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Etude Multi-Échelle Des Déterminants Des Patrons De Structuration Et De Dynamique Spatiale De Populations De Coléoptères Carabiques Dans Les Agroécosystèmes

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Etude Multi-Échelle Des Déterminants Des Patrons De Structuration Et De Dynamique Spatiale De Populations De Coléoptères Carabiques Dans Les Agroécosystèmes Etude multi-´echelle des d´eterminants des patrons de structuration et de dynamique spatiale de populations de col´eopt`erescarabiques dans les agro´ecosyst`emes Ronan Marrec To cite this version: Ronan Marrec. Etude multi-´echelle des d´eterminants des patrons de structuration et de dy- namique spatiale de populations de col´eopt`erescarabiques dans les agro´ecosyst`emes.Biodiver- sit´eet Ecologie.´ Universit´ede Poitiers, 2014. Fran¸cais. <tel-01360886> HAL Id: tel-01360886 https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01360886 Submitted on 6 Sep 2016 HAL is a multi-disciplinary open access L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destin´eeau d´ep^otet `ala diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publi´esou non, lished or not. The documents may come from ´emanant des ´etablissements d'enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche fran¸caisou ´etrangers,des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou priv´es. THESE pour l’obtention du grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITE DE POITIERS Diplôme National – Arrêté du 7 août 2006 Spécialité Biologie de l’Environnement, des Populations, Ecologie Ecole doctorale Sciences pour l’Environnement Gay-Lussac présentée par Ronan MARREC Etude multi-échelle des déterminants des patrons de structuration et de dynamique spatiale de populations de coléoptères carabiques dans les agroécosystèmes Thèse soutenue au Centre d’Etudes Biologiques de Chizé le 27 novembre 2014 Devant le jury composé de : Isabelle BADENHAUSSER IR, INRA-CNRS Chizé / directrice de thèse Bertrand GAUFFRE CR, INRA-CNRS Chizé / co-directeur de thèse Françoise BUREL DR, CNRS Rennes / rapporteur Sandrine PETIT DR, INRA Dijon / rapporteur Didier BOUCHON PR, Université de Poitiers / examinateur Yann CLOUGH CR, Université de Lund, Suède / examinateur Manuel PLANTEGENEST PR, Agrocampus Ouest Rennes / examinateur Adrien RUSCH CR, INRA Bordeaux / examinateur Cette thèse a été conduite au Centre d’Etudes Biologiques de Chizé (Unité Mixte de Recherche 7372 du Centre National de la Recherche Scientifique et de l’Université de La Rochelle), dans l’équipe Agripop, grâce au soutien financier de la Région Poitou-Charentes, et du Département des Deux-Sèvres. Cette thèse a été effectuée dans l’Ecole Doctorale Sciences pour l'Environnement - Gay-Lussac, et au sein de l’Université de Poitiers, département Sciences Fondamentales et Appliquées. De 2012 à 2014, j’ai obtenu un poste de chargé d’enseignement en biologie animale, évolution et écologie au département SFA (Sciences Fondamentales et Appliquées) que j’ai exercé au sein de l’équipe pédagogique du laboratoire Ecologie, Evolution, Symbiose (UMR CNRS 6556) de l’Université de Poitiers, sous l’égide du Centre de Préparation au Métier d’Enseignant-Chercheur (CPMEC). Remerciements Pour commencer, je tiens à remercier les membres du jury pour avoir accepté d’examiner mon travail de thèse : Didier Bouchon, Yann Clough, Manuel Plantegenest, Adrien Rusch et plus particulièrement Françoise Burel et Sandrine Petit pour avoir accepté la charge de rapporteurs de cette thèse. Merci aux membres de mes deux comités de thèse pour nous avoir aidé à guider nos travaux : Stéphanie Aviron, Luca Börger, Vincent Bretagnolle, Nicolas Gross, Thomas Guillemaud, Johan Kotze, Isabelle Litrico, Eric Petit, Manuel Plantegenest et Jean-Pierre Rossi. Bertrand, merci à toi pour m’avoir encadré durant ces trois années. Cette aventure a connu de nombreuses péripéties, mais malgré cela, j’en garde de très bons souvenirs, faits de dialogues, d’échanges constructifs, et bien sûr de longues journées à planter des pots-pièges et des tentes. Merci pour tout ça et pour ton investissement. Je ne peux pas parler de toi sans parler de foot… Tu as quand même réussi à nous envoyer voir un match Rennes-Montpellier, pour ça bravo ! Un jour tu m’as dit de faire mienne la devise d’un célèbre club de foot : « Droit au but ! ». A moi d’y arriver maintenant. Isabelle, merci beaucoup d’avoir accepté cette plongée dans le monde des carabes ! Ce ne fut pas une tâche simple de découvrir ce sujet, un grand merci pour ça. En plus il faut aller les chercher par 35°C sous le colza ou sous des trombes d’eau ! Carabe mission commando ☺ Quand tu penses que j’aurais pu travailler sur les criquets, ça aurait été plus facile non ? J’ai trouvé que toi et Bertrand vous complétiez très bien, et nos conversations et ton encadrement m’ont aidé à avancer et ont aidé à structurer ma réflexion et cette thèse. Vincent, je tiens à te remercier très sincèrement de m’avoir accordé ce financement de thèse, qui m’a permis de travailler au CEBC pendant trois ans. Merci pour ton investissement et ton intérêt pour cette thèse, et pour avoir suivi les différentes étapes qui l’ont jalonnée. Merci pour le temps consacré, pour tous tes conseils et nos conversations qui m’ont beaucoup appris. Isabelle, j’ai beaucoup apprécié travailler avec toi. Nos échanges durant la première moitié de ma thèse m’ont vraiment aidé à tenir le cap et à me donner l’envie de continuer. Merci pour ton implication et ton soutien, depuis le départ de ce travail de thèse. Je tiens à remercier très sincèrement toutes les personnes ayant participé à ces trois ans de terrain, sans qui cette thèse n’aurait pu être possible. En premier lieu, un très grand merci à Marilyn Roncoroni et Nadine Guillon, véritables piliers de l’équipe entomo, toujours là et prêtes à aider. Sans votre aide cette thèse ne serait pas ce qu’elle est. Merci à Alexis, Clémentine, Edo et Thierry pour leur énergie à planter des tentes, des pots et pour leur bonne humeur sur le terrain ! Merci aussi à Alexandra, Alexandre, Antoine, Aurélie, Benjamin, Edouard, Gaëtane, Hélène, Lindy, Louis, Nicolas S., Vincent C., Vincent D. et Yannick pour m’avoir aidé à prélever des criquets, des carabiques et des voitures du fossé. Merci Mathieu pour ton aide à contacter les agriculteurs, sur le terrain et pour décortiquer le SIG et les types de contrats MAE. Merci également à tous ceux qui ont participé au terrain avant mon arrivée en thèse. Merci à tous les chercheurs de l’équipe Agripop, Luca, Nicolas, Patrick, merci à Sylvie, merci aux thésards et post-docs pour leur aide et nos discussions ces trois dernières années. Je tiens à remercier tous ceux qui nous ont aidés, Bertrand et moi, à développer nos marqueurs microsatellites. Merci pour votre détermination. J’ai beaucoup apprécié travailler et apprendre avec vous. A Chizé, un grand merci à Cécile Ribout et à Stéphanie Ruault. A Lusignan, merci à Isabelle Litrico et à Sabrina Delaunay. A Rennes, merci à Lucie Mieuzet. A Clermont-Ferrand, merci à tout le personnel de la plateforme Gentyane, et plus particulièrement à Charles Poncet et à Lydia Jaffrelo. A Montpellier, merci à Maxime Galan. Bien évidemment, un grand merci à toute l’équipe administrative et technique du labo, qui par leur travail facilitent grandement le nôtre. Merci à la cellule administrative, Annie, Delphine, Evelyse et Martine pour leur aide à percer le brouillard infini de l’administration française. Merci au personnel de l’atelier et des services communs, André, Arnaud, Charline, Christian, Colette, David, Mina, Patrice, Simon, Xavier D., mais aussi à Christophe et Arnaud pour leurs repas bien garnis. Merci également aux secrétaires de l’Université de Poitiers et de l’Ecole Doctorale, Sabrina Biais et Sylvie Perez, pour leur aide administrative précieuse, particulièrement en cette fin de thèse. Un grand merci à l’équipe pédagogique du laboratoire « Ecologie, Evolution, Symbiose » de l’Université de Poitiers et aux étudiants, avec qui j’ai pris beaucoup de plaisir à enseigner durant deux ans : Myriam Badawi, Joanne Bertaux, Yves Caubet, Tiffany Laverré, Isabelle Marcadé, Roland Raimond, Mathieu Sicard, Marie Vagner. Merci pour votre accueil, tous vos conseils, votre bonne humeur, nos échanges entre les cours, mais aussi pour avoir toujours essayé de faciliter mes déplacements sur Poitiers et d’arranger les emplois du temps. Merci aussi à Tiphaine et Victorien pour leur sympathie et leur bonne humeur. Merci à tous les étudiants, thésards, post-docs qui sont passés par le labo et avec qui j’ai pu passer d’excellents moments. Plus particulièrement, merci à Adriana, Adrien P., Andréaz, Carine, Cécile B., Damien, Elsa, Enrique, Fabien, Fabrice, Florian, Gaël, Gaëtane, Hélène, Kévin L., Laura, Licia, Marco, Orianne, Paul D., Paul M., Pierrick, Stefaniya, Thibaut, Vincent C., Vincent L. Un merci spécial à toi, Aurélie « Mamie » Dupeyron, mangeuse de chocolat hors pair ☺. Ceci dit, tes chocolats nous ont beaucoup aidés en cette fin de thèse ! J’ai été très heureux d’encadrer ton stage et d’être resté ton ami depuis. Thierry, merci pour ta bonne humeur de grognon ! Merci pour tes soirées et toute ta générosité. Gaël, merci pour ton relativisme, ta franchise, ta bonne humeur et tes blagues pas si s… ☺ Stefaniya, merci pour ta franchise en toutes circonstances, ta bonne humeur et ton amitié. Gaël, Jodie, Laura, Cédric, Alexis merci pour tous les après-midis/soirées/nuits jeux ! Dommage qu’on n’ait pas commencé plus tôt. Paul, merci pour ton aide, tes conseils, et pour toutes tes attentions ! Thierry, Gaëtane, Hélène, Aurélie, Alexis, Louis, Mathieu, merci pour les nombreuses soirées BBQ et à l’Auberge des Voyageurs l’été dernier. Un grand merci à mes deux collègues de bureau, Hélène et Carine. On a souvent bien rigolé, refait 100 fois le monde, parlé de choses des fois
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