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ETAT DES LIEUX REALISE DANS LE CADRE DE LA MISE EN ŒUVRE DU DOCUMENT D'OBJECTIFS EETTAATT DDEESS LLIIEEUUXX RREEAALLIISSEE DDAANNSS LLEE CCAADDRREE DDEE LLAA MMIISSEE EENN ŒŒUUVVRREE DDUU DDOOCCUUMMEENNTT DD''OOBBJJEECCTTIIFFSS

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ETAT DES LIEUX REALISE DANS LE CADRE DE LA MISE EN ŒUVRE DU DOCUMENT D'OBJECTIFS

Etude financée par : - Etat/DIREN Franche-Comté Notification de marché référencée EL/EL/DIREN n°1121 du 30 novembre 2007

Maître d'oeuvre : LIGUE POUR LA PROTECTION DES OISEAUX DE FRANCHE-COMTE Association de protection de la nature agréée au titre de la loi de 1976  7, rue Voirin F-25 000 Besançon téléphone℡ 03 81 50 43 10 / télécopie ¬ 03 81 61 66 21

Rédaction : Christophe Morin

Pascale & Michel GUINCHARD Terrain : Christophe Morin, Philippe Legay (LPO FC) Études en Environnement & Michel Guinchard (BE Etudes en Environnement) 1, impasse des jardins 25410 Villars-Saint-Georges tél. : 03 81 63 86 67

Relecture : Jean-Christophe Weidmann (LPO Franche-Comté),

Photos de couverture : en filigrane, paysage de la Saône à Soing (© JC Weidmann), Morte à Autet (© Laurent Delafollye) ; en médaillon, Tarier des prés (© Didier Pépin), Courlis cendré (© Loïc Faucoup), Bécassine des marais (© Frédéric Maillot)

Ont participé aux études de terrain (prospection Courlis cendré, Vanneau huppé) : Déforêt Laurent, Delafollye Laurent, Demésy Marcel, Hirsch Maurice, Jandot Michel, Lecornu Didier, Maillot Frédéric, Marchal Edouard, Moreau Claire & Richard François.

Référence du document : Morin C., Guinchard M. & P. Legay (2008).- Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. Etat des lieux réalisé dans le cadre de la mise en œuvre du document d'objectifs. LPO Franche-Comté. BE Pascale & Michel Guinchard, DIREN Franche-Comté : 53 p. +annexes. SOMMAIRE

INTRODUCTION...... 3 I. MATERIEL & METHODES...... 3 I.1. ZONES D’ETUDE ...... 3 I.2. CHOIX DES ESPECES ...... 4 I.3. PROTOCOLES D'ETUDE ...... 5 I.3.1. Les oiseaux des milieux humides...... 5 I.3.1.1. Cortège des rives et des roselières...... 5 I.3.1.2. La Bécassine des marais...... 5 I.3.1.3. Le Chevalier guignette ...... 5 I.3.1.4. Le Râle d'eau et la Marouette ponctuée...... 6 I.3.2. Les oiseaux menacés des milieux agro-pastoraux...... 6 I.3.2.1. Les Limicoles prairiaux...... 6 I.3.2.2. Le Râle des genêts...... 8 I.3.2.3. Le cortège patrimonial des agrosystèmes...... 9 I.3.3. Les espèces forestières ...... 9 I.3.3.1. Les Picidés ...... 9 I.3.3.2. Les Rapaces...... 9 I.3.4. Les oiseaux communs...... 10 I.3.4.1. Echantillonnage...... 10 I.3.4.2. Taille des points d'écoute & fiche de relevé ...... 12 I.3.4.3. Période d'exécution ...... 12 I.3.4.4. Durée des observations...... 12 I.3.4.5. Heure de réalisation...... 12 I.3.4.6. Conditions météorologiques...... 12 I.3.4.7. Comptabilisation des observations ...... 12 I.3.4.8. Description des habitats...... 13 II. RESULTATS ET COMMENTAIRES...... 13 II.1. BILAN POUR LES OISEAUX DE MILIEUX HUMIDES ...... 13 II.1.1. Blongios nain et Héron pourpré ...... 13 II.1.2. La Rousserolle turdoïde...... 13 II.1.3. Le Martin-pêcheur d'Europe...... 14 II.1.4. L'Hirondelle de rivage ...... 14 II.1.5. La Bécassine des marais...... 14 II.1.6. Le Chevalier guignette...... 15 II.1.7. Le Râle d'eau ...... 15 II.1.8. La Marouette ponctuée ...... 15 II.2. BILAN POUR LES OISEAUX MENACES DES MILIEUX AGRO-PASTORAUX ...... 15 II.2.1. Le Râle des genêts...... 15 II.2.2. Le Courlis cendré...... 16 II.2.2.1. Estimation de la population nicheuse...... 16 II.2.2.2. Comparaison des effectifs nicheurs entre 2005 et 2008 ...... 16 II.2.3. Le Vanneau huppé...... 17 II.2.3.1. Estimation de la population nicheuse...... 17 II.2.3.2. Comparaison des effectifs nicheurs entre 1995-96 et 2008...... 17 II.2.4. Le cortège patrimonial des agrosystèmes...... 17 II.2.4.1. Les Pies-grièches ...... 17 II.2.4.2. La Huppe fasciée...... 18 II.2.4.3. L'Alouette lulu ...... 18 II.2.4.4. Le Torcol fourmilier ...... 18 II.2.4.5. L'Hypolaïs ictérine...... 19 II.2.4.6. Les passereaux prairiaux à enjeux...... 19 II.3. BILAN POUR LES SEPT ESPECES FORESTIERES : RAPACES ET PICIDES ...... 20 II.3.1. Le Milan royal ...... 20 II.3.2. Le Milan noir ...... 21 II.3.3. Le Busard Saint-Martin ...... 21 II.3.4. Le Busard cendré...... 22 II.3.5. Le Pic mar...... 22 II.3.5.1. Répartition et estimation de la population...... 22 II.3.5.2. Densité ...... 23 II.3.6. Le Pic cendré ...... 24 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 1 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 II.3.6.1. Répartition et estimation de la population...... 24 II.3.6.2. Densité ...... 24 II.3.7. Le Pic noir ...... 24 II.3.7.1. Répartition et estimation de la population...... 24 II.3.7.2. Densité ...... 24 II.4. BILAN POUR LES OISEAUX COMMUNS ...... 25 II.4.1. Richesse spécifique totale ...... 25 II.4.2. Fréquence d'apparition et abondance des espèces...... 26 II.4.3. Principaux résultats par point et par milieu ...... 28 II.4.4. Espèces communes absentes de l'inventaire ...... 29 II.5. OISEAUX MIGRATEURS ET HIVERNANTS...... 30 III. SYNTHESE DES ENJEUX, MESURES DE CONSERVATION, MENACES ET ATTEINTES ...... 31 III.1. STATUTS DE CONSERVATION DES ESPECES ...... 31 III.2. ESPECES A ENJEUX DE CONSERVATION...... 31 III.2.1. Le Râle des genêts ...... 31 III.2.2. Le Milan royal ...... 31 III.2.3. Le Vanneau huppé ...... 32 III.2.4. Le Courlis cendré ...... 32 III.2.5. La Bécassine des marais...... 32 III.2.6. L'Hirondelle de rivage...... 32 III.2.7. Le Pipit farlouse ...... 33 III.2.8. Le Tarier des prés...... 33 III.2.9. La Rousserolle turdoïde...... 34 III.2.10. La Pie-grièche à tête rousse ...... 34 III.3. LES TERRITOIRES A ENJEUX...... 37 III.4. PROPOSITIONS DE MESURES DANS UN OBJECTIF DE CONSERVATION ...... 40 III.4.1. Des mesures dans le cadre du DOCOB...... 40 III.4.2. Création de réserves naturelles et extension du périmètre de la ZPS ...... 43 III.4.2.1. Propositions d'extension du périmètre de la ZPS...... 43 III.4.2.2. Propositions de création de réserves naturelles...... 43 III.5. LES MENACES ET ATTEINTES IDENTIFIEES AU COURS DE L'ANNEE 2008...... 45 III.5.1. Les remblaiements ...... 45 III.5.2. Les retournements de prairies ...... 45 III.5.3. Les plantations...... 46 III.5.4. Les coupes dans les roselières...... 47 III.5.5. Les abattages d'arbres en ripisylve ...... 47 IV. VEILLE ORNITHOLOGIQUE SUR LE SITE...... 47 CONCLUSION ...... 49 BIBLIOGRAPHIE...... 51 ANNEXES ...... 54

2 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Introduction

Par arrêté signé le 6 avril 2006, le site d'intérêt communautaire de la Vallée de la Saône a rejoint le réseau de Zones de Protection Spéciale pris au titre de la Directive "Oiseaux" du Conseil du 2 avril 1979 concernant la conservation des oiseaux sauvages. Cette désignation a été justifiée par la présence de 15 espèces inscrites à la dite directive.

Afin de disposer d'un état des lieux ornithologique nécessaire à la mise en œuvre du document d'objectifs, la DIREN Franche-Comté a confié à la LPO Franche-Comté, suite au dépouillement du marché à procédure adaptée, la réalisation d'expertises ornithologiques sur le territoire de l'ensemble du site Natura 2000.

Le cahier des charges relatif à ces inventaires vise à :

1. Déterminer l'état de référence qualitatif et quantitatif des populations d'oiseaux sur l'ensemble du site et d'en dresser la cartographie, 2. Evaluer l'état de conservation de ces populations, 3. Identifier les menaces qui pèsent sur le maintien du bon état de conservation de ces populations, 4. Proposer des mesures de gestion conservatoire adaptées qui découlent de ce diagnostic, 5. Localiser les sites les plus remarquables, 6. Hiérarchiser et cartographier les priorités d'actions, 7. Proposer un protocole pour le suivi de l'évolution quantitative des populations dans le but d'évaluer, grâce à des indicateurs de suivi, les mesures qui seront appliquées dans le cadre du document d'objectifs.

Ces travaux portent sur les oiseaux des milieux alluviaux (Blongios nain, Rousserolle turdoïde, Martin-pêcheur d'Europe, Hirondelle de rivage, etc.), certains rapaces et picidés (Busard cendré, Busard Saint-Martin, Busard des roseaux, Milan noir, Milan royal, Pic mar, Pic cendré), d'autre part sur les oiseaux des milieux agro-pastoraux tels que Marouette ponctuée, Râle des genêts, Alouette lulu, Pie-grièche écorcheur, Pie-grièche à tête rousse pour les espèces de l'annexe I de la Directive "Oiseaux" et Bécassine des marais, Courlis cendré, Vanneau huppé, Tarier des prés, etc. pour les autres.

I. Matériel & méthodes I.1. Zones d’étude D'une superficie approximative de 17 906 ha, la ZPS Vallée de la Saône s'étend sur près de 150 km, de Jonvelle au nord à Broye-Aubigney-Montseugny au sud. Sur le site, on recense 3 grands types de milieux typiques des vallées alluviales, répartis de la façon suivante (Boulier et al. 2002) : - des milieux prairiaux inondables dominants (> 50 %), - des milieux forestiers inondables minoritaires (env. 20 %), - plusieurs types de milieux aquatiques.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 3 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Le site s'inscrit sur l'axe médian du fossé d'effondrement de la Saône. Outre les alluvions modernes occupant le fond de vallée, la plaine de Saône est constituée par deux séries principales de terrasses : - les terrasses inférieures formées de sable fin, - les terrasses supérieures s'étendant sur les plateaux en bordure de la vallée… pouvant s'élever jusqu'à une cinquantaine de mètres au-dessus de la rivière.

L'ensemble du site est régulièrement soumis aux inondations de la Saône et de quelques-uns de ces affluents (Amance, Lanterne, etc.). De périodicités hivernale et printanière, ces inondations ont une très grande importance au niveau du fonctionnement du lit majeur. Le caractère inondable a des conséquences importantes sur la recharge des aquifères et sur l'ensemble de la végétation et de la faune qui doivent s'adapter à ces conditions très particulières (immersion et ressuyage lent des sols).

Ces conditions écologiques confèrent à la vallée de la Saône un intérêt ornithologique majeur qui lui a valu d'être désigné tout d'abord comme Zone d'Importance Communautaire pour les Oiseaux puis en avril 2006 Zone de Protection Spéciale.

I.2. Choix des espèces La liste d'espèces à étudier a été choisie par la DIREN Franche-Comté sur proposition de la LPO Franche-Comté. Elle porte sur : - Les oiseaux des milieux humides - Les oiseaux des milieux agro-pastoraux - Les Rapaces et les Picidés

Dans la première catégorie se rangent des espèces inféodées aux zones humides au sens large (marais, roselières, prairie mais aussi berges de cours d'eau) pour leur nidification : du Blongios nain Ixobrychus minutus, du Héron pourpré Ardea purpurea, Bécassine des marais Gallinago gallinago, Chevalier guignette Actitis hypoleucos, Marouette ponctuée Porzana porzana, Râle d'eau Rallus aquaticus, du Martin-pêcheur d'Europe Alcedo atthis, de la Rousserolle turdoïde Acrocephalus arundinaceus et de l'Hirondelle de rivage Riparia riparia. Dans la seconde sont concernées les espèces occupant les prairies pâturées et fauchées, les vergers et les paysages de bocage, etc. Il s'agit du Râle des genêts Crex crex, du Courlis cendré Numenius arquata, du Vanneau huppé, de l'Alouette lulu Lullula arborea, de la Huppe fasciée Upupa epops, du Torcol fourmilier Jynx torquilla, des trois Pies-grièches (grise, à tête rousse et écorcheur, Lanius sp.), des passereaux (Tarier des prés Saxicola rubetra et Pipit farlouse Anthus pratensis esentiellement), etc. La prospection des Rapaces a concerné principalement trois espèces qui nichent essentiellement en forêt et exploitent les milieux ouverts pour s'alimenter : le Busard Saint-Martin Circus cyaneus, le Busard cendré Circus pygargus, le Milan royal Milvus milvus et le Milan noir Milvus migrans. La Bondrée apivore Pernis apivorus n'a pas été recherchée spécifiquement en raison de son statut de conservation favorable à l'échelle européenne (Burfield & van Bommel 2004). Quant au Busard des roseaux sa nidification n'a jamais été prouvée sur le site à une date récente. Celle des Picidés trois espèces également, toutes inscrites en Annexe I de la Directive Oiseaux : le Pic mar Dendrocopos medius, le Pic cendré Picus canus et le Pic noir Dryocopus martius.

4 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 I.3. Protocoles d'étude

I.3.1. Les oiseaux des milieux humides

I.3.1.1. Cortège des rives et des roselières Conformément à notre cahier des charges, ces espèces (Blongios nain, Héron pourpré, Rousserolle turdoïde, Hirondelle de rivage et Martin-pêcheur d'Europe) ont été recherchées spécifiquement depuis un canoë. Trois tronçons de 16 kilomètres chacun ont été distribués (selon nos connaissances de la rivière) sur le cours d'eau et prospectés deux fois à l'exception du tronçon aval prospecté une seule fois en mai.

Ils se distribuent comme suit, de l'amont vers l'aval :

- Premier tronçon parcouru les 22 mai et 4 juillet 2008: du pont de Traves jusqu'au pont de Soing-Cubry-Charentenay, - Second tronçon parcouru les 21 mai et 1er juillet 2008 : de la plage de Ray-sur-Saône jusqu'en aval de l'île Gellevaux à Mercey-sur-Saône, - Troisième tronçon parcouru le 23 mai : de la plage d'Autet au barrage de Rigny.

Les dates retenues ont été calées sur le calendrier de reproduction du Blongios nain et de la Rousserolle turdoïde. Ces sorties en canoë ont été complétées par des prospections en vélo (à partir de l'ancien chemin de halage) et pédestres. Ces différentes prospections ont permis de localiser et de cartographier les phragmitaies (> 10ml ou > 30 m2) du lit majeur de la Saône. La technique de la repasse n'a pas été employée pour la recherche du Blongios nain ou très épisodiquement à partir d'imitations vocales.

I.3.1.2. La Bécassine des marais Des prospections spécifiques nocturnes ont été organisées à partir de début avril sur les sites historiques ayant par le passé déjà abrité des chanteurs de cette espèce : par exemple en basse vallée de la Lanterne, à Membrey, etc. (Deceuninck & Mahéo 1998, base de données de la LPO Franche-Comté).

I.3.1.3. Le Chevalier guignette Cette espèce ne faisait pas partie de la liste initiale. Plutôt inféodée aux rivières à débit rapide et aux torrents parsemés d'îlots caillouteux ou sablonneux (Yeatman-Berthelot & Jarry 1995), elle n'avait logiquement pas été retenue. Les prospections conduites en canoë permettent d'envisager la nidification d'un couple sur le linéaire de la rivière, ce qui constituerait une première pour le département de la Haute-Saône et dans un milieu où on ne l'attendait pas forcément (cf. chapitre Résultats). Rappelons que cette espèce est inscrite en Liste rouge régionale dans la catégorie "En danger" (Paul 2008).

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 5 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 I.3.1.4. Le Râle d'eau et la Marouette ponctuée Des écoutes crépusculaires et nocturnes ont été programmés à partir de fin mars sur les sites favorables : basse vallée de la Lanterne, roselière-marais d'Autet, Corne de la Hang à Montureux- lès-Baulay, etc.

I.3.2. Les oiseaux menacés des milieux agro-pastoraux

I.3.2.1. Les Limicoles prairiaux Deux espèces sont concernées : le Vanneau huppé et le Courlis cendré.

1.3.2.1.1. Le Courlis cendré

Notre proposition intégrait la distribution de l'espèce sur le linéaire de la vallée et un échantillonnage de quelques noyaux témoins (noyaux importants + couples isolés). En définitive, avec l'appui de bénévoles, un état des lieux complet a été dressé.

Les prospections à conduire ont dès lors été identiques à celles mises en œuvre en 1998 (Scheifler 1998), 2000 (Déforêt & Morin 2000) et 2005 (Morin & Paul 2006b) et visaient à effectuer une recherche de tous les Courlis cendrés cantonnés dans le lit majeur de la Saône et dans les basses vallées des principaux affluents : la Mance, la Lanterne, le Vanon et le Salon, etc.

¾ Zone d'étude L'ensemble du territoire a été découpé en huit secteurs attribués à un ou plusieurs responsables bénévoles ou au personnel salarié, de l'amont vers l'aval :

o De Jonvelle à Baulay : Christophe Morin o De Port-d'Atelier-Amance à Faverney et Chaux-lès-Port : Laurent Déforêt o De Port-sur-Saône à Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin : Didier Lecornu o De Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin à Fédry : François Richard o De Soing-Cubry-Charentenay à Recologne : Edouard Marchal o De Membrey à Vereux : Laurent Delafollye & Claire Moreau o De Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux-et-Quitteur à Apremont : Marcel Demésy & Michel Jandot o De Germigney à Broye-Aubigney-Montseugny : Christophe Morin

¾ Protocole et période d'exécution Chaque secteur a été parcouru au moins deux fois entre la mi-mars et la dernière décade d'avril. Le premier passage a été effectué autour du 15 mars, c'est à dire au moment où les oiseaux commencent à se cantonner. Le second à partir de la première décade d'avril. Dans les secteurs où les deux premières visites n'ont pas permis d'estimer avec exactitude le nombre de couples nicheurs potentiels, il est recommandé d'effectuer un troisième passage (facultatif) avant début mai. Les oiseaux doivent être individuellement localisés sur une carte à l'échelle 1/25000e (1 carte par visite) ; les éventuels déplacements et tout autre comportement tels que des chants de parades ou des défenses contre prédateurs seront mentionnés.

6 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 A partir de la collecte de ces différentes informations, il a été possible de localiser assez précisément le site de reproduction choisi par les oiseaux. Les observations ont été consignées directement sur la carte à l'aide des symboles suivants :

L'inventaire par IPA mené d'avril à juin (cf. supra) a permis indirectement de suivre quelques- unes des populations de Courlis cendré et de compléter les données collectées durant les prospections systématiques.

Les oiseaux devaient être recherchés préférentiellement en matinée, de l'aube jusque vers 11h00. Une reprise des prospections était possible en soirée. Si météo douce (ciel couvert par ex.) la prospection était possible toute la journée.

¾ Présentation des résultats et traitement des données Les résultats obtenus sont confrontés et comparés à ceux des années précédentes.

1.3.2.1.2. Le Vanneau huppé

Espèce en fort déclin (Deceuninck et Mahéo 1998, Burfield & van Bommel 2004, Poiré & al. 1999), il était intéressant de faire un point depuis l'enquête "Limicoles nicheurs" de 1995-96 (Deceuninck & Mahéo 1998).

Les prospections à conduire sont identiques à celles mises en œuvre pour la recherche du Courlis cendré (cf. supra). Il s'agit d'effectuer une recherche de tous les vanneaux cantonnés dans le lit majeur de la Saône et dans les basses vallées des principaux affluents.

Les recherches seront davantage ciblées sur les cultures d'hiver mais aussi maïs, plus attractives pour le vanneau que ne le sont les prairies naturelles ou semi-naturelles à basse altitude (Yeatman-Berthelot & Jarry 1994).

¾ Zone d'étude L'ensemble du territoire a été découpé en huit secteurs attribués à un ou plusieurs responsables bénévoles ou au personnel salarié (cf. protocole courlis) :

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 7 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 ¾ Protocole et période d'exécution Chaque secteur devait être parcouru au moins deux fois entre la mi-mars et début mai. Le premier passage devait être effectué autour du 15-20 mars, c'est à dire au moment où les oiseaux commencent à se cantonner. Le second à partir de la première décade d'avril (la fin avril et le début du mois de mai est une période jugée pertinente). Dans les secteurs où les deux premières visites n'ont pas permis d'estimer avec exactitude le nombre de couples nicheurs potentiels, il était recommandé d'effectuer un troisième passage (facultatif) avant début mai. Les oiseaux doivent être individuellement localisés sur une carte à l'échelle approximative du 1/25000e (1 carte par visite, les mêmes que celles utilisées pour le courlis). Les éventuels déplacements et tout autre comportement tels que des chants de parades ou des défenses contre prédateurs seront mentionnés. A partir de la collecte de ces différentes informations, il a été possible de localiser assez précisément le site de reproduction choisi par les oiseaux. Important : il était demandé aux bénévoles de préciser dans quels types de milieux le couple s'est installé (prairies ou cultures et dans ce dernier cas d'indiquer le mode cultural (blé d'hiver, maïs, etc.). Ces informations n'ont malheureusement pas toujours été retranscrites. Les observations ont été consignées directement sur la carte à l'aide des symboles suivants :

Les oiseaux devaient être recherchés préférentiellement en matinée, de l'aube jusque vers 11h00 puis reprise possible en soirée à partir de 18h00.

¾ Présentation des résultats et traitement des données La cartographie des parcelles occupées et des effectifs est fournie pour permettre d'engager concrètement des mesures contractuelles.

I.3.2.2. Le Râle des genêts La méthode la plus couramment utilisée est celle qui fait appel à l'adoption de la technique de la repasse au magnétophone (Bibby & Burgess 1992). Cette méthode consiste à faire entendre, à l'aide d'un magnétophone, l'enregistrement d'un chant de mâle de râle des genêts sur les secteurs prospectés pour provoquer une réaction de territorialité (chant) chez les éventuels mâles autochtones (Broyer 1998).

Les points d'écoute/repasse ont été effectués sur les sites historiques, c'est-à-dire sur les secteurs où l'espèce avait été contactée antérieurement (sources : base de données de la LPO Franche- Comté). Un à deux passages ont été effectués en période favorable.

8 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 I.3.2.3. Le cortège patrimonial des agrosystèmes Sont rangés dans cette catégorie les Pie-grièches (grise, à tête rousse et écorcheur), la Huppe fasciée, l'Alouette lulu, le Torcol fourmilier et les passereaux prairiaux à enjeux (Tarier des prés et Pipit farlouse). La méthode des IPA n'étant pas adaptée au suivi de ces espèces rares et/ou à la détectabilité imparfaite1, elles ont, soit fait l'objet de recherches systématiques (pie-grièches, passereaux prairiaux par exemple), soit été notées au cours de nos autres recherches programmées (Torcol fourmilier, Huppe fasciée, etc.). Pour les passereaux prairiaux, les techniques appliquées peuvent être assimilées à des quadrats allégés (un voire deux parcours pédestres par site). Conformément à notre cahier des charges, les sites suivis dans le cadre des MAE (Morin & Paul 2006b) ne devaient pas être inventoriés, l'accent ayant été mis sur les autres complexes prairiaux non suivis en 1998, 2000 et 2005 (Scheifler 1998, Déforêt & Morin 2000, Morin & Paul 2006b). Toutefois, afin de pouvoir additionner les résultats de 2005 à ceux de 2008, trois des huit quadrats précédemment suivis ont été prospectés cette année, en l'occurrence ceux de Faverney, Membrey et Gray. Pour l'estimation de la population nicheuse, les résultats retenus pour ces sites sont ceux recueillis en 2008 et non en 2005

I.3.3. Les espèces forestières

I.3.3.1. Les Picidés Conformément à notre proposition, nous avons organisé des prospections spécifiques "présence/absence" des milieux forestiers pour appréhender la distribution des pics d'intérêt communautaire (mar, noir et cendré).

Parallèlement à ces investigations, trois quadrats avec 4 passages programmés ont été suivis pour fournir une estimation chiffrée des effectifs et densités de ces espèces. Les quadrats couvrent une surface comprise entre 85 ha (Esmoulins) et 121 ha (Faverney) (cartes 1 à 3 en annexe 1 & tableau 1).

Surface du Commune Nom du boisement Dates de passage quadrat Faverney Bois des Balières 121 ha 18/03-28/03-3/04-6/05 Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin Bois du Prince de Beauffremont 119 ha 13/03-20/03-31/03-30/04 Esmoulins Bois de la Vaivre 85 ha 6/03-19/03-1/04-29/04

Tableau 1. ZPS Vallée de Saône : répartition des trois quadrats forestiers et dates de passage

I.3.3.2. Les Rapaces I.3.3.2.1. Choix des espèces L'inventaire porte sur quatre espèces de l'Annexe I de la Directive Oiseaux dont les territoires englobent les milieux agricoles (recherche alimentaire) et les espaces boisés dégradés ou non (nidification) : le Busard Saint-Martin, le Busard cendré, le Milan noir et le Milan royal2.

1 A titre d'exemple, la Huppe fasciée a été contactée sur 9 points IPA (cf. infra). Nos recherches ciblées montrent qu'elle est au moins trois à quatre fois plus fréquente sur la vallée de la Saône. Constat similaire pour l'Alouette lulu. 2 Le statut, jugé favorable, de la Bondrée apivore (également inscrite à l'Annexe I) l'exclu naturellement de cet inventaire. Quant au Busard des roseaux, il n'a en réalité, contrairement à ce que rapporte Rocamora (1994), jamais été signalé nicheur sur la période 1980-2000. Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 9 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 I.3.3.2.2. Méthodologie Des recensements exhaustifs, incluant une recherche de nids, auraient nécessité des méthodes lourdes qui ne pouvaient être mises en place dans le cadre de la présente étude. Une estimation des effectifs nicheurs est apparue plus adaptée en accord avec le maître d'ouvrage. L'estimation de la population nicheuse a été obtenue à partir d'une synthèse des connaissances disponibles et a été complétée par des prospections et des visites ciblées des habitats favorables : friches, habitats forestiers ouverts ou dégradés, coupe en régénération pour le busard et lisières forestières, versants boisés, ripisylves, gros bosquets pour les milans (Thiollay & Bretagnolle 2004). Ces prospections ont été conduites de deux manières : en scrutant l'horizon depuis des postes hauts fixes et par une prospection en sillonnant les secteurs favorables en véhicule, à pied ou depuis un canoë (cf. partie 1.3.1.1).

I.3.3.2.3. Dates de réalisation Les prospections ont été organisées entre mars, époque au cours de laquelle se cantonnent ces espèces, et juillet, au moment de l'envol et de l'émancipation des jeunes. Pour le Milan royal, les prospections débutent dès le retour des milans. Les couples reproducteurs tournent inlassablement au-dessus du site de nidification au début de la reproduction avec parades, transport de matériaux. Les couples cantonnés sont donc faciles à comptabiliser. Cette dernière espèce a par ailleurs été suivie plus spécifiquement sur une zone échantillon (Morin 2006) qui recouvre une partie de la ZPS Vallée de Saône (carte 4 en annexe 2).

I.3.3.2.2. Collecte et report des observations Afin d'identifier au mieux les sites de reproduction occupés, tous les oiseaux dénombrés, ainsi que leurs éventuels déplacements et tous autres comportements telles que des parades ou des défenses contre prédateurs ont été consignées. Les différentes données ont été reportées sur une carte à l'échelle 1/25 000e. Ainsi croisées, les informations collectées ont permis de définir un territoire occupé et d'estimer avec une faible marge d'erreur le nombre de couples nicheurs cantonnés ou reproducteurs.

I.3.4. Les oiseaux communs La méthode retenue par le maître d'ouvrage est celle des Indices Ponctuels d'Abondance (IPA). Ce protocole est particulièrement adapté pour échantillonner un vaste territoire (Bibby et Burgess 1992). Appelée encore "relevés d'avifaune par stations d'écoute", elle fut présentée par ses auteurs, Jacques Blondel, Camille Ferry et Bernard Frochot, dans la revue Alauda, en 1970 (Blondel 1965, Ferry 1969, Blondel et al. 1970) et standardisée dans les actes de l'International Bird Census Commitee (I.B.C.C. 1977). Elle consiste à noter les contacts auditifs ou visuels de tous les oiseaux à partir de points d'observation, en prenant soin de les positionner suffisamment éloignés les uns des autres pour éviter les doubles comptages.

I.3.4.1. Echantillonnage 120 points IPA ont été répartis sur l'ensemble des 18 000 ha de milieux ouverts et forestiers de la vallée. Le plan d'échantillonnage systématique, établi à partir du linéaire de la Saône, a été défini

10 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 par la LPO Franche-Comté et validé par le maître d'ouvrage préalablement à l'engagement des investigations de terrain lors d'une rencontre organisée le 3 mars 2008 (cartes 17 à 27 en annexe 6 et carte I). Les points n°1 à 60 ont été suivis par la LPO Franche-Comté, les points suivants (61-120) ont été confiés au Bureau d'études Pascale & Michel Guinchard Etudes en Environnement.

Carte I. Répartition générale des 120 points IPA sur la ZPS du Val de Saône

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 11 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 I.3.4.2. Taille des points d'écoute & fiche de relevé La superficie de la station ou point d'écoute n'est pas définie par l'observateur mais est imposée par les oiseaux. Le rayon du point d'écoute est égal à la distance de détection qui varie elle-même avec chaque espèce. Il peut être de 300 mètres et plus dans le cas d'espèces à large territoire comme les pics, généralement de l'ordre de 100 m ou moins pour la plupart des passereaux. Dans la pratique, il est recommandé d'utiliser une fiche de relevé sur laquelle le point ou station peut-être matérialisé par un cercle dont le centre est virtuellement occupé par l'observateur, le grand rayon étant fixé à 100 m. Ce système de notation à l'intérieur d'un cercle facilite le repérage spatial des individus contactés (annexe 4).

I.3.4.3. Période d'exécution Les données sont récoltées durant la saison de nidification à raison de deux visites sur le terrain : la première devant se situer dans le courant du mois d'avril pour recenser les nicheurs précoces tels que pics, mésanges et certains turdidés (merles, grives, etc.) ; la seconde début juin pour s'intéresser aux nicheurs tardifs. Dans le cas présent, le premier passage a été effectué entre le 4 avril et le 6 mai ; le second passage entre le 19 mai et le 19 juin 2008.

I.3.4.4. Durée des observations Une séance de récolte des données dure exactement 20 minutes à partir du moment où l'observateur est arrivé à son point d'IPA et qu'il est prêt à relever les indices de présence. Ces vingt minutes correspondent au laps de temps nécessaire pour contacter la grande majorité des espèces (Bibby et Burgess 1992). Les deux passages sont de même durée. Un point d'IPA est donc un relevé ornithologique de 40 minutes en un lieu précis durant la saison de reproduction.

I.3.4.5. Heure de réalisation Les heures de visite sont choisies en fonction de l'activité maximale des oiseaux (Robbins 1981), c'est à dire tôt le matin, entre une et quatre heures après le lever du soleil. Idéalement, le relevé commence vers 6 ou 7 heures du matin, et est terminé avant 10 heures (Blondel 1965, Ferry 1969). Ce créneau horaire peut être aménagé en fonction des conditions météorologiques. En une matinée, un observateur peut enchaîner 4 à 5 points d'écoute choisis de préférence selon un ordre aléatoire.

I.3.4.6. Conditions météorologiques Sachant que les oiseaux sont sensibles aux conditions atmosphériques, que leur activité diminue avec le vent ou la pluie (Blondel et al. 1970), il est préférable de reporter un IPA par grand vent, par temps de pluie ou de brouillard gênant la visibilité ou encore lorsque les températures sont anormalement basses. Tous les IPA ont été effectués sous de bonnes conditions météorologiques.

I.3.4.7. Comptabilisation des observations Pour chaque espèce, les comptes sont transformés en nombre de couples, selon les conventions suivantes : un mâle chanteur seul, un couple, un nid occupé ou une famille sont assimilés à un couple d'oiseaux nicheurs d'une valeur égale à 1. Un oiseau seul vu ou entendu émettant des cris est assimilé à un demi couple d'une valeur égale à 0,5. Toutes les données ainsi recueillies en un

12 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 point lors d'un passage sont additionnées3. La somme est plafonnée à un score égal à 5 afin d'éliminer les scores élevés qui compliquent le traitement et l'analyse des données (Ferry 1969, Blondel et al. 1970).

I.3.4.8. Description des habitats Une fiche-relevé de description sommaire de l'habitat a été élaborée par Michel Guinchard du BE Pascale & Michel Guinchard Etudes en Environnement. Elle permet d'identifier rapidement l'habitat principal et les habitats secondaires présents dans le périmètre fixé par le cahier des charges du maître d'ouvrage (annexe 5).

II. Résultats et commentaires II.1. Bilan pour les oiseaux de milieux humides

II.1.1. Blongios nain et Héron pourpré Ces deux espèces d'ardéidés de roselière n'ont pas été (re)trouvé cette année en tant que nicheuses.

Il faut juste signaler l'observation classique, et restée sans lendemain, d'un Héron pourpré adulte au niveau de la roselière d'Autet le 9 mai 2008. La disparition de ces deux Ardéidés de la ZPS Vallée de la Saône était déjà signalée depuis la fin des années 90 (Morin 1999, Morin 2003). Au demeurant, la nidification certaine du second n'a jamais été confirmée à des dates récentes (depuis 1990). A la différence du premier qui était connu. Rocamora (1994) estimait les effectifs nicheurs de la ZICO FC 06 (actuelle ZPS) à 5-10 couples. D'après l'état de nos connaissances, ces chiffres n'étaient vraisemblablement déjà plus d'actualité à l'époque où Rocamora écrivait ces lignes.

II.1.2. La Rousserolle turdoïde C'est la première fois qu'il nous est permis de faire un état des lieux exhaustif sur la situation de la population de cette espèce en vallée de Saône.

Au total, en confrontant les données collectées en canoë et les observations faites depuis les berges, il est possible d'estimer la population nicheuse à 44-46 couples ou chanteurs (carte 5 à 16 en annexe 3). L'essentiel de la population se distribue entre Fédry à l'amont et Gray à l'aval. Deux chanteurs excentrés ont été entendus : un au sud à Mantoche, l'autre au nord à Cendrecourt. Trois noyaux principaux sont à distinguer, de l'amont vers l'aval : - celui de Fédry/Soing-Cubry-Charentenay, avec 6 chanteurs ou couples au minimum, - celui de Seveux/Membrey avec pas moins de 10-12 chanteurs ou couples, - celui de la roselière d'Autet avec 5 chanteurs,

3 Les individus observés au-delà du rayon virtuel de 100 m ont également été comptabilisés et pris en compte. Il s'agit généralement d'espèces détectables à grande distance telles que Coucou gris Cuculus canorus, Pigeon ramier Columba palumbus, Pic vert Picus viridis, etc.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 13 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 - enfin celui de Rigny avec 6 chanteurs minimum2.

Le taux d'occupation des roselières connues et cartographiées sous support SIG (carte 28 à 34 en annexe 7) avoisine les 65 % (36/56), c'est-à-dire que plus des deux tiers des roselières réputées favorables sont occupés par l'espèce.

II.1.3. Le Martin-pêcheur d'Europe Les parcours en canoë répétés deux fois ont permis d'estimer les densités de populations sur 48 km linéaire de rivière.

Les densités maximales ont été relevées cette année sur le tronçon central Ray-sur-Saône – Mercey-sur-Saône. De l'ordre de 0,4 couple /km, elles sont légèrement supérieures aux densités habituellement notées dans les grandes vallées alluviales, de 1 à 3 couples pour 10 km pour les années normales (Yeatman-Berthelot & Jarry 1995). Bien que répandu, le martin-pêcheur reste un nicheur rare dont les populations sont régulièrement soumises aux aléas climatiques et à l'accès aux ressources alimentaires (Yeatman- Berthelot & Jarry 1995). L'espèce subi ainsi de fortes fluctuations et il est de coutume de parler d'année "sans" ou "avec" martin-pêcheur.

II.1.4. L'Hirondelle de rivage Les recensements effectués depuis le canoë ont mis en évidence l'existence de 10 colonies naturelles comptabilisant, 170-187 couples/cavités. A l'instar de la Rousserolle turdoïde, sept d'entre-elles sont localisées sur le cours moyen de la rivière et sur seulement 25 km linéaire, les deux autres sont excentrées : à Vereux au sud et Jussey au nord (cf. annexe 3, carte 5 à 16). La plus grosse colonie, bien connue des ornithologues du secteur, est basée à Chantes, en rive gauche. Elle comptait 115 cavités cette année. La plus petite, celle de Jussey, seulement 2 couples.

A ces colonies observées cette année s'en ajoute une autre non visitée en 20084 mais renseignée récemment dans la base de données de la LPO Franche-Comté sur la commune de Mercey-sur- Saône (15-30 couples). En total cumulé, la population d'Hirondelle de rivage sur la ZPS Vallée de Saône peut être estimée à 185-217 couples.

II.1.5. La Bécassine des marais Les écoutes crépusculaires effectuées sur les sites historiques ou autres fournissent les résultats suivants : La Bécassine des marais a été entendue (chants ou chevrotements) sur 5 sites différents, de l'amont vers l'aval (carte 35 à 40 en annexe 8): Jussey, Montureux-lès-Baulay, Fleurey-lès-Faverney, Faverney et à Beaujeu-Pierrejux-Saint- Vallier-et-Quitteur.

4 Cette colonie est située entre le second et le troisième tronçon. 14 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Le chant n'a été entendu avec certitude que sur Fleurey-lès-Faverney (1 chanteur) et Faverney (1- 2 chanteurs) alors que 6-9 oiseaux chevrotants ont été comptabilisés : 1-2 à Fleurey-lès- Faverney, 1-2 sur Faverney, 1 à Jussey, 1-2 à Montureux-lès-Baulay et 2 à Beaujeu-Saint- Vallier-Pierrejux-et-Quitteur.

En résumé, il est possible d'estimer la population de Bécassine des marais à 6-9 couples − en considérant que les mâles chanteurs chevrotaient également − répartis sur 5 sites.

II.1.6. Le Chevalier guignette Le 21 mai 2008, un couple de Chevalier guignette en parades est observé en amont de l'île Fracul, commune de Savoyeux. Ce couple sera revu au même endroit le 1er juillet avec des attitudes (oiseaux cantonnés et visiblement alarmants) plaidant en faveur d'une reproduction locale bien que nous n'ayons pu localiser le moindre nid ou jeune (cf. annexe 6, carte 12)). Cette observation fournit le premier indice de nidification de l'espèce pour le territoire haut- saônois dans une zone où l'espèce n'était pas forcément attendue. Le milieu fréquenté, l'amont de l'île Fracul, est une rive sablo-vaseuse parsemé de quelques cailloux. Le débit de l'eau est plus élevé à cet endroit que quelques centaines de mètres en amont ou en aval de l'île, le courant s'accélérant à proximité.

II.1.7. Le Râle d'eau Les écoutes crépusculaires, les recherches diverses et prospections encadrées (IPA, etc.) ont permis de localiser (seulement) 5 sites fréquentés par le Râle d'eau en période de nidification. A chaque fois, un seul oiseau a été entendu (cf. annexe 8, carte 35 à 40). A l'exception du site d'Autet, l'espèce est distribuée sur un linéaire restreint allant de Faverney à Vauchoux.

II.1.8. La Marouette ponctuée Un seul chanteur a été entendu les 11 et 12 juin 2008 sur Fleurey-lès-Faverney (cf. annexe 8, carte 38). D'autres écoutes postérieures n'ont pas permis d'entendre de nouveau cet oiseau. Compte tenu du milieu fréquenté très favorable (prairie humide et inondable), de l'historique du site (qui a déjà accueilli un chanteur en 2001), la probabilité de nidification de l'espèce est élevée.

II.2. Bilan pour les oiseaux menacés des milieux agro-pastoraux

II.2.1. Le Râle des genêts

Le Val de Saône a accueilli un minimum de 2 chanteurs cette année (cf. annexe 8, cartes 38 & 39) : fin mai à Soing-Cubry-Charentenay (Bergelin D., comm. pers.) et les 4 juin et 1er juillet à Membrey. Dans ce dernier cas, l'oiseau fréquentait une zone refuge non encore fauchée.

Ces résultats sont plutôt encourageants sachant que depuis 2006 aucune donnée n'avait été collecté sur les secteurs de basse altitude (Paul 2006).

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 15 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Depuis 2004, la basse vallée de la Lanterne, bastion historique qui a abrité les plus importants effectifs régionaux de l'espèce (Déforêt & Morin 2001), n'héberge plus aucun Râle des genêts.

II.2.2. Le Courlis cendré

II.2.2.1. Estimation de la population nicheuse En écartant les données d'individus observés à une seule reprise ou vraisemblablement non cantonnés, l’estimation 2008 de la ZPS Vallée de Saône s’établit à 35-38 couples (carte 41 à 54 en annexe 9). L’espèce occupe l’ensemble des secteurs historiques avec quelques concentrations observées sur Fédry/Rupt-Sur-Saône (5-6 couples), Membrey/Recologne (4 couples) et plus en amont sur Gévigney-et-Mercey/Montureux-lès-Baulay (5 couples) reflétant une meilleure capacité d'accueil de ces zones pour l'espèce. Les 35-38 couples recensés se répartissent de la manière suivante sur les 8 secteurs décrits en méthode :

o De Jonvelle à Baulay : 8 couples o De Port-d'Atelier-Amance à Faverney et Chaux-lès-Port : 3 couples o De Port-sur-Saône à Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin : 3 couples o De Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin à Fédry : 7-9 couples o De Soing-Cubry-Charentenay à Recologne : 5 couples o De Membrey à Vereux : 5 couples o De Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux-et-Quitteur à Apremont : 4-5 couples o De Germigney à Broye-Aubigney-Montseugny : 0 couple

II.2.2.2. Comparaison des effectifs nicheurs entre 2005 et 2008 Le dernier recensement des populations de Courlis cendré du Val de Saône avait permis d'estimer la population à 35 couples (Morin & Paul 2006b). L'effectif dénombré cette année est comparable, voire légèrement supérieure si l'on retient la fourchette haute.

En terme de distribution, plusieurs constats peuvent être faits :

¾ Une partie des courlis de la haute vallée a changé de secteur, occupant en 2088 la vallée de la Mance délaissée en 2005 ; ¾ Un (nouveau) couple occupe la vallée entre Chassey-lès-Scey et Bucey-lès-Traves ; ¾ La partie de vallée comprise entre Ray-sur-Saône et Ferrières-lès-Ray abrite de nouveau l'espèce ; ¾ Les zones soumises à une forte pression des activités agricoles (e.g. le graylois) continuent à abriter des couples nicheurs.

16 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 II.2.3. Le Vanneau huppé

II.2.3.1. Estimation de la population nicheuse La population nicheuse de vanneau en 2008 compte seulement 22-27 couples (cf. annexe 9, carte 41 à 54) dont 4 situés en dehors du périmètre NATURA 2000. Elle est scindée en deux "sous-populations" : - une au nord comptant 7-9 couples nicheurs entre Ranzevelle et Fleurey-lès-Faverney, dont les 4 situés à l'extérieur du site, - une au sud abritant 15-18 couples entre Autet et Broye-Aubigney-Montseugny.

Entre les deux s'observe une zone totalement blanche qui s'étend sur plusieurs dizaines de kilomètres et qui ne semble pas (plus) héberger ce Limicole.

Les couples de la Saône se répartissent comme suit : 22% nichent en prairie (pâturages à chevaux et prairie humide), 5% en luzernière et le reste, soit 73%, nichent en cultures de printemps (maïs).

II.2.3.2. Comparaison des effectifs nicheurs entre 1995-96 et 2008 Le seul et unique recensement national des Limicoles nicheurs est intervenu en 1995-96. A cette époque, le site de la Vallée de la Saône hébergeait 71-81 couples (enquête nationale Limicoles nicheurs, coordonné par F. Maillot pour la Franche-Comté).

Par apport à 2008, la population de Vanneau aurait donc perdu plus de 70 % de ses effectifs en l'espace de seulement une dizaine d'années. Certains secteurs ont été plus particulièrement affectés : la plaine entre Rupt et Fédry hébergeait entre 15 et 20 couples en 1995 en cultures de printemps mais aussi en prairies humides, elle n'en accueille plus aucun aujourd'hui. Idem sur Conflandey où l'espèce a complètement déserté les lieux alors qu'une petite population de 10-15 couples subsistait encore en 1995. A titre d'information, les mesures ponctuelles de sauvegarde (marquage de nids) tentées à la fin des années 90 sur deux couples nicheurs en maïs sur la commune de Chassey-lès-Scey n'ont pas permis d'empêcher leur disparition (Morin C. obs. pers.).

Cette chute brutale et quasi généralisé à l'ensemble du pays (Olioso & al. 2008) s'explique par le drainage et la mise en cultures des prairies humides ainsi que par le mauvais succès de reproduction des couples nicheurs de plaine confrontés aux effets destructeurs des nombreux travaux agricoles (labour, semis, épandage de produits phytosanitaires, etc.) et à une prédation accrue (Poiré & al. 1999).

II.2.4. Le cortège patrimonial des agrosystèmes

II.2.4.1. Les Pies-grièches Les différentes investigations conduites cette année permettent de confirmer la reproduction de deux des trois pies-grièches sur la vallée de la Saône :

II.2.4.1.1. La Pie-grièche à tête rousse 3 à 4 couples de Pie-grièche à tête rousse se reproduisent sur la ZPS Vallée de Saône dont un sur ses marges extérieures. Deux couples sur la ZNIEFF n°01820031 dite Croix des Cinq Tilleuls de Jonvelle, 1 sur Jussey (extérieur site) et 1 possible sur Faverney (Port-d'Atelier-Village) (cartes 55, 57 & 58 en annexe 10). Ce dernier correspond à une observation ponctuelle d'un oiseau observé en période de nidification.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 17 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

II.2.4.1.2. La Pie-grièche écorcheur Les investigations conduites cette année (prospections spécifiques + méthode IPA) ont permis de dénombrer 94 cantons de Pie-grièche écorcheur. Ce chiffre est très en deçà de la réalité car la couverture du territoire d'étude n'a pas été optimale.

Considérant l'étendue des milieux ouverts sur la ZPS, de l'ordre de 10 000 ha et les densités moyennes annoncées (entre 0,2 et 1 couple/10 ha, in Yeatman-Berthelot & Jarry 1995), il est possible d'évaluer la population nicheuse de la ZPS à 200-1000 couples.

Avec cet effectif, cette pie-grièche peut-être qualifiée d'espèce répandue et moyennement abondante.

II.2.4.1.3. La Pie-grièche grise Cette espèce est en sursis, pour ne pas dire éteinte, sur le périmètre de la ZPS Vallée de la Saône (et plus largement d'ailleurs !). Nos prospections n'ont pas permis de confirmer sa présence en période de nidification. Si l'on se réfère aux données récentes disponibles (2000-2006), l'effectif nicheur de la vallée peut être évalué à 0-2 couples. Les dernières données datent de juin 2001 et avril 2006 et proviennent respectivement de Gévigney-et-Mercey (source: base de données de la LPO Franche-Comté) et de Savoyeux (Bergelin D., comm. pers.).

II.2.4.2. La Huppe fasciée 30 couples/cantons de Huppe fasciée ont été localisés cette année sur la ZPS : un tiers sur la partie avale entre Ovanches et Gray et deux tiers sur la partie amont entre Faverney et Jonvelle. Cette dernière commune hébergerait, à elle seule, au moins 8 couples.

Compte tenu de la discrétion de l'espèce et du potentiel de milieux favorables du vaste périmètre d'étude (notamment dans sa partie nord), la population nicheuse du Val de Saône peut être évaluée à 40-50 couples.

Ces résultats placent la vallée de la Saône au premier rang pour l'accueil de l'espèce en Franche- Comté. Selon nos connaissances, la population régionale serait forte de 150-200 couples (obs. pers.).

II.2.4.3. L'Alouette lulu La ZPS héberge un minimum de 11 couples nicheurs d'Alouette lulu (cf. annexe 10, carte 55 à 60), dont quatre sur les marges extérieures : à Mantoche, Savoyeux, Jussey et Jonvelle.

La moitié de cette population est distribuée sur la ZNIEFF de Jonvelle.

Cette ZPS est marginale pour l'espèce connue pour fréquenter des milieux ouverts secs (pâturages maigres, systèmes de pelouses, vignes, etc.) et non humides.

II.2.4.4. Le Torcol fourmilier 37 couples/cantons de Torcol fourmilier ont été localisés sur la ZPS en 2008 sans recherche ciblée.

Ce chiffre ne reflète pas l'état réel des populations et nous serions bien incapables de fournir une

18 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 quelconque estimation fiable compte tenu du niveau d'abondance connu de l'espèce dans notre région et du pourcentage élevé de milieux qui lui sont favorables sur le périmètre d'étude.

II.2.4.5. L'Hypolaïs ictérine Deux chanteurs ont été entendus simultanément le 31 mai, respectivement sur les communes de Chassey-lès-Scey et de Port-sur-Saône (cartes 66 en annexe 11). Sans suivi postérieur, il est délicat d'évaluer le degré effectif de nidification car on ne peut écarter l'hypothèse d'oiseaux en halte migratoire, surtout à ces dates qui voient "tomber" les premiers oiseaux.

Dans le doute, la fourchette de 0-2 couples peut être avancée.

II.2.4.6. Les passereaux prairiaux à enjeux II.2.3.6.1. Le Tarier des prés

Le bilan des différentes prospections (quadrats allégés + recherches spécifiques diverses + IPA) est de l'ordre de 50-52 couples/cantons de Tarier des prés (cf. annexe 11, carte 61 à 71).

Ces résultats correspondent à 39 cantons/couples découverts cette année (sites hors MAE + 3 quadrats MAE, cf. méthodologie) auxquels s'ajoutent 11-13 couples/cantons cartographiés en 2005 sur les cinq quadrats MAE restants (Morin & Paul 2006b).

Nous fournissons ci-après (cf. tableau 2) un comparatif des résultats 2005-2008 à prendre avec précaution sachant que les méthodologies appliquées ont été différentes (5 passages dans un cas contre 1 à 2 passages dans l'autre). Ce tableau montre qu'entre 2005 et 2008, les effectifs semblent avoir diminué sur 2 des trois quadrats les plus au sud et augmenté sur le troisième. Mais si l'on retient les résultats cumulés des trois, les effectifs sont restés stables sur lé période.

Commune Résultats 2005 Résultats 2008 Tendance 2005-08 Faverney 2 couples 4 couples + 2 Membrey 3 couples 2 couples - 1 Gray 2 couples 1 couple - 1 TOTAL 7 couples 7 couples 0

Tableau 2. Comparaison des résultats "Tarier des prés" des trois quadrats suivis en 2005 et revisités en 2008

La population comprend deux noyaux principaux, de l'amont vers l'aval :

- le quadrilatère Cendrecourt/Jussey/Gévigney-et-Mercey/Montureux-lès-Baulay qui abrite 18-19 couples (données 2005-2008) sur environ 850 ha, soit une densité moyenne de 0,22 couple/10 ha. - le linéaire de rivière compris entre Baulay et Conflandey (via la Réserve naturelle régionale de la Noue Rouge) qui accueille 12 couples (données 2008) sur 280 ha, soit 0,43 couple/10 ha.

Ces densités sont inférieures à celles relevées en 2005 (Morin & Paul 2006b). Mais ces dernières n'intégraient que la surface échantillonnée des quadrats et la surface totale en prairies observable dans le lit majeur.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 19 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

II.2.3.6.2. Le Pipit farlouse Le bilan pour ce passereau s'établit à 34-40 couples, dont 11-16 pour 2008 et 23-24 pour 2005 (cf. annexe 11, carte 61 à 71).

Si l'on se réfère au bilan dressé en 2005 (34-35 couples) (Morin & Paul 2006b), on remarque que la population des 8 quadrats étudiés à l'époque est quasi équivalente, en terme numérique, à celle de l'ensemble de la vallée et que par conséquent les 9/10e de la population de Pipit farlouse se trouve sur d'anciens parcellaires ayant bénéficié de contrats MAE.

Le tableau ci-dessous fourni la même comparaison que pour le tarier. A l'inverse de ce dernier, le Pipit farlouse semble accuser une baisse notable de ces effectifs qui pourraient avoir diminué de près de moitié sur les trois quadrats étudiés.

Commune Résultats 2005 Résultats 2008 Bilan 2005-08 Faverney 3 couples 2-3 couples 0 (- 1) Membrey 1 couple 0 couple - 1 Gray 7 couples 4-6 couples - 1 (- 3) TOTAL 11 couples 6-9 couples - 2 (- 5)

Tableau 3. Comparaison des résultats Pipit farlouse des trois quadrats suivis en 2005 et revisités en 2008

II.3. Bilan pour les sept espèces forestières : Rapaces et Picidés

II.3.1. Le Milan royal Les investigations conduites sur la ZPS et les prospections soutenues menées sur la zone échantillon (cf. annexe 2) ont confirmé la présence de 3-4 couples nicheurs de Milan royal sur la ZPS dont un à l'extérieur du site (annexe 12, carte 72 à 75) mais qui utilise probablement le territoire de la ZPS comme zone de chasse. Trois aires ont été confirmées ou découvertes : - A Vauchoux (Bois des Vernes) : une aire connue depuis 2007 a été réoccupée cette année. 1 jeune mort avant l'envol - A Conflandey (Bois des Vernayes) : une aire découverte cette année en forêt alluviale. Egalement 1 jeune mort avant l'envol. - A Fleurey-lès-Faverney (le Grand Bois - en dehors de la ZPS) : depuis 2007 au moins, un couple occupe le Grand Bois. L'aire 2008 est différente de l'aire 2007. Au moins un jeune à l'envol.

Les autres indices concernent des observations répétées d'oiseaux adultes sur le territoire conjoint des communes de Gévigney-et-Mercey/Montureux-lès-Baulay qui laissent augurer une reproduction d'un couple. Par ailleurs, sur ces secteurs, des indices certains de reproduction ont déjà été recueillis dans un passé récent (source : base de données de la LPO Franche-Comté).

20 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

II.3.2. Le Milan noir Cette étude a été l'occasion de recenser les effectifs nicheurs de Milan noir, espèce plus commune que la précédente et figurant néanmoins en Annexe I de la Directive Oiseaux.

73 indices de reproduction ont été recueillis dont plus d'une quarantaine de nids découverts (cf. annexe 12, carte 72 à 83). 10 % se trouvent hors emprise ZPS mais en périphérie immédiate. Aucun nid n'a été découvert au nord de Gévigney-et-Mercey, en raison sans doute du rétrécissement de la rivière et de son lit majeur.

A partir de ces éléments, il est possible d'affirmer que la population nicheuse de Milan noir est forte de plus d'une centaine de couples sur l'ensemble du linéaire de la Saône ; les plus grosses densités se rencontrent en aval de Purgerot :

- le Bois Malfaignet à Apremont héberge 4 nids sur 29 hectares, soit 1,4 couple/10 ha, - le Bois de la Vaivre à Rigny avec 4-5 couples nicheurs sur 37 hectares, soit 1,1 couple/10 ha, - ou encore le Bois des Vernayes à Conflandey qui héberge un minimum de 8 nids sur 120 ha. C'est ce même bois qui a abrité cette année un nid de Milan royal.

II.3.3. Le Busard Saint-Martin Un seul indice sérieux de nidification a été recueilli cette année en bordure immédiate (mais à l'extérieur de la ZPS) sur la commune de Faverney, entre la RD 434 et la ferme Bethléem. Le comportement des oiseaux (1 couple cerclant au-dessus d'un champ venant d'être moissonné) laisse penser qu'une nidification a été tentée en milieu céréalier (Lecornu D. comm. pers.) (cf. annexe 12, carte 74). Aujourd'hui, l'espèce peut être considérée comme un nicheur très rare et irrégulier (0-1 couple) sur la vallée. Elle comptait pourtant des effectifs de l'ordre de 3-4 couples jusqu'au milieu des années 1990 (tableau 4).

Date Commune Lieu/site Détail & circonstances Observateur Mai 1995 Faverney Non précisé 1 femelle Lecornu D. 1995-98 Scey-sur-Saône- Coupe en Couple avec jeunes au Maillot F., et-Saint-Albin régénération vers nid Piotte P. & RN 19 Morin C. 1997 Port-sur-Saône Non précisé Jeunes à l'envol bagués Rapport busards 1997 & juin Cendrecourt Non précisé Echec de nidification Vigneron F. 2003 suite à travaux forestiers & Lecornu (1997), 1 mâle (2003) D. Juin 2005 Membrey Non précisé 1 mâle Weidmann J.-C.

Tableau 4. Busard Saint-Martin : détail des données de nidification récentes disponibles dans la base de la LPO Franche-Comté

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 21 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 II.3.4. Le Busard cendré Aucun indice de reproduction n'a été recueilli cette année. Du reste même, aucun oiseau n'a été vu sur la ZPS durant toute la campagne de terrain. Si l'on ne retient que les données postérieures à 2000, il faut signaler qu'un couple a niché pendant 10 ans (1994-2003) sur la commune de Faverney en mégaphorbiaie, lieu-dit Prés de la Croix. Aujourd'hui, le Busard cendré a (définitivement) déserté le site qu'il n'a d'ailleurs jamais fréquenté en grand nombre : moins de 10 couples selon Rocamora (1994), 3 couples tout au plus selon la base de données de la LPO Franche-Comté jusqu'au début des années 2000 (tableau 5). Le statut de cette espèce est désormais préoccupant à l'échelle régionale, à l'instar de l'espèce précédente (Paul 2008, Weidmann et al. 2004).

Date Commune Lieu/site Détail & circonstances Observateur Mai 2004 Chassey-lès- Est du village, au 1 mâle Piguet A. Scey sud de la RD n°59 1994-2003 Faverney Près de la Croix Nidification régulière Lecornu D. d'un couple en & al. mégaphorbiaie 1996-1997 Scey-sur-Saône- Nidification d'un couple Maillot F. & et-Saint-Albin en coupe en régénération al. 1995 Villers-sur-Port Non précisé 1 mâle se pose dans les Maillot F. blés

Tableau 5. Busard cendré : détail des données de nidification récentes disponibles dans la base de la LPO Franche-Comté

II.3.5. Le Pic mar

II.3.5.1. Répartition et estimation de la population L'espèce est présente sur l'ensemble du linéaire de la Saône. En 2008, elle a été découverte sur une quinzaine de massifs forestiers pour un total minimum de 46-48 cantons (annexe 13, carte 84 à 95).

Une estimation de la population totale du périmètre d'étude peut-être avancée à partir du tableau 6 ci-dessous. Si l'on considère comme optimale la distribution sur la Saône en 2008 et que l'on multiplie le nombre de forêts occupées par la moyenne des densités relevées sur les quadrats, la population de Pic mar peut être estimée à un minimum de 125-130 couples.

Une autre estimation établie au prorata de la surface forestière du site donnerait entre 420 et 462 couples.

Le bon chiffre se situe sans doute entre les deux estimations. On est bien loin des 20-40 couples annoncés par Rocamora (1994) qui résultaient davantage de la méconnaissance du statut de l'espèce que d'une réelle connaissance du niveau des populations.

22 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 II.3.5.2. Densité Dans le tableau ci-après, les effectifs de Pic mar sont présentés sous forme de fourchettes. Celles- ci tiennent compte de la probabilité ou de la certitude de la présence d’un canton. Les effectifs les plus faibles correspondent à des oiseaux nicheurs et les fourchettes hautes incluent les oiseaux dont le cantonnement est seulement probable.

Les densités maximales observées ont été relevées dans le quadrat très favorable de Faverney (vieille forêt inondable de gros chênes pédonculés). Elles atteignent entre 15 et 16,5 couples aux 100 ha. Ce chiffre est conforme aux densités annoncées pour de vieilles forêts âgées comme le Bois des Balières à Faverney.

Les densités sont de l'ordre de 7 couples/100 ha à Esmoulins (calculées d'après la surface d'habitats favorables) et de 2,5 couples/100 ha seulement à Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin en milieux peu propices.

A titre de comparaison, ces densités sont conformes aux plus hautes trouvées sur les quadrats les plus favorables de la vallée de la Lanterne (Legay & Paul 2006). Elles sont supérieures à celles trouvées en forêts de Chaux dans des milieux structurellement comparables (9,1 c/100 ha selon Joveniaux & Dessolin 2000 en chênaie-boulaie) en considérant cependant l'influence possible de variations annuelles.

En Alsace, dans une grande partie de la Normandie, dans le Centre et sur les contreforts du Jura, le Pic mar peut atteindre deux couples aux dix hectares (Lutsch & Muller 1988). Une étude menée consécutivement en 1993 et 1994 sur des massifs forestiers lorrains permet d’obtenir des densités variant de 1,12 couple aux 10 hectares à 2,59 couples aux dix hectares (Maly 1994).

Sites Pic mar Pic cendré Pic noir Faverney 18-20 1 1 Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin 3 0 0 Esmoulins 5 0 0 TOTAL 26-28 cantons 1 canton 1 canton

Tableau 6. Estimation du nombre de cantons de Picidés recensés sur les quadrats de la zone d'étude

Les territoires délimités se répartissent de la manière suivante : - à Scey-sur-Saöne, les rares contacts ont été enregistrés à la pointe est du quadrat (2 territoires délimités) et au nord (1 territoire débordant légèrement le quadrat) ; - à Esmoulins, hormis un territoire identifié à l'ouest, tous se trouvent dans la partie occidentale du quadrat : 2 au nord imbriqués entre les points cotés 188,7 et 187,7, 1 au centre aux environs du point coté 189,5 et 1 en partie sud ; - à Faverney, les nombreux territoires délimités sont davantage concentrés dans la partie nord, 3 à 4 d'ailleurs débordent légèrement du périmètre du quadrat ;

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 23 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 II.3.6. Le Pic cendré

II.3.6.1. Répartition et estimation de la population L'espèce a été découverte sur une douzaine de massifs forestiers. Au total, 16 chanteurs/cantons ont été inventoriés sur l'emprise de la ZPS (cf. annexe 13, carte 84 à 95).

Ces résultats sont supérieurs à ceux énoncés par Rocamora (1994) : < 10 couples. Mais, à l'instar du Pic mar, le niveau de connaissance de l'époque du statut de l'espèce était lacunaire.

Il n'est pas possible de proposer une quelconque estimation de la population totale de la vallée compte tenu des résultats obtenus par la méthode des quadrats (cf. ci-dessous). Les 16 chanteurs/cantons doivent donc, et tout simplement, être considérés comme un minimum. Cependant, à la vue des densités communément trouvées (cf. ci-dessous) et si l'on prend en compte l'ensemble du couvert forestier du site, l'estimation haute s'établirait à une trentaine de couples.

II.3.6.2. Densité La campagne 2008 ne permet pas de calculer les densités, l'espèce n'ayant été trouvée que sur un quadrat : 1 unique chanteur sur le quadrat de Faverney en limite externe du reste.

En Franche-Comté, les densités de pic cendré n’ont été calculées à ce jour qu'en forêt de Chaux à la fin des années 90. Elles sont de l'ordre de 1 couple aux 100 ha (Joveniaux & Dessolin 2000). Aillleurs, elles oscillent entre 0,15 et 2,6 c. dans d'autres forêts de feuillues suivies.

Forêt de Chaux Forêt de Forêt de Forêt de Bois des Espèces 150 ha (1) Fontainebleau (2) Hanau (3) Citeaux (4) Balières (5) Pic cendré 1,0 2,6 0,15 0,9 - Pic mar 9,1 2,3 0,6 8,2 15

Tableau 7. Densité aux 100 ha des pics recensés dans différentes forêts feuillues (1) Joveniaux & Dessolin 2000 (2) Spitz 1972 (3) Muller 1997 (4) Ferry & Frochot 1989 (5) Présente étude : Morin & al. 2008

II.3.7. Le Pic noir

II.3.7.1. Répartition et estimation de la population 18 cantons ont été inventoriés durant cette campagne de terrain (cf. annexe 13, carte 84 à 95) sur 16 massifs forestiers différents. L'espèce est sans doute bien plus abondante sur les différents massifs forestiers qui lui sont favorables.

II.3.7.2. Densité Aucun calcul de densité n'est possible, l'espèce n'ayant été contactée que sur le quadrat de Faverney (cf. tableau 7 ci-dessus).

24 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

II.4. Bilan pour les oiseaux communs

Remarque : les résultats bruts complets sont fournis sous support numérique au maître d'ouvrage.

II.4.1. Richesse spécifique totale Les recensements conduits par la méthode des IPA ont permis de contacter 101 espèces d'oiseaux. Parmi celles-ci, 7 espèces sont migratrices et non nicheuses sur le site : Héron gardeboeufs, Cigogne blanche…, Traquet motteux (cf. résultats bruts). Les 94 espèces considérées comme nicheuses incluant les espèces à grand territoire (Milan royal, Buse variable, Pic noir, Cygne tuberculé, etc.) représentent 4205 "couples" d'oiseaux, soit une abondance moyenne de 35,04 couples par point (résultats bruts disponibles sous support numérique). Le nombre d'espèces contactées par IPA varie beaucoup, l'écart type sur les 120 points d'écoute est de 5,01 pour une moyenne de 22,64 espèces par IPA.

100 Toutes espèces 90 Passereaux et assimilés 80

70

60

50

40

30

20

10

0 Richesse totale Richesse moyenne Abondance moyenne

Graphique 1. Résultats globaux obtenus pour les 120 IPA

A titre de comparaison, sur les ZPS de la Loue et du Lison (site de moyenne altitude), les 30 IPA réalisés en 2006 avait permis de recenser 83 espèces dont 68 à petit territoire (Morin & Paul 2006). La richesse (22,5 espèces/point) était équivalente à celle relevée dans le cadre de la présente étude, l'abondance (33,5 couples/point) légèrement inférieure. Une autre étude sur la ZPS Petite Montagne du Jura livre des valeurs comparables mais légèrement supérieures (Paul 2007).

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 25 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Richesse (sp. à petit Richesse Abondance Site/milieux Source territoire) moyenne/point moyenne/point Morin & al. 2008 ; ZPS Saône 83 20,28 32,1 Présente étude ZPS Loue-Lison 68 20 30 Morin & Paul 2006 ZPS Petite montagne 75 21,11 33,62 Paul 2007 du Jura Tableau 8. Tableau comparatif des résultats globaux de quelques études régionales

II.4.2. Fréquence d'apparition et abondance des espèces Les 83 espèces de passereaux ou assimilés (intégrant le Pigeon biset de souche domestique et non sauvage) retenues pour l'analyse n'ont pas la même fréquence d'apparition dans les 120 IPA (tableau 8 et graphique 2). 28 espèces ont été contactées dans plus de 25 % des relevés dont 11 espèces notées dans plus d'1 IPA sur 2. Ces espèces, parmi les plus communes en France (Yeatman-Berthelot & Jarry 1995), sont dites généralistes car elles affectionnent des milieux aussi variés que les forêts, les milieux buissonnants ou totalement ouverts.

A l'inverse, 65 % des espèces (55) ont été observées dans moins de 25 % des relevés.

Les espèces les moins contactées (< 10 %) forment près de 40 % de l'échantillon (32 sp.) à l'instar des constats faits sur la ZPS Petite Montagne (Paul 2007) dénotant la diversité de l'avifaune de la vallée de la Saône. Il s'agit d'espèces (devenues) rares (Caille des blés, Hirondelle de rivage, Rousserolle turdoïde, Tarier des prés, etc.) ou difficiles à déceler (Mésange boréale, Mésange huppée, les deux Roitelets par ex.).

Les espèces les plus fréquentes sont également les plus abondantes (cf. résultats bruts).

Fréquence moyenne supérieure à 75 Fréquence moyenne comprise entre Fréquence moyenne comprise entre % 51 et 75% 26 et 50% (> 90 IPA/120) (61 < IPA < 90) (31 < IPA < 60) Alouette des champs Bergeronnette grise Tourterelle turque Tourterelle des bois Mésange charbonnière Rossignol philomèle Pic épeiche Merle noir Pigeon ramier Pic vert Fauvette à tête noire Coucou gris Hirondelle rustique Corneille noire Pouillot véloce Loriot d'Europe Pinson des arbres Troglodyte mignon Mésange bleue Etourneau sansonnet Grimpereau des jardins Rougegorge familier Grive musicienne Fauvette grisette Chardonneret élégant Corbeau freux Verdier d'Europe Bruant jaune Tableau 9. Liste des espèces de fréquence supérieure à 25 %

26 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 100

90

80

70

60

50

Fréquence en % 40

30

20

10

0 r r r t r i t i e is e e s e s e nt e s u et et s te s e e é e le e te é é e es o èr ie r c n p he s in i a e po h ne u ur t ti tte in p ux ïd ux nc izi n m g o m ic ri g ett n e fi a use c eu a pp us lot dr e la pp z pé rbr ni u él jau a rd s he uc tor to ne e ro e u o roû o g n e lulu u t p bise a n o t h pe e g lé hê rc li friq n lot rv di in qu h rl c rd e gn t b tt n rle o ra c v famil gri c ch o o il Eu a ly c t h an s e n ot c é tt é s or c m e u es ffa o d' ros e fa tu c ta e hu e M ll an s c es ja et te t r iv a d no e él Ser ue s b it m e po s ue l e eo d arb eo i e ne rge e é u s e e g r è p e ll Pi a fron o te Bru g n h g Cou Pi n d o er et de ll e e Gr ine a Pou ll m de u ïs c Al ng Pi c Bru ro v i o c ng e lon eu t Gr Pi ro la e à a so e Pi Pou e d au eg nn u te ch nt u a ro tt h lq e o b e Roi s n tt ge re g o Si è e M s e o à c an u s è é ng e rd Fa Gea ri c é s e s eu M Pi a ue p -g Cho M s in pê Fo Gr u s o Ber Ac L ng n- Bru Hyp é Al im Rou e Rou eq Cha Pi Rou sa rti g M Gr é a M M Rou

Graphique 2. Classement décroissant des fréquences d'apparition des 83 espèces inventoriées. Une espèce sur deux est notée sur l'axe des abscisses. Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & 27 Philippe LEGAY – déc. 2008 II.4.3. Principaux résultats par point et par milieu Les points les plus riches sont les IPA n°11, 12, 17, 19, 24, 44, 55, 58 et 59 avec respectivement 28, 29, 30, 28, 28, 29, 29, 28 et 28 espèces (graphique 3). Tous ces points sont situés sur la partie moyenne à haute de la vallée et sont implantés en milieux ouverts ou en lisière forestière offrant une bonne diversité d'habitats ou un champ de vision et de perception des oiseaux optimal.

35

30

25

20

15

Richesse spécifique Richesse 10

5

0 17 12 4 4 4 5 11 19 2 4 58 59 7 3 2 54 112 18 2 8 2 4 6 0 6 4 118 2 1 3 9 57 8 4 114 1 3 5 2 3 3 8 Points IPA

Graphique 3. Classement par ordre décroissant des 30 points les plus riches de l'inventaire établi d'après la liste des 83 espèces de passereaux ou assimilés

Les sites les plus "pauvres" avec respectivement 13, 13, 12, 12, 11 et 13 espèces recensées sont les points 26, 50, 68, 71, 78 et 97 (graphique 4). Il s'agit de points aux habitats très peu diversifiés : par exemple, le point 26 est situé en prairie de fauche artificielle sans aucune strate buissonnante ; le point 50 est localisé en milieu forestier sans taillis sous futaie.

Prairie naturelle humide Prairie Cultures + Type d'habitat/occupation du sol Forêt et zone humide mésophile habitations

Nbre de points concernés 47 38 21 14 Richesse totale 79 72 58 60 Richesse moyenne 19,42 21,26 18,71 21,64 Abondance moyenne 31,12 34,07 29,23 34,35 Tableau 10. Abondance et richesse des passereaux et espèces assimilées par grand type d'habitat5. En gras : les valeurs extrêmes

5 C'est l'habitat principal du point qui a été retenu pour cette analyse sommaire. 28 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

18

16

14

12

10

8

6 Richesse spécifique Richesse

4

2

0 78' 68' 71' 26' 50' 97' 45' 66' 79' 92' 98' 80' 81' 93' 83' 87' 95' 99' 106' 107' Points IPA

Graphique 4. Classement des 20 points les plus pauvres de l'inventaire établi d'après la liste des 84 espèces de passereaux ou assimilés

Le tableau ci-dessus décrit les résultats des IPA par grandes catégories de milieux. Rappelons que l'échantillonnage systématique pratiqué permet à chaque milieu d'être représenté en fonction de la surface qu'il occupe. Ainsi explique-t-on la grande majorité des points positionnés en milieu ouvert prairial dans le système alluvial de la Saône. Le principal enseignement, auquel on pouvait logiquement s'attendre, tient à la très grande richesse spécifique des prairies et zones humides associées avec près de 80 espèces inventoriées. A l'inverse, et là encore logiquement, le cortège est beaucoup plus réduit en milieux forestiers, quels que soient la nature et le type de forêt concernée.

II.4.4. Espèces communes absentes de l'inventaire Il est intéressant de signaler l'absence de certaines espèces auxquelles on pouvait logiquement s'attendre : la Bergeronnette des ruisseaux, le Pipit des arbres ou encore le Bouvreuil pivoine pour ne citer que les principales. C'est moins étonnant pour cette dernière espèce qui accuse désormais un déclin généralisé qui lui vaut aujourd'hui de figurer dans la liste rouge nationale de l'UICN (UICN 2008, Jiguet 2008). C'est beaucoup plus curieux pour les deux autres et notamment pour le Pipit des arbres, espèce largement distribuée sur le territoire comtois.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 29 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 II.5. Oiseaux migrateurs et hivernants Ce site constitue une zone de halte migratoire, voire d'hivernage, d'importance secondaire pour l'avifaune. L'importance (toute relative) du site pour certaines espèces mérite d'être relevée, notamment pour la Grue cendrée ou encore le Vanneau huppé.

Statut Population Nom usuel D0 Commentaires 2000-2006 2000-2006 Bihoreau gris X Migrateur qq. Rare mais régulier au passage prénuptial De plus en plus régulière : 53 ind. lors des Migrateur/ Grande Aigrette X > 50 ind. comptages des 12 & 13/01/08 (Paul hivernant 2008b) Rare. Phragmitaie de Gray-Rigny entre Blongios nain X Migrateur 1-2 ind. autres Héron pourpré X Migrateur 1-2 ind. Rare mais régulier en halte migratoire En halte migratoire sur l'ensemble de la Cigogne blanche X Migrateur Pl. diz. vallée Migrateur/ Sur les bras morts et zones humides de la Sarcelle d'hiver Pl. diz. hivernant vallée Stationnements et hivernage réguliers, Migrateur/ souvent sur les zones inondées (Soing- Canard siffleur > 50 ind. hivernant Cubry-Charentenay, Ray-sur-Saône, Membrey Plusieurs dortoirs connus et suivis depuis Migrateur/ pl. années et comptés au cours de l'enquête Busard Saint-Martin > 15 ind. hivernant de l'hiver 2007-08 (Paul 2008d) : Fédry/Rupt-sur-Saône & Apremont Stationnement d’oiseaux sur la plaine de Faucon pèlerin X Hivernant 1-2 ind. Fédry/Rupt-sur-Saône entre autres Aux deux passages mais surtout au Grue cendrée X Migrateur Pl. cent. printemps (Morin 2000b) Râle d'eau Hivernant qq. ind. Vanneau huppé Migrateur Pl. milliers. En stationnement en février-mars Avec les vanneaux sur la plaine de Pluvier doré X Migrateur Pl. diz. Fédry/Rupt-sur-Saône entre autres Migrateur/ Pas d'évaluation Bécassine des marais - hivernant Migrateur/ Pipit farlouse Pl. cent. hivernant Migrateur/ Pipit spioncelle Pl. diz. hivernant Encore présente en hiver (Chantes, Rupt- sur-Saône, Cendrecourt, etc.). La population hivernante de Haute-Saône a Pie-grièche grise Hivernant 2-3 ind. été estimée à 20-25 individus au cours de l'hiver 2007-2008 (Paul 2008c) dont une part non négligeable (environ 25 %) fréquenterait la vallée Tableau 11. Synthèse des connaissances ornithologiques sur les oiseaux migrateurs et hivernants de la ZPS Vallée de Saône

30 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 III. Synthèse des enjeux, mesures de conservation, menaces et atteintes

III.1. Statuts de conservation des espèces Le tableau en annexe 14 synthétise les statuts de conservation à différentes échelles (Monde, Europe, France, Franche-Comté, Département) des espèces diurnes trouvées nicheuses en 2008 sur la vallée de la Saône. Cette information est résumée également dans les fiches espèces en annexe 15. Les 13 espèces de l'inventaire figurant en Liste rouge régionale, dont plusieurs présentant des effectifs importants à l'échelle de la Franche-Comté (Courlis cendré, Rousserolle turdoïde, Tarier des prés) confèrent à la vallée de la Saône un intérêt majeur, justifiant sa désignation en Zone de Protection Spéciale (tableau 13).

III.2. Espèces à enjeux de conservation Ne sont évoquées ici que quelques espèces définies ou non dans le cahier des charges du maître d'ouvrage. Pour les autres, les tableaux ci-après déclinent les principaux enjeux du site et sa responsabilité régionale (tableau 12, cf. tableau 13).

III.2.1. Le Râle des genêts Après deux années vierges (2004 et 2006 – Paul 2006), l'espèce est de retour en vallée de la Saône. Les 2 chanteurs découverts cette année sont à mettre en relation avec les résultats très encourageants obtenus sur le bassin du Drugeon en 2007 (Michelat 2008) et 2008 (Michelat D. comm. pers.) : en 2007, 8 à 12 chanteurs ont été entendus sur 10 sites différents ce qui faisait de 2007 une année exceptionnelle. Il faut remonter à 2001 pour retrouver un effectif comparable. En 2008, un total de 8 à 9 chanteurs y a été dénombré. De tels constats ont également été effectués en Suisse (ASPO 2007).

III.2.2. Le Milan royal A l'échelle de la région, la Saône, à l'image du complexe Loue-Lison (Morin & Paul 2006), n'héberge qu'une part réduite des effectifs nicheurs, sans doute voisine de 1,5 %, l'essentiel de la population étant davantage distribuée sur les seconds plateaux du Jura (Pommier 2002) qui constituent probablement les zones "sources" de l'espèce à opposer aux zones de plaine qui agissent comme des zones "puits". C'est en tout cas dans les zones de basse altitude que le déclin s'est fait le plus ressentir ces dernières années (Morin 2006b). Néanmoins, cette petite population mérite toute notre attention au vu de la situation précaire du Milan royal dans tout le quart nord-est de la France.

Les 3 couples de la zone échantillon (cf. méthodologie) devraient continuer à être suivis dans le cadre du plan d'actions Milan royal.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 31 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 III.2.3. Le Vanneau huppé Avec seulement 22-27 couples recensés, la population de Vanneau huppé accuse un déclin marqué (- 70 %) depuis le dernier (seul) recensement réalisé en 1995-96 (Deceuninck 1998). Avec cet effectif toutefois, la population du site serait équivalente à celle de tout le département du Jura (Perrin 2004)6 et elle représenterait environ 20 % de la population nicheuse régionale estimée à 116-140 couples (Morin C. obs. pers.). Essentiellement cantonné en cultures (près de 75 %), l'avenir de l'espèce sur la vallée dépendra de la volonté du monde agricole de prendre en compte cet enjeu en instaurant un code de bonnes pratiques adaptable au calendrier de reproduction de l'espèce.

III.2.4. Le Courlis cendré La population de Courlis reste stable sur le pas de temps 2005-2008 après une légère mais significative baisse entre 1998 et 2005 (Scheifler 1998, Déforêt & Morin 2001). Les 35-38 couples recensés cette année représentent une part non négligeable (env. 25 %) de la population régionale estimée à 130-153 couples (Morin C. obs. pers.). L'enjeu de la Saône pour la conservation de l'espèce à l'échelle de la région s'avère donc primordial.

III.2.5. La Bécassine des marais L'année 2008 est particulière pour cette espèce. Le printemps pluvieux semble avoir cantonné un plus grand nombre de reproducteurs potentiels. Ainsi, depuis dix ans, jamais autant de chanteurs ou d'oiseaux chevrotants n'avaient été relevés dans la vallée. Deceuninck (1998) faisait état de 3-6 couples seulement. Mais, ce qui paraît intéressant aussi, c'est le nombre de sites occupés, 5 en totalité contre deux seulement en 1995-96. Ce phénomène ne semble pas avoir été constaté ailleurs dans la région. Dans le Drugeon, les effectifs sont jugés comme stables (Michelat D. comm. pers.). Avec cet effectif, la vallée de la Saône est le troisième site le plus important de France pour l'accueil des nicheurs derrière le Bassin du Drugeon (62-63 chanteurs & 41-42 oiseaux chevrotants), la RN de Remoray et environs (5 à 8 chanteurs) et devant les marais bretons, lac de Grand Lieu ou encore les marais du Cotentin.

III.2.6. L'Hirondelle de rivage Nous disposons désormais d'un état zéro pour la population nicheuse d'hirondelle de rivage : forte de plus de 200 couples (si l'on intègre une colonie non inventoriée, celle de Mercey-sur-Saône), cette population naturelle (utilisant les berges abruptes de la rivière) ne semble pas menacer à court terme mais, en réalité, sa survie semble tenir uniquement au maintien de la très importante colonie de Chantes située en rive gauche qui héberge plus de la moitié des effectifs nicheurs comptabilisés. Des mesures de conservation doivent être prises pour conforter et renforcer cette colonie (cf. ci- dessous).

6 L'estimation du Jura est vraisemblablement lacunaire car la pression d'observation ne semble pas avoir été équivalente sur l'ensemble du territoire du département. 32 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 III.2.7. Le Pipit farlouse L'estimation de l'effectif nicheur s'élève à 40-45 couples (cf. tableau 13) et la tendance semble apparemment bien négative. En effet, sur les trois quadrats prospectés en 2008, la population semble avoir perdu près de 50 % de ses effectifs en trois ans. A l'inverse de l'espèce suivante, le Pipit farlouse ne semble pas avoir bénéficié de l'impact positif des mesures agri-environnementales, ou pour le moins celles-ci n'ont pas permis d'éviter le déclin (Morin 2006). Au niveau national, cette espèce est partout en voie de diminution, le programme STOC-EPS fait état d'un très fort déclin, de l'ordre de - 80 % entre 1989 et 2007 (Jiguet 2008). Cette tendance particulièrement négative fait dire à Jiguet et Julliard (2005) que si ce déclin venait à se confirmer, cette espèce devrait rapidement disparaître des plaines françaises, phénomène d'autant plus prévisible que le Pipit farlouse se trouve ici, en France, en limite sud de son aire de distribution (Yeatman-Berthelot et Jarry 1995).

Au vu de la situation de l'espèce dans le département (absent de la partie amont de la Lanterne, Legay & Paul 2006 ; présent en faible effectif sur l'Ognon, Morin C. obs. pers. ; très rare sur les vallées du Durgeon et de la Colombine, Déforêt et Morin 2008), la vallée de la Saône se trouvé être désormais le site majeur de nidification de l'espèce sur le territoire haut-saônois.

III.2.8. Le Tarier des prés L'effectif nicheur du site a été estimé à 50-52 couples/cantons. Sachant que la population haut- saônoise avoisine les 120-150 couples (obs. pers.), la ZPS du Val de Saône a une responsabilité majeure dans la conservation de ce petit passereau à l'échelle du département.

Des noyaux importants ont été identifiés sur Cendrecourt/Montureux-lès-Baulay et sur Baulay/Conflandey. Du maintien de ces populations-sources dépendra la survie de l'espèce sur le linéaire de la rivière.

Sur les trois quadrats revisités en 2008, la population peut être considérée comme stable. Comme nous l'indiquions en 2005 (Morin & Paul 2006b), la conservation des effectifs nicheurs sur certains secteurs de la vallée peut s'expliquer par la proportion élevée de couples installés en parcelles contractualisées en retard de fauche au 1er ou 15 juillet : près d'un couple sur deux occupait ainsi en 2005 une parcelle sous contrat MAE.

Rappelons qu'en France, ce passereau est donné en déclin à peu près partout, que le programme STOC-EPS (suivi temporel des oiseaux communs par points d'écoute) fait état d'une diminution significative de plus de 70 % de ses effectifs entre 1989 et 2007 (Jiguet 2008) et qu'il est inscrit désormais en Liste rouge nationale (catégorie Vulnérable) (UICN 2008).

A titre d'information encore, nous fournissons ci-dessous le bilan du suivi de ce passereau effectué depuis 1990 sur le territoire de la Réserve naturelle nationale du Lac de Remoray (Tissot B., comm. pers.). Les résultats montrent que le Tarier des prés accuse un léger déclin. Cette baisse peut s'expliquer par les variations de recrutement inter-sites mais elle trouve peut-être aussi, et de manière plus profonde, son origine dans le déclin généralisé qui affecte l'espèce.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 33 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 30

25

20

R2 = 0,1852 15

10 Nombre de couples

5

0 1990' 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 Année

Graphique 5. Résultats du suivi "Tarier des prés" organisé sur la Réserve Naturelle du Lac de Remoray (Tissot B. comm. pers.)

III.2.9. La Rousserolle turdoïde Les bilans antérieurs partiels (Morin 2000, 2001) ne donnaient qu'une idée imprécise de l'état des populations. Pour la première fois, nous disposons d'une estimation fiable des effectifs nicheurs fréquentant le lit mineur et majeur de la vallée. Les 44-46 couples recensés forment une part importante de l'effectif régional sans doute proche des 50 % ce qui confère à la vallée une responsabilité majeure, d'autant plus importante que cette espèce figure désormais en Liste rouge nationale (catégorie Vulnérable) (UICN 2008) et qu'elle ne compte aujourd'hui plus que 3000- 5000 couples (Olioso & al. 2008). L'espèce semble se maintenir (39-52 c. sur la période 1995-2006) comme sur la roselière d'Autet (Moreau 2004) mais des déclins locaux sont à signaler : à Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux-et- Quitteur, 12 chanteurs étaient connus, ils n'étaient plus que 6 cette année ; le site de Chantes (rive gauche et partie amont de l'île) a accueilli par le passé jusqu'à 3 chanteurs simultanément. Aucun n'a été entendu cette année alors que le site demeure inchangé. De même, sur un site voisin hors ZPS, le marais de Vy-le-Ferroux, la population est clairement en baisse : plus de 10 chanteurs dans les années 90, 4-5 chanteurs maximum cette année (Morin C. obs. pers.). Les seuls sites qui semblent voir (avec toutes les réserves de rigueur) leurs effectifs augmenter sont Fédry/Soing-Cubry-Charentenay et Seveux/Membrey.

III.2.10. La Pie-grièche à tête rousse Avec 3-4 couples nicheurs dénombrés en 2008, la vallée de la Saône a accueilli la moitié des effectifs nicheurs régionaux estimés à 8-9 couples (Paul 2008), ce qui fait de cette ZPS un site majeur pour la nidification de cette pie-grièche, désormais très rare. Les couples de Jonvelle et de Jussey sont connus et suivis depuis plusieurs années. Aucune menace à court terme n'a été décelée mais il est clair qu'avec un effectif aussi réduit concentré en deux sites, l'espèce peut très bien disparaître dans un laps de temps très bref.

34 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Statut en Population Population Nom usuel DO Commentaires 1995/2006 1995/2006 2008 Migrateur occasionnel sur les Migrateur/ roselières de la basse Saône Blongios nain X Nicheur 0-1 c. 0 c. (Rigny-Gray). Dernière preuve disparu possible rapportée en 1998 en aval de l'île de Chantes Héron pourpré X Migrateur 0 c. 0 c. Migrateur irrégulier Râle d'eau Nicheur 8-12 c. 5 c. Pas de tendance affichable Nidification fluctuante selon les années. Quatre sites principaux sont connus : Marouette ponctuée X Nicheur rare 1-3 c. 1 c. Montureux-lès-Baulay (1995), Faverney (2001), Fleurey-lès- Faverney (2001, 2008) et Membrey (1995, 1998) Nouvelle acquisition pour la Chevalier guignette Non nicheur Inconnu 1 c. vallée Augmentation liée aux prospections spécifiques et à Hirondelle de rivage Nicheur 102-117 c. 185-217 c. la réévaluation à la hausse de l'effectif nicheur de la colonie de Chantes Populations disséminées sur Martin-pêcheur d'Europe X Nicheur Non estimé 0,4 c./km l'ensemble du linéaire de la rivière Effectif stable : étrécissement Rousserolle turdoïde Nicheur 39-52 c. 44-46 c. de la fourchette grâce à l'étude Tableau 12. Synthèse des connaissances pour les espèces de milieux humides sur la ZPS Vallée de Saône

Annexe I DO : Les espèces visées par l'annexe I sont cochées. Statut 1995-2006 : Statut biologique issu de l'exploitation des données de la base informatisée de la LPO Franche-Comté (1995-2006). Population 1995-2006 : Estimations d'après la base de données (1995-2006) ou information recueillie dans la bibliographie ou auprès d'un tiers (structure, bénévole, opérateur du site Natura 2000, etc.). Population 2008 : Réactualisation des données par la LPO Franche-Comté. Légende du tableau précédent

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 35 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Estimation de la population Indices de Résultats de l'inventaire (bruts ou densités) Commentaires et enjeux totale du site fiabilité* Blongios nain 0 0 couple Aucun indice en 2008. Espèce disparue (?) 3 Héron pourpré 0 0 couple Aucune preuve de nidification récente 3 Milan royal 3-4 couples 3-4 couples Dont 1 couple à l'extérieur de la ZPS 3 Milan noir 73 couples > 100 couples 3 Busard-Saint-Martin 1 couple (hors site) 1 couple Très rare désormais, voire disparu. Hors site en 2008 2 Busard cendré 0 couple 0 couple Disparu 3 Râle des genêts 2 chanteurs au moins 2 chanteurs… 2 Râle d'eau 5 couples 5 couples mini. Espèce rare ou peu détectée 2 Marouette ponctuée 1 chanteur 1 chanteur mini. 2 Courlis cendré 35-38 couples 35-38 couples 60 % de la population haut-saônoise 3 Vanneau huppé 22-27 couples 22-27 couples En déclin 2 Bécassine des marais 6-9 couples (oiseaux chevrotants ou chants) sur 5 sites 6-9 couples mini. Très bonne année : 3e site le plus important de France 2 Chevalier guignette 1 couple 1 couple Nidification très probable 3 Hirondelle de rivage 170-187 couples pour 10 colonies 185-217 couples Une colonie principale 3 Martin-pêcheur d'Europe Densités maximales : 0,4 c./km 2 Alouette lulu 11 couples (4 sur les marges externes) 11 couples mini. Peu fréquente ; sur des habitats marginaux de la ZPS 2 Huppe fasciée 30 couples/cantons 40-50 couples/cantons Première population régionale 2 Torcol fourmilier 37 couples Non évalué 1 Pic cendré 16 couples 16-30 c. 2 46-48 couples ; densités les plus élevées : entre 15 et Effectifs importants au regard de la surface forestière Pic mar 130-450 couples 1 16,5 c./100ha du site Pic noir 18 couples Non évalué 1 Pipit farlouse 34-40 couples 40-45 couples maxi. En déclin apparent 2 65 % des roselières linéaires occupées. Responsabilité Rousserolle turdoïde 44-46 couples < 50 couples majeure de la Saône (env. 50 % de l'effectif nicheur 3 régional) Hypolaïs ictérine 0-2 couples Non évalué Population en voie de disparition ou marginale 1 Responsabilité majeure de la Saône pour la Tarier des prés 50-52 couples 50-52 couples 3 conservation de ce passereau en secteur de plaine Pie-grièche écorcheur 94 cantons 200-1000 cantons 1 Pie-grièche à tête rousse 3-4 couples 3-4 couples mini. 50 % des effectifs nicheurs régionaux 2 Pie-grièche grise 0 couple 0-2 couples Aucun indice recueilli en 2008. Disparue 2 Tableau 13. Synthèse : résultats et estimations des populations d'espèces à enjeux ou en Annexe I de la Directive oiseaux sur le territoire de la ZPS *Pour chaque espèce est mentionné un indice de fiabilité de l'estimation qui décroît en fonction du degré de fiabilité : 1. Fiable, 2. Vraisemblable, 3. Incertain.

36 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 III.3. Les territoires à enjeux La caractérisation des territoires à enjeux repose sur trois critères principaux qui à eux seuls ou associés conduisent à sélectionner un territoire à forts enjeux avifaunistiques sur le site de la ZPS :

- les espèces hautement prioritaires (Râle des genêts, Marouette ponctuée, Bécassine des marais, Pie-grièche à tête rousse), - les cortèges d'espèces patrimoniales pris en compte dans le cadre de la présente étude, - les espèces patrimoniales numériquement importantes (≥ 15 % de l'effectif nicheur total recensé sur le site) (Courlis cendré à Gévigney-et-Mercey par exemple ou encore Rousserolle turdoïde à Seveux/Membrey).

Les territoires pris en compte, au nombre de 14, sont déclinés dans le tableau suivant (tableau 14) et cartographiés à l'annexe 16. La dissociation de certains territoires proches (cas des territoires n°4 à 7) est volontaire afin de bien dissocier les différents enjeux.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 37 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Statuts de Nombre Nombre Carte n° ID Communes Sites/Lieux-dits Habitats protection ou Espèces visées d'espèces en d'espèces en en annexe classement LRR* DO** 16 Cortège d'espèces : Alouette Pâturages extensifs ZNIEFF de lulu, Huppe fasciée, Torcol 1 Jonvelle Croix des Cinq Tilleuls sur coteaux avec type I 2 2 96 fourmilier, Pie-grièche à tête fruticées lâches 01820031 rousse, Pie-grièche écorcheur ZNIEFF de Cortège d'espèces : Pipit Aisey-et-Richecourt, Bétaucourt & Prairies humides, 2 Lignes de la Chapelle type I farlouse, Tarier des prés, Huppe 2 0 96 Cendrecourt cariçaies 01820035 fasciée, Bruant proyer Cortège d'espèces : Courlis cendré, Bécassine des marais, ZNIEFFs de Prairies mésophiles et Vanneau huppé, Pipit farlouse, Cendrecourt, Jussey, Gévigney-et- type I 3 Les deux confluences humides, zones Torcol fourmilier, Huppe 6 1 97 Mercey 01820007, humides, etc. fasciée, Rousserolle turdoïde, 01820035 Tarier des prés, Pie-grièche écorcheur, Bruant proyer ZNIEFF de Prairies, petites zones 4 Montureux-lès-Baulay et Baulay Plaine de Baulay type I Vanneau huppé 1 97 cultivées 01820007 ZNIEFF de Cortège d'espèces : Courlis type I Grand Liège, cendré, Milan royal, Milan noir, Prairies, forêts 01820008, Bousselotte, Noue Pipit farlouse, Tarier des prés, 5 Baulay, Purgerot et Conflandey alluviales et zones Réserve 4 3 98 Rouge et Bois des Huppe fasciée, Pic cendré, humides naturelle Vernayes Torcol fourmilier, Pie-grièche régionale de la écorcheur, Bruant proyer Noue Rouge Milan noir, Pic cendré, Pic mar, 6 Faverney Bois des Balières Chênaie inondable - 1 4 98 Pic noir Cortège d'espèces : Marouette Le Rondey, Prés des ponctuée, Râle d'eau, Courlis Prairies et zones ZNIEFF de Amoncourt, Fleurey-lès-Faverney Chênes, Le Bout des cendré, Vanneau huppé, 7 humides avec haies type I 4 2 98 et Faverney Ponts, Prés Tordus, le Bécassine des marais, Pipit buissonnantes 01680001 Colombey farlouse, Pie-grièche écorcheur Bruant proyer

38 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Statuts de Nombre Nombre Carte n° Communes Sites/Lieux-dits Habitats protection ou Espèces visées d'espèces en d'espèces en en annexe classement LRR* DO** 29 ZNIEFF de Prairie humide de la Prairie + frênaie- 8 Vauchoux type I Milan royal 1 1 99 Saône à Vauchoux aulnaie inondable 01820011 Prairies et zones Cortège d'espèces : Courlis humides avec haies ZNIEFF de cendré, Hirondelle de rivage, Rupt-sur-Saône, Vy-lès-Rupt, 9 Plaine de Rupt/Fédry buissonnantes, type I Rousserolle turdoïde, Tarier des 3 1 100 Fédry, Soing-Cubry-Charentenay roselières, berges 01820002 prés, Pie-grièche écorcheur, abruptes Bruant proyer Cortège d'espèces : Râle des Prairies mésophiles et ZNIEFF de genêts, Courlis cendré, Torcol 10 Soing-Cubry-Charentenay, Vanne Près de la Latte humides, zones type I fourmilier, Huppe fasciée, Tarier 4 2 100 humides 01820016 des prés, Pie-grièche écorcheur, Bruant proyer Cortège d'espèces : Râle des Vouglans, les Lignes à Prairies humides avec ZNIEFF de genêts, Courlis cendré, Pic mar, Ferrières-lès-Ray, Membrey, l'Ane, les Lignes de la haies buissonnantes, 11 type I Torcol fourmilier, Tarier des 4 3 101 Seveux et Recologne Vaivre, la Fourée & roselières, ripisylve et 01820003 prés, Rousserolle turdoïde, Pie- Prairie de l'Hôpital forêt grièche écorcheur, Bruant proyer ZNIEFF de Autet, Beaujeu-Saint-Vallier- La Vieille Saône et la Roselière et chênaie Râle d'eau, Milan noir, Pic mar 12 type I 1 2 101 Pierrejux-et-Quitteur Vaivre d'Autet inondable et Rousserolle turdoïde 01820020 Cortège d'espèces : Courlis ZNIEFF de cendré, Vanneau huppé, Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux-et- Prairies et zones 13 Plaine de Quitteur type I Bécassine des marais, Tarier des 5 1 101 Quitteur humides, roselières 01820021 prés, Rousserolle turdoïde, Pie- grièche écorcheur, Bruant proyer Cortège d'espèces : Courlis Prairies humides, cendré, Vanneau huppé, Milan ZNIEFF de forêts alluviales, noir, Tarier des prés, Pipit 14 Gray, Rigny Plaine de Gray type I 4 2 102 polycultures et farlouse, Rousserolle turdoïde, 01820023 roselières Pie-grièche écorcheur, Bruant proyer Tableau 14. Les principaux territoires à enjeux de la ZPS Vallée de Saône, de l'amont vers l'aval *LRR : Liste rouge régionale selon Paul (2008) **DO : Annexe I de la Directive Oiseaux

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & 39 Philippe LEGAY – déc. 2008

III.4. Propositions de mesures dans un objectif de conservation

III.4.1. Des mesures dans le cadre du DOCOB Plusieurs mesures peuvent être proposées afin de tendre vers un objectif de conservation des espèces patrimoniales recensées au cours de cet inventaire. Elles sont déclinées par groupes :

" Pie-grièche écorcheur, Pie-grièche à tête rousse, Alouette lulu, Huppe fasciée (ainsi que les espèce associées comme le Torcol fourmilier, le Tarier pâtre, etc.) : Elles bénéficieront de toutes les mesures visant à entretenir, restaurer, contractualiser, etc. l'activité pastorale extensive. Que ce soit sur les terrasses de la Saône ou sur les rares coteaux de la vallée (Jonvelle par exemple) ou dans les vergers périphériques aux villages. Cette mosaïque, observable surtout en amont du site qui consiste en un paysage complexe mais patrimonial (pâtures à moutons, vergers, buissons, friches, pâtures à vache, chemins de terre, arbres isolés…) est l'élément central à préserver pour tout le cortège d'espèces associées à la nature "ordinaire" mais aussi patrimoniale (Pie-grièche à tête rousse, Alouette lulu, etc.) de basse altitude.

" Râle des genêts, Courlis cendré, … Tarier des prés, etc. Ces espèces de vastes prairies humides/de fauche trouvent encore en vallée de Saône les habitats propices à leur développement. Leur maintien repose sur la mise en œuvre de mesures de gestion conservatoire des prairies de fauche. Les moyens actuels s'intègrent dans le cadre du dispositif contractuel aidé des mesures agri- environnementales qui a fait les preuves de son efficacité vis-à-vis de certaines espèces (Morin 2006). Aujourd'hui, ces contrats ont pris la forme des MATER (Mesures agri-environnementales territorialisées) et concerne en vallée de Saône un territoire appelé FC_VS01 " Saône-Râle des genêts". Seuls les éléments situés sur ce territoire sont éligibles aux mesures territorialisées qui y sont proposées. A l'échéance 2007, ces mesures étaient au nombre de quatre (tableau 15) et les objectifs affichés de ce programme étaient clairement axées sur la continuité des opérations menées au niveau de la zone Natura 2000 de la vallée de la Saône au cours de l'année 2007. Elles peuvent être définies de la manière suivante : pour les surfaces en cultures les mesures correspondend à une remise en herbe avec réduction ou suppression de la fertilisation et pour les surfaces en herbe les mesures visent la réduction de fertilisation et le retard de fauche. Le taux de contractualisation pour l'année 2008 était estimé à 30 % pour les surfaces en herbe et moins de 10 % pour la reconversion en herbe. La surface potentiellement contractualisable était de 1421 ha d'herbe, 1056 ha de surfaces en terres arables et éventuellement 1840 ha de surfaces en herbe engagées en PHAE et arrivant à échéance en 20087.

Il est clair que la superficie concernée, comme les mesures proposées, sont insuffisantes pour respecter les engagements nationaux et internationaux de maintien de la biodiversité. L'extension et le renforcement de ce dispositif doit constituer à court et moyen terme l'objectif prioritaire pour assurer au minimum la conservation des effectifs nicheurs recensés des différentes espèces prairiales. Il apparaît nécessaire d'ouvrir le dispositif MATER à d'autres mesures telles que la fauche centrifuge ou la mise en place de bandes refuges dont l'efficacité n'est plus à prouver (Broyer 1991, 1994 ; Deceuninck & al. 1999).

7 A l'heure où nous écrivons ces lignes, nous ne disposons pas de bilan des MATER "Saône" pour l'année 2008 40 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Il sera par ailleurs indispensable d'étendre la liste des espèces éligibles (aux différentes mesures proposées) en se référant aux récentes listes rouges régionale et nationale et pas uniquement sur la base du seul classement de la Directive Oiseaux (cf. partie III.4.2).

Type de couvert et/ou Code de la mesure Objectifs de la mesure Financement habitat visé Réduction de la fertilisation minérale et Surfaces en herbe FC_VS01_HE3 organique totale et obligation Etat + FEADER d'appliquer la mesures HE4 Réduction de la fertilisation minérale et organique totale et retard de fauche et Surfaces en herbe FC_VS01_HE4 de pâturage au 15 juillet (décalage de Etat + FEADER 45 jours par rapport aux dates habituelles) Conversion en prairies et réduction de Surfaces en SCOP* FC_VS01_HE1 la fertilisation minérale et organique Etat + FEADER totale Conversion en prairies et suppression Surfaces en SCOP FC_VS01_HE2 totale de la fertilisation minérale et Etat + FEADER organique Tableau 15. Listes des mesures agri-environnementales proposées sur le territoire "Saône- Râle des genêts" en 2007 et reconductible en l'état en 2008 *SCOP : surface en céréales, oléagineux, protéagineux

" Hirondelle de rivage

La mesure à privilégier est la protection stricte des différentes colonies nicheuses connues ou découvertes cette année et plus particulièrement de l'importante colonie de Chantes. Pour éviter tous risques d'enrochement de la berge, risque non négligeable compte tenu de l'érosion des berges à ce niveau, une mesure visant à "geler" la parcelle, soit par acquisition, soit par convention s'avèrerait très opportune.

" Rapaces Suivre précisément tous les couples nicheurs connus de Milan royal pour assurer la protection des aires et des sites de nidification et mettre en place un système d'alerte en cas de présomptions de nidification du Busard Saint-Martin s'avèrent être les deux objectifs principaux à mettre en oeuvre. Pour le Milan royal, les recommandations en matière de gestion forestière sont les suivantes (Morin 2006b) : - ne pas couper les arbres supportant des aires, le milan réutilisant fréquemment le même nid d’une année sur l’autre après l’avoir rechargé, - ne pas réaliser de travaux forestiers importants (abattage, façonnage, débardage notamment) dans un périmètre de 300 m autour du nid du 1er mars au 31 juillet (période de reproduction) et interventions les plus légères possibles le reste de l’année. La création et l’ouverture à la circulation des pistes forestières devraient aussi se faire dans le respect des sites de nidification. Ce type d'interventions ponctuelles est déjà d'actualité sur la zone échantillon puisque les 2 nids situés en forêt communale (1 sur site, 1 hors site) ont été signalés à l'Office national des forêts et que des mesures ont été prises avec les agents de terrain. Il s'agira d'étendre et de généraliser ce

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 41 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 partenariat avec les acteurs de la filière bois (CRPF notamment) pour prendre en compte les nids localisés en forêt privée (cas de l'aire de Vauchoux).

Pour le Busard Saint-Martin, l'abandon de la pratique de grandes coupes forestières "à blanc", le statut actuel de l'espèce et ses propensions à nicher désormais en céréales rendent aléatoire sa "recolonisation" sur la zone. Précisons également que la grande rareté de l'espèce dans notre région trouve une explication biogéographique. En effet, le busard Saint-Martin est en limite d'aire et apparaît extrêmement rare à l'est et au nord-est de la Franche-Comté (absent du Haut-Rhin, de Suisse et du Luxembourg, moins de 80 couples en Allemagne – Burfield & van Bommel 2004).

" Pic cendré Hormis les vieilles peupleraies, le Pic cendré occupe sur la zone d'étude deux milieux principaux : les boisements et les ripisylves.

En forêt, la préservation de cette espèce passe par le maintien de peuplements feuillus (chêne, hêtre) ou mixtes âgés. Cette espèce recherche par ailleurs les zones à forte diversité spécifique. Le Pic cendré est ainsi considéré comme un bon indicateur de la qualité forestière (Hagemeijer & Blair 1997). Ainsi, toutes mesures visant à favoriser la diversité spécifique en essences et la conservation d'arbres d'âges variés au sein d'îlots s'avèrera favorable à l'espèce.

Aujourd'hui, il semble, au moins en forêts publiques, que la gestion consiste en un traitement de conversion des peuplements de taillis sous futaies en futaies régulières (Boulier & al. 2004). Afin d'être plus en cohérence avec les enjeux de biodiversité et de conservation il serait opportun qu'on s'oriente désormais et à court terme vers un traitement en futaie irrégulière (par paquets ou éventuellement pied à pied).

En ripisylve, la gestion à promouvoir lors d'opérations d'entretien des rives, consiste à conserver des vieux arbres sur pied (arbres morts compris) qui ne présenteraient pas une menace pour la navigation.

Enfin, la conversion des peupleraies en habitat naturel est un objectif à rechercher en incitant les propriétaires à orienter leur gestion vers un retour de l'habitat d'accueil identifiable (Boulier & al. 2004).

" Rousserolle turdoïde La conservation de cette espèce et d'autres espèces aujourd'hui disparues mais qui pourraient très bien opérer un retour est directement liée à la gestion des roselières.

L'objectif C du DOCOB "Maintenir, voire accroître la surface des roselières et adapter leur gestion aux enjeux ornithologiques correspondants" (Boulier & al. 2004) doit clairement être mis en application. Cela est d'autant plus important que la surface de roselière est réduite sur le site (7,5 ha environ selon Boulier & al. 2004). Cet objectif de préservation des roselières est en cohérence avec les objectifs de conservation prioritaires énoncés dans les documents de planification du Val de Saône.

Pourtant, il n'a guère reçu un début d'application, hormis sur la vaste phragmitaie d'Autet. Bien au contraire, les roselières continuent à disparaître ou à être artificialisées comme nous avons pu malheureusement le constater (cf. ci-dessous).

42 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 III.4.2. Création de réserves naturelles et extension du périmètre de la ZPS

III.4.2.1. Propositions d'extension du périmètre de la ZPS Les investigations conduites cette année ont permis de confirmer l'intérêt ornithologique de la Saône. Une vingtaine d'espèces patrimoniales (cf. tableau 13) se reproduisent régulièrement sur le périmètre de la ZPS et cette richesse spécifique pourrait encore être augmentée. De même, pourrait-on accroître substantiellement les effectifs de certaines espèces en étendant le périmètre à quelques sites limitrophes à l'actuelle ZPS.

Cinq sites principaux sont concernés, de l'amont vers l'aval (annexe 17) :

- le site du Grand Pouligny à Jussey pour la Pie-grièche à tête rousse (un 3e couple nicheur certain, cf. partie II.2.4.1), pour l'Alouette lulu (plusieurs couples), la Pie-grièche écorcheur (plusieurs couples et certaines autres espèces associées (Huppe fasciée, Torcol fourmilier) (cf. carte 103), - la vallée de la Mance en amont de Cemboing (communes de Barges, Raincourt, Vernois- sur-Mance, Rosières-sur-Mance et Vitrey-sur-Mance) pour son cortège varié et haute valeur patrimoniale (Râle des genêts – 1 chanteur en 2007, le Tarier des prés 3-4 couples, le Courlis cendré 2 couples, etc.) (cf. carte 103), - les prairies pâturées à chevaux en bordure de la RD 20 au droit du barrage de Montureux pour prendre en compte 4 couples de Vanneau huppé (cf. parte II.2.3 & carte 104), - Le Grand Bois sur la commune de Fleurey-lès-Faverney pour un couple nicheur régulier de Milan royal et plusieurs couples de Milan noir et Pic mar (cf. carte 104), - enfin, l'exceptionnel marais de Vy-le-Ferroux qui ne bénéficie aujourd'hui d'aucune mesure réglementaire de protection et dont l'intégration au site NATURA 2000 Vallée de Saône est réclamé depuis de nombreuses années. Le rattachement de ce site permettrait de prendre en compte des espèces aujourd'hui disparues du lit mineur de la Saône : Blongios nain (1 chanteur entendu cette année, Morin C. obs. pers.), Héron pourpré (1 à 2 couples nicheurs selon les années, Morin 2006c). D'autres enjeux forts y sont connus : Rousserolle turdoïde (4-5 chanteurs en 2008, Lecornu D. & Morin C. comm. pers.), Fuligule milouin (1 couple nicheur, Lecornu D. comm. pers., Morin 2006c), Râle d'eau (pl. chanteurs), Locustelle luscinioïde (présence irrégulière), etc.,(cf. carte 105).

D'autres propositions (secondaires) d'extension permettraient d'intégrer quelques couples d'espèces marginales telles que l'Alouette lulu sur la Charme à Mantoche ou encore sur Savoyeux (cf. cartes 59 et 60 en annexe 10).

III.4.2.2. Propositions de création de réserves naturelles Avec la vallée du Doubs (Paul 2002), la Saône est sans conteste un site à très forts enjeux ornithologiques. Paradoxalement, hormis la petite Réserve naturelle régionale de la Noue Rouge couvrant moins de 65 ha, elle ne bénéficie aujourd'hui d'aucune mesure de protection réglementaire. La création de grandes réserves naturelles (nationales ou régionales) permettrait de combler cette lacune. Ces outils de protection sont par ailleurs plus pertinents pour travailler sur des espèces menacées en France et non inscrites à la Directive Oiseaux. On pense ici à la Bécassine des marais, au Courlis cendré, au Vanneau huppé, à la Rousserolle turdoïde, au Tarier des prés, etc. La LPO Franche-Comté fait les deux propositions suivantes :

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 43 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Compte tenu du grand nombre d'espèces concernées, des effectifs recensés, une première réserve, "la Réserve naturelle des trois rivières", pourrait être utilement créée sur les confluences Lanterne et Ougeotte, soit sur une surface approximative de 2480 ha. Elle engloberait la petite réserve régionale de la Noue Rouge (annexe 18) qu'il conviendrait donc d'étendre pour assurer la conservation des enjeux avifaune identifiés sur ce secteur.

Effectif global pour Proportion (en %) de la population Espèces la RN de la ZPS couverte par le projet Marouette ponctuée 1 chanteur 100 % Râle d'eau 2 chanteurs 40 % Courlis cendré 8 couples 22 % Vanneau huppé 4-6 couples 18-22 % Bécassine des marais 3-4 couples 50 % Milan royal 1 couple 25 % Milan noir 11 couples 13-17 % Pic cendré 4 chanteurs 25 % Pic noir 2 couples 10 % Pipit farlouse 9-10 couples mini. 25 % Rousserolle turdoïde 1 chanteur 2,5 % Tarier des prés 16 couples 30 % Pie-grièche écorcheur non évalué -

Tableau 16. Liste des espèces concernées par le projet de Réserve naturelle "dite des trois rivières" et leurs effectifs correspondants (en pourcentage de l'effectif nicheur de la ZPS)

La deuxième proposition concerne le secteur de Fédry-Seveux. Sur une surface approximative de 2900 hectares, cette réserve naturelle permettrait d'englober les enjeux "oiseaux" suivants (cf. annexe 18) :

Effectif global pour Proportion (en %) de la population Espèces la RN de la ZPS couverte par le projet Râle des genêts 2 chanteurs 100 % Courlis cendré 13-14 couples 35 % Milan noir 8 couples 11 % Pic noir 3 couples 20 % Pic mar 2 chanteurs - Alouette lulu 1 chanteur 9 % Hirondelle de rivage 150-164 couples 75 % Rousserolle turdoïde 19-20 chanteurs 50 % Tarier des prés 10 couples 20 % Pie-grièche écorcheur Non évalué -

Tableau 17. Liste des espèces concernées par le projet de Réserve naturelle de la moyenne vallée de la Saône et leurs effectifs correspondants (en pourcentage de l'effectif nicheur de la ZPS)

Ce site est par ailleurs connu pour accueillir en halte migratoire des effectifs importants de Limicoles (notamment Vanneau huppé, pl. milliers) et de Grues cendrées (pl. cent.).

44 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

III.5. Les menaces et atteintes identifiées au cours de l'année 2008 Différentes atteintes aux conséquences dommageables et menaces potentielles ont été identifiées cette année. Les atteintes directes constatées sont de plusieurs types : il s'agit de remblaiements de zones humides ou de dépôts de matériaux dans le lit majeur de la Saône, de retournements de prairies avec destruction de haies et curage de fossé, de plantations inadaptées ou encore de fauche et de coupe de roselières.

III.5.1. Les remblaiements Ils ont été constatés sur deux communes à Gévigney-et-Mercey et à Faverney. Dans le premier cas (photos 1 & 2), il s'agit de dépôts de terre conséquent (plusieurs diz. De mètres cubes) sur un ancien bras de l'Ougeotte en aval du pont Gérard (coord. Lambert II carto : X = 870 576,7 ; Y = 2 317 845,9). Dans le deuxième, il s'agit de quelques dépôts de terre, pour un volume de 7-8 mètres cubes, peut- être entreposés là provisoirement (?) (coord. Lambert II carto : X = 875 798,6 ; Y = 2 313 685,5) dans la plaine du Grand Liège.

Photos 1 & 2 : Remblaiements de l'ancien lit de l'Ougeotte à Gevigney-et-Mercey - Avril 2008 - © C. Morin

III.5.2. Les retournements de prairies Une vaste prairie humide, couvrant plusieurs hectares, a été retournée sur la commune de Jussey, rive droite de la Saône, à 775 m à l'est du Château du Grand Bois (coord. Lambert II carto : X = 870 595,0 ; Y = 2 319 689,6) (photos 3 à 6). Cette zone est connue pour abriter le Pipit farlouse et le Tarier des prés, c'est également une zone fréquentée par le Courlis cendré. Ce retournement s'est accompagné de l'arasement de quelques mètres linéaires de haies buissonnantes basses et du curage d'un fossé.

Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 45 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Photos 3 à 6 : Retournement & drainage d'une prairie humide à Jussey - Avril 2008 - © C. Morin

III.5.3. Les plantations Il s'agit de plantations qui dégradent les habitats naturels.

A Autet, une plantation récente de peupliers a été observée au niveau d'une roselière (coord. Lambert II carto : X = 850 201,6 ; Y = 2 287 010,3). A terme, cette roselière risque de disparaître ou pour le moins de perdre son intérêt écologique. Elle hébergeait pourtant encore la Rousserolle turdoïde cette année. Dans la plaine de Gray, entre cette dernière commune et jusqu'à Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux- et-Quitteur, des plantations en alignement de Chêne rouge (Quercus rubra L.) ont été réalisées le long de l'ancien chemin de halage (devenu voie verte) en rive gauche sur un linéaire important, d'au moins 7 à 8 km. Cette opération récente, réalisée par VNF est choquante compte tenu de l'impact non négligeable de cette essence nord-américaine classée dans la liste des espèces invasives et du territoire concerné (NATURA 2000). 46 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

III.5.4. Les coupes dans les roselières Elles sont de deux types : liées à l'entretien courant des abords du cours d'eau par VNF et à l'activité de pêche de loisirs.

Dans le premier cas, le secteur concerné se trouve être la plaine de Gray (entre Gray et Rigny). Les roselières rivulaires, nombreuses et reconnues pour abriter la Rousserolle turdoïde dans des effectifs non négligeables et le Blongios nain (en halte migratoire), ont non seulement été coupées en pleine période de reproduction mais l'entretien pratiqué s'est avéré largement excessif empêchant cet habitat d'offrir pleinement ses capacités d'accueil. Au final, les roselières, déjà particulièrement étroites, n'offraient plus qu'une bande de l'ordre d'1m50 à l'avifaune pour nicher.

L'activité de pêche à la ligne apporte aussi son lot de désagréments sur ces micro-milieux. Pour atteindre la rivière, certains pêcheurs pratiquent des coupes franches dans les roselières qui forment une rupture souvent préjudiciable à cet habitat et à l'avifaune qu'il abrite. De tels constats ont été faits sur les communes de Membrey et Seveux notamment.

III.5.5. Les abattages d'arbres en ripisylve La partie avale de la Saône connaît également des abattages d'arbres quasi systématiques dans le cadre de l'entretien courant des berges. Ces interventions semblent être conduites sans concertation occasionnant des coupes et des abattages excessifs. En particulier, les arbres morts sont coupés sans aucun discernement. C'est encore une fois le secteur du Graylois qui est concerné tant en amont qu'en aval de Gray (Jandot M. comm. pers.).

Les constats effectués invitent à l'instauration d'une véritable et urgente démarche constructive entre VNF, l'Etat, les collectivités et l'opérateur du site NATURA 2000.

IV. Veille ornithologique sur le site

Au vu des résultats obtenus, il semble possible de faire des propositions pour suivre les espèces aujourd'hui reconnues comme patrimoniales en raison de leur rareté ou du degré de menaces qui pèsent sur elles. Les efforts devraient se concentrer prioritairement sur les 13 espèces suivantes qui comprennent 5 espèces de la Directive Oiseaux8 : Râle des genêts, Marouette ponctuée, Courlis cendré, Vanneau huppé, Bécassine des marais, Busard Saint-Martin, Milan royal, Pic cendré, Hirondelle de rivage, Pipit farlouse, Tarier des prés, Rousserolle turdoïde et Pie-grièche à tête rousse. A cette liste, il faudra rajouter une espèce de passereau qui accuse un déclin marqué et qui n'a été renseigné cette année que sur deux sites : 1 chanteur au point IPA n°16 à Ormoy et 2-3 couples minimum dans le Bois des Balières à Faverney. Il s'agit du Gobemouche gris qui figure désormais en Liste rouge nationale (catégorie Vulnérable). Les protocoles à adopter sont résumés ci-dessous dans le tableau 18.

8 Plusieurs espèces de la Directive ont été écartées en raison de leur faible sensibilité, de leur large distribution et/ou de l'état jugé aujourd'hui favorable de leurs populations : il s'agit de la Bondrée apivore, du Milan noir, du Martin- pêcheur d'Europe, du Pic noir, du Pic mar, de l'Alouette lulu et de la Pie-grièche écorcheur. Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 47 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 Espèces cibles Protocoles Période Périodicité

Recensement par écoute crépusculaire (avec ou Râle des genêts sans repasse) sur les sites ayant déjà accueilli V-VII Annuelle l'espèce

Idem : écoute crépusculaire sur les 2-3 sites Marouette ponctuée IV-VI Annuelle connus de la ZPS

Courlis cendré Protocole MAE III-V 3 à 5 ans

Suivi de l'ensemble de la population avec l'aide Vanneau huppé III-VI 3 à 5 ans de bénévoles (2 passages en période favorable)

Prospection crépusculaire (3 à 4 passages dans Bécassine des marais III-IV Annuelle l'année) des 5 à 6 sites réputés favorables

Suivi annuel pour les couples connus Parcours routiers, pédestres et points Milan royal d'observation pour la recherche de nouveaux III-VII Annuelle couples (prospection à étendre au moment de l'envol des jeunes en juillet)

Parcours routiers, pédestres et points d'observation ; prospections des coupes Busard Saint-Martin forestières en régénération en avril et juillet et III-VII Annuelle des zones cultivées du secteur de Faverney (cf.. cas de repro enregistré cette année)

Prospections des zones boisées avec ou sans Tous les 5 Pic cendré repasse ; quadrats échantillons pour le calcul III-V ans des densités

Visites et dénombrement des colonies, en Hirondelle de rivage IV-VI Annuelle particulier la colonie principale de Chantes

Parcours en canoë sur un tronçon échantillon Rousserolle turdoïde V-VII 3 à 5 ans compris entre Fédry et Seveux

Prospection ciblée de sites favorables pour connaître sa distribution + suivi des densités Gobemouche gris IV-VII 3 à 5 ans par quadrat (zone échantillon : Bois des Balières)

Suivi des deux principaux secteurs de Tarier des prés nidification identifiés et visites ciblées des V-VII 3 à 5 ans autres sites

Suivi des secteurs principaux de nidification Pipit farlouse IV-IV 3 à 5 ans (Aisey-et-Richecourt, plaine de Gray)

Pie-grièche à tête rousse Suivi des 3 couples recensés en 2008 V-VII Annuelle

Tableau 18. Protocoles pour le suivi de l'évolution quantitative des populations d'espèces patrimoniales

48 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Conclusion

L'expertise ornithologique 2008 "ZPS Vallée de Saône", confié par la DIREN à la LPO Franche- Comté, confirme indéniablement l'intérêt de la plaine de la Saône pour l'avifaune. Avec une vingtaine d'espèces patrimoniales, dont 12 inscrites à la Directive Oiseaux, elle se place parmi les ZPS les plus riches de la région, à un niveau comparable à la ZPS de Bresse jurassienne Nord et derrière une autre grande ZPS alluviale, la basse vallée du Doubs.

Quatre espèces semblent avoir disparues depuis l'inventaire de Rocamora (1994) : le Blongios nain, le Busard cendré, le Busard des roseaux, quoique ce dernier n'ait peut-être jamais réellement niché sur le site (à une date récente) à l'image du Héron pourpré, ainsi que la Pie- grièche grise qui nichait encore récemment (secteur de Savoyeux/Vellexon-Queutrey-et-Vaudey ou encore sur Gévigney-et-Mercey). Le statut de conservation actuel de ces espèces rend leur retour à court terme très hypothétique.

Parmi les espèces encore représentées, certaines montrent des effectifs particulièrement réduits en raison de leur marginalité ou de leur raréfaction effective. Il s'agit de la Marouette ponctuée (1 chanteur), du Râle des genêts (deux chanteurs entendus cette année), de la Pie-grièche à tête rousse (3-4 couples nicheurs dont 1 couple sur les marges externes de la ZPS), le Milan royal (3- 4 couples nicheurs dont un occupant une forêt située aux confins de la ZPS), la Bécassine des marais (6-9 couples / 5 sites avec chanteurs ou oiseaux chevrotants) et l'Alouette lulu (11 couples mini.).

Parmi les espèces plus abondantes ou mieux représentées :

- le Courlis cendré montre des effectifs similaires à ceux enregistrés en 2005 lors de l'inventaire MAE Val de Saône, - le Vanneau huppé se maintient mais avec des effectifs largement déclinants par rapport à la situation de 1996 (enquête limicole nicheurs), - 10 colonies d'Hirondelle de rivage ont été recensées, uniquement sur les berges naturelles de la Saône ; la plus grosse compte plus de 100 cavités, - la population nicheuse de Milan noir est probablement forte d'une centaine de couples sur l'ensemble du linéaire de la Saône ; les plus grosses densités se rencontrent en aval de Purgerot, - la Rousserolle turdoïde, qui occupe quasi exclusivement les roselières linéaires de la Saône, conserve des effectifs de l'ordre de 45-50 chanteurs, répartis, majoritairement, entre Fédry et Rigny, - enfin, parmi les passereaux et assimilés suivis, si certaines espèces (Pie-grièche écorcheur, Torcol fourmilier, Huppe fasciée, etc.) conservent des populations encore importantes, d'autres rassemblent tout au plus quelques dizaines de couples : c'est le cas du Tarier des prés dont la population peut-être estimée, en s'appuyant sur les résultats de 2005 et sur les compléments réalisés cette année, à 50-52 couples et du Pipit farlouse, nicheur sur neuf sites seulement (en compilant les résultats 2005 et ceux de cette année), pour un total de 34-40 couples (réévalué à 40-45 couples).

Ce bilan fait ressortir la responsabilité majeure de la ZPS Saône au niveau national pour la Bécassine des marais (3e site le plus important de France après la RN de Remoray et le Bassin du Drugeon) ; et une responsabilité régionale (R) ou départementale (D) pour plusieurs autres : le Râle des genêts (R), le Courlis cendré (R), le Vanneau huppé (R), le Pipit Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE 49 Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008 farlouse (D), le Tarier des prés (D), la Rousserolle turdoïde (R) et la Pie-grièche à tête rousse (R) pour ne citer que les espèces au statut de conservation précaire.

A partir de cet inventaire, et conformément au cahier des charges du maître d'ouvrage, ce rapport fait le point sur les enjeux, les menaces et atteintes et les suivis à appliquer afin de connaître l'évolution quantitative des différentes populations étudiées. Ces indicateurs permettront au maître d'ouvrage et à l'opérateur du site NATURA 2000 d'élaborer les mesures les mieux adaptées dans le cadre du document d'objectifs. Il propose également un certain nombre de mesures (extension du périmètre, création de réserves naturelles) pour atteindre les objectifs de conservation de la Directive et respecter les engagements nationaux en matière de maintien de la biodiversité.

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50 Inventaires ornithologiques du site Natura 2000 de la Vallée de la Saône. DIREN Franche-Comté - LPO FC – BE Etudes en Environnement - Christophe MORIN, Michel GUINCHARD & Philippe LEGAY – déc. 2008

Bibliographie

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Annexes

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