PHD Presented by Cécile GRACIANNE Prepared within the Résistance et Adaptation (RA) team, UMR 1349 IGEPP From population genetic to sustainable management of resistances: benefit of the study of wild populations of crops pathogens. Case of two cysts nematodes and their common wild host Defended on the 10th of April, 2015 to the committee composed with: Yannick OUTREMAN Professor, Agrocampus Ouest President of the committee Karen McCOY Researcher, IRD Montpellier Reviewer François DELMOTTE Researcher, INRA Bordeaux Reviewer Anna-Liisa LAINE Professor, University of Helsinki Reviewer Marc RICHARD-MOLARD ITB, Paris Reviewer Eric PETIT Senior researcher, INRA Rennes PhD supervisor Sylvain FOURNET Ingénieur de recherche, INRA Rennes PhD co- supervisor Jean-François ARNAUD Professor, University of Lille 1 PhD co- supervisor EMERCIEMENTS R Jeàtiesàtoutàd’aodààeeieàDenis Tagu,àleàdieteuàdeàl’UMRàIGEPP,àetàRégine Delourme, qui estààlaàtteàdeàl’uipeàRsistaeàetàádaptatio,àpouà’aoiàaueillie et permis de travailler dans deàoesàoditiosàjusu’àlaàfiàdeàetteàthse. Jeàeeieàgaleetàl’eseleàdesàeesàdeàoàjuàdeàthseàpouàaoiàaeptàdeàlieà les « quelques » pages qui composent ce manuscrit. Merci à François Delmotte et à Karen McCoy pouà aoià aeptà d’teà lesà appoteusà deà eà taail et à Yannick Outreman et Marc-Richard Molard pour avoir également aeptàd’alueàetteàthèse. I also thank Anna-Liisa Laine to have accepted to review this work, despite that a part of the manuscript is in French. Au cours de ces 3 dernières aes,àj’aiàpuàfiieàdesàoseilsàetàdesàeauesàd’Olivier Plantard, de Julie Jacquiéry et de Jean-Marc Roussel au cours des différents comités de thèse qui ont jalonnés ce travail. Je vous eeieàsieetàpouàoteàaideàetàosàoetaiesàuià’otà permis de voir mon travail sous un autre angle. Je remercie également Jean-Marc pour son soutien en tant que tuteur tout au long de cette thèse. Cette thèse aura été pour moi une belle avetueàauàousàdeàlauelleàj’aiàoetàappis,à dsappis,àigol,àl,àpiol,àoag…àgadis ?àEàsoe,ààaesàd’ueàitesitàfoidaleàuià ’auaietà asoluetà pasà euà laà eà saeuà sasà toutesà lesà pesoesà uià ’otà etoue,à soutenue et enouage.àIlàeàesteàdoààlesàeeie… J’aiàeuàl’hoeuàetàleàpiilge ! Ne lésinons pas sur les mots !) de ne pas avoir un mais trois encadrants qui ont bien voulu travailler avec moi : Sylvain Fournet, Eric Petit et Jean-François Arnaud. Malgré la distance et les emplois du temps chargés, cette association a toujours bien fonctionnée. “asàdouteàaàesàtoisàlasasàotàtoujousàeuàleàoàgoûtàd’teààpeuàpsàd’aodà sur la direction que devait prendre ce projet et la délicatesse de me pardonner ma préférence pour le vin vis-à-isàdeàlaàie…à Sylvain,à eià deà ’aoià souteueà auà uotidieà pedatà toutà eà teps.à Meià pouà toà ethousiaseà età toà daiseà ialalesà uià ’otà eotieà à haueà foisà ueà ’taità nécessaire. Merci pour toutesàosàgadesàdisussiosààœuàouetàsuàtoutàetà’ipoteàuoi,àuià ’otàsouetàpeisàd’aaeàdasàaàfleio.àMeiàaussiàpouàtaàgosit.àTesàalusàofàtheà week, tes bouquins ou encore tes filmographies françaises ont été une véritable source de découvertes inattendues (et parfois même intéressantes !). Eric,à eià d’aoià aeptà deà ’eade,àalosàueàjeàeàsaaisàpatiueetàieàdeàlaàgtiueàdesàpopulatiosàauàdutàdeà etteàthse.àMeiàd’aoiàtoujousàpodu,àsasàteàoueài t’agae,ààtoutesàlesàuestiosàplusà ouàoisàitessatesàueàj’aiàpuàteàposeàouàteàeposeàduatàesààaes.àMeiàaussiàpouàtaà gadeà dispoiilit,à toà huouà doutatà età toà soutieà uià eà ’otà jaaisà faità dfaut.à Meià galeetàdeà’aoiàencouragée à aller plus loin, au figuré comme au sens propre : sans cela, je ne serais sans doute pas allée à New York. Jeff, merci pour tes boutades, tes descentes éclairs sur Reesàpouàfaieàleàpoitàetà’eseigeàlesàasesàdeàlaàgtàdesàpops.àMei pour ton éternelle oeàhueuàeàuadàjeàallaisàueàuioàsupeàtôtàleàati,àesàh…àetàpouà’aoià eeeàoieàdesàeesààhàdeàl’apeàaàilàfautàfaieàdesàpausesàdeàtepsàeàteps !). Merci pour ton accueil lors de mes 2 séjours lillois.àEtàsutoutàeiàdeà’aoiàfaitàofiaeàetàdeà’aoià laissàsuieàetaiesàdisios,àeàsiàtuà’taisàpasàtoujousàd’aodàetàue,àsouet,àtuàaaisà fialeetàaiso…. Ceà taailà ’auaità galeetà pasà tà eà u’ilà està sasà leà taailà onsidérable fournit par les stagiaires qui ont travaillés sur ce projet. Je remercie donc chaleureusement Eric Olivier dont la oeàhueuàaàaietàgaàlesàloguesàsaesàd’etatioàdeàkstes.àMeiàgaleetàPierre- Loup Jan, qui a finalement accompagàeàpojetàpedatàpesueààois,àetàdotàl’effiaitàetàlaà rigueur aura permis de boucler complètement toute une partie de mon travail de thèse. On en voit le outàfialeetàdeàtoutàça,àdoàilàeàesteàplusàu’aàteàsouhaiteàoeàhaeàpouàtaàthèse qui commence. Jeàeeieàgaleetàtouteàl’uipeàdeàl’aieeàNatoàuià’aàappotàleuàsoutieàtatà logistiueàu’huaiàauàousàdeàesàtoisàaes.àEric (Grenier) pour ton attention et ta curiosité au cours de ces trois dernières années. Josselin,àeiàdeà’aoiàpeisàdeàpatiipeààtoàpojetàsur les déficits en hétérozygotes, de me laisser mettre ton papier dans cette thèse et pour toutes les disussios,àsietifiuesàouàoàu’oàaàpuàaoi.àDidier, Lionel,àeiàdeà’aoiàappisàles bases du billard et pour votre sympathie tout au long de cette thèse ! Sylvie, Catherine, Marie-Christine, eià deà ’aoià appisà à eoaiteà uà kste,à à pheà desà laesà età à lesà gotpe,à età ei,à toujours dans la bonne humeur !àMeiàgaleetàd’aoiàtoujousàpodueàpsetesàuadàj’aiàeuà esoiàd’uàoupàdeàaiàdasàesàaips :àlesàfilles,à’estàsasàdoutesàgeààousàueàetteàthseà ’aàpasàduààas ! Magali, Claudia, merci pour la gentillesse dont vous avez fait preuve à mon égard. Je ’oulieàpasàoàplusàlesàaiesàetàlesàpetitsàoueauàdeàl’uipe.àMeiààNico, pour la bonne humeur et les blagounettes. Merci à Delphine pouàeàsuieàdasàesàdliesàetà’outeà leà sasà s’agae depuisà u’elleà està aà oloà deà ueau!à Jeà ’oulie pas non plus notre petit nouveau : merci pour ta bonne humeur, Nathan (et ta patience : promis, je libère mon bureau dès que possible !!). Jeàeeieàgaleetàtoutesàlesàpesoesàdeàl’UMRàIGEPPàueàj’aiàpuàeoteàaatàetàauà cours de cette thèse, qui ont rendu mon séjour dans ce laboratoire encore plus sympathique. Je pense notamment à Géraldine Blondel et Patricia Nadan,àdotàj’aiàpatiulieetàappiàlaàjoieà deàieàetàlaàopagie.àIlààaàgaleetàl’eàuipeàRhizoàuià’aaitàaueillie durant mon stage de M2 et qui est régulièrement venue prendre des nouvelles. Merci à Stéphanie (Daval), Lionel, Anne-Yvonne (Mamie !!), Kévin, Magali, Alain et Christophe pour votre soutien, votre bonne humeur et tous les papotages autour des cafés ou dans un coin de couloir ! J’adesseàgaleetàesàplusàifsàeeieetsààtouteàl’uipeàd’aiatioàsietifiueàdeà l’uit,àAnne-Sophie, Sophie, Isabelle, Claudine, Karima, Vanessa etàtousàlesàautes,ààaeàuiàj’aià beaucoup aimé travailler. Je remercie aussi Maxime Hervé, avec qui il a été particulièrement sympa d’ogaiseàlaàJDDà. Merci àtouteàl’uipeàBMàetàeàpatiulieààNathalie, Stéphanie (Morlière) et Frédérique pour leurs conseils lors de certaines de mes manips et la gestion des déboires de Genemapper. Je remercie aussi Didier Andrivon pour les nombreuses discussions que nous avons pu avoir sur leàodeàdeàlaàehehe.àJ’eàpofiteàgaleetàpouàeeieàlesàaiesàduàpotakai,àuiàsotà patis,àetàpafoisàdjàeeusàaeàuiàj’aiàpassé de très bons moments : Julie Clément,àpouà’aoià otàu’ueàthse,à’estàiteseàaisàpasàsiàteileàueàça ; Benjamin, Melen, Angélique, Emilie (Huchet), Romain, Frédéric (Boulard), Pascaline, Gersendre, Amélie et Gabriele. Je salue également tousàlesàautes,àoeu,àueàjeà’aiàpasàits,àaisàueàj’aiàpuàôtoeàdasà l’UMRàetàaeàuiàj’aiàpisàplaisiààhage. Je remercie également Yvan Lebras deàl’INRIáà pouàsoà aideà pieuseà età sesà oseilsà aissà losu’ilàaàfallutàueàjeà’attaueàauàtaiteetàioifoatiueàdeàesàdoes.àMeiàd’aoiàpisà leà tepsà deà ’aide,à alosà ueà jeà eà touaisà à kà deà Rees.à J’eà pofiteà pouà eeieà également Armel Salmon et surtout Julien Boutte deàl’UMRàEoioàpouàleuàaideàdasàleàtaiteet de mon jeu de données. áuàousàdeà etteàthse,àj’aiàpassààoisàdasàl’eà GEPVàdeàLille.àJeàeeieàl’eseleàdeà l’uipeàpouàleuàaueilàetàleuàspathieàpedatàeàsjou.àJeàeeieàeàpatiulieàCécile Godé pour son aide inestimable pour le génotypage et le séquençage des échantillons de betteraves. Merci également, à Eric Schmitt, Sylvain Billiard et Pierre Somitou-Laprade pour leur gentillesse et leur spathie.àJ’eàpofiteàpouàdieàuàgadàeiààDiala Abu Awad pour les soirées, la vodka et les bonnes tranches de rigolade !àBoeàotiuatio,àj’espeàu’oàauaàl’oasioàdeàseàeoise ! J’aiàgaleetàeuàlaàhaeàdeàpasseààoisàdas le labo de Mike Hickerson au City College de New York. Thank you Mike, for welcoming me like I was one of your students. Thank you also for your help in the analysis and for all the good times spent on the road to Raleigh. Thank you to all the guys of the Hickerlab: Stephen, Alexander, JT, Terrence and Terry for their help and their kindness. I also want to especially thank Diego, Mariano, Maria, Peter, Robert, Jason, Yvan, Ana and all others. Thank you for your warmness and for all the lovely moments we spent together within and outside NYC.àBeauseàofàou,àIàI’llàpoalàeeàsee the World Cup in the same way! Jeàeeieàgaleetàtousàlesàdotoatsàdeàl’IGEPPàetàd’ailleusàaeàuiàj’aiàpuàpatageàdeà bons moments et/ou un certain nombre de soirées : Pascal, Clément, Katja, Séverine, Guillaume, Aurore, Berline, Alexia, Erell, Anne-Sophie, Lisa, Maxime, Tiphaine, Xavier, Sarah, Flore, Bastien, Grégoire etàtousàlesàautesàueàj’oulie.àBoàouageàpouàlaàfiàdeàosàthsesàetàoeàotiuatioà pour ceux qui ont déjà soutenus. Je remercie également Stefaniya pour tous les échanges de ragots iutilesà età autesà oesatiosà uà peuà lgesà u’oà aà puà aoi,à justeà pouà