Individual feed efficiency in fishes : direct measurement methods and indirect predictors to develop selective breeding programs in two major aquaculture species : European sea bass Dicentrarchus labrax and Nile tilapia Oreochromis niloticus Charles Rodde To cite this version: Charles Rodde. Individual feed efficiency in fishes : direct measurement methods and indirect pre- dictors to develop selective breeding programs in two major aquaculture species : European sea bass Dicentrarchus labrax and Nile tilapia Oreochromis niloticus. Agricultural sciences. Université Mont- pellier, 2020. English. NNT : 2020MONTG044. tel-03210967 HAL Id: tel-03210967 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03210967 Submitted on 28 Apr 2021 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. THÈSE POUR OBTENIR LE GRADE DE DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE MONTPELLIER En Sciences Agronomiques École doctorale GAIA Unité mixte de recherche MARBEC Cirad, WorldFish Individual feed efficiency in fishes: direct measurement methods and indirect predictors to develop selective breeding programs in two major aquaculture species: European sea bass Dicentrarchus labrax and Nile tilapia Oreochromis niloticus. Présentée par Charles RODDE Le 10 Décembre 2020 Sous la direction de David MCKENZIE et l’encadrement de Hugues DE VERDAL Devant le jury composé de Jehan-Hervé LIGNOT, Professeur à l’Université de Montpellier, UMR MARBEC Président du jury Mathilde DUPONT-NIVET, Directeur de Recherches à l’INRAE, UMR GABI Rapporteur Christel LEFRANÇOIS, Maître de Conférences à l’Université de La Rochelle, UMR LIENSs Rapporteur Hélène GILBERT, Directeur de Recherches à l’INRAE, UMR GenPhySE Examinateur Pierrick HAFFRAY, Chercheur au SYSAAF Examinateur David MCKENZIE, Directeur de Recherches au CNRS, UMR MARBEC Directeur de thèse Hugues DE VERDAL, Chercheur au Cirad, UMR ISEM Encadrant (invité) 2 Remerciements/Acknowledgements France Je dois remercier énormément de personnes, et il faut bien démarrer quelque part, alors je vais commencer en premier par Béatrice Chatain ! Merci Béatrice d’avoir monté ce projet de thèse, d’avoir bataillé pour qu’il soit financé, et de m’avoir fait confiance pour le mener à bien. Merci aussi de m’avoir aidé à bien démarrer ma thèse, en me donnant d’entrée de jeu beaucoup de clés pour y arriver et en lui « imprimant du mouvement » pour multiplier les collaborations. Merci en particulier de m’avoir expliqué en détails la reproduction et l’élevage larvaire du bar européen et de m’avoir intégré aux différentes opérations d’élevage. J’ai beaucoup appris et j’en garde de très bons souvenirs. Merci aussi pour tous les conseils « management » qui m’auront été fort utiles au cours de ces 3 ans (et pour plus tard) ! Je vous souhaite désormais de profiter au maximum de votre retraite. Ensuite, j’aimerais remercier Hugues de Verdal, qui a lui aussi participé à l’élaboration de ce projet de thèse, et m’a encadré pendant ces 3 années. Merci en particulier de m’avoir aidé à prendre la thèse étape par étape et de m’avoir évité de partir dans trop de directions en même temps. Merci aussi d’avoir consacré énormément de temps pour relire à chaque fois les manuscrits, répéter les oraux, etc. Merci aussi pour toutes ces discussions enrichissantes autour de la thèse, qui ont nourris ma réflexion et m’ont aidé à avancer, et de m’avoir aidé à saisir différentes opportunités, telles que l’utilisation des isotopes stables ou encore le programme Agreenium. Enfin, merci de m’avoir fait découvrir toute la partie historique de la ville de Georgetown en Malaisie, qui est vraiment superbe, et de m’avoir donné de précieux conseils pour bien m’intégrer en Malaisie. Pour compléter la liste de mes encadrants « directs », j’aimerais remercier David McKenzie. Merci d’avoir accepté de remplacer Béatrice et de devenir mon directeur de thèse en cours de route, ce qui n’est pas chose aisée, mais je pense que la transition s’est faite sans soucis. Merci en particulier de m’avoir aidé à ne pas m’inquiéter démesurément tout en me donnant des conseils pour me focaliser sur l’essentiel. Merci pour tous ces échanges enrichissants autour de mon travail, qui m’auront permis de voir mes résultats sous des angles nouveaux. Merci aussi pour toutes ces relectures de mes travaux, qui n’auront pas été vaines car je pense avoir su progressivement en tirer parti pour améliorer mon style d’écriture. Merci enfin pour tous les bons moments hors du cadre professionnel qui m’auront aidé à me détendre. Merci aussi à Marc Vandeputte. Merci en particulier Marc de m’avoir consacré du temps pour discuter des analyses statistiques à utiliser sur mes données, ou encore des façons d’améliorer 3 la rédaction de mes articles. Je pense que tu m’as donné beaucoup d’éléments qui m’ont permis de progresser tout au long de ces 3 ans. Tu as toujours su te montrer disponible malgré un emploi du temps chargé. Merci à François Allal. En particulier pour les points de vue enrichissants que tu as apportés sur divers travaux que j’ai réalisés, et les différents conseils que tu m’as apportés, notamment sur la rédaction de la thèse. Merci aussi de m’avoir aidé à mieux communiquer autour de mes travaux, lors de présentations orales ou au moment de leur publication. Merci à Alain Vergnet, pour les nombreux conseils et le support technique qu’il m’a apportés au cours de ces 3 ans. Tu as su faire preuve de beaucoup de pédagogie pour m’aider à réaliser les différentes installations, notamment sur la partie élevage individuel. Merci aussi de m’avoir aidé à bien préparer la mission en Malaisie, pour que tout fonctionne très vite et très bien. Merci enfin pour ta capacité à constamment détendre l’atmosphère. Merci à Mathieu Besson, notamment pour m’avoir accompagné tout au long de la partie élevage individuel, afin que l’expérience se déroule le mieux possible. Merci aussi pour les différentes discussions autour de nos résultats qui ont participé à enrichir mon travail de thèse. Merci enfin pour ton humour et ta bonne humeur. Merci à Frédéric Clota, pour avoir m’avoir constamment aidé lors des différentes expériences. Merci aussi de m’avoir communiqué ton enthousiasme pour le tilapia, et pour les très nombreuses anecdotes que tu m’as racontées. Nous avons partagé le même bureau pendant presque 3 ans, et tu as toujours été bienveillant à mon égard. Merci à Marie-Odile Blanc pour m’avoir montré patiemment et en détails l’élevage larvaire du bar européen. J’ai vraiment été content d’apprendre à tes côtés. Merci aussi pour l’aide apportée sur les différentes expériences que j’ai réalisées. Merci à Stéphane Lallement pour m’avoir expliqué le suivi et le déroulement de la reproduction artificielle chez le bar. Merci en particulier pour ta grande patience lorsque l’on réalisait les biopsies, et pour ta bonne humeur naturelle. Merci à François Ruelle pour avoir apporté beaucoup de support technique sur mes différentes expériences. Merci en particulier pour ta bonne humeur, même lorsque l’on commençait les expériences tôt et que la journée s’annonçait chargée. Merci à Ronan Griot, pour avoir accepté de m’aider si souvent pour mes différentes expériences, bien qu’étant aussi très occupé de son côté. Ca a été très agréable de pouvoir échanger avec toi autour de sujets divers, très éloignés de la thèse, mais tout de même enrichissants. Merci à Sébastien Alfonso, avec qui j’ai vraiment eu plaisir à discuter. Merci d’avoir partagé avec moi ta propre expérience de thèse. Merci aussi pour les différents moments de détente de nous avons partagés en dehors du travail. Cela m’a aidé à aborder plus sereinement mon arrivée à Montpellier. Merci à Sara Faggion, avec qui j’ai aussi beaucoup apprécié échanger. De même, merci pour l’expérience que tu as partagée avec moi sur la thèse. Merci aussi pour ta bonne humeur et ton sens de l’humour. 4 Merci à Germain Salou, pour l’aide que tu m’as apportée dès que tu es arrivé sur la station. Merci pour ton enthousiasme naturel, ainsi que pour ta bonne humeur et tes anecdotes toujours amusantes. Merci à Cyrille Przybyla pour avoir été la première personne à me confier une mission sur la station de Palavas et m’avoir donné le goût de l’aquaculture. Tes encouragements m’ont beaucoup aidé et motivé pour continuer dans cette voie et me décider à réaliser ce projet de thèse. Merci aussi pour les échanges très intéressants que nous avons pu avoir au cours de ces 3 ans autour de nos différents projets, qui m’ont permis de diversifier mon approche de l’aquaculture. Merci à Gilbert Dutto pour m’avoir donné très rapidement, dès mon arrivée sur la station de Palavas, de nombreux éléments de réflexion autour des performances zootechniques des poissons. Tu m’as transmis beaucoup de ton expérience et, tout comme Cyrille, l’envie de continuer dans l’aquaculture et de réaliser ce projet de thèse. Merci aussi pour toutes les discussions que nous avons pu avoir ces 3 dernières années, ainsi que pour ta bonne humeur constante. Merci à Benjamin Geffroy pour les différences discussions que nous avons pu avoir au cours de ces 3 ans, et qui m’ont auront apporté des éléments de réflexion nouveaux.