Etude Des Populations De Truites Sedentaires Et Migrantes Sur Le Bassin Du Lac D'annecy Et Evaluation Des Pratiques De Gestion

Fédération de Haute-Savoie pour la Pêche et la INRA UMR CARRTEL Protection du Milieu Aquatique 75 avenue de Corzent 2092 route des Diacquenods BP511 Le Villaret 74203 Thonon 74370 St Martin Bellevue www.dijon.inra.fr/thonon www.pechehautesavoie.com

ETUDE DES POPULATIONS DE TRUITES SEDENTAIRES ET MIGRANTES SUR LE BASSIN DU LAC D’ANNECY ET EVALUATION DES PRATIQUES DE GESTION Volet 1 : Etat des populations sur les affluents

C. CHASSERIEAU & A. CAUDRON Janvier 2011

RAPPORT FDP74.11/01 SHL 299.2011

Etude réalisée avec la collaboration financière de :

I. INTRODUCTION ...... 1 II. MATERIEL ET METHODE...... 2 1. Suivi thermique annuel ...... 2 2. Recensement des frayères...... 4 3. Etude du peuplement piscicole ...... 4 4. Historique du repeuplement ...... 4 III. RESULTATS GENERAUX...... 5 1. Recensement des frayères...... 5 2. Etude du peuplement piscicole ...... 6 3. Suivi thermique annuel ...... 10 4. Historique du repeuplement ...... 12 IV. RESULTATS DISCUTES PAR BASSIN ...... 14 A. RUI DE LA PLANCHE ET RUI D ’E NTREVERNES ...... 14 1. Thermie...... 14 1.1. Conditions thermiques générales...... 14 1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale...... 14 1.3. Période de croissance et préférendum thermique...... 15 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD ...... 15 1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire...... 16 2. Caractéristiques du peuplement piscicole ...... 17 3. Historique du repeuplement ...... 19 B. LAUDON ...... 20 1. Thermie...... 20 1.1. Conditions thermiques générales...... 20 1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale...... 20 1.3. Période de croissance et préférendum thermique...... 21 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD ...... 22 1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire...... 22 2. Caractéristiques du peuplement piscicole ...... 23 3. Historique du repeuplement ...... 26 C. LA BORNETTE ...... 27 1. Thermie...... 27 1.1. Conditions thermiques générales...... 27 1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale...... 27 1.3. Période de croissance et préférendum thermique...... 28 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD ...... 29 1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire...... 29 2. Caractéristiques du peuplement piscicole ...... 30 3. Historique du repeuplement ...... 32 D. L’I RE ...... 33 1. Thermie...... 33 1.1. Conditions thermiques générales...... 33 1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale...... 33 1.3. Période de croissance et préférendum thermique...... 34 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD ...... 35 1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire...... 35 2. Caractéristiques du peuplement piscicole ...... 36 3. Historique du repeuplement ...... 38 E. L’E AU MORTE ET SES AFFLUENTS : LE MONTMIN , LE RUI DU ST RUPH , LE RUI DU BAR , ET LE RUI DES COMBES ...... 39 1. Thermie...... 39 1.1. Conditions thermiques générales...... 39 1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale...... 39 1.3. Période de croissance et préférendum thermique...... 41 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD ...... 42 1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire...... 42 2. Caractéristiques du peuplement piscicole ...... 43 3. Historique du repeuplement ...... 46 F. RUI D ’A NGON ET NANT DE BLUFFY ...... 47

1. Thermie...... 47 1.1. Conditions thermiques générales...... 47 1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale...... 47 1.3. Période de croissance et préférendum thermique...... 48 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD ...... 49 1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire...... 49 2. Caractéristiques du peuplement piscicole ...... 49 3. Historique du repeuplement ...... 51 G. SYNTHESE DES RESULTATS ET PERSPECTIVES...... 52 LES PRINCIPALES INFORMATIONS QUI RESSORTENT DES RESULTATS OBTENUS SONT ...... 52 EN TERME DE PERSPECTIVES , TROIS RECOMMANDATIONS PEUVENT ETRE FORMULEES POUR APPROFONDIR LES RESULTATS OBTENUS ...... 53 ANNEXE : TABLEAU DE SYNTHESE DES DENSITES ET BIOMASSES ESTIMEES DES PECHES D ’INVENTAIRE DE LA CAMPAGNE 2009 ...... 54 IV. BIBLIOGRAPHIE ...... 55

I. INTRODUCTION

La particularité des bassins hydrographiques des grands lacs alpins comme le Léman, le lac du Bourget et le lac d’Annecy est d’abriter deux formes écologiques de la truite fario, une sédentaire bouclant entièrement son cycle de vie sur les affluents et une migratrice partageant son cycle biologique entre le lac pour la croissance et les affluents pour la reproduction et ses 2 premières années de vie (Champigneulle et al ., 1999). La gestion des ressources piscicoles du lac d’Annecy est confiée à l’association Annecy Lac Pêche (ALP) et celle des rivières du bassin à l’AAPPMA Annecy Rivières. Concernant la truite de lac, la gestion pratiquée par Annecy Lac Pêche consiste à produire environ 80 000 alevins qui sont déversés annuellement dans les parties aval des principaux affluents. Ces poissons sont issus en priorité de géniteurs prélevés chaque année sur le Laudon au cours de la période de reproduction. Si la quantité produite par ces géniteurs sauvages n’est pas suffisante, une production complémentaire est réalisée à partir d’un stock de géniteurs captifs. Concernant la truite sédentaire (de rivière), pendant de nombreuses années l’AAPPMA Annecy Rivières pratiquait un repeuplement des affluents sur les zones amont non concernées par les truites de lac à partir de poissons domestiques d’origines diverses. Récemment, un changement de politique lié aux résultats du programme INTERREG « Truites autochtones » a conduit l’AAPPMA Annecy rivières à stopper les repeuplements utilisant des poissons domestiques et à mettre en place deux stocks de géniteurs sauvages des souches Fier et Usses. Ainsi et bien que sur le bassin versant du lac d’Annecy il n’ait pas été identifié la présence de poissons d’origine MED, depuis 2005, aucun repeuplement de truite sédentaire d’origine domestique n’a eu lieu sur les affluents du lac d’Annecy. Aucun bilan précis n’a été réalisé sur ces différentes pratiques. En effet, sur le lac d’Annecy, la majorité des études passées et actuelles concernent d’autres espèces comme l’Omble chevalier, le Corégone et dans une moindre mesure la perche. Hors, les suivis scientifiques réalisés à partir des carnets de pêche indiquent que les captures de truite de lac ne représentent plus que quelques centaines de kg/an, malgré les efforts de repeuplements entrepris (Gerdeaux et al ., 2007). Ces chiffres peuvent être considérés comme très faibles en comparaison des captures des autres salmonidés, Corégones et Omble chevalier. La gestion des populations naturelles de truite lacustre et sédentaire représente un enjeu majeur à la fois sur le plan de la conservation de la diversité intra-spécifique de cette espèce (Laikre et al ., 1999) et sur le plan socio-économique pour le maintien d’une activité halieutique de qualité. Cette truite lacustre qui fait partie du patrimoine halieutique du lac possède un fort potentiel de pêche touristique, grâce à la taille qu'elle atteint couramment (une dizaine de kilogrammes), elle véhicule aussi une image forte de qualité des eaux et de pêche sportive. Aussi, complémentairement aux études entreprises sur les lacs Léman et du Bourget pour évaluer les pratiques actuelles de gestion et les améliorer si besoin, il semble important de s’intéresser également au devenir des populations de truite commune sur le bassin du lac d’Annecy.

1 II. MATERIEL ET METHODE

1. Suivi thermique annuel La température est un facteur déterminant de la qualité du milieu aquatique, notamment pour les cours d’eau salmonicoles. Un suivi thermique sur un cycle annuel complet (du 05 novembre 2008 au 04 novembre 2009) au pas de temps horaire a été réalisé sur 36 stations ( Figure 1 ) à l’aide de thermographes enregistreurs Onset HOBO . Une fois récoltées, les données sont vérifiées afin de s’affranchir d’éventuelles valeurs incorrectes causées par un disfonctionnement ou une mise hors de l’eau de l’enregistreur. Les données brutes permettent de caractériser sur chaque station 30 variables thermiques différentes (Caudron et al. , 2006) dont dix ( Tableau I ) ont été retenues dans cette étude. Les variables sont utilisées dans le but d’évaluer les potentialités piscicoles ainsi que les conséquences biologiques potentielles pour la truite commune des caractéristiques thermiques des eaux de surface.

Tableau I : Caractéristiques des 10 variables utilisées pour définir la qualité thermique des tributaires du lac d’Annecy vis-à-vis des exigences écologiques de la truite commune (d’après Caudron et al., 2006 et Dumoutier et al., 2007).

Catégorie Code variable Désignation succinte Ti max Température instantanée maximale Thermie générale ATmj Amplitude thermique des moyennes journalières Tm30j max T° moyenne des 30 jours consécutifs les pl us chauds Nbj Tmj 4-19 Nombre total de jours durant lesquels la T° est comprise entre 4 et 19°C Preferendum Nb Ti > 19 Nombre d'heures totales où la T° instanta née est > 19°C thermique Nbmax Ti csf > 19 Nombre d'heures max consécutives durant lesquelles la T° instantanée reste > 19°C Développement Nbmax Ti csf >=15 Nombre d'heures max consécutives durant lesquelles la T° instantanée reste ≥ 15°C potentiel PKD Nombre total de jours de la Phase de vie Embryo-Larvaire sous graviers (de la fécondatino à Nbj PEL l'émergence) calculée à partir d'une date de ponte médiane fixée au 15 décembre (en utilisant Phase de vie embryo- l'équation de Crisp, 1992) larvaire (PEL) Nbmax Ti csf > 15 (PEL) Nombre d'heures max consécutives pendant la PEL durant lesquelles la T° instant anée reste > 15°C Nbmax Ti csf < 1.5 (PEL) Nombre d'heures max consécutives pendant la PEL durant lesquelles la T° instan tanée reste < 1,5°C

L’une d’elles concerne le développement de la PKD (« Proliferative Kidney Disease » = maladie rénale proliférative), qui est une maladie infectieuse touchant préférentiellement les truites, les ombres et les saumons. Elle provoque, chez les sujets atteints, une importante hypertrophie des reins et éventuellement du foie et de la rate qui peut entraîner dans les populations des taux de mortalité relativement importants notamment chez les juvéniles. L’agent infectieux est un parasite nommé Tetracapsula bryosalmonae (Canning et al ., 1999) qui utilise comme hôte intermédiaire des bryozoaires (Anderson et al. , 1999). La température de l’eau joue un rôle important dans le cycle de développement de ce parasite qui se propage dans le milieu naturel lorsque celle-ci atteint 9°C (Gay et al ., 2001). L’apparition de la maladie chez la truite arc en ciel nécessite une température d’au moins 15°C pendant 2 semaines. Sur les stations étudiées, une première analyse a été menée afin d’identifier les sites présentant des conditions thermiques favorables aux développement de la PKD. Ainsi, le nombre d’heures consécutives où la température de l’eau est supérieure ou égale à 15°C a été calculé sur chaque site et ceux pour lesquels la durée dépasse 360 heures consécutives (soit 15 jours) sont considérés comme pouvant présenter un risque potentiel important de développement de la PKD.

Nant de Bluffy

Lac d’Annecy

Rui d’Angon

Rui de la Planche

Rui de Montmin

Le Laudon L’Eau Morte

Rui des Rui d’Entrevernes Combes

La Bornette

L’Ire

Rui du St Ruph Rui du Bar

Figure 1 : Tributaires du lac d’Annecy diagnostiqués et positionnement des stations d’étude

3 2. Recensement des frayères Pour caractériser et évaluer le recrutement naturel, un relevé des frayères naturelles et des surfaces potentielles de fraie s’effectue par parcours de l’ensemble du linéaire du cours d’eau ou sur des secteurs ciblés au moment de la période de reproduction en hiver. Ce recensement a été réalisé sur les zones de migration des truites d’écotype lacustre des affluents principaux, soit les secteurs aval du Laudon, de la Bornette, de l’Ire et de l’Eau morte durant l’hiver 2008-2009 entre le 28/11/2008 et le 15/02/2009 par Guillaume Bini (agent de développement à la FDPPMA 74). Ces données sont retranscrites en densités (nombre de frayères pour 1000 m²).

3. Etude du peuplement piscicole Pour mieux connaître les peuplements piscicoles des affluents du lac et évaluer en particulier la démographie des populations de truites, des pêches électriques d’inventaire ont été réalisées par la FDPPMA 74 du 15 juin au 15 juillet 2009 (avant le repeuplement en truites de lac (TRL) à l’automne 2009) sur les principaux affluents du lac d’Annecy. Les 62 stations d’étude ont été positionnées en fonction des caractéristiques (physiques, géologiques, morphologiques…) des cours d’eau et des pêches historiques du CSP en collaboration avec les AAPPMA Annecy Lac Pêche et Annecy Rivières. L’ensemble des stations est pêché selon la méthode par enlèvement successif De Lury (1951). Sur les anciennes stations du CSP (LcA 22, LcA 13, LcA 04, LcA 21, LcA 27, LcA10, LcA 18, LcA 08, LcA06 et LcA25), une comparaison avec des résultats de pêches antérieures (CSP, 1999) permet de suivre l’évolution temporelle du peuplement piscicole.

- Estimation du stock de poissons Une estimation de la densité et de la biomasse est réalisée pour chaque espèce présente sur les 62 stations étudiées (De Lury, 1951). - Analyse de la structure de la population La structure de la population de truite est également étudiée par l’intermédiaire de l’histogramme fréquence / taille. Les cohortes déficitaires peuvent être un indice précieux dans la précision de certains mécanismes de perturbations. En outre, nous effectuons une comparaison des fréquences de tailles relatives des populations échantillonnées à une fréquence moyenne standard établie sur le territoire de la Haute-Savoie sur la base de 209 résultats de pêches d’inventaires entre 1995 et 2006 sur 154 stations d’études répartie sur l’ensemble du département. Cette méthode d’analyse exclue les individus juvéniles (<130 mm) qui sont soumis à de trop fortes variations interannuelles. Cependant dans le cas de notre étude, les pêches d’inventaire ayant été faites plus tôt dans la saison (juin - juillet à la place de septembre), les alevins mesuraient entre 30 et 70 mm. Cette méthode comparative est intéressante à utiliser en complément des traitements précédents car elle permet de visualiser l’état de la structure de la population par rapport à un standard sur une zone d’étude préalablement définie. Elle permet de mettre en évidence certains déséquilibres d’ordres naturels (déficit de recrutement, mortalités…) ou liés à gestion halieutique (sur ou sous exploitation par la pêche) (Caudron & Catinaud, 2008).

4. Historique du repeuplement L’AAPPMA Annecy Rivières a fourni un historique des pratiques de repeuplement sur les tributaires du lac d’Annecy depuis 1989 (19 ans). La prise en considération des pratiques antérieures et de la répartition des repeuplements pratiqués sur ces cours d’eau est

4 un élément indispensable de l’étude des populations actuelles de truite commune d’écotype sédentaire et lacustre. Cet antécédent est important à considérer lors de la définition des propositions de gestion à l’issue de cette étude.

III. RESULTATS GENERAUX

1. Recensement des frayères Sur les cinq affluents principaux du lac d’Annecy présentés à la Figure 2 , les surfaces potentielles de fraie sont utilisées à 70% en moyenne. Cependant en prenant chaque cours d’eau séparément, il en ressort deux cas de figure : - plus de 70% de surface potentielle de fraie réellement utilisée pour la fraie : Laudon, Bornette et Eau morte - surface potentielle de fraie utilisée avec 11% et moins : Ire et Montmin. Toutefois le Montmin est présente plus de zones susceptibles de convenir pour la reproduction des truites soit 10% de la surface de la zone à migrateurs.

Lac d’Annecy Lac 70% d’Annecy

97% 3% 89% 30% 90% 10% 11% Nb total de frayères Estimation d'alevins

recensées sur la zone à Mig. n

63 9900 i Nb total de frayères Estimation d'alevins m

t recensées sur la zone à Mig. n

o 7 5000

r I

83%

e t 92% 8% t e n r 17% o B

a Nb total de frayères Estimation d'alevins L

n recensées sur la zone à Mig.

o d 191 76700 u

L E au Mor e te L 78% 98%

94% 6% 98% 2% 2% 22%

Nb total de frayères Estimation d'alevins Nb total de frayères Estimation d'alevins recensées sur la zone à Mig. recensées sur la zone à Mig. 8 9000 2 1900

Légende Surface totale Surface potentielle du tronçon de fraie (SPF)

Pourcentages des : - Surfaces non potentielles de fraie = non SPF - Surface potentielle de fraie = SPF - Surface de Fraie = SF (surface potentielle de fraie utilisée) - Surface potentielle de fraie non utilisée = non SF

Limite amont de la zone à migrateurs = limite de prospection frayères

Figure 2 : Répartition des secteurs potentiels de fraie et des frayères réellement observées par rapport aux ouvrages transversaux présents sur les zones à migrateurs des quatre affluents principaux du lac d’Annecy et quantification des surfaces potentielles et utilisées pour la fraie.

5 2. Etude du peuplement piscicole Les affluents du lac voient leur peuplement piscicole dominé par la truite commune. Seuls les cinq principaux affluents du lac accueillent d’autres espèces que la truite fario (Figure 3 ). Le cas du Rui d’Entrevernes se pose en exception. Le Chabot est répertorié sur une grande partie du linéaire du bassin de l’Eau morte et du Montmin, sur l’Ire et la Bornette tandis qu’il se localise uniquement sur l’aval du Laudon qui est colonisé par une autre espèce benthique, la loche franche sur la moitié de son linéaire. Le vairon est recensé uniquement sur l’Eau morte de l’aval jusqu’au marais de Giez. Les secteurs soumis aux assecs estivaux concernent plutôt les secteurs des sources (la quasi totalité du Rui des Combes, amont du Rui du Bar). Quelques zones comme l’Eau morte en aval de Faverges ou l’aval du Laudon entre la N508 et la piste cyclable sont connues pour s’assécher l’été sans vraiment identifier les causes. Le cas du Rui d’Entrevernes est particulier puisqu’il sèche sur les ¾ du linéaire et est apiscicole sur l’aval, seul 15% du cours d’eau est colonisé par les poissons.

Nant de Bluffy Légende Lac d’Annecy

Rui de la Rui d’Angon Planche

Montmin

Laudon Rui d’Entrevernes

Eau morte

Bornette

Ire Rui du Rui des St Ruph Combes

Rui du Bar

Figure 3 : Définition des aires de présence et des limites amont de colonisation des espèces piscicoles inventoriées et localisation des secteurs régulièrement soumis aux assecs estivaux

De manière générale, les secteurs à migrateurs offrent des meilleures densités de truite avec des biomasses plus faibles ( Figure 4 ) que les secteurs à sédentaires, densités dues à la forte proportion d’alevins sur ces zones (environ 80%) ( Figure 5 ). Sur certaines parties amont de bassins (Bluffy, amont Eau morte) de très faibles densités de poissons sont constatées ainsi que de faibles recrutement.

En comparant les contributions des juvéniles sur les populations totales respectives des secteurs aval et amont, deux scénarios sont observables ( Figure 5 ) : - Les juvéniles représentent une part identique dans deux populations : cas des deux petits affluents en rive droite du lac, Rui d’Angon et nant de Bluffy. - Les juvéniles sont ultra majoritaires dans les populations aval alors qu’ils ne contribuent à la population qu’entre 40% et 65% à l’amont. Quelques exceptions sont cependant observables ; l’amont de la Bornette semble beaucoup moins propice à la reproduction que l’aval. Cette observation est inversée pour l’Ire. La population du Rui du Bar se compose au moment de l’inventaire d’autant d’alevins que de poissons >0+ contrastant ainsi avec les deux autres affluents de l’Eau morte.

7 Nant de Bluffy Lac d’Annecy

Rui de la Rui d’Angon Planche

Montmin

Rui d’Entrevernes Laudon

Eau morte

Bornette

Ire Rui des Combes Rui du St Ruph

Rui du Bar

Légende

Figure 4 : Densités et biomasses de truite fario estimées calculées par secteurs (à migrateurs et à sédentaires) sur les cours principaux des affluents du lac d’Annecy

0% Nant de Bluffy

Lac 0% d’Annecy 100% 14% 100% 86% 32% 18% angon sed Rui d’Angon Rui de la 17% 68% Planche 23% 82% 83% 14% 77%

86% 0% 42% Montmin 58%

Rui 100% d’Entrevernes 8% 39%

61% Laudon 92% 36% 64% 21% 15% 79% 85% 7% Eau morte 17%

93% Bornette 34% 83% 66%

Rui des Ire Combes Rui du St Ruph 5%

11% 95% 46% 54%

89%

Rui du Bar

Légende

TRF hors 0+ Pourcentage que représentent les juvéniles dans la population de truite commune (TRF) TRF 0+

Figure 5 : Contribution des juvéniles dans les populations de truite fario sur les secteurs aval et amont de chaque tributaire du lac d’Annecy

9 3. Suivi thermique annuel La majorité des secteurs aval des affluents du lac d’Annecy affiche une température moyenne annuelle entre 8,5 et 10°C. Sur les secteurs aval du Laudon, de l’Ire et l’Eau morte la température moyenne annuelle est d’environ de 9°C alors qu’elle prend une valeur de 7.5°C sur l’aval de la Bornette et du Montmin ( Figure 6).

5 Température(°C)

0 aval aval aval aval aval aval aval aval aval aval aval aval amont inter amont amont inter amont inter amont inter amont amont inter amont amont amont médaire médaire médaire médaire médaire Rui de la Laudon Rui Bornette Ire Eau morte Saint Rui du Bar Rui des Montmin Rui Nant de Planche d'Entrevernes Ruph Combes d'Angon Bluffy

Figure 6 : Température moyenne annuelle sur les stations amont – intermédiaire – aval des tributaires du lac d’Annecy.

Sur l’ensemble des cours d’eau étudiés le préférendum thermique à une durée moyenne de 250 jours ( Figure 7 ). Toutefois, les secteurs amont du Rui de la Planche et intermédiaire de l’Ire sont peu favorables pour accueillir l’espèce truite fario. Le secteur aval de l’Eau morte se démarque des autres zones aval avec des conditions préférentielles pour le développement de la truite fario identifiées durant toute l’année ; cette caractéristique se retrouve sur trois autres stations du bassin à savoir l’aval du le Rui d’Entrevernes, la partie intermédiaire du Rui du Bar et l’amont du Nant de Bluffy.

400

300

200 Durée(jours) 100

0 aval aval aval aval aval aval aval aval aval aval aval aval amont amont amont amont amont inter amont inter amont inter amont amont inter amont inter médaire médaire médaire médaire médaire Rui de la Laudon Rui Bornette Ire Eau morte Saint Rui du Bar Rui des Montmin Rui Nant de Planche d'Entrevernes Ruph Combes d'Angon Bluffy

Figure 7 : Durée en jours où du préférendum thermique de la truite commune sur les stations amont – intermédiaire – aval des tributaires du lac d’Annecy.

10 La durée de la phase embryo-larvaire est assez homogène sur l’ensemble du bassin du lac d’Annecy soit en moyenne 150 jours ( Figure 8) soit inférieur au 180 jours limitants. L’aval de l’Eau morte et de la Bornette identifiés avec une température moyenne annuelle supérieure à la moyenne se caractérisent par une durée de PEL plus faible que les autres zones aval avec une durée de résorption (2 nde phase de la PEL) assez longue soit 45 jours (durée limitante à 50 jours). 200

150

100

Durée(jours) 50

Figure 8 : Durée totale en jours de la Phase Embryo-Larvaire (PEL) de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) sur les stations amont – intermédiaire – aval des tributaires du lac d’Annecy.

Durant la période de reproduction, les températures moyennes journalières varient entre 0°C et 10°C selon les cours d’eau ( Figure 9). Deux chutes de température sont enregistrées entre le 25 décembre 2008 et le 20 janvier 2009, la première au moment de la dernière semaine de décembre et la seconde durant les 15 premières jours de janvier. Il semblerait que ces températures plus froides n’aient guère d’incidence sur la fraie compte tenu qu’elles interviennent après la date moyenne de ponte fixée au 15 décembre, date qui se vérifie sur les cours d’eau inventoriés pour les frayères. Les températures moyennes journalières les plus faibles sont enregistrées sur le Laudon, l’Ire et le Rui d’Angon et les plus froides sur l’Eau morte, la Bornette et le Rui d’Entrevernes, précédemment identifiés comme étant des milieux plus chauds. 12 la planche laudon 10 entrevernes bornette 8 ire eau morte 6 montmin angon 4 bluffy Température (°C) Température

0 05/11/2008 12/11/2008 19/11/2008 26/11/2008 03/12/2008 10/12/2008 17/12/2008 24/12/2008 31/12/2008 07/01/2009 14/01/2009 21/01/2009 28/01/2009

Figure 9 : Courbes des températures moyennes journalières entre le 05/11/2008 et le 31/01/2009 sur les secteurs aval des tributaires du lac d’Annecy.

Le risque de développement de la PKD est identifié sur seulement trois secteurs sur l’ensemble du bassin du lac d’Annecy dont l’aval du Laudon ( Figure 10 ). Sur quatre stations la durée où la température est supérieure à 15°C dépasse ou avoisine les 300 h ; même si le seuil du risque n’est pas dépassé ces secteurs nécessiteraient une surveillance.

700

600

500 Limite des 400 15 jours consécutif 300 s

Durée(heures) 200

100

Figure 10 : Durée en heures de la séquence maximale durant laquelle la température reste supérieure ou égale à 15°C sur les stations amont – intermédiaire – aval des tributaires du lac d’Annecy.

L’analyse du facteur thermique ne permet pas d’expliquer les disparités entre les différentes populations de truites des cinq affluents principaux du lac d’Annecy. Les données de températures journalières durant la période de reproduction et la durée de la phase embryo- larvaire ne dissocient pas les cas de l’Ire et du Montmin des autres affluents. La sous utilisation des surfaces potentielles de fraie de l’Ire et du Montmin s’expliqueraient donc par d’autres facteurs que la thermie. Le secteur amont de la Bornette affiche une durée d’incubation (1 ère phase de la PEL) pouvant être limitante (134 jours) pour le développement des œufs ce qui pourraient contribuer au faible taux d’alevins dans la population observée en été 2009.

4. Historique du repeuplement D’après l’historique sur 20 ans du repeuplement par secteur, les déversements pratiqués ne semblent pas suivre de cohérence flagrante interannuelle ( Figure 11 ). Les quantités déversées et les origines des alevins (les trois principales Baulat, Chasey, Chauvey pour TRF et Laudon, la Puya et Louis Blanc pour TRL) peuvent être très variables d’un an à l’autre. Depuis 2005, les repeuplements ont été stoppés sur les secteurs à sédentaires alors qu’ils sont toujours pratiqués sur les secteurs aval avec des individus 0+. Des pêches exceptionnelles de géniteurs sont réalisées tous les hivers sur l’aval du Laudon car celui-ci séchait sur l’aval au moment de la fraie (cf. captage sur le Rui du Var). Ce même secteur ne subit pas de repeuplement en truite de lac.

12 Nant de Bluffy aval Nant de Bluffy amont 4000 4 000

3000 3 000

2000 2 000 1000 1 000 Effectifs déversés Effectifs déversés Effectifs 0 0 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 Rui de la Planche aval 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 4 000 fy 3 000 luf e B t d an 2 000 N

1 000 Effectifs déversés Effectifs

0 Lac d’Annecy

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007

Rui de la Planche on ’Ang Rui d

4 000 Rui d’Angon aval Laudon aval 40 000 3 000

30 000 2 000

20 000 1 000 Effectifs déversés Effectifs

Effectifs déversés Effectifs 10 000 0

0 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 o

u s

Laudon amont a e 40 000 L n

r e Rui d’Entrevernes aval 30 000 v 4000 e

n 20 000 3000 E

’

d 10 000 i

Effectifs déversés Effectifs 2000

R 0 1000 Effectifs déversés Effectifs

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 0 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 Rui d’Entrevernes amont 4000

3000

2000 1000 déversés Effectifs 0 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 Montmin aval 40 000 30 000

20 000

10 000 Effectifs déversés Effectifs

Bornette aval 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 40 000 Montmin amont 40 000 30 000 Lac d’Annecy 30 000 20 000

10 000 20 000 déversés Effectifs

0 10 000 déversés Effectifs

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 0 Bornette amont

40 000 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 M 30 000 o Eau morte aval n

t 40 000 m

20 000 i n 30 000 10 000 Effectifs déversés Effectifs 20 000 0 e tt e 10 000 Effectifs déversés Effectifs

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 n r o B 0

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 I r e Eau morte amont 40 000

E a 30 000 Ire aval u 40 000 m o 20 000 r t 30 000 e 10 000 Effectifs déversés Effectifs 20 000 0 déversés Effectifs 10 000 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 0

1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 Ire amont Affluents amont de l’Eau morte Légende 40 000 40000 Rui des Rui du Combes TRL 0+ 30 000 30000 St Ruph Rui du TRF truitelles 20 000 20000 Bar TRF 0+ 10 000 10000 Effectifs déversés Effectifs déversés Effectifs 0 0 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007

Figure 11 : Quantités d’alevins de truite fario de forme sédentaire et de forme lacustre déversées sur les secteurs à migrateurs et les secteurs à sédentaires de 1989 à 2008 sur les affluents du lac d’Annecy

13 IV. RESULTATS DISCUTES PAR BASSIN

A. Rui de la Planche et rui d’Entrevernes

1. Thermie 1.1. Conditions thermiques générales L’ensemble des stations affiche globalement le même profil de variations journalières annuel avec des températures journalières comprises entre 0 et 20°C (Figure 12). Cependant la station LcA 33 située à l’aval d’Entrevernes montre un profil est plus tamponné que les autres avec des températures entre 5 et 10°C en hiver et des températures dépassant rarement 15°C en été. Il est à noter que l’enregistrement de la sonde LcA 29 (Rui de la Planche amont) s’est stoppé avant la période estivale ; les 30 jours les plus chauds ne sont pas pertinents sur cette

25 LcA29 LcA28

20 LcA34 LcA33

10 Température(°C)

0 05/11/08 19/11/08 03/12/08 17/12/08 31/12/08 14/01/09 28/01/09 11/02/09 25/02/09 11/03/09 25/03/09 08/04/09 22/04/09 06/05/09 20/05/09 03/06/09 17/06/09 01/07/09 15/07/09 29/07/09 12/08/09 26/08/09 09/09/09 23/09/09 07/10/09 21/10/09 04/11/09 station.

Figure 12 : Courbes des températures moyennes journalières calculées sur la période du 05/11/2008 au 04/11/2009 (sauf pour LcA 29 et 28, arrêt de l’enregistrement de la température le 30/06/2009 et 15/09/2009 respectivement) pour les 2 stations (amont et aval) respectivement du Rui de la Planche (LcA 29 et LcA 28) et du Rui d’Entrevernes (LcA 34 et LcA 33) concernées par le suivi thermique annuel.

1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale Les températures maximales avoisinent les 20°C sur les 3 stations où la saison estivale a été prise en considération ( Figure 13). L’amplitude moyenne journalière est bien plus faible sur l’aval du Rui d’Entrevernes que sur l’aval du Rui de la Planche (autre indice d’un cours d’eau tamponné). En parallèle la moyenne des 30 jours les plus chauds est plus élevée sur le bas du Rui de la Planche que sur le reste des stations étudiées ici. Sur le Rui d’Entrevernes cette variable ne varie pas que l’on se trouve en amont ou en aval du cours.

14 ATmj Tm30j max 25 25 25 (A) (B) (C) 20 20 20

15 15 15

10 10 10

5 5 Température(°c) Température(°c) 5 Température(°c)

0 0 0 Amont Aval La Aval Amont Aval La Aval Amont Aval La Aval planche planche planche Rui de la Planche Rui d'Entrevernes Rui de la Planche Rui d'Entrevernes Rui de la Planche Rui d'Entrevernes

Figure 13 : Température instantanée maximale (A), amplitude thermique des moyennes journalières (B) et température moyenne des 30 jours consécutifs les plus chauds sur les 2 stations (amont et aval) respectivement du Rui de la Planche et du Rui d’Entrevernes concernées par le suivi thermique annuel.

1.3. Période de croissance et préférendum thermique Le secteur à l’aval du Rui d’Entrevernes étant tamponné présente une température de l’eau correspondant toute l’année au préférendum de la truite fario (4-19°C) ( Figure 14). Sur les autres stations, ces conditions sont atteintes moins de 300 jours dans l’année. L’aval du Rui de la Planche affiche des conditions thermiques défavorables à la truite durant 285 h et une période de 12 h consécutives avec une température supérieure à 19°C. Nb Ti > 19 400 300 Nbmax Ti csf > 19 (A) (B) 20 (C) 300 200 15

200 10 100 Durée(heures) Durée(jours) 100 Durée(heures) 5

0 0 0 Amont Aval La Aval Amont Aval La Aval Amont Aval La Aval planche planche planche Rui de la Planche Rui d'Entrevernes Rui de la Planche Rui d'Entrevernes Rui de la Planche Rui d'Entrevernes Figure 14 : Durée en jours du préférendum thermique de la truite commune Salmo trutta (A), durée en heures où la température est supérieure à 19°C (B) et durée en heures de la séquence maximale durant laquelle la température reste supérieure à 19°C (C) sur les 2 stations (amont et aval) respectivement du Rui de la Planche et du Rui d’Entrevernes concernées par le suivi thermique annuel.

1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD Les résultats précédents ont mis en évidence des températures extrêmes sur l’aval du rui de la planche qui se retrouvent sur la Figure 15 avec 623 h (soit environ 26 jours) consécutives où la température dépasse 15°C. Seule cette station sur ces deux cours d’eau présente donc un risque potentiel important de développer la PKD.

15 700 600

500 400 Limite des 15 jours 300 consécutifs

Figure 15 : Durée en heures de la séquence Durée(heures) 200 maximale durant laquelle la température reste supérieure ou égale 100 à 15°C sur les 2 stations (amont et 0 aval) respectivement du Rui de la Amont Aval La Aval Planche et du Rui d’Entrevernes planche concernées par le suivi thermique Rui de la Planche Rui d'Entrevernes annuel.

1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire La Phase Embryo-Larvaire (PEL) se déroule sur une période d’environ 150 jours en moyenne sur ces deux petits cours d’eau avec des variations de durée entre l’amont et l’aval (Figure 16). Même si la durée globale de la PEL sur le Rui d’Entrevernes est satisfaisante (< 150 jours), la durée d’incubation des œufs (1 ère phase de la PEL) est limitante sur le secteur amont durant l’hiver 2008 (> 130 jours) ce qui peut entraîner de lourdes conséquences sur leur survie.

200 450 T° > 15°C (A) 400 (B) T° < 1,5°C 150 350 300 250 100 200

Durée(heures) 150 Durée(jours) 50 100 50 0 0 Amont Aval La Aval Amont Aval La Aval planche planche

Rui de la Planche Rui d'Entrevernes Rui de la Planche Rui d'Entrevernes

Figure 16 : Durée totale en jours de la phase embryo-larvaire de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) (A) et durée en heures des séquences maximales durant laquelle la température est restée en dessous de 1,5°C et au dessus de 15°C pendant la période de développement embryo- larvaire (B) sur les 2 stations (amont et aval) respectivement du Rui de la Planche et du Rui d’Entrevernes concernées par le suivi thermique annuel.

16 2. Caractéristiques du peuplement piscicole - Rui de la Planche Les populations de truites du Rui de la Planche sont fonctionnelles et équilibrées par rapport à la FMS de la confluence avec le lac jusqu’au lieu-dit la Planche ( Figure 17) présentant une densité moyenne estimée de 280 individus / 100 m², valeur qui contraste fortement avec le secteur des sources où la densité estimée est de 6 ind. / 100 m². - Rui d’Entrevernes Seul l’extrême aval du Rui d’Entrevernes montre un caractère piscicole (soit moins de 15% du linéaire du cours principal) ( Figure 18). De plus la zone à migrateurs longue d’à peine 250 m linéaire accueille 10 fois plus d’individus de truite qui sont pour les ¾ des alevins (estimation de 800 individus 0+ sur la zone à migrateurs) que la zone à sédentaires où aucun juvénile n’a été répertorié. Légende LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement Réseau hydrographique Zone à migrateurs 60 100 80 50 60 40 40 20 30 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA 29 TRF Effectif 200 250 300 350 400 20 estimation 2009 10 Densité totale 6 [5-7] 0 (ind./100m²) 9 9 9 0 6 -89 29 -109 -129 -14 -209 -2 -24 -289 30 40-49 60- 80 0 0 > Biomasse totale

20 Rui la Planche de LcA29 100 120 14 160-169 180-189 200 2 24 260-269 280 (Kg/ha) 39 LcA29 Densité de 0+ 60 135 100 2,6 80 (Ind./100m²) 50 60 40 40 Estimation de 20 2500 alevins LcA 55 TRF 30 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 estimation Effectif 0+ sur la zone 2009 20 200 250 300 350 400 à sédentaires Densité totale 214 [208- 10 (ind./100m²) 220] 0 Biomasse totale 50 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 367 - -7 - 11 3 15 17 9 23 25 7 29 3 40 60 80 0- 0-1 0- 0- 0-1 0- 0- 0-2 0- > (Kg/ha) 10 12 14 16 18 200-210 22 24 26 28 LcA55 Densité de 0+ LcA55 (Ind./100m²) 158,8 60 144 100 80 50 60 40 LcA 28 TRF 40 20 estimation 2009 30 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif Densité totale 349 [324- 20 200 250 300 350 400 Estimation de LcA28 (ind./100m²) 374] 10 2100 alevins Biomasse totale 0 0+ sur la zone (Kg/ha) 386 49 69 89 9 9 9 9 9 9 00 - - - 10 12 22 24 26 8 3 à migrateurs 40 60 80 0- 0- 0- 0- 0- 0-2 > 0 2 8 Densité de 0+ LcA28 1 1 140-149 160-169 180-189 200-209 22 24 26 2 300 (Ind./100m²)

Lac d’Annecy

1 km Figure 17 : Synthèse des résultats relatifs au peuplement piscicole du Rui de la Planche. De gauche à droite : structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; stocks estimés de truites fario (Salmo trutta ).

Légende LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement Réseau hydrographique LcA34 Zone à migrateurs

LcA65 Apiscicoles LcA64

Rui d’Entrevernes

60 120 100 80 50 60 LcA65 40 40 20 0 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA 33 TRF 200 250 300 350 400 Effectif 20 estimation 2009 Pas d’alevins 10 Densité totale 0+ sur la zone (ind./100m²) 21 [19-23] 0 à sédentaires 9 9 9 9 9 9 9 0 Biomasse totale -6 -8 0 49 6 0 2 69 8 0 0 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -2 3 40-49 6 80 > 80 20-129 40 80-189 00 20 60 80 (Kg/ha) LcA33 100 1 1 160 1 2 2 240-249 2 2 Densité de 0+ 0 231 (Ind./100m²) 60 100 LcA64 80 50 60 40 LcA 62 TRF 40 20 0 estimation 2009 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 Effectif Densité totale 288 [279- 20 (ind./100m²) 297] 10 Estimation de Biomasse totale 0 800 alevins (Kg/ha) 427 9 49 89 8 0+ sur la zone 109 1 289 LcA33 40- 60-69 80- >300 Densité de 0+ 100- 120-129 140-149 160-169 180- 200-209 220-229 240-249 260-269 280- à migrateurs 221,1 LcA62 LcA62 (Ind./100m²)

Lac d’Annecy

2 km

Figure 18 : Synthèse des résultats relatifs au peuplement piscicole du Rui d’Entrevernes. De gauche à droite : structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; stocks estimés de truites fario (Salmo trutta ).

18 3. Historique du repeuplement De 1996 à 2006, la majorité des alevins de truite déversés sur l’aval du Rui de la Planche sont de souche lacustre et concerne des quantités entre 1000 à 1500 individus 0+ (Figure 19 ) soit presque deux fois moins que la quantité présente estimée sur la zone à migrateurs (2100 alevins) ( Figure 17). Concernant le Rui d’Entrevernes, seuls trois ans de repeuplement ont eu lieu entre 2002 et 2004. Les densités naturelles de poissons sur ce cours d’eau, notamment sur la zone à sédentaires où aucun alevin n’a été observé au moment de la campagne de pêches de 2009, sont inférieures à celles du Rui de la Planche.

3 500 (A) 3 000

2 500

2 000

1 500

Effectifsdéversés 1 000

500 TRL 0+ TRF 0+ 0

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

3500 (B) 3000

2500

2000

1500

Effectifsdéversés 1000

500 TRL 0+ TRF 0+ 0

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Figure 19 : Evolution des quantités repeuplées en alevins (0+) entre 1989 et 2008 sur le bassin du Rui de la Planche (A) et celui du Rui d’Entrevernes (B).

19 B. Laudon

1. Thermie 1.1. Conditions thermiques générales Le profil des moyennes des températures instantanées journalières est similaire sur l’ensemble des stations du Laudon. Cependant la station aval LcA05 affiche des températures estivales bien supérieures aux autres avec des pics supérieurs à 20°C entre mi juillet et mi août (Figure 20 ).

laudon 25 LcA16 LcA04 20 LcA05 LcA30 LcA32 15 LcA31

10 Température(°C)

Figure 20 : Courbes des températures moyennes journalières calculées sur la période du 05/11/2008 au 04/11/2009 (sauf pour LcA 30 arrêt de l’enregistrement de la température le 01/09/2009) pour les 3 stations sur le Laudon (LcA 16, LcA 04et LcA 05) et les 3 stations des affluents (Rui de St Eustache LcA 30, LcA 32 et Nant du Cruet LcA 31) concernées par le suivi thermique annuel.

1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale Le cours principal du Laudon montre une température instantanée maximale entre 20 et 24°C alors que celle des affluents avoisine 17°C ( Figure 21). En parallèle, les amplitudes de moyennes journalières et les températures moyennes des 30 jours les plus chauds sont plus élevées sur le cours principal du Laudon que sur les affluents (valeurs voisines de 15°C pour les deux paramètres). Un disfonctionnement de la sonde d’enregistrement de températures LcA 16 nous prive de données thermiques sur la partie amont du Laudon au dessus de la confluence avec son affluent le Rui de St Eustache.

20 Ti max ATmj 25 25 (A) (B) 20 20 15 15

10 10

5 5 Température(°c) Température(°c) 0 0 amont inter aval amont aval amont amont inter aval amont aval amont médiaire médiaire Laudon Rui de St Rui du Laudon Rui de St Rui du Eustache Cruet Eustache Cruet Tm30j max 25 (C) Figure 21 : Température instantanée maximale 20 (A), amplitude thermique des moyennes journalières (B) et température moyenne 15 des 30 jours consécutifs les plus chauds 10 (C) sur les stations concernées par le suivi thermique annuel : 3 sur le Laudon 5 et les 3 sur ses affluents. Température(°c) 0 amont inter aval amont aval amont médiaire Laudon Rui de St Rui du Eustache Cruet

1.3. Période de croissance et préférendum thermique Le Laudon et ses affluents présentent les caractéristiques du préférendum thermique de la truite fario sur moins des ¾ d’une année ( Figure 22-A). Le problème pointé sur le cours principal concerne une température supérieure à 19°C pendant une durée totale d’environ 24 jours (soit 563 h) ( Figure 22-B). Par ailleurs des températures froides pénalisent la truite fario sur l’amont du Rui de St Eustache. Nbj Tmj 4-19 400 Nb Ti > 19 (A) 600 (B) 300 500 400 200 300 200 Durée(jours) 100 Durée(heures) 100

0 0 amont inter aval amont aval amont amont inter aval amont aval amont médiaire médiaire

Laudon Rui de St Eustache Rui du Laudon Rui de St Eustache Rui du Cruet Cruet Nbmax Ti csf > 19 100 (C) Figure 22 : Durée en jours du préférendum 75 thermique de la truite commune Salmo trutta (A), durée en heures où la 50 température est supérieure à 19°C (B) et durée en heures de la séquence Durée(heures) maximale durant laquelle la 25 température reste supérieure à 19°C (C) sur les stations concernées par le 0 amont inter aval amont aval amont suivi thermique annuel : 3 sur le médiaire Laudon et les 3 sur ses affluents. Laudon Rui de St Eustache Rui du Cruet 21

1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD Seul le cours principal du Laudon présente un risque potentiel important de développer la PKD notamment la zone soumise aux migrations ( Figure 23). Le secteur un peu plus en amont reste à surveiller car la séquence maximale durant laquelle la température est supérieure à 15°C avoisine les 15 jours (soit 331 h).

700 600

500

400 Limite des 15 jours 300 consécutifs Durée(heures) 200 100 Figure 23 : Durée en heures de la séquence 0 maximale durant laquelle la amont inter aval amont aval amont température reste supérieure ou égale médiaire à 15°C sur les stations concernées par Laudon Rui de St Rui du le suivi thermique annuel : 3 sur le Eustache Cruet Laudon et les 3 sur ses affluents.

1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire La phase embryo-larvaire dure environ 150 jours sur tout le bassin du Laudon ( Figure 24-A). Durant celle-ci, ce sont essentiellement les températures basses inférieures à 1.5°C qui affectent le plus les alevins émergeants en particuliers sur l’amont du Rui de St Eustache (Figure 24-B).

Nbj PEL 200 450 T° > 15°C (A) 400 (B) T° < 1,5°C 150 350 300 250 100 200 150 Durée(heures) Durée(jours) 50 100 50 0 0 amont inter aval amont aval amont amont inter aval amont aval amont médiaire médiaire Laudon Rui de St Rui du Laudon Rui de St Rui du Eustache Cruet Eustache Cruet

Figure 24 : Durée totale en jours de la phase embryo-larvaire de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) (A) et durée en heures des séquences maximales durant laquelle la température est restée en dessous de 1,5°C et au dessus de 15°C pendant la période de développement embryo- larvaire (B) sur les stations concernées par le suivi thermique annuel : 3 sur le Laudon et les 3 sur ses affluents.

22 2. Caractéristiques du peuplement piscicole La densité estimée moyenne de truites communes sur la zone à migrateurs (77 ind/100m²) se chiffre environ au double que celle sur la zone à sédentaires (40 ind/100m²) (Figure 25 ). Pour autant ces densités sont bien inférieures à celles observées sur les ruisseaux de la Planche et d’Entrevernes. Une grande quantité d’alevins issus de la reproduction naturelle a été observée sur la partie aval du Laudon (du lac jusqu’à la confluence avec le Rui de St Eustache). Ceux-ci représentent environ 80% des individus observés sur la zone à migrateurs alors que ce pourcentage tombe à 40% en amont sur la zone à sédentaires. Concernant ce dernier secteur, la reproduction y est nettement moins présente sur la partie amont (au dessus de la confluence avec le Rui de St Eustache) que sur la partie aval. Les relevés de frayères montrent deux secteurs préférentiellement sur la zone à migrateurs pour la fraie des truites : les secteurs en aval de la station LcA 57 avec 9 frayères pour 1000m² et un second en aval de la station LcA 22 avec un nombre de 7 frayères pour 1000 m². Les estimations chiffrent à 9900 alevins sur la zone à migrateurs et 6900 alevins pour la zone à sédentaires. Sur la zone à truite sédentaire, les densités estimées au moment de la campagne 2009 sont nettement supérieures à celles estimées à partir des pêches de la campagne de 1998. Cette tendance n’est pas vérifiée pour la station de référence sur le secteur aval. A l’époque, seul la station LcA 22 référençait des alevins non observées sur les stations plus en amont.

En comparant les fréquences de taille relatives observées à celles de la FMS il apparaît que les populations de truites sont déséquilibrées sur presque l’ensemble du bassin du Laudon avec une forte densité d’individus entre 13 et 20 cm ( Figure 26). Cependant le petit affluent du Rui du Cruet se place comme l’exception du bassin avec une petite population bien structurée.

Légende LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement Réseau hydrographique Zone à migrateurs LcA 31 TRF

estimation 2009 Laudon Densité totale 230 [227- LcA 61 TRF (ind./100m²) 233] estimation Biomasse totale 2009 (Kg/ha) 256 Densité totale (ind./100m²) 29 [28-30] Densité de 0+ 166,7 Biomasse totale (Ind./100m²) 59 LcA61 (Kg/ha) Densité de 0+ 7,5 LcA 30 0 (Ind./100m²) estimation 2009 R Densité totale ui de LcA 16 TRF 0 (ind./100m²) estimation 2009 St Biomasse totale E Densité totale us 0 (ind./100m²) 18 [16-20] (Kg/ha) ta c he Biomasse totale Densité de 0+ LcA16 62 (Ind./100m²) - (Kg/ha) LcA 32 TRF LcA30 Densité de 0+ (Ind./100m²) 1,7 estimation 2009 Densité totale 34 [33-35] u Cruet (ind./100m²) Nant d LcA 11 TRF Biomasse totale LcA31 estimation 2009 82 (Kg/ha) Densité totale LcA32 55 [54-56] Densité de 0+ (ind./100m²) 4,3 LcA11 (Ind./100m²) Biomasse totale (Kg/ha) 142 Densité de 0+ 16 (Ind./100m²) LcA 04 TRF r LcA 22 TRF a estimation 2009 1998 LcA04 V u estimation 2009 1998 d Densité totale i 55 [53-57] 7 Densité totale u (ind./100m²) 96 [94-98] 204 R (ind./100m²) Biomasse totale 100 51,2 Biomasse totale (Kg/ha) 100 304,3 (Kg/ha) Densité de 0+ 30,1 Densité de 0+ (Ind./100m²) 65,9 (Ind./100m²) LcA 57 TRF LcA 13 TRF LcA13 estimation 2009 estimation 2009 1998 Densité totale Densité totale 45 [44-46] 10 (ind./100m²) 71 [69-73] (ind./100m²) Biomasse totale LcA22 Biomasse totale 35 57 72,7 (Kg/ha) (Kg/ha) Densité de 0+ Densité de 0+ 35,2 (Ind./100m²) 61,6 (Ind./100m²)

LcA 05 TRF estimation 2009 LcA57 Densité totale 65 [63-67] (ind./100m²) Biomasse totale (Kg/ha) 46 LcA05 Densité de 0+ 56,3 (Ind./100m²)

Lac d’Annecy

2 km

Figure 25 : Résultats relatifs au peuplement piscicole du Laudon. Stocks estimés de truites fario ( Salmo trutta ) lors de la campagne d’étude de 2009 et les campagnes antérieures.

60 100 80 50 60 40 60 100 40 20 80 0 50 60 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 40 Effectif 20 40 20 0 30 10 130- 200- 250- 300- 350- > 400

Effectif 200 250 300 350 400 20 0 9 9 9 9 0 4 10 109 129 149 69 89 09 29 40- 60-69 80-89 - - - -1 -1 -2 -2 -24 -26 -28 >30 60 80 00 20 0 0 0 Laudon 100 120 140 1 1 2 2 24 26 28 0 LcA61 9 9 9 9 9 9 9 9 9 -4 -6 8 4 100 0 12 -14 20 -229 26 -28 60 4 60 80-89 0- 0 0-1 0- 0 0- 0 >300 80 100-109 12 14 160-169 18 20 22 240-2 26 28 LcA31 50 60 40 40 20 LcA30 : pas de poisson 0 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 LcA61 Effectif 20 60 100 80 10 50 60 40 Rui de St Eust 0 40 20 9 9 0 09 49 89 29 69 89 30 0-4 0-69 0-8 130- 200- 250- 300- 350- > 400 4 6 8 0-129 0-1 0-1 0-2 0-2 >300 2 Effectif 200 250 300 350 400 LcA16 100-1 1 14 160-169 18 200-209 22 240-249 26 280-2 20 a che 10 LcA16 Estimation de 0 6900 alevins 60 100 LcA30 80 0 0 0 0 60 -50 -7 -90 90 90 0+ sur la zone 50 0 0 130 230 4 60 8 0- 0-15 0-170 0-1 0- 0-25 0-270 0-2 >30 40 100-110 12 14 16 18 200-210 22 24 26 28 à sédentaires 40 20 LcA32 t du Cruet Nan 0 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA31 200 250 300 350 400 Effectif LcA32 20 LcA11 10 426 100 60 0 80 60 0 50 5 0 0 0 0 170 190 210 230 25 27 29 30 40 40- 60-70 80-90 0- 0- 0- > 40 100-110 120-130 140-150 160- 180- 200- 220- 24 26 28 20 LcA11 30 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 r 108 100 Effectif 60 200 250 300 350 400 a 20 LcA04 V 80 u d 60 i 50 10 u 40 R 40 20 0 0 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 0 70 30 90 -70 110 200 250 300 350 400 40-5 60 80-90 - -130 -150 -1 -190 -210 -2 -250 -270 -2 >300 Effectif 0 0 0 60 20 LcA22 100 12 140 160 18 200 220 24 2 280 10 180 60 100 80 0 60 50 LcA13 9 9 0 6 8 69 89 09 29 9 9 9 40 -109 -129 -149 -1 -1 -2 -2 -24 -26 -28 40-49 60- 80- 0 0 0 >30 40 20 100 120 140 160 180 200 220 24 26 28 0 LcA04 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA22 200 250 300 350 400 Effectif 20 144 60 100 80 10 50 60 0 40 40 20 0 0 0 0 0 0 0 0 5 3 00 0 0-50 0-90 13 21 3 4 60-70 8 -11 -19 -29 > 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 00 20- 40-1 80 00- 20-2 60-27 80 LcA57 1 1 1 160-170 1 2 2 240-250 2 2 Estimation de 200 250 300 350 400 LcA57 Effectif 9900 alevins 20 60 301 100 0+ sur la zone 10 80 50 60 à migrateurs 0 40 LcA05 0 49 69 89 09 9 9 49 69 89 40 20 - - 0- 129 149 30 -1 - - -22 -2 -2 -2 40 60 8 0 0 > 0 100 120 140 160-169 180-189 200-20 22 24 260 280 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA13 200 250 300 350 400 Effectif 20 10 Lac d’Annecy 0

9 0 49 8 9 9 9 9 0 - 10 12 149 169 18 229 24 289 3 40 60-69 80- - - - > 00- 20 60- 80 20- 40 80- 1 1 140- 1 1 200-209 2 2 260-269 2 LcA05 2 km

Légende LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie Pas de frayère LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement 0 < Nombre de frayères / 1000 m² ≤ 2 Réseau hydrographique Nombre de frayères / 1000 m² > 2 Zone à migrateurs

Figure 26 : Résultats relatifs au peuplement piscicole du Laudon. Structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; localisation et densités des frayères observées en 2008-2009.

25 3. Historique du repeuplement Les déversements de poissons sur le Laudon concernent uniquement des alevins de truites de souche sédentaire avec pour les dix dernières années des quantités entre 5250 et 6500 individus ( Figure 27). Le Laudon est le seul tributaire du lac d’Annecy non repeuplé en truite de souche lacustre.

40000

35000

30000

25000 20000

15000

Effectifsdéversés 10000 TAC adultes TRL 0+ 5000 TRF truitelles TRF 0+ 0

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Figure 27 : Evolution des quantités repeuplées en alevins (0+), en truitelles et en adultes entre 1989 et 2008 sur le bassin du Laudon

26 C. La Bornette

1. Thermie 1.1. Conditions thermiques générales Les courbes des températures moyennes journalières présentent la même allure sur l’ensemble du bassin de la Bornette. La station LcA 35 se démarque des autres par son profil plus tamponné qui s’explique par un cours d’eau de petite taille, milieu beaucoup plus réactif aux variations de températures. L’enregistrement des températures pour les stations LcA 51 et LcA 35 s’est arrêté au moment de la période estivale ( Figure 28). Le traitement de données devra prendre en considération ce manque de données. 25 LcA37 LcA36 20 LcA21 LcA51 LcA35 15

10 Température(°C)

0 05/11/08 18/11/08 01/12/08 14/12/08 27/12/08 09/01/09 22/01/09 04/02/09 17/02/09 02/03/09 15/03/09 28/03/09 10/04/09 23/04/09 06/05/09 19/05/09 01/06/09 14/06/09 27/06/09 10/07/09 23/07/09 05/08/09 18/08/09 31/08/09 13/09/09 26/09/09 09/10/09 22/10/09 04/11/09

Figure 28 : Courbes des températures moyennes journalières calculées sur la période du 05/11/2008 au 04/11/2009 (sauf pour LcA 21, LcA 51 et LcA 35 arrêt de l’enregistrement de la température le 05/07/2009, le 06/08/2009 et le 28/07/2009 respectivement) pour les 3 stations de la Bornette (LcA 37, LcA 36 et LcA 21) et les 2 stations des affluents (Rui de la Mine LcA 51 et Rui de Lathuille LcA 35) concernées par le suivi thermique annuel.

1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale Les températures maximales enregistrées sur le bassin de la Bornette sont comprises entre 15 et 23°C, avec les bornes extrêmes répertoriées sur les stations aval et intermédiaire du cours principal de la Bornette ( Figure 29). Les amplitudes thermiques sont plus importantes sur l’amont et la partie intermédiaire du cours principal de la Bornette. La même tendance se vérifie sur la moyenne des températures des 30 jours les plus chauds, avec cependant un bémol pour les valeurs attribuées aux deux affluents.

27 25 25 (A) (B) 20 20

15 15 10 10 5 5 Température(°c)

Température(°c)

0 0 amont inter aval Aval Lathuille amont inter aval Aval Lathuille médiaire médiaire La Bornette Rui de la Rui de La Bornette Rui de la Rui de Mine Lathuille Mine Lathuille

25 Figure 29 : Température instantanée maximale (C) 20 (A), amplitude thermique des moyennes journalières (B) et température moyenne 15 des 30 jours consécutifs les plus chauds (C) sur les stations concernées par le 10 suivi thermique annuel : 3 sur la 5 Bornette et les 2 sur ses affluents. Température(°c) 0 amont inter aval Aval Lathuille médiaire

La Bornette Rui de la Rui de Mine Lathuille

1.3. Période de croissance et préférendum thermique Les conditions du préférendum thermique de la truite fario sont atteintes sur le bassin de la Bornette pendant des durées de 186 à 266 jours ( Figure 30-A). Les températures supérieures à 19°C concernent uniquement la station intermédiaire du cours principal de la Bornette ( Figure 30-B et C ). Nbj Tmj 4-19 400 Nb Ti > 19 (A)(A) 300 (B)(B) 300 200 200

100 Durée(jours) 100 Durée(heures)

0 0 amont inter aval Aval Lathuille amont inter aval Aval Lathuille médiaire médiaire La Bornette Rui de la Rui de La Bornette Rui de la Rui de Mine Lathuille Mine Lathuille Nbmax Ti csf > 19 20 Figure 30 : Durée en jours du préférendum (C) thermique de la truite commune Salmo (C) trutta (A), durée en heures où la 15 température est supérieure à 19°C (B) et durée en heures de la séquence 10 maximale durant laquelle la

température reste supérieure à 19°C (C) Durée(heures) 5 sur les stations concernées par le suivi thermique annuel : 3 sur la Bornette et 0 les 2 sur ses affluents. amont inter aval Aval Lathuille médiaire La Bornette Rui de la Rui de Mine Lathuille

28 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD Même si les résultats précédents identifient la station intermédiaire de la Bornette comme étant une station plus « chaude », cette station comme toutes les autres du bassin de la Bornette ne présentent pas de risque potentiel au développement de la PKD. Sa séquence maximale où la température est supérieure à 15°C est égale à 280 h soit 11 jours et demi (Figure 31). 700 600 500 Limite des 400 15 jours 300 consécutifs

Durée(heures) 200 Figure 31 : Durée en heures de la séquence maximale durant laquelle la 100 température reste supérieure ou 0 égale à 15°C sur les stations amont inter aval Aval Lathuille concernées par le suivi thermique médiaire annuel : 3 sur la Bornette et les 2 sur ses affluents. La Bornette Rui de la Rui de Mine Lathuille

1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire La PEL dure environ 150 jours sur l’ensemble des stations sauf sur celle du Rui de Lathuille où celle-ci s’étend sur 115 jours ( Figure 32-A). Sur les secteurs amont et en particulier l’amont de la Bornette (séquence maximale de 378 h consécutives), les températures inférieures à 1.5°C sont limitantes pour le développement des œufs (durée de la période d’incubation supérieure à 130 jours) ( Figure 32-B).

200 400 (A) 350 (B)

150 300 T° > 15°C 250 T° < 1,5°C 100 200 150 Durée(heures) Durée(jours) 50 100 50 0 0 amont inter aval Aval Lathuille amont inter aval Aval Lathuille médiaire médiaire

La Bornette Rui de la Rui de La Bornette Rui de la Rui de Mine Lathuille Mine Lathuille Figure 32 : Durée totale en jours de la phase embryo-larvaire de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) (A) et durée en heures des séquences maximales durant laquelle la température est restée en dessous de 1,5°C et au dessus de 15°C pendant la période de développement embryo- larvaire (B) sur les stations concernées par le suivi thermique annuel : 3 sur la Bornette et les 2 sur ses affluents.

29 2. Caractéristiques du peuplement piscicole Les populations de truite commune présentent une structure plutôt équilibrée sur presque tout le bassin de la Bornette ( Figure 33) ; seule la station LcA27 montre un déséquilibre avec un manque de poissons de maille (20 à 25 cm). Les densités estimées au niveau de la confluence du Rui de Lathuile et l’affluent en lui-même sont bien plus faibles que les densités estimées sur les secteurs en amont et aval direct de ce secteur. Sur la zone à migrateurs, les alevins de l’année représentent environ 90% des individus de la population de truites au moment des pêches électriques d’inventaire de la campagne 2009 ; il est estimé à 9000 individus 0+ sur l’ensemble de cette zone. La reproduction naturelle apparaît moyenne mais homogène sur l’ensemble de la zone à migrateurs (nombre de frayères inférieurs à 2 pour 1000 m²). La densité estimée élevée (270 alevins par 100 m²) au moment de l’inventaire montre un bon recrutement naturel au niveau de la station LcA 27. En montant vers l’amont, les densités d’alevins diminuent pour devenir quasiment nulle au dessus de la confluence du Rui de la Mine (LcA 37), les conditions thermiques hivernales étant limitantes.

30 80 100 80 LcA 37 TRF 70 60 estimation 2009 60 40 50 20 0 Densité totale 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 100 5 [#5] 200 250 300 350 400 80 (ind./100m²) Effectif Effectif 30 80 70 20 60 Biomasse totale 60 40 26 10 (Kg/ha) 50 20 0 0 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Densité de 0+ 9 9 9 9 9 9 9 200 250 300 350 400 -5 -7 3 5 1 3 9 Effectif Effectif 0 0 30 0,4 30-39 5 7 90-99 0-1 0-1 0-2 0-2 0-2 (Ind./100m²) 3 5 1 3 9 LcA37 110-119 1 1 170-179 190-199 2 2 250-259 270-279 2 20 187 10 0 80 100 Bornette La 9 9 9 9 9 9 9 80 3 5 7 5 7 9 LcA 36 TRF 0-39 0-59 0-79 0-9 1 70 3 5 7 9 -1 -1 -199 -2 -2 -2 60 50 70 90 10-219 70 90 110-119 130- 1 1 1 2 230-239 250 2 2 estimation 2009 60 40 LcA51 20 50 ) Densité totale 137 [132- 0 ry u 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 a LcA 51 TRF (ind./100m²) 200 250 300 350 400 ( S

Effectif Effectif 142] 30 e in estimation 2009 Biomasse totale M 20 a l 61 e Densité totale (Kg/ha) 10 d i 64 [52-76] u (ind./100m²) Densité de 0+ 0 R 0 0 0 0 0 0 105,3 0 20 4 60 00 2 4 8 Biomasse totale (Ind./100m²) 0-6 30-40 5 70-80 0-1 -1 -1 -2 -2 -2 Estimation de 62 9 10 50 90 30 70 (Kg/ha) LcA36 1 130-1 1 170-180 1 210-2 2 250-260 2 290-300 7700 alevins 0+ sur la zone Densité de 0+ 80 100 (Ind./100m²) 69,3 LcA 67 TRF 80 70 à sédentaires estimation 2009 60 60 40 20 Densité totale 50 80 100 15 [#15] 0 80 (ind./100m²) 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 70 60 200 250 300 350 400 LcA37 Biomasse totale Effectif Effectif 30 60 40 23 20 50 20 (Kg/ha) 0 10 LcA51 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Densité de 0+ 0 Effectif Effectif 30 200 250 300 350 400

6,1 0 0 0 0 0 0 0 0 20 (Ind./100m²) 6 8 0 2 4 6 8 0 0-80 -120 30-40 50-60 7 90-100 0 10 11 130-140 150-1 170-1 190-2 210-2 230-2 250-2 270-2 290-3 LcA67 0

9 9 9 9 9 9 9 -5 -7 3 5 1 3 9 0 0 -1 -1 -2 -2 -2 1187 100 30-39 5 7 90-99 0 0 0 0 0 80 110-119 13 15 170-179 190-199 21 23 250-259 270-279 29 80 70 LcA35 LcA 27 TRF 60 60 40 LcA 35 TRF estimation 2009 1998 50 20 0 estimation 40 2009 Densité totale 294 [291- 130- 200- 250- 300- 350- > 400

Effectif Effectif 200 250 300 350 400 (ind./100m²) 177 30 Densité totale 297] 20 (ind./100m²) 16 [#16] Biomasse totale 10 ile 98 33,7 u Biomasse totale (Kg/ha) 0 h at 76 L (Kg/ha) 0 0 0 0 0 0 0 0 0 LcA36 e 2 6 8 2 6 0 d Densité de 0+ 0-4 -6 0-8 i 3 50 7 0-100 -1 -1 -2 -2 -3 u 269,9 9 10 70 10 50 0 R Densité de 0+ (Ind./100m²) LcA27 1 130-140 150-1 1 190-200 2 230-240 2 270-280 29 0 LcA35 (Ind./100m²) 286 LcA 21 TRF 80 100 u 80 ea nc 70 60 a estimation 2009 1998 LcA67 e N 60 40 i d Ru Densité totale 50 20 Légende 54 [53-55] 59 0 (ind./100m²) 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Estimation de LcA27 200 250 300 350 400 LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie Pas de frayère Biomasse totale Effectif Effectif 30 9000 alevins 20 LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement (Kg/ha) 30 13,9 0+ sur la zone 0 < Nombre de frayères / 1000 m² ≤ 2 10 à migrateurs Réseau hydrographique Nombre de frayères / 1000 m² > 2 Densité de 0+ 0 48,4 0 0 0 0 0 0 (Ind./100m²) 4 6 8 6 8 Zone à migrateurs 0-40 0-60 0-80 1 3 5 7 -1 -1 -200 -2 -2 -300 90-10 50 70 90 10-220 70 90 LcA21 110-120 130- 1 1 1 2 230-240 250 2 2 LcA21

Lac d’Annecy

1 km Figure 33 : Résultats relatifs au peuplement piscicole de la Bornette. De gauche à droite : stocks estimés de truites fario ( Salmo trutta ) lors de la campagne d’étude 2009 et de campagnes antérieures ; Structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; localisation et densités des frayères observées en 2008-2009.

31 3. Historique du repeuplement Depuis 1994, des alevins de truites de souche lacustre sont déversées dans la Bornette (Figure 34) ; les dix premières années les quantités déversées avoisinaient les 10000 individus soit environ la quantité estimée d’alevins sur l’ensemble de la zone à migrateurs avec cependant une exception en 2001 avec un alevinage de 19000 truites lacustres 0+. Depuis 2005, les quantités d’alevins déversées ont doublé par rapport aux années antérieures. Concernant la truite de souche sédentaire, un repeuplement d’environ 5000 individus 0+ a eu lieu chaque année entre 1994 et 2005 (sauf en 1996).

40000

35000

30000

25000

20000

15000

Effectifsdéversés 10000 TAC adultes # TRL 0+ 5000 TRF truitelles 0 TRF 0+

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Figure 34 : Evolution des quantités repeuplées en alevins (0+), en truitelles et en adultes entre 1989 et 2008 sur le bassin de la Bornette ; # : en 1995, TRL déversées sous forme de 1+.

32 D. L’Ire

1. Thermie 1.1. Conditions thermiques générales Tous les profils annuels de températures moyennes journalières montrent une même allure avec le gradient amont-aval respecté ( Figure 35). La station LcA 38 située sur l’affluent Rui de Chevalline affiche une courbe de températures plus tamponnées que celles du cours principal. L’enregistrement de la sonde LcA 18 s’est arrêté à la fin du mois de juillet, occultant donc la moitié de la période estivale.

25 LcA39 LcA09 20 LcA18 LcA10 LcA38 15

10 Température(°C)

0 05/11/2008 18/11/2008 01/12/2008 14/12/2008 27/12/2008 09/01/2009 22/01/2009 04/02/2009 17/02/2009 02/03/2009 15/03/2009 28/03/2009 10/04/2009 23/04/2009 06/05/2009 19/05/2009 01/06/2009 14/06/2009 27/06/2009 10/07/2009 23/07/2009 05/08/2009 18/08/2009 31/08/2009 13/09/2009 26/09/2009 09/10/2009 22/10/2009 04/11/2009

Figure 35 : Courbes des températures moyennes journalières calculées sur la période du 05/11/2008 au 04/11/2009 (sauf pour LcA 18, arrêt de l’enregistrement de la température le 31/07/2009) pour les 4 stations de l’Ire et la station du Rui de Chevalline (son affluent) concernées par le suivi thermique annuel.

1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale Les températures instantanées maximales sont comprises entre 17 et 23 °C ; le maximum étant enregistré sur le Rui de Chevaline ( Figure 36-A). Sur ce dernier, l’amplitude thermique est la plus basse (<15°C) du fait de la petite taille du milieu (Figure 36-B). Sur le cours principal de l’Ire, un gradient amont-aval pour chaque variable se marque bien avec des valeurs maximales à l’aval.

33 Ti max ATmj 25 25 (A) (B) 20 20 15 15

10 10

5 5 Température(°c) Température(°c) 0 0 amont Chevaline Arnand aval Loche amont Chevaline Arnand aval Loche L'Ire Rui de L'Ire Rui de Chevalline Chevalline

25 (C) Figure 36 : Température instantanée maximale 20 (A), amplitude thermique des moyennes journalières (B) et 15 température moyenne des 30 jours consécutifs les plus chauds (C) sur les 4 10 stations de l’Ire et la station du Rui de 5 Chevalline (son affluent) concernées Température(°c) par le suivi thermique annuel. 0 amont Chevaline Arnand aval Loche L'Ire Rui de Chevalline

1.3. Période de croissance et préférendum thermique Le préférendum thermique dure en moyenne 250 jours sur le cours principal de l’Ire (sans tenir compte de la station « Arnand » où l’enregistrement n’est pas complet) alors que sur l’affluent les températures plus tamponnées permettent de bonnes conditions de vie pour la truite toute l’année ( Figure 37-A). La station aval de l’Ire montre un total cumulé de 200 h (soit plus de 8 jours) où la température dépasse 19°C avec une séquence maximale de 15 h (Figure 37-B et C ). 400 Nb Ti > 19 (A) 300 (B) 300 200 200 100 Durée(jours) 100 Durée(heures)

0 0 amont Chevaline Arnand aval Loche amont Chevaline Arnand aval Loche L'Ire Rui de L'Ire Rui de Chevalline Chevalline

Figure 37 : Durée en jours du préférendum 20 thermique de la truite commune Salmo (C) trutta (A), durée en heures où la 15 température est supérieure à 19°C (B) et durée en heures de la séquence 10 maximale durant laquelle la

température reste supérieure à 19°C Durée(heures) 5 (C) les 4 stations de l’Ire et la station du Rui de Chevalline (son affluent) concernées par le suivi thermique 0 amont Chevaline Arnand aval Loche annuel. L'Ire Rui de Chevalline 34

1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD Aucun risque de développer potentiellement la PKD n’est détecté sur l’ensemble du bassin de l’Ire ( Figure 38). Cependant une surveillance sur l’aval de l’Ire pourrait être judicieuse étant donnée que la séquence où la température est supérieure à 15°C est proche de la valeur seuil (309 h).

700 600 500

400 Limite des 15 jours 300 consécutifs Figure 38 : Durée en heures de la Durée(heures) séquence maximale durant 200 laquelle la température reste supérieure ou égale à 15°C sur 100 les 4 stations de l’Ire et la 0 station du Rui de Chevalline (son amont Chevaline Arnand aval Loche affluent) concernées par le suivi thermique annuel. L'Ire Rui de Chevalline

1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire La PEL se déroule sur une moyenne de 160 jours avec des valeurs légèrement décroissantes de l’amont à l’aval ( Figure 39-A). Sur le Rui de Chevalline, celle-ci ne s’étant que sur 122 jours. Sur le cours principal de l’Ire, seules les températures inférieures à 1.5°C sont limitantes pour la PEL ( Figure 39-B).

450 200 (B) (A) 400 T° > 15°C 350 150 300 T° < 1,5°C 250 100 200

Durée(heures) 150 Durée(jours) 50 100 50 0 0 amont Chevaline Arnand aval Loche amont Chevaline Arnand aval Loche L'Ire Rui de L'Ire Rui de Chevalline Chevalline

Figure 39 : Durée totale en jours de la phase embryo-larvaire de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) (A) et durée en heures des séquences maximales durant laquelle la température est restée en dessous de 1,5°C et au dessus de 15°C pendant la période de développement embryo- larvaire (B) sur les 4 stations de l’Ire et la station du Rui de Chevalline (son affluent) concernées par le suivi thermique annuel.

35 2. Caractéristiques du peuplement piscicole Toutes les populations de truites du bassin de l’Ire affichent des structures équilibrées avec sur les secteurs amont à sédentaires, une distribution des fréquences relatives de taille très proche de celle standart définie pour le département de la Haute-Savoie ( Figure 40). Très peu de frayères ont été recensées sur la zone à migrateurs, uniquement deux sur la partie la plus aval. Même si le recensement des frayères n’a pas été réalisé sur le secteur amont de la zone à migrateurs, ce dernier montre une reproduction naturelle plus élevée qu’à l’aval (23 alevins/100 m²). Contrairement aux autres tributaires du lac d’Annecy, l’Ire présente une densité d’individus 0+ de truite maximale sur la station amont. L’estimation d’alevins chiffre à 4600 leur nombre sur la zone à sédentaires alors que celui-ci ne serait que de 2600 sur la zone à migrateurs, une tendance inversée en comparaison aux autres affluents du lac.

36 187 60 100 80 50 60 40 40 LcA 39 TRF 20 30 0 estimation 2009 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif Effectif Effectif 20 200 250 300 350 400 Densité totale 60 [58-62] Légende (ind./100m²) 10 0 Biomasse totale L’Ire LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie 0 0 0 0 0 0 83 00 8 8 (Kg/ha) -60 -80 -1 30-40 50 70 -12 -20 -22 -30 90 10 30-140 70-1 90 10 30-240 70-2 90 1 1 150-160 1 1 2 2 250-260 2 2 LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement Densité de 0+ LcA39 46 128 LcA23 Station de thermie uniquement (Ind./100m²) 60 100 80 50 60 LcA 70 TRF 40 Réseau hydrographique estimation 2009 40 20 0 30 Densité totale 130- 200- 250- 300- 350- > 400

Effectif Effectif Effectif 200 250 300 350 400 Zone à migrateurs (ind./100m²) 31 [30-32] 20 Biomasse totale 10 LcA39 Réserve de pêche (Kg/ha) 46 0

39 19 39 59 79 99 59 79 99 -59 1 2 0- 0 Densité de 0+ 3 5 70-79 90-99 -1 -1 -2 Pas de frayère 10- 30 50 70-1 30-239 50- 70 90-2 20,4 1 1 1 1 190-1 210-219 2 2 2 2 (Ind./100m²) LcA70 Estimation de 4600 alevins 0 < Nombre de frayères / 1000 m² ≤ 2 LcA 09 TRF 60 100 80 0+ sur la zone 50 Nombre de frayères / 1000 m² > 2 estimation 2009 60 à sédentaires 40 LcA70 Densité totale 40 11 [#11] 20 (ind./100m²) 30 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif Effectif Biomasse totale 20 200 250 300 350 400 20 (Kg/ha) 10 Densité de 0+ 0 7,9 (Ind./100m²) 0 00 0 0 0 0 0 0 -4 -60 -80 8 0 30 50 70 0-1 9 10-12 30-14 50-16 70-18 90-3 LcA09 1 1 1 1 190-200 210-220 230-240 250-260 270-2 2 LcA09

e 89 lin 60 100 a ev 80 h 50 C LcA 18 TRF 60 de i 100 40 u 60 R estmimation 40 80 2009 1998 20 LcA38 50 60 Densité totale 30 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 40 62 [60-64] 28 Effectif Effectif 40 (ind./100m²) 20 200 250 300 350 400 20 30 0 Biomasse totale 10 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif Effectif 118 76,6 20 200 250 300 350 400 (Kg/ha) 0 LcA18 10 9 Densité de 0+ 19 39 99 19 39 80 00 0-39 0-79 0-9 2 3 50-59 7 9 -1 -1 -2 -3 23,1 10 30-1 70-179 90 10 30-2 70- 90 0 (Ind./100m²) LcA18 1 1 150-159 1 1 2 2 250-259 2 2 99 39 9 60 0 -79 0-39 0-59 -119 -1 -15 -179 -199 -240 -2 -28 -300 100 3 5 70 90- 0 LcA 10 TRF 60 110 130 150 170 19 210-219 230 250 270 290 80 LcA38 estmimation 2009 1998 50 60 Estimation de 40 Densité totale 40 LcA 38 TRF 19 [18-20] 69 20 1900 alevins (ind./100m²) 30 0 0+ sur la zone LcA10 estimation 2009 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif Effectif Biomasse totale 20 200 250 300 350 400 à migrateurs Densité totale 27 24,2 (ind./100m²) 39 [37-42] (Kg/ha) 10 Densité de 0+ 0 Biomasse totale 2,3 (Kg/ha) 120 (Ind./100m²) 39 59 79 99 119 139 159 179 199 219 239 59 280 300 30- 50- 70- 90- 0- 0- 0- 0- 0- 0- 0- 0-2 0- 0- 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 Densité de 0+ LcA10 12,5 Lac d’Annecy (Ind./100m²)

2 km Figure 40 : Résultats relatifs au peuplement piscicole de l’Ire. De gauche à droite : stocks estimés de truites fario ( Salmo trutta ) lors de la campagne d’étude 2009 et de campagnes antérieures ; structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; localisation et densités des frayères observées en 2008-2009.

37 3. Historique du repeuplement Le plan d’alevinage sur le bassin de l’Ire est comparable à celui effectué sur le bassin de la Bornette ( Figure 41). Les quantités d’alevins de truite de souche lacustre déversées sont identiques sur ces deux cours d’eau, soit entre 5000 et 11000 individus 0+ avec une année exceptionnelle en 2001 avec un repeuplement de 19000 individus 0+. Concernant la truite de souche sédentaire, les déversements d’alevins actuellement stoppés concernaient des quantités de 8500 juvéniles en 1997 décroissantes jusqu’en 2005 à 3500 individus.

40 000

35 000

30 000 25 000

20 000

15 000

Effectifsdéversés 10 000 TAC adultes # TRL 0+ 5 000 TRF truitelles 0 TRF 0+

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Figure 41 : Evolution des quantités repeuplées en alevins (0+), en truitelles et en adultes entre 1989 et 2008 sur le bassin de l’Ire ; # : en 1995, TRL déversées sous forme de 1+.

38 E. L’Eau morte et ses affluents : le Montmin, le Rui du St Ruph, le Rui du Bar, et le Rui des Combes

1. Thermie 1.1. Conditions thermiques générales Les courbes annuelles des températures moyennes journalières de chaque station du bassin de l’Eau Morte présentent une même allure ( Figure 42). Cependant la station LcA 43 située sur le Rui du Bar en aval direct de la confluence avec le Tamié se démarque des autres par son profil beaucoup plus tamponné que les autres.

25 LcA03 LcA23 20 LcA08 LcA01 LcA40 15 LcA79 LcA45

10 LcA43 LcA42 Température(°C) LcA44 5 LcA41 LcA26 LcA46 0 05/11/2008 19/11/2008 03/12/2008 17/12/2008 31/12/2008 14/01/2009 28/01/2009 11/02/2009 25/02/2009 11/03/2009 25/03/2009 08/04/2009 22/04/2009 06/05/2009 20/05/2009 03/06/2009 17/06/2009 01/07/2009 15/07/2009 29/07/2009 12/08/2009 26/08/2009 09/09/2009 23/09/2009 07/10/2009 21/10/2009 04/11/2009

Figure 42 : Courbes des températures moyennes journalières calculées sur la période du 05/11/2008 au 04/11/2009 (sauf pour LcA 23 et LcA 01, arrêt de l’enregistrement de la température le 30/07/2009 et le 23/09/2009 respectivement) pour les 3 stations de l’Eau morte (LcA 03, LcA 23 et LcA 08) et les 10 stations de ses affluents (St Ruph : LcA 01 et LcA 40 ; Rui du Bar : LcA 79, LcA 45, LcA 43 et LcA 42 ; Rui du Tamié : LcA 44 ; Rui des Combes : LcA 41 ; Montmin : LcA 26 et LcA 46) concernées par le suivi thermique annuel.

1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale De manière générale sur l’ensemble des stations du bassin de l’Eau Morte, les températures maximales instantanées sont comprises entre 15 et 22°C, l’amplitude thermique des moyennes journalières et la moyenne des 30 jours les plus chauds ont une valeur de 15°C (Figure 43). Cependant quelques stations se démarquent des autres : - celle de l’aval de l’Eau Morte qui montre une faible amplitude thermique d’à peine 10°C qui contraste avec la station intermédiaire affichant une température instantanée de plus de 22°C. - le tronçon depuis la station tamponnée (aval confl. Tamié) jusqu’à l’aval du Rui du Bar sur lequel un gradient amont-aval est observable sur les trois variables présentées ici. L’aspect de thermie tamponnée identifié à la station LcA 43 s’amenuise au fur et à mesure du linéaire pour retrouver une tendance moyenne à la confluence avec les deux autres affluents amont.

25 (A) 20

5 Température (°c)

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter Tamié médiaire Pré Bolay Neuvillard aval confl. L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes

25 (B) 20

5 Température(°c)

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter Tamié médiaire Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes Tm30j max 25 (C) 20

5 Température(°c)

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter médiaire Tamié Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes

Figure 43 : Température instantanée maximale (A), amplitude thermique des moyennes journalières (B) et température moyenne des 30 jours consécutifs les plus chauds (C) sur les 3 stations de l’Eau morte et les 10 stations de ses affluents concernées par le suivi thermique annuel.

40 1.3. Période de croissance et préférendum thermique La truite trouve des conditions thermiques préférentielles dans les cours d’eau du bassin de l’Eau Morte pendant une durée moyenne de 285 jours (Figure 44-A). Les stations qui se démarquaient par des valeurs faibles pour les variables précédentes, apparaissent ici avec les maximales ; ces stations étant plus tamponnées sont nettement moins concernées par les températures extrêmes. Ainsi les conditions thermiques de ces secteurs sont idéales pour la truite presque toute l’année. Sur deux stations seulement, celle intermédiaire du cours principal de l’Eau Morte et celle du Tamié, des températures supérieures à 19°C ont été enregistrées ( Figure 44-B et C ). Nbj Tmj 4-19 400 (A) 300

200

Durée(jours) 100

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter médiaire Tamié Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes Nb Ti > 19 300 (B)

200

100 Durée(heures)

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter Tamié médiaire Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes Nbmax Ti csf > 19 20 (C) 15

Durée(heures) 5

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter Tamié médiaire Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes

Figure 44 : Durée en jours du préférendum thermique de la truite commune Salmo trutta (A), durée en heures où la température est supérieure à 19°C (B) et durée de la séquence maximale durant laquelle la température reste supérieure à 19°C (C) sur les 3 stations de l’Eau morte et les 10 stations de ses affluents concernées par le suivi thermique annuel.

41 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD Aucun risque potentiel de développement de la PKD n’a été répertorié sur l’ensemble du bassin de l’Eau Morte ( Figure 45).

700 600 500 400 Limite des 15 jours 300 consécutifs

Durée(heures) 200 100 0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter Tamié médiaire Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes

Figure 45 : Durée en heures de la séquence maximale durant laquelle la température reste supérieure ou égale à 15°C sur les 3 stations de l’Eau morte et les 10 stations de ses affluents concernées par le suivi thermique annuel.

1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire Comme sur les autres affluents du lac d’Annecy, la phase embryo-larvaire dure en moyenne 150 jours ( Figure 46-A). Sur les secteurs où aucune température extrême n’est enregistrée, les conditions étant continuellement favorables pour la truite, les PEL dure moins longtemps. Cependant pour la station sur le Rui du Bar en aval de la confluence avec le Tamié, la durée de résorption (2 nde phase de la PEL) s’avère un peu longue (53 jours) pouvant être limitante pour le développement des alevins émergeants. Sur tous les affluents de l’Eau Morte hormis le secteur tamponné du Rui du Bar, la température descend en dessous 1.5°C durant la PEL ( Figure 46-B).

Nbj PEL 200 (A) 150

100

Durée(jours) 50

0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter Tamié médiaire Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes

42 450 400 (B) T° > 15°C 350 T° < 1,5°C 300 250 200 150 Durée(heures) 100 50 0 D12 aval aval aval aval amont amont amont amont inter médiaire Tamié Pré Bolay Pré Neuvillard aval confl. aval L'Eau Morte St Ruph Rui du Bar Le Rui des Rui de Montmin Tamié Combes

Figure 46 : Durée totale en jours de la phase embryo-larvaire de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) (A) et durée en heures des séquences maximales durant laquelle la température est restée en dessous de 1,5°C et au dessus de 15°C pendant la période de développement embryo- larvaire (B) sur les 3 stations de l’Eau morte et les 10 stations de ses affluents concernées par le suivi thermique annuel.

2. Caractéristiques du peuplement piscicole Les populations de truite du secteur à migrateurs de l’Eau Morte sont beaucoup plus denses que celles du secteur à sédentaires (densité moyenne estimée multipliée par 4) mais elles se composent essentiellement de juvéniles qui représentent en moyenne 90% des effectifs estimés ( Figure 47). De grandes surfaces de fraie ont été observées sur la partie amont de la zone à migrations. De manière générale, ce secteur montre une très bonne reproduction naturelle avec une estimation à 81300 alevins sur l’ensemble de la zone soumise aux migrations (Figure 48 ). Le secteur à sédentaire du Montmin présente une densité moyenne estimée de truite plus élevée (96 ind. / 100 m²) que celle du secteur à migrateurs (73 ind. / 100 m²) ( Figure 47). Cependant le recrutement naturel sur l’aval est meilleur que sur l’amont avec presque ¾ des individus pêchés à l’aval étant des juvéniles de l’année alors qu’ils ne représentent que la moitié des individus inventoriés à l’amont. Les structures de tailles des populations de truites de l’Eau Morte et du Montmin présentent un certain équilibre sur les secteurs à sédentaires moins flagrant voire inexistant sur les zones à migrateurs ( Figure 48). Les secteurs amont du Rui du Bar et du Rui des Combes sont apiscicoles tandis que leurs parties aval accueillent des populations de truite équilibrées ( Figure 48 ) avec des densités moyennes estimées de 34 ind. / 100m² et 16 ind / 100 m² respectivement ( Figure 47). Les juvéniles représentent environ 50% du peuplement inventoriés en 2009 sur le Rui du Bar. En comparaison sur le Rui des Combes ce pourcentage est 10 fois moins important. Les populations de truite du Rui du St Ruph sont réduites (densité moyenne estimée de 5 ind. /100 m²) ( Figure 47) avec une faible reproduction naturelle qui s’expliquent en partie par des conditions thermiques limitantes (cf Figure 44-A). Toutefois les distributions des fréquences de taille relatives de presque toutes les populations de truites du St Ruph se calquent sur la FMS affichant ainsi une structure équilibrée ( Figure 48).

43 R LcA 76 TRF u i

d estimation 2009 u

Densité totale B R a (ind./100m²) 13 [12-14] ui r du T Biomasse totale am (Kg/ha) 40 ié Densité de 0+ LcA45 (Ind./100m²) 0 LcA 44 0 h p estimation u 2009 R t Densité totale S LcA76 e 0 d (ind./100m²) i u Biomasse totale LcA44 R (Kg/ha) 0 Densité de 0+ LcA43 - (Ind./100m²) LcA 69 TRF LcA 45 0 estimation 2009 estimation 2009 Densité totale Densité totale (ind./100m²) 7 [6-8] (ind./100m²) 0 LcA69 Biomasse totale Biomasse totale R 48 u LcA42 (Kg/ha) 0 i (Kg/ha) d e Densité de 0+ s 0 Densité de 0+ C (Ind./100m²) - o (Ind./100m²) m b e LcA01 LcA 01 TRF s LcA 77 0 LcA 43 TRF estimation 2009 estimation LcA77 estimation 2009 2009 Densité totale 6 [#6] Densité totale Densité totale (ind./100m²) 0 (ind./100m²) 60 [58-62] (ind./100m²) LcA82 Biomasse totale LcA79 37 Biomasse totale Biomasse totale LcA56 (Kg/ha) 0 (Kg/ha) 156 (Kg/ha) Densité de 0+ Densité de 0+ 1 Densité de 0+ 31,3 (Ind./100m²) - (Ind./100m²) LcA41 (Ind./100m²) LcA 82 TRF LcA 56 0 LcA 42 TRF LcA40 estimation 2009 estimation 2009 estimation 2009 Densité totale 2 [#2] Densité totale Densité totale (ind./100m²) 0 17 [16-18] (ind./100m²) (ind./100m²) Biomasse totale Biomasse totale 18 Biomasse totale 45 (Kg/ha) (Kg/ha) 0 (Kg/ha) L’Eau L’Eau Morte Densité de 0+ 0,4 Densité de 0+ Densité de 0+ (Ind./100m²) - (Ind./100m²) 10,6 (Ind./100m²) LcA 40 TRF LcA 41 TRF LcA 79 TRF estimation 2009 estimation 2009 estimation 2009 Densité totale 5 [#5] Densité totale Densité totale (ind./100m²) 16 [15-17] 25 [24-26] (ind./100m²) (ind./100m²) Biomasse totale 2 km 23 Biomasse totale Biomasse totale (Kg/ha) 68 91 (Kg/ha) (Kg/ha) Densité de 0+ 0,3 Densité de 0+ Densité de 0+ (Ind./100m²) 0,8 10,1 (Ind./100m²) (Ind./100m²) R u i R LcA 03 TRF d e u s i estimation d 2009 C u o h p m B u Densité totale LcA 72 R TRF a b t 12 [#12] e r S (ind./100m²) estimation s e 2009 i d u Biomasse totale Densité totale 134 [127- R 57 (Kg/ha) (ind./100m²) 141] Densité de 0+ Biomasse totale LcA 73 TRF 3,2 228 (Ind./100m²) (Kg/ha) estimation 2009 R u LcA 80 TRF Densité de 0+ i Densité totale 80,4 d 0 (Ind./100m²) e (ind./100m²) estimation 2009 Légende M o LcA03 n Densité totale t Biomasse totale LcA 26 TRF m 0 (ind./100m²) 76 [68-84] LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie in (Kg/ha) estimation 2009 Densité de 0+ Biomasse totale LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement Densité totale - 184 59 [50-68] (Ind./100m²) (Kg/ha) (ind./100m²) LcA23 Station de thermie uniquement Densité de 0+ Biomasse totale (Ind./100m²) 56,5 87 e (Kg/ha) r Réseau hydrographique è LcA80 agny i r LcA 24 TRF r ov Densité de 0+ e R P 20,1 estimation 2009 (Ind./100m²) a l ui de Zone à migrateurs R e Densité totale 373 [364- d LcA 46 TRF LcA72 i u (ind./100m²) 382] R Réserve de pêche estimation 2009 Biomasse totale Densité totale 139 55 [52-58] (Kg/ha) (ind./100m²) Densité de 0+ L’EauMorte Biomasse totale LcA73 (Ind./100m²) 325,9 (Kg/ha) 184 LcA 81 TRF Densité de 0+ estimation 2009 (Ind./100m²) 38,9 LcA26 Densité totale 150 [148- R LcA24 LcA 74 TRF u (ind./100m²) i 152] d e estimation 2009 Biomasse totale G ie 65 Densité totale z (Kg/ha) 92 [89-95] (ind./100m²) Densité de 0+ LcA81 121,3 Biomasse totale (Ind./100m²) 131 (Kg/ha) LcA46 LcA19 LcA 19 TRF Densité de 0+ estimation 2009 (Ind./100m²) 77,7 LcA23 Densité totale 50 [49-51] LcA74 (ind./100m²) Biomasse totale 99 LcA25 (Kg/ha) Densité de 0+ 10,5 LcA 06 TRF (Ind./100m²) estimation 2009 1998 LcA 23 - TRF Densité totale estimation 19 [17-21] 9 LcA06 2009 1998 (ind./100m²) Densité totale Biomasse totale 134 30 33,6 (ind./100m²) (Kg/ha) Biomasse totale Densité de 0+ 135,9 16 (Kg/ha) (Ind./100m²) LcA08 Densité de 0+ LcA 08 TRF (Ind./100m²) estimation 2009 1998 LcA 25 TRF Densité totale 91 [89-93] 32 estimation 2009 1998 (ind./100m²) Densité totale 202 [192- Biomasse totale 137 29 43,9 (ind./100m²) 212] (Kg/ha) Biomasse totale Densité de 0+ Lac d’Annecy 72 157,8 81,6 (Kg/ha) (Ind./100m²) Densité de 0+ (Ind./100m²) 194,5 2 km

Figure 47 : Résultats relatifs au peuplement piscicole de l’Eau morte et de ses affluents. Stocks estimés de truites fario ( Salmo trutta ) lors de la campagne d’étude 2009 et de campagnes antérieures.

44 LcA45 R Apiscicoles u

i d LcA44 u

a R 100 ui r 60 du 80 50 60 Ta m 40 ié 40 20 0 LcA45 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 Effectif 20 10 h 0 p 60 100 u 80 9 9 9 9 9 9 9 9 R -5 7 3 5 1 7 9 119 1 1 199 2 2 2 t 60 30-39 50 70- 90-99 - - - - 50 50- 70-179 10- 30-23 90- S LcA76 110 130 1 1 190 2 2 250-259 270 2 e 40 LcA76 d 40 i 20 u 0 R 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA44

Effectif 200 250 300 350 400 20 LcA43 10 60 100 0 80 50 60 39 9 9 99 9 9 9 9 9 9 9 40 - -7 - 3 5 179 9 1 23 259 7 9 30 50-5 70 90 -1 - -2 - - -2 40 50 70 10 30 90 20 110-119 130-1 1 1 190-1 2 2 250 270-2 2 LcA43 0 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 60 100 Effectif 20 80 50 60 10 40 LcA69 40 20 0 R 0 u LcA42 30 39 59 99 9 9 9 0 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 i - - 119 13 15 19 219 26 -28 30 d 0 0 - - - - - 70 - Effectif 200 250 300 350 400 30- 5 70-79 9 0 0 0 0 e 5 9 5 2 9 20 s LcA69 110 130- 1 170-179 1 210 230-240 2 2 C 10 o m 60 100 b 80 0 e LcA01 s 50 60 0 0 0 40 6 0 20 60 00 60 00 - 1 1 2 30-40 50 70-8 -140 - - -240 -280 LcA77 40 20 90- 30 50 90 30 70 110-1 1 1 170-180 1 210-220 2 250-2 2 290-3 0 LcA42 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400

Effectif 200 250 300 350 400 60 100 20 80 LcA82 50 60 LcA56 LcA79 10 40 40 0 20 Estimation de 0 9 9 9 9 9 9 0 0 30 180 alevins -39 -7 -99 3 5 9 1 0 0 0 -1 -179 -2 -24 -260 0-28 -3 130- 200- 250- 300- 350- > 400 30 50-5 7 9 0 0 0 0 7 0 Effectif 5 7 1 3 2 9 20 200 250 300 350 400 0+ sur les Rui LcA41 LcA01 110-119 130-1 1 1 190-1 2 2 250 2 du Bar et du Estimation de 10 60 100 LcA40 6900 alevins 80 0 Tamié 0+ sur le Rui 50 60 40 9 9 9 9 9 9 9 9 39 99 3 5 1 7 9 - -7 - 179 23 259 40 20 30 50-5 70 90 -1 - -2 - - -2 du St Ruph 50 70 10 30 90 110-119 130-1 1 1 190-199 2 2 250 270-2 2 0 LcA79 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 Effectif 20 10 LcA77 L’Eau Morte Apiscicoles 0

LcA56 59 79 9 9 9 9 9 9 - 119 13 15 199 21 27 29 30-39 50 70- 90-99 - - - - 50- 70-179 10- 30-23 90- LcA82 110 130 1 1 190 2 2 250-259 270 2 60 100 100 80 60 80 50 60 50 60 40 40 40 20 2 km 40 20 30 0 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 30 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif 200 250 300 350 400 200 250 300 350 400 20 Estimation de Effectif 20 alevins 0+ 20 10 sur le Rui des 10 0 Combes 0 9 9 9 9 9 9 -79 1 7 3 9 0 -139 -199 -25 9 79 9 9 9 9 9 30-39 50-5 7 90-99 0 0 0 - 1 139 7 199 3 25 9 3 9 5 30-39 50-5 70 90-99 - - - 110-1 1 150-159 170-1 1 210-219 230-2 2 270-279 290-2 30 90 50 LcA41 LcA40 110-1 1 150-159 170-1 1 210-219 230-2 2 270-279 290-2

106 100 100 100 80 100 90 100 R 100 80 60 80 80 90 u 90 60 40 60 i R 80 d 80 70 u 40 40 e 20 i 60 70 s 70 20 20 d 0 C 60 u 60 0 50 0 o h 130- 200- 250- 300- 350- > 400 p 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 m B u 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif 40 200 250 300 350 400 R 200 250 300 350 400 b a t 200 250 300 350 400 Effectif

40 Effectif 40 30 e r S 30 s e 30 20 i d 20 u 20 R 10 10 10 0 0 0 0 0 4 6 20 40 60 40 60 80 9 9 9 9 9 9 0 0 0 0 0 0 0 - - 1 1 2 2 99 3 5 79 9 4 6 0 20 40 20 40 60 0 0 - - -180 - - -300 0-3 0-5 0-7 1 -2 -2 -2 -2 0- 0-8 -1 1 1 20 2 2 2 30 3 5 70-80 0 0 0 0 0 0 3 5 7 90-99 0 0 0 0 30- 5 7 0 - - - 90-100 3 5 7 5 7 9 90- 10-219 3 5 7 9 9 10- 30- 50-160 10 30- 50- LcA72 110-1 1 1 1 190-200 210-220 230-2 2 2 2 LcA73 110-119 130-139 150-159 170-179 1 2 2 2 2 2 LcA19 1 1 1 170-18 190 2 2 2 270-280 290 R 100 100 u i 100 80 d 100 90 e 60 90 80 80 M Estimation de 40 o LcA03 80 60 70 n 20 t 70 40 60 m 6600 alevins 0 i 60 20 50 n 130- 200- 250- 300- 350- > 400 0+ sur la zone 0 200 250 300 350 400 50 Effectif 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 à sédentaires Effectif 40 30 200 250 300 350 400 20 Estimation de de l’Eau morte 30 10 20 0 9500 alevins 10 y 0 0 0 0 0 0 0+ sur la zone e n 4 -60 -8 100 20 60 80 20 40 80 00 r 0 0 - -1 1 -1 -20 2 -2 -26 2 -3 è LcA80 ag 0 0 0 0 0 0 30- 5 7 0 0 0 0 0 0 0 i v 6 4 8 2 6 0 -40 -80 9 1 7 9 3 5 9 à sédentaires r 0 0- 0 -100 -120 1 -160 1 2 2 -280 3 1 130-14 150- 1 1 210- 2 2 270- 2 r 3 5 7 0 0 0 0- 0 0- 9 5 9 LcA26 e e Ro 11 130- 15 170- 190-200 210- 230-240 2 27 2 P du Montmin d LcA03 a 100 l ui 100 R 140 80 e 100 d 100 90 80 60 LcA72 i 90 80 u 60 40 R 80 70 40 20 70 60 20 0 60 50 0 130- 200- 250- 300- 350- > 400 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif 40 200 250 300 350 400 200 250 300 350 400 Effectif 40 30 L’Eau Morte 20 LcA73 30 10 20 0 10 0 0 0 0 0 0 4 -60 -8 20 60 80 20 40 80 00 0 0 -100 1 1 1 20 2 2 26 2 3 LcA26 0 0 0 0 0 30- 5 7 0 0- 0- 0- 0- 0- 0- 4 20 60 80 20 40 80 00 9 1 7 9 3 5 9 -60 -8 100 1 1 1 20 2 2 26 2 3 1 130-14 150- 1 1 210- 2 2 270- 2 0 0 0------30- 5 7 9 0 0 0 0 0 0 LcA46 11 130-14 150- 17 19 210- 23 25 270- 29 R LcA24 LcA80 100 220 100 u i 80 d 1377 100 90 e 100 60 80 80 G 90 40 ie 60 70 Estimation de z 80 20 40 60 70 0 5000 alevins 20 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 LcA81 60 0 200 250 300 350 400 0+ sur la zone Effectif 40 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 30 à migrateurs LcA19 Effectif 40 20 LcA46 30 10 du Montmin 20 0 10 0 0 0 LcA23 6 40 80 20 60 00 - -10 1 1 2 2 3 30-40 50 70-80 0 -120 -160 -280 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0- 0 0- 80 2 8 4 0 11 130- 15 170- 190-200 210- 230-240 25 27 29 -6 - 14 20 26 LcA74 30-40 50 70 - - -2 - -3 LcA74 90-100 10-1 30 70-1 90 30 50 90 LcA24 1 1 150-160 1 1 210-220 2 2 270-280 2 118 100 570 100 LcA25 100 100 80 90 90 80 60 80 80 60 40 40 70 70 20 20 60 60 0 0 50 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 130- 200- 250- 300- 350- > 400

Effectif 40 200 250 300 350 400 Effectif 40 200 250 300 350 400 30 LcA06 30 20 20 10 10 0 0

0 6 40 80 20 60 00 9 9 9 9 9 9 9 0-40 0- 0-80 -100 1 1 2 2 3 -5 -9 3 7 1 5 9 3 5 7 0 0-120 0-160 0- 0-280 0- -119 1 -159 1 2 2 -279 2 9 5 9 30-39 50 70-79 90 0 0 0- 0 0- LcA06 11 130- 15 170- 190-200 210- 230-240 2 27 2 LcA81 11 130- 15 170- 190-199 210- 230-239 25 27 29 LcA08 809 100 Estimation de 1344 100 100 100 80 90 80 76700 alevins 90 60 80 60 80 40 0+ sur la zone 40 70 70 20 20 60 à migrateurs 60 0 0 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 de l’Eau morte 50 130- 200- 250- 300- 350- > 400 200 250 300 350 400 200 250 300 350 400 Effectif 40 Effectif 40 30 30 20 20 10 10 0 Lac d’Annecy 0

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -6 -80 40 6 0 2 6 8 -6 4 8 2 6 0 0 0 -100 -120 -1 -180 -2 -240 -2 -300 -10 -120 1 -160 1 2 2 -280 3 30-40 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 30-40 50 70-80 0 0 0 0- 0 0- 9 50-1 10-2 70-2 9 5 9 LcA08 11 13 1 17 19 2 23 25 2 29 LcA25 11 130- 15 170- 190-200 210- 230-240 2 27 2 2 km

Légende Pas de frayère Station de pêche d’inventaire + thermie LcA28 0 < Nombre de frayères / 1000 m² ≤ 2 LcA55 Station de pêche d’inventaire uniquement Nombre de frayères / 1000 m² > 2 LcA23 Station de thermie uniquement Zone à migrateurs Réseau hydrographique Réserve de pêche

Figure 48 : Résultats relatifs au peuplement piscicole de l’Eau morte et de ses affluents. Structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; localisation et densités des frayères observées en 2008-2009.

45 3. Historique du repeuplement Les déversements en truite de souche lacustre ont débutés en 1992 sur l’Eau Morte et le Montmin avec une quantité de 35000 alevins ( Figure 49 ). Entre 1994 et 2005, des repeuplements moins importants (entre 5000 et 25000) ont été effectués complétés par des juvéniles de souche sédentaires en quantité moindre (entre 8500 et 12500). Depuis 2005, les quantités d’alevins déversées de souche lacustre ont réaugmentées sans raison particulière s’élevant à 30000 soit à peine la moitié de la quantité recrutée naturellement. Sur les affluents amont de l’Eau Morte, les déversements s’élevaient à 9500 alevins de truite sédentaire en 1997 puis n’étaient plus que de 4000 en 2005.

40000 (A) 35000

30000 25000 # 20000

15000 déversés Effectifs 10000 TAC adultes 5000 TRL 0+ TRF truitelles 0 TRF 0+

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

40000 (B) 35000

30000

25000

20000

15000 Effectifsdéversés 10000

5000 TRF truitelles TRF 0+ 0

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Figure 49 : Evolution des quantités repeuplées en alevins (0+), en truitelles et en adultes entre 1989 et 2008 sur le bassin de L’Eau morte – Montmin (A) et sur celui des 3 affluents amont de l’Eau morte : Rui du St Ruph, Rui du Bar et Rui des Combes (B) ; # : en 1995, TRL déversées sous forme de 1+.

46 F. Rui d’Angon et Nant de Bluffy

1. Thermie 1.1. Conditions thermiques générales Les deux petits affluents en rive droite du lac montrent des courbes annuelles de températures moyennes journalières de même allure (Figure 50). Les profils thermiques annuels des stations amont des deux cours d’eau (LcA48 et LcA50) sont presque identiques avec des courbes qui se superposent.

angon-bluffy 25 LcA48 LcA47 20 LcA50 LcA49

10 Température(°C)

Figure 50 : Courbes des températures moyennes journalières calculées sur la période du 05/11/2008 au 04/11/2009 pour les 2 stations (amont et aval) respectivement du Rui d’Angon (LcA 48 et LcA 47) et du Nant de Bluffy (LcA 50 et LcA 49).

1.2. Températures extrêmes, amplitude, moyenne estivale Les températures instantanées maximales, les amplitudes thermiques des moyennes journalières et les températures moyennes des 30 jours les plus chauds sont plus élevées à l’aval des deux cours d’eaux qu’à l’amont montrant ainsi un gradient thermique logique amont - aval ( Figure 51). Sur les deux stations aval des températures instantanées ont été enregistrés à 21°C, température limitante pour la vie de la truite commune.

47 25 25 (A) (B) 20 20

15 15 10 10

Température(°c) 5 5 Température(°c) 0 0 amont aval amont aval amont aval amont aval

Nant d'Angon Nant de Bluffy Nant d'Angon Nant de Bluffy

Figure 51 : Température instantanée maximale 25 (A), amplitude thermique des moyennes (C) 20 journalières (B) et température moyenne des 30 jours consécutifs les plus chauds 15 (C) sur les 2 stations (amont et aval) du Rui d’Angon et du Nant de Bluffy. 10

5 Température(°c) 0 amont aval amont aval Nant d'Angon Nant de Bluffy

1.3. Période de croissance et préférendum thermique Sur le Rui d’Angon, le préférendum thermique de la truite dure 260 jours aussi bien à l’amont qu’à l’aval ( Figure 52-A). Quant au Nant de Bluffy, les conditions préférentielles de la truite apparaissent plus de 300 jours dans l’année avec un gradient inversé amont – aval. Cette constatation est paradoxale au regard des résultats de pêche d’inventaire présentés après.

400 (A) Nb Ti > 19 300 300 (B)

200 200

Durée(jours) 100 100 Durée(heures) 0 0 amont aval amont aval amont aval amont aval Nant d'Angon Nant de Bluffy Nant d'Angon Nant de Bluffy

25 Figure 52 : Durée en jours du préférendum (C) thermique de la truite commune 20 Salmo trutta (A), durée en heures où la température est supérieure à 15 19°C (B) et durée en heures de la séquence maximale durant laquelle 10

la température reste supérieure à Durée(heures) 19°C (C) sur les 2 stations (amont et 5 aval) du Rui d’Angon et du Nant de Bluffy. 0 amont aval amont aval Nant d'Angon Nant de Bluffy

48 1.4. Conditions favorables à l’infection par la PKD Seul l’aval du Nant de Bluffy présente un risque de développer la PKD (Figure 53). Même si ce risque n’est pas identifié à l’aval du Rui d’Angon, il doit être surveillé puisque la durée maximale où la température est supérieure à 15°C s’élève à 328 heures soit 13,5 jours environ. 700

600 500 400 Limite des 15 jours 300 consécutifs

Durée(heures) 200 Figure 53 : Durée en heures de la séquence maximale durant laquelle la température 100 reste supérieure ou égale à 15°C sur les 2 stations (amont et aval) du Rui d’Angon 0 et du Nant de Bluffy. amont aval amont aval Nant d'Angon Nant de Bluffy

1.5. Durée et conditions thermiques du développement embryo-larvaire La phase embryo-larvaire dure environ 160 jours sur le Rui d’Angon avec des périodes où la température est inférieure à 1.5°C, température limitante pour le développement des œufs et des alevins émergeants à cette période de l’année ( Figure 54). Sur le Nant de Bluffy, la PEL s’étend en moyenne sur 135 jours.

200 450 T° > 15°C (A) 400 (B) T° < 1,5°C 350 150 300

250 100 200

Durée(heures)

Durée(jours) 150 50 100 50 0 0 amont aval amont aval amont aval amont aval

Nant d'Angon Nant de Bluffy Nant d'Angon Nant de Bluffy

Figure 54 : Durée totale en jours de la phase embryo-larvaire de la vie sous graviers (de la fécondation à l’émergence) (A) et durée en heures des séquences maximales durant laquelle la température est restée en dessous de 1,5°C et au dessus de 15°C pendant la période de développement embryo- larvaire (B) sur les 2 stations (amont et aval) du Rui d’Angon et du Nant de Bluffy.

2. Caractéristiques du peuplement piscicole Sur les deux petits affluents en rive droite du lac, les populations de truite fario sont réduites en taille (effectifs pêchés faibles) et ne présentent pas une structure fréquentielle de taille équilibrée en comparaison avec la FMS ( Figure 55). Cependant le Rui d’Angon accueille des densités correctes de poissons et offre un recrutement naturel homogène sur tout son linéaire. Même si la densité estimée de 0+ sur la zone à migrateurs est supérieure à celle de la zone à sédentaires, en quantitatif il est estimé cette dernière presque 9 fois plus longue produirait 3400 alevins contre 1000 alevins à l’aval.

49 Sur le nant de Bluffy en été 2008, les densités estimées sont faibles voire très faibles et aucune reproduction naturelle n’a été observée sur l’ensemble du linéaire.

Légende LcA28 Station de pêche d’inventaire + thermie

Réseau hydrographique

Zone à migrateurs 90 100 80 80 60 70 40 Estimation de 60 20 LcA 48 TRF 50 0 3400 alevins 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 estimation 2009

Effectif 200 250 300 350 400 0+ sur la zone 30 à sédentaires Densité totale 20 38 [37-39] 10 (ind./100m²) 0 Rui d’Angon Biomasse totale 57 279 (Kg/ha) 30-39 50-59 70-79 90-99 90-199 30-239 0- LcA48 110-119 130-139 150-159 170-179 1 210-219 2 250-259 27 290-299 Densité de 0+ (Ind./100m²) 31,5 90 100 LcA48 80 80 70 60 LcA 47 TRF 60 40 20 50 estimation 2009 0 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400

Effectif Densité totale 30 200 250 300 350 400 84 [81-87] 20 Estimation de (ind./100m²) 10 1000 alevins Biomasse totale 0 0+ sur la zone (Kg/ha) 47 9 9 9 5 7 9 59 9 99 0- 0- 0- 1 -21 2 à migrateurs 30-39 5 7 9 0- Densité de 0+ 110-119 130-139 15 170-179 190-199 210 230-239 250-259 270-279 290- LcA47 (Ind./100m²) 71,9 LcA47

Lac d’Annecy (A)

2 km

90 100 80 80 60 70 40 60 LcA 50 20 TRF 50 0 estimation 2009 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Effectif 30 200 250 300 350 400 Densité totale 20 (ind./100m²) 2 [#2] 10 0 Biomasse totale 15 59 (Kg/ha) 0-99 119 159 199 239 259 279 299 30-39 50- 70-79 9 - 110- 130-139 150- 170-179 190- 210-219 230- 250 270- 290- Pas d’alevins LcA55 Nant Bluffy de Densité de 0+ 0+ sur le Nant (Ind./100m²) 0 90 100 LcA55 80 de Bluffly 80 60 70 40 LcA 49 TRF 60 20 estimation 2009 50 0 40 130- 200- 250- 300- 350- > 400 Densité totale

Effectif 200 250 300 350 400 30 25 [23-27] (ind./100m²) 20 10 Biomasse totale 54 0 LcA49 (Kg/ha) 59 99 139 179 219 259 299 Densité de 0+ 30-39 50- 70-79 90- 110-119 130- 150-159 170- 190-199 210- 230-239 250- 270-279 290- 0 LcA49 (Ind./100m²)

Lac d’Annecy (B)

2 km

Figure 55 : Synthèse des résultats relatifs au peuplement piscicole du Rui d’Angon (A) et du Nant de Bluffy (B). De gauche à droite : structure des populations de truite fario (gris) et comparaison des fréquences de taille relatives (prune) aux fréquences moyennes standarts du département (bleu) ; stocks estimés de truites fario ( Salmo trutta ).

50 3. Historique du repeuplement Les repeuplements concernent uniquement l’aval du Rui d’Angon ; ils concernent des individus de souche lacustre d’âge 0+ déversés en quantités très variables suivant les années (Figure 56). Ces fluctuations sont également constatées sur l’aval du Nant de Bluffy. A l’inverse sur l’amont de ce cours d’eau, les repeuplements mettaient en jeu annuellement 500 alevins de truites sédentaires entre 1999 et 2005.

3 500 (A) 3 000

2 500

2 000

1 500

Effectifsdéversés 1 000 # 500 TRL 0+ TRF 0+ 0

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

3 500 (B) 3 000

2 500

2 000

1 500

Effectifsdéversés 1 000

500 TRL 0+

0 TRF 0+

1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Figure 56 : Evolution des quantités repeuplées en alevins (0+) entre 1989 et 2008 sur le bassin du Rui d’Angon (A) et celui du Nant de Bluffy (B) ; # : en 1995, TRL déversées sous forme de 1+.

51 G. SYNTHESE DES RESULTATS ET PERSPECTIVES

Les résultats présentés dans ce rapport constituent un premier volet de l’étude des populations naturelles du bassin versant du lac d’Annecy. Cette étude doit se poursuivre par deux autres volets, d’une part la caractérisation génétique des populations de truites migratrices et sédentaires et d’autre part par un suivi par marquage de la contribution des repeuplements en truites lacustres dans la pêche jusqu’en 2014. Ce premier volet s’est essentiellement focalisé sur les affluents en s’intéressant aux points suivants : • Recensement et cartographie des zones de reproduction au cours de l’hiver 2008 / 2009 ; • Etude du peuplement piscicole et caractérisation des populations de truites en 2009 ; • Analyse des pratiques historiques de repeuplements depuis 1989 ; • Caractérisation des régimes thermiques annuels sur l’ensemble des affluents sur une période d’un an entre novembre 2008 et novembre 2009; • Recensement des obstacles à la migration au cours de la période estivale 2009.

Les principales informations qui ressortent des résultats obtenus sont : Le suivi de la reproduction des truites de lac indique finalement que la majorité (70%) des zones de reproduction disponibles sur le bassin du lac sont largement utilisées. Par contre, l’utilisation par les géniteurs de truites lacustres des zones de reproduction disponibles montre une répartition hétérogène entre les affluents. Sur les trois principaux tributaires, le Laudon, la Bornette et l’Eau Morte, le taux d’utilisation des zones de frayères disponibles est important (supérieur à 70%). Seules les zones de frayères situées sur le Montmin et l’Ire semblent sous utilisées par les géniteurs de truite lacustre avec seulement 10%. Cette singularité ne peut être expliquée ni par les conditions thermiques qui sont comparables sur ces 5 cours d’eau, ni pas une rupture de la continuité écologique.

Les fortes densités de 0+ observées en 2009, à la fois sur les parties colonisées par les truites migratrices et sédentaires sont révélatrices d’un bon recrutement naturel. Sur les parties aval des cours d’eau où des reproductions de truite de lac ont été observées, les densités pré- estivales de 0+ peuvent varier considérablement avec des valeurs comprises entre 14 et 354 individus / 100 m² (sans tenir compte de l’Ire). Sur ces zones, la production naturelle totale de 0+ en 2009 a pu être estimée à près de 100000 individus ( Annexe ).

Le diagnostic des populations de truites sédentaires réalisé en 2009, après 4 années consécutives sans repeuplements montre que ces populations sont naturellement fonctionnelles. Sur le cours principal du Laudon, même si les densités sont satisfaisantes, les populations montrent une distribution de fréquence de taille relatives anecdotique par rapport aux populations de tous les autres affluents avec un manque d’individus de grande taille (>20 cm). Plusieurs causes peuvent expliquer ce constat : une faible croissance, des perturbations récurrentes pendant au moins deux ans ou une forte pression de pêche.

Les conditions thermiques ne montrent pas de différences significatives entre les affluents. L’ensemble des indicateurs donne des valeurs en accord avec les exigences écologiques de la truite commune et sont donc très favorables à la réalisation de l’ensemble des phases de son cycle de vie.

Le Ruisseau d’Entrevernes montre une situation atypique avec 85% de son linéaire apiscicole. Seul le premier kilomètre du cours situé à proximité du lac abrite un peuplement piscicole.

Depuis 2005 les parties amont des affluents du lac d’Annecy ne sont plus repeuplées tandis que les secteurs l’aval le sont toujours avec des alevins de truites de souche lacustre. Les quantités et les origines des juvéniles actuellement déversés peuvent varier radicalement suivant les années.

En terme de perspectives, trois recommandations peuvent être formulées pour approfondir les résultats obtenus :

Pour mieux comprendre sur le Montmin et l’Ire l’absence de colonisation des zones potentielles de reproduction par les géniteurs de truites de lac, il serait nécessaire de mener des investigations supplémentaires. Trois principaux paramètres pourraient être étudiés et comparés aux autres cours d’eau : la qualité de l’habitat physique (répartition des différents faciès) ; la qualité physico-chimique et hydrobiologique du milieu ; et le régime hydrologique. Ces connaissances permettraient d’apprécier la faisabilité d’entreprendre une stratégie de restauration sur ces cours d’eau et de mieux orienter les choix de gestion.

Afin d’éclaircir les causes de l’absence de vie piscicole sur le ruisseau d’Entrevernes, il semble nécessaire d’entreprendre des investigations supplémentaires. Dans un premier temps, un recensement global, à l’échelle du bassin versant d’Entrevernes, des perturbations potentielles affectant le fonctionnement du cours d’eau (occupation du sol, captage de source et prélèvement d’eau, sources de pollution) pourrait être entrepris.

Sur le Laudon, il serait intéressant de vérifier l’hypothèse que les différences de distribution en taille observées sur la population de truites sédentaires par rapport aux autres cours d’eau soit le résultat d’une plus forte pression de pêche. Pour se faire, l’instauration d’une réserve de pêche sur le Laudon associée à un suivi de l’évolution de la population ainsi qu’une enquête de fréquentation permettant d’évaluer la pression de pêche sur l’ensemble des affluents pourraient être envisagées.

Enfin de manière plus générale, une réflexion collégiale avec l’ensemble des acteurs pourrait être menée concernant la mise en place d’indicateurs pérennes de suivi des populations de truites sur les affluents. Par exemple, la mise en place d’indices d’abondance en 0+ sur les principaux affluents permettrait de mieux évaluer la variabilité du recrutement naturel et son éventuel effet sur l’évolution de la population de truites lacustres. De même, un suivi par marquage différencié des différentes populations sur les affluents-frayères permettrait d’étudier les différents traits d’histoire de vie (taux de mortalité, taux de retour, croissance, migration) de la fraction introduite et de la fraction naturelle des populations de truite. L’objectif de ces investigations serait de combler les lacunes actuelles concernant les connaissances sur l’évolution et le fonctionnement des populations de truites lacustres au cours de leur phase juvénile sur les affluents. Ces suivis apporteraient des résultats très complémentaires aux données actuellement recueillies sur les statistiques de pêche en lac.

53 ANNEXE : Tableau de synthèse des densités et biomasses estimées des pêches d’inventaire de la campagne 2009

Evaluation du recrutement naturel par zone Densité totale de Biomasse Biomasse totale Densité totale Densité de 0+ Densité estimée Longueur Largeur Espèces présentes autre TRF estimée par totale de TRF de TRF estimée Surface en eau Nombre total BV Cours d'eau Station X Y de TRF estimée estimée Limite des de 0+ (ind/100 m² (m) (m) que TRF secteur estimée par secteur estimée de la de 0+ estimé (ind./100m²) (Ind./100m²) zones ) sur les stations (ind./100m²) (Kg/ha) (Kg/ha) zone (m²) par zone pêchées La Planche LcA 28 895842,27 2101669,49 56,2 1,55 - 349 [324-374] 349 386 386 300 Zone Migrateur 300 900 2100 La Planche La Planche LcA 55 895460 2101420 53 1,7 - 214 [208-220] 367 158,8 118 218 Zone Sédentaire 86,3 3200 2500 La Planche LcA 29 895203,327 2100581,45 48 1,62 - 6 [5-7] 39 2,6 Laudon LcA 05 897805,383 2100685,59 94 6,2 CHA, LOF, PER, CHE, BRO 65 [63-67] 46 56,3 Laudon LcA 57 897471,992 2100067,5 79 4 LOF 71 [69-73]75 35 64 61,6 Zone Migrateur 57,5 16200 9900 Laudon LcA 22 896654,896 2099412,4 94 7,25 LOF 96 [94-98] 100 65,9 Laudon LcA 13 896483 2099008 64 6,66 LOF 45 [44-46] 57 35,2 Laudon LcA 04 896020,536 2097754,84 84 4,8 LOF 55 [53-57] 100 30,1 Laudon Laudon LcA 11 895900,126 2096678,25 74 4,4 - 55 [54-56]43 142 86 16 27,8 38500 6900 Laudon LcA 16 895828,2922095252,23 83 3,5 - 18 [16-20] 62 1,7 Zone Sédentaire Laudon LcA 61 895460 2093970 52 2,3 - 29 [28-30] 59 7,5 Rui St Eustache LcA 32 896071,404 2096261,57 61 3,8 - 34 [33-35] 82 4,3 Rui St Eustache LcA 30 896319,099 2095361,07 32,5 1,66 - 0 0 - Nant du Cruet LcA 31 896823,769 2095826,32 29 1,1 - 230 [227-233] 256 166,7 Rui d'Entrevernes LcA 62 900100 2099210 64 1,8 CHA 288 [279-297] 288 427 427 221,1 Zone Migrateur 221,1 400 800 Rui d'Entrevernes LcA 33 900122,739 2099148,44 56 2 - 21 [19-23] 21 80 80 0 Rui Rui d'Entrevernes LcA 64 899888,907 2098125,12 41,2 1,5 - 0 0 - d'Entrevernes Zone Sédentaire 0 2000 0 Rui d'Entrevernes LcA 65 899576,367 2096756,96 - 0 0 - Rui d'Entrevernes LcA 34 899560 2095070 Bornette LcA 21 901298,774 2095424,65 100 6,2 CHA, LOF, PER 54 [53-55] 30 48,4 156 59 Zone Migrateur 142,7 6300 9000 Bornette LcA 27 901050 2094670 100 4,6 CHA 294 [291-297] 98 269,9 Bornette LcA 67 901080 2094490 79 3,4 CHA 15 [#15] 23 6,1 Bornette Bornette LcA 36 901034,81 2093761,36 70 2,86 CHA 137 [132-142]41 190 64 105,3 21,7 20700 7700 Bornette LcA 37 900012,7542092055,22 71 3,3 CHA 5 [#5] 26 0,4 Zone Sédentaire Nant de Lathuille LcA 35 900518,684 2094249,76 32 2 - 16 [#16] 76 0 Rui de Saury LcA 51 900027,877 2092437,19 63 2,9 - 64 [52-76] 117 69,3 Ire LcA 10 902261,828 2094782,27 104 8,3 CHA, LOF 19 [18-20] 27 2,3 35 60 Zone Migrateur 9,5 19600 1900 Ire LcA 18 902284,97 2093249,7 75 6,5 CHA 62 [60-64] 118 23,1 Ire LcA 09 902312,81 2091411,58 100 7,1 CHA 11 [#11] 20 7,9 Ire Ire LcA 70 902509,5232089696,16 86 8,3 - 31 [30-32]30 46 45 20,4 21,7 58700 4600 Zone Sédentaire Ire LcA 39 902504,8252088432,14 93 4,93 - 60 [58-62] 83 46 Rui de Chevaline LcA 38 901810,317 2092481,18 50 1 - 39 [37-42] 120 12,5 Eau Morte LcA 08 902671,521 2095203,54 120 10 CHA, CHE, LOT, VAI 91 [89-93] 29 79,6 Eau Morte LcA 06 903518,862 2094291,46 100 10 CHA, VAI 19 [17-21] 30 13,7 Eau Morte LcA 25 903521,153 2093397,95 112 8,8 CHA, CHE 202 [192-212] 72 194,5 135 54 124,4 61400 76700 Eau Morte LcA 23 903232 2092598 75 5 Eau Morte LcA 81 903770 2092060 108 4,7 CHA, LOF, CHE 150 [148-152] 65 121,3 Zone Migrateur Eau Morte LcA 24 904266,644 2091520,42 102 4,6 CHA, VAI, CHE, LOF 373 [364-382] 139 354,1 Montmin LcA 74 904201,798 2092675,6 93 3,66 CHA 92 [89-95] 131 77,7 76 155 59,7 8400 5000 Montmin LcA 46 905037,568 2093020,57 71 3,95 CHA 55 [52-58] 184 38,9 R. marais de Gier LcA 19 903632 2092316 85 2,5 CHA, LOF, VAI 50 [49-51] 99 10,5 Eau Morte LcA 80 906880 2091110 117 5,1 CHA 76 [68-84] 184 56,5 34 101 21,2 29600 6600 Eau Morte LcA 03 907922,033 2090004,12 78 8,5 CHA 12 [#12] 57 3,2 Rui de Montmin LcA 26 904868,581 2095405,06 100 2,8 - 59 [50-68] 87 20,1 67 116 40,7 23100 9500 Rui de Montmin LcA 72 904907,878 2097458,45 53 3,2 - 134 [127-141] 228 80,4 Eau Morte Rui de la Perrière LcA 73 905009,843 2095986,15 55 1,6 - 1,1 14,6 - Rui de St Ruph LcA 40 908312,135 2089428,76 92 4,2 CHA 5 [#5] 23 0,3 Rui de St Ruph LcA 82 907800 2088070 55 4,4 - 2 [#2] 18 0,4 5 28 0,50 31800 180 Rui de St Ruph LcA 01 906710 2087530 65 3,2 - 6 [#6] 37 1 Rui de St Ruph LcA 69 905440 2087070 50 3,2 - 7 [6-8] 48 0 Zone Sédentaire Rui du Bar LcA 79 908430 2089330 70 3 CHA 25 [24-26] 91 10,1 Rui du Bar LcA 42 908653,661 2087839,6 76 3,1 CHA 17 [16-18] 45 10,6 Rui du Bar LcA 43 909109,639 2086133,34 60 3,2 CHA 60 [58-62] 156 31,3 32 38 17,3 23400 3000 Rui du Bar LcA 45 908797,214 2084417,93 - 0 0 - Le Tamié LcA 44 909364,3232085665,68 57 1,5 - 0 0 - Le Tamié LcA 76 909390 2084910 61 2,3 - 13 [12-14] 40 0 Rui des Combes LcA 41 908530 2089320 60 2,1 CHA 16 [15-17] 16 68 68 0,8 Rui des Combes LcA 56 909280 2088770 - 0 0 - 68 2400 20 Rui des Combes LcA 77 909565,732 2087832,61 - 0 0 - Angon LcA 47 901784,883 2099155,31 52 2,4 PER 84 [81-87] 84 47 47 71,9 Zone Migrateur 71,9 1400 1000 Angon Angon LcA 48 902787,349 2100016,51 51 2,4 - 38 [37-39] 38 57 57 31,5 Zone Sédentaire 57 10900 3400 Bluffy LcA 49 899310,226 2102975,1 50 2,1 - 25 [23-27] 25 54 54 0 Zone Migrateur 0 1900 0 Bluffy Bluffy LcA 50 900200 2103550 58 1,7 Zone Sédentaire - 2 [#2] 2 15 15 0 0 3600 0 IV. BIBLIOGRAPHIE

Anderson C.L., Canning E.U. & Okamura B., 1999. 18S rDNA sequences indicate that PKX organism parasites bryozoa. Bulletin of the European association of fish pathologists, 19, 94-97.

Canning E.U., Curry A., Feist S.W., Longshaw M. & Okamura B., 1999. Tetracapsula bryosalmonae n. sp. for PKX organism the cause of PKD in salmonid fish. Bulletin of the European association of fish pathologists, 19, 203-206.

Caudron A., Champigneulle A. & Large A., 2006. Etats et caractéristiques des populations autochtones de truite commune identifiées en Haute-Savoie et qualité globale du milieu. pp : 55- 118 in programme INTERREG III A- Identification, sauvegarde et réhabilitation des populations de truites autochtones en vallée d'Aoste et en Haute-Savoie. Rapport final.06/02. 12p + annexes.

Caudron A. & Catinaud L., 2008. Utilisation des fréquences de taille relative pour évaluer les structures de tailles des populations de truites en Haute-Savoie., note technique, FDP74.2008/01, 8p.

Champigneulle, A. Buttiker, B. & Melhaoui, M., 1999. Main characteristics of the biology of the trout (Salmo trutta) in Lake Leman (Lake Geneva) and some of its tributaries. In “Biology and ecology of the brown trout and sea trout”. Baglinière J.L. & Maisse G. (Eds). Springer Published in association with Praxis Publishing, Chichester, U.K., pp. 147-174.

CSP – Délégation Régionale Franche-Comté, Bourgogne, Rhône-Alpes, 1999. Synthèse des connaissances sur les 4 principaux affluents du lac d’Annecy (Eau Morte, Laudon, Ire, Bornette) ; Etat des peuplements piscicoles et cas particulier de la truite de lac, pp. 28 + annexes.

De Lury, 1951. On the planning of experiments for the estimation of fish population. J. Fish Res. Bd. Can. , 18, 281-307.

Dumoutier Q., Vigier L. & Caudron A., 2010. Macro Excel d’Aide au Calcul de variables thermiques appliquées aux Milieux Aquatiques Salmonicoles, MACMASalmo1.0. Rapport SHL293.2010 / FDP74.10/03 disponible sur http://www.pechehautesavoie.com/telechargement1_bis.php?categ=5

Gay M., Okamura B. & De Kinkelin P., 2001. Evidence that infectious stages of Tetracapsula bryosalmonae for rainbow trout, Oncorhynchus mykiss are present throughout the year. Diseases of Aquatic Organisms, 46, 31-40.

Gerdeaux D., Druart J.C., Lainé L., Lazzarotto J. & Perga M.E., 2007. Suivi de la qualité des eaux du lac d’Annecy. Rapport 2006. SILA (ed) et INRA-Thonon. 92 page + annexes.

Laikre L., Antunes A., Apostolidis A., Berrebi P., Duguid A., Ferguson A., Garcia-Marin J.L., Guyomard R., Hansen M.M., Hindar K., Koljonen M-L., Lardiadèr C., Martinez P., Nielsen E.E., Palm S., Ruzzante D., Ryman N. & Triantaphyllidis C., 1999. Conservation genetic management of Brown trout (Salmo trutta) in Europe. Report by the concerted action on identification, management and exploitation of genetic resources in the Brown trout (Salmo trutta). (“Troutconcert”; EU FAIR CT97-3882). 91p.