Potentiels piscicoles, ressources halieutiques et qualité du Doubs entre Fraisans et Dole uisse Etude réalisée par TELEOS-Suisse pour et avec l’appui logistique et technique de DEGIORGI François (rapporteur) PARIS Jonathan La Fédération des AAPPMA du Jura GOGUILLY Michael DECOURCIERE Hervé L’APPMA la Gaule du Bas-Jura PERIAT Guy TOURREAU Gregory L’APPMA FRD Février 2013 2 Sommaire Introduction : contexte et problématique............................................................................ 4 Potentiel et altérations du Doubs...................................................................................................... 4 La problématique du partage des ressources halieutiques ..................................................... 6 Objectifs et articulation de l’étude.................................................................................................... 7 1. Contenu et modalités de l’étude : milieux et méthodes............................................... 8 Domaine géographique et dispositif d’étude spatial.................................................................. 8 Crible phénoménologique .................................................................................................................10 Investigations ichtyologiques...........................................................................................................10 Mesure physiques et physico-chimiques conjointes ................................................................11 2. Structure et dynamique des peuplements piscicoles ................................................12 Méthode de diagnose des peuplements piscicoles....................................................................12 Protocole d’échantillonnage ...........................................................................................................................12 Codage des données ...........................................................................................................................................14 Principe d’interprétation à l’aide de la biotypologie............................................................................15 Modalités d’échantillonnage du Doubs navigable jurassien.............................................................16 Résultats des inventaires ichtyologiques.....................................................................................18 Éléments de typologie .......................................................................................................................................18 Composition qualitative des peuplements...............................................................................................20 Rendements de captures..................................................................................................................................23 Structures et organisation spatiale des peuplements..............................................................26 Structures stationnelles....................................................................................................................................26 Répartition spatiale des captures.................................................................................................................28 Structure et répartition des populations ..................................................................................................33 Synthèse sur l’état des peuplements...........................................................................................................39 3. Relations entre qualité du Doubs et potentiel piscicole ...........................................44 Qualité des mosaïques d’habitat à l’échelle stationnelle ........................................................45 Mise en œuvre de l’Indice d’Attractivité Morphodynamique...........................................................45 Caractérisation des mosaïques d’habitat ..................................................................................................47 Évaluation des capacités biogènes liées à l’habitat aquatique ........................................................49 Qualité de la mosaïque des biotopes à l’échelle du tronçon. .................................................51 Méthode des tronçons : mise en œuvre sur le Doubs..........................................................................51 Application aux 6 unités hydrauliques jalonnant le Doubs...............................................................53 Bilan et causes des altérations de la qualité physique du Doubs ...................................................63 3 Aperçu sur le degré de contamination chimique du Doubs ...................................................73 Recherche de contaminants dans les poissons.......................................................................................73 Taux de PCB dans la chair de 4 espèces de poisson du Doubs ........................................................74 Taux d’ETM dans la chair de 4 espèces de poisson du Doubs..........................................................75 Suivi de la qualité de l’eau et des sédiments............................................................................................76 Bilan d’étape sur la qualité du Doubs entre Fraisans et Dole................................................76 4. Restauration des potentiels piscicoles ...........................................................................77 Stratégies de restauration de la qualité physique.....................................................................77 Principes et modalités de restauration......................................................................................................77 Restauration des mortes ..................................................................................................................................78 Restauration des affluents...............................................................................................................................81 Amélioration de la connectivité latérale : décaissage des berges ..................................................82 Restauration de la connectivité longitudinale.......................................................................................84 Amélioration de la qualité des mosaïques d’habitats aquatiques..................................................86 Gestion de la ripisylve .......................................................................................................................................88 Déclinaison sur les 6 tronçons étudiés..........................................................................................90 Tronçon A : entre Fraisans et Rans..............................................................................................................90 Tronçon B: la Boucle d’Etrépigney...............................................................................................................92 Tronçon C : l’amont d’Orchamps ..................................................................................................................93 Tronçon D : l’aval d’Orchamps jusqu’à Audelange................................................................................96 Tronçon E : d’Audelange à Rochefort sur Nénon...................................................................................98 Tronçon F : de Rochefort à l’amont de Dole......................................................................................... 100 Amélioration de la gestion halieutique......................................................................................103 Amélioration des suivis de capture .......................................................................................................... 103 Augmentation de la taille de capture pour le brochet et le sandre............................................. 104 Répartition de la pression de pêche professionnelle........................................................................ 105 Valorisation de la ressource « silure »..................................................................................................... 105 Synthèse, conclusions et perspectives.............................................................................. 107 Synoptique sur l’état des potentiels piscicoles........................................................................107 Causes d’altération et propositions de restauration .............................................................108 Pré-chiffrage des actions de restauration .................................................................................109 Bibliographie citée et utilisée.............................................................................................. 110 Liste des annexes (en fascicules séparés) ....................................................................... 113 4 Potentiels piscicoles, ressources halieutiques et qualité du Doubs entre Fraisans et Dole Évaluation de la structure quantitative et de l’organisation spatiale de l’ichtyofaune du Doubs entre Fraisans et Dole en 2011, en relation avec ses variations de qualité pour servir de base à un système de gestion rationnelle de la ressource piscicole Introduction : contexte et problématique Potentiel et altérations du Doubs Dans sa partie basale, le Doubs arrose le département du Jura sur plusieurs dizaines de kilomètres. Entre Fraisans et Dole, cette large rivière calcaire à faible pente, originellement méandriforme,