Output Results of CLIME (Clustering by Inferred Models of Evolution)

Output results of CLIME (CLustering by Inferred Models of Evolution)

Dataset: Num of genes in input gene set: 15 Total number of genes: 20834 Prediction LLR threshold: 0

The CLIME PDF output two sections: 1) Overview of Evolutionarily Conserved Modules (ECMs)

Top panel shows the predefined species tree.

Bottom panel shows the partition of input genes into Evolutionary Conserved Modules (ECMs), ordered by ECM strength (shown at right), and separated by horizontal lines.

Each row show one gene, where the phylogenetic profile indicates presence (blue) or absence (gray) of homologs in each species (column).

Gene symbols are shown at left. Gray color indicates that the gene is a paralog to a higher scoring gene within the same ECM (based on BLASTP E < 1e-3).

2) Details of each ECM and its expansion ECM+

Top panel shows the inferred evolutionary history on the predefined species tree. Branch color shows the gain event (blue) and loss events (red color, with brighter color indicating higher confidence in loss). Branches before the gain or after a loss are shown in gray.

Bottom panel shows the input genes that are within the ECM (blue/white rows) as well as all genes in the expanded ECM+ (green/gray rows). The ECM+ includes genes likely to have arisen under the inferred model of evolution relative to a background model, and scored using a log likelihood ratio (LLR).

PG indicates "paralog group" and are labeled alphabetically (i.e., A, B). The first gene within each paralog group is shown in black color. All other genes sharing sequence similarity (BLAST E < 1e-3) are assigned to the same PG label and displayed in gray. ECM 1 Protein RTN4RL1 RTN4RL2 MDGA1 NTNG1 NTNG2 HYAL2 EFNA1 LYPD3 CD160 RGMB RHBG GAS1 TREH CD48 CD2 Overview ofEvolutionarilyConservedModules(ECMs)

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis K.lactis K.lactis A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii L.thermotolerans L.thermotolerans Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens T.adhaerens S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis D.rerio D.rerio O.latipes O.latipes F.rubripes F.rubripes T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo O.anatinus O.anatinus M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens Strength 1.7 PG A A B G C D E A G E G F F D E E D D C B A A UHRF1BP1L Protein CNTNAP2 CNTNAP5 TMEM131 PPP1R9A FRMD4A FRMD4B GPR116 ARMC1 NOXO1 MFGE8 FRMD5 BCAR3 NTNG1 NTNG2 LPHN2 SYTL3 CRIM1 SYT15 ITGB1 ITGA3 ITGA2 ITGB5 ITGB6 ITGB7 NRP1 SSR3 NTN3 NTN1 NTN4 PAM 44: tight junction || 36: membrane raft || 28: semaphorin receptorcomplex || 19: extrinsictomembrane || 10: cellleadingedge || 1: anchoredtoplasma membrane|| Num ofECMGenes:2.Predicted29.Strength:1.7 ECM 1,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

37: myelin sheath abaxonal region || L.braziliensis L.braziliensis

11: focaladhesion || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 20: extracellularmatrix || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: integrincomplex || 29: acrosomal vesicle|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 46: proteinaceous extracellular matrix

12: phagocyticvesicle || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 21: extrinsictoplasma membrane|| C.merolae C.merolae

38: neuromuscular junction || N.gruberi

3: axolemma|| N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 30: alpha8-beta1 integrincomplex || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

13: basalpartofcell || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

4: axon|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 39: ruffle membrane ||

5: dendrite|| R.communis R.communis 22: ruffle|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 31: alpha9-beta1 integrincomplex ||

14: externalsideof plasmamembrane|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 23: basementmembrane ||

6: earlyendosome || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 40: sarcolemma || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

7: juxtaparanoderegion ofaxon|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 32: cleavage furrow|| A.flavus A.flavus 41: integral to endoplasmic reticulum membrane || 24: cytoplasmicvesicle || A.oryzae A.oryzae

15: basolateralplasma membrane|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii 33: hemidesmosome || D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis

25: growthcone || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 8: perikaryon|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

16: neuronprojection || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 34: intercalated disc|| 42: Sec61 translocon complex || 26: neurofilament ||

9: voltage-gatedpotassium channelcomplex|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 17: synapse|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

27: receptorcomplex || D.pulex D.pulex 35: melanosome || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 43: endomembrane system ||

18: NADPHoxidase complex|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.4 0.4 0.4 0.7 0.8 0.9 1.4 1.7 1.9 3.5 3.6 3.8 4.3 4.3 4.7 4.9 5.5 5.7 7.6 8.1 8.9 9.4 9.5 9.5 12.4 13.0 14.4 16.3 17.3 Notes 46 23 8 /45 44 43 41 /42 2 /11142223293031323334353637383940 24 /25262728 23 22 14 /2021 19 18 16 /17 2 /15 2 /1314 2 /101112 3 /456789 2 2 1 1 PG M G L A K K K J I B D G A H F G A F E D A C A A C B A A Protein SLC38A10 RHOBTB2 RHOBTB1 SDR16C5 ALDH1L2 RTN4RL2 SLC36A4 ARPC1B TRMT2A PHLPP2 ZSWIM2 LRRC40 TRIM21 FBXW9 RPTOR EIF2B4 EIF2B2 EIF2B1 PCGF1 RTN4R LRCH4 TMTC1 LRCH1 DERL3 NAA50 HSDL1 STX1A SNX18 LGMN HINT2 PODN PCCB TGDS BBS4 FLII 40: Arp2/3 proteincomplex 34: eukaryotic translation initiation factor 2Bcomplex || 27: secretory granule || 19: PML body || 10: centriole || 1: anchored toplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

20: anchored to membrane || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii

28: SNARE complex || T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: external sideofplasma membrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 12: microtubule basalbody || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 21: clathrin-coated vesicle ||

29: synaptic vesicle membrane || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 35: integral to endoplasmic reticulum membrane || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 13: motile cilium ||

3: membrane raft|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 22: endomembrane system || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

30: synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

14: nonmotile primary cilium || D.discoideum D.discoideum 4: proteinaceous extracellular matrix|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

36: cytoplasmic mRNA processing body || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 23: endosome membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 15: pericentriolar material || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 31: synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin Icomplex ||

5: dendrite || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

24: extrinsic to internal side of plasma membrane || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans

37: ribonucleoprotein complex || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 6: lysosome || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

16: apical part ofcell || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

7: TORC1 complex|| C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 38: SCF ubiquitin ligase complex ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 17: late endosome || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 25: actomyosin || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 8: BBSome || C.owczarzaki C.owczarzaki 32: PcG protein complex || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 18: lysosomal lumen || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 26: neuron projection || A.pisum A.pisum 9: centriolar satellite|| P.humanus 39: actin cytoskeleton || P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 33: eukaryotic translation initiation factor 2 complex || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 7.2 7.4 7.5 7.5 7.7 7.7 7.7 7.7 7.7 7.7 7.8 7.8 7.9 8.0 8.6 8.7 9.0 9.8 10.3 10.9 11.1 11.3 11.6 11.6 12.0 12.7 12.7 13.1 13.7 13.7 14.1 14.3 14.3 19.5 Notes 39 /40 36 /3738 35 34 34 33 /34 32 25 /262728293031 21 /222324 20 19 16 /1718 8 /9101112131415 5 /67 4 1 /23 PG A J O O O O O O O O O O O G A P P P P P P O A N N N N N N A Protein METTL21A SLC30A10 SLC30A4 SLC30A3 SLC30A2 SLC30A8 SLC30A5 LRRC8C SPTLC3 SPTLC2 SPTLC1 TRIM74 CCND2 CCND1 CCNA1 CCNB2 CCNB1 CCNA2 CCNB3 CCNE2 CCNE1 CNTD2 ALAS2 ALAS1 DDX23 CCNO GCAT GALE PGLS SLIT1 SLIT2 TSKU CCNI CIB4 SF1 25: chromatin || 18: spliceosomal complex || 9: late endosome || 1: catalytic step2spliceosome || Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

26: nuclear membrane L.infantum L.infantum L.major L.major 10: lysosomal membrane || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 19: cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 2: U5snRNP || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 11: endosome ||

3: secretory granule|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 12: neuron projection || S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

4: secretory granulemembrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

20: female pronucleus || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 13: synaptic vesicle || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || C.cinerea C.cinerea

21: male pronucleus || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

14: synaptic vesicle membrane || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

22: condensed nuclear chromosome outer kinetochore || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 15: serine C-palmitoyltransferase complex || 6: transport vesiclemembrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 7: cytoplasmic part|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus 23: spindle pole || S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 16: SPOTS complex || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

8: endosome membrane || P.humanus P.humanus 24: microtubule cytoskeleton || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 17: ribosome || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.3 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.5 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.7 6.7 6.8 6.8 6.8 6.8 6.8 6.8 7.0 7.1 Notes 19 /2526 19 24 24 22 /23 20 /21 19 17 /18 15 15 15 /16 5 /789 7 /911121314 5 /78910 3 /456 3 /4 1 /2 PG A X G A H A W B C V V U H A T S B A B R L A Q C A A A PPAN-P2RY11 Protein HSD11B1L TMEM30A DHRS4L1 LRSAM1 AARSD1 MRE11A LRRTM3 LRRTM4 LRRTM2 RAD23A WRNIP1 SLC9A4 IQSEC3 LRRIQ4 INPP5K INPP5E TRIM25 PSMD9 SHOC2 DHRS4 651921 NLRC3 LRCH3 DERL1 CDC27 USP30 TAF1L STX12 TTC37 CLIP4 LRG1 CPN2 STX2 UBD 35: aggresome || 27: proteasome regulatory particle, base subcomplex || 18: basolateral plasma membrane || 9: Mre11 complex || 1: protein phosphatasetype 1complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 36: cell-cell junction || L.major L.major 10: nuclear chromatin || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

19: membrane part || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax

2: postsynaptic membrane || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 37: midbody || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 11: early endosome || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 28: cilium axoneme || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

20: BLOC-1 complex || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

38: transport vesicle || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 3: anaphase-promoting complex || S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

12: integral to endoplasmic reticulum membrane || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

29: Golgi cisterna membrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 21: endosome membrane || M.truncatula M.truncatula

39: proteasome complex V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 4: spindle || P.chrysosporium P.chrysosporium

30: neuron projection || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 22: membrane raft || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 13: late endosome || 5: spindle microtubule|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 31: ruffle || A.flavus A.flavus 23: phagocytic vesicle || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 14: peroxisomal membrane || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 6: mitochondrial outermembrane || P.nodorum P.nodorum 32: ruffle membrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 24: SNARE complex || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 33: Ski complex ||

15: peroxisome || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 7: chromosome, telomeric region|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 25: transcription factor TFIID complex || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 34: transcriptionally active chromatin || 16: inhibitory synapse || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

8: condensed nuclearchromosome || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 17: trans-Golgi network || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 26: proteasome regulatory particle ||

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.5 3.5 3.5 3.6 3.7 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 4.0 4.1 4.1 4.1 4.2 4.3 4.4 4.6 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 5.0 5.1 5.1 5.1 5.2 5.7 5.7 6.0 6.2 6.3 6.3 6.3 Notes 39 18 /22363738 35 33 /34 17 /303132 28 /29 26 /27 25 20 /21222324 19 18 2 /1617 14 /15 2 11 /1213 7 /8910 6 3 /45 2 2 1 PG f e e d d c c F G b a a a Z A G W N N Y X C RSL24D1P11 Protein SLC25A25 ATP6V1H TBC1D31 SLC38A4 SLC30A1 SLC30A7 EIF4E1B POLR3F ZFAND4 YEATS4 TBC1D9 MOCOS RNF135 LINGO1 CYB5B ASCC3 EIF4E2 CERS2 UBTD1 UBTD2 UHRF2 UBL4B CDKL2 TMTC3 PUS7L PRPF8 UTP18 ISG15 CLIP3 EIF4E CHD1 XRN1 PUS7 SSB 24: ribonucleoprotein complex || 18: cytoplasmic mRNA processing body || 9: vesicle || 1: earlyendosome membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page4

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis

10: T-tubule || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis

2: Golgistack || T.annulata T.annulata 11: NuA4 histone acetyltransferase complex || 25: DNA-directed RNA polymerase III complex || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 19: cytoplasmic stress granule || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

3: membrane raft|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: recycling endosomemembrane || Z.mays Z.mays 20: eukaryotic translation initiation factor 4F complex || O.sativa O.sativa

12: nuclear matrix || B.distachyon B.distachyon

26: vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

13: nuclear heterochromatin || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: trans-Golgi network || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

21: mRNA cap binding complex || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 14: catalytic step 2spliceosome || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: trans-Golgi networkmembrane || A.oryzae A.oryzae 27: mitochondrial outer membrane A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii

22: RNA-induced silencing complex || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 15: nuclear speck || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 7: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 16: U5 snRNP || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 23: intermediate filament cytoskeleton || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 17: nuclear membrane || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 8: cytoplasmic part|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.7 2.7 2.8 2.8 2.8 2.8 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.3 3.3 3.4 3.4 Notes 27 26 25 24 23 21 21 18 /19202122 17 14 /1516 13 11 /12 10 7 /89 1 /23456 PG E A j j U i h h h Y g G J I I I Y g g g g g G f STON1-GTF2A1L Protein ALDH9A1 ALDH1A1 ALDH1B1 MAP3K5 ATAD2B KDELR1 KDELR3 AKR1C1 LONRF2 AKR1C2 AKR1B1 AKR1D1 AKR1C4 AKR1C3 AKR1C2 VPS13D ZBTB17 CNOT8 CNOT7 AHSA1 CYB5A 652215 ADAT2 LRRC6 CDK13 NOL10 ESYT1 FLRT1 HINT1 PFKM YIPF5 NOS3 UXS1 DPP9 9: endoplasmic reticulum exitsite || 1: mitochondrial outermembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page5

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: 6-phosphofructokinase complex || 10: ER toGolgi transport vesicle || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

Plants S.moellendorffii 11: CCR4-NOT complex || S.moellendorffii

3: Golgicisterna membrane || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 12: cytoplasmic mRNA processing body || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 4: nuclear cyclin-dependent proteinkinaseholoenzyme complex || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 13: apical part ofcell || A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 14: caveola ||

5: nuclear speck|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora

15: endocytic vesiclemembrane || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 6: cilium || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

7: cis-Golgi network|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

16: proteinaceous extracellular matrix B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae

8: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.8 1.8 1.8 1.8 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 2.0 2.1 2.1 2.2 2.2 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.4 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 Notes 16 13 /1415 11 /12 3 /910 7 /8 6 4 /5 3 2 1 PG o o o o o o o o o o o o o o o n A m m l l A k k S X b A i Protein LOC81691 HIST1H4G HIST1H4B HIST1H4A HIST2H4B HIST2H4A HIST1H4K HIST1H4H HIST1H4D HIST1H4C HIST1H4E TUBGCP2 HIST1H4L HIST1H4F HIST1H4J RNF113A HIST1H4I H2BFWT HIST4H4 ISG20L2 VPS13C WDR34 H2BFM SPAG6 LRRC2 DCTN1 LRRC4 ASF1A ASF1B LRIG2 MCM6 XRN2 LSM2 PSD3 PES1 19: flagellum || 9: kinetochore || 1: catalytic step2spliceosome || Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page6

10: spindle pole || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 2: postsynaptic membrane || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum

11: postsynaptic density || P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 21: MCM complex || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: aggresome || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

12: trans-Golgi network || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 22: cytoplasmic microtubule || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 4: condensed chromosome || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 13: chromatin || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

23: microtubule organizing center || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 5: PeBoW complex|| S.pombe S.pombe 14: chromatin remodeling complex || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

6: preribosome, largesubunit precursor|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 24: actin cytoskeleton A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

15: nuclear membrane || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 7: cellleading edge||

16: nucleosome || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta ABSENCE

17: axoneme || S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi 8: cytoplasmic dyneincomplex ||

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

18: cilium || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.6 1.6 1.6 1.7 1.7 1.7 Notes 16 /24 16 /24 10 /2223 21 17 /181920 16 15 /16 14 13 2 /1112 7 /8910 4 /56 3 2 1 PG G G V p p p p p p p p p p p Q p p p p p p q q p B p p p p A G A Protein 100290651 LRRC8E DUSP19 DUSP18 DUSP28 DUSP10 DUSP13 DUSP26 DUSP22 DUSP16 DUSP14 RFPL4B SH3RF2 INPP5J DUPD1 GNA13 DUSP5 DUSP4 DUSP2 DUSP1 DUSP9 DUSP8 DUSP7 DUSP6 LRCH2 ELAC1 STT3B STT3A TRIM5 PPAN CBR4 STYX SSH3 SSH2 SSH1 9: melanosome || 1: oligosaccharyltransferase complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page7

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 10: dendritic shaft || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 2: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 11: growth cone || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

12: ruffle || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 13: cytoplasmic mRNA processing body A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 3: cleavage furrow|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

4: lamellipodium || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

5: midbody || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

6: brush border membrane || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

7: extrinsic tointernalside ofplasmamembrane || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 8: heterotrimeric G-protein complex|| A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.4 Notes 13 10 /1112 6 /789 3 /45 2 1 1 PG p n A G H M S S R G F g A g T G B B B Protein ATP6V1C1 100294376 TUBGCP3 ARFGEF2 ARFGEF1 AKR1B15 SLC38A7 PIK3C2B AKR1E2 DUSP27 LRRC28 SLC9A6 TRIM62 SMYD1 PSMD4 VAMP7 DHRS1 653888 NTMT1 SENP3 ZC3H4 AKTIP TRIM4 HIPK2 YIF1A DCXR KRR1 HCN2 BDH2 EML4 RPS5 STX7 TLR9 PIN1 ATR 52: HOPScomplex 44: endosome membrane || 35: endocytic vesicle || 27: axonemal microtubule || 18: early endosome membrane || 10: SNARE complex || 1: MLL1complex || Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page8

36: proteasome accessory complex || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis

45: lysosome || C.parvum C.parvum 28: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 19: recycling endosome membrane || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

12: transport vesicle membrane || P.chabaudi P.chabaudi 3: microvillus || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

46: proton-transporting two-sector ATPasecomplex || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 4: apical part ofcell||

37: proteasome complex || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 20: chromosome || S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

29: cytoplasmic vesicle || Z.mays Z.mays

13: axon || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

5: lateendosome membrane || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 38: midbody || 14: dendritic shaft || R.communis R.communis 21: PML body || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus

47: proton-transporting V-type ATPase,V1domain || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 30: dendritic spine || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 39: nuclear speck || C.cinerea C.cinerea 22: XY body || L.bicolor L.bicolor

15: voltage-gated potassium channel complex || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 6: lysosomal membrane || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 31: microtubule organizing center || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

23: nuclear matrix || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus 40: basolateral plasma membrane || A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 7: neuron projection|| C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 48: centriole || T.melanosporum T.melanosporum

24: small nuclear ribonucleoprotein complex || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 16: cytosolic small ribosomal subunit || 32: recycling endosome || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis

49: polar microtubule|| C.albicans 41: early phagosome || C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 8: phagocytic vesicle||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

33: symmetric synapse || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 50: spindle || 42: endolysosome membrane || C.owczarzaki C.owczarzaki 9: phagocytic vesiclemembrane || M.brevicollis M.brevicollis

25: trans-Golgi network || S.rosetta S.rosetta ABSENCE 17: ribonucleoprotein complex || S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 51: FHFcomplex || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 34: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae

26: asymmetric synapse || A.gambiae 43: endosome || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.2 Notes 51 /52 48 /4950 4 /294647 40 /4142434445 38 /39 36 /37 35 34 17 5 /61018 25 /2627282930313233 23 /2425 20 /2122 13 18 /19 16 /17 11 /131415 4 /56789101112 2 /3 1 PG A G F A Z A G A Protein SLC36A1 MYO18A LRRC4B LRRC59 FBXL20 IGFALS TRIM35 TRIM11 SNRPB KMT2A POLA1 CERS4 GSPT2 APEX2 DUS3L SF3A3 COPA NACA PCNA XPOT RPS9 LUM 34: MLL1complex 26: microtubulecytoskeleton|| 17: U7snRNP|| 10: presynapticmembrane|| 1: extracellularmatrix|| Num ofECMGenes:1.Predicted301 ECM 2,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page9

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

18: cytosolicsmallribosomalsubunit || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 2: fibrillarcollagen|| Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 11: nuclearmembrane|| B.bovis B.bovis 27: nuclearreplicationfork|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 3: Golgilumen|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 12: mitochondrialnucleoid|| C.merolae C.merolae 19: ribonucleoproteincomplex|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 28: PCNA-p21complex|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens

4: lysosomallumen|| P.patens

29: actomyosin|| P.trichocarpa P.trichocarpa

20: ribosome|| R.communis R.communis

5: proteinaceousextracellularmatrix || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 30: endoplasmicreticulum-Golgiintermediate compartment||

21: alphaDNApolymerase:primase complex|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 14: histonepre-mRNA3'endprocessing complex|| B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus 6: catalyticstep2spliceosome || A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 22: chromatin|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 15: smallnuclearribonucleoprotein complex||

7: nuclearspeck|| C.tropicalis C.tropicalis

31: myosincomplex|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

23: nuclearenvelope|| K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae 8: spliceosomalcomplex|| S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

32: COPIvesiclecoat|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta ABSENCE 24: nuclearmatrix|| S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

16: U12-typespliceosomalcomplex || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: nuclearpore|| B.mori B.mori 33: histonemethyltransferasecomplex || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster

25: DNAreplicationfactorCcomplex || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 33 /34 32 29 /3031 25 /262728 21 /222324 18 /1920 6 /814151617 13 12 11 10 9 6 /78 1 /2345 PG D D A C C B B B A Protein RTN4RL1 CHMP2B RTN4R TFDP3 TFDP1 CCNI2 E2F7 E2F2 E2F1 ING3 ING5 8: NuA4histoneacetyltransferasecomplex|| 1: anchoredtoplasmamembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted10 ECM 3,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

9: PiccoloNuA4histoneacetyltransferasecomplex P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

3: membraneraft|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 4: Rb-E2Fcomplex|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

5: lateendosomemembrane|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 6: anchoredtomembrane|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

7: MOZ/MORFhistoneacetyltransferasecomplex|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.2 1.2 1.7 2.3 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 9.7 Notes 8 /9 7 6 5 4 1 /23 PG Protein TREH 1: anchoredtoplasmamembrane Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 4,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG C D D C B B A A A A A Protein RASGRP2 RAPGEF1 GUCY1B3 CLEC4M FRMPD2 SMTNL2 CCDC53 TECPR2 TMOD1 CHADL MATN4 RLTPR KCNJ2 MMAB TTC24 MMD2 RHAG RHCG RHBG ACAN SMTN ACHE RHCE RHD C1R 27: rufflemembrane|| 18: postsynapticmembrane|| 9: signalosome|| 1: anchoredtoplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted24 ECM 5,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

19: presynapticmembrane|| B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: basolateralplasmamembrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 29: lysosomallumen P.yoelii P.yoelii

11: proteinaceousextracellularmatrix || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

20: synapse|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants

3: cytoplasmicvesiclemembrane || S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 21: synapticcleft|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 12: anchoredtomembrane|| V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

22: WASHcomplex|| M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

4: spectrin-associatedcytoskeleton || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 13: axon|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 23: actincytoskeleton|| P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 14: basallamina|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

5: cytoplasmicvesicle|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

24: guanylatecyclasecomplex,soluble || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 15: dendrite|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 6: tightjunction|| 16: endoplasmicreticulumlumen ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 25: endosome|| 7: corticalcytoskeleton|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 17: neuromuscularjunction|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

26: neuronprojection|| P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

8: myofibril|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.4 0.6 0.8 1.6 1.8 2.0 2.0 3.2 3.7 4.6 4.8 4.8 5.6 5.7 5.8 6.2 6.3 8.4 12.2 21.1 31.5 31.5 45.9 Notes 10 /112829 20 /2627 25 15 24 23 22 12 /131415161718192021 10 /11 7 /89 2 /6 2 /5 1 /234 PG Protein MDGA1 1: anchoredtoplasmamembrane Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 6,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG B A D K J J I H G C C D F F F F F F E D D C B B B B B A A Protein 100508475 OLFML2B OLFML2A LGALS13 LGALS14 LGALS12 TAX1BP3 TSC22D4 TSC22D1 TSC22D3 TSC22D2 SH3BGR TMEM47 LGALSL OLFML3 OLFML1 LGALS1 TWSG1 PDGFB LCORL OLFM3 OLFM2 EFNA2 DCST2 EFNA5 EFNA1 PVRL2 TNNT2 TEX28 TNNI3 TNNI2 TNNI1 LCOR BAG2 CLC 9: sarcomere || 1: anchored toplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted105 ECM 7,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 10: striated muscle thin filament || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: anchored toexternalside ofplasmamembrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

11: basolateral plasma membrane || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

12: endoplasmic reticulum lumen || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa 4: extracellular matrix|| M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 13: platelet alpha granule lumen || P.anserina P.anserina

5: troponin complex|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

6: cell-cell junction|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

14: anchored tomembrane || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

7: proteinaceous extracellular matrix|| K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

15: neuromuscular junction || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 8: zonula adherens|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

16: perikaryon D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.7 5.7 5.7 5.7 5.7 5.7 6.1 6.9 6.9 6.9 6.9 7.3 7.3 7.8 8.8 8.8 8.8 10.5 11.4 11.4 11.4 12.2 12.2 12.2 14.9 14.9 14.9 14.9 14.9 14.9 14.9 14.9 14.9 14.9 Notes 14 /1516 11 /1213 5 /910 5 /9 5 6 /8 4 /7 6 5 4 4 2 /3 1 PG Q P F O O N N H E A A A M A M L L LOC100508969 LOC100130849 Protein LOC402269 100510302 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 FAM195A COL18A1 C1orf106 FBXO28 C5orf15 GPM6B LIMS3L GMEB2 GMEB1 VWC2L PROX1 PROX2 ERBB3 HNF1B FABP6 CCR10 DCST1 EFNB1 EFNB3 EFNB2 EFNA4 EVPLL KRT25 BNIP3 LIMS3 BAG5 ZACN SDC1 17: synapse || 9: extracellular matrix || 1: postsynaptic membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted105 ECM 7,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

18: inclusion body || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 10: dendrite || Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: basolateral plasmamembrane || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 19: external side of plasma membrane || P.chabaudi P.chabaudi 11: integral to mitochondrial outer membrane || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

3: lateral plasma membrane || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata

20: focal adhesion || A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

12: mitochondrial membrane || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 4: receptor complex|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 21: Golgi lumen || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 5: anchored tomembrane || 13: mitochondrial outer membrane || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 22: lysosomal lumen || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 23: uropod 6: basement membrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

14: nuclear envelope || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 7: collagen || L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata

15: intermediate filament || C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

8: endoplasmic reticulumlumen || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus

16: membrane raft || P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.7 2.9 3.0 3.0 3.1 3.4 3.4 3.4 3.5 3.5 3.7 3.9 3.9 4.0 4.0 4.0 4.0 4.0 4.9 4.9 4.9 4.9 4.9 4.9 4.9 5.0 5.1 5.1 5.1 5.1 5.1 5.2 5.2 5.4 5.7 Notes 16 19 /20212223 18 16 /17 15 10 /11121314 6 /789 5 1 /234 1 PG K K I V V V S U U P T T G S Q R R F H GADD45GIP1 Protein DCSTAMP CCDC85B FAM193A DUOXA1 DUOXA2 AMOTL1 RABEP2 RASSF9 LRPAP1 LGALS2 KCNJ13 GPM6A IL1RAP VEGFB TMCC1 TMCC3 HDAC9 OTOP1 IL18R1 VGLL3 VGLL2 VGLL1 BTNL3 TNNT3 SIRPG FGF16 SIRPA GMNN AMOT VWC2 SGCE CRB3 POT1 CD80 26: cytoplasmic vesicle || 16: filopodium || 8: vesicle || 1: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartmentmembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted105 ECM 7,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis

9: external side ofplasma membrane || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

17: neuron projection || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists

27: dystrophin-associated glycoprotein complex || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 18: histone deacetylase complex || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 10: chromosome, telomeric region || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 2: endosome membrane || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 28: sarcoglycan complex || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata

19: histone methyltransferase complex || A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 11: nuclear telomere cap complex || R.communis R.communis T.trahens T.trahens 3: integral toendoplasmicreticulum membrane || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 29: sarcolemma || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 20: actin filament || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

30: platelet alpha granule lumen || P.anserina P.anserina 12: troponin complex || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 4: tightjunction ||

21: endocytic vesicle || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

13: voltage-gated potassium channel complex || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

31: early endosome || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 5: basement membrane || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans 22: lamellipodium || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 32: endosome S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

6: interstitial matrix|| S.paradoxus S.paradoxus 23: ruffle || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 14: axonal growth cone ||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 24: signalosome || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 7: rough endoplasmic reticulum lumen|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae

15: dendritic spine || A.aegypti A.aegypti 25: stress fiber || C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.3 0.3 0.4 0.4 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.9 1.2 1.4 1.4 1.4 1.4 1.6 1.6 1.6 1.8 1.9 2.0 2.0 2.2 2.2 2.2 2.2 2.3 Notes 32 31 30 27 /2829 4 /222426 4 /9202122232425 18 /19 14 /151617 13 12 10 /11 9 7 /8 5 /6 4 1 /23 PG Protein IL17D Num ofECMGenes:1.Predicted105 ECM 7,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page4

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 Notes PG G B I I I H H G B B F E E E D C C B B A A A A A LOC100507421 Protein TMEM178B C17orf104 C1orf106 CCDC51 OR4C46 VPS37D TP53I11 IFNAR1 BNIP3L PDGFB PDGFA SPAM1 QSER1 OR5C1 OR6N2 OR4S2 OR6Y1 HYAL4 HYAL3 HYAL1 HYAL2 BCL9L FGF18 TCF23 SP110 ITM2B ITM2A ITM2C TIMP2 TIMP4 TIMP3 BNIP3 SGCB NDNF 25: integral tomitochondrial outer membrane || 17: late endosome membrane || 9: microvillus || 1: anchored toexternalside ofplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 8,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

10: hyaluranon cable || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis

18: extracellular matrix || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

11: lysosomal lumen || P.berghei P.berghei

26: mitochondrial membrane || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia

2: anchored toplasmamembrane || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

19: endoplasmic reticulum lumen || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 12: anchored tomembrane ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 27: dystrophin-associated glycoprotein complex || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 3: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

20: platelet alpha granule lumen || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus 13: lysosomal membrane || S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

28: sarcoglycan complex || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 14: endosome membrane || 4: cytoplasmic part||

21: intrinsic to membrane || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 5: cytoplasmic vesicle || P.pastoris P.pastoris 29: sarcolemma || C.lusitaniae C.lusitaniae 15: Golgi-associated vesicle membrane || D.hansenii D.hansenii 22: mitochondrial outer membrane || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 30: basement membrane ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

6: endocytic vesicle|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki

23: nuclear envelope || M.brevicollis M.brevicollis

16: integral to organelle membrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 7: lysosome || C.briggsae C.briggsae LOSS 31: sarcomere || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

24: dendrite || D.melanogaster D.melanogaster 8: membrane raft|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura 32: basolateral plasma membrane A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.2 4.3 4.3 4.3 4.4 4.4 4.4 4.6 5.0 5.7 6.6 6.6 6.7 7.1 7.3 7.7 7.8 7.9 8.4 8.5 8.5 9.4 9.9 9.9 9.9 9.9 11.0 11.0 13.9 17.6 31.7 31.7 31.7 31.7 Notes 19 /2032 30 31 18 /30 27 /2829 22 /23242526 21 /2223 9 /1920 18 14 /17 14 /1516 7 /13 12 5 /7 5 /71011 1 /23456789 PG M F F D L L B K K K K B D B D J J Protein TMEM200A CCDC85B OR10H4 TDRD12 GOLIM4 CT45A5 PAIP2B GMEB1 GMEB2 IL1RAP CABYR VWC2L NCOA6 OR5M9 LCORL OTOP1 NKPD1 ACOT4 ACOT2 ACOT1 OR8B3 HSPB9 IL18R1 EPPK1 CD79A CRLF1 FGF17 FGF21 FGF19 LCOR BAAT BAK1 CER1 LLPH HFE2 18: pore complex || 10: peroxisome || 1: flagellum || Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 8,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: motile cilium || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 11: cis-Golgi network || L.major L.major 19: anchored to membrane || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

3: histone methyltransferase complex|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

12: endocytic vesicle || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 20: basolateral plasma membrane T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 13: endosome membrane || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: CRLF-CLCF1 complex || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 14: Golgi cisterna membrane || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 5: Bcellreceptor complex || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 15: Golgi lumen || N.fischeri N.fischeri

6: external sideofplasma membrane || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 16: integral to mitochondrial outer membrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 7: membrane raft|| K.waltii K.waltii

8: multivesicular body || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 17: mitochondrial outer membrane || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

9: peroxisomal matrix|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.5 0.9 1.1 1.1 1.1 1.2 1.4 1.5 1.7 1.7 1.7 1.7 1.9 2.2 2.2 2.2 2.2 2.3 2.4 2.4 2.7 2.9 3.1 3.1 3.1 3.2 3.5 3.5 3.6 3.6 3.7 3.8 3.8 4.0 Notes 19 /20 16 /1718 11 /12131415 10 9 /10 5 /678 4 3 1 /2 PG M M Protein RGMB RGMA 1: anchoredtomembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 8,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum 2: anchoredtoplasmamembrane|| C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

3: endoplasmicreticulum-Golgiintermediatecompartment|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: membraneraft M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 Notes 2 /34 1 PG B B B C C C B B B B A A A MINOS1-NBL1 Protein TMEM138 C16orf72 DNTTIP1 POLR3G OR51B5 OR4C45 NKAIN3 CNRIP1 TEX264 IFNAR1 OR5W2 GREM1 OR5M9 OR8B2 OR5K3 EPPK1 TUSC2 OR5L1 CD302 RGMA RGMB RTKN NBL1 HFE2 9: filopodium|| 1: anchoredtoplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted24 ECM 9,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 10: microvillus|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: endoplasmicreticulum-Golgiintermediate compartment|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax 11: DNA-directedRNApolymerase III complex P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

6: cilium|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

7: vacuolarmembrane|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

8: cellcortex|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.3 0.5 0.9 0.9 1.5 1.6 1.8 1.9 1.9 1.9 2.4 2.7 2.7 2.7 3.3 4.0 4.1 5.3 6.0 6.5 25.6 25.6 Notes 11 8 /910 6 /7 4 4 /5 1 /23 PG C C B B A A A A A TNFSF12-TNFSF13 LOC100288119 LOC100505953 LOC100288119 LOC100289383 Protein LOC284804 LOC646644 CSPG4P4Y CSPG4P3Y PPP1R15B 100509804 100510027 EPM2AIP1 C14orf119 ANAPC15 TMEM211 TMEM134 TNFSF13 PCED1A THAP10 CICP23 CICP25 OR5M9 QSER1 CRTC2 SYCE2 VGLL4 FGF18 COA3 MEA1 GAS1 LLPH CST3 10: vesicle || 1: anchoredtoplasma membrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted32 ECM 10,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

12: mitochondrial membrane || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 13: protein phosphatasetype 1complex S.bicolor S.bicolor

3: anaphase-promoting complex|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 4: axonpart|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 5: basementmembrane || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

6: contractilefiber || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 7: lysosome|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 8: multivesicularbody || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 9: nuclearmembrane || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.8 0.9 1.3 1.6 1.7 1.8 2.0 2.1 2.6 3.4 3.5 3.8 4.3 4.3 4.4 4.4 4.4 4.8 4.8 4.8 6.3 6.8 7.6 9.8 10.3 10.3 10.7 11.9 12.7 13.5 15.8 Notes 13 12 11 4 /5678910 3 2 1 PG D A C C B B A MARVELD3 Protein LOC646543 TMEM125 FAM219B FAM212A FAM212B C1orf174 C1orf168 C16orf11 SMIM19 ZNF750 MLANA NUFIP2 FANCG GLYAT PTTG1 CCL25 ICAM2 POMC ERMN DDIT3 INSL5 GKN2 NPPA ESM1 EMX2 CAST NOL7 FIBIN RLN3 RLN1 CD48 MISP CRH CD7 10: secretory granule || 1: anchored toplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted68 ECM 11,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

11: uropod || T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: external sideofplasma membrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

12: mast cell granule || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 13: Fanconi anaemia nuclear complex || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

3: membrane raft|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 4: tightjunction || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

14: filopodium || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 5: polysomal ribosome || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 15: internode regionof axon || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

6: melanosome || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

16: myelin sheath || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 7: trans-Golgi network || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

17: paranode regionof axon V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 8: peroxisomal matrix|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori 9: peroxisome || B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.0 1.3 1.3 1.5 1.6 1.6 1.6 1.6 2.1 2.1 2.1 2.1 2.4 2.7 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 5.6 Notes 14 /151617 13 12 11 8 /910 6 /7 5 4 1 /23 PG H H G G F F D E E Protein LOC643802 RAD51AP1 KRTCAP3 CCDC71L FAM196A FAM196B FAM86C1 PTPN20A MARCKS TNFSF10 C1orf216 MAP6D1 TMEM54 CCDC71 RAET1E MS4A18 MS4A18 BRICD5 AKAP7 FOXP1 SFTPC PRR15 IFNB1 ADM2 NPPB IL12A RAI2 ADM EPO NPB BSN ALB IL24 IL19 18: sarcoplasmic reticulum || 10: Golgi-associated vesicle || 1: dendrite || Num ofECMGenes:1.Predicted68 ECM 11,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page2

19: T-tubule B.bovis B.bovis 11: actin cytoskeleton || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

3: neuron projectionterminus || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

12: cellcortex || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 13: basement membrane || B.distachyon B.distachyon A.lyrata 4: presynaptic activezone || A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans

14: platelet alphagranulelumen || C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: microtubule organizingcenter || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 15: MHC class Iproteincomplex || A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 6: lamellar body|| C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 7: multivesicular body || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

16: exocytic vesicle|| K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 8: interleukin-12 complex || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 17: lateral plasmamembrane ||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 9: cis-Golgi network|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 1.0 1.0 1.0 Notes 16 /171819 15 13 /14 11 /12 9 /10 8 6 /7 5 1 /234 PG A C C A B A B A A MARCKSL1 Protein LOC649201 LOC727787 1060P11.3 TMEM87A TMEM174 TMEM154 PPP1R26 C1orf172 KIR2DS4 ARMCX6 KIR3DL3 KIR3DL3 TMEM37 IL17REL TREML2 PLGLB1 PLGLB2 C1orf63 ZNF483 GNRH2 AKAP3 MFAP5 CSHL1 LCN10 CHGA CHGB PRLH DSN1 CD28 CSF1 NMB NMS GAL CD2 9: microtubule-based flagellum || 1: anchored toplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted53 ECM 12,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 10: membrane raft || T.parva T.parva 2: external sideofplasma membrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 11: transport vesicle membrane C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

3: internal sideofplasmamembrane || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 4: secretory granule|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

5: microfibril || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

6: receptor complex|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 7: MIS12/MIND typecomplex || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 8: acrosomal vesicle|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.1 1.3 1.4 1.6 1.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.7 3.1 3.3 3.3 3.3 3.4 4.2 4.8 5.0 7.6 8.0 9.1 11.9 Notes 4 /11 2 /10 8 /9 4 7 6 5 4 1 /23 PG D D LOC100505603 Protein LOC646543 GOLGA8S TSPAN32 RAD54B SLC51B GOLM1 COX8A PNRC2 PSRC1 TCOF1 SNX21 TEX12 RGCC NRGN G0S2 MGP EID1 IL37 9: spindle|| 1: lipidparticle|| Num ofECMGenes:1.Predicted53 ECM 12,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis

10: spindlemicrotubule|| T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 2: extracellularmatrix|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 11: spindlepole P.berghei P.berghei

3: proteinaceousextracellularmatrix|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

7: microtubulecytoskeleton|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 8: midbody|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.4 0.4 0.5 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 1.1 1.1 1.1 1.1 Notes 7 /891011 6 5 4 2 /3 1 PG A A Protein CEACAM3 SERTAD1 CCDC160 FAM228A VN1R10P C3orf43 C1orf65 ACRBP DYNAP CDCA5 CYHR1 LYPD5 LYPD3 NAT14 CD177 AMBN KISS1 LEP 1: anchoredtoplasmamembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted17 ECM 13,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: acrosomalvesicle|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

3: proteinaceousextracellularmatrix|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: cohesincomplex|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

5: nuclearchromatin|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

6: anchoredtomembrane|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 7: nuclearenvelope Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.4 1.4 1.6 1.6 2.2 2.3 4.0 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 Notes 6 7 6 4 /5 3 2 1 PG A A LOC100507003 LOC100507003 SPATA31D4 SPATA31D3 Protein LOC646508 LOC388849 KRTAP13-3 KRTAP25-1 KRTAP24-1 KRTAP10-9 TMEM191C MGC50722 DEFB108B KRTAP8-1 TM4SF19 C6orf201 C16orf92 C1orf64 C2orf16 APOBR WFDC6 SPEM1 DEFA5 PATE4 CD160 CYS1 LY6K 10: keratinfilament|| 1: anchoredtoplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted26 ECM 14,Geneset"anchoredtoplasmamembrane",Page1

12: ciliummembrane|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: secretorygranule|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor 13: microtubulebasalbody|| S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

4: transportvesicle|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 14: intermediatefilament 5: anchoredtomembrane|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

6: acrosomalvesicle|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii 7: chylomicron|| D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

8: low-densitylipoproteinparticle || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 9: very-low-densitylipoproteinparticle || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.8 1.0 1.0 1.2 1.2 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.9 3.1 4.1 4.2 11.5 11.5 13.4 Notes 14 14 10 14 11 /1213 10 7 /89 6 5 2 /34 1