TESIS DE DOCTORADO Estudio de la microbiota asociada a almeja fina (Ruditapes decussatus) y almeja japonesa (Ruditapes philippinarum) mediante técnicas de secuenciación masiva Diego Gerpe Pazos ESCUELA DE DOCTORADO INTERNACIONAL PROGRAMA DE DOCTORADO EN AVANCES EN BIOLOGÍ A MICROBIANA Y PARASITARIA SANTIAGO DE COMPOSTELA 2019 DECLARACIÓN DEL AUTOR DE LA TESIS Estudio de la microbiota asociada a almeja fina (Ruditapes decussatus) y almeja japonesa (Ruditapes philippinarum) mediante técnicas de secuenciación masiva. D. Diego Gerpe Pazos, Presento mi tesis, siguiendo el procedimiento adecuado al Reglamento y declaro que: 1) La tesis abarca los resultados de la elaboración de mi trabajo 2) En su caso, en la tesis se hace referencia a las colaboraciones que tuvo este trabajo. 3) La tesis es la versión definitiva presentada para su defensa y coincide con la versión enviada en formato electrónico. 4) Confirmo que la tesis no incurre en ningún tipo de plagio de autores ni trabajos presentados por mí para la obtención de otros títulos En Santiago de Compostela, 7 de noviembre de 2019 Fdo. Diego Gerpe Pazos AUTORIZACIÓN DEL DIRECTOR / TUTOR DE LA TESIS Estudio de la microbiota asociada a almeja fina (Ruditapes decussatus) y almeja japonesa (Ruditapes philippinarum) mediante técnicas de secuenciación masiva. D. Jesús López Romalde INFORMA: Que la presente tesis, corresponde con el trabajo realizado por D. Diego Gerpe Pazos, bajo mi dirección, y autorizo su presentación, considerando que reúne los requisitos exigidos en el Reglamento de Estudios de Doctorado de la USC, y que como director de ésta no incurre en las causas de abstención establecidas en Ley 40/2015. En Santiago de Compostela, 7 de noviembre de 2019 Fdo. Jesús López Romalde DECLARACIÓN DE CONFLICTOS DE INTERESES Estudio de la microbiota asociada a almeja fina (Ruditapes decussatus) y almeja japonesa (Ruditapes philippinarum) mediante técnicas de secuenciación masiva. D. Diego Gerpe Pazos, Declara: 1) No tener ningún conflicto de intereses relevante en lo que concierne al contenido presentado en la tesis doctoral. 2) Que parte de los estudio aquí presentados se basan en información ya existentes, que no contiene datos de carácter personal, y por tanto el estudio no necesita la evaluación e informe previo del comité de ética de la investigación En Santiago de Compostela, 7 de noviembre de 2019. Fdo. Diego Gerpe Pazos A mis abuelas AGRADECIMIENTOS Quizás esta parte de la tesis no es la más extensa, pero sin duda es la más importante, donde puedes agradecer a todas esas personas que han sufrido contigo, que se han preocupado, que te han dado ánimos para seguir y que han perdido horas de su vida en ayudarte. En primer lugar me gustaría dar las gracias a mi director el Dr. Jesús L. Romalde, por darme la oportunidad de hacer algo que me apasiona. Por obligarme a salir de mi zona de confort de vez en cuando y animarme a hacer una exposición oral en algún que otro congreso. A la Dra Alicia Estévez Toranzo que es todo un ejemplo a seguir, su dedicación a la ciencia, su trayectoria y su capacidad de trabajo es impecable. Gracias por todo. Al Dr Juan Luis Barja, gracias por alegrarme tantos días en el laboratorio, me encanta el entusiasmo con el que sigues investigando. Nunca me olvidaré aquel día que tuvimos velutinas por todo el laboratorio. A la Dra Beatriz Magariños, por sus consejos, por darme ánimos todas las mañanas y por preocuparse tanto por mí. Aunque le sigo guardando lo de Rusiñol en Sitges. A Celsa, qué haría yo sin ella, ¡gracias por todo! Por tu amabilidad, empatía, por ayudarme con los envíos, con los papeles y trámites burocráticos. Muchas gracias. A Berta, sin ella esta tesis no hubiese sido posible. Gracias por aguantarme y no largarme de la cocina, por tu rapidez y tu buen humor. A Sol, por enseñarme a moverme dentro de un laboratorio, por tener paciencia conmigo y por hacerme reír tanto. Por otro lado quería agradecer especialmente a todos mis compañeros del laboratorio todo lo que me han ayudado a lo largo de estos años y durante estas últimas semanas, sois los mejores. A Sabela, no conozco una persona que viva tanto la microbiología, que vea una bacteria y diga: “Qué cosa más bonita”. Nunca te podré agradecer todo el tiempo que has dedicado a mi formación, horas y horas durante el TAD, TFM y tesis. Mil gracias!! Te deseo 11 lo mejor en esta nueva etapa. Ana, muchísimas gracias por toda tu ayuda, incluso por meterme caña y hacerme espabilar. Gracias por todas tus correcciones, por tus consejos, tus obras de arte y por preocuparte por mi. Con suerte antes de terminar el 2019 vamos al Fogón. A Ainé, creo que sin tu ayuda aún estaría intentando entender los comandos de Linux. Muchas gracias por ayudarme todos estos años con mi tesis, por tu paciencia conmigo y por hacerme ver las cosas de forma más positiva. A Javi, que aunque algunas veces me saque de quicio, nunca paro de reírme con él, por su apoyo y todos sus consejos. A Rubén, por todos los “salseos” y risas en el laboratorio, por animarme cuando lo necesitaba, espero verte algún día en el Europarlamento. A Noe, que aunque no me incluyera en sus ángeles la quiero igual, gracias por preocuparte por mi, por ser como eres y por invitarme a tu boda, un día para recordar. A Bea, por ejercer como mi psicóloga más de un día y no dejarme ir al lado oscuro. A Quique, mi compitrueno, por todo su apoyo, por ayudarme sobre todo en esta última etapa de tesis a resistir y seguir para delante, por muchos más años de juerga juntos. Gracias a Alberto por tus clases magistrales y tu ayuda con la bioinformática, que haría yo sin ti. A Miguel, por tus consejos para viajar por Tailandia y por tus ánimos. A Sergio, espero que pronto estés de vuelta, se te echa de menos. Al retornado, David, con el que siempre es un placer hablar y tomarse unas cañas. Por otro lado, le quería dar las gracias a mis bichólogos, que siempre están ahí, para lo bueno y para lo malo, con los que aún tengo mucho que celebrar y a los que le debo un Lameiro. A mi rubia (Alba), por aguantarme y soportarme, por sufrir conmigo mis pequeños agobios. A Raulito, que también ha aguantado mi humor “pre-tésico” más de una vez. A Óscar, por sus llamadas y wasaps preocupado por mi salud mental. A Ari, por intentar buscarme trabajo y por sus ánimos. A Elio, por todas sus charlas y debates, por todo. A mi compi de cumple Daenerys, que hace los mejores huesitos del mundo. A Esteban, porque aunque se encuentre lejos, siempre está cuando se le necesita. A Caldas y Analía, que son capaces de aparecer en casa con un quinto de cerveza para levantarme el ánimo. A Hulk, porque aunque sea un “toxo” como yo, también se preocupa por mi. A Javi, gracias por tus ánimos y por las cañas despotricando del mundo. A Berna, que por fin va a poder leer mi tesis, que sé que tiene muchas ganas. Y en general a todos mis amigos, por ser como son y por apoyarme siempre. A Finita y Jose Antonio, porque sé que me echaron de menos este verano. A Reyes, la mejor cuñada del mundo. A las primas de riesgo, nunca cambiéis. 12 Darle las gracias a mi familia por todo lo que me han apoyado. A mi hermano, ya tienes la excusa para venir con Sandra a celebrar mi tesis a Santiago. A Patri y Juanma, porque me consta que temieron que me voliviese loco estos últimos meses, gracias por preocuparos siempre por mí. A María, mi enana, a la que quiero un montón, no cambies nunca. A Roberto, aunque los hosteleros seáis así, sé que siempre puedo contar contigo. A mis padrinos, por estar siempre y apoyarme incondicionalmente. A mi padre y a mi madre por confiar en mi y por haberme animado a seguir, todo lo que os pueda decir o agradecer siempre será insuficiente. Pedirle perdón a mi madre por no haber estado todo lo que quisiera en estos momentos. Y en general, ¡Gracias a toda mi familia! Sabéis que somos muchos y podría hacer una tesis entera solo de agradeciemientos, Y por último darle las gracias a Jose, quizás la persona que más ha sufrido esta tesis al soportar mi mal humor y mis bajones. Gracias por estar a mi lado. Te quiero. 13 ABREVIATURAS AM: agar marino. ANI: valor medio de identidad nucleotídica (Average Nucleotide Identityi). ANOSIM: análisis de similitudes (Analysis of similarities). AOD: disminución aguda del roble (Acute Oak Decline). BBDH: bidirectional best hits. CLO: organismos tipo Chlamydia (Chlamydia like organisms). COG: agrupamiento de los genes ortólogos (Cluster of Orthologous Genes). eDDH: hibridación ADN-ADN estimada (estimated DNA-DNA hybridization). EFSA: Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (European Food Safety Authority). FAO: Organización de la Naciones Unidas para la alimentación y la agricultura (Food and Agriculture Organization of United Nations). GBDP: distancia genómica filogenética por BLAST (Genome BLAST distance Phylogeny). GCDC: calculadora de distancias genoma a genoma (Genome-to-Genome Distance Calculator). HSPs: pares de segmento de alta puntuación (High Scoring Segment Pairs). JOD: enfermedad de la ostra juvenil (Juvenil Oyster Disease). MHA-1: agar Müller Hinton (Müller-Hinton agar). MLSA: análisis de secuencias multilocus (Multilocus Sequences Analysis). NGS: secuenciación de próxima generación (Next generation sequencing). NJ: Neighborg joining. NMDS: escalamiento multidimensional no métrico (Nonmetric Multidimensional Scaling). OIE: Organización mundial de sanidad animal (World Organisation for Animal Health). ONPG: Orto-nitrofenil-ß -galactósido. OrthoMCL: agrupamiento de ortólogos de Markov (Orthologous Markov Cluster).