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Total identified proteins by MS analysis

Accession Gene name Score Unique Peptides Non-LNM/Control LNM/Control LNM/non-LNM P02768 ALB 22032.32 106 0.75 0.83 1.06 P01023 A2M 18766.93 118 1.24 0.86 0.66 P01024 C3 13227.21 174 1.08 0.92 0.82 P01871 IGHM 8492.40 19 1.48 0.89 0.60 P02787 TF 7959.25 75 0.80 0.77 0.92 P01857 IGHG1 6890.17 19 0.92 0.75 0.78 P04114 APOB 5992.38 264 0.35 0.34 0.94 P01859 IGHG2 5812.47 12 1.01 0.76 0.73 P02776 PF4 5630.58 4 0.69 0.67 0.95 P02751 FN1 5586.51 128 1.36 1.17 0.83 P01860 IGHG3 5386.09 14 0.71 0.48 0.62 P0C0L5 C4B 5161.44 5 1.22 0.99 0.79 P10720 PF4V1 5082.10 4 0.81 0.63 0.78 Q9Y490 TLN1 5062.26 146 1.14 1.81 1.50 P0C0L4 C4A 5017.83 5 1.13 0.94 0.78 P02765 AHSG 4516.24 19 0.47 0.42 0.83 P21333 FLNA 4394.59 151 1.20 1.63 1.28 P01876 IGHA1 4312.14 9 1.15 0.72 0.60 P01834 IGKC 4212.35 12 1.31 0.79 0.58 P00734 F2 3635.88 53 0.80 0.66 0.79 P04003 C4BPA 3582.02 48 1.02 0.76 0.69 P00738 HP 3572.14 19 1.11 1.13 1.00 P01861 IGHG4 3325.36 11 0.46 0.51 1.08 P02647 APOA1 3323.51 45 0.85 0.81 0.90 P09871 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Q9Y3P9 RABGAP1 5.49 2 1.07 1.01 0.92 Q9NR46 SH3GLB2 5.49 2 1.04 1.35 1.27 Q92888 ARHGEF1 5.47 2 0.93 0.97 1.02 Q9NRW7 VPS45 5.46 2 0.98 0.93 0.92 P69849 NOMO3 5.45 2 1.14 1.23 1.05 Q53GQ0 HSD17B12 5.45 2 1.10 1.35 1.20 Q8N5J2 FAM63A 5.43 2 0.85 1.33 1.53 Q9NPH3 IL1RAP 5.43 2 1.13 0.96 0.83 Q9UMS4 PRPF19 5.43 2 0.62 0.67 1.05 P28065 PSMB9 5.40 2 0.96 0.80 0.81 Q08174 PCDH1 5.36 2 0.85 0.77 0.89 Q9H0X4 FAM234A 5.35 2 0.79 0.89 1.09 P07093 SERPINE2 5.30 2 1.08 1.14 1.02 Q9Y265 RUVBL1 5.29 2 0.95 1.03 1.05 Q99615 DNAJC7 5.27 2 0.91 0.89 0.88 P62191 PSMC1 5.23 3 1.21 1.27 0.95 O75390 CS 5.21 2 0.99 1.33 1.31 Q9UBQ6 EXTL2 5.20 2 0.93 0.68 0.71 P21399 ACO1 5.18 2 0.80 0.96 1.16 Q96RD7 PANX1 5.17 2 0.94 1.02 1.05 P36957 DLST 5.16 2 0.24 0.29 1.18 P51531 SMARCA2 5.13 2 0.77 0.64 0.81 O00533 CHL1 5.13 2 0.82 0.81 0.96 Q6UY14 ADAMTSL4 5.11 2 0.95 0.98 1.00 Q13492 PICALM 5.08 2 0.96 1.01 1.02 O95870 ABHD16A 5.08 2 0.82 0.96 1.14 O43149 ZZEF1 5.06 2 1.21 0.98 0.79 P51606 RENBP 5.06 2 1.02 0.99 0.94 Q9NQ75 CASS4 5.06 3 1.21 0.95 0.98 P39656 DDOST 5.05 2 1.23 1.61 1.27 Q01105 SET 5.05 2 0.43 0.26 0.59 Q00169 PITPNA 5.02 2 1.13 1.56 1.35 Q96CS7 PLEKHB2 5.00 2 0.89 0.77 0.84 P49189 ALDH9A1 4.99 2 1.31 1.03 0.77 P22897 MRC1 4.99 2 0.78 0.65 0.81 Q9Y3F4 STRAP 4.98 2 1.14 1.56 1.33 P12883 MYH7 4.93 2 0.99 1.50 1.47 Q07108 CD69 4.92 2 1.29 1.60 1.24 P43243 MATR3 4.91 2 0.53 0.51 0.95 Q9Y625 GPC6 4.89 2 0.67 0.65 0.94 Q969H8 MYDGF 4.89 2 0.55 0.65 1.15 P49207 RPL34 4.88 2 0.68 0.59 0.85 Q9BPX6 MICU1 4.87 2 1.03 0.83 0.78 P62899 RPL31 4.86 2 0.74 0.60 0.79 P40939 HADHA 4.85 2 1.43 2.28 1.55 Q16775 HAGH 4.83 2 1.54 1.22 0.77 Q14204 DYNC1H1 4.78 2 1.02 1.24 1.18 Q9UNE7 STUB1 4.77 2 0.89 0.81 0.89 Q9Y230 RUVBL2 4.77 2 0.94 1.02 1.06 O94923 GLCE 4.75 3 1.11 0.97 0.83 P62333 PSMC6 4.74 2 1.30 1.11 0.83 Q9Y608 LRRFIP2 4.72 2 0.93 0.99 1.04 Q9NR50 EIF2B3 4.68 2 0.73 0.72 0.96 Q96FN4 CPNE2 4.68 2 0.98 1.26 1.25 P46779 RPL28 4.64 2 0.90 0.82 0.88 P01711 #N/A 4.64 2 0.85 0.92 1.05 O43427 FIBP 4.61 2 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P07339 CTSD 2.92 2 0.90 0.79 0.85 A5D8V6 VPS37C 2.88 2 0.80 0.95 1.15 Q14012 CAMK1 2.84 2 1.15 1.45 1.23 Q9Y4E1 FAM21C 2.83 2 0.54 0.53 0.94 Q02108 GUCY1A3 2.70 2 0.91 1.23 1.31 P15498 VAV1 2.66 2 1.37 1.61 1.14 P01768 IGHV3-30 2.55 2 1.66 1.11 0.65 Q92896 GLG1 2.53 2 1.05 0.75 0.69 Q96TA1 FAM129B 2.51 2 0.98 0.79 0.78 Q13884 SNTB1 2.39 2 1.23 2.11 1.67 Q9P2E9 RRBP1 2.31 2 0.88 0.77 0.84 Q9UBX5 FBLN5 2.26 2 1.04 0.88 0.83 Q16787 LAMA3 2.26 2 0.61 0.53 0.84 P01266 TG 2.22 2 1.34 1.02 0.74 P68402 PAFAH1B2 2.04 2 1.06 1.73 1.59 Q12974 PTP4A2 2.00 3 0.91 1.10 1.20 P40238 MPL 1.89 2 0.76 0.86 1.10

Abbreviations: N/A refers to “not applicable”; Non-LNM refers to “papillary thyroid cancer patient without lymph node metastasis group”; LNM refers to “papillary thyroid cancer patient with lymph node metastasis group”; Control refers to “healthy volunteers group”