Conservation de deux mégachiroptères des Comores, une approche multidisciplinaire et intégrative Mohamed Thani Ibouroi To cite this version: Mohamed Thani Ibouroi. Conservation de deux mégachiroptères des Comores, une approche mul- tidisciplinaire et intégrative. Biodiversité et Ecologie. AgroParisTech, 2017. Français. NNT : 2017AGPT0014. tel-02434327v2 HAL Id: tel-02434327 https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-02434327v2 Submitted on 15 Jul 2020 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. THÈSE POUR OBTENIR LE GRADE DE DOCTEUR DE L’INSTITUT DES SCIENCES ET INDUSTRIES DU VIVANT ET DE L’ENVIRONNEMENT-AGROPARISTECH N° 2017AGPT0014 En Ecologie et Biodiversité Ecole doctorale GAIA-Biodiversité, Ecologie, Agriculture, Alimentaire, Environnement, Terre, Eau-N°584 Portée par l’Université de Montpellier Unité de recherche Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (UMR 5175 - CNRS) Conservation de deux mégachiroptères des Comores, une approche multidisciplinaire et intégrative Présentée par Mohamed Thani IBOUROI Le 23 Novembre 2017 Sous la Direction de Claude MIAUD et Aurélien BESNARD Devant le jury composé de : Claude MIAUD, Directeur d’Etude, EPHE Directeur de thèse Aurélien BESNARD, Maître de Conférences, EPHE Co-Directeur de thèse Éric PETIT, Directeur de Recherche, INRA Rapporteur Emmanuelle CAM, Professeur, Université Toulouse 3, Paul Sabatier Rapporteur Anne-Caroline PREVOT, Directeur de Recherche, CNRS Examinateur Olivier GIMENEZ, Directeur de Recherche, CNRS Président du jury 1 Table des matières Table des matières .................................................................................................................................. ix RESUME ........................................................................................................... Erreur ! Signet non défini. ABSTRACT ........................................................................................................ Erreur ! Signet non défini. REMERCIEMENTS ................................................................................................................................. xvii Chapitre 1 ................................................................................................................................................ 1 INTRODUCTION GENERALE ..................................................................................................................... 1 1-Biodiversité et services écosystémiques .......................................................................................... 2 2-Qu’est-ce que favorise un écosystème complexe dans le service écosystémique .......................... 4 3- Sixième masse d’extinction des espèces et causes anthropiques de la perte de biodiversité ....... 5 4-Théorie de McArthur et espèces insulaires ..................................................................................... 6 5- Les chauves-souris ........................................................................................................................... 9 5.1- Les chauves-souris et leur importance pour l’humanité .......................................................... 9 5.2- Les renards volants, un groupe de Yinpterochiroptera particulièrement menacé ................ 11 6- L’archipel des Comores ................................................................................................................. 14 6.1- Situation administrative des Comores ................................................................................... 16 6.2- Quatre îles «vraies» océaniques isolées les unes des autres ................................................. 16 6.3- Pertes directes et fragmentation des habitats en archipel des Comores .............................. 23 6.4- Aux Comores, une flore et une faune hautement diversifiée ................................................ 25 6.5- Les chauves-souris des Comores ............................................................................................ 25 6.6- Les renards volants des Comores ........................................................................................... 26 6.7- Enjeux de conservation .......................................................................................................... 31 7- Objectifs scientifiques de la thèse................................................................................................. 32 8- Méthodes d’étude sur le terrain ................................................................................................... 37 8.1- Quelques méthodes adoptées pour la collecte des données de terrain ............................... 37 8.1.5-Approches sociales pour évaluer l’effet de l’utilisation des ressources naturelles sur la perte des habitats (manuscrit 5). .................................................................................................. 43 ix BIBLIOGRAPHIE ..................................................................................................................................... 49 Chapitre 2 .............................................................................................................................................. 57 2-Une analyse multi-échelle de la sélection de l’habitat chez deux mégachiroptères sympatriques révèle le besoin urgent d’une stratégie de conservation.................................................................. 57 Contexte ............................................................................................................................................ 58 Matériels et Méthodes ...................................................................................................................... 59 Résultats principaux .......................................................................................................................... 59 A habitat suitability analysis at multi-spatial scale of two sympatric flying fox species reveals the urgent need for conservation action ................................................................................................. 61 1-ABSTRACT ....................................................................................................................................... 62 2- INTRODUCTION ............................................................................................................................. 63 3- MATERIALS AND METHODS .......................................................................................................... 65 3.1- Study area .............................................................................................................................. 65 3.2- Data collection........................................................................................................................ 65 3.2.1-Roosting counts .................................................................................................................... 66 3.2.2-Ecological niche modeling at a broad scale ......................................................................... 66 3.3-Statistical analysis ................................................................................................................... 67 4- RESULTS ......................................................................................................................................... 70 4.1- Pteropus s. comorensis ........................................................................................................... 70 4.2- Pteropus livingstonii ............................................................................................................... 76 6- DISCUSSION ................................................................................................................................... 80 6.1- Pteropus s. comorensis ........................................................................................................... 80 6.2- Pteropus livingstonii ............................................................................................................... 81 7- MANAGEMENT IMPLICATIONS ..................................................................................................... 85 Acknowledgments ............................................................................................................................. 86 LITERATURE CITED ............................................................................................................................. 87 Chapitre 3 .............................................................................................................................................. 91 3-Variabilité génétique des Populations du genre Pteropus dans l’archipel des Comores .............. 91 x 3.1-L'échantillonnage génétique non invasif chez deux chauves-souris frugivores permet d’obtenir un taux de génotypage élevé et un taux d'erreurs faible lors de l'amplification de l’ADN. ............................................................................................................................................