Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Professor Stephen Roger Douthwaite (lektor til 31. januar) Professor Kenn Gerdes Professor, dr.rer.nat.habil. Olaf-Georg Issinger Professor Jens Kristian Knudsen Professor med særlige opgaver Karsten Kristiansen (institutleder til 28. februar) Professor Matthias Mann (til 30. juni, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik, fra 1. juli centerleder for Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Professor, dr.scient.h.c. Peter Roepstorff Professor Poul Valentin-Hansen Forskningsprofessor Ole Nørregaard Jensen (aflønnet af Lundbeckfonden, prodekan) Adjungeret professor Lars Porskjær Christensen (Danmarks JordbrugsForskning, Årslev) Adjungeret professor Birte Svensson (BioCentrum, Danmarks Tekniske Universitet) Lektor Jens Skorstengaard Andersen, Ph.D. Lektor Luis Alberto Bagatolli, Ph.D. (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Memphys- Center for Biomembranfysik) Lektor Raymond Pickett Cox, Ph.D. Lektor Nils Joakim Kaas Færgeman, Ph.D. Lektor Barbara Guerra, Ph.D. Lektor, lic.scient. Peter Højrup Lektor, lic.scient. Jens Jørgen Lønsmann Iversen Lektor Birgitte Haahr Kallipolitis, Ph.D. Lektor Finn Kirpekar, Ph.D. Lektor Susanne Mandrup Larsen, Ph.D. Lektor Anne-Mette Thylstrup Miller, Ph.D. Lektor, cand.scient. Lars Folke Olsen Lektor Peder Thusgaard Ruhoff, Ph.D. (fra 1. marts, institutleder) Lektor, cand.scient. Ole Sand Lektor Gary James Schoenhals, Ph.D. Lektor med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Thomas Jørgen Dyreborg Jørgensen, Ph.D. (aflønnet af Carlsbergfondet) Lektor med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Irina Hristova Kratchmarova, Ph.D. (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik, adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde til 30. september, aflønnet af EU-midler) Lektor med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Birte Vester, Ph.D. (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Nukleinsyrecenter) Adjunkt Daniel Wüstner, Ph.D. (fra 1. oktober) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Jun Adachi, Ph.D. (1. april-30. juni, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Postdoc Marina Bjørling-Poulsen, Ph.D. (fra 15. juni, aflønnet af Kræftens Bekæmpelse, orlov fra 3. november) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Blagoy Andonov Blagoev, Ph.D. (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik, aflønnet af National Institutes of Health til 1. marts) Postdoc Jonas Borch, Ph.D. (aflønnet af Human Frontier Science Program-midler, adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde til 30. september, 15. maj-30. september aflønnet af Bayer A.G.) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Jakob Bunkenborg, Ph.D. (aflønnet af Carlsbergfondet, aflønnet af Villum Kann Rasmussen postdoc-stipendium til 1. februar) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Susanne Kjelstrup Christensen, Ph.D. (til 28. februar)
2 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Postdoc Janne Kudsk Christiansen, Ph.D. (fra 1. april, forskningsassistent til 31. oktober, aflønnet af Lundbeckfonden) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Gitte Ebersbach, Ph.D. (1. marts- 31. december, forskningsassistent til 31. august, aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Ivo Fierro-Monti, Ph.D. (aflønnet af Lundbeckfonden, aflønnet af EU-midler til 31. maj) Postdoc Maria Ines Plasencia Gil, Ph.D. (adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde til 14. november 2005, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Memphys-Center for Biomembranfysik) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Lyris Martins Franco de Godoy, Ph.D. (til 30. juni, aflønnet af EU-midler) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Albrecht Gruhler, Ph.D. (aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd, aflønnet af EU-midler til 30. juni) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Jacob Bo Hansen, Ph.D. (til 31. januar) Postdoc Daniel Hirschberg, Ph.D. (fra 1. august, aflønnet af Villum Kann Rasmussen-midler) Postdoc Anne Jan Kleinnijenhuis (fra 1. juli, aflønnet af Lundbeckfonden) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Martin Røssel Larsen, Ph.D. (aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Boris Maček, Ph.D. (til 30. juni, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Postdoc Lise Madsen, Ph.D. (adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde til 30. juni) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Rune Matthiesen, Ph.D. (til 31. december, aflønnet af Carlsbergfondet) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Ariane Denise Minet, Ph.D. (til 31. juli) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Gerhard Josef Max Mittler, Ph.D. (til 30. september, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Postdoc Esther Kudzai Mutenda, Ph.D. (adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde til 30. april, aflønnet af Statens Teknisk-Videnskabelige Forskningsråd) Postdoc Anders Aamann Rasmussen, Ph.D. (forskningsassistent til 31. marts, adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde til 31. oktober) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Susann Schenk, Ph.D. (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik, orlov fra 26. august) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Waltraud Schulze, Ph.D. (til 29. marts, aflønnet af EU-midler) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Gustavo Antonio de Souza, Ph.D. (til 30. juni, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Adjunkt med hovedvægt på forsknings- og udviklingsarbejde Hongbin Zhang, Ph.D. Ekstern lektor, cand.scient. Carsten Hunding (amanuensis til 14. maj) Ekstern lektor Per Hove Andreasen, Ph.D. Forskningsassistent, cand.scient. Anders Boysen (fra 1. oktober, aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd) Forskningsassistent Stefano Donini (fra 1. september, aflønnet af EU-midler) Forskningsassistent Elisabetta Boeri Erba (fra 15. juli, aflønnet af Lundbeckfonden) Forskningsassistent Ulrika Ericsson (fra 1. juni) Forskningsassistent, cand.scient. Karin Hjernø (fra 1. oktober, aflønnet af Research Consortium for Mass Spectrometry of Biological Macromolecules (BAMSE)-midler) Forskningsassistent Clotilde Husson (1. marts-30. juni, aflønnet af EU-midler)
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 3 Forskningsassistent, cand.scient. Søren Skov Jensen (1. marts-31. maj, 1. august-31. december, aflønnet af European Foundation for the Study of Diabetes/Novo Nordisk Programme) Forskningsassistent, cand.scient. Lars Peter Kristensen (15. august-14. november, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Forskningsassistent, cand.scient. Thomas Kruse (1. februar-31. august) Forskningsassistent, cand.scient. Jesper Sejrup Nielsen (fra 1. december, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for mRNP Biogenese og Metabolisme) Forskningsassistent, cand.polyt. Maria Elisabeth Overbeck Nielsen (fra 1. oktober, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Forskningsassistent Shao-En Ong, Ph.D. (til 31. marts, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Forskningsassistent, cand.scient. Bartosz Jakub Pilch (1. september-30. november, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Forskningsassistent, cand.scient. Kim Ravnskjær (6. oktober-19. november, 20. november-18. december) Forskningsassistent, cand.scient. Simon Ringgaard (fra 1. december, aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd) Forskningsassistent, cand.scient. Heidi Rosenqvist (fra 24. oktober, aflønnet af Dynal Biotech/Invitrogen Corporation) Forskningsassistent, cand.scient. Lene Aarenstrup (21. september-20. december) Forskningsmedarbejder, cand.polyt. Maria Antonia Odena Caballol (til 31. maj, 13. juni-30. september) Akademisk medarbejder, cand.scient. Marianne Due (orlov 1.-30. juni) Akademisk medarbejder, kemiingeniør Morten Kirkegaard (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Akademisk medarbejder, cand.scient. Allan Lind-Thomsen (til 14. marts, 25. april-2. september) Fuldmægtig, cand.scient. Hanne Dahl Mortensen (orlov fra 29. november) Akademisk medarbejder, kemiingeniør Eva Christina Østerlund Nielsen (aflønnet af Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling/Innovationskonsortium) Akademisk medarbejder, cand.scient. Deo Prakash Pandey (til 31. juli) Forskningsmedarbejder, cand.scient. Lan Pham (fra 1. august) Akademisk medarbejder, cand.scient. Jacob Pøhlsgaard (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Nukleinsyrecenter, forskningsassistent til 30. april) Akademisk medarbejder, diplomingeniør Morten Tvede Øgendahl (2. februar-11. marts, aflønnet af Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri) Gæsteforsker Hongyan Cheng, Ph.D. (9. marts-5. juni, Chinese Academy of Sciences, Beijing) Gæsteforsker, dr. Frederic Gich (9.-28. maj, Universitat de Girona, Spanien, EMBO Short-Term Fellowship) Gæsteforsker Kris Laukens, Ph.D. (til 31. marts, Departement Biologie, Universitaire Instelling, Antwerpen, Belgien, finansieret af Belgian Fund for Scientifc Research) Gæsteforsker Gianfranco Mamone, Ph.D. (14. november-14. december, CNR fellowship, Italian National Research Council, Italien) Gæsteforsker, professor Michael K. McIntosh (til 3. februar, University of North Carolina, USA) Gæsteforsker Shabaz Mohammed, Ph.D. (til 6. februar, Odense Universitetshospital) Gæsteforsker, professor Kenta Nakai (7. august-2. september, University of Tokyo, Japan) Gæsteforsker Miren Josu Omaetxebarria, Ph.D. (til 3. november, University of Bilbao, Spanien) Gæsteforsker, professor Jie Pan (Zhejiang University, Kina, 4. april-30. maj DUO-Asia- programmet, 4.-31. december, Danida-bevilling) Gæsteforsker Thomas Åskov Pedersen, Ph.D. (fra 1. december) Gæsteforsker Sara Rinalducci, Ph.D. (20. januar-8. marts, Dipartimento di Scienze Ambientali, Università dell Tuscia, Italien) Gæsteforsker Emmanuelle Sachon, Ph.D. (til 1. marts. EMBO long-term fellowship) Gæsteforsker David Selby, Ph.D. (fra 15. februar, EMBO fellowship)
4 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Gæsteforsker, professor Songquan Song (3. januar-21. marts, Academy of Sciences Mengla, Yunnan, Kina) Gæsteforsker Marcelo Valle de Sousa, Ph.D. (16.-29. juni, Laboratory of Biochemistry and Protein Chemistry, University of Brasilia, Brasilien) Gæsteforsker Claudia Voena, Ph.D. (4.-21. juli, Department of Biomedical Sciences and Human Oncology, Centre for Experimental Research and Medical Sciences (CERMS), University of Torino, Canada) Gæsteforsker, professor Jin-Fu Wang (8. februar-8. april, Zhejiang University, Kina DUO- Asia- programmet) Gæsteforsker Jun Wang, Ph.D. (1/3 aflønnet af Syddansk Universitet, 2/3 aflønnet af Aarhus Universitet) Laborantpraktikant Vyacheslav Akimov (fra 1. februar, delvis aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Laborant Fie Probst Andersen Laborantpraktikant Kenneth Andersen (fra 1. september) Laborant Søren Andersen Laborant Hans Kristian Bach Laborantpaktikant Hatidza Bajric (til 31. januar) Laborantpraktikant Søren Lindtofte Brandt (fra 1. februar) Laborantpraktikant Marianne Friis Christensen (fra 1. februar) Ingeniørassistent Torben Christensen Laboratorietekniker Anne-Mette Wennermark Christiansen Laborant Inger Christiansen Laboratorietekniker Jette Clemmensen Laboratoriemedhjælper Henny Krogh Friborg Laboratoriemedhjælper Bente Friis Laborant Connie Gram Laborantpraktikant Sidsel Gregersen (1. februar-31. juli) Laborantpraktikant Leyla Güler (fra 1. februar) Laborantpaktikant Allan Vingaard Hansen (til 31. januar) Finmekanikerlærling Emil Hansen Laborant Lykke Haastrup Hansen Korrespondent, B.A. Trine Møller Hansen (overassistent til 1. november) Overassistent Linda Heinsvig Laborant Tina Holm Laborant Pia Hovendal Laborant Lene Andrup Jakobsen (aflønnet af European Foundation for the Study of Diabetes/Novo Nordisk Programme, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Nukleinsyrecenter til 1. juni) Laborant Rikke Bækhus Jakobsen (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Laboratorietekniker Hans Hugo Jensen Laborantpraktikant Merete Stuhr Krogsgaard Jensen (til 31. august) Laborantpaktikant Jannik Jespersen (til 31. januar) Institutsekretær, kontorfuldmægtig Lisbeth Lindevang Johansen Laborantpraktikant Torben Kibøl (fra 1. september, delvis aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd) Laborant Christina Bruun Kirkegaard Laborant Erling Lund Knudsen Tegner/grafiker Nina Krogh Laborant Sonja Krüger (til 31. juli, aflønnet af EU-midler) Laborantpraktikant Peter Gert Larsen (til 31. august) Laboratorietekniker Kirsten Elisabeth Laursen Laboratorietekniker Andrea Maria Lorentzen (fra 1. september) Kemotekniker Anita Lunding
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 5 Laborant Susanne Madsen (fra 17. november, laborantpraktikant til 31. januar) Ingeniørassistent Per Martensen Laborant Maja Mogensen (1.-31. marts, aflønnet af Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd, laborantpraktikant til 31. januar) Kontorfuldmægtig Helle Marquard Mortensen (aflønnet af Danmarks Bioteknologiske Instrumentcenter) It-supporter Peter Vejby Mortensen (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Korrespondent Christina Snejbjerg Nielsen Ingeniørassistent Jimmy Lindhardt Nielsen Ingeniørassistent Jørgen Bang Nielsen Laborantpraktikant Mai-Britt Lund Nielsen (til 31. januar) Laborant Mogens Møller Nielsen (aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik, aflønnet af National Institutes of Health til 1. april) Laborant Jack Preben Pedersen Laboratoriekoordinator Jane Serup Pedersen Fotograf Doris Gahner Petersen Laborant Dorthe Dolleris Petersen Ingeniørassistent Klaus Lehn Petersen Overassistent Lone Seidler Petterson (15. januar-31. juli, aflønnet af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Eksperimentel Bioinformatik) Ingeniørassistent Jan Poulsen Laboratorietekniker Kate Rafn Miljøtekniker Anette Rasmussen Laborant Tine Lindegaard Rasmussen (aflønnet af Kræftens Bekæmpelse, aflønnet af Lundbeckfonden til 1. maj) Laboratoriemedhjælper Dorte Raaschou Laborant Lene Skou Laborantpraktikant Javohirhon Turaev (fra 1. september) Laborantpraktikant Anne Wehner (fra 1. februar) Laborant Eva Welander-Raabjerg
Ph.D.-studerende pr. 31. december: Cand.scient. Nawaf Abu-Khalaf Cand.scient. Ann Zahle Andersen Cand.scient. Nicolai Holst Bache Cand.scient. Natascha Helena Beyer Cand.scient. Susanne Boysen Anne Kallesøe Bugge Cand.polyt. Line Hougaard Christensen Cand.scient. Justyna Maria Czarna Cand.scient. Marianne Danielsen Cand.scient. Mads Grønborg Cand.scient. Lars Grøntved Cand.scient. Peter Hagedorn Cand.scient. Philip Hallenborg Cand.scient. Jens Henriksen Cand.scient. Susan Holdt Cand.scient. Ole Hørning Cand.scient. Pia Hønnerup Jensen Jesper Johansen Cand.scient. Thomas Rubæk Jørgensen Cand.scient. Trine Louise Lund Jørgensen Cand.scient. Sune Kobberup Cand.scient. Troels Zakarias Glahn Kristiansen
6 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Cand.scient. Jan Kaare Larsen Cand.scient. Maria Bloksgaard Nielsen Cand.scient. Ronni Nielsen Cand.scient. Jesper Velgaard Olsen Cand.scient. Martin Overgaard Cand.scient. Bartosz Jakub Pilch Cand.polyt. Allan Korsgaard Poulsen Cand.scient. Kasper Rand Cand.scient. Kim Ravnskjær Cand.scient. Maria Boysen Sandberg Cand.scient. Iben Holst Eriksen Skjøth Cand.scient. Henrik Molina Svendsen Cand.scient. Tine Engberg Thingholm Cand.scient. Morten Beck Trelle Cand.scient. Majken Camilla Trolle Wadum Cand.scient. Christina Westmose Yde Cand.scient. Kelan Zhang Cand.scient. Xumin Zhang Diplomingeniør Morten Tvede Øgendahl Cand.scient. Lene Aarenstrup
Gæste-Ph.D.-studerende: Christian Elabd (20. september-20. december, finansieret af den franske stat) Elisabetta Boeri Erba (hele året, Dipartimento di Genetica, Biologia e Biochimica, Universitá di Torino, Italien, fra 15. juli delvis finansieret af Lundbeckfonden, fra 1. september delvis finansieret af Cirius-stipendium) Damiana Cosima Calvano (fra 1. oktober, Università di Bari, Dipartimento di Chimica, Italien) Corrado Ciambella (til 8. marts, Dipartimento di Scienze Ambientali, Università dell Tuscia, Italien) Gonçalo Martins Conde da Costa (12. september-12. december, Instituto de Tecnologia Químeca e Biológica, Lisbon, Portugal) Daijun Gu (16. juni-24. august, finansieret af DUO-Asia-programmet) Peter Halada (30. oktober-30. november, Academy of Sciences of the Czech Republic, finansieret af ESF Travel Grant) Elena López-Villar (til 31. marts, 1.-31. juli, Departamento de Microbiología II, Universidad Complutense de Madrid, Spanien, finansieret af EU Marie Curie Training Site Fellowship) Josep Mercader (15. februar-15. august, finansieret af universitetet i Palma, Spanien) Giuseppe Palmisano (fra 1. november, Università di Bari, Italien) Helena Skalnikova (12. - 24. september, Academy of Sciences of the Czech Republic, Libechov)
Scholarstipendiater: Stud.scient. Morten Thaysen Andersen (fra 1. februar, Oticon-stipendium) Stud.scient. Thomas Emil Andersen (til 31. januar, étårigt Novo Nordisk/Novozymes- stipendium) Stud.scient. Michael Børgesen (fra 1. februar, étårigt Novo Nordisk/Novozymes-stipendium) Stud.scient. Ronni Nielsen (til 31. januar, étårigt Novo Nordisk/Novozymes-stipendium) Stud.scient. Marie Østergaard Pedersen (fra 1. august, Oticon-stipendium)
Gæsteforelæsninger afholdt af instituttet Dr. Daniel Wüstner, Department of Theoretical Biophysics, Berlin: Direct visualization and quantitative analysis of sterol transport in living cells (31. marts). Dr. Lars Dreier, Department of Molecular Biology, Harvard Medical School: Ubiquitin-mediated regulation of glumate receptors (6. april).
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 7 Dr. Betina Córsico, Instituto de Investigaciones Bioquimicas de La Plata, Argentina: Structure- function analysis of lipid binding proteins (8. april). Dr. Phillip J. Robinson, University of Sydney, Cell Signalling Unit: Protein kinase regulation of synaptic vesicle endocytosis (2. juni). Professor Daniel Schümperli, Institut für Zellbiologie der Universität Bern: The U7 snRNP – from basic science to gene therapy (25. august). Dr. Jyoti Khadake, EMBL European Bioinformatics Institute, Cambridge: INTACT DATABASE – working towards interaction network development and understanding (6. oktober). Dr. Gilles van Wezel, Leiden University: Control of morphogenesis and cytoskeleton formation in streptomyces (7. oktober). Dr. Iris Stulemeijer, Wageningen University: Involvement of MAP-kinases in resistance of tomato to cladosporium fulvum (13. oktober). Dr. Natalia Ivanova, Uppsala University, Department of Cell and Molecular Biology: Finding the unknowns in trans-translation (14. oktober). Dr. Vilhelm A. Bohr, Laboratory of Molecular Gerontology, Bethesda: The role of human premature aging proteins in preventing genomic instability (1. november). Professor Hiroji Aiba, Nagoya University, Division of Biological Sciences: Regulation of translation and mRNA stability by bacterial RISC consisting of non-coding RNA, Hfq, and RNase E (11. november). Dr. Marcus Hauser, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Insitute of Experimental Physics: Complex dynamics in minimal enzyme systems – The dynamics, their origins, and possible biological function (15. november). Dr. Richard Unwin, Christies Hospital and Manchester University, Paterson Institute for Cancer Research: Stem cell proteomics via iTRAQ and sensitive phosphorylation site analysis by MIDAS (21. november). Dr. Alain Brunelle, Centre National de la Recherche Scientifique, Institut de Chimie des Substances Naturelles: Biological imaging mass spectrometry – Principles, recent improvements and applications (23. november). Professor Thomas Braulke, University of Hamburg, UKE Children's Hospital-Biochemistry: Identification of a novel gene encoding a phosphotransferase defective in the lysosomal storage disorder mucolipidosis II (29. november).
Andre arrangementer afholdt af instituttet P. Højrup arrangerede sammen med Søren Dantoft fra Dionex, et et-dags seminar LC/MS Applications and Instruments, Syddansk Universitet, Odense (17. januar). K. Gerdes arrangerede Inaugural Seminar for forskerskolen Microbial Genetics and Genomics, Syddansk Universitet, Odense (21. januar). F. Kirpekar arrangerede laboratoriekursus om genkloning for fynske bioteknologi- gymnasieelever med ekstern lektor Per Hove Andreasen som underviser, Syddansk Universitet, Odense (24.-28. januar, 31. januar-4. februar). O. Nørregaard Jensen var medarrangør af symposium i anledning af Peter Roepstorffs overgang til professor emeritus, Syddansk Universitet, Odense (4. februar). P. Højrup og F. Kirpekar afholdt kurset Analytisk biokemi i forbindelse med diplomuddannelsen for laboranter, Syddansk Universitet, Odense (4.-8. april). P. Roepstorff var medarrangør af Genome Canada Seminar, som blev arrangeret i samarbejde med den canadiske ambassade og Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling, København (2. maj). B. Vester var medarrangør af Nucleic Acid Chemical Biology (NACB) Summer School and Symposium, Syddansk Universitet, Odense (17.-20. juni). K. Kristiansen og L. Madsen arrangerede 1st BMB-BioLigand Symposium, Syddansk Universitet, Odense (1. juli).
8 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet O. Nørregaard Jensen var medarrangør af Forskerskolen i Metabolismes sommerskole, Nyborg (8.-10. september). O. Nørregaard Jensen var arrangør af efteruddannelseskursus BM63 under Åben Uddannelse, Syddansk Universitet, Odense (19.-23. september). S. Mandrup og N.J. Færgeman arrangerede 16th European LBP mini-workshop, Syddansk Universitet, Odense (6.-8. oktober). M.B. Nielsen arrangerede sammen med Ernst Martin Fuchtbauer, Aarhus Universitet et netværksmøde for brugere af transgene dyr i Danmark – Workshop on transgenic animals, Syddansk Universitet, Odense (17. november). M.B. Nielsen arrangerede i samarbejde med Ole G. Mouritsen, Memphys-Center for Biomembranfysik seminaret New Perspectives in Life Sciences for Memphys-Center for Biomembranfysik og Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, Syddansk Universitet, Odense (22. november). O. Nørregaard Jensen var medstifter af Danish Proteomics Society (DAPSOC) og og medarrangør af DAPSOC/Danish Society for Biochemistry and Molecular Biology (DSBMB)- symposiet Phosphoproteomics and Cell Signaling, Syddansk Universitet, Odense (8. december).
Medarbejdernes videnskabelige aktiviteter uden for instituttet BIOMEDICINSK FORSKNING OG MOLEKYLÆR CELLEBIOLOGI B. Guerra holdt foredraget Validation of protein kinase CK2 as oncological target, a study employing gene silencing by siRNAs ved Bie & Berntsen/Dharmacon siRNA Seminars, Syddansk Universitet, Odense (12. april). Hun deltog i Udviklingscenter Årslev og Syddansk Universitets Workshop, Odense (20. maj) og i MCRS Annual Summer Meeting på Hindsgavl Slot, Middelfart (9.-10. juni). Hun er medlem af censorkorpset i biokemi og molekylær biologi.
O.-G. Issinger var inviteret til at holde foredraget Protein kinase CK2: From structure to function ved Department of Molecular Medicine, Fukujima University, Japan (11. maj) og ved Department of Cell Biology, Fujita Gakuen Health University i Nagoya, Japan (18. maj). Han deltog i 10th World Congress on Advances in Oncology og i 8th International Symposium on Molecular Medicine, Hersonissos, Kreta, Grækenland, hvor han holdt foredraget Exploring signal transduction pathways in prostate carcinoma cell lines (13.-15. oktober). Han var formand af bedømmelsesudvalget vedrørende vurdering af det belgiske statsnetværk for interuniversitært (Leuven, Gent, Bruxelles, Liege) samarbejde. Han har bedømt 2 ansøgninger til Wilhelm-Sander-Stiftung, Tyskland. Han var i bedømmelsesudvalget vedrørende besættelse af et professorat i biokemi og genetik ved Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet. Han er medlem af bestyrelsen i KinaseDetect ApS.
B.B. Olsen var på forskningsophold ved Center for Integrative Genomics, Université de Lausanne, Schweiz (8.-23. marts).
C.W. Yde var på forskningsophold ved Afdeling for Brystkræft, Kræftens Bekæmpelse, København (1.-30. september).
CELLULÆR KOMPLEKSITET A.Z. Andersen deltog i 4th European Workshop on Glycolysis ved Free University, Amsterdam, Holland, hvor hun holdt foredrag om sin forskning (4.-5. februar). Hun deltog i 1st FEBS Advanced Lecture Course, Systems Biology From Molecules & Modeling to Cells i Østrig (12.-18. marts), hvor hun præsenterede posteren Dynamic on-line investigation of Lactic acid bacteria - focus on CO2 production during autoacidification. Hun besøgte dr. Helena Santos,
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 9 NMR Laboratoriet, Universidade Nova de Lisboa, Portugal (29. maj-3. juni) samt dr. Ursula Kummer på European Media Laboratory i Heidelberg, Tyskland (11.-23. juni) i forbindelse med konstruktionen af en ny glycolysemodel i Lactococcus lactis. Hun har været på barselsorlov (fra 1. september).
L.F. Olsen deltog i 4th European Workshop on Glycolysis ved Free University, Amsterdam, Holland (4.-5. februar). Han har været reviewer på 3 manuskripter indsendt til tidsskriftet Biophysical Journal og 1 manuskript indsendt til tidsskriftet Systems Biology.
A.K. Poulsen deltog i 4th European Workshop on Glycolysis ved Free University, Amsterdam, Holland med foredraget Studies of metabolic behaviour (4.-5. februar).
Vidensudveksling med det omgivende samfund Skriftlige formidlingsbidrag: 12.05. Postere. Forskningens Døgn. Populærvidenskabelige foredrag: 14.03. Bestil et foredrag - om Nanoteknologi. VonZaiborg - et kulturnetværk i Århus. 12.09. Bestil et foredrag - om Nanoteknologi. Ungdommens naturvidenskabelige Forening, Odense. Andre formidlingsbidrag: Rollemodel/case study i Føge, Peter og Hegner, Bonnie. Primus 2 - almen studieforberedelse på studieretningen. Danmark: Forlaget Systime, 2005.
EKSPERIMENTEL MIKROBIOLOGI S. Douthwaite deltog i mødet Novel Ketolide Antimicrobials 2005 ved GR Micro Ltd., London, England og holdt foredraget Macrolactone ring 11-12 derivatives make additional binding site interactions (22. marts). Han var inviteret til Biochemistry Department, Gorlaeus Laboratories, University of Leiden, Holland og holdt foredraget Antibiotic interaction and resistance mechanisms on the bacterial ribosome (18. maj). Han deltog i Inhibitors of Protein Synthesis Conference, i Tartu, Estland og holdt foredraget Novel sites of rRNA modification determined by MALDI mass spectrometry (19.-21. juni). Ved NAC International PhD Summer School, Syddansk Universitet, Odense holdt han foredraget Nucleotide modifications in ribosomal RNA conferring antibiotic resistance (22. juni). Han var inviteret til at holde foredrag ved Pharmaceutical Biotechnology Center, University of Illinois, Chicago, USA med titlen Macrolide resistance in Mycobacterium tuberculosis through ErmMT expression (22. juli). Han var inviteret til at holde plenarforedrag ved International Union of Microbiology Societies Meeting i San Francisco, USA med titlen The 3D structure of the ribosome as a target for antibiotics (23.-28. juli). Han besøgte Sinsheimer Laboratories, University of California, USA og holdt foredraget Difference in rRNA modification patterns between Gram-positive and Gram-negative bacteria (1. august). Han var inviteret til at holde et foredrag ved firmaet Intervet (Akzo Nobel) Schwabenheim, Tyskland med titlen Interactions of the macrolide tylosin and its derivatives on the bacterial ribosome (18. november). Han var referee på 49 videnskabelige artikler og 11 internationale fondsansøgninger. Han er medlem af editorial board ved American Society of Microbiologys tidsskrift Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
K. Gerdes deltog i bioVENTURE-mødet bioTEAMsouth & Dansk Venture Kapital- og Private Equity Forening (DVCA) Life Sciences Forum-arrangement i Syddanske Forskerparker, Odense og holdt talen Genobiotix ApS – udvikling af nye antibiotika (30. marts). Han var inviteret til Swiss Society for Microbiologys 64th Assembly i Geneve, Schweiz og holdt talen DNA segregation mechanisms in bacteria (31. marts-1. april). Han var inviteret taler ved Newton- Abraham Andrew Wright Workshop ved Department of Biochemistry, Oxford University, England og holdt talen DNA segregation mechanisms in bacteria: Actin and oscillating non- actin proteins form dynamic filaments (11.-12. maj). Han deltog i 105th General American
10 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Society for Microbiology Meeting i Atlanta, USA og holdt talen Function of mRNA cleaving "Toxins" RelE and MazF: Regulation of translation rather than cell suicide (4.-9. maj). Han besøgte Institut für Mikrobiologie, Biologie II, Universität Freiburg, Tyskland og holdt talen Actin and oscillating non-actin proteins form dynamic filaments (28. juni). Han deltog i International Union of Microbial Societies' konference Microbes in a Changing World i San Francisco, USA, hvor han var Session Leader for sessionen Bacterial Cell Division and DNA Segregation og holdt talen DNA segregation mechanisms in bacteria (23.–28. juli). Han besøgte University of California, USA og etablerede samarbejde med professor Dyche Mullins (27. juli). Han besøgte Cell Biology and Metabolism Branch, National Institute of Child Health and Human Development, National Institutes of Health, Bethesda, USA og holdt talen Antisense RNA- and antitoxin-regulated toxin genes of Escherichia coli (29. juli). Han var inviteret taler og Session Chair ved konferencen Molecular Genetics of Bacteria and Phages i Madison, USA og holdt talen Translational quality control by toxin – antitoxin loci in Escherichia coli (2.–7. august). Han besøgte Centro de Investigaciones Biológicas, Madrid, Spanien og holdt talen Actins and oscillating proteins in bacterial DNA segregation. Ved samme lejlighed besøgte han Centro Nacional de Biotecnología, Campus Universidad Autónoma, Madrid, Spanien (15. september). Han besøgte Institute for Cell and Molecular Biosciences, University of Newcastle upon Tyne, England, hvor han holdt foredraget Actins and oscillating proteins in bacterial DNA segregation (15. november). Han deltog i Inaugural Meeting of the Basic Research Foundation Centre for mRNP Biogenesis and Metabolism på Aarhus Universitet og holdt talen Messenger RNA cleaving enzymes as translational quality control elements (24. november). Han var inviteret taler ved minisymposiet Cytoskeletal elements in bacteria i Oslo, Norge afholdt af Consortium for Advanced Microbial Sciences and Technology og holdt talen Actins and oscillating proteins in bacterial DNA segregation (2. december). Han blev valgt som medlem af Eropean Molecular Biology Organization (EMBO). Han er medlem af editorial board ved tidsskrifterne Molecular Microbiology, Plasmid og RNA Biology.
Vidensudveksling med det omgivende samfund Bidrag via TV, radio mv.: 15.10. Viden Om vedrørende resistente bakterier i DR 2.
B.H. Kallipolitis deltog i workshoppen Virulence and pathognecity of foodborne pathogens afholdt på KolleKolle, Værløse (20.-21. januar). Hun deltog i Listeria Network DK Symposium på Danmarks Fødevareforskning (6. juni).
P. Valentin-Hansen afholdt foredraget Riboregulation in bacteria ved Institut for Veterinær Patobiologi, Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København (24. maj). I forbindelse med forskningsbesøg ved Department of Biochemistry and Molecular Biology, Oregon Health Sciences University, USA holdt han foredraget Fine-tuning of gene expression by non-coding RNAs (29.-30. juni). Han var inviteret taler og medarrangør af symposiet Bacterial Small Regulatory RNA's ved XI International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology, San Francisco, USA og afholdt foredraget Small regulatory RNAs and Hfq, comrades in post- transcriptional control (23.-28. juli). Han var referee på artikler i Cell, Journal of Molecular Biologi, Molecular Microbiology og Nucleic Acids Research. Han er formand for Fuhrmann Fonden og var tilknyttet bestyrelsen for Nuevolution A/S, København.
B. Vester var inviteret til at holde foredrag med titlen Novel antibiotic resistance sites off the beaten rRNA path på kongressen The Joint Meeting of the International Union of Microbiological Societies, San Francisco, USA (23.-28. september). Hun deltog i Satellite Mini- Symposium on Nucleic Acods Chemistry (8. december) og Nucleic Acids Chemistry Towards Biology – 50 Years on i Cambridge, England (9. december). Hun var medlem af bedømmelsesudvalg for Ph.D.-afhandlingen Macrolides in protein synthesis, Martin Lowmars,
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 11 Uppsala, Sverige. Hun var referee på 2 artikler i Molecular Microbiology og 2 artikler i Journal of Antimicrobial Chemotherapy. Hun er medlem af censorkorpset i biologi.
EUKARYOT GENEKSPRESSION OG DIFFERENTIERING L. Grøntved deltog i Keystone Symposiet PPAR/LXR, Whistler, Canada med poster/oralpræsentationen Molecular mechanisms of PPAR subtype specific activation of chromatin-embedded target genes (12.-17. april). Han deltog i Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases, Nyborg og holdt i den forbindelse foredraget Molecular mechanisms of transactivation by PPAR subtypes (8.-10.september). Han besøgte firmaet Genfit, Lille (14. december) og University of Lille, Frankrig i forbindelse med samarbejde (15. december).
P. Hallenborg deltog i 3rd International Symposium on PPARs - Efficacy and Safety – From Basic Science to Clinical Applications i Monte Carlo, Monaco (19.-23. marts). Han besøgte NIFES, Bergen, Norge for at udføre dyrestudium med Bjørn Liaset (1.-6. maj). Han besøgte professor Saverio Cinti, Ancona Universitet, Italien for at deltage i og diskutere samarbejdsprojekter (15.-18. maj).
C. Jørgensen har arbejdet ved Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, Toronto, Canada som led i udlandsophold (1. januar-31. marts).
K. Kristiansen besøgte Joslin Diabetes Center og Dana Farber Cancer Institute, Harvard Medical School, Boston, USA for at diskuterere samarbejder (12.-14. januar). Han besøgte endvidere Johns Hopkins University, Baltimore, USA ligeledes for at drøfte samarbejder (15.- 18. januar). Han deltog i Novo Scholarship symposium, København (27. januar). Han besøgte Department of Anatomy and Cell Biology, Universitetet i Bergen, Norge, hvor han holdt foredraget cAMP in adipocyte differentiation and function (24.-27. februar). Han holdt et foredrag med titlen Nuclear receptors-readers digest ved Evolva, Symbion, København (9. marts). Han besøgte Institute of Signaling, Developmental Biology and Cancer Research, Centre de Biochimie, Nice, Frankrig for at drøfte samarbejde og afholdt en gæsteforelæsning med titlen Tumor suppressors as regulators of adipocyte differentiation and function (17.-19. marts). Han var inviteret foredragsholder til mødet PPARs - Efficacy and Safety, Monte Carlo, Monaco, hvor han holdt foredraget The interplay between PPARδ and NF-κB in normal and diseased skin (19.-23. marts). Han holdt et seminar på Leo Pharma med titlen The interplay between PPARδ and NF-κB in normal and psoriatic skin (7. april). Han deltog i Keystone Symposiet PPAR/LXR, Whistler, Canada (12.-17. april). Han var inviteret foredragsholder til NuGO focus Team-mødet, hvor han holdt foredragene Proteomic approaches to study adipocyte differentiation and function og Regulatory circuits controlling adipocyte differentiation and function, Oslo, Norge (18.-20. april). Han besøgte Department of Anatomy and Cell Biology, Universitetet i Bergen, Norge for at diskutere samarbejdsprojekter (21.-23. april). Han deltog i Fyns Amtråds delegation til Kina for at forhandle samarbejde vedrørende TCM med besøg i Beijing, Bozhou, Hefei og Guangzhou (20.-29. maj). Han er gæsteprofessor ved Beijing Genomics Institute, Beijing, Kina og arbejdede dèr (29. maj-6. juni). I forbindelse med dette ophold besøgte han som videnskabelig rådgiver Kunming Primate Center, Kunming, Kina (2. juni) og desuden Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, XishuangBanna, Kina, hvor han holdt foredraget Traditional herbal medicine as a source for the development of modern antidiabetic drugs (3.-5. juni). Han besøgte en række pharmaceutiske virksomheder i Tokyo og Osaka, Japan for at diskutere mulige samarbejder (6.-9. juni). I forbindelse med 1st BMB-BioLigand Symposium, Syddansk Universitet, Odense, holdt han foredraget Lipoxygenases in adipogenesis (1. juli). Han deltog i 53rd Annual GA Congress, Firenze, Italien (21.-25. august). Han holdt foredraget Regulatory circuits controlling white versus brown
12 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet adipocyte differentiation and energy expenditure i forbindelse med Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases, Nyborg (10. september). Han deltog i et møde i Paris for at udarbejde en EU-ansøgning (14. september). Han deltog i ICBL-mødet 46th International Conference on the Bioscience of Lipids, Ajaccio, Frankrig (20.-24. september). Han besøgte i forbindelse med Scout India-initiativet India Institute of Technology and Institute of Bioinformatics, Bangalore, Indien, hvor han holdt foredraget A molecular approach to understanding obesity (10.-12. october). Desuden besøgte han Ocimum Ltd og Dr. Reddy's, Hyderabad, Indien, hvor han holdt foredragene A screening platform for identification and molecular characterization of antidiabetic compounds in TCM og The role of cyclooxygenases in development and function of white and brown adipose tissue (12.-14. oktober). Han deltog i TCM Denmarks kongres, Odense, hvor han holdt foredraget Molecular biological approaches for the identification of anti-diabetic compounds in traditional Chinese medicine (16.-19. oktober). Han besøgte Department of Anatomy and Cell Biology, Universitetet i Bergen, Norge for at diskutere forskningssamarbejder (3.-5. november). Han deltog i møde i Paris med Dominique Langin og Gerard Ailhaud for at diskutere ansøgninger og videnskabeligt samarbejde (15. november). Han besøgte Beijing Genomics Institute for at holde møder med det kinesiske National Science Foundation og diskutere muligheder for dansk-kinesisk forskningssamarbejde (25.-27. november). Han besøgte i forbindelse med DUO Asia-programmet Zhejiang University, Hangzhou, Kina, hvor han holdt gæsteforelæsningen The obesity epidemic – novel perspectives for treatment (28.-30. november). Han besøgte HD Biosciences Ltd, Shanghai, Kina for at aftale samarbejder (1.-2. december). Han var inviteret foredragsholder til BioTeamSouth-møde om Nutrigenomics, Middelfart, hvor han holdt foredraget The obesity perspective 2005 (5. december). Han har været medlem af bedømmelsesudvalg vedrørende følgende Ph.D.-afhandlinger ved Aarhus Universitet Mechanistic aspects of human topoisomerase IIα and identification of new genes involved in the Rqh1 pathway or in parallel pathways, Camilla Skouboe, Active site resemblance between type IB topoisomerases and tyrosine recombinases, Stefan Borre-Gude, Familial cardiomyopathies – molecular studies of actin mutations causing familial hypertrophic cardiomyopathy and familial dilated cardiomyopathy, Søren Vang, Specific regulation of IL-8 and p53 promoters by NF-κB in HEPG2 cells, Mads Kirscheiner Rasmussen, Mechanistic and cellular aspects of the chemotherapeutic target human topoisomerase IIα, Vibe H. Østergaard. Han er bedømmer for Inserm, French Research Agency – ANR, Vienna Science and Technology Fund, Association for International Cancer Research og The Wellcome Trust. Han har reviewet manuskripter for Journal of Clinical Investigation, Endocrine Reviews og FEBS Journal. Han er medlem af bestyrelsen for Fuhrmann Fonden, Syddansk Universitets Forskningsfond, UdviklingsCenter Aarslev og Danmarks JordbrugsForskning. Han er videnskabelig rådgiver for Evolva A/S, Basel, Schweiz, Bridge Bioresearch Ltd., London, England og Institute of Bioinformatics, Bangalore, Indien. Han er gæsteprofessor og videnskabelig rådgiver ved Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Sciences, Beijing, Kina og videnskabelig rådgiver for Kunming Primate Center, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Kina. Han er direktør for BioLigands ApS.
Vidensudveksling med det omgivende samfund Skriftlige formidlingsbidrag: Kristiansen, K. Plantemedicin og livsstilsygdomme. Artikel i projektavis for Planter til Sundhed, maj, 2005. Populærvidenskabelige foredrag: 12.05. Plantemedicin og livsstilsygdomme. Forskningens døgn. 20.05. Molekylær biologisk screening for bioaktive stoffer. Forskernetværket Planter til Sundhed, Odense. 16.06. Fedme anno 2005. Foodture-møde, Teknologisk Institut, Kolding. 07.-08.11. Fedtceller - fedme - og diæter. Explore Science. Bidrag via TV, radio mv.: 19.01. Modernisering af traditionel kinesisk medicin. Interview til Hardisken, P1.
L. Madsen besøgte Department of Anatomy and Cell Biology, Universitetet i Bergen, Norge for at diskutere samarbejdsprojekter (24.-27. februar). Hun deltog i ICBL-mødet 46th International Conference on the Bioscience of Lipids, Ajaccio, Frankrig, hvor hun holdt
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 13 foredraget The role of cyclooxygenases in development and function of white and brown adipose tissue (20.-24. september). Hun besøgte Beijing Genomics institute for at holde møder med det kinesiske National Science Foundation og diskutere muligheder for dansk-kinesisk forskningssamarbejde (25.-27. november). Hun besøgte i forbindelse med DUO Asia- programmet Zhejiang University, Hangzhou, Kina (28.-30. november), og hun besøgte HD Biosciences Ltd, Shanghai, Kina for at aftale samarbejder (1.-2. december).
S. Mandrup var inviteret til at holde foredraget Molecular mechanisms of PPAR subtype specific actions på Centre Medical Universitaire, Geneve, Schweiz (23. marts). Hun deltog i Keystone Symposiet PPAR/LXR, Whistler, Canada med poster/oralpræsentationen Molecular mechanisms of PPAR subtype specific activation of chromatin-embedded target genes og med posterpræsentationen PPARδ is a lipid sensor and a regulator of fatty acid oxidation in pancreatic β-cells (12.-17. april). Hun er koordinator på EU's FP6 STREP-projekt ChIP-chip to decipher transcription networks of RXR and partners (X-TRA-NET). I den forbindelse besøgte hun firmaet Nimblegen, Reykavik, Island med henblik på at undersøge muligheder for samarbejde (7.-8. juni). Endvidere arrangerede hun opstartsmøde i Paris, hvor hun holdt oplægget X-TRA-NET strategy (29. august). Hun deltog i Mejeribrugets Forskningsfonds styregruppemøde på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København og holdt oplæg om forskningsprojektet Har mælkefedt en forebyggende effekt på diabetes type II og andre velfærdssygdomme? (14. oktober). Hun var inviteret til at holde foredraget Molecular mechanisms of PPAR subtype specific actions på EMBL, Monterotondo, Rom, Italien (17. oktober). Hun var inviteret til at besøge Novo Nordisk, Bagsværd og holdt foredraget PPAR subtype and cell type specific activation of endogenous genes (16. november). Hun var inviteret til at holde foredraget PPAR subtype and cell type specific activation of endogenous genes ved Nijmegen Center for Molecular Life Sciences, Nijmegen, Holland (11. november). Hun besøgte firmaet Genfit, Lille, Frankrig i forbindelse med EU-samarbejde (14. december). Hun besøgte University of Lille og holdt foredraget PPARs in pancreatic β-cells and molecular mechanisms of PPAR subtype specific actions (15. december). Hun var medlem af bedømmeslesudvalget for Ph.D.-afhandlingen Influence of nutrients and metabolic status on expression of adipokine genes, Fred Haugen, Oslo Universitet, Norge. Hun sad i ekspertpanel til bedømmelse af ansøgninger i forbindelse med EU's FP6. Hun var referee for tidsskrifterne Journal of Biological Chemistry, Diabetes, Journal of Cell Science, Journal of Lipid Research, FEBS letters, Hormone and Metabolic Research, Biochimica and Biophysica Acta, American Journal of Physiology, International Journal of Biochemistry and Cell Biology and Obesity Reviews. Hun er medlem af bestyrelsen for Forskerskolen i Metabolisme og var i den forbindelse medarrangør af sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases afholdt i Nyborg (8.-11. september). Hun er medlem af Forskningsrådet for Natur og Univers.
Vidensudveksling med det omgivende samfund Andre formidlingsbidrag: 14.06. Oplæg om Institut for Biokemi og Molekylær Biologi og om egen forskning. Rundvisning af Odense Byråd i den nye bygning ved Institut for Biokemi og Molekylær Biologi.
M.B. Nielsen deltog i den internationale sommerskole i molekylær biofysik, Physics of Life – From single molecules to networks, Krogerup Højskole og præsenterede posteren The role of acyl-CoA binding protein in skin - combining biophysics, molecular biology, biochemistry and mouse genetics (21.-27. august). Hun deltog i Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases, Nyborg og holdt i den forbindelse foredraget The role of acyl-CoA binding protein in skin: Combining biophysics, molecular biology, biochemistry and mouse genetic approaches (8.-10. september). Hun deltog i 16th European LBP Mini- workshop, Odense og holdt foredraget The ACBP knockout mouse model - functional investigation of ACBP in skin by using biochemical and biophysical tools (6.-8. oktober). I forbindelse med Workshop on transgenic animals holdt hun foredraget Phenotype analysis of
14 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet the ACBP knockout mice, Syddansk Universitet, Odense (17. november). Hun arrangerede i samarbejde med Ole G. Mouritsen, Memphys-Center for Biomembranfysik seminaret New Perspectives in Life Sciences for Memphys-Center for Biomembranfysik og Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, Syddansk Universitet, Odense (22. november).
R. Nielsen deltog i Keystone Symposiet PPAR/LXR, Whistler, Canada med poster/oral- præsentationen Molecular mechanisms of PPAR subtype specific activation of chromatin- embedded target genes (12.-17. april). Han deltog i Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases, Nyborg og holdt i den forbindelse foredraget Cell type and subtype specific determinants in PPAR transactivation (8.-10. september). Han besøgte firmaet Genfit, Lille, Frankrig, hvor han holdt oplægget Identification of PPAR target genes in mouse AML-12 hepatocytes (14. december) samt University of Lille, Frankrig i forbindelse med samarbejde på EU-projekt (15. december).
R.K. Petersen deltog i 3rd International Symposium on PPARs Efficacy and Safety – From Basic Science to Clinical Applications i Monte Carlo, Monaco (19.-23. marts), hvor han præsenterede en poster med titlen Cyclooxygenases and arachidonic acid in the regulation of adipocyte differentiation. Han besøgte professor Saverio Cinti, Ancona Universitet, Ancona, Italien for at deltage i og diskutere samarbejdsprojekter (15.-18. maj).
K. Ravnskjær deltog i Keystone Symposiet PPAR/LXR, Whistler, Canada med posterpræsentationen PPARδ is a lipid sensor and a regulator of fatty acid oxidation in pancreatic β-cells (12.-17. april). Han deltog i Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases, Nyborg og holdt i den forbindelse foredraget The function and regulation of peroxisome proliferators activated receptors in pancreatic beta-cells (8.-10. september). Han var inviteret til at besøge Novo Nordisk, Bagsværd, hvor han holdt foredraget Regulation of fatty acid metabolism in pancreatic β-cells by PPARα, PPARγ and PPARβ/δ - implications for insulin secretion (16. november).
M.B. Sandberg var på miljøskift hos professor Michael McIntosh, University of North Carolina, Greensboro, USA (8. april–27. maj). Hun deltog i Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases, Nyborg og holdt i den forbindelse foredraget The role of acyl-CoA binding protein in skin combining biophysics, molecular biology, biochemistry and mouse genetic approaches (8.-10. september).
L. Aarenstrup deltog i 3rd International Symposium on PPARs Efficacy and Safety - From Basic Science to Clinical Applications i Monte Carlo, Monaco, hvor hun præsenterede en poster med titlen Cross-talk between PPARdelta and NF-kappaB in human skin (19.-23. marts).
FOTOSYNTESE R.P. Cox deltog i forskerskolen SOAS's årsmøde (School of Aquatic Sciences), i Århus (31. marts-1. april). Han deltog i møde i Society for General Microbiology, Edinburgh, Scotland (7.- 8. april). Han var medlem af bestyrelsen for forskerskolen SOAS.
Vidensudveksling med det omgivende samfund Populærvidenskabelige foredrag: 06.09. Livets ydre grænser. Ungdommens Naturvidenskabelige Forening, København. Andre formidlingsbidrag: 10.05. Demonstration. Forskningens Døgn, Odense.
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 15
M. Miller var i bedømmelsesudvalget vedrørende Ph.D.-afhandlingerne A comparative analysis of conjugative and cryptic plasmids from Sulfolobus, Bo Bjørn Greve, Københavns Universitet og Genome evolution in Sulfolobus, Peter Redder, Københavns Universitet samt Function of the periferal subunits of photosystem I their routing to the chloroplast, function and interaction with plastocyanin and light harvesting complex II, Agniesza Zygadlo, Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København. Hun er medlem af censorkorpset for jordbrugsvidenskab på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København. Hun er medlem af den internationale videnskabelige komité for International Symposium on Phototropic Prokaryotes. Hun er medlem af programrådet for Folkeuniversitetet i Odense. Hun har været referee på artikler i Biophysical Journal, Photosynthesis Research og Photochemistry and Photobiology.
LIPID N.J. Færgeman deltog i 7th Yeast Lipid Conference, Swansea, Wales, England med foredraget Global changes in gene expression caused by depletion of Acyl- CoA binding protein, Acb1p in Saccharomyces cerevisiae. A putative link between acyl-CoA homeostatsis and ICRE-mediated gene regulation (12.-14. maj). Han deltog i FEBS advanced course Lipid-protein interaction in signalling and membrane traffic ved Consorzio Mario Negri Sud S. Maria Imbaro i Chieti, Italien, hvor han afholdt Meet the Expert Session vedrørende acyl-CoA esters in cell signaling and membrane fusion (10.-15. juni). Han er medlem af Biokemisk Forenings bestyrelse.
J. Knudsen holdt på Ph.D.-kurset B2 Molecular mechanisms in the metabolic syndrome forelæsningen FFA metabolism: Regulation of cell metabolism - a biochemical and clinical perspective, Syddansk Universitet, Odense (1. april). Han afholdt workshop i lipidomics ved Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases i Nyborg (8.-10. september). Han var i bedømmelsesudvalget vedrørende Ph.D.-afhandlingen Expression analysis in pigs and aspects of physiology and metabolism in carriers of a mutation in AMP-activated protein kinase, Per Horn, Aarhus Universitet. Han har fungeret som peer reviewer for det finske forskningsråd.
M. Wadum har siden 3. oktober været på miljøskift i dr. Greg Harris' laboratorium, Biology Department, San Diego State University, USA. I den forbindelse har hun afholdt Graduate Seminar med titlen Characterization of acyl-CoA binding proteins in Drosophila melanogaster (2. november).
PROTEININTERAKTION J.S. Andersen var inviteret til at holde foredraget Using SILAC mass spectrometry ved et besøg på University of Dundee, Skotland (17.-21. marts) og foredraget Use of mass spectrometry to study signaling pathways ved Erasmus Seminar, Rotterdam, Holland (18. april). Han deltog i 53rd American Society for Mass Spectrometry Conference i San Antonio, USA med foredraget Comparison of steady-state and time-course SILAC for characterization of proteome dynamics (3.-9. juni). Han deltog i 4th Annual Meeting of the Human Proteome Organization (HUPO) i München, Tyskland (27. august-1. september) med foredraget Evaluation of time-course and steady-state stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC) to investigate the function and dynamics of a large multi-protein complex. Han deltog i The Wilhelm Bernhard Workshop i Wurtzburg, Tyskland, hvor han holdt foredraget Nucleolar proteome turnover (1.-5. september). Han var foredragsholder på Forskerskolen i Metabolisme ved Odense Universitetshospital med foredraget Proteomics at the Center for Experimental Bioinformatics (20. september), og han deltog i Centrosome and Spindle Pole Bodies Meeting i Heidelberg, Tyskland (23.-27. september). Han holdt foredraget Quantitative proteomics using SILAC and the LTQ-FT-ICR mass spectrometer ved Danish Society for Mass
16 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Spectrometry Seminar i Odense (25. oktober) og ved Procura Proteomic Meeting i Lissabon, Portugal (9.-10. november). Han var referee på 10 artikler og internationale ansøgninger.
B. Blagoev var inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry-based proteomics to study cell signaling ved Seminar on Cell Signaling, Institute for Biochemistry II, Goethe University School of Medicine i Frankfurt, Tyskland (23. marts). Han deltog i Keystone Symposiet Proteomics and Bioinformatics i Colorado, USA, hvor han præsenterede posteren Temporal ordering of signaling networks by quantitative proteomics (8.-13. april). Han var inviteret til at holde foredraget Quantitative phosphoproteomics of EGF and PDGF signaling networks and control of mesenchymal stem cell differentiation ved 53rd ASMS Conference on Mass Spectrometry, San Antonio, USA (6. juni). Han var finalist i Upstate Young Cell Signaller 2005 Award i forbindelse med 2nd Annual Cell Signalling Symposium i Dundee, Skotland, hvor han holdt foredraget Temporal analysis of phosphotyrosine-dependent signaling networks by quantitative proteomics (14. juni). Han holdt foredraget Temporal ordering of signaling pathways by quantitative proteomics ved Federation of American Societies for Experimental Biology (FASEB) Summer Research Conferences on Protein kinase and protein phosphorylation i Snowmass, USA (17. juli). Han holdt foredrag ved 12th European Congress on Biotechnology i København med titlen Quantitative proteomics to study global cell signaling (22. august). Han deltog i HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland med posteren Quantitative proteomics of EGF and PDGF signaling networks reveals controlling mechanism of stem cell differentiation (28. august-1. september). Han holdt inviteret foredrag Deciphering cell signaling by quantitative proteomics ved 2nd European Science Foundation Conference on Functional Genomics and Disease i Oslo, Norge (7. september) og foredraget Mass spectrometry-based proteomics to study signaling by Receptor Tyrosine Kinase ved et seminar på School of Biomedical Sciences, University of Liverpool, England (4. november). Han besøgte Max-Planck Institut für Biochemie i Martinsried, Tyskland for at diskutere fælles forskningsprojekter (6.-10. november) Han var inviteret til at holde foredrag ved Symposium on Phosphoproteomics and Cell Signaling arrangereret af Danish Proteomics Society (DAPSOC) og Danish Society for Biochemistry and Molecular Biology (DSBMB) på Syddansk Universitet i Odense. Foredragets titel var Quantitative proteomics of EGF and PDGF signaling networks reveals controlling mechanism of stem cell differentiation (8. december). Han var referee på 4 artikler.
J. Bunkenborg var inviteret til at holde foredraget LC-MS coupled tandem mass spectrometry på Glostrup Hospital (12. januar). Han deltog med foredraget Proteomics and TIF-preliminary results i Dansk Center for Translationel Brystkræftforskings møde i København (9. marts) og deltog i Waters seminar i København (28. april) med foredraget The importance of sample preparation with regard to complex mixture analysis – glycoproteomic strategies. Han deltog i 7. danske kongres i klinisk biokemi i Viborg (24.-25. maj) med foredraget Glycosylerede proteiner i plasma - kan massespektrometri bidrage med nye biomarkører? Han medbragte en poster til 4th Annual HUPO Meeting i München, Tyskland (28. august–1. september), og han bidrog med foredraget Analysis of N-glycosylated proteins using the ECD and IRMPD features of the LTQ-FT-ICR instrument til Thermo Electron's Proteomics seminar i København (9. november). Han var referee på 5 artikler i internationale tidskrifter.
I. Kratchmarova var inviteret til at holde foredraget Quantitative proteomics of EGF and PDGF signaling networks reveals controlling mechanism of mesenchymal stem cell differentiation ved Keystone Symposiet Proteomics and Bioinformatics i Colorado, USA (9. april). Samme foredrag holdt hun ved Afdeling for Klinisk Biokemi på Glostrup Hospital (12. maj). Hun deltog i 53rd ASMS Conference i San Antonio, Texas, USA med posteren Triple encoding SILAC applied to study expression changes of secreted factors during adipocyte differentiation (5.-9. juni), og hun holdt foredrag på Medical Biotechnology Center, Institut for
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 17 Medicinsk Biologi, Syddansk Universitet med titlen Mechanism of divergent growth factor effects in mesenchymal stem cell differentiation (20. juni). Hun deltog i 4th Annual HUPO World Congress i München, Tyskland med posteren Quantitative profiles of secreted factors during adipocyte differentiation (28. august-1. september). Hun var referee på 3 artikler.
L.P. Kristensen deltog i 1st Annual BioSys Conference on Industrial Applications of Bioinformatics and Systems Biology, som blev afholdt i København (15. november) samt i Danish Proteomics Society (DAPSOC) and Danish Society for Biochemistry and Molecular Biology (DSBMB)-seminar på Syddansk Universitet i Odense (8. december).
B. Macek var gæsteforelæser ved University of Zagreb, Kroatien på kurset Methods in protein analysis (11.-15. marts).
M. Mann var inviteret til at holde foredraget Organellar and signaling proteomics på Schloss Ringberg, Tagung Münchener Kreis, Tegernsee, Tyskland (4. januar). Han deltog i Conference of the German Society for Clinical Chemistry and Laboratory Medicine i Hamburg, Tyskland med foredraget Protein identification with certainty and quantitation in human plasma (14. januar) samt i Max-Planck-Institut für Biochemie retreat i München, Tyskand med foredraget New developments in organellar and signaling proteomics (3. februar). Han var inviteret til at holde foredrag på Lunds Universitet i Malmö, Sverige med titlen Potential contributions of proteomics to diabetes and obesity research (8. februar). Han blev inviteret til Oxford University, England for at holde foredraget Organellar and signaling proteomics (28. februar), og han holdt samme foredrag på Novartis Research Institute, Boston, USA (9. marts). Han holdt foredraget State-of-the-art mass spectrometric technologies applied to organellar and signaling proteomics på Gene Center ved Universität Münich i Tyskland (14. marts), og på Dundee University i Skotland holdt han foredraget Organellar and signaling proteomics (18. marts). Han deltog i Keystone Conference on Proteomics and Bioinformatics i Colorado, USA med foredraget Global elucidation of phosphorylation dependent protein-protein interactions (9. april). Han var invitereret til Sydkorea, hvor han dels holdt gæsteforedragene Quantitative proteomics as a basis of systems biology ved Yonsei University (27. april) og Signaling and organellar proteomics using quantitative proteomics på Jeju Island (30. april) og dels deltog i 5th Korean Human Proteome Organization (HUPO) Meeting, hvor han holdt samme foredrag (28. april). Han var inviteret til at deltage i 53rd ASMS Conference i San Antonio, Texas, USA med foredraget High-accuracy analysis of bodily fluid proteomes using a linear ion trap – Fourier transform instrument (5. juni), og han deltog i Bioscience 2005 i Glasgow i Skotland, hvor han holdt EMBO-plenarforedraget Quantitative proteomics as a basis for systems biology (17. juli). Ved Protein Society Meeting i Boston, USA holdt han The Anfinsen Award prisvinderforedrag Quantitative phosphoproteomics using stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC) (2. august), og han holdt ved Dana Faber Cancer Institute, Harvard Medical School i Boston foredraget Cell fate decisions revealed by phosphoproteomics (4. august). Han deltog i 4th Annual HUPO World Congress i München, Tyskland (28. august– 1. september) med foredragene Quantitation and resolution of proteins in complex specimens: An analytical perspective (28. august), Cell fate decisions revealed by quantitative phosphoproteomics (31. august) samt Future vision for proteomic research (1. september). Ved EMBO Young Investigator Program i Heidelberg, Tyskland var han inviteret til at holde foredraget Proteomics (18. september), og ved EMBO Workshop on the Nucleus i Montepellier, Frankrig holdt han foredraget Proteomics for the cell nucleus (24. september). Han var inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry based proteomics ved Universität Heidelberg i Tyskland (17. oktober) og foredraget Proteomics approaches to study stem cell differentiation ved symposiet Genomic Approaches and Molecular Mechanisms of Cancer arrangeret af Center for Biomedical Genetics i Amsterdam, Holland (28. oktober). Han var inviteret til at holde foredraget (Phospho)proteomics for systems biology ved Universität
18 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Freiburg, Tyskland (3. november), og han holdt foredraget Proteomics technology and applications på Universität Münich, Tyskland (8. november). Han deltog i Max-Planck Society Meeting i Berlin, Tyskland med foredraget Organellar and signaling proteomics (23. november). Han deltog i Midterm Meeting for EU-projektet Interaction Proteome i Tutzingen, Tyskland, hvor han gav præsentationen Interaction proteomics (6. december). Han er bestyrelsesmedlem af HUPO (Human Proteome Organization). Han er medlem af redaktionen for fagtidsskrifterne Genome Research, Protein Science, Molecular and Cellular Proteomics, Systems Biology of the Institute of International Engineers og Journal of Proteome Research. Han tildeltes The Protein Society's Christian B. Anfinsen Award i Boston i august. Han var videnskabelige medarrangør af to store konferencer The Keystone Meeting on Proteomics and Bioinformatics i Keystone, Colorado, USA og 4th Annual Meeting of the Human Proteome Organization (HUPO), som blev holdt i München i august med 2000 deltagere. Han var referee på cirka 100 videnskabelige artikler, internationale ansøgning og lignende og er medlem af flere videnskabelige udvalg. I juli tiltrådte han en stilling som direktør ved Max-Planck-Institut für Biochemie i Martinsried i Tyskland, men bruger fortsat 18 % af sin arbejdstid på Center for Eksperimentel BioInformatik i Odense.
G. Mittler deltog i 53rd Annual ASMS Conference i San Antonio, Texas, USA med posteren A highly specific proteomic screening method for the characterization of DNA protein interactions (5.-9. juni) og i HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland (28. august-1. september).
P.V. Mortensen deltog i kurset Wavelet- og Gabor-metoder til feature-extraction i Aalborg (22.-23. august). Han deltog i seminar i forbindelse med åbning af nyt stamcellelaboratorium ved Aalborg Universitet (24. august). Han besøgte Max-Planck Institut für Biochemie i Martinsried, Tyskland for at diskutere udvikling af rekalibrering for Orbitrap samt planlægning af fremtidig softwareudvikling (12.-16. september).
J.V. Olsen var inviteret til at holde foredraget Quantitative phosphoproteomics with Fourier transform mass spectrometry på Massachusetts Institute of Technology, Boston, USA (15. april). Samme foredrag holdt han ved Fifth North American Fourier Transform-Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry Conference, Key West, USA (17.-20. april). Han deltog i 53rd Annual ASMS Conference i San Antonio, USA med foredraget Quantitative site-directed hosphoproteomics of EGF signaling cascades (5.-9. juni). Han deltog i HUPO 4th Annual World Congress, München, Tyskland med posteren Quantitative phosphoproteomics applied to the EGF receptor pathway (28. august-1. september). Han deltog med foredraget Quantitative phosphoproteome analysis in yeast and man ved Thermo Electron's Proteomics Seminar Series 2005, i Köln, Tyskland (16. november).
B. Pilch deltog i 53rd Annual ASMS Conference i San Antonio, USA med posteren Large-scale proteomics of human seminal plasma (5.-9. juni).
PROTEINSTRUKTUR OG –FUNKTION N. Bache deltog med poster i 53rd ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference i San Antonio, USA (5.-9. juni).
E. Boeri-Erba deltog i 53rd ASMS Conference i San Antonio, USA, med posteren Mass spectrometry mapping and quantitation of stimulation-dependent EGF receptor phosphorylation by stable isotope labeling (5.-9. juni). Hun deltog ligeledes i British Society for
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 19 Proteome Research Meeting From Proteins to Systems i Hinxton Hall Conference Centre, Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, England med posteren Mass spectrometry mapping and quantitation of stimulation-dependent EGF receptor phosphorylation by stable isotope labeling (27.-29. juli). Hun deltog i HUPO (Human Proteome Organisation) 4th Annual World Congress, som blev holdt i International Convention Center i München, Tyskland. Her præsenterede hun posteren Mass spectrometry mapping and quantitation of stimulation- dependent EGF receptor phosphorylation by stable isotope labeling (29. august-1. september).
J. Borch deltog i et kick-off-møde i Strasbourg, Frankrig for et Human Frontiers of Science Program-projekt, hvor han holdt foredrag over emnet Surface plasmon resonance combined with mass spectrometry (21.-23. september). Han har været referee på en artikel.
A. Callesen holdt foredraget Optimering af prøveforberedelse og studier af diagnostisk værdi ved ovarie- og mammacancer ved 7. Danske Kongres i Klinisk Biokemi i Viborg (24.-26. maj). Hun deltog i HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland med posteren Solid-phase extraction methods for MALDI MS analysis of blood serum (29. august-1. september). For Den Fynske Brystkræftgruppe på Odense Universitetshospital holdt hun foredraget Massespektrometrisk analyse af cirkulerende proteiner i blodet som grundlag for diagnostik af tidlig cancer (20. september). I forbindelse med forskningsdagen på Odense Universitetshospital holdt hun foredraget Development of mass spectrometric analysis of serum proteins as a diagnostic tool in women with breast cancer and ovarian cancers (10. november). Hun deltog med foredraget Massespektrometrisk analyse af cirkulerende proteiner i blodet som grundlag for diagnostik af tidlig cancer i et regionsmøde om kræftbehandling ved Hjerte- og Kræftcenter i Odense (23. november). Hun deltog i Bruker Daltonics CLINPROT Users' Meeting i Leipzig, Tyskland (6. december).
I. Fierro-Monti besøgte professor Prouds gruppe, Division of Molecular Physiology, School of Life Sciences, University of Dundee, Skotland, hvor han arbejdede på et fælles forskningsprojekt (31. januar-27. februar). Han deltog i 53rd ASMS Conference i San Antonio, USA med posteren Oncogenic eukaryotic translation initiation factor 4E and interacting partners: influence of eIF4E phosphorylation (5.-9. juni), og han deltog i HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland med posteren Quantitative proteomics identifies a novel eukaryotic translation initiation factor 4e (eIF4E) interactor in the human translation initiation complex (28. august-1. september).
A. Gruhler deltog i 53rd ASMS Conference i San Antonio, USA (4.-9. juni), hvor han præsenterede en poster med titlen Quantitative analysis of protein expression and phosphorylation by SILAC and mass spectrometry applied to the yeast pheromone pathway. Han deltog i HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland (28. august-1. september) med posteren Stable isotope labeling of Arabidopsis thaliana cells and quantitative proteomics by mass spectrometry. Han var inviteret til at deltage i SIGMA Proteomics Seminar i København og Odense, hvor han holdt foredrag med titlen Analysis of phosphopeptides by mass spectrometry (4. og 5. oktober). Han var inviteret til at holde foredrag ved symposiet Phosphoproteomics and Cell Signalling i Odense (12. december). Han var referee på en artikel.
D. Hirschberg deltog i 4th Swedish Proteomics Society Meeting på Albanova i Stockholm, Sverige (9.-10. oktober).
20 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet K. Hjernø holdt et foredrag ved HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland med titlen Protein identification by mass spectrometry (28. august) og medbragte ved samme lejlighed en poster med titlen Improving the confidence of protein identification by combining MALDI-MS and MS/MS data (28. august-1. september).
P. Højrup deltog i Association of Biochemical Resource Facilities (ABRF) Annual Meeting i Savannah, USA med posteren PeakErazor - calibrating MALDI mass spectra (5.-8. februar). Han deltog i Protein Society Conference i Barcelona, Spanien med posterne Structural characterization of heavily modified hydrophilic peptides from Fish mucosa og Solving complex disulfide bonding patterns (30. april-4. maj). Han holdt foredraget Proteomics på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole i København (1. juni). Han holdt foredrag på et Ph.D.-kursus arrangeret af Aarhus Universitet med titlen Mass spectrometry: Identifying proteins by MALDI MS (17. august). Han deltog i 7th International Symposium on Mass Spectrometry in the Health and Life Sciences i San Francisco, USA med posteren Enrichment and characterization of glycopeptides from gel-separated glycoproteins (21.-25. august). Han var inviteret til at holde foredraget Software for characterizing proteins by mass spectrometry på Genentech Inc. i San Fransisco, USA (26. august), og samme foredrag holdt han på Novo Nordisk A/S i København (31. august). Han var referee på seks artikler.
O. Hørning deltog i 53rd ASMS Conference i San Antonio, USA, hvor han præsenterede posteren Fast chromatographic separation and sequencing of complex peptide mixtures using disposable columns and MALDI tandem mass spectrometry (4.-9. juni). Desuden deltog han i HUPO 4th Annual World Congress i München, Tyskland, hvor han præstenterede posteren Low pressure liquid chromatographic separation of complex peptide mixtures using disposable columns (28. september–1. oktober). Endvidere deltog han i seminaret New Tools and Techniques in Protein Research på Syddansk Universitet, Odense (5. oktober).
A. Jansson deltog i Danish Proteomics Society (DAPSOC) and Danish Society for Biochemistry and Molecular Biology (DSBMB)-symposium på Syddansk Universitet, Odense (8. december).
O. Nørregaard Jensen var inviteret til at holde foredrag hos Novo Nordisk A/S i Måløv med titlen Post-translational modifications: The frontier of proteomics (7. januar). Ved OUH Metodeseminar, Molekylær Bioteknologisk Center, Odense Universitetshospital var han inviteret til at holde foredraget Proteomics and mass spectrometry: Opportunities in molecular medicine and clinical biochemistry (25. januar), og i forbindelse med Applied Biosystems Seminar and Users Meeting i København var han inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry based strategies for mapping of post-translational modifications in proteomics (2. februar). Han var inviteret til at deltage i ABRF '05 Conference, Association for Biotechnology Resource Facilities, Savannah, USA med foredraget Multisite protein modifications and their determination by mass spectrometry (7. februar), og ved Waters Users' Meeting i forbindelse med samme konference holdt han foredraget Glycoprotein and glycoproteome analysis by ESI and MALDI mass spectrometry (8. februar). Han var inviteret til at holde foredraget Qualitative and quantitative phosphoproteomics by mass spectrometry ved Spanish Proteomics Society Meeting (SEProt 2005) i Cordoba, Spanien (13.-15. februar). Samme foredrag holdt han ved US HUPO Conference i Washington, USA (13.-15. marts). Han holdt møde vedrørende forskningssamarbejde med Invitrogen/Dynal Biotech på Syddansk Universitet, Odense (18. maj). Han var inviteret til at holde foredraget Investigations of cellular signaling networks by mass spectrometry på Biotechnology Research and Innovation Center (BRIC) på Københavns Universitet (19. maj), foredraget Proteomics of human samples ved Nutrigenomics Symposium på Levnedsmiddelcenteret, Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København (27. april) samt foredraget Proteomics research by mass spectrometry: Opportunities in molecular
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 21 medicine ved Dansk Selskab for Klinisk Biokemis årsmøde i Viborg (24. maj). Han deltog i Bioinformatics 2005 (SOCBIN) Conference i Tartu, Estland med inviteret foredrag Investigating signaling networks by quantitative proteomics (12. juni). Han holdt to foredrag ved Phosphoproteomics sommerskole på Cap d’Agde i Montpellier, Frankrig Strategies for phosphoprotein analysis by mass spectrometry og Qualitative and quantitative phosphoproteomics (19.-21. juni). Ved XVII International Botanical Congress (IBC 2005) i Wien, Østrig var han inviteret til at holde foredraget Plant proteomics: Mass spectrometry driven strategies and applications (19.-23. juli). Han besøgte Thermo Electron i Bremen, Tyskland med henblik på afprøvning af Orbitrap massespektrometer (15.-16. august). Han holdt foredrag om forskningsaktiviteter inden for protein massespektrometri og proteomanalyse i forbindelse med møde med det franske lægemiddelfirma Servier (19. august). Han deltog i HUPO 4th Annual Congress, München, Tyskland med foredraget Quantitation of post-translational modifications in proteomics (28. august-1. september) samt i Workshop on Translational Research in Myeloproliferative Disorders ved Rånäs Conference Center i Stockholm, Sverige med foredraget Proteomics in molecular medicine (15. september). Han blev inviteret til at deltage i Symposium de Chimie et Biologie Analytique (SCBA2005) i Montpellier, Frankrig, hvor han holdt foredraget Multisite protein modifications and their determination by mass spectrometry (25.-27. september). Han var gæsteforsker på Farmakologisk Institut, Université Mediterranée i La Timone, Marseille, Frankrig (28. september–4. oktober). Ved Swedish Proteomics Society (SPS) Symposium i Stockholm, Sverige holdt han foredraget Towards quantitation of post-translational modifications in functional proteomics (9.-10. oktober). Han var på besøg hos Waters Corp. i Manchester, England for at drøfte massespektrometriudstyr og samarbejdsprojekt (4. november). Ved BMB-Memphys Symposium på Syddansk Universitet, Odense holdt han foredraget Interpreting the protein language using proteomics (22. november) og ved Swiss Proteomics Society (SPS) Conference i Zürich, Schweiz holdt han foredraget Quantitation of post-translational modifications in functional proteomics (5.-6. december). Han tiltrådte som adjungeret professor (professor II) på Norges Tekniske og Naturvidenskabelige Universitet, Institut for Cancerforskning og Molekylær Medicin (1. oktober). Han er medlem af styregruppen for et af Leukemia Research Fund finansieret forskningsprojekt på Manchester University/Christies Hospital, England og deltog i den forbindelse i møde (3.-4. november). Han er medlem af styregruppen for Swedish Proteomics Society og deltog i den forbindelse i styregruppemøde i Lund, Sverige (7. april). Han er medlem af styregruppen for Dansk Bioteknologi Forum og var med til at arrangere proteomics sessioner ved European Biotechnologi Conference (ECB 12) i Lyngby (21.-24. august). Han er medlem af styregruppen for Forskerskolen i Metabolisme. Han har været bedømmer på professorat i Systems Biology på Danmarks Tekniske Universitet, København. Han har i årets løb bedømt 20 videnskabelige artikler og 5 forskningsansøgninger samt BELSPO Interuniversity Attraction Poles (IAP) forskningsprogram i Bruxelles (15.-16. november). I sin egenskab af prodekan for bioteknologi deltog han i møde med Danfoss vedrørende biokemi, molekylærbiologi og bioteknologi på Syddansk Universitet (27. maj), bioTEAMsouth internatmøde på DSB Konferencecenter i Nyborg (31. maj) og i ledelsesgruppens internatmøde på konferencecenter Sandbjerg, Sønderborg (1.-2. juni). Sammen med dekanen deltog han i møde med formand og næstformand for Forskningsrådet for Natur og Univers. Han er medlem af koordinationsudvalget for Risø-Syddansk Universitetssamarbejde og deltog i møde på Syddansk Universitet, Odense (12. oktober).
Vidensudveksling med det omgivende samfund: Skriftlige formidlingsbidrag: Medforfatter på artikel om cancerdiagnostik. Aktuel Naturvidenskab og 04.12. i Jyllandsposten. Populærvidenskabelige foredrag: 07.-08.10. Proteiner - livets byggesten. Explore Science Online. Bidrag via TV, radio mv.: 09.10. Indslag om proteinanalyse og cancerforskning. TV2Fyn.
22 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet P. Hønnerup Jensen var inviteret til at deltage i Dionex seminar LC/MS Applications and Instruments på Syddansk Universitet i Odense med foredraget Complete characterization of a complex protein – natural and recombinant human MBL (17. januar) samt i konferencen VIth European Symposium of the Protein Society i Barcelona, Spanien med posteren Solving complex disulphide bonding patterns (29. april-4. maj).
S.S. Jensen var inviteret til at holde foredraget Investigations of posttranscriptional modifications in RNA using HPLC and mass spectrometry ved Bruker Users’ Meeting 2005 i København (17.-18. marts).
T.J.D. Jørgensen var inviteret til at holde foredraget Investigating conformational properties of proteins and protein complexes by amide hydrogen (1H)/(2H) exchange combined with mass spectrometry på Lectures on Mass Spectrometry-seminar på Novo Nordisk A/S, Måløv (15. januar). Ved Danisco A/S i København holdt han foredraget Probing the dynamical structure of proteins by amide hydrogen exchange monitored by mass spectrometry (8. april). Ved symposiet Contemporary Topics in Chemical Physics på Aarhus Universitet holdt han foredraget Probing gas phase structures and solution phase structures of peptides and proteins by mass spectrometry (21. juni). Han deltog i sommerskolen Protein Misfolding, Protein Modification and Age-Related Diseases på Spetses, Grækenland (5.-15. september) med posteren Investigating the transient cooperative unfolding of β2-microglobulin proteins in their native state by amide hydrogen (1H)/(2H) exchange combined with mass spectrometry. Han har været referee på 7 artikler.
F. Kirpekar deltog i Novo Scholarship symposium i Bagsværd (27. januar). Han deltog i 2nd IPSO Congress on Proteomics and Genomics i Viterbo, Italien med det inviterede foredrag MALDI mass spectrometry of nucleic acids and the implications for single nucleotide analysis (29. maj–1. juni). Han besøgte firmaet Thermo Electron i Bremen, Tyskland med henblik på samarbejde og eventuelt instrumentindkøb (15.-16. august). Han deltog i den eksterne auditering af instituttets biomedicinuddannelse. Han var referee på 5 artikler.
A. Kleinnijenhuis deltog i Thermo Proteomics Seminar i København (9. november) samt i Danish Proteomics Society (DAPSOC) and Danish Society for Biochemistry and Molecular Biology (DSBMB)-symposium på Syddansk Universitet, Odense (8. december). Han var referee på en artikel.
M.R. Larsen afholdt foredraget Proteomics på Ph.D.-kurset Life Style and Environmental Factors and Diseases in Clinical Intervention Research på Rigshospitalet i København (12.-14. januar) samt på forskerskolen i Metabolisme og Danish Cardiovascular Research Academy (DaCRA) på Syddansk Universitet, Odense (24.-26. oktober). Han var gæsteforedragsholder ved Dynals Internal Sales and Marketing Meeting i Norge (18.-20. januar) med to foredrag Dynal beads application in proteomics sample preparation og General mass spectrometry. Han holdt et indlæg ved Holm & Halby/Genomic Solution Scandinavian Proteomics Seminar (30. marts) med titlen Review of current technologies in proteomics. Han var inviteret til at deltage i VI Conference on Mass Spectrometry in the Integrated Study of Genome and Proteome, som fandt sted i Viterbo, Italien, hvor han gav foredraget Characterization of post translationally modified proteins – phosphorylation (27.-29. maj). Han holdt foredraget Highly selective enrichment of phosphorylated peptides from complex mixtures using titanium dioxide microcolumns ved 2nd IPSO Congress on Proteomics & Genomic i Viterbo, Italien (29. maj-1. juni) og ved Danish Proteomics Society (DAPSOC) and Danish Society for Biochemistry and Molecular Biology (DSBMB)-symposium på Syddansk Universitet, Odense (december 8).
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 23 Han var inviteret til at holde foredrag på Waters Asia Pacific Life Science Summit 2005 i Manchester, England (13.-15. juli) med titlen Protein phosphorylation - technologies and Application. Han afholdt foredraget Protein modification and mass spectrometry på et proteomics-kursus på Aarhus Universitet (17. august). Han var inviteret til at holde foredrag på 12th European Congress on Biotechnology (ECB12) i København (21.-24. august) med titlen Protein phosphorylation: The role of phosphorylation in synaptic vesicle recycling. Han deltog i 4th HUPO World Congress i München, Tyskland (28. august-1. september), hvor han holdt foredraget Protein phosphorylation. Han var redaktionsmedlem af the Archaea's Editorial Review Board og medlem af Editorial Review Board for Journal of Biological Chemistry. Han var referee på 20 artikler.
R. Matthiesen holdt foredrag om VEMS-programmet på CIC bioGUNE, Bilbao, Spainen (16. juni) og var inviteret til at holde fordraget VEMS v3.0 for searching many variable modifications på Computational Protoemics Conference, som blev holdt i Dagsthul, Tyskland (14.-27. november). Han var referee på 4 artikler.
K. Mutenda var inviteret til at holde foredraget Application of multi-dimensional nanoLC- MS/MS for identifying mannose-6-phosphate tagged lysosomal matrix proteins ved LC/MS Applications and Instruments Seminar på Syddansk Universitet, Odense (17. januar). Ved Mini-Symposium on Analysis of Starch and Cellulose Derivatives på Lunds Universitet, Sverige holdt hun foredraget Application of quadrupole ion-trap mass spectrometry in pectin analysis and pectinase activity determination (18. april). Hun holdt foredraget Overview of research activities in the Protein Research Group and the benefit to the BAMSE (Research Consortium for MS of Biological Macromolecules) Consortium på Danisco A/S i København (13. sepember). Ligeledes i BAMSE-konsortieregi holdt hun foredraget MALDI-TOF mass spectrometry på Ferring Pharmaceuticals A/S i København (27. oktober) og på ALK-Abelló A/S i Hørsholm (3. november) samt foredraget Research activities in the Protein Research Group for Ch. Hansen A/S, Hørsholm (9. november).
M. Omaetxebarria deltog i Congress of the Spanish Proteomics Society i Córdoba, Spanien med posteren Characterisation of the porcine membrane dipeptidase GPI-anchor by mass spectrometry (14.-17. februar). Hun deltog i 53rd ASMS Conference i San Antonio, USA (4.-9. juni) med posteren Isolation and characterization of GPI-anchored peptides by hydrophilic interaction chromatography (HILIC) and MALDI tandem mass spectrometry samt i HUPO 4th Annual World Congress i Münich, Tyskland med posteren Titanium dioxide, a promising approach for GPI-anchored peptide enrichment (28. august-1. september).
P. Roepstorff deltog i Plant Biotech Denmark Annual Meeting 2005 på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København (21. januar) og i Novo Scholarship symposium i København (27. januar). Han var inviteret til at holde foredraget Proteomics and mass spectrometry, the perfect partners in post genome science ved norsk selskab for massespektrometris 11. norske seminar i massespektrometri i Hafjell, Norge (23.-25. januar). Ved FRNR Contact Group Proteomic Meeting: Quantitative Proteomics i Liege, Belgien var han inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry for protein profiling and identification of post-translational modifications after gel-based and gel-free separation of proteins (25. februar). Han holdt plenarforedrag Recent trends in analysis of large biomolecules by mass spectrometry ved 38. Diskussionstagung der Deutsche Gesellschaft für Massenspektrometrie (DGMS), som blev holdt i Proteom-Zentrum Rostock, Universität Rostock, Tyskland (7. marts). Han var inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry in proteomics: Studies of post translational modifications på Environmental Health Sciences Center, Oregon State University, USA (14. marts) samt foredraget Mass spectrometry in proteomics: Studies of protein interaction ved 229th
24 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet American Chemical Society (ACS) National Meeting i anledning af udddeling af the Field and Franklin Award in Mass Spectrometry: Symposium Honoring Marvin Vestal, som blev holdt i San Diego, USA (16. marts). Som inviteret foredragsholder for Seminar Series Genomics & Proteomics, McGill University, Montreal, Canada holdt han foredraget Mass spectrometry in proteomics: Determination of post translational modifications (4. april). Han holdt åbningsforedraget Proteomics, why, how and when? ved Workshop on Data Analysis and Data Mining in Proteomics på Institute for Mathematical Sciences i Singapore (9.-12. maj), og samme foredrag holdt han, da han deltog i National Proteomics Conference i Bergen, Norge (18.-19. maj). Han deltog i Kick-Off Meeting for the Nordic Network in Practical Proteomics, som blev holdt i Bergen, Norge (20. maj). Han var inviteret til at holde åbningsforedraget Mass spectrometry of biological macromolecules ved workshoppen Àmbito da Rede Nacional de Espectrometria de Massa ved Instituto de Tecnologia Quimica e Biológica, Univesidade Nova de Lisboa, Portugal (24. maj). Han holdt ligeledes åbningsplenarforedrag ved 2nd IPSO Congress, Proteomics & Genomics som blev holdt af Italian Proteome Society i Viterbo, Italien (29. maj). I sin egenskab af adjugeret professor holdt han en række forelæsninger ved Bergen Universitet, Norge (3.-10. juni). Han holdt foredraget Proteomics, why, how and when? ved Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences i Poznan, Polen (16. juni). Han var inviteret til at holde foredrag med titlen Mass spectrometry in proteomics: Studies of protein interaction ved Symposium on Applications of Mass Spectrometry in Proteome Studies arrangeret af Polish Mass Spectrometry Society ved Institute of Biochemistry and Biophysics, Warszawa, Polen (17. juni). Han deltog i HUPO 4th Annual World Congress From Defining the Proteome to Understanding Function i München, Tyskland (28. august-1. september). Her holdt han foredragene Protein identification: MALDI peptide mass fingerprinting and peptide sequencing with LC-ESI MS/MS og Modification specific proteomics, a concept for subproteomics. Ud over at være medlem af HUPO Council og inviteret foredragsholder var han chairman ved Proteomics Technologies Session og Post-Translational Modifications Session samt chairman for Doctor’s Office. Han var gæsteforelæser med foredraget Application of mass spectroscopy in proteomics and mass spectrometry in proteomics: Assignment of post- translational modifications i forbindelse sommerskolen Protein Misfolding, Protein Modification and Age-Related Diseases på Spetses, Grækenland (5.-15. september). Han deltog som en af partnerne i Kick-Off Meeting for EU-forskningsprojektet Glutamate Receptor Proteins as Novel Neuroprotective Targets (GRIPPANT) i Bordeaux, Frankrig (15. september). Han deltog i Kick- Off Meeting for et Human Frontiers of Science Program-projekt i Strasbourg, Frankrig (21.-23. september). Han var inviteret til at holde foredraget Proteomics: why, how and when? ved 1st International Conference of the AB3C (Associacão Brasileira de Bioinformática & Biologia Computacional) i Caxambu, Brasilien (4.-7. oktober). På denne rejse var han endvidere inviteret til at holde foredragene Mass spectrometry in proteomics, Protein identification and mass spectrometry og Determination of post-translational modifications ved University of Belo Horizonte (10. oktober) og Proteomics, protein modification and functional diversity ved University of Brasilia (11. oktober). Han blev inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry in proteomics: Studies of post translational modifications ved Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Instituttet, Stockholm, Sverige (18. oktober). Ved Centre for Molecular Biology and Neuroscience (CMBN), Oslo Universitet, Norge var han inviteret til at holde foredraget Mass spectrometry in proteomics, studies of protein modification and interaction (26. oktober), og ved Proteomics Workshop på Umeå Plant Science Center i Sverige afholdt han foredraget Mass spectrometry in proteomics: determination of post translational modifications (27. oktober). Han besøgte Kina (16.-30. november), hvor han var inviteret til at holde foredragene A history of protein mass spectromety ved et seminar på Beijing Genomics Institute (21. november), Mass spectrometry in proteomics: Studies of protein interactions på Beijing Proteomics Center (22. november), Strategies for expression and modification specific proteomics ved Institute of Life Science, Beijing University (23. november), Proteomics, protein modification and functional diversity på Beijing Genomics Institute, Strategies for expression and modification specific proteomics ved Beijing Normal University for Cell Biology (24. november), Proteomics, protein modification and functional diversity på Institute for Botany, The Chinese Academy of Sciences, Beijing (25.
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 25 november) samt foredraget Proteomics: why, how and when? på Medical Faculty of Zhejiang University i Hangzhou (29. november). Han er adjugeret professor ved Bergens Universitet, Norge. Han var ekstern bedømmer ved besættelsen af en stilling som Systems Biology- professor på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København. Som medlem af the Advisory Panel for Science Foundation Ireland deltog han i et møde i Dublin, Irland (15.-16. februar). Han er medlem af styringsgruppen for det bioteknologiske konsortium Wallenberg Consortium North i Sverige. Han er medlem af Scientific Advisory Board for Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht, Holland, hvor han deltog i 11th Bijvoet Tutorial Symposium (7.-8. april), og han er medlem af det videnskabelige rådgivningsudvalg for Bio City Turku, Finland og deltog i den forbindelse i et internationalt møde til evaluering af forskningsprogrammet i Turku, Finland (17.-18. februar). Han er medlem af det videnskabelige rådgivningsudvalg for Netherlands Proteomics Centre og deltog i den officielle åbning af dette i Utrecht (2.-3. februar). Han er medlem af Akademiet for de Tekniske Videnskabers tænketank og har i den forbindelse deltaget i møder i København (4. februar, 13. april, 3. oktober). Han har endvidere været medlem af Akademiet for de Tekniske Videnskabers valgkomité. Han har siddet i redaktionskomiteer for de videnskabelige tidsskrifter Journal of Mass Spectrometry, Mass Spectrometry Reviews, Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Molecular Biotechnology, Proteomics, Cellular and Molecular Proteomics, Analytical Chemistry, Protein Engineering og Current Analytical Chemistry. Han er centerleder for Danmarks Bioteknologiske Instrumentcenter (DABIC). Han er tilknyttet forskerskolen The Danish Bioresearch Academy. Han har været referee på cirka 50 artikler og flere ansøgninger for internationale videnskabelige fonde.
D. Selby besøgte Thermo Electron i Bremen, Tyskland for at evaluere LTQ-Orbitrap- instrumentet (15.-16. august). Han deltog i Sigma-Aldrich New Tools and Techniques for Protein Research Seminar Series i Odense (5. oktober) samt Thermo Proteomics Seminar i København (9. november).
M. Beck Trelle præsenterede posteren Comprehensive characterization of P. falciparum histone modifications by high-performance tandem mass spectrometry på Novo Nordisk A/S, Bagsværd i forbindelse med det årlige Novo Scholarship symposium (27. januar). Han holdt foredraget Determination of P. falciparum histone modifications by LC-MS/MS ved Dionex- symposiet LC/MS applications and instruments på Syddansk Universitet, Odense (18. februar) samt ved Sigma-Aldrich-seminaret New Tools and Techniques for Protein Research på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole i København og Syddansk Universitet i Odense (4. og 5. oktober). Han deltog i sommerskolen Protein Misfolding, Protein Modification and Age-Related Diseases på Spetses, Grækenland (5.-15. september), hvor han præsenterede posteren Comprehensive characterization of P. falciparum histone modifications by high-performance tandem mass spectrometry og holdt foredraget Determination of P. falciparum histone modifications by LC-MS/MS.
T.E. Thingholm deltog i 2nd Italian Proteome Society (IPSO) Congress i Viterbo, Italien, hvor hun holdt foredraget Titanium dioxide and mass spectrometry for identification of plasma membrane phosphoproteins from human stem cells (29. maj-1. juni). Hun blev inviteret til at holde foredraget Multidimensional separation technology (SAX-TiO2) and mass spectrometry for identification of membrane phosphoproteins from human stem cells ved Klinik for Molekylær Endokrinologisk Behandling, Odense Universitetshospital (8. juni). Hun deltog i Ph.D.-sommerskolen Functional Genomics and Proteomics as Applied to Metabolic Diseases i Nyborg (8.-9. september), hvor hun holdt foredraget Identification of plasma membrane phosphoproteins from human stem cells using TiO2 purification and mass spectrometry. Hun blev inviteret til at holde foredraget Identification of phosphoproteins from human
26 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet mesenchymal stem cells using TiO2 purification and mass spectrometry på University of Newcastle, Australien (29. september).
X. Zhang deltog med posteren Proteomic change during the maturation of rice seed i Plant Biotech Denmark Annual Meeting 2005 på Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, København (21. januar). Ved Danish Biotech Research Academy Annual Symposium deltog han med præsentation Proteomic change during the development of rice seed (27. januar) og på Bruker User Meeting 2005 holdt han foredraget Rice proteomics using MALDI MS/MS (17.-18. marts).
TEKNISK MIKROBIOLOGI N. Abu-Khalaf deltog i møder med Jordbrugsteknisk Afdeling i Bygholm, Horsens (17. marts, 3. maj, 26. august, 23. november). Han deltog i 1st European Meeting on Multivariate Data Analysis i Frankfurt, Tyskland, hvor han præsenterede posteren NIR tecnology and multivariate data analysis for sensing taste attributes of fruits and vegetables (28.-29. april). Han deltog i 12th European Conference on Biotechnology på Danmarks Tekniske Universitet, København med posteren Quantification of odorants in an air wet scrubber using direct aqueous injectiongas chromatography (DAI-GC) and solid phase extraction-gas chromatography (SPE- GC) methods (21-24. august).
L. Christensen præsenterede ved 6th European Workshop on Biotechnology of Biotechnology, Nuthetal, Tyskland posterne A bubble column photobioreactor with online optimization of light intensity and determination of photosynthetic quotient og Evaluation of the nutritional quality and nutrient uptake ability of Tetraselmis chui (23.-25. maj). Samme postere præsenterede hun ved det årlige Interreg IIIA-møde i Kiel, Tyskland (10. juni). Ved 10th International Conference on Applied Phycology i Kunming, Kina præsenterede hun posterne On-line determination of photosynthetic quotient of Tetraselmis striata on different nitrogen sources og Characterisation of Nannochloropsis oculata with membrane inlet mass spectrometer (24.-28. juli). Ved deltagelse i 12th European Congress on Biotechnology i København præsenterede hun posteren Removal of dissolved nutrients from recirculated water using a microalgae biofilter (21.-24. august). Hun deltog i konference vedrørende afklaring af behov og muligheder for etablering af et dansk videncenter for recirkulationsteknologi i akvakultur i Hirtshals (26. september).
Vidensudveksling med det omgivende samfund Populærvidenskabelige foredrag: 21.01. Et praktisk eksempel på bioteknologi. Dansk Naturvidenskabsformidling, Holstebro Gymnasium. 09.11. Foredrag om civilingeniørstudiet. Studievalgdagen, Ingeniørhøjskolen Odense Teknikum. Andre formidlingsbidrag: 27.08. Åbent Skib. Kerteminde.
J.J. Lønsmann Iversen opholdt sig ved Leiden Universitet, Holland hos professor C.A.J.J. van den Hondel i forbindelse med forskningssamarbejde (19.-26. januar, 26. marts-3. april, 29. september-2. oktober). Han har været referee for Biotechnology and Bioengineering. Han var co-promotor ved Bjarne Rask Poulsens Ph.D.-forsvar, Wageningen Universitet, Holland (1. april).
T.R. Jørgensen opholdt sig i Holland i forbindelse med opstart af bioreaktorlaboratorium for Instituut Biologie Leiden, Universiteit Leiden (19. januar-1. april). Han deltog i 2nd Kluyver Centre Symposium i Noordwijkerhout, Holland (1.-3. februar). Han besøgte TNW Afdeling Biotechnologie, Technische Universiteit Delft, Holland, hvor han gav en præsentation
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 27 vedrørende kemostatdyrkning af Aspergillus spp (14. marts). Han besøgte Instituut Biologie Leiden, Universiteit Leiden i Holland (29. september-2. oktober).
M. Øgendahl deltog i konferencen Bringing Genomes to Life, 12th European Congress on Biotechnology på Danmarks Tekniske Universitet, København (21.-24. august).
Vidensudveksling med det omgivende samfund Populærvidenskabelige foredrag: 09.11. Foredrag. Studievalgdagen, Ingeniørhøjskolen Odense Teknikum.
ANDRE MEDARBEJDERE L.A. Bagatolli deltog i 49th Annual Meeting of the Biophysical Society, Long Beach, USA med posteren The lateral structures of ceramide containing bilayers as observed by fluorescence microscopy (12.-16. februar). På 229th Annual Meeting of the American Chemical Society i San Diego, USA holdt han det inviterede foredrag Lateral heterogeneity in compositionally complex membranes: Lessons from model membrane systems (13.-17. marts). Han underviste på kurset Dinámica de las membranas biológicas ved Department of Biochemistry and Molecular Biology 1, University Complutense of Madrid, Spain (15.-18. maj). På Centro de Investigaciones Biológicas (CIB), Madrid, Spanien holdt han inviteret foredrag med titlen Lípidos, ¿moléculas aburridas? Su implicación en la estructura lateral de membranas biológicas y algunas historias acerca de sus encuentros con péptidos y proteínas (23. juni). Han deltog i 6th International Weber Symposium on Innovative Fluorescence Methodologies in Biochemistry and Medicine i Kauai, Hawaii, hvor han var inviteret til at holde foredraget Coexistence of two fluid phases in native pulmonary surfactant membranes: Cholesterol rules (22.-28. juli). Han var inviteret til at holde foredraget Visual information of lipid-lipid and lipid - protein interaction: Giant vesicles and fluorescence microscopy i forbindelse med den internationale sommerskole Physics of Life: From Single Molecules to Networks, i Krogerup (21.-27. august). På workshoppen European Science Foundation COST action D-22, Protein-lipid interactions i Dubrovnik, Kroatien holdt han inviteret foredrag med titlen Direct visualisation of membrane / peptide interaction using fluorescence microscopy (6.-9. oktober). Han var gæstelærer i forbindelse med Novel Approaches in Biophysics, en satellitworkshop på XXXIV Annual Meeting of the Argentinian Biophysical Society (SAB) i Córdoba, Argentina hvor han holdt forelæsningen Fluorescence spectroscopy and fluorescence microscopy related techniques: Application to biomembranes (23. november). Ligeledes på XXXIV Annual Meeting of the Argentinian Biophysical Society (SAB) holdt han det inviterede foredrag The lateral structure of biological membranes: Lessons from model systems (24.-26. november). Han deltog i Metodeseminar ved KompetenceUdviklingsUdvalget, Institut for Medicinsk Biologi, Syddansk Universitet, hvor han var inviteret til at holde foredraget The lateral structure of pulmonary surfactant and skin stratum corneum membranes (14. december). Han organiserede og underviste Ph.D.-kurset FYP96 - Advanced spectroscopic techniques under Ph.D. Graduate School of Mesoscopic Structures, Dynamics and Optics, Syddansk Universitet, Odense (september-december).
M.I.P. Gil deltog i Lipid Moving Center Stage 2005 Academy Colloquium and Master Class i Amsterdam, Holland, hvor hun præsenterede posteren Direct visualization of the lateral structure of skin stratum corneum's lipid membranes using fluorescence microscopy (7.-8. oktober).
O. Sand har været beskikket censor ved tandlægehøjskolen i København og Århus. Han var medlem af Sct. Knuds gymnasiums bestyrelse og medlem af bestyrelsen for Læge, Frk. Else Mogensens Fond. Han var formand for stipendieudvalget, Syddansk Universitet.
28 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet
Vidensudveksling med det omgivende samfund Populærvidenskabelige foredrag: 22.02. Foredrag på Sygeplejeskolen i Kolding. 20.04. Foredrag på Ankerhus Seminarium i Sorø. 09.11. Foredrag for gymnasieelever fra Middelfart Gymnasium.
G.J. Schoenhals besøgte University of Tokyo, Japan som DUO-Denmark udvekslingsprofessor (30. april-28. maj). Under opholdet holdt han et seminar med titlen Bacterial infectomics: A proteomics-based approach to understanding host-pathogen interaction at the molecular level (17. maj).
Eksterne bevillinger og donationer L.A. Bagatolli modtog en rammebevilling på 600.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd til projektet The role of lipid and proteins in the lateral organization of biological membranes: The case of pulmonary surfactant membranes (2004-2006). E. Boeri-Erba har modtaget 162.000 kroner fra Lundbeckfonden til projektet Mass spectrometry phosphorylation mapping of p140Cap: A protein potentially involved in the control of breast cancer, cell migration and tissue invasion. J. Bunkenborg modtog 447.275 kroner fra Carlsbergfondet til løn og driftsmidler i et år til gennemførelse af projektet Massespektrometriske studier af protein glycosylering. A.K. Callesen har modtaget en donation på 60.000 kroner fra Elly Jacobsen til støtte for forskning i kræftsygdomme. S. Douthwaite og B. Vester deltager i et Grundforskningsfondcenter, The Nucleic Acid Center, sammen med professor Jesper Wengel m.fl. fra Kemisk Institut, der modtog en totalbevilling på 34,3 mio. kroner (2001-2006). S. Douthwaite har modtaget en rammebevilling på 750.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Molecular mechanisms of ribosome-targeting by macrolide/ketolide antibiotics and bacterial resistance (2005-2007). I. Fierro-Monti modtog 550.000 kroner fra Lundbeckfonden til dækning af løn til projektet Interactions of translation initiation factor 4E (elF4E) in transformed vs normal human cells (2005-2006). N.J. Færgeman modtog en rammebevilling på 600.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Cellular lipid homostasis; Identification of novel regulatory factors in fatty acid- and acyl-CoA metabolism (2004-2006). K. Gerdes, P. Valentin-Hansen og A. Løbner-Olesen fra Roskilde Universitetscenter modtog en rammebevilling på i alt 6.800.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd til projektet Centre for bacterial genetics (2005-2007). B. Guerra modtog en rammebevilling på 1,5 mio. kroner fra Kræftens Bekæmpelse til projektet Kontrolpunkt-signalveje ved DNA-beskadigelse: Forbindelse mellem DNA-beskadigelse og regulation af Chk1 kinasen via den regulatoriske subunit af CK2 (2004-2006). Hun modtog ligeledes en rammebevilling fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd på 600.000 kroner som støtte til projektet Role of AKT-CKb complex formation in cellular signalling during apoptosis (2004-2006). P. Højrup har, sammen med Knud L. Petersen, Biologisk Institut, modtaget en rammebevilling på 750.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Kortlægning af secernederede immunkomponenter hos fisk (2005-2007). Han har indgået flere samarbejdsaftaler således en med NatImmune A/S, København, hvorfra han modtog 40.000 kroner, tre med Statens Serum Institut på henholdsvis 40.000, 60.000 og 80.000 kroner samt en aftale med Symphogen A/S, København, hvorfra han har modtaget 50.000 kroner. O.-G. Issinger har modtaget en rammebevilling på 900.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Identification and analysis of multi protein complexes from compounds involved in cellular signalling and apoptosis (2005-2007).
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 29 Han modtog en rammebevilling fra Kræftens Bekæmpelse på 2,1 mio. kroner til projektet Kræft og programmeret celledød: Protein kinase CK2 under stress, overlevelse og vækst (2004-2006). J.J. Lønsmann Iversen modtog 60.000 kroner ud af en totalbevilling på 600.000 kroner fra Novo Nordisk A/S, Novozymes A/S, Solum A/S, Dansk Bioprotein A/S samt Agroferm A/S til delvis aflønning af 10 udenlandske ingeniørstuderende. Han modtog sammen med M. Øgendahl 2,38 mio. kroner fra Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeris program Bæredygtig teknologi i jordbruget (2002-2006) til projektet Absorption af lugt, ammoniak og støv fra stalde i vanddråber (Staldluftvasker). Fra Interreg IIIA-programmet Fyns Amt/K.E.R.N. har han modtaget en bevilling på 223.561 Euro til projektet Reduktion af skadelige påvirkninger fra marikulturer (2003-2005). O. Nørregaard Jensen har modtaget en rammebevilling på 3 mio. kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråds program Yngre Forskere til projektet Interpreting the protein language (2005-2007). Han har sammen med en række europæiske partnere modtaget en bevilling fra EU's Marie Curie Research Traning Networks på cirka 330.000 Euro til projektet DNA enzymes (2005-2009). Han modtog 900.000 kroner fra Statens Teknisk- Videnskabelige Forskningsråd som tilskud til opgradering af massespektrometre samt en rammebevilling på 1 mio. kroner til projektet Functional proteomics of post-translationally modified membrane proteins using a novel "shave-and-conquer" approach (2004-2006). Igennem en aftale om tilskud mellem Teknologisk Institut og Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling om etablering af innovationskonsortiet Biologisk Interaktionsanalyse med 3 virksomheder modtager han en bevilling på 2,46 mio. kroner (2004-2007). I forbindelse med at han blev udnævnt til Lundbeckfondprofessor modtog han en bevilling på cirka 5 mio. kroner til aflønning af egen stilling samt en forskningsadjunkt (2004-2009). Han har modtaget 106.000 norske kroner fra Invitrogen Corporation til aflønning af en forskningsassistent. I forlængelse af en samarbejdsaftale med Ossacur AG har han modtaget 25.000 Euro. T.J.D. Jørgensen modtog 524.256 kroner fra Carlsbergfondet til dækning af løn til afslutning af projektet Karakteristik af amid-hydrogenatomer involveret i receptor-ligand interaktioner ved hjælp af hydrogenudveksling og massespektrometri. B.H. Kallipolitis har modtaget 700.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Control of virulence and stress tolerance by small non-coding RNAs in the foodborne human pathogen Listeria monocytogenes (2005-2007). F. Kirpekar har modtaget en rammebevilling fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd på 500.000 kroner som støtte til projektet RNA identification by enzymatic digestion, mass spectrometry (2005-2007). J. Knudsen modtog en rammebevilling fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd på 600.000 kroner til projektet Investigation of the function of acyl-CoA binding protein (ACBP) and ACBP domain proteins in protein acylation and membrane synthesis, traficking and remodelling (2003-2005). K. Kristiansen har fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd modtaget 1,1 mio. kroner til projektet Regulatory circuits controlling adipocyte differentiation and function (2005-2007) samt 532.384 kroner til aflønning af en forskningsadjunkt til projektet Dietary fatty acids and the role of eicosanoid metabolism in adipocyte differentiation - Norge. Fra samme Forskningsråd modtog han en rammebevilling på 500.000 kroner til projektet Regulation of adipocyte differentiation (2003-2005). Han har fra Fyns Amt, Interreg IIIA-programmet Planter til sundhed, modtaget 377.839 kroner (2005-2008). Han modtog 1,1 mio. kroner fra Forskningsstyrelsen som støtte til projektet Regulatory circuits controlling adipocyte differentiation and function (2005-2007). Fra UdviklingsCenter Årslev har han modtaget følgende bevillinger 375.000 kroner til projektet Planter til sundhed (2004-2006), 161.250 kroner til udvikling af krydderurter og medicinplanter med dokumenteret helseeffekt (2004- 2006), 21.000 kroner fra Forskerkontakten til netværk om plantebaserede produktioner og 230.000 kroner fra UdviklingsCenter Årslev/Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling til et ginsingprojekt. Han har modtaget 230.000 kroner fra Danmarks JordbrugsForskning til projektet Udvikling af forsknings- og erhvervsstrategier for ginseng i Danmark og 50.000
30 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet kroner fra Forskerkontakten til Foodture (2005-2006). Han modtog en bevilling til et SINO- aftalestipendium for en forsker fra Danida Fellowship Centre (2005-2006). M.R. Larsen modtog 100.000 Euro fra EFSD/Novo Nordisk Programme in Diabetes Research til projektet Do microparticles in plasma contain biomarkers for insulin-dependent type 1 diabetes (T1DM) (2005-2006). Han modtog et Steno-stipendium fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd på 1,7 mio. kroner til løn og driftsudgifter til projektet Characterization of membrane proteins and their posttranslational modifications using a combination of two- dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry (2003-2006). S. Mandrup er koordinator på et EU Specific Target Project, X-TRA-NET med i alt 5 partnere. Herfra har hun modtaget 386.500 Euro (2005-2008). Hun har modtaget 700.000 kroner fra Lundbeckfonden til projektet Molekylære mekanismer for PPAR subtype- og ligand-specifik aktivering af gen-udtryk (2005-2008). Hun modtog 450.000 kroner fra Forskningsstyrelsen til indkøb af apparatur i forbindelse med projektet Mechanisms of PPAR subtype and ligand specific activation of gene expression. Hun modtog en rammebevilling fra Statens Sundshedsvidenskabelige Forskningsråd på 900.000 kroner til projektet Transcriptional regulation by glycose and fatty acids in pancreatic B-cells (2003-2005). Fra Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri modtog hun en bevilling på 1,4 mio. kroner (2002-2005) til deltagelse i projektet Har mælkefedt en forebyggende effekt på diabetes type II og andre velfærdssygdomme? Hun modtog en rammebevilling fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd på 750.000 kroner som støtte til projektet Functional investigations of the mammalian acyl-CoA binding protein (ACBP) by gain-of-function and loss-of-function experiments (2004-2006). Hun modtog 175.000 kroner fra Novo Nordisk Fonden til støtte for projektet Functional investigations of the mammalian acyl-CoA binding protein (ACBP) by gain- of-function and loss-of function experiments (2004-2006). Hun har modtaget USD 40.000 fra University of North Carolina til projektet Antiobesity mechanism of CLA isomer in human adipocytes (2004-2006). Hun modtog 80.000 kroner fra Diabetesforeningen som støtte til forskning i projektet Investigation af PPAR subtype and ligand specific actions using ChIP-chip (2005-2008) samt 68.400 kroner af Møllerens Fond til indkøb af Bioruptor. M. Mann modtog en bevilling på 17,5 mio. kroner fra Danmarks Grundforskningsfond til videreførelse af Center for Eksperimentel BioInformatik (CEBI) (2004-2007). Han modtog sammen med Søren Brunak fra Danmarks Tekniske Universitet en bevilling på 4,87 mio. kroner til Danish platform for system biology fra Danmarks Grundforskningsfond beregnet til en ekstraordinær satsning (2004-2006). Sammen med 10 andre europæiske forskningspartnere deltager han i et projekt under EU's 6. rammeprogram Functional proteomics: Towards defining the interaction proteome (2004-2008), hvor han modtager 406.800 Euro. Han deltager i EU-projektet SPINE, hvorigennem han modtager 68.255 Euro (2003-2006). R. Matthiesen modtog 909.984 kroner fra Carlsbergfondet til løn og driftsmidler til gennemførelse af projektet Algoritmer til at distribuere proteomanalyse-beregninger (2005- 2006). M. Miller har modtaget en rammebevilling på 480.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Molekylære undersøgelser af grønne fototrofe bakterier (2005-2007). R. Nielsen har modtaget 6.000 kroner af Novo Nordisk til deltagelse i Keystone Symposium i Canada. L.F. Olsen har modtaget 300.000 kroner fra Lundbeckfonden til indkøb af kamera til projektet Måling af intracellulære metabolitter og enzymaktiviteter ved hjælp af optiske nanosensorer. Han modtog 400.000 kroner fra Forskningsstyrelsen til indkøb af fluorimeter samt en rammebevilling på 600.000 kroner fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd som støtte til projektet Regulering og synkronisering – et sammenlignende studie af cellulær kompleksitet i flere celletyper (2005-2007). Fra Statens Sundhedsvidenskabelige Forskningsråd modtog han en rammebevilling på 1,2 mio. kroner som støtte til projektet Development of nano-sensors for intracellular monitoring of metabolite dynamics in living cells (2004-2006). Han modtog 128.630 kroner fra Novo Nordisk Fonden til projektet Undersøgelse af stofskiftet ved hjælp af optiske nonosensorer.
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 31 P. Roepstorff er sammen med 7 andre europæiske partnere med i et EU Specific Targeted Research-projekt, GRIPPANT, hvorfra han modtager 170.000 Euro (2005-2008). Han er ligeledes med i Human Frontiers of Science Programme, hvorfra han modtager USD 110.000 årligt (2005-2008). Sammen med F. Kirpekar og flere danske institutioner i det tidligere DABIC instrumentcenter er P. Roepstorff centerleder for en rammebevilling fra Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd til projektet DABIC - Danish post genome infrastructure, hvor han har modtaget ialt 9.107.500 kroner (2005-2007). Fra Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling modtog han en bevilling på 200.000 kroner til koordinering af Genome Canada-funktioner, som varetages af DABIC-sekretariatet (2004-2006). Forskningsstyrelsen har igennem forskerskolen Danish Bioresearch Academy bevilget et internationaliseringsstipendium på 1,6 mio. kroner til Xumin Zhang, Kina (2003-2006). Han har modtaget en rammebevilling på 2,7 mio. kroner fra Statens Teknisk-Videnskabelige Forskningsråd i forbindelse med oprettelse af et forskningskonsortium, hvor følgende 7 konsortiepartnere bidrager med et tilsvarende beløb ALK-Abelló A/S med 300.000, Chr. Hansen A/S med 450.000, Danisco A/S med 300.000, Ferring A/S med 450.000, LEO Pharma A/S med 450.000, Novo Nordisk A/S med 450.000 og Novozymes A/S med 300.000 kroner. G.J. Schoenhals modtog en rammebevilling fra Forskningsrådet for Teknologi og Produktion på 2 mio. kroner som støtte til projektet Mass spectrometry and bioinformatics-based analysis of signalling pathways during infection (Infectomics) (2005-2007).
Publikationer
Artikler i videnskabelige tidsskrifter Ambroggio EE, Kim DH, Separovic F, Barrow CJ, Barnham KJ, Bagatolli LA, m.fl. Surface behavior and lipid interaction of Alzheimer β-amyloid peptide 1-42: A membrane-disrupting peptide. Biophys J 2005; 88: 2706-13. Ambroggio EE, Separovic F, Fidelio GD, Bagatolli LA. Direct visualization of membrane leakage induced by the antibiotic peptides: Maculatin, citropin and aurein. Biophys J 2005; 89: 1874- 81. Ambrogio C, Voena C, Manazza AD, Riera L, Piva R, Barberis L, Costa C, Tarone G, Defilippi P, Hirsch E, Boeri Erba E, Mohammed S, Jensen ON, m.fl. p130Cas mediates the transforming properties of the anaplastic lymphoma kinase. Blood 2005; 106: 3907-16. Andersen AZ, Lauritsen FR, Olsen LF. On-line monitoring of CO2 production in Lactococcus lactis during physiological pH decrease using membrane inlet mass spectrometry with dynamic pH calibration. Biotechnol Bioeng 2005; 92: 740-47. Andersen JS, Lam YW, Leung AK, Ong SE, Lyon CE, Lamond AI, Mann M. Nucleolar proteome dynamics. Nature 2005; 433: 77-83. Andersen SA, Roepstorff P. The extensible alloscutal cuticle of the tick, Ixodes ricinus. Insect Biochem Mol Biol 2005; 35: 1181-88. Bezy O, Elabd C, Cochet O, Petersen RK, Arkowitz R, Kristiansen K, m.fl. Delta-interacting protein A, a new inhibitory partner of CCAAT/enhancer binding protein β, implicated in adipocyte differentiation. J Biol Chem 2005; 280: 11432-38. Bjørling-Poulsen M, Meek D, Issinger OG. CHK2 and HDM2 interact in vitro and in mammalian cells and HDM2 negatively affects the CHK2-mediated phosphorylation of p53. FEBS Lett 2005; 579: 2604-08. Bjørling-Poulsen M, Siehler S, Wiesmüller, L, Meek D, Niefind K, Issinger OG. The regulatory beta-subunit of protein kinase CK2 negatively influences p53-mediated allosteric effects on CHK2 activation. Oncogene 2005; 24: 6194-200. Blond O, Jensen HH, Buchou T, Cochet C, Issinger OG, Boldyreff B. Knocking out the regulatory beta subunit of protein kinase CK2 in mice: Gene dosage effects in ES cells and embryos. Mol Cell Biochem 2005; 274: 31-37.
32 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Boeri Erba E, Bergatto E, Cabodi S, Silengo L, Tarone G, Defilippi P, Jensen ON. Systematic analysis of the EGF receptor by mass spectrometry reveals stimulation-dependent multisite phosphorylation. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 1107-21. Borch J, Jørgensen TJD, Roepstorff P. Mass spectrometric analysis of protein interactions. Curr Opin Chem Biol 2005; 9: 509-16. Brenet F, Dussault N, Borch J, Delfino C, Roepstorff P, Miquelis R, m.fl. Mammalian peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase (PAM) mRNA expression can be modulated by the La autoantigen. Mol Cell Biology 2005; 25: 7505-21. Brewer J, Maibohm C, Jozefowski L, Bagatolli L, Rubahn H-G. A 3D view on free floating, space fixed and surface bound para-phenylene nanofibers. Nanotechnology 2005; 16: 2396-401. Brown MA, Begley GS, Czerwiec E, Stenberg LM, Jacobs M, Kalume DE, Roepstorff P, m.fl. Precursors of novel Gla-containing conotoxins contain a carboxy-terminal recognition site that directs γ-carboxylation. Biochemistry 2005; 44: 9150-59. Brøns-Poulsen J, Christiansen L, Petersen NE, Hørder M, Kristiansen K. Characterization of two isoalleles and three mutations in both isoforms of purified recombinant human porphobilinogen deaminase. Scand J Clin Lab Invest 2005; 65: 93-106. Burton M, Rose TM, Færgeman NJ, Knudsen J. Evolution of the acyl-CoA binding protein (ACBP). Biochem J 2005; 392: 299-307. Collison LW, Kannan L, Onorato TM, Knudsen J, Haldar D, Jolly CA. Aging reduces glycerol-3- phosphate acyltransferase activity in activated rat splenic T-lymphocytes. Biochim Biophys Acta 2005; 1687: 164-72. Callesen A, Mohammed S, Bunkenborg J, Kruse TA, Cold S, Mogensen O, Christensen RD, Vach W, Jørgensen PE, Jensen ON. Serum protein profiling by miniaturized solid-phase extraction and matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry. Rapid Commun Mass Spectrom 2005; 19: 1578-86. Chung S, Brown JM, Sandberg MB, McIntosh M. Trans-10, cis-12 CLA increases adipocyte lipolysis and alters lipid droplet-associated proteins: Role of mTOR and ERK signalling. J Lipid Res 2005; 46: 885-95. Ciambella C, Roepstorff P, Aro EM, Zolla L. A proteomic approach for investigation of photosynthetic apparatus in plants. Proteomics 2005; 5: 746-57. Douthwaite S, Jalava J, Jakobsen L. Ketolide resistance in Streptococcus pyogenes correlates with the degree of rRNA dimethylation by Erm. Mol Microbiol 2005; 58: 613-22. Ebersbach G, Gerdes K. Partition-associated plasmid incompatibility caused by random assortment of pure plasmid clusters. Mol Microbiol 2005; 56: 1430-40. Ebersbach G, Gerdes K. Plasmid segregation mechanisms. Annu Rev Genet 2005; 39: 453-79. Filichev VV, Vester B, Hansen LH, Abdel Aal MT, Babu BR, Wengel J, m.fl. Enhanced inhibition of transcription start by targeting with 2’-OMe pentaribonucleotides comprising locked and intercalating nucleic acids. Chembiochem 2005; 6: 1181-84. Filichev VV, Vester B, Hansen LH, Pedersen EB. Easily denaturing nucleic acids derived from intercalating nucleic acids: Thermal stability studies, dual duplex invasion and inhibition of transcription start. Nucleic Acids Res 2005; 33: 7129-37. Foster LJ, Zeemann PA, Li C, Mann M, Jensen ON, Kassem M. Differential expression profiling of human mesenchymal stem cell membrane proteins by quantitative proteomics. Stem Cell 2005; 23: 1367-77. Gerdes K, Christensen SK, Løbner-Olesen A. Prokaryotic toxin-antitoxin stress response loci. Nat Rev Microbiol 2005; 3: 371-82. Golovko MY, Færgeman NJ, Cole NB, Castagnet PI, Nussbaum RL, Murphy EJ. α-synuclein gene-deletion decreases brain palmitate uptake and altered palmitate metabolism in the absence of α-synuclein palmitate binding. Biochemistry 2005; 44: 8251-59. Gruhler A, Olsen JV, Mohammed S, Mortensen P, Færgeman NJ, Mann M, Jensen ON. Quantitative phosphoproteomics applied to the yeast pheromone signaling pathway. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 310-27. Gruhler A, Schulze WX, Matthiesen R, Mann M, Jensen ON. Stable isotope labeling of Arabidopsis thaliana cells and quantitative proteomics by mass spectrometry. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 1697-709.
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 33 Grønborg M, Kristiansen TZ, Iwahori A, Chang R, Reddy R, Sato N, Molina H, Jensen ON, m.fl. Biomarker discovery from pancreatic cancer secretome using a differential proteomics approach. Mol Cell Proteomics 2005; 5: 157-71. Hansen AM, Gu YJ, Li M, Andrykovitch M, Waugh DS, Jin DJ, m.fl. Structural basis for the function of stringent starvation protein A as a transcription factor. J Biol Chem 2005; 280: 17380-91. He Q, Madsen M, Kilkenny A, Brittany G, Christensen EI, Vorum H, Højrup P, m.fl. Amnionless function is required for cubilin brush-border expression and intrinsic factor-cobalamin (vitamin B12) absorption in vivo. Blood 2005; 106: 1447-53. Heegaard NHH, Jørgensen TDJ, Rozlosnik N, Corlin DB, Pedersen JS, Tempesta AG, Roepstorff P, m.fl. Unfolding, aggregation, and seeded amyloid formation of lysine-58-cleaved β2- microglobulin. Biochemistry 2005; 44: 4397-407. Heux L, Hagglund P, Putaux JL, Chanzy H. Structual aspects in semicrystalline samples of the mannan II family. Biomacromolecules 2005; 6: 324-32. Hu L, Deeney JT, Nolan CJ, Peyot ML, Ao A, Richard AM, Luc E, Faergeman NJ, Knudsen J, m.fl. Regulation of lipolytic activity by long-chain acyl-coenzyme A in islets and adipocytes. Am J Physiol Endocrinol Metab 2005; 289: E1085-92. Hvidberg V, Maniecki MB, Jacobsen C, Hojrup P, Moller HJ, Moestrup SK. Identification of the receptor scavenging hemopexin-heme complexes. Blood 2005; 106: 2572-79. Højrup P. Calibrating MALDI mass spectra without calibrants. Am Biotech Lab 2005; 23: 16-17. Ishihama Y, Oda Y, Tabata T, Sato T, Nagasu T, Rappsilber J, Mann M. Exponentially modified protein abundance Index (emPAI) for estimation of absolute protein amount in proteomics by the number of sequenced peptides per protein. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 1265-72. Jensen PH, Weilguny D, Matthiesen F, McGuire KA, Shi L, Højrup P. Characterization of the oligomer structure of human recombinant mannan-binding lectin. J Biol Chem 2005; 280: 11043-51. Johansen C, Flindt EN, Kragballe K, Henningsen J, Westergaard M, Kristiansen K, m.fl. Inverse regulation of the nuclear factor-kappaB binding to the p53 and interleukin-8 kappaB response elements in lesional psoriatic skin. J Invest Dermatol 2005; 124: 1284-92. Johansen C, Kragballe K, Westergaard M, Henningsen J, Kristiansen K, Iversen L. The MAP- kinases p38 and ERK1/2 are increased in lesional psoriatic skin. Br J Dermatol 2005; 152: 37- 42. Johansson D, Jessen CH, Pøhlsgaard J, Jensen KB, Vester B, Pedersen EB, m.fl. Design, synthesis and ribosome binding of chloramphenicol nucleotide and intercalator conjugates. Bioorg Med Chem Lett 2005; 15: 2079-83. Jørgensen CS, Trandum C, Larsen N, Ryder LR, Gajhede M, Skov LK, Højrup P, m.fl. Conformational stability of calreticulin. Prot Pept Lett 2005; 12: 687-93. Jørgensen TJD, Bache N, Roepstorff P, Gårdsvoll H, Ploug M. Collisional activation by MALDI tandem time-of-flight mass spectrometry induces intramolecular migration of amide hydrogens in protonated peptides. Mol Cell Proteomics 2005; 12: 1910-19. Jørgensen TJD, Gårdsvoll H, Ploug M, Roepstorff P. Intramolecular migration of amide hydrogens in protonated peptides upon collisional activation. J Am Chem Soc 2005; 127: 2785-93. Kalume DE, Peri S, Reddy R, Zhong J, Okulate M, Kumar N, Pandey A. Genome annotation of Anopheles gambiae using mass spectrometry-derived data. BMC Genomics 2005; 6: 128. Kang S, Bajnok L, Longo KA, Hansen JB, Petersen RK, Kristiansen K, m.fl. Effects of Wnt signaling on brown adipocyte differentiation and metabolism mediated by PGC-1α. Mol Cell Biol 2005; 25: 1272-82. Kauppinen S, Vester B, Wengel J. Locked nucleic acid (LNA): High affinity targeting of RNA for diagnostics and therapeutics. Drug Discov Today 2005; 2: 287-90. Kehrenberg C, Schwarz S, Jacobsen L, Hansen LH, Vester B. A new resistance mechanism for chloramphenicol, florfenicol and clindamycin resistance mediated by Cfr methylation of 23S ribosomal RNA at A2503. Mol Microbiol 2005; 57: 1064-73.
34 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Kerner MJ, Naylor DJ, Ishihama Y, Maier T, Chang HC, Stines AP, Georgopoulos C, Frishman D, Hayer-Hartl M, Mann M, m.fl. Proteome-wide analysis of chaperonin-dependent protein folding in Escherichia coli. Cell 2005; 122: 209-20. Khan SM, Franke-Fayard B, Mair GR, Lasonder E, Janse CJ, Mann M, m.fl. Proteome analysis of separated male and female gametocytes reveals novel sex-specific Plasmodium biology. Cell 2005; 121: 675-87. Kirpekar F, Hansen LH, Rasmussen A, Pøhlsgaard J, Vester B. The archaeon Haloarcula marismortui has few modifications in the central parts of its 23S ribosomal RNA. J Mol Biol 2005; 348: 563-73. Knutsen HK, Ølstørn HB, Paulsen JE, Husøy T, Goverud IL, Løberg EM, Kristiansen K, m.fl. Overexpression of PPARβ/ð and cyclin D1 in intestinal adenomas and in dysplastic aberrant crypt foci, but not in hyperplastic aberrant crypt foci in Apcmin/+ mice. Anticancer Research 2005; 25: 3677-86. Kramhoft B, Bak-Jensen KS, Mori H, Juge N, Nohr J, Svensson B. Involvement of individual subsites and secondary substrate binding sites in multiple attack on amylose by barley alpha- amylase. Biochemistry 2005; 44: 1824-32. Kratchmarova I, Blagoev B, Haack-Sorensen M, Kassem M, Mann M. Mechanism of divergent growth factor effects in mesenchymal stem cell differentiation. Science 2005; 308: 1472-77. Kruse T, Bork-Jensen J, Gerdes K. The morphogenetic MreBCD proteins of Escherichia coli form an essential membrane-bound complex. Mol Microbiol 2005; 55: 78-89. Kruse T, Gerdes K. Bacterial DNA segregation by the actin-like MreB protein. Trends Cell Biol 2005; 15: 343-45. Kummer U, Olsen LF. No music without melody: How to understand biochemical systems by understanding their dynamics. Top Curr Gen 2005; 13: 81-93. Larsen MR, Højrup P, Roepstorff P. Characterization of gel-separated glycoproteins using two- step proteolytic digestion combined with sequential microcolumns and mass spectrometry. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 107-19. Larsen MR, Thingholm TE, Jensen ON, Roepstorff P, Jorgensen TJD. Highly selective enrichment of phosphorylated peptides from peptide mixtures using titanium dioxide microcolumns. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 873-86. Lindersson E, Lundvig D, Petersen C, Madsen P, Nyengaard JR, Højrup P, m.fl. P25α stimulates α-synuclein aggregation and is co-localized with aggregated α-synuclein in α- synucleinopathies. J Biol Chem 2005; 280: 5703-15. Machado LF, Laugesen S, Botelho ED, Ricart CAS, Fontes W, Barbaro KC, Roepstorff P, Sousa MV. Proteome analysis of brown spider venom: Identification of Ioxnecrogin isoforms in Loxosceles gaucho venom. Proteomics 2005; 5: 2167-76. Madsen CT, Jakobsen L, Buriankova K, Doucet-Populaire F, Pernodet JL, Douthwaite S. Methyltransferase Erm (37) slips on rRNA to confer atypical resistance in Mycobacterium tuberculosis. J Biol Chem 2005; 280: 38942-47. Madsen CT, Jakobsen L, Douthwaite S. Mycobacterium smegmatis Erm(38) is a reluctant dimethyltransferase. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49: 3803-09. Madsen L, Petersen RK, Kristiansen K. Regulation of adipocyte differentiation and function by polyunsaturated fatty acids. Biochim Biophys Acta 2005; 1740: 266-86. Matthiesen R, Trelle MB, Højrup P, Bunkenborg J, Jensen ON. VEMS 3.0: Algorithms and computational tools for tandem mass spectrometry based identification of post-translational modifications in proteins. J Proteome Res 2005; 4: 2338-47. Mengel-Jørgensen J, Sanchez JJ, Børsting C, Kirpekar F, Morling N. Typing of multiple SNPs using ribonuclease cleavage of DNA/RNA chimeric single base extension primers and detection by MALDI-TOF mass spectrometry. Anal Chem 2005; 77: 5229-35. Mikkelsen R, Mutenda KE, Mant A, Schurmann P, Blennow A. Alpha-glucan, water dikinase (GWD): A plastidic enzyme with redox-regulated an coordinated catalytic activity and binding affinity. Proc Natl Acad Sci USA 2005; 102: 1785-90. Milks KJ, Danielsen M, Persson S, Jensen ON, Cox RP, Miller M. Chlorosome proteins studied by MALDI-TOF-MS: Topology of CsmA in Chlorobium tepidum. Photosynth Res 2005; 86: 113-21.
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 35 Molina H, Bunkenborg J, Reddy GH, Muthusamy B, Scheel PJ, Pandey A. A proteomic analysis of human hemodialysis fluid. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 637-50. Molina H, Parmigiani G, Pandey A. Assessing reproducibility of a protein dynamics study using in vivo labelling and liquid chromatography tandem mass spectrometry. Anal Chem 2005; 77: 2739-44. Niefind K, Issinger OG. Neglected and overseen aspects of CK2 structure. Mol Cell Biochem 2005; 274: 3-14. Nielsen PA, Olsen JV, Podtelejnikov AV, Andersen JR, Mann M, Wisniewski JR. Proteomic mapping of brain plasma membrane proteins. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 402-08. Olsen JV, de Godoy LM, Li G, Macek B, Mortensen P, Pesch R, Makarov A, Lange O, Horning S, Mann M. Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometer via lock mass injection into a C-trap. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 2010-21. Olsen KN, Larsen MH, Gahan CG, Kallipolitis B, Wolf XA, Rea R, m.fl. The Dps-like protein Fri of Listeria monocytogenes promotes stress tolerance and intracellular multiplication in macrophage-like cells. Microbiology 2005; 151: 925-33. Ong SE, Mann M. Mass spectrometry-based proteomics turns quantitative. Nat Chem Biol 2005; 1: 252-62. Pandey DP, Gerdes K. Toxin-antitoxin loci are highly abundant in free-living but lost from host- associated prokaryotes. Nucleic Acids Res 2005; 33: 966-76. Papaspyrou S, Gregersen T, Cox RP, Thessalou-Legaki M, Kristensen E. Sediment properties and bacterial community in the burrows of the mud shrimp Pestarella tyrrhena (Decapoda: Thalassinidea). Aquat Microb Ecol 2005; 38: 181-90. Pendle AF, Clark GP, Boon R, Lewandowska D, Lam YW, Andersen J, Mann M, m.fl. Proteomic analysis of the Arabidopsis nucleolus suggests novel nucleolar functions. Mol Biol Cell 2005; 16: 260-69. Pichler A, Knipscheer P, Oberhofer E, van Dijk WJ, Korner R, Olsen JV, m.fl. SUMO modification of the ubiquitin-conjugating enzyme E2-25K. Struct Mol Biol 2005; 12: 264-69. Poehlsgaard J, Douthwaite S. The bacterial ribosome as a target for antibiotics. Nat Rev Microbiol 2005; 3: 870-81. Poehlsgaard J, Pfister P, Bottger EC, Douthwaite S. Molecular mechanisms by which rRNA mutations confer resistance to clindamycin. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49: 1553-55. Poulsen AK, Rompel A, McKenzie CJ. Water oxidation catalyzed by a dinuclear Mn complex: A functional model for the oxygen-evolving center of photosystem II. Angew Chem Int Ed Eng 2005; 44: 6916-20. Poulsen BR, Nohr J, Douthwaite S, Hansen LV, Iversen JJ, Visser J, m.fl. Increased NADPH concentration obtained by metabolic engineering of the pentose phosphate pathway in Aspergillus niger. FEBS J 2005; 272: 1313-25. Rasmussen AA, Eriksen M, Gilany K, Udesen C, Franch T, Petersen C, Valentin-Hansen P. Regulation of ompA mRNA stability: The role of a small regulatory RNA in growth phase- dependent control. Mol Microbiol 2005; 58: 1421–29. Rasmussen AA, Porter SL, Armitage JP, Sogaard-Andersen L. Coupling of multicellular morphogenesis and cellular differentiation by an unusual hybrid histidine protein kinease in Myxococcus xanthus. Mol Microbiol 2005; 56: 1358-72. Rasmussen LK, Larsen YB, Højrup P. Characterization of different cell culture media for expression of recombinant antibodies in mammalian cells: Presence of endogeneous contaminating bovine antibodies. Protein Expr Purif 2005; 41: 373-77. Rasmussen T, Jensen HH, Niefind, K, Boldyreff B, Issinger OG. Biochemical characterization of the human homologues of Drosophila andante and timekeeper proteins. Mol Cell Biochem 2005; 274: 151-61. Ravnskjaer K, Boergesen M, Rubi B, Larsen JK, Nielsen T, Fridriksson J, Maechler P, Mandrup S. PPARα potentiates whereas PPARγ attenuates glucose-stimulated insulin secretion in pancreatic β-cells. Endocrinology 2005; 146: 3266-76. Rinalducci S, Campostrinii NB, Antonioli P, Righetti PG, Roepstorff P, Zolla L. Formation of truncated proteins and high-molecular-mass aggregates upon soft illumination of photosynthetic proteins. J Proteome Res 2005; 4: 2327-37.
36 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet Rist W, Mayer MP, Andersen JS, Roepstorff P, Jørgensen TJD. Rapid desalting of protein samples for on-line microflow electrospray ionizaton mass spectrometry. Anal Biochem 2005; 342: 160-62. Rist W, Rodriguez F, Jørgensen TJD, Mayer MP. Analysis of sub-second protein dynamics by amide hydrogen exchange and mass spectrometry using a quenched-flow setup. Protein Science 2005; 14: 626-32. Sandberg MB, Bloksgaard M, Duran-Sandoval D, Duval C, Staels B, Mandrup S. The gene encoding the acyl-CoA binding protein is subject to metabolic regulation by both SREBP and PPARα in hepatocytes. J Biol Chem 2005; 280: 5258-66. Sandberg MB, Fridriksson J, Madsen L, Rishi V, Vinson C, Holmsen H, Berge RK, Mandrup S. Glucose-induced lipogenesis in pancreatic β-cells is dependent on SREBP-1. Mol Cell Endocrinol 2005; 240: 94-106. Sauer J, Thorsted PB, Mutenda K, Ipsen H, Lund K. Identification of nDer p 3 as the serine protease activity associated with purified nDer p 1 from house dust mite extract. J Allergy Clin Immunol 2005; 115: S89. Schulze WX, Deng L, Mann M. Phosphotyrosine interactome of the ErbB-receptor kinase family. Mol Syst Biol 2005; 1: 42-55. Schulze WX, Gleixner G, Kaiser K, Guggenberger G, Mann M, Schulze ED. A proteomic fingerprint of dissolved organic carbon and of soil particles. Oecologia 2005; 142: 335-43. Seeber S, Issinger OG, Holm T, Kristensen LP, Guerra B. Validation of protein kinase CK2 as oncological target. Apoptosis 2005; 10: 875-85. Seppala U, Hagglund P, Wurtzen PA, Ipsen H, Thorsted P, Lenhard T, Roepstorff P, m.fl. Molecular characterisation of major cat allergen Fel d 1: Expression of heterodimer by use of a baculovirus expression system. J Biol Chem 2005; 280: 3208-16. Sparre T, Larsen MR, Heding PE, Karlsen AE, Jensen ON, Pociot F. Unraveling the pathogenesis of type 1 diabetes with proteomics: Present and future directions. Mol Cell Proteomics 2005; 4: 441-57. Sørensen CB, Andersen MS, Krogsdam AM, Kristiansen K, Bolund L, Jensen TG. Site-specific strand bias in gene correction using single-stranded oligonucleotides. J Mol Med 2005; 83: 39- 49. Sundby-Emanuelsson C, Boros S, Hjernø K, Boelens W, Højrup P. Screening for transglutaminase-catalyzed modifications by peptide mass finger-printing using multi-point recalibration on recognized peaks for high mass accuracy. J Biomol Tech 2005; 16: 197-208. Teilum K, Thormann T, Caterer NR, Poulsen HI, Jensen PH, Knudsen J, m.fl. Different secondary structure elements as scaffolds for protein folding transition states of two homologous four-helix bundles. Proteins 2005; 59: 80-90. Vandahl BBS, Stensballe A, Roepstorff P, Christiansen G, Birkelund S. Secretion of Cpn0796 from Chlamydia pneumoniae into the host cell cytoplasm by an autotransporter mechanism. Cell Microbiol 2005; 7: 825-36. Vinten J, Johnsen AG, Roepstorff P, Harpoth J, Tranum-Jensen J. Identification of a major protein on the cytosolic face of caveolae. Biochim Biophys Acta 2005; 1717: 34-40. Wang Y, Jensen L, Højrup P, Morse D. Synthesis and degradation of dinoflagellate plastid encoded psbA are light regulated not circadian. Proc Natl Acad Sci USA 2005; 102: 2844-49. Wang W, Zheng H, Yang S, Yu H, Li J, Jiang H, Su J, Yang L, Zhang J, McDermott J, Samudrala R, Wang J, Yang H, Yu J, Kristiansen K, Wong GK, Wang J. Origin and evolution of new exons in rodents. Genome Res 2005; 15: 1258-64. Yde CW, Ermakova I, Issinger OG, Niefind K. Inclining the purine base binding plane in protein kinase CK2 by exchanging the flanking side-chains generates a preference for ATP as a cosubstrate. J Mol Biol 2005; 347: 399-414.
Bidrag til videnskabelig bog/antologi Bagatolli LA. The lateral structure of lipid membranes as seen by fluorescence microscopy. I: Hof M, Hutterer R, Fidler V, red. Fluorescence spectroscopy in biology, Springer Series on Fluorescence, 2005: 150-59.
Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet 37 Douthwaite S, Fourmy D, Yoshizawa S. Nucleotide methylations in rRNA that confer resistance to ribosome-targeting antibiotics. I: Grosjean H, red. Fine-tuning of RNA functions by modification and editing. New York: Springer Verlag, 2005: 287-309. Feddersen S, Knudsen J, Færgeman NJ. Acyl-CoA metabolism in Saccharomyces cerevisiae, role of Acyl-CoA Binding Protein. I: Daum G, red. Cell biology and dynamics of yeast lipids. Kerala, India: Research Signpost, 2005: 21-50. Hjernø K, Højrup P. Massespektrometri. I: Kielberg V, Rasmussen L, red. Proteiner - oprensning og karakterisering. Copenhagen: Nordisk Forlag, 2005: 195-214. Højrup P, Hjernø K. Essentiel bioinformatik – biologiske databaser. I: Kielberg V, Rasmussen L, red. Proteiner – oprensning og karakterisering. Copenhagen: Nordisk Forlag, 2005: 215-32. Kirpekar F. RNA mapping. I: Caprioli RM, red. The encyclopedia of mass spectrometry, bd 3. Biological applications, part B. Oxford: Elsevier, 2005: 10-14.
Konferencebidrag, Videnskabelig rapport, Patent mv. Hansen TAa, Brasen JC, Olsen LF. A mathematical model of the synchronization of NAD(P)H oscillations between tumour cells and neutrophils. I: Fritzson P, red. Proceedings of the Conference on Modelling and Simulation in Biology, Medicine and Biomedical Engineering. Linköping University press, 2005: 97-104. Petersen S, Neves-Petersen MT, Duroux L, Issinger OG, Olsen B, Snabe T. Method for light therapy. Danish patent application No. PA2005 01603 and a US provisional application 2005. Skjøth IHE, Issinger OG. Proceedings of the Abstracts of the 10th World Congress on Advances in Oncology, 8th International Symposium on Molecular Medicine. Crete, Greece: Int J Mol Med, 2005: S25, 184.
Undervisningspublikationer Cox, RP. BM115 Mikrobiologi laboratorieøvelser - Øvelsesvejledning. Odense: Syddansk Universitets Trykkeri, 2005. Cox, RP. BM116 Almen mikrobiologi - Øvelsesvejledning. Odense: Syddansk Universitets Trykkeri, 2005. Mandrup S. BM25 Advanced experimental molecular biology part I and II. Odense: Syddansk Universitets Trykkeri, 2005.
38 Årsberetning 2005 – Syddansk Universitet