Institut Pasteur d’Algérie RAPPORT D’ACTIVITE 2014 Route du Petit Staouéli, Dély-Brahim, Alger – Algérie Tél. : 213 (0) 21 34 26 88 – Fax: 213 (0) 34 18 76 Site web: www.pasteur.dz 1 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 Responsable de la Publication Pr. Kamal KEZZAL Responsable de la Rédaction Pr. Fatma BACHI Coordinatrice Mme Fadila BOUCIF 2 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 Sommaire ACTIVITES DE LA DIRECTION DES LABORATOIRES, DE LA RECHERCHE ET DU DEVELOPPEMENT Département de Bactériologie Laboratoire de Bactériologie Médicale et de Surveillance de la Résistance aux antibiotiques………………………………………………………………………………………………………….07 Laboratoire de la Tuberculose, des Mycobactéries et de Surveillance de la Résistance aux Antituberculeux……………………………………………………………………………………………....19 Laboratoire de Bactériologie des Aliments, des Eaux et de l’Environnement……………..26 Laboratoire des Entérobactéries et autres Bactéries Apparentées…………………………….33 Laboratoire des Bactéries Anaérobies……………………………………………………………………..43 Département de Virologie Laboratoire de V.I.H. et Rétrovirus…………………………………………………………………………..51 Laboratoire Grippe et autres Virus Respiratoires……………………………………………………..60 Laboratoire des Virus des Hépatites………………………………………………………………………...64 Laboratoire des Entérovirus/ Rougeole et Rubéole…………………………………………….........72 Laboratoire des Arbovirus et Virus Emergents…………………………………………………...........80 Laboratoire Virus et Oncogènes……………………………………………………………………………….88 Laboratoire Herpesvirus, Papillomavirus et autres……………………………………………..........94 Département d’Immunologie Laboratoire d’Immunochimie et Neuro-immunologie………………………………………….…101 Laboratoire d’Immunogénétique et Transplantation………………………………………………111 Laboratoire d’Auto-immunité………………………………………………………………………………...120 Laboratoire d’Immunologie Cellulaire…………………………………………………………………….134 Département de Parasitologie Laboratoire de Mycologie Médicale…………………………………………………………………….....138 Laboratoire de Biologie Parasitaire………………………………………………………………………..144 Laboratoire d’Eco-épidémiologie Parasitaire et Génétique des Populations……………..155 Département de Microbiologie et Pathologie Vétérinaire Laboratoire de Bactériologie et de Parasitologie Vétérinaires………………………………….165 Laboratoire de Virologie Vétérinaire………………………………………………………………………173 Laboratoire d’Anatomie de Cytologie Pathologiques Vétérinaires…………………………….177 3 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 Département de Médecine Préventive et d’Analyses Médicales Centre de Prélèvement…………………………………………………………………………………………..181 Centre de Vaccination…………………………………………………………………………………………....185 Centre de Médecine Préventive……………………………………………………………………………....191 Département de Contrôle des Produits Biologiques Laboratoire de contrôle de qualite des produits biologiques…………………………………….196 ACTVITES DE LA DIRECTION DE PRODUCTION Département Produits Biologiques Humains Laboratoire Vaccins Bactériens………………………………………………………………………………216 Laboratoire Sérums Thérapeutiques………………………………………………………………………224 Département Produits Biologiques Vétérinaire Laboratoire de Production des Vaccins Viraux Vétérinaire………………………………………229 Laboratoire Vaccins et Sérums Antirabiques………………………………………………………......231 Département Réactifs de Laboratoires Laboratoire des milieux de culture et réactifs de diagnostics ……………………………………234 Département de Mise Sous Forme Pharmaceutique…………………………………………………….238 Département Animalerie Laboratoire Petits Animaux………………………………………………………………………………………245 Laboratoire Grands Animaux…………………………………………………………………………………….249 ACTVITES DES ANTENNES REGIONALES Antenne de Constantine……………………………………………………………………………………………252 Antenne de M’sila……………………………………………………………………………………………………..255 Antenne de Oran………………………………………………………………………………………………………257 ACTVITES DU DEPARTEMENT FORMATION Département Formation……………………………………………………………………………………………..261 ACTVITES DU DEPARTEMENT ARCHIVES ET DOCUMENTATION Département Archives et Documentation…………………………………………………………………..281 ABREVIATIONS…………………………………………………………………………………………………………...288 4 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 Services et Laboratoires de Recherche / Diagnostic ACTIVITES de la DIRECTION des LABORATOIRES, de la RECHERCHE et du DEVELOPPEMENT 5 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 DEPARTEMENT de BACTERIOLOGIE 6 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 LABORATOIRE DE BACTERIOLOGIE MEDICALE ET DE LA SURVEILLANCE DE LA RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES Chef de Laboratoire : Hassiba TALI-MAAMAR (Ph./M.A./Faculté de Médecine d’Alger) Présentation du Laboratoire Le Laboratoire de Bactériologie Médicale et de Surveillance de la Résistance aux antibiotiques, est organisé, depuis 2014, en 4 unités intitulées comme suite : Méningites et bactériémies, Infections respiratoires bactériennes, Infections sexuellement transmissibles bactériennes et Bactéries Multi-résistantes. A travers ces différentes unités, le laboratoire assure les activités suivantes : - Activité de référence, elle consiste en la surveillance épidémiologique avec typage des espèces bactériennes responsables de maladies à déclaration obligatoire (MDO), dont la coqueluche, la diphtérie, la méningite purulente (méningocoque, pneumocoque et Haemophilus ), Chlamydia trachomatis, Legionellose pneumophila et Brucellose. - Activité d’expertise, pour la confirmation rapide des épidémies, y compris lors d’enquêtes autour de cas d’infections hospitalières liées aux soins. - Activité de recherche, liée essentiellement à l’étude des nouveaux mécanismes de résistance, génotypage des bactéries par séquençage des souches. - Activité de formation. Le laboratoire assure la formation des résidents en sciences médicales (microbiologie et biologie clinique), durant leur cursus, ainsi que celles des stagiaires en biologie et en sciences vétérinaires. Le laboratoire de Bactériologie Médicale et de Surveillance de la Résistance aux antibiotiques, est fondateur du réseau de laboratoires AARN (Algerian Antimicrobial Resistance Network) www.sante.dz/aarn dont il assure la coordination et la formation continue. 7 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 I –ACTIVITE DE DIAGNOSTIC a) Diagnostic bactériologique : (BOUHERAOUA S. – DJEDJIG F. – AOUDIA M. - BOUHERAOUA M. – TAHRAT N. – LAZIZI S. LAZRI M. – LAFER O. – HASNAOUI S.) (Nombre total de prélèvements reçus (année 2014) : Total Total Nasal Nasal DPCA DPCA Gorge Gorge Divers Divers Urines Urines Autres Autres P. Urétraux P. Urétraux P. Vaginaux P. Vaginaux Pus d’oreille d’oreille Pus respiratoires respiratoires prélèvements prélèvements Prélèvements Prélèvements Expectoration Expectoration Hémocultures Hémocultures Spermoculture Spermoculture Total 540 94 198 87 9 27 1 28 6 25 2 129 1146 Autres prélèvements respiratoires : aspiration naso-pharyngée, prélèvement distal protégé ; aspiration bronchique. b) Diagnostic moléculaire : (BOUHERAOUA S. – DJEDJIG F. – LALIAM R. – LAZRI M. – HASNAOUI S. – LAFER O.) Nombre de tests Pathologies PCR réalisés N. meningitidis 26 Méningites S. pneumoniae 26 purulentes H. influenzae 26 Infections respiratoires C. diphtheriae 7 hautes c) Diagnostic indirect et antigénurie: (BOUHERAOUA S. – DJEDJIG F. AOUDIA M. – SENOUCI H. – CHEMLI S.) Pathologie Sérologie Nombre de tests réalisés Brucellose Brucella 437 Pneumonies atypiques Mycoplasma pneumoniae 131 Chlamydia pneumoniae 113 Legionella pneumophila 94 Diphtérie C. diphtheriae 05 Légionellose L. pneumophila type 1 (antigénurie) 45 8 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 II. ACTIVITE DE REFERENCE a) Activité de veille épidémiologique (déclaration des maladies obligatoires) (TALI- MAAMAR H. – BENAMROUCHE N.-BOUHERAOUA S. – DJEDJIG F. LALIAM R. – LAZRI M. – HASNAOUI S. – LAFER O. - SENOUCI H. – CHEMLI S.) Pathologie Nombre de cas confirmés Méningite à méningocoque 0 Méningite à pneumocoque 03 Méningite à H. influenzae 02 Diphtérie 0 Brucellose 128 Légionellose 18 b) Activité d’expertise (TALI-MAAMAR H. – BENAMROUCHE N. - BOUHERAOUA S. – DJEDJIG F. OURAGHI R. – ZOURDANI N. - LAZRI M. – HASNAOUI S. – LAFER O.) Activité Nombre d’items Confirmation de l’identification des souches 321 (voir tableau ci-après) Caractérisation des mécanismes de résistance Voir chapitre activité de recherche et aux antibiotiques développement Dépistage de portage BMR 02 Expertise de milieux Contrôle de cultures cellulaires (Laboratoire de la Grippe et des virus respiratoires, IPA, Sidi-Fredj ; Laboratoire des Entérovirus, IPA, Sidi-Fredj) Clinique de chirurgie cardiaque Ibn Sina,Ain Analyse et expertise de matériels médicaux Taya Alger Souches reçues pour identification durant l’année 2014 Souche Nombre Enterococcus faecium 5 Aerococcus viridans 2 Aerococcus urinae 1 Acinetobacter baumanii 46 Corynebacterium affermentans 1 Corynebacterium jeikeium 1 Corynebacterium striatum 2 Corynebacterium spp 2 Streptococcus oralis 2 Streptococcus agalactiae 1 Streptococcus pyogenes 3 Streptococcus constellatus 1 Streptococcus salivarus 1 Streptococcus gordanii 3 9 Institut Pasteur d’Algérie – Rapport d’Activité 2014 Streptococcus mitis 2 Streptococcus anginosus 1 Gemella morbillorum 1 E coli 43 Enterobacter cloacae 10 Enterobacter areogenes 1 Klebsiella pneumoniae 38 Klebsiella terigena 1 Citrobacter freundii 1 Pseudomonas aeruginosa 2 Staphylococcus epidermidis 3 Staphylococcus aureus 7 Staphylococcus haemolyticus 1 Morganella morganii 1 Proteus mirabilis 1 Proteus vulgaris 1 Serratia marcescens 1 Eikenella corrodens 1 Sphingomonas paucimobilis 1 Kocuria varians 1 Brevundimonas vesicularis 1 Propionibacterium