ACADEMIE UNIVERSITAIRE WALLONIE-EUROPE UNIVERSITE DE LIEGE FACULTE DE MEDECINE VETERINAIRE DEPARTEMENT DES MALADIES INFECTIEUSES ET PARASITAIRES SERVICE DE VIROLOGIE VETERINAIRE ET MALADIES VIRALES ANIMALES DEPARTEMENT DES SCIENCES DES DENREES ALIMENTAIRES SERVICE DE MICROBIOLOGIE DES DENREES ALIMENTAIRES Rôle de la faune sauvage et du porc domestique comme réservoir du virus de l’hépatite E (HEV) : étude de l’infection chez les suidés et les cervidés et de la réceptivité du porc au HEV présent chez le sanglier Role of wildlife and domestic pigs as reservoirs for hepatitis E virus (HEV): study of the infection in suids and cervids and of the susceptibility of pigs to HEV originating from wild boar Damien Thiry THESE PRESENTEE EN VUE DE L’OBTENTION DU GRADE DE DOCTEUR EN SCIENCES VETERINAIRES ANNEE ACADEMIQUE 2015-2016 Illustrations de couverture : Photographie de sanglier : photographe animalier Dan Ozmec Représentation schématique du virus de l’hépatite E : Copyright 1993-2011, Virusworld, Jean-Yves Sgro, Institute for Molecular Virology, University of Wisconsin-Madison Photographie de porcs exempts d’organismes pathogènes spécifiques : Dr Frédéric Paboeuf, Production de Porcs Assainis et d'Expérimentation du laboratoire de Ploufragan/Plouzané, ANSES A Lola et Gaston Remerciements Remerciements Mes premiers remerciements vont à mon promoteur, le Docteur Bernard Brochier ainsi qu’à mon co-promoteur le Professeur Georges Daube d’avoir accepté d’encadrer ma thèse de doctorat, pour nos discussions toujours enthousiastes, ainsi que pour leurs disponibilités. Je remercie mon père, le Professeur Etienne Thiry, qui a certainement joué le rôle le plus important dans l’accomplissement de cette thèse. Je tiens également à remercier le Professeur Annick Linden, d’avoir toujours répondu positivement aux propositions d’études sur le virus de l’hépatite E dans la faune sauvage en Région Wallonne ainsi que pour nos échanges très instructifs à ce sujet. Merci de m’avoir permis d’utiliser cette « mine d’or » que représentent les échantillonnages réalisés par le réseau de surveillance sanitaire de la faune sauvage. Je remercie également le Professeur Claude Saegerman pour son aide précieuse dans l’analyse des données statistiques. J’adresse un tout grand merci à mes collègues et amis du service de virologie : Ana, Christina, Lorène, Louisa, Edmilson, William avec une mention spéciale pour Axel, dit « papy » sans qui ce travail n’aurait pas pu se réaliser et pour ses conseils réfléchis. Axel, je n’oublierai jamais nos discussions annuelles animées dans la lueur des nuits parisiennes autour d’un « dernier » petit gris de Toul avant d’aller dormir. Je remercie les Professeurs Alain Vanderplasschen et Laurent Gillet ainsi que l’ensemble des services d’immunologie, de vaccinologie et d’épidémiologie pour la bonne humeur, l’esprit de camaraderie et d’entraide qui règne dans les labos. Que cet esprit règne encore longtemps au sein du B43bis. Je remercie l’ensemble des membres du service de virologie de l’Institut Scientifique de Santé Publique de m’avoir intégré dans leur équipe et tout particulièrement le Docteur Isabelle Thomas pour son aide et ses conseils précieux. Je remercie toute l’équipe des unités d’Epidémiologie et Bien-être du Porc et de Production de Porcs Assainis et d'Expérimentation du laboratoire de Ploufragan/Plouzané de l’ANSES, et tout particulièrement les Dr Nicolas Rose et Frédéric Paboeuf de m’avoir accueilli au sein de leurs laboratoires et animaleries avec beaucoup de sympathie. Ces moments passés en Bretagne ont beaucoup enrichi mon travail. iv Remerciements Je tiens à remercier chaleureusement le Professeur Jacques Mainil de m’avoir permis de continuer dans la voie de la recherche en microbiologie et de m’avoir ouvert, depuis maintenant un an, au monde passionnant des bactéries. Je remercie également l’ensemble des services de Bactériologie et de Santé et Pathologies de la Faune Sauvage, en particulier Thomas et Jessica pour leur contribution dans les analyses ELISA mais également Jean-Noël, Audrey, Nadège, Christophe, Cyrille, Julien, Sandro. Je peux désormais affirmer que l’esprit de camaraderie ne se cantonne pas au seul B43bis mais qu’il est également bien présent au sein du B43a. Ce travail a été subventionné par le Service Public Fédéral Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement et par le Service Public de Wallonie. Un merci tout particulier va à mes parents : maman, pour ta présence infaillible depuis 31 ans et qui se continue merveilleusement avec la troisième génération. Papa, je ne sais pas comment tu as fait pour me transmettre ce gène de la recherche, moi qui du plus loin que je me souvienne, me destinais à une vie de praticien. Je quitte la viro pour la bactério après avoir eu le plaisir de partager tous ces moments avec toi. Je te suis très reconnaissant d’avoir cru en moi et de m’avoir donné ma chance. Grâce à toi, qui, sans le vouloir m’a guidé dans cette voie, je me lève chaque matin en savourant cette chance de faire un travail que j’aime. Je remercie Caro, Jimmy, Manon, Perrine, Carlos, Diego, Pedro, Julien et Isotta pour l’union fraternelle qui a toujours régné entre nous malgré la distance qui nous sépare parfois. Avec vous, le mot « famille » prend tout son sens. Nous étions 4, combien serons-nous … ? Enfin, le meilleur arrivant toujours à la fin, peut-être parce qu’il est difficile de trouver les mots pour remercier les personnes auxquelles on tient le plus… Douze années… Douze années que tu soutiens mes choix, que tu portes un regard si juste et si posé en toutes circonstances. Elise, merci d’avoir accepté et de continuer à accepter tous ces sacrifices. Si cette thèse représente un bel accomplissement professionnel dans lequel tu as été un véritable moteur, mon plus bel accomplissement personnel est d’avoir fondé une famille avec toi. Grâce à toi, je me couche chaque soir en savourant cette chance d’avoir de si chouettes enfants, Lola et Gaston (à qui un jour, je leur ai promis, je ferai lire ce « livre » pour lequel papa s’éclipse le soir quand ils vont dormir). v Table des matières Table des matières Table des matières vi Liste des abréviations viii Préambule 1 Chapitre 1 : Introduction - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4 1.1 Historique 5 1.2 Cycle réplicatif du virus de l’hépatite E 6 1.3 Le virus de l’hépatite E et les virus apparentés chez les animaux : 7 classification, structure virale et interactions virus - hôtes “Hepatitis E virus and related viruses in animals” 1.4 Le virus de l’hépatite E chez l’homme 27 1.4.1 Répartition géographique 27 1.4.2 Pathogénie et aspects cliniques 27 1.4.3 Situation en Belgique 28 1.5 Diagnostic de laboratoire 29 1.6 Traitement - Prophylaxie 30 Chapitre 2 : Objectifs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 31 Chapitre 3 : Section expérimentale - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 34 3.1 Mise au point des techniques 35 3.2 Etude 1 : Estimation de la séroprévalence du virus de l’hépatite E 39 (HEV) chez le porc par ELISA et Western blot et comparaison de séquences de HEV porcines et humaines détectées en Belgique “Estimation of hepatitis E virus (HEV) pig seroprevalence using ELISA and Western blot and comparison between human and pig HEV sequences in Belgium” 3.3 Etude 2 : La faune sauvage belge comme réservoir potentiel du virus de 50 l’hépatite E “Belgian wildlife as potential zoonotic reservoir of hepatitis E virus” vi Table des matières 3.4 Etude 3 : Infection expérimentale de porcs, par voie intraveineuse ou 63 orale, avec une souche du virus de l’hépatite E (HEV) de sanglier, une souche de HEV porcine et une souche de HEV de sanglier préalablement passée en modèle porcin “Productive infection in pigs experimentally inoculated intravenously or orally with a wild boar hepatitis E virus (HEV), a swine HEV and a wild boar HEV previously passed in swine” Chapitre 4 : Discussion générale - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 81 4.1 Infection par le virus de l’hépatite E dans les populations de porcs, de 82 sangliers et de cervidés en Belgique 4.2 Réceptivité du porc à l’infection par le virus de l’hépatite E originaire 89 du porc ou du sanglier 4.3 Modèle conceptuel de la transmission du virus de l’hépatite E en 94 Belgique Chapitre 5 : Conclusion et perspectives - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 99 Chapitre 6 : Résumé – Summary - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 102 Chapitre 7 : Bibliographie - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 112 vii Liste des abréviations Liste des abréviations Aa : acide aminé Ab : antibodies = anticorps Ac : anticorps ADN : acide désoxyribonucléique ARN : acide ribonucléique ARSIA : Agence Régionale de Santé et d’Identification Animales ADNc : acide désoxyribonucléique complémentaire ANSES : Agence Nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail CDC : Centers for disease control and prevention CO : cut-off DGZ : Dierengezondheidszorg Vlaanderen D.O. : densité optique Eg : équivalent génomique ELISA : enzyme-linked immunosorbent assay : test immuno-enzymatique EOPS : exempt d’organismes pathogènes spécifiques Ha : hectare HAV : virus de l’hépatite A HEV : virus de l’hépatite E IgA : immunoglobuline A IgG : immunoglobuline G IgM : immunoglobuline M viii Liste des abréviations MF : matières fécales NTP : nucléoside triphosphate ORF : open reading frame : cadre ouvert de lecture pb :