: 10.1093/nar/gkw039. Epub 2016 Jan 26. PubMed PMID: 26819412; PubMed Central PMCID: PMC4770244.

Fiore G, Perrino G, di Bernardo M, di Bernardo D. In Vivo Real-Time Control of Gene Expression: A Comparative Analysis of Feedback Control Strategies in Yeast. ACS Synth Biol. 2016 Feb 19;5(2):154-62. doi: 10.1021/acssynbio.5b00135. Epub 2015 Dec 4. PubMed PMID: 26554583.

Napolitano F, Sirci F, Carrella D, di Bernardo D. Drug-set enrichment analysis: a novel tool to investigate drug mode of action. Bioinformatics. 2016 Jan 15;32(2):235-41. doi: 10.1093/bioinformatics/btv536. Epub 2015 Sep 28. PubMed PMID: 26415724; PubMed Central PMCID: PMC4795590.

Gambardella G, Peluso I, Montefusco S, Bansal M, Medina DL, Lawrence N, di Bernardo D. A reverse-engineering

© Unione europea, 2002-2015 | europass.cedefop.europa.eu Pagina 2 / 3 Curriculum Vitae Diego di Bernardo approach to dissect post-translational modulators of transcription factor's activity from transcriptional data. BMC Bioinformatics. 2015 Sep 3;16:279. doi: 10.1186/s12859-015-0700-3. PubMed PMID: 26334955; PubMed Central PMCID: PMC4559297.

Ventre S, Indrieri A, Fracassi C, Franco B, Conte I, Cardone L, di Bernardo D. Metabolic regulation of the ultradian oscillator Hes1 by reactive oxygen species. J Mol Biol. 2015 May 22;427(10):1887-902. doi: 10.1016/j.jmb.2015.03.007. Epub 2015 Mar 18. PubMed PMID: 25796437.

Carrella D, Napolitano F, Rispoli R, Miglietta M, Carissimo A, Cutillo L, Sirci F, Gregoretti F, Di Bernardo D. Mantra 2.0: an online collaborative resource for drug mode of action and repurposing by network analysis. Bioinformatics. 2014 Jun 15;30(12):1787-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btu058. Epub 2014 Feb 20. PubMed PMID: 24558125.

Menolascina F, Fiore G, Orabona E, De Stefano L, Ferry M, Hasty J, di Bernardo M, di Bernardo D. In-vivo real-time control of protein expression from endogenous and synthetic gene networks. PLoS Comput Biol. 2014 May 15;10(5):e1003625. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003625. eCollection 2014 May. PubMed PMID: 24831205; PubMed Central PMCID: PMC4022480.

Mutarelli M, Marwah V, Rispoli R, Carrella D, Dharmalingam G, Oliva G, di Bernardo D. A community-based resource for automatic exome variant-calling and annotation in Mendelian disorders. BMC Genomics. 2014;15 Suppl 3:S5. doi: 10.1186/1471-2164-15-S3-S5. Epub 2014 May 6. PubMed PMID: 25078076; PubMed Central PMCID: PMC4083405.

Iorio F, Saez-Rodriguez J, di Bernardo D. Network based elucidation of drug response: from modulators to targets. BMC Syst Biol. 2013 Dec 13;7:139. doi: 10.1186/1752-0509-7-139. Review. PubMed PMID: 24330611; PubMed Central PMCID: PMC3878740.

Gambardella G, Moretti MN, de Cegli R, Cardone L, Peron A, di Bernardo D Differential network analysis for the identification of condition-specific pathway activity and regulation. Bioinformatics. 2013 Jul 15;29(14):1776-85. doi: 10.1093/bioinformatics/btt290. Epub 2013 Jun 6. PubMed PMID: 23749957; PubMed Central PMCID: PMC3702259.

Fiore G, Menolascina F, di Bernardo M, di Bernardo D. An experimental approach to identify dynamical models of transcriptional regulation in living cells. Chaos. 2013 Jun;23(2):025106. doi: 10.1063/1.4808247. PubMed PMID: 23822504.

Pagliarini R, di Bernardo D. A genome-scale modeling approach to study inborn errors of liver metabolism: toward an in silico patient. J Comput Biol. 2013 May;20(5):383-97. doi: 10.1089/cmb.2012.0276. Epub 2013 Mar 6. PubMed PMID: 23464878; PubMed Central PMCID: PMC3646339.

Siciliano V, Garzilli I, Fracassi C, Criscuolo S, Ventre S, di Bernardo D. MiRNAs confer phenotypic robustness to gene networks by suppressing biological noise. Nat Commun. 2013;4:2364. doi: 10.1038/ncomms3364. PubMed PMID: 24077216; PubMed Central PMCID: PMC3836244.

De Cegli R, Iacobacci S, Flore G, Gambardella G, Mao L, Cutillo L, Lauria M, Klose J, Illingworth E, Banfi S, di Bernardo D. Reverse engineering a mouse embryonic stem cell-specific transcriptional network reveals a new modulator of neuronal differentiation. Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(2):711-26. doi: 10.1093/nar/gks1136. Epub 2012 Nov 23. PubMed PMID: 23180766; PubMed Central PMCID: PMC3553984.

Menolascina F, Siciliano V, di Bernardo D. Engineering and control of biological systems: A new way to tackle complex diseases. FEBS Lett. 2012 Jul 16;586(15):2122-8. doi: 10.1016/j.febslet.2012.04.050. Epub 2012 May 10. Review. PubMed PMID: 22580058.

Belcastro V, Gregoretti F, Siciliano V, Santoro M, D'Angelo G, Oliva G, di Bernardo D. Reverse engineering and analysis of genome-wide gene regulatory networks from gene expression profiles using high-performance computing. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2012 May-Jun;9(3):668-78. doi: 10.1109/TCBB.2011.60. PubMed PMID: 21464509.

Belcastro V, Siciliano V, Gregoretti F, Mithbaokar P, D harm alingam G , Berlingieri S, Iorio F, Oliva G, Polishchuck R, Brunetti-Pierri N, di Bernardo D. Transcriptional gene network inference from a massive dataset elucidates transcriptome organization and gene function. Nucleic Acids Res. 2011 Nov 1;39(20):8677-88. doi: 10.1093/nar/gkr593. Epub 2011 Jul 23. PubMed PMID: 21785136; PubMed Central PMCID: PMC3203605.