Etude de l’implication de l’azote dans le débourrement des bourgeons et l’allongement des axes qui en sont issus chez Rosa hybrida Marie-Anne Le Moigne To cite this version: Marie-Anne Le Moigne. Etude de l’implication de l’azote dans le débourrement des bourgeons et l’allongement des axes qui en sont issus chez Rosa hybrida. Sciences agricoles. Université d’Angers, 2018. Français. NNT : 2018ANGE0012. tel-02047903v2 HAL Id: tel-02047903 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02047903v2 Submitted on 27 Feb 2019 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. 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Marie-Anne LE MOIGNE Mémoire présenté en vue de l’obtention du grade de Docteur de l'Université d'Angers sous le sceau de l’Université Bretagne Loire École doctorale : VENAM, Université d’Angers Discipline : 66/68 Spécialité : physiologie végétale Unité de recherche : Institut de Recherche en Horticulture et Semences Soutenue le 03/04/2018 Thèse N° : 118522 Étude de l’implication de l’azote dans le débourrement des bourgeons et l’allongement des axes qui en sont issus chez Rosa hybrida JURY Rapporteurs : Patricia Roeckel-Drevet, Professeure, équipe FOLEAU de l’UMR PIAF de Clermont-Ferrand Philippe Étienne, Maître de conférences, équipe INCCA de l’UMR EVA de Caen Examinatrice : Marie-P ascale Prud'homme, Professeure, équipe Carbone-Défoliation de l’UMR EVA de Caen Directeur de Thèse : Alain VIAN, Professeur, équipe Arch-E à l’IRHS, Université d’Angers Co-encadrants de Thèse : Jérémy LOTHIER, Maître de conférences, équipe Arch-E à l’IRHS, Université d’Angers Vincent GUÉRIN, Ingénieur de recherche, équipe Arch-E à l’IRHS, Centre INRA des Pays de la Loire Marie-Anne LE MOIGNE Mémoire présenté en vue de l’obtention du grade de Docteur de l'Université d'Angers sous le sceau de l’Université Bretagne Loire École doctorale : VENAM, Université d’Angers Discipline : 66/68 Spécialité : physiologie végétale Unité de recherche : Institut de Recherche en Horticulture et Semences Soutenue le 03/04/2018 Thèse N° : 118522 Étude de l’implication de l’azote dans le débourrement des bourgeons et l’allongement des axes qui en sont issus chez Rosa hybrida JURY Rapporteurs : Patricia Roeckel-Drevet, Professeure, équipe FOLEAU de l’UMR PIAF de Clermont-Ferrand Philippe Étienne, Maître de conférences, équipe INCCA de l’UMR EVA de Caen Examinatrice : Marie-P ascale Prud'homme, Professeure, équipe Carbone-Défoliation de l’UMR EVA de Caen Directeur de Thèse : Alain VIAN, Professeur, équipe Arch-E à l’IRHS, Université d’Angers Co-encadrants de Thèse : Jérémy LOTHIER, Maître de conférences, équipe Arch-E à l’IRHS, Université d’Angers Vincent GUÉRIN, Ingénieur de recherche, équipe Arch-E à l’IRHS, Centre INRA des Pays de la Loire REMERCIEMENTS Je tiens à remercier solennellement l'État français pour avoir financé mon projet de thèse à hauteur d'une bourse ministérielle, ainsi que Jean-Paul Saint André, Président de l'université d'Angers de 2012 à 2016, pour m'avoir attribué cette bourse sur dossier. Merci à tous les membres des équipes administratives de l'Université d'Angers, des écoles doctorales VENAM et EGAAL, et du collège doctoral angevin. Un grand merci à Jean-Pierre Renou, responsable de l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences, ainsi que Soulaiman Sakr et Alain Vian, responsables de l'équipe Arch-E, pour m'avoir fait confiance et accueillie au laboratoire au cours de ces trois ans de thèse, mais aussi au cours de mes stages de troisième année de Licence et de première année de Master qui m'avaient déjà fait prendre goût à la recherche fondamentale. Merci à Philippe Simoneau, Élisabeth Chevreau, Marie-Agnès Jacques et Thomas Guillemette, responsables de la SFR QUASAV, avec qui j'ai aimé échanger lors de l’organisation de la Journée Des Doctorants trois années consécutives. Merci à Patricia Roeckel-Drevet (équipe FOLEAU de l’UMR PIAF de Clermont-Ferrand), Philippe Étienne (équipe INCCA de l’UMR EVA de l’INRA de Caen), et Marie-Pascale Prud'homme (équipe Carbone-Défoliation de l’UMR EVA de l’INRA de Caen), pour avoir accepté d’être membres de mon jury de soutenance et d’évaluer mon travail. Merci également à Annette Morvan-Bertrand (équipe Carbone-Défoliation de l’UMR EVA de l’INRA de Caen), Céline Masclaux-Daubresse (IJPB de l’INRA de Versailles) et Anis Limami (équipe SESaN de l’IRHS) pour votre écoute et vos conseils lors des Comités de Suivi de Thèse. Je remercie chaleureusement Alain Vian, directeur de thèse, sans qui toute cette aventure n'aurait pas été possible. J’étais venue râler dans votre bureau en troisième année de Licence et je suis ressortie avec un stage sur le thème de l'épigénétique. Le caractère, je l'avais déjà bien trempé, mais vous m'avez appris à maîtriser toute cette énergie pour en tirer profit en créant de la connaissance. Vous avez toujours cru en moi et cela m'a poussé à tenir pour m'en montrer digne. Grâce à votre soutien, j'ai pu donner des cours en Licence pendant chacune de mes trois années de thèse dans le cadre du monitorat, ce qui constitue un acquis solide pour mes expériences futures. Vous m'avez encouragée à devenir responsable des doctorants de l'UFR Sciences, de la Commission Recherche et de la SFR QUASAV pendant trois ans, ce qui m'a donné le temps de comprendre le fonctionnement des institutions et d'agrandir mon réseau. Enfin, merci de m’avoir aidé à préparer mon avenir, présenté des scientifiques extraordinaires et fait découvrir le monde mystérieux du bioélectromagnétisme... Merci à Jérémy Lothier, qui a été mon co-encadrant pendant ces trois ans de thèse. J’ai appris à tes côtés qu’il n’y a toujours que le résultat qui compte. Tu m’as transmis ta rigueur pour aborder les interprétations scientifiques et ta capacité à prendre du recul. Merci aussi pour avoir greffé à mon sujet de thèse le projet de RNAseq « TranscriNoeud », qui a été une sacrée opportunité pour moi. Je remercie Vincent Guérin, qui a été mon co-encadrant pendant cette aventure. Un énorme merci pour les prestations de service que tu as contribué à mener à bien, et qui ont au moins en partie permis de financer mes travaux de thèse. Tu as toujours été très réactif pour m’apporter ton aide et pour que les choses avancent. Merci pour ta sérénité et ta patience à toutes épreuves, ton écoute, ton souci du détail et nos nombreux échanges de bons procédés. Un merci amical à Anita Lebrec, technicienne de l’équipe Arch-E, qui s’est impliquée dans la culture in vitro, les micropesées et les dosages de sucres réalisés au cours de cette thèse. Ces trois années, faites de hauts et de bas, nous ont beaucoup rapprochées. J’espère que l’avenir nous permettra de travailler ensemble à nouveau ! Merci à tous les membres de l’équipe Arch-E pour m’avoir donné des conseils scientifiques, techniques, stratégiques et humains. Merci notamment à Soulaiman Sakr, Ming Wang, Laurent Crespel, Vincent Billard, Camille Li-Marchetti et Hanaé Roman pour nos discussions scientifiques enrichissantes. Merci aux membres de l’équipe ImHorPhen pour avoir bichonné les milliers de rosiers que je vous ai commandés en deux ans et demi. Une pensée émue pour Muriel Bahut (co-responsable du plateau technique ANAN), Sandra Pelletier (équipe BioInfo) et Laurence Hibrand-Saint Oyant (équipe GDO), qui m’ont techniquement et moralement soutenue pour mener à son terme le projet TranscriNoeud. Merci à Caroline Cukier (équipe SESaN) pour son aide pour les dosages d’acides aminés dans la sève et ses conseils pour interpréter les résultats de marquage au 15N. Merci à Nathalie Marnet et à Alain Bouchereau pour m’avoir accueillie deux semaines sur la plateforme P2M2 du Rheu. Merci aux membres de l’UMR EVA de Caen pour m’avoir permis de réaliser deux jours de manipulation dans leurs locaux pendant le déménagement des laboratoires angevins. Merci à Étienne Bucher et à toute l’équipe EpiCenter de l’IRHS pour m’avoir accueillie au club d’épigénétique pendant quelques mois en deuxième année de thèse. Un grand merci à tous les membres des fameuses équipes du R+1 (QuaRVeg et GDO) pour leur soutien moral pendant les pauses café. Un merci chaleureux à Thomas Guillemette et Pascal Poupard pour m’avoir fait confiance en cette fin de thèse en me recrutant en tant qu’ATER dans l’équipe FungiSem de l’IRHS. Un grand merci à Romain Berruyer et Julia Courtial pour leur aide pour les analyses statistiques des q-PCR. Une bise à mes différents colocataires de bureau pendant ces trois ans : Hanaé Roman, Adrien Corot (équipe Arch-E), Mathilde Liorzou et Kévin Debray (équipe GDO). Merci à Hanaé pour m’avoir initiée à la vie du laboratoire et à la rigoureuse gestion des échantillons pendant ma première année de thèse dans notre mythique couloir du bâtiment A à la FAC. Spéciale dédicace ensuite à Kévin Debray, qui a partagé le dur quotidien de ma vie de doctorante de troisième année de thèse. Merci pour ton soutien, nos échanges sur Game of Thrones, tes bonbecs et tes cours de néerlandais.