Characterization of genes and functions required by multidrug -resistant enterococci to colonize the intestine PhD in Biotechnology January, 2021 Author: Alejandra Flor Duro Director: Carles Úbeda Morant Tutor: José Gadea Vacas AGRADECIMIENTOS / ACKNOWLEDGMENTS Este trabajo no hubiese sido posible sin el apoyo de toda la gente que ha estado a mi alrededor durante todos estos años, y a las que quiero mostrar mi agradecimiento en las siguientes líneas. En primer lugar, quiero dar las gracias a mi director de tesis, Carles Úbeda, ante todo, por haberme dado la oportunidad de iniciarme en el mundo de la investigación ejerciendo un trabajo tan multidisciplinar. Gracias por tener siempre el despacho abierto para cualquier duda, por tu supervisión y consejos constantes para sacar el trabajo adelante, aunque a veces los problemas pareciesen demasiado grandes. También por enseñarnos algo tan fundamental como estructurar las ideas y transmitir los resultados de forma clara. En segundo lugar, he tenido la suerte de compartir mí día a día con unos compañeros de grupo increíbles que han conseguido hacer, gracias a su apoyo, que esos días malos fueran menos malos. Ana y Sandrine, las veteranas del grupo, dispuestas siempre a echar una mano y resolver dudas, gracias por vuestra paciencia y tiempo invertido en enseñarme. A Bea, mi compañera de correteos por los pasillos en los momentos más desesperantes de la tesis, ahora es imposible no recordarlos entre risas. Gracias por todos estos años trabajando juntas. Majo, mi postdoc favorita, por tu ayuda y por preocuparte siempre tanto por mi salud y de que fueran bien mis experimentos. Anna, llegaste al laboratorio para revolucionarlo con tus carteles, tu orden, espontaneidad y afición por transmitir con tanta gracia lo que hacemos cada día en el laboratorio. Gracias por tantas horas de cabina y animalario, los viajes en tranvía y las conversaciones. Iván, el polifacético del grupo y todo hecho a la perfección, gracias por poder hablar contigo de cualquier cosa, por las risas y el humor cuando algo no sale como se esperaba y por hacer que esta tesis quede mucho más bonita. Gara, tus buenos días y tu acento canario son capaces de alegrarle el día a cualquiera y aunque tu paso por el grupo fue corto, fue suficiente para quedarme con una amiga más allá del laboratorio. Por supuesto, también quiero agradecer a todos los doctorandos, tanto los que pasaron antes por allí como los que están actualmente, por el buen ambiente, por las comidas llenas de risas y los momentos compartidos tanto fuera como dentro del laboratorio. Dar las gracias también al resto del personal de FISABIO, en especial a Concha, por preparar, aunque te lo pidiéramos a última hora, todo el material necesario para los experimentos y así ayudarnos a que todo salga perfecto. También, darle las gracias a todo el personal del animalario, especialmente a Inma Noguera por asegurar que todo estuviera bajo control. Gracias a Inma Ballester por su ayuda dentro de P2 y por estar constantemente pendiente de nuestros ratoncitos. On the other hand, I would like to thank my external supervisors. Firstly, thanks to Willem van Schaik and the people in his lab, especially Fernanda and Vincent, for helping me to find the solution of the first problem that I encountered when I started the thesis. I also thank Willem for always being available after the stay to discuss the results obtained and give us advice on how to improve them. Secondly, thanks to Douwe van Sinderen for giving me the opportunity to develop part of my work in your lab with your advice. Thanks María and Rocío for welcoming me on my arrival and for helping me in and out of the lab during my stay in Cork. Fuera del laboratorio también son muchas las personas que me han acompañado desde el principio o que se han unido por el camino y con las que he compartido momentos inolvidables y unos cuántos interrogatorios para tratar de entender qué es lo hacemos en el laboratorio. Para empezar me gustaría darles las gracias a mis amigos, a los de siempre, a los que están ahí desde hace muchísimos años y que, a pesar de que cada uno estemos en un sitio distinto, cada vez que nos volvemos a juntar es como si esa distancia física, que hace que no nos veamos de forma frecuente, no nos separase en el tiempo. No puedo olvidarme de aquello que me ha hecho feliz desde pequeña y que me ha acompañado siempre, que han sido la música y la danza. Estos últimos años la salsa ha sido mi compañera de diversión y entretenimiento, gracias a la cual mi estado de ánimo cambiaba por completo con tan solo una hora de clase. Además de eso, me ha servido para hacer grandes amigos. Mis primeros salseros barceloneses, gracias por hacer de mi periodo en Barcelona una época inolvidable, pero sobre todo gracias por seguir ahí después, por las visitas con horchata y paella y porque aunque no bailamos con la misma frecuencia que lo hacíamos, siempre bailamos con las mismas ganas de pasarlo bien. Ya en Valencia, gracias a toda la gente de la academia, tanto profesores como compañeros, por la cantidad de horas bailando y por los consejos para mejorar. Gracias Mónica por tu paciencia con mis errores en inglés. No pude encontrar mejor profe que me ayudase a mejorar para conseguir mis objetivos, ni mejor persona con la que hablar, largo y tendido, sobre cualquier tema y así hacer esas clases de inglés tan amenas y divertidas. Ha sido toda una suerte haber dado contigo. Tengo muchísimo que agradecer a los que han sido mis compañeros en el día a día, mi “familia” fuera de casa, porque la palabra compañeros de piso se os queda muy muy pequeña para lo que sois para mí. En primer lugar, a Yael. Gracias a un cambio de mesa el primer día de clase y a unos cuantos viajes en tren formamos la pareja perfecta de Pili y Mili, las amigas inseparables para toda la carrera y aunque el contacto no sea diario como antes, tengo claro que para toda la vida. En segundo lugar, gracias a Mar, mi valenciana de pura cepa favorita y mi compañera de batallas en Barcelona. Fue algo más corto pero no menos intenso porque lo nuestro venía ya de la carrera y le añadimos la unión de las comidas familiares de los domingos. Por último, Joan, agradecerte tantísimos años de amistad y es que lo que empezó gracias a compartir un atril y unas cuantas notas musicales siendo apenas unos niños nos llevó a compartir el mismo techo durante la tesis y la residencia, con pandemia y cuarentenas incluidas. El poder llegar a casa y contar las penas o alegrías del día con alguien de toda la vida no tiene precio. A mi familia, el pilar fundamental al cual tengo tantísimo que agradecer. No hay nada que me haga sonreír más que pensar en lo arropada que estoy por todos vosotros. Primeramente, a mis padres, por haberos dejado la piel para que tanto yo como mi hermano podamos hacer aquello que nos gustara. Esta tesis es el resultado de vuestro esfuerzo incansable por darnos la mejor educación posible. Papá, gracias por recalcarnos tantas veces que estudiar era nuestro trabajo y que la suerte uno la busca con el esfuerzo y la perseverancia. Mamá, gracias por enseñarnos lo que es la valentía demostrándonos en primera persona que se puede conseguir lo que uno se proponga y que, aunque el esfuerzo sea grande, siempre merece la pena. Tete, gracias por haber sido mi mejor regalo, mi persona favorita, por poder contar contigo para todo, por apoyarme y por valorarme siempre tanto. Y es que ni la distancia ni la edad importa cuando la conexión es buena… ¡y es que la nuestra no podría ser mejor! Gracias a mis abuelos por enseñarme lo que es el amor incondicional y la bondad. Soy muy afortunada de poder haber crecido con vosotros y de aprender de vuestra sabiduría sin límite. Gracias tíos y primos, por haberme apoyado siempre y por hacerme disfrutar tanto de esas comidas familiares en las que estamos todos y reímos sin fin. Por último, este camino habría sido mucho más complicado sin ti Rubén y sin la suerte de que volviésemos a coincidir. Gracias por ser mi soporte moral incondicional, por haberme ayudado tantísimo en tantos aspectos y por estar siempre, incluso esperando a horas intempestivas de un fin de semana a la puerta del laboratorio o del animalario. Es muy cierto eso de que “quién quiere algo encuentra el medio, y quien no, siempre encuentra una excusa”, así que gracias por nunca faltarte las ganas de encontrar ese medio. Para finalizar, nada de esto se podría haber llevado a cabo sin la financiación correspondiente para realizar la tesis por parte del Ministerio de Ciencia e Innovación de España. Este último año la pandemia del coronavirus ha sacado a relucir, aún más si cabe, la carencia y la necesidad de inversión en investigación. La situación precaria de la ciencia es un problema para el país y es que la inversión en investigación científica no tiene que considerarse un gasto, tiene que entenderse como la inversión de futuro tan necesaria que es. GLOSSARY AMR Acquired Antimicrobial Resistance aa Amino acids Ampr Ampicilin resistance ARPs Antibiotic Resistant Pathogens AUC Area Under the Curve bp Base pair BEA Bile Esculin Azide Agar BEA+A Bile Esculin Azide Agar with Ampicillin BEA+AV Bile Esculin Azide Agar with Ampicillin and Vancomycin BEA+AG Bile Esculin Azide Agar with Ampicillin and Gentamicin BHI Brain Heart Infusion Broth CaCl2 Calcium chloride CRE Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae CDM Chemically Defined Medium Cmr Chloramphenicol resistance CDI Clostridium difficile infection CDSs Coding Sequences CR Colonization Resistance CI Competitive Index ∆ Deletion DNA