Etude de l'hybridation inter-sp´ecifiqueentre esp`ecesdu genre Coffea en Nouvelle-Cal´edonie: distribution des niches favorables et structuration de la diversit´e C´elineGomez To cite this version: C´eline Gomez. Etude de l'hybridation inter-sp´ecifique entre esp`eces du genre Coffea en Nouvelle-Cal´edonie: distribution des niches favorables et structuration de la diversit´e.Biodi- versit´e.Universit´ede la Nouvelle-Cal´edonie,2009. Fran¸cais. <tel-01252685> HAL Id: tel-01252685 http://hal.ird.fr/tel-01252685 Submitted on 8 Jan 2016 HAL is a multi-disciplinary open access L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destin´eeau d´ep^otet `ala diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publi´esou non, lished or not. 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Distributed under a Creative Commons Attribution - NonCommercial - NoDerivatives 4.0 International License UNIVERSITE de la NOUVELLE-CALEDONIE Ecole Doctorale du Pacifique Milieux Insulaires Ultra-Marins ED-469 Doctorat BIOLOGIE DES POPULATIONS Céline GOMEZ Etude de l’hybridation inter-spécifique entre espèces du genre Coffea en Nouvelle-Calédonie : Distribution des niches favorables et structuration de la diversité Thèse dirigée par Perla HAMON Thèse co-encadrée par Valérie PONCET et Marc DESPINOY Soutenue le 10 décembre 2009 Jury : Sophie Gerber Chargée de Recherche INRA Bordeaux Rapporteur Agnès Bégué Chercheur CIRAD Montpellier Rapporteur Hamid Amir Professeur Université Nouvelle Calédonie Examinateur Michel Petit Directeur de Recherche IRD, Montpellier Examinateur Perla Hamon Directeur de Recherche IRD, Montpellier Directeur de these Alexandre de Kochko Directeur de Recherche IRD, Montpellier Examinateur Valérie Poncet Chargée de Recherche IRD, Montpellier Co-encadrante Marc Despinoy Ingénieur de Recherche IRD, Nouméa Co-encadrant 1 Remerciements Ce projet de thèse est le fruit d’une collaboration entre deux unités de l’Institut de Recherche pour le Développement, l’unité Diversité et Adaptation des Plantes Cultivées (DIAPC) et l’unité Expertise et SPAtialisation des Connaissances en Environnement (ESPACE) et plus particulièrement entre deux équipes, Génomique Comparative et Fonctionnelle de l’Adaptation (GECOFA) et l’équipe ESPACE du Pacifique. Ce projet a été soutenu également par la Province Sud de la Nouvelle-Calédonie et notamment par la Direction du Développement Rural (DDR). Cette thèse a été réalisée à l’Université de la Nouvelle-Calédonie de l’Ecole Doctorale du Pacifique. Merci à ces organismes, laboratoires et université de m’avoir permis de réaliser ce projet de thèse. Merci plus précisément à Serge Hamon, directeur de l’unité DIAPC, à Frédéric Huynh, directeur de l’unité ESPACE, et François Mademba-Sy directeur de la DDR. Cette thèse a débuté à Montpellier au Centre IRD puis à la Maison de la télédétection et enfin à Nouméa au Centre IRD. Ce fut avant tout un défi personnel que de mener à bien un tel projet, qui a été relevé grâce à l’aide d’un grand nombre de personnes. Que ce soit au travers de l’accueil, de l’écoute, de l’aide technique, de conseils scientifiques, de l’accompagnement sur le terrain, du prêt de matériel…toutes ces personnes m’ont apportés du soutien, des sourires et de précieux moments de réconfort. Que toutes les personnes que j’ai croisées pendant ma thèse et qui m’ont apportées leur soutien trouvent ici ma sincère reconnaissance. Je tiens à remercier tout d’abord Serge et Perla Hamon, Alexandre de Kochko et Valérie Poncet qui m’ont permis de me lancer dans cette aventure dès Montpellier puis en Nouvelle- Calédonie. Merci aussi à Frédéric Huynh et Marc Despinoy pour avoir rendu possible cette riche collaboration avec l’US ESPACE qui m’a beaucoup appris et qui a grandement contribué au façonnage de ma carrière future sur des approches transversales. Merci à Valérie Poncet et Marc Despinoy pour m’avoir encadrée. Merci à Valérie pour m’avoir fait partager ton savoir et ton expérience. Merci d’avoir été disponible quasiment au quotidien même à 22000km pour m’aider dans les situations délicates. Merci pour ton aide sur le terrain pour les échantillonnages, et les observations des floraisons.Et surtout merci de m’avoir appris ta rigueur scientifique qui a toujours fait ses preuves durant les etapes de ma thèse. Marc, merci pour ton soutien et pour m’avoir accompagnée dans le monde, alors nouveau pour moi, de la télédétection et de la spatialisation. Merci aussi pour ta grande disponibilité et toutes les discussions que nous avons eues dans les moments de doute, ton calme m’a souvent apaisée.Grâce à vous deux, j’ai beaucoup appris. Je tiens à remercier particulièrement Daniel Le Pierrès, qui est l’initiateur du projet en Nouvelle-Calédonie et de la collaboration avec la DDR. Merci d’avoir partagé tes grandes connaissances du terrain en général. Je remercie aussi Agnès Bégué et Sophie Gerber d’avoir accepté de juger mon travail en qualité de rapporteurs. Merci aussi à tous les membres du jury, Hamid Amir, Michel Petit, Perla Hamon, Valérie Poncet et Marc Despinoy. Merci à tous les membres de l’équipe GECOFA et ceux du LATICAL (US ESPACE Nouméa). Un grand merci à Joseph (Edouard Oukewen) pour ta gentillesse, ta générosité, ton talent de jardinier et les sorties terrain bien sympathiques. Merci à Monique Martiny pour ton accueil chaleureux au Latical et ton soutien « maternel » toujours avec un grand sourire. Merci à Claudine 2 Campa pour ta bonne humeur communicative. Merci à Chloé Batisse et Marc Bournier pour leurs travaux qui ont apporté leur pierre à l’édifice. Merci à tous, Pascal Dumas, Jean-Brice Herrenschmidt, Sylvain Broucke, Marie Couderc, Carole Bessière…et tous ceux que j’oublie. Je remercie aussi tous les membres de la DDR qui ont accompagné le projet, tant au plan administratif, de communication ou technique également. Merci à Sylvie Edighoffer et Danyéla Salmon pour votre gestion du projet Café. Merci à toutes les personnes de la Pépinière de Port- Laguerre pour votre aide quant aux greffes, au terrain parfois. Je remercie particulièrement Corinne Quinty pour son accueil, sa grande bonne humeur, grâce à toi l’ambiance à la pépinière pétille. Merci à Sandra, Anthony et Manuel. Je tiens aussi à remercier tout particulièrement l’équipe du LSTM à Nouméa qui m’a chaleureusement accueillie pour partager bureaux, labos, blagues et contrepèteries. Un très grand merci à Michel Lebrun, à qui j’accorde une mention spéciale de discussions où tu penses à voix haute, tu as mis en éveil ma curiosité scientifique en me faisant partager tes points de vue sur des sujets divers et variés. Merci pour ton écoute, ton grand soutien et pour tous ces moments chocs et vive les sessions gazette de bab el oued ! Un grand merci aussi à tous les membres de l’équipe qui ont supporté mes moments de « mou » et qui m’ont fait une place à part entière dans l’équipe : Sylvain, Clarisse, Laure, Marc, Philippe et Laurent. Merci à Clarisse pour ces bons moments, notamment à Tahiti et ton aide précieuse pour les manipulations et les commandes. Merci aussi à Bernard Dreyfus, dont les racines sont au LSTM, pour vous être intéressé à mon projet et m’avoir encouragée. Je tiens également à remercier tous ceux qui m’ont accompagnée scientifiquement, pour la rédaction des articles, pour la mise au point des manipulations et pour tous les aspects techniques et pratiques. Merci à Ahmed Batti pour m’avoir initiée aux joies du SIG, je ne regrette pas d’avoir fait ce choix là et je te remercie pour les moments passés à m’expliquer la base de la base avec une grande patience. Merci à Marc Despinoy pour m’avoir initiée à la télédétection et aux traitements d’images avec beaucoup de pédagogie. Merci d’avoir cru en mes compétences et de m’avoir toujours soutenue. Merci à Morgan Mangeas pour m’avoir appris à réfléchir autrement face à un problème statistique et à envisager la modélisation d’une façon agréable. Grâce à toi, j’ai pris un grand plaisir à mettre au point les modèles et ça m’a permis de faire valoir cela lors de ma recherche de post-doc aussi. Un grand merci à vous deux pour votre bonne humeur et votre aide précieuse dans la dernière ligne droite. Merci à Stéphane Dussert pour tes conseils pour mettre en forme le tout premier article. Merci à Michel Petit et Christina Corbane pour avoir porté attention à mon travail et m’avoir conseillée sur des aspects techniques en télédétection et sur la façon de mieux manier cette approche transversale. Merci à Sylvain Santoni, pour ton passage à Nouméa durant lequel tu nous as donné de précieux conseils pour le génotypage dans la bonne humeur. Merci à Francis Gallois et Jean-Yves Panché pour votre aide technique précieuse concernant mes petits capteurs météo qui ont connu maintes péripéties et la mise au point de la station météo. Merci pour votre accueil chaleureux. Merci à Jean-Louis Laurent (Loulou) et Fabrice Roubaud pour votre aide précieuse lors de l’installation de la station météo, que ce soit pour le calibrage ou l’installation sur le terrain. Cela m’a vraiment été d’une grande aide ! Merci à David Varillon pour m’avoir prêté des capteurs météo quand j’en avais besoin. Merci à Sylvain Petek pour m’avoir fait de la place dans le congélateur à -80°C. 3 Merci à l’équipe de Botanique de l’IRD à Nouméa et à Jérôme Muzinger pour ton expertise sur le terrain.