UNIVERSITÉ DE LA POLYNÉSIE FRANÇAISE École doctorale du Pacifique (ED469) Ifremer- UMR 241 Ecosystèmes Insulaires Océaniens THÉSE DE DOCTORAT Présentée par Vaihiti TEANINIURAITEMOANA Pour l’obtention du grade de : Docteur de l’Université de la Polynésie française Discipline : Biologie des populations et écologie Spécialité : Génomique des organismes marins Reproduction de l’huître perlière Pinctada margaritifera : Étude des déterminants du sexe femelle chez l’adulte Soutenue le 8 Décembre 2014 à l’Université de la Polynésie française MEMBRES DU JURY ~ Anne-Sophie MARTINEZ, Maître de Conférences, Université de Caen Basse-Normandie Rapporteur Yann GUIGUEN, Directeur de Recherche, INRA Rapporteur Jean-Claude GAERTNER, Directeur de Recherche, IRD Examinateur Yannick GUEGUEN, Cadre de Recherche, Ifremer Examinateur Gilles LE MOULLAC, Cadre de Recherche, Ifremer Co-Directeur Nabila GAERTNER-MAZOUNI, Professeur, Université de la Polynésie française Co-Directrice Avant-propos Avant-propos Cette thèse a été réalisée au sein de l’École Doctorale du Pacifique (ED469) dans l’Unité Mixte de Recherche Ecosystèmes Insulaires Océaniens (UMR 241 EIO) sous la co-direction du Professeur Nabila GAERTNER-MAZOUNI (UMR 241 EIO, Université de la Polynésie française) et du Docteur Gilles LE MOULLAC (UMR 241 EIO, Ifremer Tahiti); et sous l’encadrement scientifique du Docteur Arnaud HUVET (UMR 6539 LEMAR, Ifremer Brest). Cette thèse a bénéficié d’un co-financement de la part de l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (Ifremer) et de la part de la Délégation à la Recherche de Polynésie française. À l’Ifremer, ces travaux de recherche s’intègrent au sein du projet PJ0707 « Développement durable de la perliculture » et ont été financés d’une part, par l’ANR-AGROBIOSPHERE dans le cadre du programme de recherche Polyperl (Gestion intégrée et adaptation de la perliculture en Polynésie française dans le contexte du changement global, 2012-2015) et d’autre part, par le contrat de projet État-Pays Biodiperl (Préservation de la biodiversité des stocks d’huîtres perlières P. margaritifera en Polynésie française pour une exploitation durable de la ressource en perliculture, 2012-2013). Les travaux ont été réalisés dans plusieurs laboratoires : À l’Ifremer : - Dans le laboratoire Amélioration Génétique, Ecologie et Ecophysiologie (AGEE) et le laboratoire Génomique Marine, Santé Animale (GMSA) au Centre du Pacifique (Tahiti, Polynésie française). - Dans le laboratoire Physiologie des Invertébrés (LPI) au Centre de Bretagne (Brest, France). À l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) : - Dans les laboratoires de la plateforme Génome et Transcriptome de GenoToul (GeT ; Toulouse, France). - Dans les laboratoires de la plateforme Sigenae (Information System for Analysis of Breeding Animals Genome ; Toulouse, France). 2 Remerciements Remerciements Au cours de ces trois années de thèse, nombreuses sont les personnes qui m’ont accompagné dans cette grande aventure que ce soit au plan professionnel et personnel. Ainsi, dans ces quelques lignes qui suivent, je tiens à leur adresser mes remerciements les plus sincères. Je remercie en premier lieu l’ensemble des membres du jury d’avoir accepté d’évaluer ce travail de thèse. Je remercie, avec le plus grand respect, Anne-Sophie Martinez et Yann Guiguen pour avoir accepté d’en être les rapporteurs. Je les remercie ainsi autant pour leurs conseils que pour leurs critiques très constructives. Je remercie également Jean-Claude Gaertner d’avoir bien voulu intégrer ce jury en tant qu’examinateur. En second lieu, mes remerciements vont particulièrement à mes encadrants de thèse présents tout au long de ces travaux et sans qui ce projet n’aurait pu aboutir. Je remercie Nabila Gaertner-Mazouni non seulement pour la co-direction de cette thèse, mais aussi pour m’avoir consacré son temps et son soutien notamment durant la dernière ligne droite. Je remercie de tout cœur Gilles Le Moullac, pour tout ce qu’il a réalisé pour moi. Merci de m’avoir fait confiance depuis le début et de m’avoir donné la chance de mener ce projet dans les meilleures conditions. Merci pour ton soutien professionnel et moral à chaque instant et ce jusqu’à la fin. Je te remercie aussi pour ta patience qui je pense plus d’une fois a été mise à l’épreuve. Un immense merci également à Arnaud Huvet. Je te remercie pour ta grande implication dans ces travaux, tes conseils, ton soutien, ta confiance et ta disponibilité qui ont énormément compté pour moi et que tu as su me donner malgré les 20 000 km qui nous séparaient. Cela a été un réel plaisir d’être sous ton encadrement. J’espère que nos chemins se recroiseront, ici à Tahiti … ou bien ailleurs. Enfin par la même occasion, je souhaite remercier Yannick Gueguen qui a toute sa place dans l’encadrement de cette thèse. Merci pour tes encouragements, tes conseils et tes critiques qui m’ont fortement aidé à avancer dans la bonne direction. Merci aussi pour tout le temps que tu m’as consacré lors de ces nombreuses réunions d’avancement et merci d’avoir fait en sorte que cette thèse se déroule sans obstacle. J’ai appris qu’effectivement si on le veut « Tout est possible ! ». Par ailleurs, au-delà de mes encadrants de thèse, j’ai eu l’honneur de travailler ou tout simplement de partager des moments uniques avec des personnes formidables contribuant ainsi d’une façon ou d’une autre à l’accomplissement de cette aventure. 3 Remerciements Au Centre Ifremer de Tahiti… Je remercie tout d’abord, Marc Taquet, directeur du Centre Ifremer de Tahiti durant la majeure partie de cette thèse, pour m’avoir accueilli au COP. Je le remercie aussi avec Patrick Vidal, actuel secrétaire général du Centre, d’avoir accepté de me loger les derniers mois de cette thèse. Un immense merci à toute l’équipe AGEE : Maya, Nono, Roger, Manaarii, les deux Vincent, Sophie, Alain, Claude, Pierre et Chin pour leur aide dans ces travaux. Je remercie particulièrement Maya, Nono, Roger et Vincent pour toutes ces discussions et ses repas, à base de uru et punu pua’atoro, organisés au « spot ». Je te remercie également Maya pour toutes les sessions pêche. Je remercie toute l’équipe GSMA, Denis, Julie, Péva et Corinne, avec qui j’ai eu l’occasion de travailler et d’échanger notamment pour les manips de bio mol. J’adresse un merci particulier à Péva qui a réalisé minutieusement toutes mes coupes histologiques sans jamais rouspéter une seule fois, et pourtant il y en avait à faire. Je n’oublie pas bien sûr de remercier l’équipe IMA du Centre (Hermann, René « le gentil », Kaly, Alexandre, Johan, Clément, Loic, Pierre et Marcel), l’équipe Crevette (René « le méchant », Robert, Gérard et Jeannot) et ainsi que toute l’équipe UAF (Mathilde, Brigitte, Miri, Heipua, Simone, Destremeau et Rachel). Merci Hermann pour nous avoir initié au Va’a et de nous avoir permis de participer au Heiva, c’était une expérience inoubliable ! Merci Mathilde pour ces petites discussions très sympathiques et de m’avoir accueilli chez toi. En restant au COP, je pense aussi à tous les gardiens. Un très grand merci à Gérard, Tamu, Jean-Yves, Stephen, Joël et Patrice. Merci de m’avoir tenu compagnie dans ces moments de solitude de travail, le week-end ou encore tard dans la soirée. Merci à tous pour votre accueil si chaleureux ! Au Centre Ifremer de Brest … Certains de ces travaux de thèse ont été réalisés au sein du Laboratoire des Invertébrés Marins du Centre Ifremer de Brest. Je remercie Pierre Boudry pour m’y avoir accueilli. Je remercie bien évidemment toute l’équipe pour m’avoir reçu si chaleureusement et pour m’avoir fait sentir comme à la maison. Un grand merci à Jean-Yves pour m’avoir aidé dans les extractions et pour m’avoir initié au BioAnalyzer. Je remercie Charlotte pour m’avoir fait découvrir les analyses protéiques. Oui je sais nos blots étaient sublimes ! Et un grand merci à Éric, Joana, Virgile, Katia, Coraline et Florian pour m’avoir fait découvrir la vie nocturne des djeuns de Brest ! Par ailleurs, je souhaite remercier les filles de la cellule bioinformatique, Laure et Fanny, pour leur aide précieuse concernant les données RNAseq. Merci Laure pour ta super formation bioinfo qui a bien enrichi mes domaines de compétence. 4 Remerciements A l’INRA de Toulouse… Je remercie Emeline Lhuillier pour m’avoir accueilli au sein de la plateforme GeT de Toulouse et pour m’avoir formé à la préparation des librairies. Je remercie également Christophe Klopp et Cédric Cabrau pour leur aide inestimable concernant les analyses bioinformatiques et de ces nombreux échanges par mail plus que très utiles. Je tiens à remercier Tea Frogier et Jean-Yves Meyer de la délégation à la recherche de Polynésie française, pour leur intérêt porté à cette thèse et pour leur soutien lors des diverses présentations orales que ce soit aux doctoriales ou en congrès. Bien sûr je ne peux oublier toute la Clic de l’Ifremer, stagiaires, doctorants, VSC, CVD ou autres de passage ou non durant ces trois années. Plus qu’un immense merci à vous tous ! Carole & Jonathan, Bénédicte, Héloïse, Émilie, Oïhana, Kévin, Adrien & Hélène, Damien, Yann & Lorraine, Lore, Agnès & Tom, Christophe, Solène & Rémy, Sylvain, Maxime, Juliette, Heitini etc… Les pauses café et les soirées en votre compagnie ont été des moments forts que j’appréciais énormément. Cela va bien me manquer ! Pour ceux qui sont encore là, je compte sur vous pour prendre soin de Coco ! Je souhaite par la même occasion remercier tout particulièrement le trio Carole & Jonathan et Bénédicte. Merci pour cette nouvelle amitié naissante et qui je l’espère grandira au cours de ces longues prochaines années. J’ai une pensée spéciale pour Gérard, Arnold et Gloria. Merci pour ces bons ahima’a que vous nous avez préparé et toujours avec grand plaisir.