ACADEMIE DE MONTPELLIER UNIVERSITE MONTPELLIER II SCIENCES ET TECHNIQUES DU LANGUEDOC THE SE présentée à l'université de Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc pour obtenir le DIPLOME DE oocrORAT SPECIALITE: BIOCIllMIE, BIOUXiIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE Fonnation Doctorale : Parasitologie ETUDE DU GENOME DES DENSOVIRUS DE LEPIDOPTERES RAVAGEURS DE CULTURES : CASPHALIA EXTRANEA EN COTE D'IVOIRE ET DIATRAEA SACCHARALIS AU BRESIL, APPLICATION AU DIAGNOSTIC PAR SONDE NUCLEIQUE. par KOUASSI Koffi II Nazaire Soutenue le 27 Avril 1993, devant le jury composé de: M. Constantin VAGO, Membre de l'Institut. Président 1Rapporteur M. Guy RmA, Directeur de Recherche INRA, La Minière. Rapporteur M. Max BERGOIN, Professeur, Université Montpellier II. Directeur de Thèse M. Gérard DEVAUCHELLE, Professeur, Université Montpellier II. Examinateur M. Dominique MARIAU, Directeur de Recherche CIRAD-CP. Examinateur M. Gilles FEDIERE, Chargé de Recherche ORSTOM. Examinateur ~ Il'~ 25 NOV. 1993 i\ù\tle" \t~ ~-Z~~ (~ )j'L éÀ~. ç 38330 2 A mes parents. à Berthe et Olivier, à tous mes amis. à tous ceux qui ont su m'aider et me soutenir pendant ces longues années d'études 3 AVANT PROPOS Le présent travail se situe dans le cadre du projet de prospection et d'étude d'agents pathogènes, initié conjointement par l'ex Institut de Recherche pour les Huiles et Oléagineux (IRHO) en Côte d'Ivoire, aujourd'hui Département des plantes Oléagineuses de l'Institut des Forêts (IDEFORlDPO) et l'Institut Français de Recherche Scientifique pour le Développement en coopération (ORSTOM), ceci en collaboration très étroite avec la Station de Recherches INRA-CNRS de Pathologie Comparée de St. Christol-Ièz-Alès. C'est donc la mobilisation conjointe de ces différents Instituts de Recherches qui m'ont apporté une contribution aussi bien financière que logistique, ce qui m'a permis de mener à bien ce travail. Mes travaux ont été réalisés dans le Laboratoire de Virologie Moléculaire du professeur Max BERGOIN. Ce laboratoire fait partie de la Station de Recherches de Pathologie Comparée INRA-UA CNRS 1184 de Saint Christol-Ièz-Alès (France) dirigée par le professeur Gérard DEVAUCHEUE. J'ai bénéficié pour cette étude d'une allocation de Recherche ORSTOM qui m'a permis de travailler dans de bonnes conditions. Mes travaux de terrain ont bénéficié d'une aide très appréciable du service phytosanitaire de Palmindustrie-Eloka et de l'IDEFORIDPO - La Mé. Qu'il me soit permis d'abord et avant tout de signifier toute ma déférence et ma gratitude à Monsieur le Professeur A. 5. N'DlAYE, Ministre de la Recherche Scientifique et de l'Education Nationale de Côte d'Ivoire, pour ses encouragements et pour toutes les suites favorables qu'il a bien voulu donner à mes sollicitations. Pour le secours financier qu'il n'a pas hésité à m'accorder pour terminer cette thèse, je lui témoigne toute ma reconnaissance. C'est à juste titre que je témoigne toute ma reconnaissance et ma gratitude aux responsables de l'ORSTOM : son Président Monsieur M. LEVALLOIS, son Directeur Général Monsieur G. WINTER, pour l'allocation de Recherche qu'ils m'ont accordée. Il m'est agréable de remercier Monsieur A. CORNET, Directeur délégué Responsable du Département Milieu et Activité Agricole (MM) de l'ORSTOM et son adjointe technique Madame L. sUAVIN pour leur compréhension et leur soutien très appréciable. Ma reconnaissance va également au personnel de L'IDEFOR/DPO, à son Directeur, Monsieur B. KOUAME, à Monsieur R. PHILIPPE, ex Responsable du Laboratoire d'Entomologie. J'exprime aussi ma gratitude à Monsieur N. N'GORAN chef du service de défense des cultures à Palmindustrie Côte d'Ivoire, et à Monsieur BEUGRE responsable de l'unité agro-industrielle palmier (Palmindustrie) d'Eloka et ses collaborateurs, pour leur aide appréciable. Je n'oublierai pas cependant Monsieur J. DAUZAT Chercheur au laboratoire de biomodélisation du CIRAD pour l'aide appréciable qu'il m'a apportée dans le traitement statistique de mes résultats. 4 REMERCIEMENTS Avant d'exposer mes travaux qu'il me soit permis de remercier tous ceux qui m'ont encouragé et qui ont bien voulu participer à mon jury de thèse. Monsieur le Professeur C. VAGO, Membre de l'Institut, dont je suis très fier d'avoir fait la connaissance, m'a toujours reçu avec une attention bienveillante et prodigué des conseils précieux et des encouragements. Il m'a fait des remarques judicieuses et constructives tout au long de mon séjour. Aussi je suis très heureux de lui témoigner l'expression de toute ma déférence de l'insigne honneur qu'il me fait d'accepter de juger ce travail. Monsieur le Professeur M. BERGOIN, responsable de l'unité de virologie moléculaire de la Station de Recherches INRA-CNRS de Pathologie comparée de St-Christol-Ièz-Alès et professeur de microbiologie à l'Université de Montpellier Il m'a accepté dans son laboratoire et m'a initié à la biologie moléculaire. Il n'a ménagé aucun effort pour me guider et m'aider à réaliser ce travail. Qu'il soit assuré de ma profonde gratitude. Monsieur G. RIBA, Directeur du département de Zoologie de l'INRA, a accepté malgré ses nombreuses occupations de juger ce travail, et aussi de se déplacer de Paris pour participer à mon jury de thèse. C'est pourquoi je le prie d'accepter tous mes remerciements et lui témoigne l'expression de mes sentiments respectueux. Je sais gré à Monsieur le professeur G. DEVAUCHELLE, Directeur de la Station de Recherches de Pathologie Comparée de Saint Christol, de la confiance qu'il m'a témoignée en m'accueillant et en m'offrant un cadre de Recherche propice. Il a accepté de faire partie de ce jury, qu'il sache combien de fois j'ai apprécié sa sollicitude et trouve ici l'expression de ma reconnaissance. Je remercie Monsieur D. MARIAU, Directeur de Recherche au CIRAD-CP de Montpellier, pour l'intérêt qu'il porte à ce travail et pour l'aide appréciable qu'il m'a fournie dans l'approvisionnement en matériel biologique. Je lui suis également reconnaissant de la disponibilité dont il a toujours su faire preuve à mon égard et d'avoir accepté de siéger au jury de cette thèse. Monsieur G. FEDIERE, chargé de Recherche à l'ORSTOM, responsable de ce stage, m'a fait l'honneur de m'accueillir dans son laboratoire de l'ex ORSTOM Adiopodoumé où j'ai commencé ces travaux. C'est à son instigation que je me suis tourné vers l'Entomovirologie dont il m'a montré tout l'intérêt. D'autrepart il a su présenter partout où il se devait, l'importance de ce travail. Qu'il veuille bien croire à ma très respectueuse gratitude. 5 C'est aussi avec un vif plaisir que je remercie Monsieur le professeur L. EUZET et le professeur A. RAIBAUT, pour la confiance qu'ils m'ont faite en acceptant ma candidature au sein de leur formation Doctorale de Parasitologie. Que le professeur A. AOUTI, responsable du laboratoire de Zoologie de la Faculté des Sciences et Techniques de l'Université Nationale de Côte d'Ivoire (FAST - UNCI) parrain de cette thèse, trouve ici l'expression de ma très profonde gratitude. Monsieur J.M. QUIOT, Directeur de Recherche CNRS et Responsable du laboratoire de culture cellulaire de la Station de Recherche de Pathologie Comparée a été toujours disposé à m'aider aussi bien sur le plan professionnel, que moral et civil. Qu'il veuille trouver ici, ainsi que F.X. JOUSSET, Chargé de Recherche CNRS pour son aide appréciable au cours de ces travaux, l'expression de toute ma reconnaissance. Je tiens également à remercier Monsieur BETBEDER et Monsieur BORDAT tous deux Chercheurs au CIRAD-CA pour le matériel biologique qu'ils ont bien voulu me fournir et aussi pour leurs encouragements. Je tiens à remercier vivement tout le personnel de la Station de Recherches de Saint Christol, tous les stagiaires avec qui le contact a été très précieux et tous ceux qui m'ont apporté leur aide et leurs critiques aussi bien dans l'interprétation des résultats que dans la rédaction de ce mémoire. Les mots me manquent pour exprimer à Monsieur J.C. VEYRUNES ingénieur à l'INRA, ma gratitude pour sa disponibilité légendaire à mon égard et pour m'avoir fait bénéficier de son savoir. Je n'oublierai pas mon ami Y. LI, thésard dans le même laboratoire, et le remercie de m'avoir fait bénéficier de son expérience dans la transfection des cultures cellulaires d'insectes. J'ai une particulière reconnaissance envers Monsieur et Madame Georges et Andrée KUHL respectivement Assistant Ingénieur INRA et Adjointe Technique CNRS, pour leur aide morale, matérielle et technique dont j'ai bénéficiée tout au long de ce séjour loin des miens. Qu'ils soient assurés de ma sincère gratitude pour les nombreux services qu'ils m'ont rendus. Je n'oublierai pas Mademoiselle C. ROURE responsable de la bibliothèque, Monsieur J. P. BOSSY du service de microscopie électronique et J. SAN ISIDORO pour leur contribution à ce travail et les remercie très sincèrement. Mes pensées sont tournées vers mes parents et mes amis qui de près ou de loin m'ont toujours témoigné leur affection. Enfin je dédie particulièrement cette thèse à Berthe, mon épouse qui n'a pas hésité à risquer son emploi pour me rejoindre en France rendant plus agréable cette aventure. 6 SOMMAIRE LISTE DES FIGURES 11 LISTE DES TABLEAUX 12 ABREVIATIONS 13 INTRODUCTION 14 CHAPITRE 1 : BIOLOGIE ET PATHOLOGIE VIRALE DES RAVAGEURS ETUDIES 1. Biologie, dégâts et aires de répartition 19 A. Biologie 19 1°) Casphalia extranea 19 2°) Diatraea saccharalis 21 B. Dégâts et aires de répartition 22 1°) C. extranea 22 2°) D. saccharalis 24 II.