Hybridations inter-spécifiques chez le pommier et co-évolution hôte-pathogène Alice Feurtey To cite this version: Alice Feurtey. Hybridations inter-spécifiques chez le pommier et co-évolution hôte-pathogène. Géné- tique des populations [q-bio.PE]. Université Paris Saclay (COmUE), 2016. Français. NNT : 2016SACLS446. tel-01941395 HAL Id: tel-01941395 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01941395 Submitted on 1 Dec 2018 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. Introduction générale de la section 1 NNT : 2016SACLS446 THÈSE DE DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ PARIS-SACLAY, préparée à l’Université Paris-Sud ÉCOLE DOCTORALE N° 567 Sciences du Végétal : du Gène à l’Ecosystème Biologie Par Madame Alice Feurtey Hybridations inter -spécifiques chez le pommier et co-évolution hôte-pathogène Thèse présentée et soutenue à Orsay, le 29 novembre 2016 : Composition du Jury : M. Dominique de Vienne Professeur, Université Paris-Sud Président du jury Mme Véronique Decroocq DR, INRA Rapporteur M. Rémy Petit DR, INRA Rapporteur M. Pascal Frey DR, INRA Examinateur Mme Tatiana Giraud DR, CNRS Directrice de thèse - 1 - Remerciements : - 2 - Introduction générale de la section 1 Seen in the light of evolution, biology is, perhaps, intellectually the most satisfying and inspiring science. Without that light it becomes a pile of sundry facts -- some of them interesting or curious but making no meaningful picture as a whole. Theodosius Dobzhansky, 1973 - 3 - Remerciements : - 4 - Introduction générale de la section 1 Remerciements : À la place d’honneur, je remercie Rémy Petit et Véronique Decroocq pour avoir accepté la lourde tache d’être rapporteurs de ma thèse ainsi que Pascal Frey et Dominique de Vienne pour avoir accepté d’être examinateurs. Je voudrais aussi remercier les membres de mon comité de thèse Maud Tenaillon, Etienne Klein, Yves Vigouroux et Christian Parisod. Vos conseils avisés ont été précieux au cours des réunions que nous avons eues ! Je remercie également, bien évidemment, Tatiana Giraud pour ces trois années (et demi avec le stage de M2). C’était un plaisir de travailler et d’apprendre avec toi. Vraiment merci d’avoir été toujours disponible quand j’avais des résultats à discuter ou une question à poser, malgré les 70 projets (au moins !) que tu suis en même temps ! Merci aussi d’être super efficace pour les relectures ou la réponse aux mails, ça nous facilite l’existence à tous au quotidien, dans l’équipe. Je voudrais également remercier Christophe Lemaire qui m’a proposé de travailler avec lui sur le projet Venturia/pommier. Je suis ravie que tu ais pensé à moi comme le sujet m’intéresse depuis que tu nous as donné un cours dessus en L3 ! Petit secret : c’est d’ailleurs grâce à ce même cours que j’ai répondu à l’offre de stage de Tatiana et tu es donc un peu à l’origine de ma thèse ! Merci également à Bruno Le Cam pour m’avoir incluse dans votre projet sur lequel j’ai adoré travailler ! Merci aussi à Amandine Cornille qui m’a encadrée durant mon stage de M2 et qui m’a donc appris toutes les bases dont j’ai eu besoin au cours de ma thèse et qui aussi continué à suivre les projets et m’aider en cas de besoin, malgré tous les projets qu’elle menait de front pendant ses post-docs. Juste un exemple parmi d’autres, merci pour les mini-cours sur l’ABC ! Merci aussi à Pierre qui m’a donné l’occasion de travailler sur l’invasion de Microbotryum lychnidis-dioicae et qui m’a beaucoup aidée pour la rédaction de mon premier article. Parmi les gens avec qui j’ai collaboré, je ne peux pas non plus oublier de remercier Jacqui - 5 - Remerciements : Shykoff. Désolée et merci pour tous ces après-midis passées à s’arracher les cheveux sur la meilleure méthode statistique alors que tu devais m’expliquer plein de choses en même temps ! Je remercie aussi Antoine Branca pour ses conseils théoriques et techniques ainsi que pour les discussions sur les analyses de génomique. Merci aussi à Douae et William, qui ont fait leurs stages avec moi. J’espère que vous avez trouvé votre voie ! J’ai aussi eu la chance au cours de ma thèse d’interagir avec des professionnels et des amateurs tous passionnés de pommes et/ou de conservation des forêts. Parmi les (très nombreuses) personnes qui ont récolté des pommiers sauvages pour nous et que je remercie tous, je voudrais mentionner en particulier Yves Lespinasse et Françoise Le Berre. Parmi ceux qui ont participé au projet entourant la forêt de Dourdan et son verger à graine, merci à Didier Desseaux, Éric Collin et Brigitte Musch, ainsi que tous les autres de l’ONF et de l’IRSTEA. Du côté associatif, je veux aussi remercier Charly Chauveau et Séverin Lavoyer. Merci aussi à Christian Tailliez avec qui j’ai collaboré sur un projet pour les lycéens, c’est un plaisir de voir que certains enseignants s’investissent à ce point ! Il y a eu tellement de gens que je ne peux pas citer tout le monde, mais ce fût un vrai plaisir de travailler avec vous tous et de ne pas rester coincée dans ma « tour d’ivoire » de chercheur ! J’ai souvent l’impression que, dans le monde de la recherche, on traite un peu l’enseignement comme parasitant notre temps de recherche. N’ayant pas enseigné moi-même, je ne peux pas vraiment donner un avis informé là-dessus, mais je voudrais quand même souligner que certains de mes enseignants m’ont vraiment influencée positivement et que ce sont eux qui m’ont donné envie de me lancer dans la recherche. En master, ça a été en particulier Dominique de Vienne qui a organisé l’UE me donnant envie de faire de la génomique qui a été la plus difficile mais aussi et surtout la plus instructive et la plus utile ! En licence, ça a été Christophe, que j’ai déjà remercié, mais aussi Sabine Castanier-Perthuisot et Didier Peltier. Tous ces enseignants ont su partager leur passion et m’ont donné envie de faire de la génétique, de l’évolution et de la microbiologie des intérêts de toute une vie. Merci à tous ! J’aimerais aussi remercier les équipes de médiation de bio et du journal du Palais de la Découverte. L’esprit d’équipe qui règne là-bas et la gentillesse de chacun m’a vraiment motivée et touchée. Vous m’avez également donné envie de continuer à communiquer avec le public grâce à votre enthousiasme communicatif ! Merci à l’équipe du journal Découverte avec qui j’ai eu la chance de travailler. Petite note spéciale pour Marie, bien sûr, mais aussi Tanguy, Elodie, Aurélie, Stéphanie, Gaëlle et Jean-Philippe. Parmi les gens du labo qui ont contribué à faire de ces trois années de thèses des années funs et agréables, je veux aussi remercier plein de gens ! Emilie, merci d’avoir passé toutes ces - 6 - Introduction générale de la section 1 heures perdues au milieu des scripts Python et des analyses ABC avec moi ! Alodie, grâce à toi, j’ai découvert plein de recettes plus ou moins bizarres et des produits naturels. Nos petites séances à toutes les trois mêlant travail, bavardages et potins ont bien aidé à faire passer ces trois années super vite ! Qui sait si on ne retournera pas faire du pilate toutes les trois quand on aura monté notre labo (où on ne tuera pas de souris, mais où il y aura pleins de micro-organismes) ! Hélène, merci pour toute ton aide ! Grâce à toi, Emilie et moi sommes maintenant des ratons-laveurs dans le monde de python au lieu d’être de petits colibris. Ça nous a fait un vide quand tu as fini ta thèse ! Jérôme, tu as beau n’avoir passé que quelques mois avec nous, tu as réussi à super bien t’intégrer dans notre groupe et à faire partie des « potes/collègues » ce qui t’a bien fait rire ! Ne nous oublie pas dans les contrées glacées de l’autre côté de l’océan ! Aurélien, c’était cool d’avoir un camarade de galère de thèse pendant ces trois années ! Ton humour incompréhensible pour certains a fait passer pas mal de situations pénibles ! Et tu imagines, très bientôt, on va devoir prendre l’habitude d’aller à la cantine séparément dans nos futurs labos, les filles vont être choquées ! Stéphanie, c’était un plaisir de te connaitre. Ta bonne humeur et ton sourire ont manqué à tout le labo quand tu es partie ! I also want to mention a few other people with whom I was very happy to spend time. Sara, your energy and no-nonsense attitude was very welcome and a good wake-up call! I wish you all the luck and happiness in your own adventure next year! Ying-Chu, please do not get too anxious about your PhD, it is not always easy, but it is also a great experience and not anything to be (too much) afraid of! Thanks also to Ricardo, Taia, Sylvie, Noppol, Qian, Shanerin & Stefan! J’ai aussi bien sur des gens à remercier en dehors du labo.