THÈSE / UNIVERSITÉ DE BRETAGNE OCCIDENTALE présentée par (France) sous le sceau de l’Université européenne de Bretagne Jean -Luc Aboya MOROH Laboratoire Universitaire de Biodiversité et UNIVERSITE FELIX HOUPHOUET BOIGNY d'Ecologie Microbienne (France) (Côte d'Ivoire) pour obtenir le titre de Laboratoire de Pharmacodynamie DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE BRETAGNE OCCIDENTALE ET DOCTEUR DE L'UNIVERSITÉ FELIX HOUPHOUET-BOIGNY Biochimique (Côte d'Ivoire) Mention : Microbiologie - Biochimie École Doctorale SICMA Thèse soutenue le 25 Septembre 2013 Résistance bactérienne et devant le jury composé de : M Ali Al-MOURABIT, Directeur de recherche phytomolécules CNRS GIF -SUR-YVETTE ; France : Rapporteur Mme Marina KOUSSÉMON-CAMARA, Maître de conférences antimicrobiennes issues Univ. Nangui Abrogoua.; Côte d'Ivoire : Rapporteur M Yannick Fleury, Maître de conférences de Morinda morindoides Univ. de Bretagne Occidentale, Fran ce: Examinateur M Joseph A. DJAMAN, Professeur Univ. Félix Houphouet -Boigny, Côte d'Ivoire: Examinateur M Roger LABIA, Directeur de recherche CNRS, France: Invité M Ivan LEGUERINEL, Professeur Univ. de Bretagne Occidentale, France: Directeur de Thèse M Adama COULIBALY, Maître de conférences Univ.Félix Houphouet -Boigny, Côte d'Ivoire: Directeur de Thèse « Sur le torrent, sur ses bords, de chaque côté, pousseront toutes sortes d’arbres fruitiers. Leur feuillage ne se flétrira pas, et leurs fruits ne s’épuiseront pas, ils donneront des primeurs tous les mois, parce que ses eaux sortiront du sanctuaire. Leurs fruits serviront de nourriture et leurs feuilles de remède. » i EZECHIEL 47 : 12 A la mémoire de Dame Yhéré Sagbosso & Dame N’Dri Akissi Dame Sangbosso Odile & Assokoly François Kouakou René Assokoly Abbé Luc Assokoly ii Je dédie cette thèse à Dieu tout puissant le Père, Dieu le Fils et Dieu le Saint Esprit Je la dédie également à mes trois Amours Ma mère Yhéré Philomène ASSOKOLY Mon épouse Schah Marcelle ACHI Ma Fille Yhéré Claire-Eliel MOROH iii Remerciements Au bout des travaux qui ont animés ces trois années de thèse, je ne serai ni la première ou ni la dernière personne à énumérer les valeurs acquises, à savoir, la connaissance, l’adaptation, la collaboration, la découverte etc. J’adresse donc ces remerciements à tous ceux qui y ont contribué. Aux autorités… Je remercie tout d’abord les autorités qui ont œuvré pour la réalisation de ce travail en cotutelle. Il s’agit d’une part de l’état de Côte d’Ivoire par le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique pour l’octroi d’une bourse d’étude dans le cadre de cette thèse. Mes remerciements au Laboratoire Universit aire de Biodiversité et d’Écologie Microbienne (LUBEM) à travers son directeur le Professeur Georges BARBIER et le Professeur Ivan LEGUERINEL qui ont accepté de m’ accueillir dans leur laboratoire. Mes remerciements vont également au laboratoire de Pharmacodynamie Biochimique (LPB) de l’Université Félix Houphouët -Boigny et tout particulièrement à son Directeur, le Professeur Joseph DJAMA, pour m’avoir permis de réaliser cette entreprise à priori délicate. Mes remerciements au Laboratoire Central du CHU de Treichville et à son Directeur le Professeur Vincent EDOH qui a mis à ma disposition les donnés microbiologiques relatives aux ECBU pour la période 2000-2011. Aux différents Maîtres… Un sage africain disait « la connaissance est la seu le chose qu’on peut donner sans pouvoir la reprendre ». Je remercie donc toutes ces personnes qui ont bien voulu me donner la connaissance car donner sans pouvoir reprendre, nécessite une certaine confiance en celui à qui l’on donne . Je remercie mes deux directeurs de thèse, le Professeur Ivan LEGUERINEL pour tous ses apports et soutient tant sur le plan administratif, académique, organisationnel et aussi relationnel ; le Professeur Adama COULIBALY pour toutes les motivations qu’il m’a apportées avant la thèse, ses iv encouragements continus tout au long de la thèse, ses appuis et soutiens administratifs, académiques et ses attentions. Mes remerciements distingués et toute ma gratitude au Professeur Roger LABIA, un M aître qui m’a accordé sa disponibilité , et qui m’a permis d’admirer son sens d’observation, d’écoute, son attention et sa paternité. Vous avez été une pierre angulaire dans la réalisation de ce travail. Chaque moment passé avec vous sur les paillasses du laboratoire, dans votre bureau, en réunion, au téléphone, lors des déplacements Quimper-Brest ou Quimper-Rennes pour les analyses de caractérisation, fut très instructif car vos conversations et vos conseils d’homme de science expérimenté me resteront à jamais instructif. Je repars content d’avoir été l’un de vos disciples . Mes remerciements à Yannick FLEURY pour la disponibilité, l’énergie, les appuis techniques que tu m’as consacré tout au long de la thèse. Je te remercie d’avoir partagé cette aventure avec moi. Au Docteur Calixte BAHI qui m’a initié à la recherche et qui continue à être un guide par ses conseils avisés, ses encouragements et aussi pour toute sa confiance à mon endroit. Je remercie tous les membres du laboratoire de pharmacodynamie biochimique, le Pr Jean-David N’GUESSAN, le Dr Mathieu KRA, le Dr Bernard DJYH …, également pour leurs soutient et encouragements Mes remerciements à tous les membres du LUBEM, de l’IUT Quimper, du CHU de Treichville, du CRMPO de l’université de Rennes 1, du service RMN de la plate-forme de l’UBO qui n’ont pas hésité à partager a vec moi leur savoir-faire. Toute ma considération à Patrick LECHEVALIER, à Docteur Honoré TIA, Gaelle SIMON, Lambert FABIAM ainsi qu’à Boris LINARD sans omettre les aides précieuses d’Anne LEVANT, d’Estelle BELLANGER et celles de Marie Hélène. A tous ceux qui ont facilité mon intégration et adaptation… Je me souviens aussi que le même sage africain disait que « c’est la multi- coloration du tapis qui fait sa beauté »., Il était certain que faire ma thèse en France m’amènerait à découvrir beaucoup de choses qui m’étaient étrangères, différentes. A travers ce proverbe, j’ai compris que les différences ne pouvaient que contribuer à la beauté de cette aventure si j’arrivais à v m’adapter. Je tiens donc à remercier tous ceux qui ont énormément contribué à mon intégration et adaptation en France, en Bretagne. Remerciements tout d’abord à mon cousin Samuel BLIMOLI, qui m’a énormément guidé sur le vieux continent. Son soutien sans faille a été d’un grand secours pour moi. Des remerciements aussi à Karine LASNIER pour toute ta sollicitude à mon égard pendant ce séjour en France. Je tiens à remercier mon premier voisin de bureau, Olivier Couver. Je dirai que mon intégration dans le laboratoire, à Quimper et en Bretagne, est passée par toi. Je te remercie pour toutes tes actions, éloigné mes solitudes et mes déprimes (le chauffage excessif du bureau, ton invitation aux cours de plongé, les concerts à Bénodet sans oublier toutes les activités du café des spores sous ton initiative). Remerciements à Louis CORROLER pour les temps de partage et d’échange qu’il m’a accordé. Tes conseils m’ont toujours été d’une grande utilité. Remerciements à Patrick LECHEVALIER. En plus des techniques de biologie moléculaire que tu m’as inculquées, tu m’as également appris à respirer sous l’eau. J’ai beaucoup aimé avoir ce savoir -faire. Je remercie également BILLY pour toutes les réparations effectuées au laboratoire (HPLC, étuve, hotte, Beck…). Remerciements également à Benjamin BRILLER pour sa sympathie et les moments de convivialité. J’aimerais être naturel lorsque j’improvise, être naturel comme Dr BARIL arrive à le faire. Je remercie chaleureusement mon amie Eugénie BARIL. J’ai beaucoup aimé tes talents pour mettre de la bonne humeur et de la convivialité. Je te remercie pour tous ces apéros que tu initiais chez toi après les journées de labo (ou bien dirai-je après tes journées de dénombrement, de matlab, de Z t ou Z ph ). Merci également pour ta disponibilité et tes conseils. Je remercie mes deux collègues de thèse, Florie et Noémie DESRIAC. On retiendra ensemble qu’une thèse commence avec 400% de motivation, n’est - ce pas ? Actuellement je ne sais à combien j’en suis mais assez suffisante pour vous remercier pour ces temps qu’on a eu à partager au laboratoire et même pour certaines habitudes bretonne que j’ai reçu de vous !!! Je garderai en souvenir tous les quotidiens du labo avec vous. vi J’adresse mes remerciements et encouragements à autres collègues de thèse notamment Narjess MTIMET, Clément T, Clément O et Philomène KOKORA. Des remerciements pour tout ce que nous avons pu partager déjà et des encouragements pour garder le cap. Je profite aussi de cette page pour remercier tous les stagiaires qui sont passés au laboratoire pendant ma thèse. Tout soutien… Enfin je remercie toutes les person nes qui m’ont accordé leur soutient de près ou de loin tout au long de cette thèse. Je remercie mon père Maxim KASSI et ma mère Yhéré Philomène pour leurs prières, encouragements et conseils. Remerciements à tous mes frères et sœurs Arvers, Charlotte, Élia ne, Laetitia, Isaac, Géneviève et Luc pour leurs actions dans la famille pendant mon absence. Je remercie la sœur Clémentine TOGOLA pour son aide précieuse, pour son écoute, ses conseils et ses prières. Mes remerciements vont aussi à l’endroit de : · M KONAN Kouassi Lambert, PCA du Conseil Café et Cacao de Côte d’Ivoire pour ses conseils et ses orientations très avisés · M N’DRI Koffi Germain, M BLE Maurice, M ATTO Nangui Narcisse pour tous leurs soutiens reçus A tous mes oncles François, Léon, Télesfor et me s tantes, Sœur Généviève, Sœur Véronique, Aussi à tous mes amis, scouts de Côte d’Ivoire comme scouts de Quimper dont les messages d’encouragement ne m’ont pas laissé indifférents, Jean - Claude DAHOINDJI, Bernard AKA, Didier et toute la famille DIETLIN, Le Père Jean-Paul ANOH, Moïse ASSOMOU, Aya Clarisse KONAN, Joseph ONADJA, OYOUROU Arnaud la Famille MONOYEUR, la famille KEVRAN, LASNIER… A Schah Marcelle ACHI, je te dis un grand merci pour l’ énergie déployée en mon absence pour prendre soin de notre fille Claire-Eliel et aussi pour ta présence marquée auprès de mes parents.