1 The genomic history of the Iberian Peninsula over the past 8000 years 2 3 Iñigo Olalde1*, Swapan Mallick1,2,3, Nick Patterson2, Nadin Rohland1, Vanessa Villalba- 4 Mouco4,5, Marina Silva6, Katharina Dulias6, Ceiridwen J. Edwards6, Francesca Gandini6, Maria 5 Pala6, Pedro Soares7, Manuel Ferrando-Bernal8, Nicole Adamski1,3, Nasreen 6 Broomandkhoshbacht1,3, Olivia Cheronet9, Brendan J. Culleton10, Daniel Fernandes9,11, Ann 7 Marie Lawson1,3, Matthew Mah1,2,3, Jonas Oppenheimer1,3, Kristin Stewardson1,3, Zhao Zhang1, 8 Juan Manuel Jiménez Arenas12,13,14, Isidro Jorge Toro Moyano15, Domingo C. Salazar-García16, 9 Pere Castanyer17, Marta Santos17, Joaquim Tremoleda17, Marina Lozano18,19, Pablo García 10 Borja20, Javier Fernández-Eraso21, José Antonio Mujika-Alustiza21, Cecilio Barroso22, Francisco 11 J. Bermúdez22, Enrique Viguera Mínguez23, Josep Burch24, Neus Coromina24, David Vivó24, 12 Artur Cebrià25, Josep Maria Fullola25, Oreto García-Puchol26, Juan Ignacio Morales25, F. Xavier 13 Oms25, Tona Majó27, Josep Maria Vergès18,19, Antònia Díaz-Carvajal28, Imma Ollich- 14 Castanyer28, F. Javier López-Cachero25, Ana Maria Silva29,30,31, Carmen Alonso-Fernández32, 15 Germán Delibes de Castro33, Javier Jiménez Echevarría32, Adolfo Moreno-Márquez34, 16 Guillermo Pascual Berlanga35, Pablo Ramos-García36, José Ramos Muñoz34, Eduardo Vijande 17 Vila34, Gustau Aguilella Arzo37, Ángel Esparza Arroyo38, Katina T. Lillios39, Jennifer Mack40, 18 Javier Velasco-Vázquez41, Anna Waterman42, Luis Benítez de Lugo Enrich43,44, María Benito 19 Sánchez45, Bibiana Agustí46,47, Ferran Codina47, Gabriel de Prado47, Almudena Estalrrich48, 20 Álvaro Fernández Flores49, Clive Finlayson50,51,52,53, Geraldine Finlayson50,52,53, Stewart 21 Finlayson50,54, Francisco Giles-Guzmán50, Antonio Rosas55, Virginia Barciela González56,57, 22 Gabriel García Atiénzar56,57, Mauro S. Hernández Pérez56,57, Armando Llanos58, Yolanda 23 Carrión Marco59, Isabel Collado Beneyto60, David López-Serrano61, Mario Sanz Tormo35, 24 António C. Valera62, Concepción Blasco43, Corina Liesau43, Patricia Ríos43, Joan Daura25, María 25 Jesús de Pedro Michó63, Agustín A. Diez-Castillo64, Raúl Flores Fernández35, Joan Francès 26 Farré65, Rafael Garrido-Pena43, Victor S. Gonçalves30, Elisa Guerra-Doce33, Ana Mercedes 27 Herrero-Corral66, Joaquim Juan-Cabanilles67, Daniel López-Reyes68, Sarah B. McClure69, Marta 28 Merino Pérez70, Arturo Oliver Foix37, Montserrat Sanz Borràs25, Ana Catarina Sousa30, Julio 29 Manuel Vidal Encinas71, Douglas J. Kennett69, Martin B. Richards6, Kurt Werner Alt72,73, 30 Wolfgang Haak4,74, Ron Pinhasi9, Carles Lalueza-Fox8*, David Reich1,2,3* 31 32 *Corresponding authors. Email: [email protected] (I.O.); 33 [email protected] (C.L.-F.); [email protected] (D.R.) 34 35 1Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, Massachusetts 02115, USA. 2Broad Institute of 36 MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts 02142, USA. 3Howard Hughes Medical Institute, Harvard 37 Medical School, Boston, Massachusetts 02115, USA. 4Max Planck Institute for the Science of Human History, 38 Jena 07745, Germany. 5Departamento de Ciencias de la Antigüedad, Grupo Primeros Pobladores del Valle del 39 Ebro (PPVE), Instituto de Investigación en Ciencias Ambientales (IUCA), Universidad de Zaragoza, Zaragoza 40 50009, Spain. 6Department of Biological and Geographical Sciences, School of Applied Sciences, University 41 of Huddersfield, Huddersfield HD1 3DH, UK. 7Centre of Molecular and Environmental Biology, Department 42 of Biology, University of Minho, Braga 4710-057, Portugal. 8Institute of Evolutionary Biology, CSIC- 43 Universitat Pompeu Fabra, Barcelona 08003, Spain. 9Department of Evolutionary Anthropology, University of 44 Vienna, Vienna 1090, Austria. 10Department of Anthropology & Institute for Energy and the Environment, The 45 Pennsylvania State University, University Park, PA 16802, USA. 11Research Center for Anthropology and 46 Health, Department of Life Science, University of Coimbra, Coimbra 3000-456, Portugal. 12Departamento de 47 Prehistoria y Arqueología, Universidad de Granada, Granada 18071, Spain. 13Instituto Universitario de la Paz y 48 los Conflictos, Universidad de Granada, Granada 18071, Spain. 14Department of Anthropology - 49 Anthropologisches Institut & Museum, Universität Zürich, Zürich CH-8057, Switzerland. 15Museo 50 Arqueológico y Etnológico de Granada, Granada 18010, Spain. 16Departamento de Geografía, Prehistoria y 51 Arqueología, Grupo de Investigación en Prehistoria, (UPV-EHU)/IKERBASQUE-Basque Foundation for 52 Science, Vitoria 01006, Spain. 17Museu d'Arqueologia de Catalunya-Empúries, L'Escala 17130, Spain. 53 18Institut Català de Paleoecologia Humana i Evolució Social (IPHES), Tarragona 43007, Spain. 19Àrea de 54 Prehistòria, Universitat Rovira i Virgili (URV), Tarragona 43002, Spain. 20Departamento de Prehistoria e 55 Historia Antigua, Universidad Nacional de Educación a Distancia, Valencia 46014, Spain. 21Departamento de 56 Geografía, Prehistoria y Arqueología, Universidad del País Vasco, Vitoria 01006, Spain. 22Fundación Instituto 57 de Investigación de Prehistoria y Evolución Humana (FIPEH), Lucena 14900, Spain. 23Área de Genética, 58 Facultad de Ciencias, Universidad de Málaga, Málaga 29071 Spain. 24Institut de Recerca Històrica, Universitat 59 de Girona, Girona 17004, Spain. 25SERP, Departament d’Història i Arqueologia, Facultat de Geografia i 60 Història, Universitat de Barcelona, Barcelona 08001, Spain. 26PREMEDOC Research Group, Departament de 1 61 Prehistòria, Arqueologia i Historia Antiga, Universitat de València, València 46010, Spain. 27Archaeom. 62 Departament de Prehistòria, Universitat Autònoma de Barcelona, Cerdanyola del Vallès 08193, Spain. 63 28Universitat de Barcelona-GRAMP / Museu Arqueològic de l'Esquerda, Roda de Ter 08510, Spain. 64 29Laboratory of Prehistory, Research Center for Anthropology and Health, Department of Life Sciences, 65 University of Coimbra, Coimbra 3000-456, Portugal. 30UNIARQ, Faculdade de Letras, Universidade de 66 Lisboa, Lisboa 1600-214, Portugal. 31CEF, Department of Life Sciences, University of Coimbra, Coimbra 67 3000-456, Portugal. 32Cronos S.C. Arqueología y Patrimonio, Burgos 09003, Spain. 33Departamento de 68 Prehistoria, Facultad de Filosofía y Letras, Universidad de Valladolid, Valladolid 47011, Spain. 69 34Departamento de Historia, Geografía y Filosofía, Universidad de Cádiz, Cádiz 11003, Spain. 35Professional 70 archaeologist. 36School of Dentistry, University of Granada, Colegio Máximo, Campus Universitario de 71 Cartuja, Granada 18071, Spain. 37Servicio de Investigaciones Arqueológicas y Prehistóricas de la Diputación 72 de Castellón, Castelló de la Plana 12003, Spain. 38GIR PrehUSAL, Dept. Prehistoria, Hª Antigua y 73 Arqueología, Universidad de Salamanca, Salamanca 37071, Spain. 39Department of Anthropology, University 74 of Iowa, Iowa City, Iowa 52240, USA. 40Office of the State Archaeologist, University of Iowa, Iowa City, Iowa 75 52240, USA. 41Dept. Ciencias Históricas, Universidad de Las Palmas de Gran Canaria, Las Palmas 35071, 76 Spain. 42Mt. Mercy University, Cedar Rapids, Iowa 52402, USA. 43Departamento de Prehistoria y Arqueología, 77 Universidad Autónoma de Madrid, Madrid 28049, Spain. 44Departamento de Prehistoria y Arqueología, 78 Universidad Nacional de Educación a Distancia, Madrid 28040, Spain. 45Departamento de Medicina Legal, 79 Psiquiatría y Anatomía Patológica, Universidad Complutense de Madrid, Madrid 28040, Spain. 46INSITU 80 S.C.P.. 47Museu d'Arqueologia de Catalunya-Ullastret, Ullastret 17114, Spain. 48Instituto Internacional de 81 Investigaciones Prehistóricas de Cantabria IIIPC (Universidad de Cantabria-Gobierno de Cantabria-Santander), 82 Santander 39005, Spain. 49Arqueología y Gestión S.L.L., Fuentes de Andalucia 41420, Spain. 50The Gibraltar 83 National Museum, Gibraltar GX11 1AA, Gibraltar. 51Department of Anthropology, University of Toronto, 84 Toronto ON M5S 2S2, Canada. 52School of Natural Sciences and Psychology, Liverpool John Moores 85 University, Liverpool L3 3AF, UK. 53Institute of Life and Earth Sciences, University of Gibraltar, Gibraltar 86 GX11 1AA, Gibraltar. 54Department of Life Sciences, Anglia Ruskin University, Cambridge CB1 1PT, UK. 87 55Paleoanthropology Group, Department of Paleobiology, Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN)– 88 Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Madrid 28006, Spain. 56Departamento de Prehistoria, 89 Arqueología e Historia Antigua, Facultad de Filosofía y Letras, Universidad de Alicante, San Vicente del 90 Raspeig 03690, Spain. 57Instituto Universitario de Investigación en Arqueología y Patrimonio Histórico 91 (INAPH), San Vicente del Raspeig 03690, Spain. 58Instituto Alavés de Arqueología, Vitoria-Gasteiz 01008, 92 Spain. 59Departament de Prehistòria, Arqueologia i Historia Antiga, Universitat de València, València 46010, 93 Spain. 60Museu Arqueológic Vicent Casanova, Bocairent 46880, Spain. 61Estrats. Treballs d'Arqueologia SL, El 94 Campello 03560, Spain. 62Era – Arqueologia, Oeiras 1495–705, Portugal. 63Museu de Prehistòria de València, 95 València 46003, Spain. 64GRAM Research Group, Departament de Prehistòria, Arqueologia i Historia Antiga, 96 Universitat de València, València 46010, Spain. 65Museu i Poblat Ibèric de Ca n'Oliver, Cerdanyola del Vallès 97 08290, Spain. 66Departamento de Prehistoria, Universidad Complutense de Madrid, Madrid 28040, Spain. 98 67Museu de Prehistoria/SIP, Diputació de València, València 46003, Spain. 68Arqueovitis sccl. Avinyonet