FERNANDA ANTUNES ALVES DA COSTA Isolamento e caracterização de DETs ( Differentially Expressed Transcripts ) em espécies de peixes: Leporinus macrocephalus (Characiformes) e Danio rerio (Cypriniformes) Tese apresentada ao Instituto de Biociências da Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, Campus de Botucatu, para obtenção do título de Doutor em Ciências Biológicas - Genética Orientadora: Adriane Pinto Wasko Botucatu - SP 2008 Livros Grátis http://www.livrosgratis.com.br Milhares de livros grátis para download. 2 FICHA CATALOGRÁFICA ELABORADA PELA SEÇÃO DE AQUIS. E TRAT. DA INFORMAÇÃO DIVISÃO TÉCNICA DE BIBLIOTECA E DOCUMENTAÇÃO - CAMPUS DE BOTUCATU - UNESP BIBLIOTECÁRIA RESPONSÁVEL: ROSEMEIRE APARECIDA VICENTE Costa, Fernanda Antunes Alves da. Isolamento e caracterização de DETs (Differentially Expressed Transcripts) em espécies de peixes: Leporinus macrocephalus (Characiformes) e Danio rerio (Cypriniformes) / Fernanda Antunes Alves da Costa. – Botucatu : [s.n.], 2008 Tese (doutorado) – Instituto de Biociências de Botucatu, Universidade Estadual Paulista, 2008. Orientador: Profª. Drª Adriane Pinto Wasko Assunto CAPES: 20200005 1. Genética. 2. Peixes. 3. Actina. CDD 597.55 Palavras-chave: Actina; Danio rerio ; DETs; Fabp6; Leporinus macrocephalus. 3 ... Quando paramos de aprender e de progredir, começamos a morrer realmente... C. Torres Pastorino Aos meus pais, José Maria e Cecília e ao meu esposo, Rogério, que me amam e me compreendem, sempre me apoiando em todos os grandes e pequenos passos do nosso caminho. À minha querida orientadora, Adriane, exemplo de pessoa e profissional. 4 AGRADECIMENTOS Agradeço a todos que contribuíram direta ou indiretamente à realização deste trabalho, em especial: À minha orientadora, Profa. Dra. Adriane Pinto Wasko, pela confiança, orientação e dedicação oferecidas para elaboração e conclusão deste trabalho e para minha formação profissional; À FAPESP – Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, pelo apoio financeiro concedido; Aos Profs. Drs. Cesar Martins e Maeli Dal Pai Silva pelo apoio direto na realização deste trabalho; Aos Profs. Drs. Fausto Foresti, Claudio Oliveira, Ivan de Godoy Maia, Lígia Sousa Lima Silveira da Mota, João Pessoa, Paulo Eduardo Ribolla, Alexandre Secorun Borges, pelo apoio e sugestões; À Dra. Debora Colombi, pela preciosas sugestões quanto às análises de PCR quantitativo; Aos Laboratórios de Biologia Molecular Animal (Departamento de Genética), Biotecnologia e Genética Molecular – BIOGEM (Departamento de Genética) e Biologia e Genética de Peixes (Departamento de Morfologia). À Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética), ao Instituto de Biociências e à Universidade Estadual Paulista, pela oportunidade cedida para a realização deste trabalho; Aos companheiros do Laboratório de Biologia Molecular Animal: Magali, Cassiane, Ana Teresa, Thaís, Juliana e alunos do Prof. Dr. Alexandre Secorun Borges – Fernanda, Peres, Paulo e Zé Filho; Aos companheiros do Laboratório de Biologia e Genética de Peixes: Alex, Andréia Alves, Andréia Poletto, Celso, Claudinha, Cristiane, Daniela, Danillo, Emanuel, Guilherme (Kabelo), Irani, Jefferson, Juliana, Karina, Kelly, Lessandra, Lígia, Luciana, Luiz Henrique, Márcio, Marina, Marisa, Patrícia Elda, Ricardo, Tatiane e Welcy Aos alunos da Profa. Maeli Dal Pai Silva, em especial: Eduardo, Fernanda Losi e Fernanda Carani, pela enorme ajuda; Aos alunos do Laboratório de Biotecnologia e Genética Molecular – BIOGEM, em especial ao Flávio (Bonsai), Fábio, Tânia e Virgínia. À colega Magali, pela amizade, carinho e compreensão e por estar sempre presente e disposta a me ajudar ou simplesmente para dizer “eu entendo”, coisas que somente os amigos sabem o verdadeiro significado; 5 Ao Prof. Dr. Luis Fernando Marins e ao Sr. Odval Stradioti, Piscicultura Água Milagrosa, pelo gentil fornecimento dos animais; Ao Prof. Dr. Luis Fernando Marins e seus alunos, pelo apoio e discussões e pela acolhida; Aos Profs. Drs. Jonathan M. Wright e Eileen Denovan-Wright e Stephen Mockford pela grande oportunidade oferecida, pelos muitos ensinamentos e, em especial, pelo carinho e atenção com que me receberam; À Profa. Dra. Silvia Regina Rogatto e seus alunos, em especial à Eliane e Grace, pelo auxílio no desenvolvimento das hibridações fluorescentes in situ; Aos funcionários dos Departamentos de Genética e Morfologia pelo auxílio atribuído durante a realização deste trabalho; Aos amigos e familiares pela presença e apoio durante os vários momentos de minha vida; Aos meus pais pelo carinho e apoio constantes, por me ensinarem sobre a vida e a viver e por toda dedicação incondicional à minha felicidade; Ao meu amado esposo, Rogério, por completar minha felicidade, por me apoiar em todos os momentos e em todas minha decisões, por sempre buscar o meu bem e por me amar como eu sou. Muito obrigada!! 6 SUMÁRIO RESUMO ........................................................................................................01 ABSTRACT .....................................................................................................03 CONSIDERAÇÕES INICIAIS E OBJETIVOS .................................................05 INTRODUÇÃO GERAL ...................................................................................08 Transcritos diferencialmente expressos......................................................08 A espécie Leporinus macrocephalus ...........................................................12 A espécie Danio rerio ..................................................................................15 Referências .................................................................................................17 RESULTADOS E DISCUSSÃO ......................................................................30 CAPÍTULO 1 ...............................................................................................31 Molecular organization and expression analysis of skeletal actin genes from white and red fish muscle tissues: insights into the musculature energetic demands .....................................................................................................32 Abstract ..................................................................................................32 Introduction.............................................................................................33 Material and Methods.............................................................................36 Results and Discussion ..........................................................................42 Acknowledgements ................................................................................53 References .............................................................................................53 Table, Figures and Legends...................................................................60 CAPÍTULO 2 ...............................................................................................68 Identification of sexually dimorphic gene expression in brain tissue of the fish Leporinus macrocephalus through mRNA differential display and real time PCR analyses .............................................................................................69 Abstract ..................................................................................................69 7 Introduction.............................................................................................70 Material and Methods.............................................................................73 Results and Discussion ..........................................................................77 Acknowledgements ................................................................................86 References .............................................................................................87 Table, Figures and Legends...................................................................97 CAPÍTULO 3 ...................................................................................................105 Spatio-temporal distribution of fatty acid binding protein 6 ( fabp6 ) gene transcripts in the developing and adult zebrafish (Danio rerio ) ……….106 Abstract ..................................................................................................106 Introduction.............................................................................................107 Material and Methods .........................................................................110 Results and Discussion.......................................................................112 Acknowledgements ................................................................................120 References .............................................................................................120 Table, Figures and Legends...................................................................124 CAPÍTULO 4 ...............................................................................................132 A comparative expression analysis of gene transcripts in brain tissue of wild-type and GH-transgenic zebrafish ( Danio rerio ) using DDRT-PCR approach………………………………………………………………………133 Abstract ..................................................................................................133 Introduction.............................................................................................134 Material and Methods.............................................................................136 Results and