Friends of the Ribosome: Translational Regulation in Mycobacteria The Harvard community has made this article openly available. Please share how this access benefits you. Your story matters Citation Fishbein, Skye. 2019. Friends of the Ribosome: Translational Regulation in Mycobacteria. Doctoral dissertation, Harvard University, Graduate School of Arts & Sciences. Citable link http://nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:42029735 Terms of Use This article was downloaded from Harvard University’s DASH repository, and is made available under the terms and conditions applicable to Other Posted Material, as set forth at http:// nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:dash.current.terms-of- use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