Délivré par UNIVERSITE DE PERPIGNAN VIA DOMITIA Préparée au sein de l’école doctorale ED 305 Et de l’unité de recherche UMR 5244 Interactions Hôtes Pathogènes Environnements (IHPE) Discipline : BIOLOGIE Spécialité : Evolution Présentée par Manon Fallet Etude de la réponse environnementale et transgénérationnelle chez l’huitre creuse Crassostrea gigas. Focus sur les mécanismes épigénétiques Soutenue le 12 décembre 2019 devant le jury composé de Mme. Frédérique PITEL, DR2, INRA Toulouse Rapporteur Mme. Christine PAILLARD, DR CNRS, Brest Rapporteur M. Benoit PUJOL, CR CNRS, Perpignan Examinateur Mme. Caroline MONTAGNANI, CR, Ifremer, Montpellier Examinateur M. Guillaume MITTA, PR, UPVD, Perpignan Examinateur Mme. Céline COSSEAU, MCF, UPVD, Perpignan Directeur de thèse M. Christoph GRUNAU, PR, UPVD, Perpignan Co-directeur de thèse M. Bruno PETTON, IR, Ifremer, Brest Invité A Yvonne Geoffray, Remerciements Ça y est, je touche au but et j’achève la rédaction de ce manuscrit de thèse ! Ces trois dernières années ont été intenses, passionnantes, souvent dures, mais toujours enrichissantes ! De nombreuses personnes m’ont accompagné durant ces trois ans. Parfois dans le cadre professionnel, m’aidant ainsi à réaliser les travaux présentés dans ce manuscrit et à me familiariser au monde de la recherche, parfois dans le domaine personnel, m’encourageant et me soutenant au quotidien. Certaines personnes ont également joué sur les deux tableaux. L’écriture de ces remerciements me touche énormément car c’est pour moi le moyen de vous montrer toute ma reconnaissance. Tout d’abord, je souhaite remercier Frédérique Pitel et Christine Paillard. Merci d’avoir accepté d’être les rapporteurs de ma thèse et de prendre le temps d’évaluer mon travail. Je tiens à remercier également Benoit Pujol et Caroline Montagnani. Benoit, on s’est rencontré alors que j’effectuais mon stage de master 2 à Toulouse et nos interactions bien que brèves, m’ont donné envie de t’avoir dans mon comité de suivi de thèse. Merci d’avoir été d’aussi bon conseil pendant ces réunions annuelles ! Caroline, merci aussi pour ton implication et le suivi de mes avancées via le CSI. Enfin, merci à vous deux d’avoir accepté d’être examinateur lors de ma soutenance de thèse. Guillaume Mitta, merci de m’avoir accueillie au sein du laboratoire IHPE, merci pour tes encouragements pendant mon stage de master 2 effectué parmi vous, et après durant ma thèse. Les discussions avec toi font « mal au cerveau » mais je n’en regrette aucunes. Elles m’ont permis de mieux m’approprier mon sujet de thèse et de prendre de la hauteur quant à mes résultats. Merci également d’avoir accepté d’être présent à ma soutenance en tant qu’examinateur. Bruno, merci de ton accueil chaleureux lors de mes visites à Argenton ! Un grand merci pour tout ton travail réalisé sur les huitres. Sans toi, rien de tout cela n’aurait été possible ! Ton énergie et ta passion font de toi une personne qu’il est impossible de ne pas remarquer. Je suis ravie de pouvoir te compter parmi nous à la soutenance. Encore merci à vous six d’avoir accepté de lire ce manuscrit. J’espère que mes travaux de thèse vous inspireront et que nous pourrons en discuter très bientôt, en tout cas j’ai hâte ! Merci à Olivier et Natacha Bies-Ethève pour avoir participé à mon comité de suivi de thèse et m’avoir prodigué leurs conseils tout au long de ces trois années. S’il est vrai que souvent une vocation nait de l’influence d’un professeur, il est clair que mon intérêt pour le monde passionnant et au combien complexe de l’épigénétique, je le dois à Etienne Danchin. Merci pour ce cours de (seulement) deux heures, pendant lesquelles je suis restée captivée ! Sans vous, je n’aurais pas réalisé cette thèse, merci de présenter avec autant de passion vos travaux. Christoph, tu es la première personne du laboratoire que j’ai contactée, par mail, afin de réaliser une thèse à l’IHPE. Ce premier contact a été infructueux car vous aviez déjà un candidat pour le concours de l’école doctorale. Quelques mois plus tard, je t’ai recontacté et là… bingo, le processus a été enclenché pour l’année suivante ! Tu m’as dit à cette époque, que la persévérance était une vertu et que ma détermination serait appréciée par les membres du jury de l’école doctorale. J’espère qu’aujourd’hui, à la fin de ces trois années de thèse, tu n’as pas changé d’avis ! En tout cas, merci beaucoup de m’avoir offert cette opportunité et merci pour les différents échanges scientifiques que nous avons eu durant ma thèse. Je n’oublierai jamais ton talent pour les métaphores ! Céline, notre premier contact s’est effectué par Skype, suite à mon échange de mails avec Christoph. J’étais hyper stressée alors, et encore plus après lorsque je suis venue visiter le laboratoire quelques jours plus tard. Néanmoins, tu as su m’accueillir et me mettre à l’aise en me présentant les différentes personnes avec qui, même si je ne le savais pas encore, j’allais partager mon quotidien pendant 3 ans (et même 4 si on compte le master !). Je tiens également à te remercier pour ton aide durant la thèse et ton soutien, surtout pendant cette dernière période de rédaction. Merci de ne pas m’avoir lâchée ! Benjamin, tu as co-encadré mon stage de master 2 avec Céline. Merci de m’avoir prise sous ton aile à cette époque. Merci aussi pour la suite, ta présence durant la thèse en tant que responsable de la vie de site, ton écoute de nos « petits » problèmes de doctorants, ta patience et ta gentillesse. Et bien sûr merci pour nos discussions récentes sur le priming immunitaire qui m’ont permis de réfléchir différemment à mes résultats ! David ou devrais-je dire, Monsieur Duval ! J’ai eu beaucoup de mal à m’adapter à votre côté pince- sans-rire, vous me mettiez très mal à l’aise au début de la thèse. Désormais, c’est complétement différent ! J’ai beaucoup apprécié vos conseils et votre soutien pendant mes périodes de doutes. Merci d’être venu nous soutenir au congrès des doctorants de l’UPVD, merci d’avoir toujours été disponible pour échanger scientifiquement ou simplement plaisanter. Vos visites inopinées et parfois (souvent !) démunies de but précis, dans le bureau des doctorants, nous permettaient de faire retomber la pression. Enfin, je vous suis très reconnaissante de m’avoir permis de donner des cours à l’IUT, sans vous je n’aurais pas eu cette chance, merci pour votre confiance ! Eve, je voudrais te remercier pour ton aide précieuse dans l’analyse de mes séquences de barcoding. Grâce à toi, phyloseq n’a (presque) plus de secrets pour moi ! Merci aussi pour ta bonne humeur quotidienne, ta disponibilité et ta capacité d’écoute. Merci de t’être à chaque fois prêtée au jeu des photos d’albums de fin de thèse, avec le sourire ! (Et désolée pour les photos, même si elles sont tops !). Jérôme, Jérôme, Jérôme… tantôt sympathique, tantôt agaçant (oui, je t’en veux toujours pour tes commentaires sur le largage par SMS !), toujours enclin à discuter. J’ai beaucoup apprécié échanger avec toi, notamment pendant la pause de midi. Tu as toujours une anecdote sympa à raconter ! Merci de m’avoir aidé lors de la préparation de ma soutenance de master et merci pour ton ouverture d’esprit qui nous a permis d’avoir des conversations à la fois engagées et légères. Julien Portela, un peu comme pour Jérôme, ce n’est pas pour rien que vous vous entendrez si bien ! Merci de ton ouverture d’esprit et de ta disponibilité. Merci de savoir être à l’écoute des autres. Essaye juste d’être plus gentil avec les hamsters et avec Cindy (non l’ordre n’a pas d’importance). Et sinon j’attends toujours tes fameuses lasagnes au saumon… Les supers nanas : Belle, Bulle et Rebelle, euh… non, Anne, Diane et Sylvie ! Franchement, vous êtes au top ! Merci de gérer avec brios toutes les paperasses des missions, états de frais et autres réjouissances administratives. Diane, désolée d’avoir si souvent sonné à la porte ces derniers temps…mais bientôt ça sera fini (même si j’aimais bien ton « petite Manon » quand tu te rendais compte que c’était (encore) moi). Sylvie, ta présence (trop brève) au labo a apporté une touche de légèreté et de bonne humeur en plus. J’espère de tout cœur que tu vas t’épanouir à ton nouveau poste ! Anne, à la fois rigolote et professionnelle, tu es l’exemple parfait illustrant qu’il est possible de bien travailler tout en gardant son « espièglerie ». J’espère pouvoir réussir aussi bien que toi à gérer les deux dans le futur. Merci d’être venue nous supporter avec tes pompons à ma thèse en 180 secondes ! Je veux voir ces pompons à ma soutenance ! Cristian et Ronaldo, mes chouchous du labo ! Quel plaisir de venir dans votre bureau. J’ai adoré venir t’embêter presque tous les matins Cristian (mais chut !!! on n’a pas le droit de te déranger le matin !). Tu as toujours été d’une patience exemplaire avec moi, même quand je venais te voir 10 fois par jour parce que Galaxy ou R ou Filezilla ou mon cerveau, ne fonctionnaient pas. Merci d’être resté proche de nous, les doctorants, et de venir aux soirées raclettes. Merci également (et c’est assez contradictoire) d’avoir partagé tes tutos Keto ! Promis, je m’y remets après la thèse (et je continuerai de te surveiller à distance) ! Ronaldo Pépito, le soleil du Brésil au laboratoire, merci pour ta bonne humeur, ton sourire inébranlable et tes conseils en tant que post-doctorant.