C S A S S C C S Canadian Science Advisory Secretariat Secrétariat canadien de consultation scientifique Research Document 2002/085 Document de recherche 2002/085 Not to be cited without Ne pas citer sans permission of the authors * autorisation des auteurs * A discussion paper on possible new Document de travail sur les nouveaux stock groupings (Conservation Units) agrégats possibles de stocks (unités de for Fraser River chinook salmon conservation) pour le saumon quinnat du Fraser J. R. Candy1, J. R. Irvine1, C. K. Parken1, S. L. Lemke2, R. E. Bailey2, M. Wetklo1 and K. Jonsen1 1 Fisheries and Oceans Canada Science Branch, Pacific Biological Station Nanaimo, B.C. V9T 6N7 2Fisheries and Oceans Canada B.C. Interior, Resource Management 1278 Dalhousie Drive, Kamloops, B.C. V2B 6G3 * This series documents the scientific basis for the * La présente série documente les bases scientifiques evaluation of fisheries resources in Canada. As such, des évaluations des ressources halieutiques du Canada. it addresses the issues of the day in the time frames Elle traite des problèmes courants selon les échéanciers required and the documents it contains are not dictés. Les documents qu’elle contient ne doivent pas intended as definitive statements on the subjects être considérés comme des énoncés définitifs sur les addressed but rather as progress reports on ongoing sujets traités, mais plutôt comme des rapports d’étape investigations. sur les études en cours. Research documents are produced in the official Les documents de recherche sont publiés dans la language in which they are provided to the langue officielle utilisée dans le manuscrit envoyé au Secretariat. Secrétariat. This document is available on the Internet at: Ce document est disponible sur l’Internet à: http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas/ ISSN 1480-4883 © Her Majesty the Queen in Right of Canada, 2002 © Sa majesté la Reine, Chef du Canada, 2002 ABSTRACT Implementation of the Pacific Wild Salmon Policy (WSP) will require the identification of stock groupings called Conservation Units (CUs) for all species of Pacific Salmon. To generate discussion on the methodology under development to identify CUs, we present several possible hierarchies for Fraser River chinook salmon, each hierarchy with a range of possible CUs. A review of genetic and non-genetic evidence leads us to identify five or possibly six groups that are substantially isolated from each other, and represent important components in the evolutionary legacy of chinook. Non-Fraser chinook salmon need to be considered before we decide whether these groups (upper-mid Fraser/North Thompson, South Thompson, lower Thompson, lower Fraser spring reds, lower Fraser fall whites, and possibly lower Fraser summer reds) warrant designation as Evolutionarily Significant Units. These groups constitute the first possible tier in several possible CU hierarchies. We further divide these groups according to productivity, marine catch distribution, return timing to freshwater and terminal fisheries management requirements. Since management targets will need to be established for each CU, annual management and assessment costs will be higher when more CUs are identified. However, with more CUs there may be additional fishing opportunities, and therefore these additional costs may be more than paid for. Before we can finalise the number and size of CUs for Fraser chinook we need to better articulate management objectives and consider the potential economic and social costs and benefits of various options. RÉSUMÉ La mise en oeuvre de la Politique concernant le saumon sauvage (PSS) de la Région du Pacifique nécessitera l’identification d’agrégats de stocks appelés unités de conservation (UC) pour toutes les espèces de saumon du Pacifique. Pour favoriser la discussion sur les méthodes en voie d’être élaborées pour identifier les UC, nous présentons plusieurs hiérarchies possibles pour le saumon quinnat du Fraser, chaque hiérarchie étant composée d’une gamme d’UC possibles. D’après un examen de données génétiques et autres, nous avons identifié cinq et peut-être six groupes sensiblement isolés l’un de l’autre, représentant d’importantes composantes issues de l’évolution du quinnat. Nous devons prendre en considération le quinnat des autres bassins avant de décider si ces groupes (cours moyen et supérieur du Fraser/rivière Thompson Nord, rivière Thompson Sud, cours inférieur de la Thompson, rouges de printemps du bas Fraser, blancs d’automne du bas Fraser, et peut-être rouges d’été du bas Fraser) doivent être désignés comme des unités évolutionnaires significatives. Ces groupes constituent le premier niveau possible de plusieurs hiérarchies d’UC possibles. Nous sous-divisons ensuite ces groupes selon la productivité, la distribution des prises en mer, le moment de la remonte vers les eaux douces et les impératifs de gestion des pêches en estuaire. Étant donné que des objectifs de gestion devront être établis pour chaque UC, les coûts annuels de gestion et d’évaluation seront plus élevés lorsque d’autres UC seront identifiées. Par contre, un plus grand nombre d’UC pourrait permettre d’offrir un plus grand nombre de possibilités de pêche, ce qui permettra de couvrir l’ensemble des coûts additionnels. Avant de pouvoir finaliser le nombre et la taille des UC pour le quinnat du Fraser, nous devons formuler plus clairement les objectifs de gestion et considérer les coûts économiques et sociaux potentiels des diverses options. 2 TABLE OF CONTENTS ABSTRACT.......................................................................................................................................................................................2 RÉSUMÉ............................................................................................................................................................................................2 1. Introduction..................................................................................................................................................................................7 1.1 Glacial History and Colonization...................................................................................................................................8 1.2 Previous Genetic Studies on Fraser Chinook...............................................................................................................9 2. Data Sources ..............................................................................................................................................................................10 2.1 Genetic Sampling............................................................................................................................................................10 2.2 Physical and Biological Information ...........................................................................................................................10 2.3 Marine Coded-Wire Tag Recoveries ...........................................................................................................................11 3. Genetic Analysis ........................................................................................................................................................................11 3.1 Population Structure .......................................................................................................................................................11 3.2 Genetic Mixed Stock Analysis .....................................................................................................................................12 4. Hierarchical Classification Approach....................................................................................................................................12 5. Determination of Provisional ESUs .......................................................................................................................................14 5.1 Indices of Genetic Diversity..........................................................................................................................................14 5.2 Genetic (msDNA) Evidence of Reproductive Isolation...........................................................................................14 5.3 Non-genetic Evidence of Isolation...............................................................................................................................16 5.4 Evolutionary Significance .............................................................................................................................................17 5.5 Provisional ESUs ............................................................................................................................................................18 6. Manageability.............................................................................................................................................................................19 6.1 Productivity......................................................................................................................................................................19 6.2 Marine Catch Distributions...........................................................................................................................................20 6.3 Lower River Run Timing...............................................................................................................................................21 6.4 Terminal Fisheries