Réponse des espèces lignicoles à la disponibilité des habitats en forêt tempérée : approche multi-échelles du micro-habitat au paysage Gwendoline Percel To cite this version: Gwendoline Percel. Réponse des espèces lignicoles à la disponibilité des habitats en forêt tempérée : approche multi-échelles du micro-habitat au paysage. Biologie végétale. Université d’Orléans, 2018. Français. NNT : 2018ORLE2055. tel-02394901 HAL Id: tel-02394901 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02394901 Submitted on 5 Dec 2019 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. 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UNIVERSITÉ D’ORLÉANS ÉCOLE DOCTORALE (SANTE, SCIENCES BIOLOGIQUES ET CHIMIE DU VIVANT) Equipe biodiversité, IRSTEA Nogent-sur-Vernisson THÈSE présentée par : Gwendoline PERCEL soutenue le : 14 Décembre 2018 pour obtenir le grade de : Docteur de l’université d’Orléans Discipline/ Spécialité : Ecologie Réponse des espèces lignicoles à la disponibilité des habitats en forêt tempérée approche multi-échelles du micro-habitat au paysage THÈSE co-dirigée par : Christophe BOUGET Ingénieur-chercheur HDR, Irstea Fabien LAROCHE Ingénieur-chercheur, Irstea RAPPORTEURS : Sandrine PETIT Directeur de Recherche, INRA Dijon Marc DUFRÊNE Professeur, Université de Liège - Gembloux AgroBioTech ____________________________________________________________________ JURY Christophe BOUGET Ingénieur-chercheur HDR, Irstea Nogent-sur-Vernisson Vincent BOULANGER Ingénieur Dr, ONF Fontainebleau (Invité) Marc DUFRÊNE Professeur, Université de Liège - Gembloux Agro Bio Tech Fabien LAROCHE Ingénieur-chercheur, Irstea Nogent-sur-Vernisson François LIEUTIER Professeur, Université d’Orléans Sandrine PETIT Directeur de Recherche, INRA Dijon Clélia SIRAMI Chargé de recherche, INRA Castanet-Tolosan REMERCIEMENTS Je tiens tout d’abord à adresser mes plus vifs remerciements à mes deux directeurs de thèse, Christophe Bouget et Fabien Laroche, pour leur grande disponibilité, les encouragements et les nombreux conseils qu’ils m’ont prodigués au cours de ces trois ans. Je les remercie de m’avoir fait partager leur savoir, leur expertise, d’avoir lu et relu mes écrits, notamment ce manuscrit, et ce malgré des échéances parfois très courtes… Je me suis beaucoup enrichie à leurs côtés, professionnellement et humainement. Je remercie Sandrine Petit-Michaut et Marc Dufrêne d’avoir accepté d’être rapporteurs de ce travail de thèse ainsi que Clelia Sirami et François Lieutier d’en être les examinateurs. Je remercie Vincent Boulanger du département Recherche & Développement de l’ONF d’avoir contribué au montage de cette thèse ; Sarah Colas-Matuska et Marguerite Delaval de l’Agence Picardie ainsi que Michel Leblanc responsable de l’Unité Territoriale de Compiègne pour leur implication dans ce projet permettant d’assurer le bon déroulement de cette thèse. J’adresse également mes remerciements aux membres de mon comité de thèse − Cécile Albert, Vincent Boulanger, Françoise Burel, Antoine Brin, Thibault Lachat et Jonathan Lenoir − pour les recommandations et les conseils avisés notamment dans la conception des stratégies d’échantillonnage. De nombreuses personnes ont participé, de près ou de loin, à l’acquisition des données mobilisées dans le cadre de cette thèse, de la conception des protocoles à la récolte sur le terrain, en passant par la mise à disposition des données géomatiques. Il me tient à cœur de les remercier ici chaleureusement. Merci à Carl Moliard et Benoît Nusillard de m’avoir accompagné, deux mois durant, en forêt de Compiègne. Malgré des conditions météorologiques pas toujours favorables, malgré la fatigue, ils ont assuré l’inventaire des micro-habitats, toujours avec beaucoup application et dans la bonne humeur. Je garde en mémoire une expérience de terrain unique en votre compagnie, ponctuée de péripéties inoubliables ! Je remercie également Laurent Larrieu pour ses conseils lors de la conception du protocole dendrométrique et plus généralement pour les discussions toujours enrichissantes sur les fameux dendro-microhabitats. Merci à Serge Cadet, Mirham Blin et Frédéric Ritz pour les riches discussions que nous avons eues sur les bryophytes, pour leur expertise et leur implication dans la conception et la planification des inventaires, ainsi que tous les membres du réseau «Habitat-Flore » de l’ONF qui ont effectué les relevés sur le terrain. Un grand merci également à Yann Dumas et Marion Gosselin, d’avoir toujours répondu à mes sollicitations, pour les nombreux conseils prodigués lors de la conception des stratégies d’échantillonnage, ainsi que pour la relecture attentive du chapitre de ce manuscrit associé à ces travaux. Je remercie également Jean-Christophe Hauguel, botaniste au CBN de Bailleul d’avoir partagé avec moi sa connaissance de la Bryoflore de Compiègne. Merci à Laurent Tillon pour son investissement et le temps accordé dans la réflexion scientifique et la conception de la stratégie d’échantillonnage des chiroptères ainsi qu’à tous les membres du réseau «Mammifère » de l’ONF qui ont effectué les trois sessions de points d’écoute en forêt de Compiègne. Merci à Thierry Noblecourt, Thomas Barnouin, Fabien Soldati et Guillem Parmain du pôle national d’entomologie forestière (PNEF) de l’ONF pour l’identification des nombreux coléoptères récoltés dans le cadre de cette thèse. Je les remercie également pour l’avant-thèse, de m’avoir accueillie à Quillan dans le cadre de mon stage de Master 2 et m’avoir donné l’envie de poursuivre mes activités dans la conservation de la biodiversité forestière. Je remercie Yves Gomy, Benoît Nusillard et Olivier Rose pour leur expertise entomologique nécessaire à l’identification de certaines espèces ainsi que Carl Moliard qui a pris en charge une grande partie du tri des échantillons. J’adresse également mes remerciements à Nicolas Caillé et Nicolas Hilt qui ont effectué les relevés mensuels des pièges coléoptères et plus généralement, je remercie l’ensemble des agents de l’UT de Compiègne pour leur collaboration et l’intérêt qu’ils ont manifesté pour ce projet. Merci également à Sophie David, Anne Jolly, Isabelle Leblanc, et François Lehmann pour leur réactivité concernant le transfert des données géomatiques, ainsi que Jonathan Lenoir d’avoir mis à notre disposition les données traitées issues du LiDAR. Merci à Nicolas Hilt pour la coordination et la planification des activités de terrain sur le massif de Compiègne. Parce que j’ai eu la chance de pouvoir vivre une expérience scientifique Outre-Atlantique durant cette thèse, je remercie Christian Hébert de l’accueil qu’il m’a réservé au sein du laboratoire EcoDIV du Centre de Foresterie des Laurentides. Merci pour la qualité de nos échanges et pour la confiance accordée. Ce fut une expérience très enrichissante professionnellement et humainement. Un grand merci également à mes compagnons de terrain Québécois − Jean-Michel Béland, Stéphane Bourassa, Yves Dubuc et Olivier Jeffrey - qui m’ont fait découvrir avec beaucoup de plaisir un petit bout de la forêt boréale. Je garderai en mémoire la traversée de quelques chemins escarpés… Je remercie les deux stagiaires que j’ai eu le plaisir de (co)-encadrer au cours de mes activités doctorales – Damien Dahuron et Romain Dous – pour leur investissement, la qualité de leur travail et leur enthousiasme. Un grand merci à Yoan Paillet pour la richesse des discussions que nous avons pu avoir au cours de ces trois ans, pour son sens critique et sa rigueur scientifique, notamment dans l’analyse des données. Plus généralement, merci aux membres du groupe « cavités » : les échanges que nous avons pu avoir au cours de nos réunions mensuelles ont été très constructifs. Merci également à Patrick Vallet pour son aide et ses précieux conseils concernant la simulation de scénarios sylvicoles via la plateforme CAPSIS. Merci à toute l’équipe des services généraux pour avoir assuré la logistique et la partie administrative, essentielles au bon déroulement des missions, ainsi que pour les dépannages informatiques. Plus généralement je remercie toutes les personnes de l’irstea de Nogent-sur-Vernisson que j’ai eu le plaisir de côtoyer pendant ces trois ans et qui font du domaine des barres un lieu si agréable. Je remercie particulièrement Hilaire pour sa générosité, son écoute et les attentions à mon égard au cours des derniers mois de cette thèse. Merci à mes collègues doctorants, et à l’ensemble des stagiaires qui chaque année, au printemps, redonne un nouveau souffle au domaine. Merci à Pavel pour sa bonne humeur et pour les nombreuses bières partagées. Merci également à mes collègues et voisins Montargois − Céline et Xabi − pour leur soutien, les moments de détente, pour m’avoir si souvent attendue et facilité les déplacements Nogent-Montargis. Merci aux ami(e)s, en particulier à Manu, qui m’ont encouragée et soutenue, avant et pendant cette thèse, malgré la distance et l’éloignement. Merci de m’avoir permis de déconnecter et relativiser. Merci à Alexis, d’avoir régulièrement traversé la France pour venir me voir. Merci pour tous les bons moments que nous avons partagés ensemble et pour ceux qui nous attendent..