2 0 1 3 E N S L 0 8 0 9 THÈSE en vue de l’obtention du grade de Docteur de l’Université de Lyon, délivré par l’École Normale Supérieure de Lyon Discipline : Sciences de la vie Préparée au Laboratoire des Pathogènes Émergents de la Fondation Mérieux École doctorale : Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire Présentée et soutenue publiquement le 03 Avril 2013 par Johanna GALMÈS Isolement et caractérisation de nouvelles espèces de Torque Teno Mini Virus (TTMV) : implication potentielle dans la pathogenèse de la pneumonie Thèse dirigée par : Gláucia PARANHOS-BACCALÀ Co-encadrée par : Jean-Noël TELLES Après l’avis de : Henri AGUT Philippe BIAGINI Devant la commission d’examen formée de : Pr. Renaud MAHIEUX Président du Jury Pr. Henri AGUT Rapporteur Dr Philippe BIAGINI Rapporteur Pr. Etienne JAVOUHEY Examinateur Dr Anna SALVETTI Examinateur Dr Gláucia PARANHOS-BACCALÀ Directeur REMERCIEMENTS Je tiens tout d'abord à remercier l'ensemble des membres de mon jury, les rapporteurs Mr Henri Agut (Professeur dans le service de virologie du groupement hospitalier Pitié-Salpêtrière à Paris), et Mr Philippe Biagini (Directeur de Recherche à l’EFS Alpes-Méditerranée), les examinateurs Mr Etienne Javouhey (Chef de service Urgences et Réanimation Pédiatrique à l’Hôpital Femme Mère Enfant à Lyon), Mme Anna Salvetti (Directrice de Recherche au Centre International de Recherche en Infectiologie, CIRI, à Lyon), et le Président du Jury Mr Renaud Mahieux (Professeur au CIRI à Lyon), pour l'honneur qu'ils m'ont fait en acceptant de juger ce travail. Je vous prie de trouver dans ces quelques lignes, l’expression de toute ma reconnaissance et de mon profond respect. Ce travail de thèse a été réalisé au sein de la Direction Scientifique de la Fondation Mérieux (FMx), et financé par celle-ci. Je souhaite ici exprimer toute ma gratitude à la famille Mérieux, et plus particulièrement, à Mr Alain Mérieux (Président), et Mr Benoit Miribel (Directeur Général), pour leur soutien aux activités de recherche visant à lutter contre les maladies infectieuses. Je remercie tout le personnel de la FMx, tant au Siège qu’aux Pensières, ou expatriés à travers le monde, pour les bons moments échangés lors des SEMEQ. J’ai une pensée particulière pour Amal (bonne chance à toi pour la suite, et merci pour ton sourire), pour Francine (le contrôle de gestion semble un peu moins obscur depuis ton arrivée, ta patience y est pour beaucoup), et pour Annie (merci de ne pas m’avoir oubliée mois après mois). Je souhaite également remercier Guy Vernet, Directeur scientifique de la FMx pendant la durée de ma thèse, qui a accepté de me faire confiance pour réaliser une thèse dans son département. Guy, j’espère que ce nouveau départ au Centre Pasteur du Cameroun sera enrichissant et épanouissant, tant sur le plan professionnel que personnel. Je souhaite particulièrement remercier Gláucia Paranhos-Baccalà, Directrice des Recherches de la FMx pour m’avoir accueillie dans son laboratoire, le Laboratoire des Pathogènes Émergents (LPE), lors de mon master Pro il y a quelques années, et avoir ensuite cru en moi pour réaliser cette thèse un peu challenge sur les Anello. Gláucia, merci à toi pour ta confiance et la grande liberté que tu m’as donnée durant ces 3 belles années, pour ta passion pour la Recherche, qui tu le sais m’a toujours impressionnée et motivée au jour le jour, pour ton enthousiasme sans faille dans ce projet et pour ton soutien. Tu es une personne formidable et j’ai eu de la chance d’avoir une encadrante comme toi. J’ai également une pensée pour Jean-Noël Telles, qui a co-encadré ce travail, relu avec attention ce manuscrit, et apporté son expérience technique, particulièrement au début de ce projet, pour la mise au point des outils moléculaires de détection du TTMV. Merci d’avoir toléré mes nombreux retards de rendu des rapports d’activité et d’avoir contribué à améliorer mon anglais : je ne prononcerai plus jamais « The Town » de la même manière ! Ce travail n'aurait pas eu la même consistance, ni la même saveur, sans le soutien, l'aide, la bonne humeur, l’enthousiasme et les nombreux conseils de toute l’équipe du LPE : Flo-Flo monte sur la table… Merci pour tous les bons moments passés ensemble, pour les meetings GABRIEL, scientifiquement et "ludiquement" intéressants, et pour tes conseils pertinents sur ce projet. 1 REMERCIEMENTS Louis. « Et ben Louis, ouvre les yeux » ! Merci pour nos différents échanges, toujours sympathiques. Que tes envies d’Afrique se concrétisent et t’apportent bonheur et sérénité. Yann, « the desperate globe-trotter » ! Merci pour ta bonne humeur et ton humour communicatifs. Valentina, la belle amazone. Merci à toi pour ton enthousiasme débordant et ton sourire rayonnant, qui n’ont pas manqué de me motiver lors de tes visites parmi nous. Yoyo, merci de ta gentillesse, de ta disponibilité et de ta réactivité (les commandes n’ont jamais été aussi rapides !). Jean-Luc, bénis soient tes saucissons, tes légumes du jardin et ta cave… Ton professionnalisme apporte beaucoup à l’équipe (oui oui, toutes les couleurs sont importantes mais les bleus, ça aide pour faire tenir une réunion en 1h !), et l’environnement te remercie grandement de m’avoir rappelé 2-3 notions fondamentales de chimie ! Marie, mon soutien du grand-Est… J’aime ta façon d’être et ton amour des choses simples. Merci pour ton soutien et tes encouragements réguliers. Bonne chance pour tes débuts en enseignement, je n’ai nul doute que tu excelleras en la matière. Marie-Madeleine, l’ange protecteur du LPE, qui n’est même pas du LPE d’ailleurs ! Merci de ta douceur apaisante. Anne-Cécile, la force zen… Merci pour ta gentillesse et tes encouragements réguliers. Alain, le malgache du labo, tat tat ta da ! Ce projet te doit beaucoup. Merci de m’avoir formée aux techniques de " pathogen discovery ", de m’avoir apporté ton aide pour les manips de PCR et de clonage, et d’avoir séquencé le 1 er génome des TTMV-LY. Léticia, la chercheuse qui trouve, du moins je te le souhaite profondément ! Récemment arrivée mais déjà tellement indispensable. Ta douceur, ta bonté et ton soutien ont égayé et ensoleillé mes journées. Tu es un bel exemple d’investissement et de persévérance. Je te souhaite beaucoup de projets financés et un bel avenir. Milen, ou l’incarnation de la tolérance… « T’écoutes quoi ? C’est nul. Tu lis quoi ? C’est nul. Tu joues encore à des jeux de société/vidéos ! C’est pour les enfants. » J’adore ! Je te charrie mais te remercie sincèrement pour ta franchise, ta gentillesse, la qualité de ton raisonnement scientifique, et, bien évidemment, encore plus pour ton aide pour les manips de BIO MOL de fin de thèse… Petite Marie, la nouvelle Raquel même si tu es bien plus que ça désormais ! Championne du monde des galères, ton sourire et ta bonne humeur à toute épreuve sont incroyablement dynamisants… Ces quelques mois à tes côtés ont été très sympathiques. Je te souhaite beaucoup de réussite pour ta thèse, ce sur quoi je n’ai aucun doute. Stef. Si j’en suis là, c’est un peu grâce à toi. Tu m’as encadré/supporté durant mon stage de master et transmis tes savoir-faire. Merci pour ça et pour tout le reste : tes conseils, nos fou-rires, tes jours avec et tes jours sans, mes jours avec et mes jours sans, et bien sûr ton interprétation mémorable de « Pas de Boogie Woogie ». Tu seras un papa formidable. Jhoff, le serial lover de la Tour ! Comment te remercier assez pour cette année de co-thésards ? Les moments de galère, de joie, de doute, créent des liens particuliers. Merci pour ton aide, nos 3 . REMERCIEMENTS échanges scientifiques et techniques, ta bonne humeur, ta tête décalquée du lundi… du mardi, .du mercredi, du jeudi et du vendredi aussi en fait ! Moi qui ne suis pas une grande passionnée en général, j’aime à te voir t’enthousiasmer et t’investir à fond pour tout. Courage pour la suite, reste-toi et ça marchera. Mélina… Je n’aurai pas assez de mots pour te remercier de ton soutien infaillible durant ces 3 années. De caractères bien différents, je crois qu’on a su trouver un équilibre très enrichissant pour nous 2, donc merci pour tous les bons moments passés ensemble au labo et en dehors, pour ton investissement dans la vie du labo qui nous simplifie la vie à tous, pour tes conseils avisés, et surtout pour ton amitié. Tu restes la gardienne du temple, prends soin de toi. Sandra, notre pâtissière hors norme. Ton passage dans l’équipe a été une période formidable pour nous tous, et a donné lieu à une belle rencontre pour moi. Je te remercie profondément pour ton aide précieuse sur toutes les parties culture, cytométrie et immuno de ce projet. Ton amitié, ta gentillesse, ton dynamisme et ton humour ont été un moteur pendant ces années de thèse. Je te souhaite tout le bonheur du monde, les Clermontois ont de la chance de t’avoir. Raquel, ma franco-anglo-hispano-italo-lusophone préférée ! Les années thèse avec toi ont été passionnantes, drôles, stimulantes, … Merci pour ton ouverture d’esprit et ta capacité à ouvrir le mien, pour mon initiation à la culture cell, au FACS, aux mécanismes de l’apoptose et de l’autophagie, pour ton naturel joyeux, pour ta sensibilité et bien sur pour nous avoir fait découvrir ton Portugal natal avec passion ! Que j’aime partager avec toi tes voyages et ta vision du monde… Que ta route soit remplie d’aussi belles rencontres que la tienne l’a été pour moi.