<p>Supplementary table S5. Nucleotide sequence accession numbers</p><p>A(H1N1)pdm09 viruses Virus name Accession number A/Athens.GR/16606/2009 EPI_ISL_220848 A/Athens.GR/761/2009 EPI_ISL_220849 A/Rhodes_Island.GR/9916/2009 EPI_ISL_220850 A/Athens.GR/728/2009 EPI_ISL_220852 A/Athens.GR/793/2009 EPI_ISL_220853 A/Athens.GR/820/2009 EPI_ISL_220854 A/Athens.GR/919/2009 EPI_ISL_220856 A/Athens.GR/920/2009 EPI_ISL_220857 A/Athens.GR/926/2009 EPI_ISL_220858 A/Athens.GR/939/2009 EPI_ISL_220859 A/Athens.GR/940/2009 EPI_ISL_220860 A/Athens.GR/948/2009 EPI_ISL_220861 A/Athens.GR/968/2009 EPI_ISL_220862 A/Athens.GR/924/2009 EPI_ISL_220864 A/Athens.GR/4469/2009 EPI_ISL_220868 A/Athens.GR/7991/2009 EPI_ISL_220869 A/Athens.GR/8398/2009 EPI_ISL_220870 A/Athens.GR/996/2009 EPI_ISL_220872 A/Zakynthos_Island.GR/3802/2009 EPI_ISL_220874 A/Crete_Island.GR/4057/2009 EPI_ISL_220877 A/Tripoli.GR/4081/2009 EPI_ISL_220878 A/Crete_Island.GR/2305/2009 EPI_ISL_220887 A/Crete_Island.GR/2307/2009 EPI_ISL_220888 A/Athens.GR/2294/2009 EPI_ISL_220891 A/Athens.GR/2277/2009 EPI_ISL_220910 A/Athens.GR/1079/2009 EPI_ISL_220922 A/Athens.GR/1087/2009 EPI_ISL_220923 A/Livadia.GR/1851/2010 EPI_ISL_220881 A/Argos.GR/2231/2010 EPI_ISL_220883 A/Athens.GR/2243/2010 EPI_ISL_220884 A/Samos Island.GR/2161/2010 EPI_ISL_220885 A/Athens.GR/2316/2010 EPI_ISL_220886 A/Patra.GR/2664/2010 EPI_ISL_220879 A/Athens.GR/2316/2010 EPI_ISL_220886 A/Athens.GR/3712/2010 EPI_ISL_220880 A/Pirgos.GR/2277/2010 EPI_ISL_220882 A/Athens.GR/7033/2011 EPI_ISL_98654 A/Lamia.GR/6795/2011 EPI_ISL_98712 A/Lamia.GR/6794/2011 EPI_ISL_99086 A/Crete_Island.GR/6782/2011 EPI_ISL_99087 A/Crete_Island.GR/6781/2011 EPI_ISL_99088 A/Crete_Island.GR/6779/2011 EPI_ISL_99089 A/Crete_Island.GR/6774/2011 EPI_ISL_99090 A/Preveza.GR/6672/2011 EPI_ISL_99091 A/Arta.GR/6666/2011 EPI_ISL_99092 A/Ioannina.GR/6664/2011 EPI_ISL_99093 A/Lamia.GR/6792/2011 EPI_ISL_99094 A/Crete_Island.GR/6658/2011 EPI_ISL_99095 A/Livadeia.GR/5884/2011 EPI_ISL_99096 A/Ioannina.GR/5845/2011 EPI_ISL_99097 A/Chalkida.GR/5583/2011 EPI_ISL_99098 A/Patra.GR/5373/2011 EPI_ISL_99099 A/Lamia.GR/5166/2011 EPI_ISL_99100 A/Athens.GR/2925/2011 EPI_ISL_99156 A/Athens.GR/1043/2011 EPI_ISL_99162 A/Athens.GR/351/2011 EPI_ISL_99165 A/Crete_Island.GR/142/2011 EPI_ISL_99166 A/Kalamata.GR/790/2011 EPI_ISL_99167 A/Athens.GR/3837/2011 EPI_ISL_99168 A/Athens.GR/4610/2011 EPI_ISL_99173 A/Lamia.GR/6794/2011 EPI_ISL_206945 A/Athens.GR/9617/2011 EPI_ISL_206946 A/Athens.GR/5081/2011 EPI_ISL_99101 A/Athens.GR/2914/2011 EPI_ISL_99155 A/Athens.GR/2904/2011 EPI_ISL_99157 A/Athens.GR/2749/2011 EPI_ISL_99158 A/Larisa.GR/2323/2011 EPI_ISL_99159 A/Athens.GR/2382/2011 EPI_ISL_99160 A/Crete_Island.GR/1038/2011 EPI_ISL_99161 A/Athens.GR/913/2011 EPI_ISL_99163 A/Athens.GR/584/2011 EPI_ISL_99164 A/Athens.GR/3967/2011 EPI_ISL_99169 A/Athens.GR/4435/2011 EPI_ISL_99170 A/Athens.GR/4602/2011 EPI_ISL_99171 A/Athens.GR/4607/2011 EPI_ISL_99172 A/Athens.GR/46/2013 EPI_ISL_134267 A/Athens.GR/112/2013 EPI_ISL_135198 A/Athens.GR/114/2013 EPI_ISL_135200 A/Athens.GR/83/2013 EPI_ISL_135201 A/Athens.GR/120/2013 EPI_ISL_135205 A/Athens.GR/189/2013 EPI_ISL_139157 A/Athens.GR/644/2013 EPI_ISL_145055 A/Athens.GR/1/2013 EPI_ISL_134243 A/Athens.GR/33/2013 EPI_ISL_134244 A/Athens.GR/47/2013 EPI_ISL_134275 A/Athens.GR/49/2013 EPI_ISL_134276 A/Athens.GR/67/2013 EPI_ISL_135191 A/Tinos_Island.GR/75/2013 EPI_ISL_135196 A/Athens.GR/88/2013 EPI_ISL_135197 A/Athens.GR/119/2013 EPI_ISL_135204 A/Crete_Island.GR/128/2013 EPI_ISL_139154 A/Athens.GR/143/2013 EPI_ISL_139155 A/Athens.GR/155/2013 EPI_ISL_139156 A/Vonitsa.GR/194/2013 EPI_ISL_139158 A/Lamia.GR/292/2013 EPI_ISL_139159 A/Livadia.GR/295/2013 EPI_ISL_139160 A/Volos.GR/361/2013 EPI_ISL_139161 A/Athens.GR/394/2013 EPI_ISL_139162 A/Athens.GR/401/2013 EPI_ISL_139163 A/Arkadia.GR/443/2013 EPI_ISL_139164 A/Ioannina.GR/605/2013 EPI_ISL_140414 A/Crete_Island.GR/663/2013 EPI_ISL_140415 A/Athens.GR/481/2013 EPI_ISL_145053 A/Patra.GR/651/2013 EPI_ISL_145056 A/Larisa.GR/6/2014 EPI_ISL_207127 A/Athens.GR/9/2014 EPI_ISL_207128 A/Athens.GR/18/2014 EPI_ISL_207129 A/Arkadia.GR/39/2014 EPI_ISL_207130 A/Athens.GR/14/2014 EPI_ISL_207131 A/Athens.GR/23/2014 EPI_ISL_207132 A/Athens.GR/29/2014 EPI_ISL_207133 A/Arkadia.GR/42/2014 EPI_ISL_207134 A/Arkadia.GR/55/2014 EPI_ISL_207135 A/Lamia.GR/77/2014 EPI_ISL_207136 A/Kavala.GR/200/2014 EPI_ISL_207279 A/Athens.GR/210/2014 EPI_ISL_207280 A/Athens.GR/683/2014 EPI_ISL_207281 A/Korinthos.GR/811/2014 EPI_ISL_207282 A/Athens.GR/71/2014 EPI_ISL_207283 A/Athens.GR/116/2014 EPI_ISL_207284 A/Lesvos_Island.GR/256/2014 EPI_ISL_207285 A/Viotia.GR/311/2014 EPI_ISL_207286 A/Crete_Island.GR/366/2014 EPI_ISL_207287 A/Athens.GR/411/2014 EPI_ISL_207288 A/Preveza.GR/714/2014 EPI_ISL_207289 A/Athens.GR/782/2014 EPI_ISL_207290 A/Crete_Island.GR/813/2014 EPI_ISL_207291 A/Athens.GR/872/2014 EPI_ISL_207292 A/Crete_Island.GR/948/2014 EPI_ISL_207293 A/Arkadia.GR/43/2014 EPI_ISL_207294 A/Volos.GR/372/2014 EPI_ISL_207295 A/Chios_Island.GR/602/2014 EPI_ISL_207296 A/Lamia.GR/629/2014 EPI_ISL_207297 A/Athens.GR/159/2014 EPI_ISL_155821 A/Athens.GR/1/2015 EPI_ISL_207122 A/Rhodos_Island.GR/42/2015 EPI_ISL_207123 A/Korinthos.GR/94/2015 EPI_ISL_207124 A/Athens.GR/364/2015 EPI_ISL_207125 A/Athens.GR/414/2015 EPI_ISL_207126 A(H3N2) viruses Virus name Accession number A/Volos.GR/32/2009 EPI_ISL_220844 A/Athens.GR/82/2009 EPI_ISL_220845 A/Peloponnese.GR/4043/2010 EPI_ISL_220846 A/Athens.GR/108/2011 EPI_ISL_220847 A/Trikala.GR/311/2011 EPI_ISL_221358 A/Athens.GR/59/2012 EPI_ISL_104495 A/Athens.GR/62/2012 EPI_ISL_104496 A/Athens.GR/79/2012 EPI_ISL_104499 A/Ioannina.GR/260/2012 EPI_ISL_118422 A/Athens.GR/908/2012 EPI_ISL_118423 A/Athens.GR/112/2012 EPI_ISL_219846 A/Athens.GR/131/2012 EPI_ISL_219847 A/Athens.GR/134/2012 EPI_ISL_219848 A/Ioannina.GR/145/2012 EPI_ISL_219849 A/Athens.GR/165/2012 EPI_ISL_219855 A/Athens.GR/173/2012 EPI_ISL_219856 A/Athens.GR/208/2012 EPI_ISL_219857 A/Athens.GR/237/2012 EPI_ISL_219858 A/Athens.GR/16/2012 EPI_ISL_104488 A/Athens.GR/38/2012 EPI_ISL_104491 A/Athens.GR/41/2012 EPI_ISL_104493 A/Athens.GR/52/2012 EPI_ISL_104494 A/Athens.GR/69/2012 EPI_ISL_104497 A/Athens.GR/76/2012 EPI_ISL_104498 A/Ioannina.GR/81/2012 EPI_ISL_104500 A/Athens.GR/747/2012 EPI_ISL_108339 A/Athens.GR/748/2012 EPI_ISL_108340 A/Athens.GR/766/2012 EPI_ISL_108341 A/Athens.GR/767/2012 EPI_ISL_108342 A/Athens.GR/769/2012 EPI_ISL_108343 A/Athens.GR/770/2012 EPI_ISL_108344 A/Athens.GR/787/2012 EPI_ISL_108345 A/Athens.GR/369/2012 EPI_ISL_118416 A/Athens.GR/385/2012 EPI_ISL_118421 A/Athens.GR/14/2013 EPI_ISL_134278 A/Athens.GR/10/2013 EPI_ISL_134391 A/Athens.GR/73/2013 EPI_ISL_135206 A/Athens.GR/76/2013 EPI_ISL_135207 A/Athens.GR/95/2013 EPI_ISL_135210 A/Ioannina.GR/64/2013 EPI_ISL_135212 A/Volos.GR/738/2013 EPI_ISL_140416 A/Syros Island.GR/665/2013 EPI_ISL_140417 A/Volos.GR/662/2013 EPI_ISL_140418 A/Chios Island.GR/640/2013 EPI_ISL_140419 A/Arkadia.GR/511/2013 EPI_ISL_140420 A/Athens.GR/483/2013 EPI_ISL_140421 A/Lefkada Island.GR/372/2013 EPI_ISL_140423 A/Argolida.GR/316/2013 EPI_ISL_140424 A/Athens.GR/276/2013 EPI_ISL_141080 A/Volos.GR/257/2013 EPI_ISL_141081 A/Athens.GR/451/2013 EPI_ISL_140422 A/Athens.GR/204/2013 EPI_ISL_141082 A/Arkadia.GR/176/2013 EPI_ISL_141084 A/Athens.GR/147/2013 EPI_ISL_141085 A/Athens.GR/778/2013 EPI_ISL_145051 A/Athens.GR/728/2013 EPI_ISL_145052 A/Volos.GR/201/2014 EPI_ISL_155819 A/Athens.GR/298/2014 EPI_ISL_155820 A/Athens.GR/2270/2014 EPI_ISL_169448 A/Lamia.GR/79/2014 EPI_ISL_220378 A/Chios_Island.GR/78/2014 EPI_ISL_155818 A/Rhodes Island.GR/2263/2014 EPI_ISL_169449 A/Athens.GR/6/2015 EPI_ISL_220379 A/Athens.GR/7/2015 EPI_ISL_220380 A/Athens.GR/8/2015 EPI_ISL_220381 A/Athens.GR/9/2015 EPI_ISL_220382 A/Athens.GR/17/2015 EPI_ISL_220383 A/Volos.GR/18/2015 EPI_ISL_220384 A/Athens.GR/26/2015 EPI_ISL_220385 A/Athens.GR/74/2015 EPI_ISL_220386 A/Athens.GR/50/2015 EPI_ISL_220387 A/Kalamata.GR/97/2015 EPI_ISL_220388 A/Athens.GR/120/2015 EPI_ISL_220389 A/Arkadia.GR/161/2015 EPI_ISL_220390 A/Athens.GR/165/2015 EPI_ISL_220834 A/Athens.GR/167/2015 EPI_ISL_220835 A/Athens.GR/188/2015 EPI_ISL_220836 A/Athens.GR/261/2015 EPI_ISL_220837 A/Athens.GR/279/2015 EPI_ISL_220838 A/Athens.GR/327/2015 EPI_ISL_220839 A/Athens.GR/413/2015 EPI_ISL_220840 A/Athens.GR/417/2015 EPI_ISL_220841 A/Athens.GR/471/2015 EPI_ISL_220842 A/Athens.GR/51/2015 EPI_ISL_221354 A/Athens.GR/91/2015 EPI_ISL_221355 A/Athens.GR/101/2015 EPI_ISL_221356 A/Irakleio.GR/103/2015 EPI_ISL_221357</p>