Output Results of CLIME (Clustering by Inferred Models of Evolution)

Output results of CLIME (CLustering by Inferred Models of Evolution)

Dataset: Num of genes in input gene set: 58 Total number of genes: 20834 Prediction LLR threshold: 0

The CLIME PDF output two sections: 1) Overview of Evolutionarily Conserved Modules (ECMs)

Top panel shows the predefined species tree.

Bottom panel shows the partition of input genes into Evolutionary Conserved Modules (ECMs), ordered by ECM strength (shown at right), and separated by horizontal lines.

Each row show one gene, where the phylogenetic profile indicates presence (blue) or absence (gray) of homologs in each species (column).

Gene symbols are shown at left. Gray color indicates that the gene is a paralog to a higher scoring gene within the same ECM (based on BLASTP E < 1e-3).

2) Details of each ECM and its expansion ECM+

Top panel shows the inferred evolutionary history on the predefined species tree. Branch color shows the gain event (blue) and loss events (red color, with brighter color indicating higher confidence in loss). Branches before the gain or after a loss are shown in gray.

Bottom panel shows the input genes that are within the ECM (blue/white rows) as well as all genes in the expanded ECM+ (green/gray rows). The ECM+ includes genes likely to have arisen under the inferred model of evolution relative to a background model, and scored using a log likelihood ratio (LLR).

PG indicates "paralog group" and are labeled alphabetically (i.e., A, B). The first gene within each paralog group is shown in black color. All other genes sharing sequence similarity (BLAST E < 1e-3) are assigned to the same PG label and displayed in gray. ECM 6 ECM 5 ECM 4 ECM 3 ECM 2 Informative 10 genes ECM 1 Protein RPGRIP1L DYNC2LI1 TMEM216 TMEM67 CC2D2A PTPN23 CEP250 CEP290 RAB3IP TTLL11 WDR35 WDR19 POC1B POC1A RAB8A ALMS1 PKHD1 FOPNL NPHP4 TPGS1 CDH23 C2CD3 CETN3 CETN2 TCTN1 TCTN2 IFT122 TTLL4 TTLL7 TTLL9 TTLL5 RPGR KNCN MKS1 GAS8 RSG1 CBY1 PKD2 OFD1 BBS4 BBS2 BBS5 CYS1 EVC2 IFT20 IFT80 IFT88 IFT46 IFT57 LCA5 ARL6 B9D1 B9D2 TTC8 PIFO AHI1 EVC EZR Overview ofEvolutionarilyConservedModules(ECMs)

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis K.lactis K.lactis A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii L.thermotolerans L.thermotolerans Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens T.adhaerens S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis D.rerio D.rerio O.latipes O.latipes F.rubripes F.rubripes T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo O.anatinus O.anatinus M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens Strength 2.4 12.0 0.0 0.0 3.9 11.8 PG H G F E E C C D D A C B B B A Protein DYNC2LI1 TRAF3IP1 ZC2HC1A ZC2HC1B UNC119B AXDND1 TMEM67 CLUAP1 CC2D2B CC2D2A UNC119 TTC21A TTC30A TTC30B PACRG PDE6D RABL5 EFHC2 IFT140 TTC26 RIBC2 PIBF1 MKS1 BBS1 BBS9 BBS7 BBS2 BBS5 IFT81 IFT52 IFT46 IFT57 B9D1 B9D2 IQCH 19: cilium basal body || 10: cytoplasmic vesicle membrane || 1: BBSome || Num ofECMGenes:10.Predicted131.Strength:11.8 ECM 1,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium membrane || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii

20: intraflagellar transport particle B || T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

11: microtubule-based flagellum || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: microtubule basalbody || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 21: cell body C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 4: dendrite terminus|| S.moellendorffii S.moellendorffii 12: motile primary cilium || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

5: photoreceptor connecting cilium|| D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 13: apical part ofcell || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 14: axonemal dyneincomplex || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 6: cilium axoneme || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

7: TCTN-B9D complex || C.lusitaniae C.lusitaniae

15: cytoplasmic microtubule || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 8: ciliary transition zone || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 16: primary cilium || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 9: motile cilium || P.humanus P.humanus 17: cilium || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 18: microtubule organizing center || C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 22.8 23.7 24.3 25.5 26.5 26.7 26.8 28.3 29.7 29.7 30.8 31.1 31.2 31.7 32.1 32.2 32.9 33.6 33.6 34.5 36.0 36.0 40.2 41.0 41.1 Notes 11 /1720 1 /2 17 /21 16 4 /51120 5 /619 1 /218 8 1 /2 17 17 3 /61213141516 3 /1112 3 /7 2 /3710 1 /239 3 /678 3 /78 3 /67 3 /45 1 /23 PG I K K N I L M L K J I H Protein TCTEX1D4 TCTEX1D1 RPGRIP1L TMEM231 CCDC135 CCDC104 CCDC176 C15orf26 C6orf165 ROPN1B ROPN1L DNAAF2 DNAH14 CCDC38 HEATR2 CCDC63 SPAG16 LRRC56 CXorf22 DNALI1 TRIM67 KIFAP3 ROPN1 OSCP1 DYDC1 ODF3B CASC1 RSPH3 NPHP4 TCTE3 TTC29 DZIP1 ODF3 IFT74 IQUB 20: intraflagellar transport particle B || 10: cilium || 1: condensed nuclearchromosome || Num ofECMGenes:10.Predicted131.Strength:11.8 ECM 1,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis

11: microtubule basalbody || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 2: kinesin IIcomplex|| 21: centriole || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

12: tight junction || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 22: cilium basal body || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 3: spindle microtubule|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 13: motile cilium || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

23: cilium axoneme || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 4: acrosomal vesicle||

14: ciliary transition zone || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 24: flagellar axoneme || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 5: microtubule-based flagellum || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum

15: cilium membrane || S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

25: dynein complex A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 16: TCTN-B9D complex || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 6: axonemal dyneincomplex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 17: flagellum ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 7: axoneme || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 18: outer dense fiber || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 8: basalplasma membrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 19: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 9: cell-cell junction||

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 12.2 12.2 12.9 13.1 13.2 13.2 13.7 13.8 13.9 14.1 14.2 14.3 14.6 15.0 15.1 15.3 16.0 16.2 16.2 16.9 17.1 17.5 17.5 17.6 18.8 19.1 19.2 19.6 20.3 20.4 20.8 21.3 21.5 22.5 22.6 Notes 23 /25 25 9 /10111223 17 23 /24 21 /22 5 /1920 18 10 /17 14 /1516 13 9 /101112 8 6 /7 4 /5 1 /23 PG S T U O T T T T S R M P N R Q P O J Protein CATSPER1 100510311 KIAA1751 CCDC147 CCDC146 C20orf26 MCOLN3 MAATS1 RSPH4A FNDC3B CCDC65 CCDC19 CCDC40 CCDC39 CCDC37 CCDC13 SPATA4 CEP164 ARMC2 PIH1D3 WDR96 DZIP1L AGBL2 AGBL4 AGBL1 AGBL5 AGBL3 RSPH9 SSNA1 STPG2 DLEC1 CEP41 SPEF1 ACAN DRC1 11: motile cilium || 1: centriole || Num ofECMGenes:10.Predicted131.Strength:11.8 ECM 1,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium basal body|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum

12: CatSper complex || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: cilium axoneme || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 13: flagellar membrane P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

4: microtubule-based flagellum || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

6: cilium || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

7: extracellular matrix|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 8: Golgilumen || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

9: lysosomal lumen|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 10: proteinaceous extracellular matrix|| C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.5 5.5 5.6 5.6 6.1 6.2 6.4 7.0 7.0 7.1 7.2 7.2 7.2 7.6 7.9 8.0 8.3 8.5 8.6 8.7 8.7 8.9 9.2 9.5 9.5 9.6 9.9 10.2 10.5 11.2 11.4 11.5 11.7 11.8 12.0 Notes 6 /1213 3 /11 3 /11 7 /8910 6 1 /25 3 3 /4 1 /2 1 PG U J I W V A X X T J F W V Q LOC100505841 Protein TCTEX1D2 100290184 100510158 MYCBPAP FGFR1OP AGTPBP1 KIAA1279 KIAA1841 ZMYND12 CCDC113 FAM221A SPATA17 C21orf59 C16orf93 MCOLN2 RSPH6A CCDC96 COL7A1 PLXNB3 CXorf30 TTC21B CEP120 CEP104 MYOM3 LZTFL1 FOPNL VASH1 VASH2 CEP19 CEP76 IFIT1B GAS8 OFD1 AZI1 10: centriole || 1: cilium || Num ofECMGenes:10.Predicted131.Strength:11.8 ECM 1,Geneset"microtubulebasalbody",Page4

3: microtubule-based flagellum || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 13: spindle pole || O.sativa O.sativa

4: centriolar satellite|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 14: M band A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

5: motile cilium || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

6: cilium axoneme || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

7: basement membrane || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 8: endoplasmic reticulumlumen || K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 9: extracellular matrix|| A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.3 0.3 0.4 0.8 1.0 1.2 2.0 2.0 2.1 2.2 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.8 2.9 3.0 3.2 3.2 3.4 3.4 3.5 3.5 3.6 3.7 4.1 4.2 4.5 4.5 4.6 5.2 5.3 Notes 14 1 /21012 10 /13 10 12 11 10 7 /89 6 2 /45 1 /23 PG G Protein RIBC1 Num ofECMGenes:10.Predicted131.Strength:11.8 ECM 1,Geneset"microtubulebasalbody",Page5

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 Notes PG G P C O J N M L K F C G E H H J I H G F F E D C B A Protein SLC38A10 RHOBTB1 DHRS4L1 SLC38A1 SLC38A7 PTPDC1 LRRC40 LRRC58 PPM1M WDR52 WDR19 VAMP1 VAMP3 PANK1 DHRS4 GNA15 TMTC3 LRCH3 TP53I3 VAT1L IMPA2 DNAI2 MON2 CLIP4 PGM5 GALE POLK POLH CRYZ ALG2 DPP9 IFT88 STX7 POLI ADK 36: axonemal dyneincomplex || 28: early endosome membrane || 18: sarcolemma || 10: microtubule-based flagellum || 1: microtubule basalbody || Num ofECMGenes:2.Predicted149.Strength:3.9 ECM 2,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

19: stress fiber || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: motile cilium || B.bovis B.bovis

37: cell periphery || T.annulata T.annulata 29: late endosome membrane ||

11: motile primary cilium || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 20: Z disc || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia

3: nonmotile primarycilium || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 38: extrinsic to internal sideof plasma membrane || P.tricornutum P.tricornutum

21: clathrin-coated vesicle || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

12: cell-cell adherens junction || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 30: lysosomal membrane || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 4: photoreceptor connecting cilium|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 22: clathrin-coated vesicle membrane || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

31: peroxisomal membrane || D.discoideum D.discoideum 13: costamere || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 39: heterotrimeric G-protein complex || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 14: dystrophin-associated glycoprotein complex || B.fuckeliana B.fuckeliana

5: apical part ofcell|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 32: peroxisome ||

23: neuron projection || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 6: centriole ||

40: trans-Golgi network U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 33: endocytic vesicle membrane || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 24: recycling endosome || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 7: cilium || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus 15: focal adhesion || L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 8: cilium axoneme || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 25: SNARE complex ||

34: mitochondrial outer membrane || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 16: intercalated disc || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 9: intraflagellar transportparticle B|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae LOSS

26: synapse || C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 17: internal side ofplasma membrane || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 35: synaptic vesicle membrane || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 27: axon || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.5 6.5 7.3 7.3 7.4 7.5 7.6 7.6 8.0 8.2 8.3 8.3 9.0 9.3 9.3 9.4 9.4 9.7 9.9 10.1 10.3 11.0 11.9 12.5 12.7 12.7 13.1 16.3 16.8 18.8 19.1 20.1 23.6 Notes 40 38 /39 37 8 /36 27 23 /333435 31 /32 25 /282930 27 21 /2223242526 12 /1314151617181920 1 /4567891011 1 /234 PG L C E C N S V U U K T T T C S L R R R Q M C Protein LOC642574 LOC642574 ANKRD13D METTL21C 100508128 ANKRD40 ALDH1A1 ALDH9A1 ALDH1B1 VCPKMT ENTHD1 HEATR1 DHRS12 ANKIB1 KDM6A VAMP8 SMYD1 PPME1 EIF2B4 EIF2B2 EIF2B1 MAK16 GNAT2 PANK3 651921 PTPN9 USP30 PODN SUOX TGDS SLIT1 LRG1 LRR1 PEX5 SRR 22: peroxisomal membrane || 14: early endosome || 7: cytoplasmic part || 1: ribonucleoprotein complex || Num ofECMGenes:2.Predicted149.Strength:3.9 ECM 2,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

23: peroxisome B.bovis B.bovis

2: mitochondrial intermembrane space|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

9: extrinsic to internal sideofplasma membrane || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 16: lysosomal membrane || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

3: mitochondrial outermembrane || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

17: recycling endosome || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 10: heterotrimeric G-protein complex || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

4: histone methyltransferase complex|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 18: secretory granule membrane || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

11: photoreceptor inner segment || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 5: eukaryotic translationinitiation factor2complex || 19: SNARE complex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 12: photoreceptor outer segment ||

K.lactis K.lactis PRESENCE

20: proteinaceous extracellular matrix || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

6: eukaryotic translationinitiation factor2B complex || S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS

13: photoreceptor outer segment membrane || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 21: peroxisomal matrix || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.4 3.5 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 3.9 4.0 4.1 4.2 4.2 4.6 4.8 4.9 4.9 4.9 5.1 5.1 5.1 5.1 5.2 5.2 5.4 5.5 5.5 5.5 5.6 5.7 5.7 5.8 5.9 6.0 6.3 6.5 Notes 21 /2223 20 14 /1516171819 9 /10111213 8 7 6 6 5 /6 4 3 2 1 PG D X X D D D D D D J D D D D K N C A D R Q Q W W Protein ANAPC10 ALDH1L2 SLC36A2 SLC30A1 SLC30A7 ANAPC2 DUSP26 DUSP22 DUSP16 DUSP14 DUSP21 NFKBID RRAGC ANKAR WDR74 NSDHL RBM28 DUSP9 DUSP8 DUSP7 DUSP6 DUSP5 DUSP4 DUSP2 DUSP1 UCKL1 LRRC4 STT3B STT3A GNAS SVOP CBR4 EPN1 EPN3 CTR9 18: intrinsic to membrane || 11: synaptic vesicle membrane || 1: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || Num ofECMGenes:2.Predicted149.Strength:3.9 ECM 2,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

19: ruffle || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 12: Cdc73/Paf1 complex || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 2: cytoplasmic part||

20: trans-Golgi network membrane || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus

13: nuclear speck || O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 3: vesicle || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 21: transport vesicle || A.thaliana A.thaliana 4: T-tubule ||

14: transcriptionally active chromatin || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 5: clathrin-coated vesicle || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 22: lipid particle || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 15: postsynaptic membrane || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 23: oligosaccharyltransferase complex P.chrysogenum P.chrysogenum 6: coated pit|| A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

7: lysosome || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

16: extrinsic to internal sideof plasma membrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 8: anaphase-promoting complex || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 9: spliceosomal complex || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 17: heterotrimeric G-protein complex || C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 10: synaptic vesicle|| C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.8 1.9 1.9 1.9 2.0 2.1 2.2 2.5 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 3.0 3.0 3.1 3.3 3.3 3.3 3.3 Notes 23 23 1 22 16 /1718192021 15 12 /1314 10 /11 8 9 8 7 6 5 4 1 /23 PG O J Y Y Y R R P Y Y Y Y B D D D D N D D D D D D D I Protein HSD17B10 100290651 RHOBTB2 KIAA1161 ALDH3B1 STXBP5L UBE2Q2 DUSP13 DUSP19 DUSP28 DUSP18 DUSP10 VPS33A ACCSL MTCH1 RASA4 DUPD1 GNA13 UHRF2 ALDH2 CCBL2 CCBL1 ABTB1 STX12 IMPA1 ACCS GPT2 DPP4 SSH1 STYX SSH3 SSH2 SNF8 GPT TAT 19: intrinsic to internal side of plasma membrane || 9: melanosome || 1: BLOC-1 complex|| Num ofECMGenes:2.Predicted149.Strength:3.9 ECM 2,Geneset"microtubulebasalbody",Page4

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 10: cleavage furrow || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 2: endosome membrane || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 11: lamellipodium || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 20: endocytic vesicle || T.thermophila T.thermophila

3: membrane raft|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri 12: midbody || V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: phagocytic vesicle|| 21: intercellular canaliculus || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 13: early endosome || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus

5: SNARE complex|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

22: invadopodium membrane || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 14: HOPS complex || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 6: brush border membrane || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 15: late endosome || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

23: lamellipodium membrane || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 7: extrinsic tointernalside ofplasmamembrane || P.pastoris P.pastoris

16: late endosome membrane || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

24: axon || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 25: nuclear heterochromatin S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

17: lysosomal membrane || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

8: heterotrimeric G-protein complex|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

18: nuclear membrane || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.9 1.0 1.0 1.0 1.2 1.2 1.3 1.3 1.3 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 Notes 25 24 3 /1120212223 16 19 18 13 /14151617 10 /1112 6 /789 1 /2345 PG V Q N Protein ANKRD13A ZFAND4 FBXL20 IQSEC3 CLINT1 UBL4B PTPLA VPS35 ISG15 GNAZ PTEN 10: extrinsictointernalsideofplasmamembrane|| 1: inhibitorysynapse|| Num ofECMGenes:2.Predicted149.Strength:3.9 ECM 2,Geneset"microtubulebasalbody",Page5

2: postsynapticmembrane|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 11: heterotrimericG-proteincomplex|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: trans-Golginetwork|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

4: cellprojection|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

12: nuclearenvelope|| V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: internalsideofplasmamembrane|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 13: clathrin-coatedvesicle|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 6: myelinsheathadaxonalregion||

14: endosome U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans GAIN 7: neuronprojection|| L.thermotolerans Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi

8: PMLbody|| B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

9: Schmidt-Lantermanincisure|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 Notes 14 13 10 /1112 4 /56789 1 /23 PG A A Protein CETN3 CETN2 ARL6 1: axonemalmicrotubule|| Num ofECMGenes:3.Predicted0.Strength:0.0 ECM 3,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: BBSome|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

3: ciliumaxoneme|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

4: ciliummembrane|| P.patens P.patens

8: photoreceptorconnectingcilium|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

10: intermediatefilamentcytoskeleton D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 6 /7810 6 /789 1 /23456 PG A A Protein POC1B POC1A RAB8A 1: centriole|| Num ofECMGenes:3.Predicted0.Strength:0.0 ECM 4,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: microtubulebasalbody|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 3: nonmotileprimarycilium|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: recyclingendosome B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 2 /34 1 /2 1 /2 PG A A A A A A A A A A A A A Protein TTLL12 TTLL13 TTLL10 TTLL11 TTLL6 TTLL1 TTLL3 TTLL2 TTLL4 TTLL7 TTLL9 TTLL5 TTL 1: cilium|| Num ofECMGenes:5.Predicted8.Strength:12.0 ECM 5,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: dendrite|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

4: perikaryon|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

5: ciliumaxoneme|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

6: microtubulecytoskeleton|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 7: nuclearmembrane|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 8: ciliumbasalbody M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 12.4 19.4 27.3 28.7 35.7 39.4 45.1 60.4 Notes 8 7 1 /56 1 /2 1 /2 1 /234 1 /2 1 /2 PG A A Protein KIAA1731 TMEM98 ZNF839 MRP63 CBLN1 TCTN1 TCTN2 OTOR 1: microtubulebasalbody|| Num ofECMGenes:2.Predicted6.Strength:2.4 ECM 6,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: TCTN-B9Dcomplex|| B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: mitochondrialribosome|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: synapse M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.6 0.9 3.2 4.8 7.3 Notes 4 3 1 /2 1 /2 PG Protein AHI1 1: adherensjunction|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 7,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: cell-celljunction|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 3: centriole|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 4: cilium|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

5: microtubulebasalbody|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 6: nonmotileprimarycilium|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 7: primarycilium|| A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 8: TCTN-B9Dcomplex L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: photoreceptoroutersegment B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: photoreceptorconnectingcilium B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2 PG B A A A A C C B A B B A Protein ARFGEF1 ARFGEF2 SUPT16H MRE11A LRRTM2 LRRC8C LRRTM4 POLR3F PHLPP2 RFPL4B ZBTB34 RNF135 RRAGD TRIM62 SHOC2 LRRC6 CDC27 RPS18 TRIM3 LRIG2 NACA NME5 RSG1 25: chromosome|| 17: condensednuclearchromosome || 10: recyclingendosome|| 1: cilium|| Num ofECMGenes:1.Predicted22 ECM 10,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

18: Mre11complex|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

3: lysosome|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 12: trans-Golginetwork|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

27: ribosome|| O.lucimarinus O.lucimarinus 19: nuclearchromatin|| 4: asymmetricsynapse|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 28: smallribosomalsubunit|| A.lyrata A.lyrata

13: nuclearmatrix|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

20: postsynapticmembrane|| V.vinifera V.vinifera

5: axonemalmicrotubule|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

14: smallnuclearribonucleoprotein complex|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

29: earlyendosome C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

6: cytoplasmicmembrane-bounded vesicle|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum 21: proteinphosphatasetype1complex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

15: DNA-directedRNApolymerase III complex|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii

22: anaphase-promotingcomplex || M.guilliermondii

7: cytoplasmicvesicle|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

8: dendriticspine|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki

23: spindle|| M.brevicollis M.brevicollis 16: chromosome,telomericregion || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 9: microtubuleorganizingcenter || P.humanus P.humanus

24: spindlemicrotubule|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.1 0.1 0.4 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.9 1.0 1.4 1.9 1.9 2.0 2.0 2.2 2.8 3.1 3.7 8.1 Notes 29 26 /2728 25 22 /2324 20 21 20 16 /171819 15 12 /1314 4 /56789101112 1 3 1 /2 PG I J I H B B A B G G F F B A B B B B B B E A B B B D B C B A Protein HSD11B1L RHOBTB2 AKR1B15 RTN4RL2 SLC36A4 H2BFWT LRRTM4 LRRTM2 LRRC8C AKR1E2 PHLPP2 DUSP27 ZSWIM2 LRRC58 LRRC30 LRRC28 LRRC40 FBXL20 FBXW9 SHOC2 H2BFM 651921 TMTC1 LRCH4 LRCH3 LRRC2 LRCH1 CDC27 TTC37 PODN SUOX POLK POLH PGLS BBS4 18: spindle || 11: transcriptionally active chromatin || 1: BBSome || Num ofECMGenes:1.Predicted169 ECM 11,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei 19: spindle microtubule || 2: centriolar satellite|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 12: anchored toplasma membrane || P.falciparum P.falciparum

3: centriole || P.chabaudi P.chabaudi

20: nuclear membrane || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

4: cilium membrane || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 21: nucleosome || S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 13: external side ofplasma membrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 5: microtubule basalbody || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

22: proteinaceous extracellular matrix || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

6: motile cilium || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 14: membrane raft || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

23: mitochondrial intermembrane space A.fumigatus A.fumigatus

7: nonmotile primarycilium || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

15: protein phosphatase type1 complex || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis

8: pericentriolar material || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 16: postsynaptic membrane || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

9: PMLbody || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 10: Skicomplex || 17: anaphase-promoting complex || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.8 7.2 8.1 8.1 8.1 8.4 8.8 8.8 8.9 9.8 9.8 9.9 9.9 9.9 10.4 10.5 10.6 10.6 10.6 10.6 11.3 11.9 12.3 14.1 14.8 14.9 15.9 16.0 16.1 17.1 17.7 17.9 21.4 30.1 Notes 23 22 21 20 /21 17 /1819 16 16 15 12 /1314 10 /11 9 1 /2345678 PG E E E E E E E M E E E E E E L E K K E E E E E E B F B D B H H Protein RHOBTB1 AKR1B10 TBC1D31 DUSP10 DUSP13 DUSP19 DUSP28 DUSP18 DUSP26 DUSP22 DUSP16 DUSP14 DUPD1 CYB5B CYB5A GNA13 DUSP7 DUSP6 DUSP5 DUSP4 DUSP2 DUSP1 DUSP9 DUSP8 LRRC4 NAA50 STT3B STT3A LRIG2 GALE CBR4 STYX SSH3 SSH2 FLII 8: heterotrimeric G-protein complex || 1: mitochondrial outermembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted169 ECM 11,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: postsynaptic membrane || P.knowlesi P.knowlesi 9: melanosome P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: lysosome || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

4: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

5: oligosaccharyltransferase complex|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 6: brush border membrane || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.8 5.8 5.9 5.9 6.2 6.7 6.7 6.8 6.8 6.8 Notes 6 /789 5 5 4 3 2 1 1 PG G G G G G G G A B C N N N N N N N N N N N N B B B E E HIST1H2BM HIST1H2BO HIST1H2BN HIST1H2BK HIST2H2BE Protein HIST2H2BF HIST1H2BL 100290651 KIAA0141 SOWAHB HSD11B2 LRSAM1 LRRC4B DNAJC6 LRRC10 TRIM21 KDM6A CCNB3 CCNB2 CCNB1 CCNA2 CCNA1 CCND2 CCND1 CCNE2 CCNE1 PCGF1 CNTD2 DDX23 CCNO SLIT2 SSH1 PLS3 CCNI ADK 18: ribonucleoprotein complex || 10: female pronucleus || 1: cleavage furrow|| Num ofECMGenes:1.Predicted169 ECM 11,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

2: lamellipodium || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 11: male pronucleus || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 19: SCF ubiquitin ligase complex || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 3: midbody || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 12: condensed nuclear chromosome outer kinetochore || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 4: membrane part|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

20: catalytic step 2 spliceosome || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

5: presynaptic membrane || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis

21: U5 snRNP || U.maydis

13: spindle pole || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 6: cyclin-dependent protein kinaseholoenzyme complex|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 22: nucleosome N.crassa N.crassa

14: myofibril || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 15: PcG protein complex || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans 7: chromatin || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 16: histone methyltransferase complex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

8: nuclear membrane|| S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 9: microtubule cytoskeleton || 17: cytoplasmic mRNA processing body || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.2 3.3 3.5 3.6 3.7 3.8 3.8 4.1 4.1 4.5 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.8 5.0 5.1 5.6 5.6 Notes 22 22 22 22 22 22 22 20 /21 17 /1819 16 15 14 9 12 /13 10 /11 9 6 6 /78 6 5 4 1 /23 PG F F F F E B B L O G G G G G G G G G G G G G LOC100506545 PPAN-P2RY11 HIST1H2BG HIST1H2BH HIST1H2BD HIST1H2BC HIST1H2BB HIST1H2BA HIST3H2BB HIST1H2BE Protein HIST1H2BF HIST1H2BJ METTL21A HIST1H2BI 100507927 TMEM30A AGPAT6 AKR1C2 AKR1C2 AKR1B1 AKR1D1 AKR1C4 PTPDC1 RPTOR VAMP3 HSDL1 PTPN9 RPS26 LGMN CLIP2 PELO LRG1 CPN2 DPP9 SSB 19: late endosome || 9: dendrite || 1: nucleosome || Num ofECMGenes:1.Predicted169 ECM 11,Geneset"microtubulebasalbody",Page4

20: lysosomal lumen L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 11: TORC1 complex || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: cytoplasmic microtubule || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 12: clathrin-coated vesicle || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: microtubule associatedcomplex || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

13: clathrin-coated vesicle membrane || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 5: cytosolic smallribosomal subunit|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 14: neuron projection || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

15: recycling endosome || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 6: smallribosomal subunit || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora

16: SNARE complex || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 7: cytoplasmic part|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 17: synapse || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

8: ribonucleoprotein complex || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

18: apical part ofcell || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.8 1.8 1.9 2.0 2.0 2.3 2.5 2.6 2.6 2.6 2.7 2.9 2.9 2.9 3.0 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 Notes 18 /1920 12 /1314151617 9 /1011 8 7 5 /6 3 /4 1 1 1 1 1 1 /2 1 PG Q S S B B M R R R B Q B J P P P F B O B F Protein ALDH1B1 ALDH1A1 ALDH9A1 SLC38A4 EIF4E1B MRE11A TRMT2A AKR1C1 AKR1C3 LRRC59 ZBTB17 IQSEC3 LRRIQ4 INPP5K INPP5E ABCC3 EIF4E2 GNA11 RTN4R LRCH2 STX1A ESYT1 TAF1L CLIP3 EIF4E NOS3 LRR1 STX2 TLR9 UBD 40: aggresome || 32: extrinsic tointernalside ofplasmamembrane || 23: inhibitorysynapse || 16: actomyosin || 9: trans-Golginetwork || 1: chromosome,telomeric region|| Num ofECMGenes:1.Predicted169 ECM 11,Geneset"microtubulebasalbody",Page5

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 41: cell-cell junction || 17: neuronprojection || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 24: postsynapticmembrane || 10: trans-Golginetwork membrane|| C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: condensednuclear chromosome|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 42: midbody ||

18: secretorygranule || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 33: heterotrimeric G-protein complex|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

25: basolateralplasma membrane|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 43: transport vesicle ||

11: mRNAcapbinding complex|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 19: SNAREcomplex || S.bicolor

3: Mre11complex || S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 44: apical part ofcell ||

34: anchored tomembrane || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

26: earlyphagosome || T.trahens T.trahens

4: nuclearchromatin || D.discoideum D.discoideum 20: synapticvesicle membrane||

12: cytoplasmicmRNA processingbody|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

45: caveola || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

35: mitochondrial nucleoid || S.sclerotiorum S.sclerotiorum 27: endolysosome membrane|| F.graminearum F.graminearum 5: earlyendosome membrane|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

46: endocytic vesiclemembrane A.clavatus A.clavatus 21: synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1acomplex || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

13: cytoplasmicstress granule|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

36: cilium axoneme|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 28: endosome || Y.lipolytica Y.lipolytica 6: Golgistack || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 29: endosomemembrane ||

K.lactis K.lactis PRESENCE 37: Golgi cisternamembrane || 7: membraneraft || 14: eukaryotictranslation initiationfactor4Fcomplex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

22: synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin Icomplex|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

8: recyclingendosome membrane|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta ABSENCE 30: lysosome|| S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 38: ruffle || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

31: transcriptionfactor TFIIDcomplex|| T.castaneum T.castaneum 39: ruffle membrane|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae 15: RNA-induced silencing complex|| A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.7 0.7 0.7 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.3 1.4 1.5 1.5 1.6 1.7 1.7 Notes 44 /4546 7 /25414243 40 9 /173839 36 /37 35 34 32 /33 31 25 /2627282930 9 /2324 16 /171819202122 11 11 /12131415 11 5 /678910 1 /234 PG A A Protein LDHAL6A TBC1D31 WHSC1 XRCC3 POLA1 BUB1 NSD1 XRN2 RPS7 IFT80 17: chromosome|| 10: alphaDNApolymerase:primasecomplex|| 1: ciliumaxoneme|| Num ofECMGenes:1.Predicted9 ECM 12,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: microtubulebasalbody|| L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 11: chromatin|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: aggresome|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 12: nuclearenvelope|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 4: 90Spreribosome|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

13: nuclearmatrix|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum 5: cytosolicsmallribosomalsubunit|| D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

14: condensedchromosomekinetochore|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 6: microtubuleorganizingcenter|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

15: condensednuclearchromosome,centromericregion|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

7: ribonucleoproteincomplex|| C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

8: ribosome|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 16: kinetochore|| P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

9: small-subunitprocessome|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.8 1.8 2.0 2.4 3.1 5.2 6.5 6.7 Notes 17 17 /18 14 /1516 10 /111213 4 /56789 3 1 /2 PG K J F I G G G G G G G G G H G C F C B F B E D C B B B B B B A A Protein ALDH16A1 LRRC10B AKR1B15 CYP2C19 CYP2C18 CYP2A13 PDCD6IP CYP2W1 CYB5RL AKR1C1 AKR1B1 AKR1D1 AKR1C4 AKR1C3 AKR1C2 AKR1C2 TMED10 TBXAS1 AKR1E2 CYP2R1 CYP2C9 CYP2A7 CYP1A1 LRRC28 PTPN23 CYP2J2 NOC2L LRRC2 LARP1 LARP6 ESYT3 ZC3H8 PGLS SSB FAP 16: gamma-secretase complex || 10: lamellipodium membrane || 1: cilium || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 2: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 11: chromatin assembly complex || T.annulata T.annulata 17: secretory granule membrane || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 3: endosome || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 12: cis-Golgi network || 18: trans-Golgi network transport vesicle || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: microtubule basalbody || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

13: COPI-coated vesicle || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

5: melanosome || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

19: transport vesicle membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 14: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

6: microtubule organizingcenter || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

20: zymogen granule membrane C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: ribonucleoprotein complex || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

15: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 8: invadopodium membrane || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

9: lamellipodium || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 10.3 10.6 11.2 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.7 13.9 13.9 14.0 14.3 14.7 14.7 14.7 15.3 15.4 15.7 16.1 16.4 16.4 16.4 16.4 16.4 16.4 16.4 Notes 5 /121314151617 /181920 11 7 8 /910 7 5 /6 1 /234 PG G G G G G G T F S F S R J Q P P A N O N O N E D D M M M M M M M A L TMED7-TICAM2 Protein ALDH3B1 HSD11B2 CYP27A1 CYP26B1 CYP26A1 CYP51A1 SLC36A4 BCKDHB BCKDHA IGF2BP3 LRSAM1 CYP4X1 PTPRZ1 CYP4Z1 PTPRG ACCSL PPME1 PDHA1 PDHA2 LRCH4 ZADH2 ALDH2 CCBL2 CCBL1 SNX30 PDHB ACCS PUM2 PUM1 SNX7 DPP4 GPT2 GPT TAT 10: mitochondrial alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex || 1: perineuronal net|| Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis 2: proteinaceous extracellular matrix|| L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 11: cytoplasmic stress granule || O.lucimarinus O.lucimarinus 3: endocytic vesicle|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

13: cytoplasmic vesicle membrane || S.pombe S.pombe

5: invadopodium membrane || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 6: lamellipodium || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 14: PML body || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

7: lamellipodium membrane || C.dubliniensis C.dubliniensis 15: membrane part

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni ABSENCE 8: membrane raft|| S.mansoni B.malayi B.malayi

9: pyruvate dehydrogenase complex|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 9.0 9.0 9.0 9.1 9.1 9.2 9.2 9.4 9.4 9.5 9.6 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 10.0 10.1 Notes 15 14 13 12 11 10 10 9 3 /45678 1 /2 PG U F J G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G Protein CYP21A1P CYP4A22 CYP4A11 CYP46A1 CYP3A43 CYP24A1 CYP21A2 CYP11A1 CYP19A1 CYP17A1 CYP11B2 CYP11B1 CYP27C1 CYP27B1 CYP4F22 CYP4F12 CYP4F11 PRKAG3 CYP4B1 CYP3A7 CYP3A5 CYP3A4 CYP2U1 CYP2D6 CYP2C8 CYP2B6 CYP2A6 LRRC40 CYP4V2 CYP2S1 CYP4F8 CYP4F3 CYP4F2 CYP2F1 TMED7 11: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane || 1: mitochondrial outermembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

3: dendritic spine|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri 12: AMP-activated protein kinase complex V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 4: synaptic vesicle|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

5: terminal button|| D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

6: mitochondrial crista || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

7: perikaryon || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 8: COPIvesicle coat|| L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 9: COPII vesicle coat|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

10: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.5 8.6 8.8 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 Notes 12 8 /91011 6 /7 3 /45 2 1 PG D D e D X V F d d d d d d c c c c c c c G K B b b b F a Z A Y X W V Protein RHOBTB2 ALDH7A1 ALDH6A1 ALDH5A1 AKR1B10 ACADSB CLCNKB CLCNKA RANBP9 PDZRN4 AMIGO2 CYP1B1 SPTLC3 SPTLC2 SPTLC1 ACADS ACAD9 CERS5 FAAH2 DCTN1 CLCN5 CLCN4 CLCN3 CLCN7 CLCN6 ALAS1 ALAS2 ESYT1 GCAT FAAH TBCE FA2H BGN NIT2 CTH 27: cytoplasmic dynein complex || 18: serine C-palmitoyltransferase complex || 10: chloride channel complex || 1: microtubule associatedcomplex || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page4

11: early endosome || T.annulata T.annulata

28: kinetochore || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 2: endomembrane system || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 19: SPOTS complex || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

29: spindle pole P.tricornutum P.tricornutum 12: early endosome membrane || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

3: organelle membrane || V.carteri V.carteri 20: extracellular matrix || P.patens P.patens

4: nuclear membrane|| T.trahens T.trahens 21: Golgi lumen || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 14: late endosome membrane || S.pombe S.pombe 22: lysosomal lumen || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: dendrite || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: lysosome || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 23: proteinaceous extracellular matrix || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 15: transport vesicle membrane || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 7: endosome membrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 24: sarcolemma || 16: vesicle membrane || V.polyspora V.polyspora 8: cytoplasmic vesicle || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 25: transport vesicle || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 17: apical part ofcell || D.pulex D.pulex 9: lysosomal membrane || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae 26: cell leading edge || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.7 7.7 7.7 7.7 7.7 7.7 7.7 7.8 7.8 7.8 7.8 7.8 7.8 7.8 8.0 8.0 8.1 8.1 8.1 8.1 8.2 8.2 8.3 8.4 8.4 8.4 8.5 8.5 Notes 26 /272829 20 /2122232425 18 18 18 /19 7 /17 12 /14 11 /1213141516 10 10 8 /9 7 6 5 4 2 /3 1 PG R R B i i F K M h f g g f f f f f f f f f f f D D D D D D Protein ALDH4A1 ALDH3B2 ALDH3A1 ALDH3A2 ALDH8A1 ALDH1L1 SLC22A4 KCNAB2 RTN4IP1 LRRC27 MSRB2 MSRB3 AADAT CCNB3 CCNA1 CCND2 CCND1 CCNB2 CCNB1 CCNA2 SVOPL COPS4 CCNE2 CCNE1 CNTD2 SGPL1 PTRH2 NAA50 ESYT2 MECR CCNO CCNK CCNI CBS IDE 9: nuclear membrane || 1: peroxisome || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page5

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

2: female pronucleus|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis

10: signalosome || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 3: malepronucleus || P.yoelii P.yoelii 11: cytosolic proteasome complex || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

4: condensed nuclearchromosome outerkinetochore || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 12: peroxisomal matrix || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

13: integral to endoplasmic reticulum membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

5: spindle pole|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 6: microtubule cytoskeleton || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 14: juxtaparanode region ofaxon M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

7: cyclin-dependent protein kinaseholoenzyme complex|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.9 6.9 6.9 6.9 6.9 6.9 6.9 7.0 7.0 7.0 7.2 7.3 7.3 7.3 7.4 7.4 7.4 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 Notes 14 13 1 /1112 10 6 7 7 /89 7 6 4 /5 2 /3 1 PG L H H R K R B q C p n m m o N n n N o l n m H l B E Y k k j j Protein HMGCLL1 SLC36A1 C12orf65 PGRMC2 PGRMC1 KCNAB3 DHTKD1 AKR7A3 LARP1B CYB5R1 CYB5R3 ADSSL1 CYB5R2 GMPPB EIF2B3 RASA4 CERS2 MTRF1 COX10 JMJD4 DPP10 VAT1L OGDH IREB2 PDHX ACO2 ACO1 ADSS ADH6 PDK1 DLAT DLST CLP1 IDH2 DBT 14: lysosomal membrane 7: oxoglutarate dehydrogenase complex || 1: tRNA-intron endonuclease complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page6

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 2: eukaryotic translationinitiation factor2B complex || P.falciparum P.falciparum 8: mitochondrial membrane || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

9: pyruvate dehydrogenase complex || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

3: nuclear membrane|| R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

10: intrinsic to internal sideofplasma membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 4: microtubule cytoskeleton || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

5: mitochondrial alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

11: hemoglobin complex || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

12: lipid particle || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

6: mitochondrial nucleoid || D.pulex D.pulex

13: mitochondrial outer membrane || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.8 5.8 5.8 5.9 5.9 5.9 5.9 6.0 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.3 6.4 6.5 6.5 6.6 6.6 6.7 Notes 14 11 /1213 10 9 8 8 7 4 /56 3 2 1 PG Z t t t t F F B F s s s e F B A q g r r r r r U U MEF2BNB-MEF2B Protein CYP21A1P RHOBTB1 LYPLAL1 PRKAG2 PRKAG1 KCNAB1 CHRAC1 ECHDC2 ECHDC3 RPUSD4 AKR1A1 LYPLA2 LYPLA1 PTPN13 HADHA FBXW9 MSRB1 MEF2A MEF2D MEF2C MEF2B 651921 GLYR1 SPHK2 UCKL1 LRCH3 LRCH1 ECH1 LRG1 BBS4 PDK3 LRR1 PIN1 NIT1 19: peroxisome || 10: centriolar satellite || 1: AMP-activated proteinkinase complex || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page7

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 20: mitochondrial fatty acid beta-oxidation multienzyme complex || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 11: centriole || Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

2: nuclear speck|| P.chabaudi P.chabaudi

12: cilium membrane || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: nuclear chromatin|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

13: microtubule basalbody || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 21: mitochondrial nucleoid L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 4: cellbody || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 14: motile cilium || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 5: lamellipodium || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 15: nonmotile primary cilium || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

6: neuron projection|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

7: chromatin accessibilitycomplex || Y.lipolytica Y.lipolytica 16: pericentriolar material || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 17: midbody || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 8: epsilon DNApolymerase complex|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni ABSENCE

18: lysosomal membrane || S.mansoni B.malayi B.malayi

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.6 4.7 4.7 4.8 4.8 4.8 4.9 4.9 4.9 5.0 5.1 5.1 5.1 5.2 5.3 5.3 5.4 5.4 5.4 5.5 5.5 5.5 5.5 5.5 5.5 5.5 5.7 5.7 5.7 Notes 20 /21 19 18 2 /17 9 /10111213141516 7 /8 4 /56 3 2 1 1 PG R { | { { D D D z y B Y Y F i b i L F x A w v u u u u V t MPHOSPH10 Protein PPAPDC1A ALDH1B1 ALDH9A1 ALDH1A1 SDR42E1 SLC38A4 C12orf10 GPCPD1 PPAP2A PPAP2B AKR7A2 LRRC29 GRHPR PHGDH TRIM21 ACOXL CERS6 CERS4 LRCH2 CTBP1 CTBP2 PTPN9 TTC37 HAGH PODN CLIP3 SDHA POLH PNKP SV2B SV2C VAT1 TAF3 ECI2 25: adherens junction || 18: proteinaceous extracellular matrix || 10: Ski complex || 1: peroxisomal matrix|| Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page8

11: transcriptionally active chromatin || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 26: mitochondrial outer membrane 2: earlyendosome membrane || Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 19: nuclear membrane || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 3: Golgistack || N.gruberi N.gruberi 12: cytoplasmic part || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 20: mitochondrial respiratory chain complex II || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: membrane raft|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 13: chromosome || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 5: recycling endosomemembrane || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

14: small nucleolar ribonucleoprotein complex || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

21: transcription factor TFIID complex || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: trans-Golgi network || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

22: cytoplasmic mRNA processing body || Y.lipolytica Y.lipolytica 15: synaptic vesicle membrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: trans-Golgi networkmembrane || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 16: peroxisome || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 23: ribonucleoprotein complex || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta

8: synapse || S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

17: acrosomal vesicle || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

9: transcriptional repressor complex|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti 24: SCF ubiquitin ligase complex || A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.3 3.3 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.5 3.5 3.5 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 3.7 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 4.0 4.0 4.0 4.1 4.2 4.2 4.3 4.3 4.3 4.3 4.4 4.4 Notes 26 25 22 /2324 21 19 20 19 18 15 /17 16 15 13 /14 12 10 /11 1 9 8 /9 2 /34567 1 PG A A A A A A a a a ~ F r B } } } G F p o S F t L i | i j j Protein SLC22A13 SLC22A15 PRPS1L1 SLC36A2 MYO18B MYO15A CYB5D2 MTRF1L CYP1A2 LRRC70 FBXL15 HMGCL MYO1G NRROS MYO1H MYO1C SGSM2 WDR52 MYO19 NOC3L ECHS1 AKR7L PRPS1 PRPS2 FADS1 FADS3 FADS2 LACE1 NOL10 DDX23 FLRT1 NENF SNX1 PHF8 SRF 19: myosin complex || 10: basal plasma membrane || 1: catalytic step2spliceosome || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page9

11: brush border || B.bovis T.annulata T.annulata 2: U5snRNP || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

21: sarcomere || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

3: SCFubiquitin ligasecomplex || P.infestans P.infestans 12: filamentous actin || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

22: mitochondrial outer membrane C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

13: lateral plasma membrane || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula 4: earlyendosome membrane || M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

14: microvillus || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: endosome membrane || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 15: nuclear pore || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

6: peroxisome || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 16: stereocilium membrane || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 7: nuclear speck|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 17: stress fiber || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

8: nuclear chromatin|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 18: unconventional myosin complex ||

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

9: proteinaceous extracellular matrix|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.6 2.7 2.7 2.7 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.9 2.9 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.2 Notes 19 /22 18 /21 19 /20 19 19 10 /1112131415161718 9 8 7 6 4 /5 3 1 /2 PG z A x f F h y K t } } F A Protein PRPSAP1 PRPSAP2 PPP2R2C PPP2R2B PPP2R2A PPP2R2D SEC14L1 SEC14L5 RASA4B MRE11A MTHFD2 MTHFD1 YEATS2 RFPL4B IGFALS MYO1A HAGHL MCCC1 WDR74 CCND3 ABHD3 PCGF1 RTN4R CCNT2 SENP6 RPS11 MAGI3 IMPA2 AKTIP RBKS POLK NFX1 IPO4 ECI1 GCA 17: chromosome, telomeric region || 10: cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex || 1: basalplasma membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page10

18: condensed nuclear chromosome || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 11: nuclear pore || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii 3: brush border || C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 19: Mre11 complex || O.sativa O.sativa 12: protein phosphatase type2A complex || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: cortical actincytoskeleton || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 20: nuclear chromatin || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

5: filamentous actin|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum

13: mitochondrial outer membrane || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 21: FHF complex || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 6: lateral plasma membrane || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

22: HOPS complex || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 14: tight junction || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

23: PcG protein complex || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

7: microvillus || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

15: cytosolic small ribosomal subunit || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

8: myosin complex|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

24: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: anchored tomembrane || B.mori B.mori 16: ribosome || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.5 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.7 1.9 1.9 1.9 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.1 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.3 2.3 2.3 2.3 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 2.5 2.5 Notes 24 23 21 /22 17 /181920 15 /16 14 12 12 /13 12 12 11 10 9 1 /2345678 PG L q q F v I K D D R R ~ Y K J Protein 100508894 KIAA0141 ALDH1A3 ALDH1A2 SLC38A6 MOGAT2 HEATR1 PHLPP2 IQSEC3 GANAB ZNF768 SGSM1 RPTOR WDR45 EIF4G2 TMED3 CERS3 ETFDH CDC16 HSDL1 NLRP1 ALG11 ZC3H4 MGAM GANC SORD SIRT1 WIPI2 ADH5 PDK4 PDK2 GZF1 SYT7 SYT3 40: trans-Golgi network || 32: nuclear euchromatin || 24: pre-autophagosomal structure membrane || 13: endoplasmic reticulum lumen || 6: NLRP1 inflammasome complex || 1: eukaryotic translationinitiation factor4F complex || SI Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page11

25: anaphase-promoting complex || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

2: COPIvesicle coat|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

15: brush border || C.merolae C.merolae

34: nuclear inner membrane || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

3: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 16: membrane raft || A.lyrata A.lyrata

26: spindle || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

8: endosome || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 35: PML body || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 27: spindle microtubule || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 17: cilium || U.maydis U.maydis 9: synaptic vesicle membrane || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 36: rDNA heterochromatin || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 18: flagellum || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

28: chromatin silencing complex || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

4: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartmentmembrane || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 19: lysosome ||

10: nuclear membrane || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 37: pyruvate dehydrogenase complex || A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 20: dendrite || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 29: ESC/E(Z) complex || S.stipitis S.stipitis

11: integral to mitochondrial inner membrane || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 21: TORC1 complex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

38: inhibitory synapse || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 30: nuclear chromatin || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 22: autophagic vacuole || S.rosetta S.rosetta 5: Golgicisterna membrane || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS

39: postsynaptic membrane || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

12: mitochondrial membrane || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

31: nuclear envelope || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

23: autophagic vacuole membrane || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 Notes 41 38 /3940 37 28 /2930313233343536 25 /2627 22 /2324 19 /2021 9 /19 12 /1718 15 /16 13 /14 11 /12 10 8 /9 7 6 2 /345 1 PG K A D A F A W A Q b X v Q Protein LOC729468 HSD11B1L 100287382 TMEM30A KIAA1161 RANBP10 HSD17B4 PAPOLG PAPOLB PAPOLA MYO18A TAMM41 SUCLG1 UNC13A LPCAT4 HADHB MYO5B MYO1D SARDH MTFMT REXO1 QRSL1 RABL6 BCAT1 BCAT2 ISCA2 ISCA1 GCDH MYO6 SLIT2 WIPI1 CUL5 PEX5 MRI1 IPO9 40: cytoplasmic vesiclemembrane || 31: mitochondrial outer membrane || 23: filamentous actin || 16: cell cortex || 8: peroxisomal matrix || 1: autophagic vacuolemembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page12

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

17: clathrin-coated endocytic vesicle || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis

24: microvillus || T.gondii T.gondii 9: peroxisomal membrane || Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: clathrin-coated vesicle || 32: cell projection || 41: dendritic spine|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 25: ruffle || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

10: peroxisome || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 18: clathrin-coated vesicle membrane ||

33: nuclear pore || N.gruberi N.gruberi 42: presynaptic membrane 26: ruffle membrane || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: endosome membrane || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

11: nuclear membrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 34: cytoplasmic microtubule || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 27: unconventional myosin complex || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 4: pre-autophagosomal structure || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

19: coated pit || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

12: glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

35: axolemma || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe

20: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 28: mitochondrial envelope || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

5: pre-autophagosomal structure membrane || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

36: myosin complex || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

13: Cul5-RING ubiquitin ligasecomplex || Y.lipolytica Y.lipolytica 29: mitochondrial fatty acid beta-oxidation multienzyme complex || P.pastoris P.pastoris

37: smooth endoplasmic reticulum || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 21: DNA-directed RNA polymerase II, holoenzyme || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 6: trans-Golgi network || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 22: endocytic vesicle || P.humanus P.humanus A.mellifera

39: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 30: mitochondrial nucleoid || B.mori B.mori

15: axon || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 1.0 1.0 1.0 1.0 Notes 42 36 /4041 36 /3839 35 /3637 34 33 32 28 /293031 11 /1415161718192021222324252627 13 12 11 8 /910 8 /910 7 1 /23456 PG w F F v t T F v i i F K K Protein 100506332 DCLRE1A RTN4RL2 IGF2BP2 TRMT2A MRPS12 RASAL1 LRRC18 LRRC69 SLC2A7 SLC2A5 INPP5K INPP5E THADA NSDHL AHSA1 RAD51 PEX5L HIBCH TAF1L IMPA1 GNAS YIF1A PGM3 CYC1 ALG2 CTR9 STX2 SYT5 BTF3 TLR9 CIB4 UBD SET 42: extrinsic to internal sideof plasma membrane || 32: ruffle || 25: lateral element || 17: nuclear speck || 9: intrinsic tointernalside ofplasmamembrane || 1: dense core granule|| Num ofECMGenes:1.Predicted453 ECM 13,Geneset"microtubulebasalbody",Page13

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 33: ruffle membrane || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major 18: transcriptionally active chromatin || 26: PML body || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 2: neuron projection|| Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 34: trans-Golgi network || P.falciparum P.falciparum

27: cell tip || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

10: basolateral plasmamembrane || P.tetraurelia P.tetraurelia 43: heterotrimeric G-protein complex || T.thermophila T.thermophila 3: recycling endosomemembrane || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 28: dendrite || N.gruberi N.gruberi

19: anchored toplasma membrane || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

35: cilium axoneme || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

29: intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

11: early phagosome || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 4: synaptic vesiclemembrane ||

44: intrinsic to membrane || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 36: Golgi cisterna membrane || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 20: external side ofplasma membrane || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 12: endolysosome membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 45: trans-Golgi network membrane || S.sclerotiorum S.sclerotiorum

5: mitochondrial ribosome || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 37: aggresome || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 21: membrane raft || A.niger A.niger Fungi 30: peroxisomal membrane || A.nidulans A.nidulans 13: endosome ||

38: cell-cell junction || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 6: smallribosomal subunit || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

46: respiratory chain P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 22: cytoskeletal part || 14: endosome membrane || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis

39: midbody || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 31: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 7: transcription factorTFIID complex|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 40: transport vesicle || 23: condensed chromosome || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

15: lysosome || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

16: Cdc73/Paf1 complex || A.pisum A.pisum 41: lipid particle || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori

24: condensed nuclear chromosome || B.mori 8: axon || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 Notes 46 32 /4042434445 41 10 /21383940 37 35 /36 2 /323334 31 27 /282930 23 /242526 22 19 /2021 16 /1718 10 /1112131415 9 8 7 5 /6 1 /234 PG Protein WDR35 1: ciliumaxoneme|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 14,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: microtubulebasalbody L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: ciliummembrane|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: ciliumpart|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 4: microtubulebasalbody|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: photoreceptorconnectingcilium|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 6: primarycilium|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

7: ciliumaxoneme P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.1 4.8 Notes 4 /7 6 1 /2345 PG K J I H G G B F F E E D C B B A A Protein TRAF3IP1 FGFR1OP ZC2HC1A CCDC135 FAM188B ROPN1B ROPN1L DNAAF2 CCDC63 CCDC37 CCDC38 CCDC13 HEATR2 SPAG16 ODF3L2 CXorf22 TTC30A TTC30B CEP164 DNALI1 KIFAP3 ENKUR ROPN1 FOPNL DLEC1 SPEF1 CEP76 RIBC2 PIBF1 ODF3 IFT52 IFT46 IFT57 IQUB IQCH 19: axonemal dynein complex || 10: condensed nuclear chromosome || 1: centriolar satellite|| Num ofECMGenes:1.Predicted86 ECM 16,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: microtubule basalbody || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis

20: axoneme T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

11: kinesin II complex || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 3: motile cilium || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 12: spindle microtubule || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays

4: centriole || Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

13: cilium || R.communis

5: flagellum || R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 14: motile primary cilium || S.commune S.commune 6: dendrite terminus|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 7: photoreceptor connecting cilium|| A.flavus A.flavus 15: outer dense fiber || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 16: intraflagellar transport particle B || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 8: acrosomal vesicle||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

9: microtubule-based flagellum || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 17: cilium axoneme || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 9.8 9.9 10.3 10.3 10.3 10.4 10.6 10.8 11.9 11.9 12.1 12.8 13.2 14.1 14.2 14.3 14.4 15.0 15.0 15.4 15.8 16.1 16.9 17.3 17.5 17.7 17.8 17.8 20.1 21.2 22.4 22.4 27.9 38.0 Notes 9 /17 19 /20 17 /18 6 /7916 15 5 /13 2 /914 3 13 13 5 /13 10 /1112 8 /9 2 /67 4 5 4 1 /23 PG M P D H I J R Q O P O N M M G K C L Protein TCTEX1D4 100510311 100290184 KIAA1751 ZMYND12 ZC2HC1B CCDC146 CCDC113 UNC119B C15orf26 C6orf165 C21orf59 AXDND1 RSPH6A CCDC96 CC2D2B CCDC65 SPATA4 UNC119 PACRG WDR96 ODF3B PDE6D RSPH3 EFHC2 IFT140 TTC26 TTC29 RIBC1 DZIP1 POC5 GAS8 OFD1 B9D1 B9D2 11: primary cilium || 1: ciliary transition zone || Num ofECMGenes:1.Predicted86 ECM 16,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

12: microtubule-based flagellum L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: cellbody || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 3: cilium || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 4: centriole || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 5: cilium basal body|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 6: cilium axoneme || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 7: photoreceptor connecting cilium|| P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii

8: microtubule basalbody || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 10: microtubule cytoskeleton || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.9 5.0 5.1 5.4 5.6 5.7 5.8 5.9 6.1 6.2 6.3 6.5 6.7 6.8 6.8 7.0 7.1 7.1 7.2 7.3 7.3 7.4 7.4 7.6 7.9 7.9 8.2 8.2 8.3 8.6 8.8 8.9 9.0 9.1 9.7 Notes 4 1 /689 3 /812 11 3 /4810 6 /89 5 /67 4 /5 2 /3 1 PG C R L N Q P Protein TCTEX1D1 CCDC176 SPATA17 C20orf26 RSPH4A TMEM67 CC2D2A CLUAP1 CCDC40 TTC21A DZIP1L RABL5 RTDR1 MKS1 DRC1 BBS5 IFT81 11: microtubule-basedflagellum|| 1: microtubulebasalbody|| Num ofECMGenes:1.Predicted86 ECM 16,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

12: BBSome|| T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 13: ciliarytransitionzone T.pseudonana T.pseudonana

3: cilium|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: centriole|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

5: ciliumbasalbody|| V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

6: ciliummembrane|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 7: cytoplasmicvesiclemembrane|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 8: ciliumaxoneme|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 10: intraflagellartransportparticleB|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.7 1.2 1.3 1.8 2.2 2.3 2.7 2.8 2.9 2.9 3.4 4.0 4.0 4.1 4.2 4.3 Notes 1 /213 1 /612 3 /1011 8 /9 1 /267 4 /5 3 1 /2 PG K J J I H H G E B A D G F E A D C B A Protein TCTEX1D4 TCTEX1D1 100290184 TRAF3IP1 CCDC146 CCDC147 CCDC135 C21orf59 RSPH4A CCDC39 HEATR2 CCDC37 CCDC38 CCDC65 SPATA4 TTC30A TTC30B CEP104 CEP120 CEP164 PACRG DNALI1 ENKUR WDR65 WDR96 WDR65 CENPJ EFHC2 SPEF1 TCTE3 GAS8 ODF3 IFT57 IFT52 IQUB 12: dendrite terminus || 1: cilium || Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 17,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: microtubule-based flagellum || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 14: photoreceptor connecting cilium || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

4: centriole || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

5: flagellum || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 15: outer dense fiber || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

6: dynein complex|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 16: motile cilium P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 7: axonemal dyneincomplex || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis

8: axoneme || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata

9: acrosomal vesicle|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 10: cellbody || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti Metazoa 11: cilium axoneme|| C.quinquefasciatus C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 9.7 9.9 10.0 10.2 11.1 12.0 12.6 13.3 13.3 13.6 13.8 14.6 17.5 17.5 17.8 18.0 19.0 19.3 19.4 20.3 20.3 21.7 22.2 23.1 23.5 23.5 23.9 25.0 25.0 25.9 30.2 31.4 32.9 45.0 Notes 11 /16 2 /1214 3 /11 4 15 3 /121314 11 1 1 4 1 /10 3 /9 7 /8 1 /5 6 1 /5 4 1 /23 PG A C M I L M K F L I Protein TCTEX1D2 C16orf93 C6orf165 C16orf80 AXDND1 RSPH6A DNAAF2 MEGF11 CCDC40 CLUAP1 CCDC63 SPAG16 ODF3L2 TTC21A C4orf22 LRRIQ3 MYCBP TTLL12 KIFAP3 PIH1D1 DZIP1L FOPNL ODF3B RSPH9 RSPH3 DLEC1 ATAT1 IFT140 TTC26 PIBF1 DZIP1 DRC1 IFT46 IFT81 B9D2 19: TCTN-B9D complex 10: kinesin II complex || 1: centriole || Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 17,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium basal body|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 11: spindle microtubule || Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: cilium axoneme || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

12: primary cilium || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

4: photoreceptor connecting cilium|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

13: microtubule basalbody || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 5: cilium || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

14: motile primary cilium || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana 6: intraflagellar transportparticle B|| B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

15: basolateral plasma membrane || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

7: microtubule-based flagellum || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 16: centriolar satellite ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 8: flagellar axoneme|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 17: motile cilium || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 9: condensed nuclearchromosome || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

18: pre-snoRNP complex || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 1.4 1.6 1.9 2.0 2.1 2.5 2.7 2.7 2.8 3.1 3.4 3.9 3.9 4.5 4.8 5.5 6.3 6.3 6.9 7.3 7.3 7.4 7.4 7.6 7.6 7.7 8.1 8.2 8.6 9.1 9.2 9.2 9.4 9.6 Notes 3 /1319 5 3 /17 18 13 /1617 15 7 /1314 12 9 /1011 3 /8 1 /2 5 /67 2 /34 1 /2 PG Protein SPATA17 SSNA1 Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 17,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.2 Notes PG E E D A D C C B B A LOC100506209 LOC100505841 LOC100505841 Protein RPGRIP1L ZMYND12 TMEM231 CCDC176 ROPN1B DNAAF2 CCDC63 CCDC19 CCDC37 CCDC38 CCDC81 SPAG17 HSPB11 LRRC43 CXorf22 ZNF474 ARMC2 PIH1D3 ROPN1 DNHD1 DYDC1 VASH2 VASH1 CEP19 TTC29 RIBC2 RIBC1 PIBF1 POC5 OFD1 TEX9 IQCH 11: flagellum || 1: centriole || Num ofECMGenes:1.Predicted42 ECM 18,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium || T.cruzi T.cruzi 12: ciliary transition zone || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 3: microtubule basalbody || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 13: cilium membrane || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

4: microtubule cytoskeleton || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

14: TCTN-B9D complex || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 5: cell-cell junction|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 15: dynein complex || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe

6: cilium axoneme || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

16: spindle pole N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

7: tightjunction || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

8: intraflagellar transportparticle B|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 10: flagellar axoneme|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.6 3.2 3.7 4.1 4.1 4.2 4.5 4.5 4.6 4.6 4.7 5.4 5.5 5.5 5.9 6.0 6.4 8.1 8.1 8.1 8.3 9.1 9.6 9.7 10.4 11.1 13.1 13.8 16.0 18.4 18.7 21.9 24.9 28.5 Notes 1 /16 15 12 /1314 11 2 /10 9 2 /8 2 /3567 1 1 /234 PG Protein FAM184B FAM221A C15orf26 C12orf55 DNAAF3 NPHP4 STPG2 IFT57 1: cell-celljunction|| Num ofECMGenes:1.Predicted42 ECM 18,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

3: microtubulebasalbody|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 4: tightjunction|| P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.5 0.6 0.8 1.1 1.2 1.5 1.8 Notes 3 /56 1 /234 PG D D B C C B A A LOC100505841 LOC100505841 Protein RPGRIP1L TMEM231 CCDC146 FAM154B CCDC176 FAM184B CCDC151 RPGRIP1 TMEM67 DNAAF2 DNAAF3 CCDC37 ARL2BP CXorf22 SLC9B1 SLC9B2 ZNF474 DYDC1 VASH1 VASH2 NPHP4 STPG2 CEP95 CEP19 RIBC1 PIBF1 POC5 OFD1 IFT81 IFT74 IQCG TEX9 IQCH 19: spindle pole || 10: mitochondrial membrane || 1: cell-cell junction|| Num ofECMGenes:1.Predicted36 ECM 19,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

20: ciliary transition zone || L.major L.major L.braziliensis 2: cilium || L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 11: centriole || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

3: cilium axoneme || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 12: microtubule cytoskeleton || 21: apical part of cell T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

4: microtubule basalbody || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

13: midbody || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 5: tightjunction || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 14: mitochondrial intermembrane space || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 6: axoneme || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

7: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi

15: spindle || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

16: cilium membrane || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

8: intraflagellar transportparticle B|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 17: cytoplasmic vesicle membrane || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 9: microtubule-based flagellum || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 18: TCTN-B9D complex || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.9 1.6 2.0 2.9 2.9 3.5 4.4 4.4 4.9 5.4 6.9 7.7 7.8 8.7 8.8 9.0 9.1 10.2 10.5 11.2 11.5 11.5 11.7 13.6 15.5 15.6 17.1 17.2 17.3 18.0 19.0 22.9 23.6 55.1 Notes 21 16 /1820 2 /89 11 19 11 /19 4 /161718 13 /1415 2 /41112 1 /245 10 7 /89 2 /6 1 /2345 PG Protein MYCBPAP SPA17 1: flagellum|| Num ofECMGenes:1.Predicted36 ECM 19,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: motilecilium|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

3: primarycilium P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.9 Notes 1 /23 PG Protein IFIT1B IFT20 1: centriole|| Num ofECMGenes:1.Predicted1 ECM 20,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 3: dendriteterminus|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 4: intraflagellartransportparticleB|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: microtubulebasalbody T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 Notes 1 /2345 PG C D D A C B A B A Protein CATSPER2 CATSPER1 CATSPER3 100510311 100510158 RPGRIP1L C20orf194 TMEM231 FAM221B FAM221A FAM184B CCDC151 RPGRIP1 C12orf55 TMEM67 DNAAF3 CCDC63 CCDC77 PLXNB3 LRRC43 SLC9B1 MYOM2 TRIM67 ARMC2 NPHP4 RTDR1 CEP19 PIBF1 MKS1 POC5 OFD1 B9D2 IQCG B9D1 IQCH 11: cilium axoneme || 1: cell-cell junction|| Num ofECMGenes:1.Predicted43 ECM 21,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: microtubule basalbody || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

13: acrosomal vesicle || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 4: tightjunction || 14: CatSper complex || P.patens P.patens

15: flagellar membrane || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 6: spindle pole|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

16: myosin filament || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

7: cilium membrane || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

17: microtubule cytoskeleton C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

8: cytoplasmic vesiclemembrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 9: TCTN-B9D complex || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 10: ciliary transitionzone || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.5 3.3 3.4 3.5 3.7 3.7 3.7 4.4 4.7 4.9 5.6 5.6 5.8 5.9 5.9 6.6 7.0 7.2 8.0 8.0 8.2 8.4 10.8 11.9 12.4 14.3 14.9 15.0 17.3 18.0 18.8 19.0 19.7 20.3 Notes 2 /3517 3 /911 16 2 /1415 5 2 /1415 1 /23411 3 /9 2 /131415 2 /12 3 /91011 7 /910 3 /789 5 /6 1 /234 PG E E E C Protein MYCBPAP UNC119B DNAAF2 UNC119 ZNF474 PDE6D RABL5 CNTN1 TEX9 1: anchoredtomembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted43 ECM 21,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum 2: ciliarytransitionzone C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.9 1.2 1.5 1.8 Notes 2 1 PG Protein RAB3IP DOK4 1: actincorticalpatch|| Num ofECMGenes:1.Predicted1 ECM 22,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: microtubulebasalbody P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.9 Notes 1 /23 PG C C A B B A B A A A A Protein CNTNAP2 CNTNAP5 EPB41L2 FRMD4A FERMT1 FERMT2 GPR116 FRMD3 BCAR3 FRMD5 EPB41 RABIF BTG1 NRP1 NXF3 VCL EZR 39: fasciaadherens|| 30: voltage-gatedpotassiumchannelcomplex|| 20: neurofilament|| 10: microvillus|| 1: actincytoskeleton|| Num ofECMGenes:1.Predicted16 ECM 23,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 11: microvillusmembrane|| L.major L.major 21: receptorcomplex|| L.braziliensis L.braziliensis 40: nuclearRNAexportfactorcomplex

2: actinfilament|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

3: apicalpartofcell|| P.yoelii

31: cellcortex|| P.yoelii

22: semaphorinreceptorcomplex|| P.tetraurelia P.tetraurelia

12: ruffle|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

13: rufflemembrane|| C.reinhardtii C.reinhardtii 32: filamentousactin|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: basolateralplasmamembrane|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

23: tightjunction|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 14: uropod|| P.trichocarpa P.trichocarpa 33: stressfiber|| R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 5: corticalcytoskeleton|| 24: axolemma|| 15: signalosome|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 34: adherensjunction|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 25: axon|| P.anserina P.anserina

16: spectrin|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 6: extrinsictomembrane|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

35: cell-celladherensjunction|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 26: dendrite|| A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

17: spectrin-associatedcytoskeleton|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 27: earlyendosome|| D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii

7: filopodium|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 36: cell-celljunction||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 8: focaladhesion|| V.polyspora V.polyspora 28: juxtaparanoderegionofaxon|| C.glabrata C.glabrata 18: cytoplasmicvesicle|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 37: cell-substratejunction|| M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 9: microtubulebasalbody||

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

19: growthcone|| P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

29: perikaryon|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

38: costamere|| A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 1.0 1.0 3.0 3.2 5.3 5.8 5.8 10.6 15.0 Notes 8 /1332 40 2 /833343536373839 8 /313233 6 24 /252627282930 23 18 /19202122 5 /61617 6 /1516 6 1 /234567891011121314 PG Protein TMEM231 TMEM216 FAM227B C12orf55 CHST15 C1orf53 ZNF474 ARMC2 DYDC2 HHATL CEP19 RIBC1 OFD1 1: cilium|| Num ofECMGenes:1.Predicted12 ECM 24,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: TCTN-B9Dcomplex|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: ciliarytransitionzone|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 5: ciliummembrane|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 6: centriole|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 7: microtubulecytoskeleton|| A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 8: spindlepole

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 2.7 2.9 2.9 3.1 3.3 3.3 3.8 5.3 8.3 9.4 11.7 Notes 6 /8 1 /267 3 /45 1 /23 PG Protein MYCBPAP POLR1E CCDC81 CCDC77 C2CD3 1: microtubulebasalbody Num ofECMGenes:1.Predicted4 ECM 25,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.2 6.5 11.3 13.8 Notes 1 PG B B A A A Protein KIAA1199 NECAB2 PKD2L2 PKD2L1 PKHD1 PKD2 CD36 17: externalsideofplasmamembrane|| 9: lamellipodium|| 1: basalcortex|| Num ofECMGenes:1.Predicted6 ECM 26,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

10: microtubulebasalbody|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 18: membraneraft|| P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: cell-celljunction|| P.infestans

11: mitoticspindle|| P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

19: phagocyticvesicle|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: cilium|| Z.mays Z.mays 12: motileprimarycilium|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 5: ciliumpart|| 20: plateletalphagranulemembrane P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 13: nonmotileprimarycilium|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 6: filamentousactin|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

7: integraltocytosolicsideofendoplasmicreticulummembrane|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

14: polycystincomplex|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 15: anchoredtoexternalsideofplasmamembrane|| L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 8: integraltolumenalsideofendoplasmicreticulummembrane|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

16: primarycilium|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 2.3 4.9 6.7 19.9 33.9 Notes 17 /181920 10 /111516 1 /234567891011121314 PG B B A A A A Protein KIAA1919 KIAA1199 PKHD1L1 COMMD7 NECAB2 CCDC77 CCDC81 PARP12 PKD2L1 TMEM2 MFSD4 PKHD1 1: anchoredtoexternalsideofplasmamembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted11 ECM 27,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: microtubulebasalbody|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 3: mitoticspindle|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

4: primarycilium M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.9 0.9 1.6 2.4 2.5 2.7 7.0 7.0 8.8 17.1 20.3 Notes 1 /234 PG Protein TSNAXIP1 ADPRHL2 TSPAN13 CEP290 NRCAM ZNF862 RASIP1 9: synapse 1: gamma-tubulincomplex|| Num ofECMGenes:1.Predicted6 ECM 28,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: microtubulebasalbody|| B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: photoreceptorconnectingcilium|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: TCTN-B9Dcomplex|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 5: Golgistack|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 6: axoninitialsegment|| U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

7: externalsideofplasmamembrane|| C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex 8: neuronprojection|| D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.7 1.6 4.3 4.8 6.7 11.6 Notes 6 /789 5 1 /234 PG Protein CDH23 1: cilium|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 29,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: photoreceptorinnersegment|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon 4: stereocilium|| B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus

5: stereociliumbundletip|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

6: synapse P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23456 PG A A A A Protein 100510063 DCDC2C DCDC2C DCDC2B CCDC87 DCDC2 CDCP2 LCA5 PLB1 IQCD 1: ciliumaxoneme|| Num ofECMGenes:1.Predicted9 ECM 30,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.6 1.7 3.0 3.0 3.0 3.0 3.2 10.8 Notes 1 /2 PG B B A A A Protein CTAGE4 CTAGE9 CTAGE6 MRPL55 CEP250 SMIM15 CXXC4 CXXC5 1: centriole|| Num ofECMGenes:1.Predicted7 ECM 31,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 3: microtubulebasalbody|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

4: microtubuleorganizingcenter|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora

7: cytoplasmicvesicle C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 1.4 2.4 Notes 6 /7 5 1 /234 PG F C A B F C E E E C D D A A C B A Protein LOC650293 SMPD4P1 TMEM59L TMEM211 C16orf87 SCNN1G OR5AS1 TPRG1L BCL2A1 BCL2L2 GLCCI1 IGFBP4 NDFIP2 OR2M7 AKAP6 RRBP1 LAMP3 TECTB MYRIP PTGIR TIMP1 OR5I1 MEA1 CAV1 CAV3 CAV2 CBY1 KTN1 TCN2 BCL2 PLP1 CINP BAX GP2 GIF 53: microvillus 44: nuclear outermembrane || 35: cytoplasmic vesicle || 26: transport vesicle || 18: proteinaceous extracellular matrix || 9: ribosome || 1: microtubule basalbody || Num ofECMGenes:1.Predicted42 ECM 32,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

10: multivesicular body membrane || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis

27: dystrophin-associated glycoprotein complex || T.gondii T.gondii Protists

36: endocytic vesiclemembrane || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: nuclear speck|| B.bovis B.bovis 45: sarcoplasmic reticulum || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 19: basement membrane || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: trans-Golgi network || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 11: mitochondrial outer membrane || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 46: compact myelin|| 37: endosome || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 20: platelet alpha granule lumen || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 28: neuromuscular junction || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: synaptic vesicle|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

38: flagellum || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

47: actin cytoskeleton || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

12: myelin sheath || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 39: focal adhesion || 5: alveolar lamellarbodymembrane || M.globosa M.globosa

21: acrosomal membrane || U.maydis U.maydis 29: sarcolemma || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 48: dense coregranule || L.bicolor L.bicolor 13: nuclear membrane || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 40: external side ofplasma membrane || N.crassa N.crassa 30: T-tubule || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

22: caveola || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 6: lysosomal membrane || 49: exocyst || A.niger A.niger 14: pore complex || A.nidulans Fungi A.nidulans

31: Zdisc || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

23: extrinsic to internal side of plasma membrane || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

50: melanosome || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 32: basal plasma membrane || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis

15: Bcl-2 family protein complex || S.stipitis 41: sodium channel complex || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 7: mitochondrial membrane || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 51: photoreceptor outersegment || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 33: basolateral plasma membrane || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 42: calcium channel complex || M.brevicollis M.brevicollis 16: cytosolic part || 8: integral toendoplasmicreticulum membrane ||

24: lipid particle || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

52: synapse || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

25: membrane raft || T.castaneum

17: anchored tomembrane || T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae 34: cell cortex || A.aegypti

43: nuclear envelope || A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.1 1.1 1.5 1.8 1.8 2.0 3.1 3.1 3.4 3.5 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 3.7 3.8 3.8 4.0 4.1 4.5 4.6 5.5 5.7 6.6 6.9 7.2 7.7 8.1 8.1 9.8 10.3 10.5 Notes 37 /53 26 /4748495051 52 46 42 /434445 40 /41 21 /2224253233343536373839 22 /252728293031 21 /2223242526 19 /20 17 17 /18 11 /141516 11 /121314 10 8 /9 7 5 /6 4 1 /23 PG A Protein SLC7A6OS 100289713 CCDC74B ARL14EP GPRC5C ARGLU1 TAPBPL CREM 1: cytoplasmicvesiclemembrane Num ofECMGenes:1.Predicted42 ECM 32,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.4 0.5 0.5 0.6 0.8 0.9 0.9 1.0 Notes 1 PG C C B B A A Protein TRAF3IP2 KIAA0753 TMEM102 FAM134B KCNMB4 ENDOD1 CKAP2L C7orf43 CKAP2 ALMS1 MAP10 LYVE1 SPIDR RITA1 LYG2 LYG1 TNF LTA 10: membraneraft|| 1: centriole|| Num ofECMGenes:1.Predicted17 ECM 33,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major

11: phagocyticcup|| L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 3: microtubulebasalbody|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 12: recyclingendosome P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

4: spindlepole|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 5: cis-Golginetwork|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 6: voltage-gatedpotassiumchannelcomplex|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 7: cytoplasmicmicrotubule|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 8: microtubulecytoskeleton|| C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

9: externalsideofplasmamembrane|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 1.0 1.3 1.6 2.0 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 8.0 Notes 9 /101112 4 /78 6 5 1 /234 PG Protein PTTG1IP CCDC24 C7orf72 TPGS1 RD3L 1: axon|| Num ofECMGenes:1.Predicted4 ECM 34,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia

2: ciliumaxoneme|| T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

3: dendrite|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

4: flagellaraxoneme|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

5: microtubulebasalbody B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 1.2 2.2 2.9 Notes 1 /2345 PG Protein TMEM143 FAM194B NAT16 FUOM EVC2 1: cilium|| Num ofECMGenes:1.Predicted4 ECM 35,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 2: ciliummembrane|| T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 3: microtubulebasalbody P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.9 1.6 2.7 7.9 Notes 1 /23 PG Protein C11orf16 AKAP14 TEX26 RITA1 ODF1 PIFO 1: cytoplasmicmembrane-boundedvesicle|| Num ofECMGenes:1.Predicted5 ECM 36,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: microtubulebasalbody|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 3: trans-Golginetwork|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 4: outerdensefiber|| M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

5: microtubule-basedflagellumpart N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.4 1.5 4.1 4.2 8.6 Notes 5 4 1 /23 PG Protein EVC 1: cilium|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 37,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23 PG A A A LOC100507003 LOC100507003 Protein LOC646508 KRTAP13-3 KRTAP25-1 KRTAP24-1 KRTAP13-2 KRTAP15-1 TMEM191C KRTAP4-2 KRTAP8-1 TM4SF19 C6orf201 C16orf92 C1orf64 WFDC6 MS4A3 DEFA5 LYNX1 CD160 CYS1 LY6K 10: keratinfilament|| 1: ciliumaxoneme|| Num ofECMGenes:1.Predicted21 ECM 38,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

2: ciliummembrane|| L.braziliensis L.braziliensis 11: dendrite|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 12: anchoredtoplasmamembrane P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 3: microtubulebasalbody|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa

4: intermediatefilament|| O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: Golgilumen|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa 6: secretorygranule|| N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

7: transportvesicle|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 8: anchoredtomembrane|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

9: endomembranesystem|| B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.6 1.6 4.5 4.5 5.9 5.9 5.9 6.6 7.1 8.2 11.8 11.8 16.8 Notes 4 4 10 12 4 4 8 /11 10 9 8 5 /67 4 1 /23 PG F F F F E E D C C B B A A A Protein KRTAP9-6 KRTAP9-6 KRTAP9-4 KRTAP9-3 KRTAP9-2 C20orf141 DEFB130 DEFB126 DEFB125 DEFB119 DEFB118 DEFB112 DEFB110 C22orf46 C19orf69 C19orf33 C11orf86 COLCA2 FAM24B FAM24A CXCL17 C6orf15 C2orf53 CEND1 CCER1 TEX40 ENHO KNCN GAPT CSN3 BEX5 BEX2 BEX1 ADIG IGIP 1: cuticular plate|| Num ofECMGenes:1.Predicted83 ECM 39,Geneset"microtubulebasalbody",Page1

3: microtubule basalbody || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: interstitial matrix||

5: glycocalyx || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

6: keratin filament L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 Notes 6 6 6 6 5 4 1 /23 PG H H G G D F LOC100507738 LOC100507203 LOC100291689 LOC100133267 Protein LOC730159 LOC729966 PSORS1C2 TNFRSF17 KRTAP9-8 C10orf128 WFDC10B WFDC10A TMEM88B DEFB129 DEFB113 C11orf91 C1orf141 C19orf81 SPESP1 CLPSL2 CXorf64 CXorf27 PCP4L1 SMIM17 SFT2D3 HILPDA OOSP2 OOSP1 KHDC1 HJURP LYPD8 PATE1 SAP25 INSL4 NREP 1: keratin filament|| Num ofECMGenes:1.Predicted83 ECM 39,Geneset"microtubulebasalbody",Page2

2: lipidparticle || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: secretory granule|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 4: chromosome, centromeric region|| P.patens P.patens

5: condensed chromosome kinetochore|| C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

6: acrosomal vesicle|| C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 7: endomembrane system ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 8: anchored tomembrane B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 Notes 8 7 6 4 /5 2 /3 1 PG Protein KRTAP4-1 TMEM239 SPATA25 C11orf94 C9orf131 C4orf26 C4orf19 C3orf62 TSACC MUC21 PLET1 UCN2 FSCB TNP1 1: cilium|| Num ofECMGenes:1.Predicted83 ECM 39,Geneset"microtubulebasalbody",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 2: microtubule-basedflagellumpart|| T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: externalsideofplasmamembrane|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: keratinfilament|| R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

5: malegermcellnucleus|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans

6: nucleosome|| U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: Golgilumen L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo